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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <p>
  24   <strong>Alignment Window Format Menu</strong>
  25 </p>
  26 <ul>
  27   <li><strong>Font...</strong><br> <em>Opens the
  28       &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to change the font of
  29       the display and enable or disable 'smooth fonts' (anti-aliasing)
  30       for faster alignment rendering. </em></em></li>
  31   <li><strong>Wrap<br>
  32   </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
  33       href="../features/wrap.html"
  34     >wrapped</a>&quot; to the width of the alignment window. This is
  35       useful if your alignment has only a few sequences to view its full
  36       width at once.<br> Additional options for display of sequence
  37       numbering and scales are also visible in wrapped layout mode:
  38   </em>
  39     <ul>
  40       <li><strong>Scale Left</strong><br> <em>Show the
  41           sequence position for the first aligned residue in each row in
  42           the left column of the alignment.</em></li>
  43       <li><strong>Scale Right</strong><br> <em>Show the
  44           sequence position for the last aligned residue in each row in
  45           the right-most column of the alignment.</em></li>
  46       <li><strong>Scale Above</strong><br> <em>Show the
  47           alignment column position scale.</em></li>
  48     </ul>
  49   <li><strong>Show Sequence Limits<br>
  50   </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
  51       and end position of the sequence appended to the name, in the
  52       format NAME/START-END</em></li>
  53   <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
  54   </strong> <em>If this box is selected then the sequence names displayed in
  55       the sequence label area will be aligned against the left-hand edge
  56       of the alignment display, rather than the left-hand edge of the
  57       alignment window.</em></li>
  58   <li><strong>Show Hidden Markers<br>
  59   </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where
  60       rows and columns are hidden will be marked by blue arrows.</em></li>
  61   <li><strong>Boxes</strong><em><br> If this is selected
  62       the background of a residue will be coloured using the selected
  63       background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour
  64       Text.&quot; </em></li>
  65   <li><strong>Text<br>
  66   </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
  67       standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
  68   <li><strong>Colour Text<br>
  69   </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according
  70       to the background colour associated with that residue. The colour
  71       is slightly darker than background so the amino acid symbol
  72       remains visible. </em></li>
  73   <li><strong>Show Gaps<br>
  74   </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as
  75       &quot;.&quot; or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters
  76       will appear as blank spaces. <br> You may set the default gap
  77       character in <a href="../features/preferences.html">preferences</a>.
  78   </em></li>
  79   <li><strong>Centre Column Labels<br>
  80   </strong><em>When this is selected, the text labels within each annotation
  81       row will be centred on the column that they are associated with. </em></li>
  82   <li><strong>Show Unconserved<br>
  83   </strong><em>When this is selected, all consensus sequence symbols will be
  84       rendered as a '.', highlighting mutations in highly conserved
  85       alignments. </em></li>
  86
  87 </ul>
  88 </body>
  89 </html>