help/html/menus/alwview.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Alignment Window Menus</title>
   4 </head>
   5
   6 <body>
   7 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
   8 <ul>
   9         <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  10         Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  11         <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  12         Display each view associated with the alignment in its own alignment
  13         window, allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  14         <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  15         Each view associated with the alignment will be displayed within its
  16         own tab on the current alignment window. </em></li>
  17         <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
  18         All hidden Columns / Sequences will be revealed. </em></li>
  19         <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
  20         Hides the all the currently selected Columns / Sequences</em></li>
  21         <li><strong>Show Annotations<br>
  22         </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  23         displayed below the alignment. The default setting is to display the
  24         conservation calculation, quality calculation and consensus values as
  25         bar charts. </em></li>
  26         <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  27         <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  28         <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  29         <em>Opens the Sequence
  30         Feature Settings dialog box to control the colour and display of
  31         sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  32         from DAS annotation servers.</em></li>
  33         <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview
  34         Window</a><br>
  35         </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  36         window. A red box will indicate the currently visible area of the
  37         alignment. Move the visible region using the mouse. </em></li>
  38         <strong> </strong>
  39 </ul>
  40 <p>&nbsp;</p>
  41 </body>
  42 </html>