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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
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  19 -->
  20 <head>
  21 <title>Alignment Window Menus</title>
  22 </head>
  23
  24 <body>
  25 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
  26 <ul>
  27   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  28     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  29   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  30     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  31     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  32   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  33     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  34     on the current alignment window. </em></li>
  35   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns</strong> )</strong><em><br>
  36     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  37   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  38     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
  39   <li><strong>Show Annotations<br>
  40     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  41     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  42     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  43     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
  44     <ul><li>
  45         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  46         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
  47         </li>
  48         <li>
  49         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  50         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  51         </li>
  52         <li>
  53         <strong>Show Consensus Logo<br></strong>
  54                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  55         </li>
  56                                 <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
  57                                 </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same height,
  58                                                 making it easier to compare symbol diversity in highly variable
  59                                                 regions.</em></li>
  60
  61                                 <li>
  62         <strong>Group Conservation<br></strong>
  63         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
  64         </li>
  65         <li>
  66         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  67         When ticked, display a consensus row for all groups.
  68         </li>
  69         </ul>
  70     </li>
  71   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  72     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  73     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  74     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  75   </li>
  76   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  77     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  78   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  79     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  80     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  81     from DAS annotation servers.</em></li>
  82     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  83     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  84     non-positional sequence features or database cross references
  85     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  86   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  87     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  88     current alignment view and any named properties defined on the
  89     whole alignment.</em></li>
  90   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  91     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  92     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
  93     Move the visible region using the mouse. </em></li>
  94 </ul>
  95 <p>&nbsp;</p>
  96 </body>
  97 </html>