help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window Menus</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>File</strong> \r
   8     <ul>\r
   9       <li><strong>Save As<br>\r
  10         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window \r
  11         will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine \r
  12         which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em></li>\r
  13       <li><strong>Export</strong> <em><br>\r
  14         Creates an alignment graphic with the current annotation, alignment background \r
  15         colours and group colours. If the alignment is <a\r
  16       href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be wrapped \r
  17         and will have the same visible residue width as the open alignment. </em> \r
  18         <ul>\r
  19           <li><strong>HTML<br>\r
  20             </strong><em>Create a <a href="../io/index.html#export">web page</a> \r
  21             from your alignment.</em></li>\r
  22           <li><strong>EPS<br>\r
  23             </strong><em>Create an <a href="../io/index.html#export">Encapsulated \r
  24             Postscript</a> file from your alignment.</em></li>\r
  25           <li><strong>PNG<br>\r
  26             </strong><em>Create a <a href="../io/index.html#export">Portable Network \r
  27             Graphics</a> file from your alignment.</em></li>\r
  28         </ul>\r
  29       </li>\r
  30       <li><strong>Output to Textbox<br>\r
  31         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window \r
  32         which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or \r
  33         your standard operating system copy and paste keys. <br>\r
  34         Select the format of the text by selecting one of the following menu items.</em> \r
  35         <ul>\r
  36           <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>\r
  37           <li><strong>MSF</strong></li>\r
  38           <li><strong>CLUSTAL</strong></li>\r
  39           <li><strong>BLC</strong></li>\r
  40           <li><strong>PIR</strong></li>\r
  41           <li><strong>PFAM</strong></li>\r
  42         </ul>\r
  43       </li>\r
  44       <li><strong>Print<br>\r
  45         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts \r
  46         and colours of your alignment. If the alignment has annotations visible, \r
  47         these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped \r
  48         the number of residues per line of your alignment will depend on the paper \r
  49         width or your alignment window width, whichever is the smaller. </em></li>\r
  50       <li><strong>Load Associated Tree<br>\r
  51         </strong><em>Jalview can <a\r
  52       href="../calculations/treeviewer.html">view trees</a> stored in the Newick \r
  53         file format, and associate them with the alignment. Note: the ids of the \r
  54         tree file and your alignment MUST be the same.</em></li>\r
  55       <li><strong>Close<br>\r
  56         </strong><em>Close the alignment window. Make sure you have saved your \r
  57         alignment before you close - either as a Jalview project or by using the \r
  58         <strong>Save As</strong> menu.<br>\r
  59         </em></li>\r
  60     </ul>\r
  61   </li>\r
  62   <li><strong>Edit</strong> \r
  63     <ul>\r
  64       <li><strong>Undo</strong><em><br>\r
  65         This will undo any edits you make to the alignment. This applies to insertion \r
  66         or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the alignment \r
  67         or pasting sequences to the current alignment or sorting the alignment. \r
  68         <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes, adjustments to \r
  69         group sizes, or changes to the annotation panel. </em></li>\r
  70       <li><strong>Redo<br>\r
  71         </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>\r
  72       <li><strong>Cut<br>\r
  73         </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues \r
  74         before removing them from your alignment. Click on a sequence name if \r
  75         you wish to select a whole sequence. <br>\r
  76         Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em></li>\r
  77       <li><strong>Copy</strong><br>\r
  78         <em>Copies the currently selected residues to the system clipboard - you \r
  79         can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C (&lt;APPLE&gt; and C on \r
  80         MacOSX). <br>\r
  81         If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will \r
  82         see the format of the copied residues is a tab separated list</em><br>\r
  83         NAME START_RES END_RES SEQUENCE </li>\r
  84       <li><strong>Paste </strong> \r
  85         <ul>\r
  86           <li><strong>To New Alignment<br>\r
  87             </strong><em>A new alignment window will be created from sequences \r
  88             previously copied or cut to the system clipboard. <br>\r
  89             Use &lt;CTRL&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and V on MacOSX) to paste.</em></li>\r
  90           <li><strong>Add To This Alignment<br>\r
  91             </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be \r
  92             added to the current Jalview alignment. </em></li>\r
  93         </ul>\r
  94       </li>\r
  95       <li><strong>Delete<br>\r
  96         </strong><em>This will delete the currently selected residues without \r
  97         copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this can \r
  98         be undone with <strong>Undo</strong>.</em></li>\r
  99       <li><strong>Select All<br>\r
 100         </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. \r
 101         <br>\r
 102         Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></li>\r
 103       <li><strong>Deselect All<br>\r
 104         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the \r
 105         alignment window. All selected sequences, residues and marked columns \r
 106         will be deselected. </em><em> <br>\r
 107         Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>\r
 108       <li><strong>Invert Selection<br>\r
 109         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the \r
 110         current selection. </em></li>\r
 111       <li><strong>Undefine Groups<br>\r
 112         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>\r
 113         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>\r
 114       <li><strong>Remove Left<br>\r
 115         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be \r
 116         trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse \r
 117         click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column, \r
 118         or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>\r
 119       <li><strong>Remove Right<br>\r
 120         </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be \r
 121         trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column, mouse \r
 122         click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a column, \r
 123         or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>\r
 124       <li><strong>Remove Empty Columns<br>\r
 125         </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;, \r
 126         &quot;.&quot;) will be deleted.<br>\r
 127         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. \r
 128         </em></li>\r
 129       <li><strong>Remove All Gaps</strong><br>\r
 130         <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted from \r
 131         the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL the gaps \r
 132         in the alignment will be removed.<br>\r
 133         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. \r
 134         </em> </li>\r
 135       <li><strong>Remove Redundancy<br>\r
 136         </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select \r
 137         a threshold. If the percentage identity between any two sequences (under \r
 138         the current alignment) exceeds this value then one of the sequences (the \r
 139         shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot; button to remove redundant \r
 140         sequences. The &quot;Undo&quot; button will undo the last redundancy deletion.</em></li>\r
 141       <li><strong>Pad Gaps<br>\r
 142         </strong><em>Adds gaps to the end of all the sequences so they are all \r
 143         the same length. This is useful for making a tree using unaligned sequences.<br>\r
 144         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>. \r
 145         </em><br>\r
 146       </li>\r
 147     </ul>\r
 148   </li>\r
 149   <li><strong>Search</strong> \r
 150     <ul>\r
 151       <li><strong>Find<br>\r
 152         </strong><em>Select this to <a href="../features/search.html">search</a> \r
 153         for residues, sequence name or residue position within the alignment. \r
 154         <br>\r
 155         </em></li>\r
 156     </ul>\r
 157   </li>\r
 158   <li><strong>View</strong> \r
 159     <ul>\r
 160       <li><strong>Font<br>\r
 161         </strong><em>Change the font of the display from the &quot;Choose Font&quot; \r
 162         dialog box, which is shown when this item is selected. </em></li>\r
 163       <li><strong>Wrap<br>\r
 164         </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; \r
 165         to the width of the alignment window. This is useful if your alignment \r
 166         has only a few sequences to view its full width at once.<br>\r
 167         Options are available to show the residue numbering at the start and/or \r
 168         end of an alignment as well as showing the alignment position above each \r
 169         sequence row. <br>\r
 170         <strong>NOTE</strong>: When in wrapped alignment view, the alignment cannot \r
 171         be edited or have regions selected on it. </em></li>\r
 172       <li><strong>Show Full Sequence ID<br>\r
 173         </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start \r
 174         and end position of the sequence appended to the name, in the format NAME/START-END</em></li>\r
 175       <li><strong>Boxes</strong><em><br>\r
 176         If this is selected the background of a residue will be coloured using \r
 177         the selected background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour \r
 178         Text.&quot; </em></li>\r
 179       <li><strong>Text<br>\r
 180         </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using \r
 181         the standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>\r
 182       <li><strong>Colour Text<br>\r
 183         </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according \r
 184         to the background colour associated with that residue. The colour is slightly \r
 185         darker than background so the amino acid symbol remains visible. </em></li>\r
 186       <li><strong>Show Gaps<br>\r
 187         </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as \r
 188         &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will \r
 189         appear as blank spaces. <br>\r
 190         You may set the default gap character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>\r
 191       <li><strong>Show Annotations<br>\r
 192         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will \r
 193         be displayed below the alignment. The default setting is to display the \r
 194         conservation calculation, quality calculation and consensus values as \r
 195         bar charts. </em></li>\r
 196       <li><strong>Sequence Features<br>\r
 197         </strong><em>If the sequence names are Swissprot entries Jalview will \r
 198         use the names to retrieve <a href="../features/seqfeatures.html">sequence \r
 199         features</a> from the EBI. Features which are 1 residue in length are \r
 200         coloured red, sequences longer than 1 residue are coloured blue. Move \r
 201         the mouse over a coloured feature to display the details of the feature. \r
 202         <br>\r
 203         Note: The retrieved information will update the sequence start and end \r
 204         labels if they are incorrect. </em></li>\r
 205       <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>\r
 206         </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a \r
 207         small window. A red box will indicate the currently visible area of the \r
 208         alignment. Move the visible region using the mouse. </em><strong> </strong></li>\r
 209     </ul>\r
 210   </li>\r
 211   <li><strong>Colour</strong> \r
 212     <ul>\r
 213       <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>\r
 214         </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour \r
 215         will be applied to all currently defined groups.</em></li>\r
 216       <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage \r
 217         Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, \r
 218         Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, User Defined<br>\r
 219         </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for \r
 220         a description of all colour schemes.</em></li>\r
 221       <li><strong>By Conservation<br>\r
 222         </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring \r
 223         by Conservation</a>.</em></li>\r
 224       <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>\r
 225         </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window. \r
 226         Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option \r
 227         appears to be doing nothing!</em></li>\r
 228       <li><strong>Above Identity Threshold<br>\r
 229         </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage \r
 230         Identity</a></em><strong>.</strong></li>\r
 231       <li><strong>Modify Identity Threshold<br>\r
 232         </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity. \r
 233         Useful if the window has been closed. <br>\r
 234         </em></li>\r
 235     </ul>\r
 236   </li>\r
 237   <li><strong>Calculate</strong> \r
 238     <ul>\r
 239       <li>Sort \r
 240         <ul>\r
 241           <li><strong>by ID</strong><em><br>\r
 242             This will sort the sequences according to sequence name. If the sort \r
 243             is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>\r
 244           <li><strong>by Group</strong><strong><br>\r
 245             </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. \r
 246             If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be \r
 247             inverted. </em><strong></strong></li>\r
 248           <li><strong>by Pairwise Identity<br>\r
 249             </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage \r
 250             identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put \r
 251             at the top. </em></li>\r
 252           <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will \r
 253             have some additional options if you have just done a multiple alignment \r
 254             calculation, or opened a tree viewer window.</em></li>\r
 255         </ul>\r
 256       </li>\r
 257       <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>\r
 258         <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently \r
 259         selected region. See <a\r
 260     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em> \r
 261         <ul>\r
 262           <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>\r
 263           <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>\r
 264           <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>\r
 265           <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62</strong></li>\r
 266         </ul>\r
 267       </li>\r
 268       <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>\r
 269         <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise \r
 270         alignments</a>.</em></li>\r
 271       <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>\r
 272         <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62 \r
 273         scores in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal \r
 274         Component Analysis</a>.</em> <br>\r
 275       </li>\r
 276     </ul>\r
 277   </li>\r
 278   <li><strong>Web Service<br>\r
 279     </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote service \r
 280     on compute facilities at the University of Dundee. You need a continuous network \r
 281     connection in order to use these services through Jalview. </em> \r
 282     <ul>\r
 283       <li><strong>Alignment </strong> \r
 284         <ul>\r
 285           <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>\r
 286             <em> Submits all, or just the currently selected sequences for alignment \r
 287             with clustal W.</em></li>\r
 288           <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment Realign</strong><br>\r
 289             <em> Submits the alignment or currently selected region for re-alignment \r
 290             with clustal W. Use this if you have added some new sequences to an \r
 291             existing alignment.</em></li>\r
 292           <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>\r
 293             <em> Submits all, or jut the currently selected sequences for alignment \r
 294             using Muscle. Do not use this if you are working with nucleic acid \r
 295             sequences.</em></li>\r
 296         </ul>\r
 297       </li>\r
 298       <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>\r
 299         <ul>\r
 300           <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>\r
 301             <em>Secondary structure prediction by network consensus. The behaviour \r
 302             of this calculation depends on the current selection: </em></li>\r
 303           <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences appear to \r
 304             be aligned, then a JNet prediction will be run for the first sequence \r
 305             in the alignment, using the current alignment. Otherwise the first \r
 306             sequence will be submitted for prediction. </em></li>\r
 307           <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence) has been \r
 308             selected, it will be submitted to the automatic JNet prediction server \r
 309             for homolog detection and prediction. </em></li>\r
 310           <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear to be aligned, \r
 311             then the alignment will be used for a Jnet prediction on the <strong>first</strong> \r
 312             sequence selected in the set (that is, the one that was first clicked \r
 313             on). </em> </li>\r
 314         </ul>\r
 315       </li>\r
 316     </ul>\r
 317   </li>\r
 318 </ul>\r
 319 </body>\r
 320 </html>\r