help/html/menus/alwfile.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head>
  37 <title>Alignment Window Menus</title>
  38 </head>
  39
  40 <body>
  41 <p><strong>Alignment Window File Menu</strong></p>
  42 <ul>
  43         <li><strong>Fetch Sequence</strong><br>
  44         <em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  45         Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  46         the European Bioinformatics Institute. See <a
  47                 href="../features/seqfetch.html">Sequence Fetcher</a></em>.</li>
  48         <li><strong>Add Sequences</strong><em><br>
  49         Add sequences to the visible alignment from file, URL, or cut &amp;
  50         paste window </em></li>
  51         <li><strong>Reload</strong><em><br>
  52         Reloads the alignment from the original file, if available.<br>
  53         <strong>Warning: This will delete any edits, analyses and
  54         colourings applied since the alignment was last saved, and cannot be
  55         undone.</strong></em></li>
  56         <li><strong>Save (Control S)</strong><em><br>
  57         Saves the alignment to the file it was loaded from (if available), in
  58         the same format, updating the original in place. </em></li>
  59         <li><strong>Save As (Control Shift S)<br>
  60         </strong><em>Save the alignment to local file. A file selection window will
  61         open, use the &quot;Files of type:&quot; selection box to determine
  62         which <a href="../io/index.html">alignment format</a> to save as.</em></li>
  63         <li><strong>Output to Textbox<br>
  64         </strong><em>The alignment will be displayed in plain text in a new window,
  65         which you can &quot;Copy and Paste&quot; using the pull down menu, or
  66         your standard operating system copy and paste keys. The output window
  67         also has a <strong>&quot;New Window&quot;</strong> button to import the
  68         (possibly edited) text as a new alignment.<br>
  69         Select the format of the text by selecting one of the following menu
  70         items.</em>
  71         <ul>
  72                 <li><strong>FASTA</strong> <em></em></li>
  73                 <li><strong>MSF</strong></li>
  74                 <li><strong>CLUSTAL</strong></li>
  75                 <li><strong>BLC</strong></li>
  76                 <li><strong>PIR</strong></li>
  77                 <li><strong>PFAM</strong></li>
  78         </ul>
  79         </li>
  80         <li><strong>Page Setup ...</strong><br>
  81         <em>Open the printing system's Page Setup dialog box, to
  82         control page size, layout and orientation.</em></li>
  83         <li><strong>Print (Control P)<br>
  84         </strong><em>Jalview will print the alignment using the current fonts and
  85         colours of your alignment. If the alignment has annotations visible,
  86         these will be printed below the alignment. If the alignment is wrapped
  87         the number of residues per line of your alignment will depend on the
  88         paper width or your alignment window width, whichever is the smaller. </em></li>
  89         <li><strong>Export Image</strong> <em><br>
  90         Creates an alignment graphic with the current view's annotation,
  91         alignment background colours and group colours. If the alignment is <a
  92                 href="../features/wrap.html">wrapped</a>, the output will also be
  93         wrapped and will have the same visible residue width as the open
  94         alignment. </em>
  95         <ul>
  96                 <li><strong>HTML<br>
  97                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">web page</a> from your
  98                 alignment.</em></li>
  99                 <li><strong>EPS<br>
 100                 </strong><em>Create an <a href="../io/export.html">Encapsulated
 101                 Postscript</a> file from your alignment.</em></li>
 102                 <li><strong>PNG<br>
 103                 </strong><em>Create a <a href="../io/export.html">Portable Network
 104                 Graphics</a> file from your alignment.</em></li>
 105         </ul>
 106         </li>
 107         <li><strong>Export Features</strong><em><br>
 108         All features visible on the alignment can be saved to file or displayed
 109         in a textbox in either Jalview or GFF format</em></li>
 110         <li><strong>Export Annotations</strong><em><br>
 111         All annotations visible on the alignment can be saved to file or
 112         displayed in a textbox in Jalview annotations format. </em></li>
 113         <li><strong>Load Associated Tree<br>
 114         </strong><em>Jalview can <a href="../calculations/treeviewer.html">view
 115         trees</a> stored in the Newick file format, and associate them with the
 116         alignment. Note: the ids of the tree file and your alignment MUST be
 117         the same.</em></li>
 118         <li><strong>Load Features / Annotations<br>
 119         </strong><em>Load files describing precalculated <a
 120                 href="../features/featuresFormat.html">sequence features</a> or <a
 121                 href="../features/annotationsFormat.html">alignment annotations</a>.</em></li>
 122         <li><strong>Close (Control W)</strong><br>
 123         <em>Close the alignment window. Make sure you have saved your
 124         alignment before you close - either as a Jalview project or by using
 125         the <strong>Save As</strong> menu.</em></li>
 126 </ul>
 127 </body>
 128 </html>