help/html/menus/alwselect.html

   1 #-------------------------------------------------------------------------------
   2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
   3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 #
   5 # This file is part of Jalview.
   6 #
   7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8 # modify it under the terms of the GNU General Public License
   9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10 #
  11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15 #
  16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17 #-------------------------------------------------------------------------------
  18 <html>
  19 <!--
  20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
  21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
  22  *
  23  * This file is part of Jalview.
  24  *
  25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
  26  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  28  *
  29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  33  *
  34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  35 -->
  36 <head><body>
  37 <p><strong>Alignment Window Select Menu</strong></p>
  38 <ul>
  39
  40   <li><a href="../features/search.html"><strong>Find... (Control F)</strong></a><br>
  41     <em>Opens the Find dialog box to search for residues, sequence name or residue
  42     position within the alignment and create new sequence features from the queries.
  43     </em>
  44   <li><strong>Select All (Control A)</strong><strong><br>
  45     </strong><em>Selects all the sequences and residues in the alignment. <br>
  46     Use &lt;CTRL&gt; and A (&lt;APPLE&gt; and A on a MacOSX) to select all.</em></em></li>
  47         <li><strong>Deselect All (Escape)<br>
  48         </strong><em>Removes the current selection box (red dashed box) from the
  49         alignment window. All selected sequences, residues and marked columns
  50         will be deselected. </em><em> <br>
  51         Use &lt;ESCAPE&gt; to deselect all.</em></li>
  52         <li><strong>Invert Sequence Selection (Control I)<br>
  53         </strong><em>Any sequence ids currently not selected will replace the
  54         current selection. </em></li>
  55         <li><strong>Invert Column Selection (Control Alt I)<br>
  56         </strong><em>Any columns currently not selected will replace the current
  57         column selection. </em></li>
  58         <li><strong>Undefine Groups (Control U)<br>
  59         </strong><em>The alignment will be reset with no defined groups.<br>
  60         <strong>WARNING</strong>: This cannot be undone.</em></li>
  61         <li><strong>Make Groups<br/></strong>
  62         <em>The currently selected groups of the alignment will be subdivided according to the contents of the currently selected region. <br/>Use this to subdivide an alignment based on the different combinations of residues observed at specific positions. (new in jalview 2.5)</em></li>
  63 </ul>
  64 </body>
  65 </html>