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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
  28 <ul>
  29   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  30     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  31   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  32     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  33     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  34   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  35     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  36     on the current alignment window. </em></li>
  37   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns</strong> )</strong><em><br>
  38     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  39   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  40     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
  41   <li><strong>Show Annotations<br>
  42     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  43     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  44     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  45   <li><strong>Show All Annotations</strong><em><br>
  46     Show all available annotations on the alignment. You can selectively hide these from the <a href="./popupMenu.html">Popup</a>
  47     &nbsp;or <a href="../features/annotation.html">Annotation</a>&nbsp;menus. (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  48   <li><strong>Hide All Annotations</strong><em><br>
  49     Hide all annotations on the alignment. (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  50     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
  51     <ul><li>
  52         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  53         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
  54         </li>
  55         <li>
  56         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  57         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  58         </li>
  59         <li>
  60         <strong>Show Consensus Logo<br></strong>
  61                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  62         </li>
  63                                 <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
  64                                 </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same height,
  65                                                 making it easier to compare symbol diversity in highly variable
  66                                                 regions.</em></li>
  67
  68                                 <li>
  69         <strong>Group Conservation<br></strong>
  70         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
  71         </li>
  72         <li>
  73         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  74         When ticked, display a consensus row for all groups.
  75         </li>
  76         </ul>
  77     </li>
  78   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  79     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  80     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  81     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  82   </li>
  83   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  84     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  85   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Sequence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  86     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  87     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  88     from DAS annotation servers.</em></li>
  89     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  90     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  91     non-positional sequence features or database cross references
  92     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  93   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  94     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  95     current alignment view and any named properties defined on the
  96     whole alignment.</em></li>
  97   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  98     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  99     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
 100     Move the visible region using the mouse. </em></li>
 101 </ul>
 102 <p>&nbsp;</p>
 103 </body>
 104 </html>