help/html/menus/alwcalculate.html

   1 <html>
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
   3
   4 <body>
   5 <p><strong>Alignment Window Calculate Menu</strong></p>
   6 <ul>
   7   <li><strong>Sort </strong>
   8     <ul>
   9       <li><strong>by ID</strong><em><br>
  10         This will sort the sequences according to sequence name. If the sort is
  11         repeated, the order of the sorted sequences will be inverted. </em></li>
  12       <li><strong>by Group</strong><strong><br>
  13         </strong><em>This will sort the sequences according to sequence name.
  14         If the sort is repeated, the order of the sorted sequences will be inverted.
  15         </em><strong></strong></li>
  16       <li><strong>by Pairwise Identity<br>
  17         </strong><em>This will sort the selected sequences by their percentage
  18         identity to the consensus sequence. The most similar sequence is put at
  19         the top. </em></li>
  20       <li><em>The <a href="../calculations/sorting.html">Sort menu</a> will have
  21         some additional options if you have just done a multiple alignment calculation,
  22         or opened a tree viewer window.</em><br>
  23       </li>
  24     </ul>
  25   </li>
  26   <li><strong>Calculate Tree </strong> <br>
  27     <em>Functions for calculating trees on the alignment or the currently selected
  28     region. See <a
  29     href="../calculations/tree.html">calculating trees</a>.</em>
  30     <ul>
  31       <li><strong>Average Distance Using % Identity</strong></li>
  32       <li><strong>Neighbour Joining Using % Identity</strong></li>
  33       <li><strong>Average Distance Using Blosum62</strong></li>
  34       <li><strong>Neighbour Joining Using Blosum62<br>
  35         </strong></li>
  36     </ul>
  37   </li>
  38   <li><strong>Pairwise Alignments</strong><br>
  39     <em>Applies Smith and Waterman algorithm to selected sequences. See <a href="../calculations/pairwise.html">pairwise
  40     alignments</a>.</em><br>
  41   </li>
  42   <li><strong>Principal Component Analysis</strong><br>
  43     <em>Shows a spatial clustering of the sequences based on the BLOSUM62 scores
  44     in the alignment. See <a href="../calculations/pca.html">Principal Component
  45     Analysis</a>.</em> <br>
  46   </li>
  47   <li><strong>Autocalculate Consensus</strong><br>
  48     <em>For large alignments it can be useful to deselect &quot;Autocalculate
  49     Consensus&quot; when editing. This prevents the sometimes lengthy calculations
  50     performed after each sequence edit.</em> <br>
  51   </li>
  52 </ul>
  53   </body>
  54 </html>