help/html/menus/alignmentMenu.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Alignment Window Menus</title>
   4 </head>
   5
   6 <body>
   7 <p><strong>Alignment Window Menus</strong></p>
   8 <ul>
   9         <li><strong>File</strong>
  10         <ul>
  11                 <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  12                 <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  13                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  14                 the European Bioinformatics Institute. See <a
  15                         href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  16                 <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  17                 Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  18                 paste window </em></li>
  19                 <li><strong>Reload</strong><em><br>
  20                 Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  21                 <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  22                 colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  23                 undone.</strong></em></li>
  24                 <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  25                 Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  26                 the same format, updating the original in place. </em></li>
  27                 <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  28                 </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window
  29                 will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to
  30                 determine which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to
  31                 save as.</em></li>
  32                 <li><strong>Output to Textbox<br>
  33                 </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  34                 window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down
  35                 menu, or your standard operating system copy and paste keys. The
  36                 output window also has a <strong>&quot;New Window&quot;</strong>
  37                 button to import the (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  38                 Select the format of the text by selecting one of the following menu
  39                 items.</em>
  40                 <ul>
  41                         <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  42                         <li><strong>MSF</strong></li>
  43                         <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  44                         <li><strong>BLC</strong></li>
  45                         <li><strong>PIR</strong></li>
  46                         <li><strong>PFAM</strong></li>
  47                 </ul>
  48                 </li>
  49                 <li><strong>Print (Control P)<br>
  50                 </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  51                 colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  52                 these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  53                 the number of residues per line of your alignment will depend on the
  54                 paper width or your alignment window width, whichever is the smaller.
  55                 </em></li>
  56                 <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  57                 Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  58                 alignment background colours and group colours. If the alignment is <a
  59                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  60                 wrapped and will have the same visible residue width as the open
  61                 alignment. </em>
  62                 <ul>
  63                         <li><strong>HTML<br>
  64                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  65                         alignment.</em></li>
  66                         <li><strong>EPS<br>
  67                         </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  68                         Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
  69                         <li><strong>PNG<br>
  70                         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
  71                         Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
  72                 </ul>
  73                 </li>
  74                 <li><strong>Export Features</strong><em><br>
  75                 All features visible on the alignment can be saved to file or
  76                 displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
  77                 <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
  78                 All annotations visible on the alignment can be saved to file or
  79                 displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
  80                 <li><strong>Load Associated Tree<br>
  81                 </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
  82                 trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
  83                 alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
  84                 the same.</em></li>
  85                 <li><strong>Load Features / Annotations<br>
  86                 </strong><em>Load files describing precalculated <a
  87                         href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
  88                         href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
  89                 <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
  90                 <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
  91                 alignment before you close - either as a Jalview project or by using
  92                 the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
  93         </ul>
  94         </li>
  95         <li><strong>Edit</strong>
  96         <ul>
  97                 <li><strong>Undo (Control Z)</strong><em><br>
  98                 This will undo any edits you make to the alignment. This applies to
  99                 insertion or deletion of gaps, cutting residues or sequences from the
 100                 alignment or pasting sequences to the current alignment or sorting the
 101                 alignment. <strong>NOTE:</strong> It DOES NOT undo colour changes,
 102                 adjustments to group sizes, or changes to the annotation panel. </em></li>
 103                 <li><strong>Redo (Control Y)<br>
 104                 </strong><em>Any actions which you undo can be redone using redo. </em></li>
 105                 <li><strong>Cut (Control X)<br>
 106                 </strong><em>This will make a copy of the currently selected residues
 107                 before removing them from your alignment. Click on a sequence name if
 108                 you wish to select a whole sequence. <br>
 109                 Use &lt;CTRL&gt; and X (&lt;APPLE&gt; and X on MacOSX) to cut.</em></li>
 110                 <li><strong>Copy (Control C)</strong><br>
 111                 <em>Copies the currently selected residues to the system
 112                 clipboard - you can also do this by pressing &lt;CTRL&gt; and C
 113                 (&lt;APPLE&gt; and C on MacOSX). <br>
 114                 If you try to paste the clipboard contents to a text editor, you will
 115                 see the format of the copied residues FASTA.</em></li>
 116                 <li><strong>Paste </strong>
 117                 <ul>
 118                         <li><strong>To New Alignment (Control Shift V)<br>
 119                         </strong><em>A new alignment window will be created from sequences
 120                         previously copied or cut to the system clipboard. <br>
 121                         Use &lt;CTRL&gt; and &lt;SHIFT&gt; and V(&lt;APPLE&gt; and
 122                         &lt;SHIFT;&gt; and and V on MacOSX) to paste.</em></li>
 123                         <li><strong>Add To This Alignment (Control V)<br>
 124                         </strong><em>Copied sequences from another alignment window can be added
 125                         to the current Jalview alignment. </em></li>
 126                 </ul>
 127                 </li>
 128                 <li><strong>Delete (Backspace)<br>
 129                 </strong><em>This will delete the currently selected residues without
 130                 copying them to the clipboard. Like the other edit operations, this
 131                 can be undone with <strong>Undo</strong>.</em></li>
 132                 <li><strong>Remove Left (Control L)<br>
 133                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 134                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 135                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 136                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 137                 <li><strong>Remove Right (Control R)<br>
 138                 </strong><em>If the alignment has marked columns, the alignment will be
 139                 trimmed to the left of the leftmost marked column. To mark a column,
 140                 mouse click the scale bar above the alignment. Click again to unmark a
 141                 column, or select &quot;Deselect All&quot; to deselect all columns.</em></li>
 142                 <li><strong>Remove Empty Columns (Control E)<br>
 143                 </strong><em>All columns which only contain gap characters (&quot;-&quot;,
 144                 &quot;.&quot;) will be deleted.<br>
 145                 You may set the default gap character in <a
 146                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 147                 <li><strong>Remove All Gaps (Control Shift E)</strong><br>
 148                 <em>Gap characters (&quot;-&quot;, &quot;.&quot;) will be deleted
 149                 from the selected area of the alignment. If no selection is made, ALL
 150                 the gaps in the alignment will be removed.<br>
 151                 You may set the default gap character in <a
 152                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 153                 <li><strong>Remove Redundancy (Control D)<br>
 154                 </strong><em>Selecting this option brings up a window asking you to select
 155                 a threshold. If the percentage identity between any two sequences
 156                 (under the current alignment) exceeds this value then one of the
 157                 sequences (the shorter) is discarded. Press the &quot;Apply&quot;
 158                 button to remove redundant sequences. The &quot;Undo&quot; button will
 159                 undo the last redundancy deletion.</em></li>
 160                 <li><strong>Pad Gaps<br>
 161                 </strong><em>When selected, the alignment will be kept at minimal width
 162                 (so there no empty columns before or after the first or last aligned
 163                 residue) and all sequences will be padded with gap characters to the
 164                 before and after their terminating residues.<br>
 165                 This switch is useful when making a tree using unaligned sequences and
 166                 when working with alignment analysis programs which require 'properly
 167                 aligned sequences' to be all the same length.<br>
 168                 You may set the default for <strong>Pad Gaps</strong> in the <a
 169                         href="../features/preferences.html">preferences</a>. </em></li>
 170         </ul>
 171         </li>
 172         <li><strong>Select</strong>
 173         <ul>
 174                 <li><strong><a href="../features/search.html">Find...
 175                 (Control F)</a></strong><em><br>
 176                 Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or
 177                 residue position within the alignment and create new sequence features
 178                 from the queries. </em></li>
 179                 <li><strong>Select All (Control A)<br>
 180                 </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
 181                 Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select
 182                 all.</em></li>
 183                 <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
 184                 </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
 185                 alignment window. All selected sequences, residues and marked columns
 186                 will be deselected. </em><em> <br>
 187                 Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
 188                 <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
 189                 </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
 190                 current selection. </em></li>
 191                 <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
 192                 </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
 193                 column selection. </em></li>
 194                 <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
 195                 </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
 196                 <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>
 197         </ul>
 198         </li>
 199         <li><strong>View</strong>
 200         <ul>
 201                 <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
 202                 Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
 203                 <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
 204                 Display each view associated with the alignment in its own alignment
 205                 window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
 206                 <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
 207                 Each view associated with the alignment will be displayed within its
 208                 own tab on the current alignment window. </em></li>
 209                 <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
 210                 All hidden Columns / Sequences will be revealed. </em></li>
 211                 <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
 212                 Hides the all the currently selected Columns / Sequences</em></li>
 213                 <li><strong>Show Annotations<br>
 214                 </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
 215                 displayed below the alignment. The default setting is to display the
 216                 conservation calculation, quality calculation and consensus values as
 217                 bar charts. </em></li>
 218                 <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
 219                 <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
 220                 <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence
 221                 Feature Settings...</a></strong><em><br>
 222                 <em>Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the
 223                 colour and display of sequence features on the alignment, and
 224                 configure and retrieve features from DAS annotation servers.</em></li>
 225                 <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
 226                 Window</a><br>
 227                 </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a
 228                 small window. A red box will indicate the currently visible area of
 229                 the alignment. Move the visible region using the mouse. </em></li>
 230         </ul>
 231         </li>
 232         <li><strong>Alignment Window Format Menu</strong>
 233         <ul>
 234                 <li><strong>Font...<br>
 235                 </strong><em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to
 236                 change the font of the display and enable or disable 'smooth fonts'
 237                 (anti-aliasing) for faster alignment rendering. </em></li>
 238                 <li><strong>Wrap<br>
 239                 </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
 240                         href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the
 241                 alignment window. This is useful if your alignment has only a few
 242                 sequences to view its full width at once.<br>
 243                 Additional options for display of sequence numbering and scales are
 244                 also visible in wrapped layout mode:<br>
 245                 <ul>
 246                         <li><strong>Scale Above</strong><br>
 247                         Show the alignment column position scale.</li>
 248                         <li><strong>Scale Left</strong><br>
 249                         Show the sequence position for the first aligned residue in each row
 250                         in the left column of the alignment.</li>
 251                         <li><strong>Scale Right</strong><br>
 252                         Show the sequence position for the last aligned residue in each row
 253                         in the right-most column of the alignment.</li>
 254                 </em></li>
 255                 <li><strong>Show Sequence Limits<br>
 256                 </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
 257                 and end position of the sequence appended to the name, in the format
 258                 NAME/START-END</em></li>
 259                 <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
 260                 </strong><em>If this box is selected then the sequence names displayed in
 261                 the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of
 262                 the alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment
 263                 window.</li>
 264                 <li><strong>Show Hidden Markers<br>
 265                 </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
 266                 rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</li>
 267                 <li><strong>Boxes</strong><em><br>
 268                 If this is selected the background of a residue will be coloured using
 269                 the selected background colour. Useful if used in conjunction with
 270                 &quot;Colour Text.&quot; </em></li>
 271                 <li><strong>Text<br>
 272                 </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
 273                 standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
 274                 <li><strong>Colour Text<br>
 275                 </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according
 276                 to the background colour associated with that residue. The colour is
 277                 slightly darker than background so the amino acid symbol remains
 278                 visible. </em></li>
 279                 <li><strong>Show Gaps<br>
 280                 </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
 281                 &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters
 282                 will appear as blank spaces. <br>
 283                 You may set the default gap character in <a
 284                         href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>
 285         </ul>
 286         </li>
 287         <li><strong>Colour</strong>
 288         <ul>
 289                 <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
 290                 </strong><em>If this is selected, any changes made to the background
 291                 colour will be applied to all currently defined groups.<br>
 292                 </em></li>
 293                 <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
 294                 Text...</a></strong><em><br>
 295                 Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for
 296                 light and dark background, and the intensity threshold for transition
 297                 between them. </em></li>
 298                 <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX,
 299                 Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity,
 300                 Helix Propensity, Strand Propensity, Turn Propensity, Buried Index,
 301                 Nucleotide, User Defined<br>
 302                 </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for a
 303                 description of all colour schemes.</em><br>
 304                 </li>
 305                 <li><strong>By Conservation<br>
 306                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
 307                 by Conservation</a>.</em><br>
 308                 </li>
 309                 <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
 310                 </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
 311                 Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation'
 312                 option appears to be doing nothing!</em><br>
 313                 </li>
 314                 <li><strong>Above Identity Threshold<br>
 315                 </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above
 316                 Percentage Identity</a></em><strong>.<br>
 317                 </strong></li>
 318                 <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
 319                 </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above
 320                 Identity. Useful if the window has been closed.<br>
 321                 </em></li>
 322                 <li><strong>By Annotation</strong><br>
 323                 <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified
 324                 annotation. See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation
 325                 Colouring</a>.</em><br>
 326                 </li>
 327         </ul>
 328         </li>
 329         <li><strong>Calculate</strong>
 330         <ul>
 331                 <li><strong>Sort </strong>
 332                 <ul>
 333                         <li><strong>by ID</strong><em><br>
 334                         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort
 335                         is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
 336                         <li><strong>by Group</strong><strong><br>
 337                         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name. If
 338                         the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be
 339                         inverted. </em><strong></strong></li>
 340                         <li><strong>by Pairwise Identity<br>
 341                         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
 342                         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put
 343                         at the top. </em></li>
 344                         <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort
 345                         menu</a> will have some additional options if you have just done a
 346                         multiple alignment calculation, or opened a tree viewer window.</em><br>
 347                         </li>
 348                 </ul>
 349                 </li>
 350                 <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
 351                 <em>Functions for calculating trees on the alignment or the
 352                 currently selected region. See <a href="../calculations/tree.html">calculating
 353                 trees</a>.</em>
 354                 <ul>
 355                         <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
 356                         <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
 357                         <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
 358                         <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
 359                         </strong></li>
 360                 </ul>
 361                 </li>
 362                 <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
 363                 <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences.
 364                 See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise alignments</a>.</em><br>
 365                 </li>
 366                 <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
 367                 <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the
 368                 BLOSUM62 scores in the alignment. See <a
 369                         href="../calculations/pca.html">Principal Component Analysis</a>.</em> <br>
 370                 </li>
 371                 <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
 372                 <em>For large alignments it can be useful to deselect
 373                 &quot;Autocalculate Consensus&quot; when editing. This prevents the
 374                 sometimes lengthy calculations performed after each sequence edit.</em> <br>
 375                 </li>
 376         </ul>
 377         </li>
 378         <li><strong>Web Service<br>
 379         </strong> <em>Selecting one of the following menu items starts a remote
 380         service on compute facilities at the University of Dundee. You need a
 381         continuous network connection in order to use these services through
 382         Jalview. </em>
 383         <ul>
 384                 <li><strong>Alignment</strong>
 385                 <ul>
 386                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 387                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 388                         alignment with clustal W.</em></li>
 389                         <li><strong>ClustalW Multiple Sequence Alignment
 390                         Realign</strong><br>
 391                         <em> Submits the alignment or currently selected region for
 392                         re-alignment with clustal W. Use this if you have added some new
 393                         sequences to an existing alignment.</em></li>
 394                         <li><strong>MAFFT Multiple Sequence Alignment</strong><br>
 395                         <em>Submits all, or just the currently selected region for
 396                         alignment with MAFFT. </em></li>
 397                         <li><strong>Muscle Multiple Protein Sequence Alignment</strong><br>
 398                         <em> Submits all, or just the currently selected sequences for
 399                         alignment using Muscle. Do not use this if you are working with
 400                         nucleic acid sequences.</em></li>
 401                 </ul>
 402                 </li>
 403                 <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
 404                 <ul>
 405                         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
 406                         <em>Secondary structure prediction by network consensus. The
 407                         behaviour of this calculation depends on the current selection: </em></li>
 408                         <li><em>If nothing is selected, and the displayed sequences
 409                         appear to be aligned, then a JNet prediction will be run for the
 410                         first sequence in the alignment, using the current alignment.
 411                         Otherwise the first sequence will be submitted for prediction. </em></li>
 412                         <li><em>If just one sequence (or a region on one sequence)
 413                         has been selected, it will be submitted to the automatic JNet
 414                         prediction server for homolog detection and prediction. </em></li>
 415                         <li><em>If a set of sequences are selected, and they appear
 416                         to be aligned, then the alignment will be used for a Jnet prediction
 417                         on the <strong>first</strong> sequence in the set (that is, the one
 418                         that appears first in the alignment window). </em></li>
 419                 </ul>
 420                 </li>
 421         </ul>
 422         </li>
 423 </ul>
 424 </body>
 425 </html>