help/html/menus/alwcolour.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>Colour</strong></li>\r
   8 </ul>\r
   9 <blockquote>\r
  10   <ul>\r
  11     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>\r
  12       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour\r
  13       will be applied to all currently defined groups.<br>\r
  14       </em></li>\r
  15     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage Identity, Zappo, Taylor,\r
  16       Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity, Turn Propensity, Buried\r
  17       Index, Nucleotide, User Defined<br>\r
  18       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for\r
  19       a description of all colour schemes.</em><br>\r
  20     </li>\r
  21     <li><strong>By Conservation<br>\r
  22       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring\r
  23       by Conservation</a>.</em><br>\r
  24     </li>\r
  25     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>\r
  26       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.\r
  27       Useful if the window has been closed, or if the 'by\r
  28       conservation' option appears to be doing nothing!</em><br></li>\r
  29     <li><strong>Above Identity Threshold<br>\r
  30       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage\r
  31       Identity</a></em><strong>.<br>\r
  32       </strong></li>\r
  33     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>\r
  34       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.\r
  35       Useful if the window has been closed. </em></li>\r
  36   </ul>\r
  37 </blockquote>\r
  38 </body>\r
  39 </html>\r