help/html/menus/alwcolour.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  19 -->
  20 <head><title>Alignment Window Menus</title></head>
  21
  22 <body>
  23 <p><strong>Alignment Window Colour Menu</strong></p>
  24   <ul>
  25     <li><strong>Apply Colour To All Groups<br>
  26       </strong><em>If this is selected, any changes made to the background colour
  27       will be applied to all currently defined groups.<br>
  28       </em></li>
  29       <li><strong><a href="../colourSchemes/textcolour.html">Colour
  30   Text ...</a></strong><em><br>
  31       Opens the Colour Text dialog box to set a different text colour for light and dark background, and the intensity threshold for transition between them.
  32       </em></li>
  33     <li>Colour Scheme options: <strong>None, ClustalX, Blosum62 Score, Percentage
  34       Identity, Zappo, Taylor, Hydrophobicity, Helix Propensity, Strand Propensity,
  35       Turn Propensity, Buried Index, Nucleotide, Purine/Pyrimidine, User Defined<br>
  36       </strong> <em>See <a href="../colourSchemes/index.html">colours</a> for
  37       a description of all colour schemes.</em><br>
  38     </li>
  39     <li><strong>By Conservation<br>
  40       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/conservation.html">Colouring
  41       by Conservation</a>.</em><br>
  42     </li>
  43     <li><strong>Modify Conservation Threshold<br>
  44       </strong><em>Use this to display the conservation threshold slider window.
  45       Useful if the window has been closed, or if the 'by conservation' option
  46       appears to be doing nothing!</em><br>
  47     </li>
  48     <li><strong>Above Identity Threshold<br>
  49       </strong><em>See <a href="../colourSchemes/abovePID.html">Above Percentage
  50       Identity</a></em><strong>.<br>
  51       </strong></li>
  52     <li><strong>Modify Identity Threshold<br>
  53       </strong><em>Use this to set the threshold value for colouring above Identity.
  54       Useful if the window has been closed.<br>
  55       </em></li>
  56     <li><strong>By Annotation</strong><br>
  57       <em>Colours the alignment on a per-column value from a specified annotation.
  58       See <a href="../colourSchemes/annotationColouring.html">Annotation Colouring</a>.</em><br>
  59     </li>
  60     <li><strong>By RNA Helices</strong><br>
  61                 <em>Colours the helices of an RNA alignment loaded from a Stockholm file. See
  62                 <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">RNA Helices
  63                 Colouring</a>.</em><br>
  64                 </li>
  65   </ul>
  66 </body>
  67 </html>