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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Alignment Window Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27 <p><strong>Alignment Window View Menu</strong></p>
  28 <ul>
  29   <li><strong>New View (Control T)</strong><em><br>
  30     Creates a new view from the current alignment view. </em></li>
  31   <li><strong>Expand Views (X)</strong><em><br>
  32     Display each view associated with the alignment in its own alignment window,
  33     allowing several views to be displayed simultaneously. </em></li>
  34   <li><strong>Gather Views (G)</strong><em><br>
  35     Each view associated with the alignment will be displayed within its own tab
  36     on the current alignment window. </em></li>
  37   <li><strong>Show&#8594;(all Columns / Sequences / Sequences and Columns</strong> )</strong><em><br>
  38     All hidden Columns / Sequences / Sequences and Columns will be revealed. </em></li>
  39   <li><strong>Hide&#8594;(all Columns / Sequences / Selected Region / All but Selected Region)</strong><em><br>
  40     Hides the currently selected Columns / Sequences / Region  or everything but the selected Region.</em></li>
  41   <li><strong>Show Annotations<br>
  42     </strong><em>If this is selected the &quot;Annotation Panel&quot; will be
  43     displayed below the alignment. The default setting is to display the conservation
  44     calculation, quality calculation and consensus values as bar charts. </em></li>
  45     <li><strong>Autocalculated Annotation<br></strong>Settings for the display of autocalculated annotation.
  46     <ul><li>
  47         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  48         When ticked, any modification to the current settings will be applied to all autocalculated annotation.
  49         </li>
  50         <li>
  51         <strong>Show Consensus Histogram<br></strong>
  52         Enable or disable the display of the histogram above the consensus sequence.
  53         </li>
  54         <li>
  55         <strong>Show Consensus Logo<br></strong>
  56                 Enable or disable the display of the sequence logo above the consensus sequence.
  57         </li>
  58                                 <li><strong>Normalise Consensus Logo<br>
  59                                 </strong><em>When enabled, scales all logo stacks to the same height,
  60                                                 making it easier to compare symbol diversity in highly variable
  61                                                 regions.</em></li>
  62
  63                                 <li>
  64         <strong>Group Conservation<br></strong>
  65         When ticked, display a conservation row for all groups (only available for protein alignments).
  66         </li>
  67         <li>
  68         <strong>Apply to all groups<br></strong>
  69         When ticked, display a consensus row for all groups.
  70         </li>
  71         </ul>
  72     </li>
  73   <li><strong>Automatic Scrolling<br>
  74     </strong><em>When selected, the view will automatically scroll to display the
  75     highlighted sequence position corresponding to the position under the mouse
  76     pointer in a linked alignment or structure view.</em>
  77   </li>
  78   <li><strong>Show Sequence Features</strong><br>
  79     <em>Show or hide sequence features on this alignment.</em></li>
  80   <li><strong><a href="../features/featuresettings.html">Seqence Feature Settings...</a></strong><em><br>
  81     Opens the Sequence Feature Settings dialog box to control the colour and display
  82     of sequence features on the alignment, and configure and retrieve features
  83     from DAS annotation servers.</em></li>
  84     <li><strong>Sequence ID Tooltip</strong><em> (application only)
  85     <br>This submenu's options allow the inclusion or exclusion of
  86     non-positional sequence features or database cross references
  87     from the tooltip shown when the mouse hovers over the sequence ID panel.</em></li>
  88   <li><strong>Alignment Properties...<br>
  89     </strong><em>Displays some simple statistics computed for the
  90     current alignment view and any named properties defined on the
  91     whole alignment.</em></li>
  92   <li><strong><a href="../features/overview.html">Overview Window</a><br>
  93     </strong><em>A scaled version of the alignment will be displayed in a small
  94     window. A red box will indicate the currently visible area of the alignment.
  95     Move the visible region using the mouse. </em></li>
  96 </ul>
  97 <p>&nbsp;</p>
  98 </body>
  99 </html>