help/html/menus/alwfile.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Alignment Window Menus</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>Alignment Window File Menu</strong></p>
  25 <ul>
  26         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  27         <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  28         Uniprot, EMBL, EMBLCDS, PDB, PFAM, or RFAM databases using Web Services provided by
  29         the European Bioinformatics Institute. See <a
  30                 href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  31         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  32         Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  33         paste window </em></li>
  34         <li><strong>Reload</strong><em><br>
  35         Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  36         <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  37         colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  38         undone.</strong></em></li>
  39         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  40         Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  41         the same format, updating the original in place. </em></li>
  42         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  43         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window will
  44         open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine
  45         which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em></li>
  46         <li><strong>Output to Textbox<br>
  47         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window,
  48         which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or
  49         your standard operating system copy and paste keys. The output window
  50         also has a <strong>&quot;New Window&quot;</strong> button to import the
  51         (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  52         Select the format of the text by selecting one of the following menu
  53         items.</em>
  54         <ul>
  55                 <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  56                 <li><strong>MSF</strong></li>
  57                 <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  58                 <li><strong>BLC</strong></li>
  59                 <li><strong>PIR</strong></li>
  60                 <li><strong>PFAM</strong></li>
  61         </ul>
  62         </li>
  63         <li><strong>Page Setup ...</strong><br>
  64         <em>Open the printing system's Page Setup dialog box, to
  65         control page size, layout and orientation.</em></li>
  66         <li><strong>Print (Control P)<br>
  67         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  68         colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  69         these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  70         the number of residues per line of your alignment will depend on the
  71         paper width or your alignment window width, whichever is the smaller. </em></li>
  72         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  73         Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  74         alignment background colours and group colours. If the alignment is <a
  75                 href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  76         wrapped and will have the same visible residue width as the open
  77         alignment. </em>
  78         <ul>
  79                 <li><strong>HTML<br>
  80                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  81                 alignment.</em></li>
  82                 <li><strong>EPS<br>
  83                 </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  84                 Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
  85                 <li><strong>PNG<br>
  86                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
  87                 Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
  88         </ul>
  89         </li>
  90         <li><strong>Export Features</strong><em><br>
  91         All features visible on the alignment can be saved to file or displayed
  92         in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
  93         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
  94         All annotations visible on the alignment can be saved to file or
  95         displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
  96         <li><strong>Load Associated Tree<br>
  97         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
  98         trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
  99         alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
 100         the same.</em></li>
 101         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 102         </strong><em>Load files describing precalculated <a
 103                 href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
 104                 href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
 105         <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
 106         <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
 107         alignment before you close - either as a Jalview project or by using
 108         the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
 109 </ul>
 110 </body>
 111 </html>