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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Alignment Window File Menu</strong>
  29   </p>
  30   <ul>
  31     <li><strong>Fetch Sequence</strong><br> <em>Shows a
  32         dialog window in which you can select known ids from UniProt,
  33         EMBL, EMBLCDS, PDB, PFAM, or RFAM databases using Web Services
  34         provided by the European Bioinformatics Institute. See <a
  35         href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a>
  36     </em>.</li>
  37     <li><strong>Add Sequences</strong><em><br> Add
  38         sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  39         paste window </em></li>
  40     <li><strong>Reload</strong><em><br> Reloads the
  41         alignment from the original file, if available.<br> <strong>Warning:
  42           This will delete any edits, analyses and colourings applied
  43           since the alignment was last saved, and cannot be undone.</strong></em></li>
  44     <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br> Saves
  45         the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  46         the same format, updating the original in place. </em></li>
  47     <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  48     </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window
  49         will open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to
  50         determine which <a href="../io/index.html">alignment format</a>
  51         to save as.
  52     </em></li>
  53     <li><strong>Output to Textbox<br>
  54     </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new
  55         window, which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull
  56         down menu, or your standard operating system copy and paste
  57         keys. The output window also has a <strong>&quot;New
  58           Window&quot;</strong> button to import the (possibly edited) text as a
  59         new alignment.<br> Select the format of the text by
  60         selecting one of the following menu items.
  61     </em>
  62       <ul>
  63         <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  64         <li><strong>MSF</strong></li>
  65         <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  66         <li><strong>BLC</strong></li>
  67         <li><strong>PIR</strong></li>
  68         <li><strong>PFAM</strong></li>
  69         <li><strong>PileUp</strong></li>
  70         <li><strong>AMSA</strong></li>
  71         <li><strong>STH</strong></li>
  72         <li><strong>PHYLIP</strong></li>
  73         <li><strong>JSON</strong></li>
  74       </ul></li>
  75     <li><strong>Page Setup ...</strong><br> <em>Open the
  76         printing system's Page Setup dialog box, to control page size,
  77         layout and orientation.</em></li>
  78     <li><strong>Print (Control P)<br>
  79     </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts
  80         and colours of your alignment. If the alignment has annotations
  81         visible, these will be printed below the alignment. If the
  82         alignment is wrapped the number of residues per line of your
  83         alignment will depend on the paper width or your alignment
  84         window width, whichever is the smaller. </em></li>
  85     <li><strong>Export Image</strong> <em><br> Creates an
  86         alignment graphic with the current view's annotation, alignment
  87         background colours and group colours. If the alignment is <a
  88         href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will
  89         also be wrapped and will have the same visible residue width as
  90         the open alignment. </em>
  91       <ul>
  92         <li><strong>HTML<br>
  93         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from
  94             your alignment.
  95         </em></li>
  96         <li><strong>EPS<br>
  97         </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
  98               Postscript</a> file from your alignment.
  99         </em></li>
 100         <li><strong>PNG<br>
 101         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable
 102               Network Graphics</a> file from your alignment.
 103         </em></li>
 104         <li><strong>SVG<br>
 105         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Scalable
 106               Vector Graphics</a> file from your alignment for embedding in
 107             web pages.
 108         </em></li>
 109         <li><strong>BioJS<br>
 110         </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">BioJS MSA
 111               Viewer HTML </a> file from your alignment.
 112         </em></li>
 113       </ul></li>
 114     <li><strong>Export Features</strong><em><br> All
 115         features visible on the alignment can be saved to file or
 116         displayed in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
 117     <li><strong>Export Annotations</strong><em><br> All
 118         annotations visible on the alignment can be saved to file or
 119         displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
 120     <li><strong>Load Associated Tree<br>
 121     </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
 122           trees</a> stored in the Newick file format, and associate them
 123         with the alignment. Note: the ids of the tree file and your
 124         alignment MUST be the same.
 125     </em></li>
 126     <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 127     </strong><em>Load files describing precalculated <a
 128         href="../features/featuresFormat.html">sequence
 129           features</a> or <a href="../features/annotationsFormat.html">alignment
 130           annotations</a>.
 131     </em></li>
 132     <li><strong>Load VCF File<br>
 133     </strong><em>Load VCF annotations from a plain text or tab-indexed file.
 134     <br>This option is offered for nucleotide alignments, and requires at least one
 135     sequence to have known genomic coordinates.
 136     <br>Genomic coordinates are attached to entries retrieved from Ensembl.
 137     <br>Support for VCF was added in Jalview 2.11.
 138     </em></li>
 139     <li><strong>Close (Control W)</strong><br> <em>Close
 140         the alignment window. Make sure you have saved your alignment
 141         before you close - either as a Jalview project or by using the <strong>Save
 142           As</strong> menu.
 143     </em></li>
 144   </ul>
 145 </body>
 146 </html>