help/html/menus/alwcalculate.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
  20
  21 <body>
  22 <p><strong>Alignment Window Calculate Menu</strong></p>
  23 <ul>
  24   <li><strong>Sort </strong>
  25     <ul>
  26       <li><strong>by ID</strong><em><br>
  27         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is
  28         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
  29       <li><strong>by Length</strong><em><br>
  30         This will sort the sequences according to their length (excluding gap characters). If the sort is
  31         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
  32       <li><strong>by Group</strong><strong><br>
  33         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.
  34         If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted.
  35         </em><strong></strong></li>
  36       <li><strong>by Pairwise Identity<br>
  37         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
  38         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put at
  39         the top. </em></li>
  40       <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will have
  41         some additional options if the alignment has any associated
  42         score annotation, or you have just done a multiple alignment calculation
  43         or opened a tree viewer window.</em><br>
  44       </li>
  45     </ul>
  46   </li>
  47   <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
  48     <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently selected
  49     region. See <a
  50     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em>
  51     <ul>
  52       <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
  53       <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
  54       <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
  55       <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
  56         </strong></li>
  57     </ul>
  58   </li>
  59   <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
  60     <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  61     alignments</a>.</em><br>
  62   </li>
  63   <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
  64     <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62 scores
  65     in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component
  66     Analysis</a>.</em> <br>
  67   </li>
  68         <li><strong>Extract Scores ... (optional)</strong><br>
  69                 <em>This option is only visible if Jalview detects one or more white-space separated values in the description line of the alignment sequences.<br>
  70                 When selected, these numbers are parsed into sequence associated annotation which can
  71                 then be used to sort the alignment via the Sort by&#8594;Score menu.</em> <br>
  72         </li>
  73
  74   <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
  75     <em>For large alignments it can be useful to deselect &quot;Autocalculate
  76     Consensus&quot; when editing. This prevents the sometimes lengthy calculations
  77     performed after each sequence edit.</em> <br>
  78   </li>
  79 </ul>
  80   </body>
  81 </html>