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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Alignment Window Menus</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
  25 <ul>
  26   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  27     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  28   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  29     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  30     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  31   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  32     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  33     on the current alignment window. </em></li>
  34   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns</strong> )</strong><em><br>
  35     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  36   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  37     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
  38   <li><strong>Show Annotations<br>
  39     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  40     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  41     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  42     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
  43     <ul><li>
  44         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  45         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
  46         </li>
  47         <li>
  48         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  49         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  50         </li>
  51         <li>
  52         <strong>Show Consensus Logo<br></strong>
  53                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  54         </li>
  55                                 <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
  56                                 </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same height,
  57                                                 making it easier to compare symbol diversity in highly variable
  58                                                 regions.</em></li>
  59
  60                                 <li>
  61         <strong>Group Conservation<br></strong>
  62         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
  63         </li>
  64         <li>
  65         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  66         When ticked, display a consensus row for all groups.
  67         </li>
  68         </ul>
  69     </li>
  70   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  71     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  72     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  73     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  74   </li>
  75   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  76     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  77   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  78     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  79     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  80     from DAS annotation servers.</em></li>
  81     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  82     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  83     non-positional sequence features or database cross references
  84     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  85   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  86     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  87     current alignment view and any named properties defined on the
  88     whole alignment.</em></li>
  89   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  90     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  91     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
  92     Move the visible region using the mouse. </em></li>
  93 </ul>
  94 <p>&nbsp;</p>
  95 </body>
  96 </html>