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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Alignment Window Menus</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
  25 <ul>
  26   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  27     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  28   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  29     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  30     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  31   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  32     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  33     on the current alignment window. </em></li>
  34   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns</strong> )</strong><em><br>
  35     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  36   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  37     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
  38   <li><strong>Show Annotations<br>
  39     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  40     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  41     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  42     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
  43     <ul><li>
  44         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  45         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
  46         </li>
  47         <li>
  48         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  49         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  50         </li>
  51         <li>
  52         <strong>Show Consensus Profile<br></strong>
  53                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  54         </li>
  55         <li>
  56         <strong>Group Conservation<br></strong>
  57         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
  58         </li>
  59         <li>
  60         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  61         When ticked, display a consensus row for all groups.
  62         </li>
  63         </ul>
  64     </li>
  65   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  66     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  67     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  68     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  69   </li>
  70   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  71     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  72   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  73     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  74     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  75     from DAS annotation servers.</em></li>
  76     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  77     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  78     non-positional sequence features or database cross references
  79     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  80   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  81     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  82     current alignment view and any named properties defined on the
  83     whole alignment.</em></li>
  84   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  85     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  86     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
  87     Move the visible region using the mouse. </em></li>
  88 </ul>
  89 <p>&nbsp;</p>
  90 </body>
  91 </html>