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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  17  *
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
  28 <ul>
  29   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  30     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  31   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  32     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  33     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  34   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  35     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  36     on the current alignment window. </em></li>
  37   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns</strong> )</strong><em><br>
  38     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  39   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  40     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
  41   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  42     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  43     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  44     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  45   </li>
  46   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  47     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  48   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Sequence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  49     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  50     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  51     from DAS annotation servers.</em></li>
  52     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  53     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  54     non-positional sequence features or database cross references
  55     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  56   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  57     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  58     current alignment view and any named properties defined on the
  59     whole alignment.</em></li>
  60   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  61     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  62     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
  63     Move the visible region using the mouse. </em></li>
  64 </ul>
  65 <p>&nbsp;</p>
  66 </body>
  67 </html>