help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Alignment Window Menus</title>
   4 </head>
   5
   6 <body>
   7 <p><strong>Alignment Window Menus</strong></p>
   8         <li><strong>File</strong>
   9         <ul>
  10                 <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  11                 <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  12                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  13                 the European Bioinformatics Institute. See <a
  14                         href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  15                 <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  16                 Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  17                 paste window </em></li>
  18                 <li><strong>Reload</strong><em><br>
  19                 Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  20                 <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  21                 colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  22                 undone.</strong></em></li>
  23                 <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  24                 Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  25                 the same format, updating the original in place. </em></li>
  26                 <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  27                 </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window
  28                 will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to
  29                 determine which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to
  30                 save as.</em></li>
  31                 <li><strong>Output to Textbox<br>
  32                 </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  33                 window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down
  34                 menu, or your standard operating system copy and paste keys. The
  35                 output window also has a <strong>&quot;New Window&quot;</strong>
  36                 button to import the (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  37                 Select the format of the text by selecting one of the following menu
  38                 items.</em>
  39                 <ul>
  40                         <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  41                         <li><strong>MSF</strong></li>
  42                         <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  43                         <li><strong>BLC</strong></li>
  44                         <li><strong>PIR</strong></li>
  45                         <li><strong>PFAM</strong></li>
  46                 </ul>
  47                 </li>
  48                 <li><strong>Print (Control P)<br>
  49                 </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  50                 colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  51                 these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  52                 the number of residues per line of your alignment will depend on the
  53                 paper width or your alignment window width, whichever is the smaller.
  54                 </em></li>
  55                 <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  56                 Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  57                 alignment background colours and group colours. If the alignment is <a
  58                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  59                 wrapped and will have the same visible residue width as the open
  60                 alignment. </em>
  61                 <ul>
  62                         <li><strong>HTML<br>
  63                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  64                         alignment.</em></li>
  65                         <li><strong>EPS<br>
  66                         </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  67                         Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
  68                         <li><strong>PNG<br>
  69                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
  70                         Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
  71                 </ul>
  72                 </li>
  73                 <li><strong>Export Features</strong><em><br>
  74                 All features visible on the alignment can be saved to file or
  75                 displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
  76                 <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
  77                 All annotations visible on the alignment can be saved to file or
  78                 displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
  79                 <li><strong>Load Associated Tree<br>
  80                 </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
  81                 trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
  82                 alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
  83                 the same.</em></li>
  84                 <li><strong>Load Features / Annotations<br>
  85                 </strong><em>Load files describing precalculated <a
  86                         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
  87                         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
  88                 <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
  89                 <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
  90                 alignment before you close - either as a Jalview project or by using
  91                 the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
  92         </ul>
  93         </li>
  94         <li><strong>Edit</strong>
  95         <ul>
  96                 <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
  97                 This will undo any edits you make to the alignment. This applies to
  98                 insertion or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the
  99                 alignment or pasting sequences to the current alignment or sorting the
 100                 alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes,
 101                 adjustments to group sizes, or changes to the annotation panel. </em></li>
 102                 <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 103                 </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 104                 <li><strong>Cut (Control X)<br>
 105                 </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues
 106                 before removing them from your alignment. Click on a sequence name if
 107                 you wish to select a whole sequence. <br>
 108                 Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em></li>
 109                 <li><strong>Copy (Control C)</strong><br>
 110                 <em>Copies the currently selected residues to the system
 111                 clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 112                 (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br>
 113                 If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will
 114                 see the format of the copied residues FASTA.</em></li>
 115                 <li><strong>Paste </strong>
 116                 <ul>
 117                         <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 118                         </strong><em>A new alignment window will be created from sequences
 119                         previously copied or cut to the system clipboard. <br>
 120                         Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and
 121                         &lt;SHIFT;&gt; and and V on MacOSX) to paste.</em></li>
 122                         <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 123                         </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be added
 124                         to the current Jalview alignment. </em></li>
 125                 </ul>
 126                 </li>
 127                 <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 128                 </strong><em>This will delete the currently selected residues without
 129                 copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this
 130                 can be undone with <strong>Undo</strong>.</em></li>
 131                 <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 132                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 133                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 134                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 135                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 136                 <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 137                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 138                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 139                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 140                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 141                 <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 142                 </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;,
 143                 &quot;.&quot;) will be deleted.<br>
 144                 You may set the default gap character in <a
 145                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 146                 <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 147                 <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted
 148                 from the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL
 149                 the gaps in the alignment will be removed.<br>
 150                 You may set the default gap character in <a
 151                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 152                 <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 153                 </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select
 154                 a threshold. If the percentage identity between any two sequences
 155                 (under the current alignment) exceeds this value then one of the
 156                 sequences (the shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot;
 157                 button to remove redundant sequences. The &quot;Undo&quot; button will
 158                 undo the last redundancy deletion.</em></li>
 159                 <li><strong>Pad Gaps<br>
 160                 </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal width
 161                 (so there no empty columns before or after the first or last aligned
 162                 residue) and all sequences will be padded with gap characters to the
 163                 before and after their terminating residues.<br>
 164                 This switch is useful when making a tree using unaligned sequences and
 165                 when working with alignment analysis programs which require 'properly
 166                 aligned sequences' to be all the same length.<br>
 167                 You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 168                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 169         </ul>
 170         </li>
 171         <li><strong>Select</strong>
 172         <ul>
 173                 <li><strong><a href="../features/search.html">Find...
 174                 (Control F)</a></strong><em><br>
 175                 Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or
 176                 residue position within the alignment and create new sequence features
 177                 from the queries. </em></li>
 178                 <li><strong>Select All (Control A)<br>
 179                 </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
 180                 Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select
 181                 all.</em></li>
 182                 <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 183                 </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
 184                 alignment window. All selected sequences, residues and marked columns
 185                 will be deselected. </em><em> <br>
 186                 Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
 187                 <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 188                 </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
 189                 current selection. </em></li>
 190                 <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
 191                 </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
 192                 column selection. </em></li>
 193                 <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 194                 </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 195                 <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>
 196                 <li><strong>Make Groups<br/></strong>
 197                 <em>The currently selected groups of the alignment will be
 198                 subdivided according to the contents of the currently selected region.
 199                 <br/>Use this to subdivide an alignment based on the
 200                 different combinations of residues observed at specific
 201                 positions. (new in jalview 2.5)</em></li>
 202         </ul>
 203         </li>
 204         <li><strong>View</strong>
 205         <ul>
 206                 <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 207                 Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 208                 <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 209                 Display each view associated with the alignment in its own alignment
 210                 window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
 211                 <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 212                 Each view associated with the alignment will be displayed within its
 213                 own tab on the current alignment window. </em></li>
 214                 <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns)</strong><em><br>
 215                 All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
 216                 <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region )</strong><em><br>
 217                 Hides the all the currently selected Columns / Sequences / Region or everything but the selected Region.</em></li>
 218                 <li><strong>Show Annotations<br>
 219                 </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
 220                 displayed below the alignment. The default setting is to display the
 221                 conservation calculation, quality calculation and consensus values as
 222                 bar charts. </em></li>
 223                   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
 224     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
 225     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
 226     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
 227                 </li>
 228                 <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
 229                 <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 230                 <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence
 231                 Feature Settings...</a></strong><em><br>
 232                 <em>Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the
 233                 colour and display of sequence features on the alignment, and
 234                 configure and retrieve features from DAS annotation servers.</em></li>
 235                 <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
 236     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
 237     non-positional sequence features or database cross references
 238     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
 239
 240                 <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 241                 Window</a><br>
 242                 </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a
 243                 small window. A red box will indicate the currently visible area of
 244                 the alignment. Move the visible region using the mouse. </em></li>
 245         </ul>
 246         </li>
 247         <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 248         <ul>
 249                 <li><strong>Font...<br>
 250                 </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to
 251                 change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'
 252                 (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></li>
 253                 <li><strong>Wrap<br>
 254                 </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 255                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the
 256                 alignment window. This is useful if your alignment has only a few
 257                 sequences to view its full width at once.<br>
 258                 Additional options for display of sequence numbering and scales are
 259                 also visible in wrapped layout mode:<br>
 260                 <ul>
 261                         <li><strong>Scale Above</strong><br>
 262                         Show the alignment column position scale.</li>
 263                         <li><strong>Scale Left</strong><br>
 264                         Show the sequence position for the first aligned residue in each row
 265                         in the left column of the alignment.</li>
 266                         <li><strong>Scale Right</strong><br>
 267                         Show the sequence position for the last aligned residue in each row
 268                         in the right-most column of the alignment.</li>
 269                 <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 270                 </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
 271                 and end position of the sequence appended to the name, in the format
 272                 NAME/START-END</em></li>
 273                 <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 274                 </strong><em>If this box is selected then the sequence names displayed in
 275                 the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of
 276                 the alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment
 277                 window.</li>
 278                 <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 279                 </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
 280                 rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</li>
 281                 <li><strong>Boxes</strong><em><br>
 282                 If this is selected the background of a residue will be coloured using
 283                 the selected background colour. Useful if used in conjunction with
 284                 &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 285                 <li><strong>Text<br>
 286                 </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
 287                 standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 288                 <li><strong>Colour Text<br>
 289                 </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according
 290                 to the background colour associated with that residue. The colour is
 291                 slightly darker than background so the amino acid symbol remains
 292                 visible. </em></li>
 293                 <li><strong>Show Gaps<br>
 294                 </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
 295                 &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters
 296                 will appear as blank spaces. <br>
 297                 You may set the default gap character in <a
 298                         href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>
 299                         <li><strong>Centre Annotation Labels<br>
 300                         </strong><em>Select this to center labels along an annotation row
 301                         relative to their associated column (default is off, i.e. left-justified).</em></li>
 302         </ul>
 303         <li><strong>Colour</strong>
 304         <ul>
 305                 <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 306                 </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 307                 colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 308                 </em></li>
 309                 <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 310                 Text...</a></strong><em><br>
 311                 Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for
 312                 light and dark background, and the intensity threshold for transition
 313                 between them. </em></li>
 314                 <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 315                 Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity,
 316                 Helix Propensity, Strand Propensity, Turn Propensity, Buried Index,
 317                 Nucleotide, User Defined<br>
 318                 </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for a
 319                 description of all colour schemes.</em><br>
 320                 </li>
 321                 <li><strong>By Conservation<br>
 322                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 323                 by Conservation</a>.</em><br>
 324                 </li>
 325                 <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 326                 </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
 327                 Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation'
 328                 option appears to be doing nothing!</em><br>
 329                 </li>
 330                 <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 331                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 332                 Percentage Identity</a></em><strong>.<br>
 333                 </strong></li>
 334                 <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 335                 </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 336                 Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 337                 </em></li>
 338                 <li><strong>By Annotation</strong><br>
 339                 <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified
 340                 annotation. See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 341                 Colouring</a>.</em><br>
 342                 </li>
 343         </ul>
 344         </li>
 345         <li><strong>Calculate</strong>
 346         <ul>
 347                 <li><strong>Sort </strong>
 348                 <ul>
 349                         <li><strong>by ID</strong><em><br>
 350                         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort
 351                         is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 352                         <li><strong>by Group</strong><strong><br>
 353                         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. If
 354                         the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be
 355                         inverted. </em><strong></strong></li>
 356                         <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 357                         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
 358                         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put
 359                         at the top. </em></li>
 360                         <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 361                         menu</a> will have some additional options if you have just done a
 362                         multiple alignment calculation, or opened a tree viewer window.</em><br>
 363                         </li>
 364                 </ul>
 365                 </li>
 366                 <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
 367                 <em>Functions for calculating trees on the alignment or the
 368                 currently selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 369                 trees</a>.</em>
 370                 <ul>
 371                         <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
 372                         <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
 373                         <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
 374                         <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
 375                         </strong></li>
 376                 </ul>
 377                 </li>
 378                 <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
 379                 <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences.
 380                 See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise alignments</a>.</em><br>
 381                 </li>
 382                 <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
 383                 <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the
 384                 BLOSUM62 scores in the alignment. See <a
 385                         href="../calculations/pca.html">Principal Component Analysis</a>.</em> <br>
 386                 </li>
 387                 <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
 388                 <em>This option is only visible if Jalview detects one or more white-space separated values in the description line of the alignment sequences.<br>
 389                 When selected, these numbers are parsed into sequence associated annotation which can
 390                 then be used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.</em> <br>
 391                 </li>
 392                 <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
 393                 <em>For large alignments it can be useful to deselect
 394                 &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents the
 395                 sometimes lengthy calculations performed after each sequence edit.</em> <br>
 396                 </li>
 397         </ul>
 398         </li>
 399         <li><strong>Web Service<br>
 400         </strong>
 401           <ul><li><strong>Fetch DB References</strong><br>
 402   <em>This will use any of the database services that Jalview is aware
 403   of (e.g. DAS sequence servers and the WSDBFetch service provided by the EBI)
 404    to verify the sequence and retrieve all database cross references and PDB ids
 405    associated with all or just the selected sequences in the alignment.</em><br>
 406   </li>
 407         </ul>
 408         <em>Selecting one of the following menu items starts a remote
 409         service on compute facilities at the University of Dundee. You need a
 410         continuous network connection in order to use these services through
 411         Jalview. </em>
 412         <ul>
 413                 <li><strong>Alignment</strong>
 414                 <ul>
 415                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 416                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 417                         alignment with clustal W.</em></li>
 418                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment
 419                         Realign</strong><br>
 420                         <em> Submits the alignment or currently selected region for
 421                         re-alignment with clustal W. Use this if you have added some new
 422                         sequences to an existing alignment.</em></li>
 423                         <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 424                         <em>Submits all, or just the currently selected region for
 425                         alignment with MAFFT. </em></li>
 426                         <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>
 427                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 428                         alignment using Muscle. Do not use this if you are working with
 429                         nucleic acid sequences.</em></li>
 430                 </ul>
 431                 </li>
 432                 <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 433                 <ul>
 434                         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 435                         <em>Secondary structure prediction by network consensus. The
 436                         behaviour of this calculation depends on the current selection: </em></li>
 437                         <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences
 438                         appear to be aligned, then a JNet prediction will be run for the
 439                         first sequence in the alignment, using the current alignment.
 440                         Otherwise the first sequence will be submitted for prediction. </em></li>
 441                         <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence)
 442                         has been selected, it will be submitted to the automatic JNet
 443                         prediction server for homolog detection and prediction. </em></li>
 444                         <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear
 445                         to be aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction
 446                         on the <strong>first</strong> sequence in the set (that is, the one
 447                         that appears first in the alignment window). </em></li>
 448                 </ul>
 449                 </li>
 450         </ul>
 451         </li>
 452 </ul>
 453 </body>
 454 </html>