help/html/menus/alwcolour.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
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  18 -->
  19 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
  20
  21 <body>
  22 <p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>
  23   <ul>
  24     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
  25       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour
  26       will be applied to all currently defined groups.<br>
  27       </em></li>
  28       <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
  29   Text ...</a></strong><em><br>
  30       Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for light and dark background, and the intensity threshold for transition between them.
  31       </em></li>
  32     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage
  33       Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity,
  34       Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User Defined<br>
  35       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for
  36       a description of all colour schemes.</em><br>
  37     </li>
  38     <li><strong>By Conservation<br>
  39       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
  40       by Conservation</a>.</em><br>
  41     </li>
  42     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
  43       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
  44       Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option
  45       appears to be doing nothing!</em><br>
  46     </li>
  47     <li><strong>Above Identity Threshold<br>
  48       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage
  49       Identity</a></em><strong>.<br>
  50       </strong></li>
  51     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
  52       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.
  53       Useful if the window has been closed.<br>
  54       </em></li>
  55     <li><strong>By Annotation</strong><br>
  56       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation.
  57       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>
  58     </li>
  59     <li><strong>By RNA Helices</strong><br>
  60                 <em>Colours the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file. See
  61                 <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA Helices
  62                 Colouring</a>.</em><br>
  63                 </li>
  64   </ul>
  65 </body>
  66 </html>