help/html/menus/alwcolour.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
  37
  38 <body>
  39 <p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>
  40   <ul>
  41     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
  42       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour
  43       will be applied to all currently defined groups.<br>
  44       </em></li>
  45       <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
  46   Text ...</a></strong><em><br>
  47       Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for light and dark background, and the intensity threshold for transition between them.
  48       </em></li>
  49     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage
  50       Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity,
  51       Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, User Defined<br>
  52       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for
  53       a description of all colour schemes.</em><br>
  54     </li>
  55     <li><strong>By Conservation<br>
  56       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
  57       by Conservation</a>.</em><br>
  58     </li>
  59     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
  60       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
  61       Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option
  62       appears to be doing nothing!</em><br>
  63     </li>
  64     <li><strong>Above Identity Threshold<br>
  65       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage
  66       Identity</a></em><strong>.<br>
  67       </strong></li>
  68     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
  69       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.
  70       Useful if the window has been closed.<br>
  71       </em></li>
  72     <li><strong>By Annotation</strong><br>
  73       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation.
  74       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>
  75     </li>
  76   </ul>
  77 </body>
  78 </html>