help/html/menus/alwview.html

   1 <html>
   2 <head>
   3 <title>Alignment Window Menus</title>
   4 </head>
   5
   6 <body>
   7 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
   8 <ul>
   9   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  10     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  11   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  12     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  13     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  14   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  15     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  16     on the current alignment window. </em></li>
  17   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
  18     All hidden Columns / Sequences will be revealed. </em></li>
  19   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences)</strong><em><br>
  20     Hides the currently selected Columns / Sequences</em></li>
  21   <li><strong>Show Annotations<br>
  22     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  23     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  24     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  25     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
  26     <ul><li>
  27         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  28         When ticked, any settings will be applied to all autocalculated annotation.
  29         </li>
  30         <li>
  31         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  32         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  33         </li>
  34         <li>
  35         <strong>Show Consensus Profile<br></strong>
  36                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  37         </li>
  38         <li>
  39         <strong>Group Conservation<br></strong>
  40         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
  41         </li>
  42         <li>
  43         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  44         When ticked, display a consensus row for all groups.
  45         </li>
  46         </ul>
  47     </li>
  48   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  49     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  50     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  51     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  52   </li>
  53   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  54     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  55   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  56     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  57     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  58     from DAS annotation servers.</em></li>
  59     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  60     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  61     non-positional sequence features or database cross references
  62     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  63   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  64     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  65     current alignment view and any named properties defined on the
  66     whole alignment.</em></li>
  67   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  68     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  69     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
  70     Move the visible region using the mouse. </em></li>
  71 </ul>
  72 <p>&nbsp;</p>
  73 </body>
  74 </html>