help/html/menus/alwannotation.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Alignment Window Annotations Menu</strong> (Since Jalview
  29     2.8.2)
  30   </p>
  31   <ul>
  32     <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
  33         Show all annotations that are for the alignment as a whole (for
  34         example, Consensus, or secondary structure prediction from
  35         alignment)).</em></li>
  36     <li><strong>Hide Alignment Related</strong><em><br>
  37         Hide all annotations that are for the alignment as a whole.</em></li>
  38     <li><strong>Show Sequence Related</strong><em><br>
  39         Show all annotations that are for individual sequences.</em></li>
  40     <li><strong>Hide Sequence Related</strong><em><br>
  41         Hide all annotations that are for individual sequences.</em></li>
  42     <li><strong>Show Alignment Related</strong><em><br>
  43         Show all annotations that are for the alignment as a whole (for
  44         example, Consensus).</em></li>
  45     <li><em>You can also selectively show or hide annotations
  46         from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a> or <a
  47         href="../features/annotation.html"
  48       >Annotation</a> menus.
  49     </em></li>
  50     <li><strong>Sort by Sequence</strong><em><br>Sort
  51         sequence-specific annotations by sequence order in the alignment
  52         (and within that, by label).</em></li>
  53     <li><strong>Sort by Label</strong><em><br>Sort
  54         sequence-specific annotations by label (and within that, by
  55         sequence order). If neither sort order is selected, no sorting
  56         is applied, allowing you to make a manual ordering of the
  57         annotations.</em></li>
  58     <li><strong>Autocalculated Annotation<br>
  59     </strong><em>Settings for the display of autocalculated annotation.</em>
  60       <ul>
  61         <li><strong>Show first<br></strong><em> Show
  62             autocalculated annotations above sequence-specific
  63             annotations. Note this also applies to other annotations for
  64             the alignment, for example secondary structure prediction
  65             from alignment.</em></li>
  66         <li><strong>Show last<br></strong><em> Show
  67             autocalculated / alignment annotations below
  68             sequence-specific annotations.</em></li>
  69         <li><strong>Apply to all groups<br>
  70         </strong><em> When ticked, any modification to the current settings
  71             will be applied to all autocalculated annotation.</em></li>
  72         <li><strong>Show Consensus Histogram<br>
  73         </strong><em> Enable or disable the display of the histogram above
  74             the consensus sequence.</em></li>
  75         <li><strong>Show Consensus Logo<br>
  76         </strong><em> Enable or disable the display of the Consensus Logo
  77             above the consensus sequence.</em></li>
  78         <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
  79         </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same
  80             height, making it easier to compare symbol diversity in
  81             highly variable regions.</em></li>
  82         <li><strong>Group Conservation<br>
  83         </strong><em> When ticked, display a conservation row for all groups
  84             (only available for protein alignments).</em></li>
  85         <li><strong>Group Consensus<br>
  86         </strong><em> When ticked, display a consensus row for all groups.</em></li>
  87       </ul></li>
  88   </ul>
  89   <p>&nbsp;</p>
  90 </body>
  91 </html>