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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Annotation Panel Menus</title>
  21 </head>
  22 <body>
  23 <p><strong>Annotation Panel Menus</strong></p>
  24 <ul>
  25   <li> <strong>Annotation Label Popup Menu</strong><br>
  26     <em>This menu is opened by clicking anywhere on the annotation row labels
  27     area (below the sequence ID area).</em>
  28     <ul>
  29       <li><strong> Add New Row</strong><br>
  30         <em>Adds a new, named annotation row (a dialog box will pop up for you
  31         to enter the label for the new row). </em> </li>
  32       <li><strong>Hide Row</strong><br>
  33         <em>Hides the annotation row whose label was clicked in order to bring
  34         up the menu.</em> </li>
  35       <li><strong>Delete Row</strong><br>
  36         <em>Deletes the annotation row whose label was clicked in order to bring
  37         up the menu.</em> </li>
  38       <li><strong>Show All Hidden Rows</strong><br>
  39         <em>Shows all hidden annotation rows.</em> </li>
  40       <li><strong>Export Annotation</strong> <em>(Application only)</em><br>
  41        <em>Annotations can be saved to file or output to a text window in either the
  42         Jalview annotations format or as a spreadsheet style set of comma separated values (CSV). </em> </li>
  43       <li><strong>Show Values in Text Box</strong> <em>(applet only)</em><br>
  44         <em>Opens a text box with a list of comma-separated values corresponding
  45         to the annotation (numerical or otherwise) at each position in the row.
  46         This is useful to export alignment quality measurements for further analysis.</em>
  47       </li>
  48    </ul>
  49    <em>The following additional entries are available when the popup menu is opened on a consensus sequence annotation row:</em>
  50    <ul>
  51
  52       <li><strong>Ignore Gaps in Consensus</strong><br>
  53         If this checkbox is selected, all consensus calculations performed in
  54         the current Alignment window will be done without counting gaps as a consensus
  55         character.</li>
  56         <li><strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  57       Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  58       </li>
  59       <li>
  60       <strong>Show Consensus Logo<br></strong>
  61     Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  62       </li>
  63         <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
  64         </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same height,
  65             making it easier to compare symbol diversity in highly variable
  66             regions.</em></li>
  67
  68         <li>
  69       <li><strong>Copy Consensus Sequence</strong><br>
  70         Copies the consensus sequence to the clipboard in Fasta format, to allow
  71         the consensus sequence to be added to an alignment. Note the copied sequence
  72         is not accessible to other programs if Jalview is running as an applet
  73         in a web page.</li>
  74     </ul>
  75   </li>
  76   <li><strong>Annotation Popup Menu<br>
  77     </strong><em>This menu is opened when right-clicking on the selected positions
  78     of an annotation.</em>
  79     <ul>
  80       <li><strong>Helix</strong><br>
  81         <em>Mark selected positions with a helix glyph (a red oval), and optional
  82         text label (see below). Consecutive ovals will be rendered as an unbroken
  83         red line.</em> </li>
  84       <li><strong>Sheet</strong><br>
  85         <em>Mark selected positions with a sheet glyph (a green arrow oriented
  86         from left to right), and optional text label (see below). Consecutive
  87         arrows will be joined together to form a single green arrow.</em> </li>
  88       <li><strong>Label</strong><br>
  89         <em>Sets the text label at the selected positions. If more that one consecutive
  90         position is marked with the same label, only the first position's label
  91         will be rendered.</em> </li>
  92       <li><strong>Colour</strong><br>
  93         <em>Changes the colour of the annotation text label.</em> </li>
  94       <li><strong>Remove Annotation</strong><br>
  95         <em>Blanks any annotation at the selected positions on the row. Note:
  96         <strong>This cannot be undone</strong></em> </li>
  97     </ul>
  98   </li>
  99 </ul>
 100 </body>
 101 </html>