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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <p><strong>Alignment Window Format Menu</strong></p>
  21 <ul>
  22   <li><strong>Font...</strong><br>
  23     <em>Opens the &quot;Choose Font&quot; dialog box, in order to change the font
  24     of the display and enable or disable 'smooth fonts' (anti-aliasing) for faster
  25     alignment rendering. </em></em></li>
  26   <li><strong>Wrap<br>
  27     </strong><em>When ticked, the alignment display is &quot;<a
  28                 href="../features/wrap.html">wrapped</a>&quot; to the width of the alignment
  29     window. This is useful if your alignment has only a few sequences to view
  30     its full width at once.<br>
  31     Additional options for display of sequence numbering and scales are also visible
  32     in wrapped layout mode:</em>
  33     <ul>
  34       <li><strong>Scale Left</strong><br>
  35         <em>Show the sequence position for the first aligned residue in each row
  36         in the left column of the alignment.</em></li>
  37       <li><strong>Scale Right</strong><br>
  38         <em>Show the sequence position for the last aligned residue in each row
  39         in the right-most column of the alignment.</em></li>
  40       <li><strong>Scale Above</strong><br>
  41         <em>Show the alignment column position scale.</em></li>
  42     </ul>
  43   <li><strong>Show Sequence Limits<br>
  44     </strong><em>If this box is selected the sequence name will have the start
  45     and end position of the sequence appended to the name, in the format NAME/START-END</em></li>
  46   <li><strong>Right Align Sequence ID<br>
  47     </strong> <em>If this box is selected then the sequence names displayed in
  48     the sequence label area will be aligned against the left-hand edge of the
  49     alignment display, rather than the left-hand edge of the alignment window.</em></li>
  50   <li><strong>Show Hidden Markers<br>
  51     </strong><em>When this box is selected, positions in the alignment where rows
  52     and columns are hidden will be marked by blue arrows.</em></li>
  53   <li><strong>Boxes</strong><em><br>
  54     If this is selected the background of a residue will be coloured using the
  55     selected background colour. Useful if used in conjunction with &quot;Colour
  56     Text.&quot; </em></li>
  57   <li><strong>Text<br>
  58     </strong><em>If this is selected the residues will be displayed using the
  59     standard 1 character amino acid alphabet.</em></li>
  60   <li><strong>Colour Text<br>
  61     </strong><em>If this is selected the residues will be coloured according to
  62     the background colour associated with that residue. The colour is slightly
  63     darker than background so the amino acid symbol remains visible. </em></li>
  64   <li><strong>Show Gaps<br>
  65     </strong><em>When this is selected, gap characters will be displayed as &quot;.&quot;
  66     or &quot;-&quot;. If unselected, then gap characters will appear as blank
  67     spaces. <br>
  68     You may set the default gap character in <a
  69                 href="../features/preferences.html">preferences</a>.</em></li>
  70         <li><strong>Centre Column Labels<br>
  71     </strong><em>When this is selected, the text labels within each annotation row will be centred on the column that they are associated with.
  72     </em></li>
  73     <li><strong>Show Unconserved<br>
  74     </strong><em>When this is selected, all consensus sequence symbols will be rendered as a '.', highlighting mutations in highly conserved alignments.
  75     </em></li>
  76
  77 </ul>
  78 </body>
  79 </html>