help/html/menus/alwhmmer.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 </head>
  24 <body>
  25 <p>
  26   <strong>HMMER Menu</strong>
  27 </p>
  28 <p>This menu is available if hmmbuild tools have been installed and configured in the
  29 <a href="../features/preferences.html#hmmer">HMMER Preferences</a> panel.
  30   <br><br>
  31
  32   <strong>hmmbuild</strong>
  33   <br><br>Run hmmbuild to create a Hidden Markov Model profile of your sequence alignment or sub-groups.
  34   <br><br>The consensus sequence for the computed profile is inserted as the first sequence of
  35   the alignment (or group) for which hmmbuild is run.
  36   <br>Jalview also computes and displays an annotation below the alignment, showing
  37   the information content of each column.
  38   <br>This is calculated as the sum over residue symbols of
  39   <pre>
  40     match emission probability * log(match emission probability / background frequency) / log(2)
  41   </pre>
  42   where the background frequencies are taken from (tbc: where? not https://www.ebi.ac.uk/uniprot/TrEMBLstats)
  43   <ul>
  44   <li>Edit settings and run...
  45   <br><br>Choose whether to run hmmbuild for the whole alignment, or all or selected groups, or both
  46   (default is the alignment).
  47   <br>Optionally enter a name to give the HMM profile consensus sequence
  48   (default is "Alignment" or group name, with "_HMM" appended).
  49   <br>Use Reference Annotation: select this option if your alignment has an RF reference annotation,
  50   and you wish to constrain the HMM profile to it (hmmbuild option '--hand').
  51   <br><br></li>
  52   <li>hmmbuild with default settings
  53   <br><br>Runs hmmbuild for the whole alignment.</li>
  54   </ul>
  55
  56   <strong>hmmalign</strong> and <strong>hmmsearch</strong> require an HMM consensus sequence to be selected first.
  57   <br><em>To do this, right-click on the name of an HMM sequence added by hmmbuild, and 'Select HMM'.
  58   The alignment will be with respect to the HMM profile for the consensus sequence.</em>
  59   <br><br>
  60   <strong>hmmalign</strong>
  61   <br><br>Run hmmalign to align selected sequences (or the whole alignment) to a selected HMM profile.
  62   <ul>
  63   <li>Edit settings and run...
  64   <br><br>Choose whether to 'trim non-matching termini' - hmmalign option '--trim'.
  65   <br><br></li>
  66   <li>hmmalign with default settings</li>
  67   </ul>
  68   <strong>hmmsearch</strong>
  69   <br><br>Run hmmsearch to use an HMM profile as input to search a sequence database.
  70   <ul>
  71   <li>Edit settings and run...
  72   <ul>
  73   <li>tbc: choose database</li>
  74   <li>tbc: automatically align</li>
  75   <li>tbc: return accessions</li>
  76   <li>tbc: number of results</li>
  77   <li>tbc: sequence eValue cutoff</li>
  78   <li>tbc: domains eValue cutoff</li>
  79   </ul>
  80   </li>
  81   <br><li>hmmsearch with default settings</li>
  82   <br><li>Add database
  83   <br>Browse to select a local sequence data file to be searched</li>
  84   </ul>
  85 <br>
  86 </body>
  87 </html>