help/html/menus/desktopMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Desktop Menus</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Desktop Menus</strong>
  29   </p>
  30   <ul>
  31     <li><em> <strong>File</strong></em>
  32       <ul>
  33         <li><strong>Input Alignment from</strong><em> (See
  34             more on <a href="../io/index.html">file formats</a>)
  35         </em>
  36           <ul>
  37             <li><strong>File (Control O)</strong><br> <em>open
  38                 file(s) on your local file system</em></li>
  39             <li><strong>URL</strong><br> <em>open a file
  40                 from a website. The URL MUST start with http://</em></li>
  41             <li><strong>Textbox</strong><br> <em>copy and
  42                 paste an alignment into a text window</em></li>
  43           </ul></li>
  44         <li><strong>Fetch Sequence<br>
  45         </strong><em>Shows a dialog window in which you can select known ids
  46             from Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web
  47             Services provided by the European Bioinformatics Institute.</em></li>
  48         <li><strong>Save Project</strong><br> <em>Saves
  49             all currently open alignment windows with their current view
  50             settings and any associated trees, as a <a
  51             href="../features/jalarchive.html"
  52           >Jalview Archive</a> (which has a .jar extension).
  53         </em></li>
  54         <li><strong>Load Project</strong><br> <em>Loads
  55             Jalview archives <strong>only</strong>.
  56         </em></li>
  57         <li><strong>Quit</strong><br> <em>Close Jalview.
  58             <br> <strong>Note - any annotation you have
  59               made on alignments will be lost unless you Save your work
  60               before quitting.</strong>
  61         </em><br></li>
  62       </ul></li>
  63     <li><strong>Tools</strong>
  64       <ul>
  65         <li><strong><a href="../features/preferences.html">Preferences<br>
  66           </a></strong><em>Change the default visual settings for opening new
  67             alignment windows.</em></li>
  68         <li><strong>Show Memory Usage<br></strong> <em>When
  69             ticked, the currently available memory will be displayed in
  70             the bottom right of the desktop background area.<br>
  71             See the <a href="../memory.html">help on Jalview memory
  72               settings</a> for more information.
  73         </em></li>
  74         <li><strong>Collect Garbage<br></strong> <em>Selecting
  75             this will initiate the Java Virtual Machine garbage
  76             collector, which might help free up some memory... perhaps.
  77         </em></li>
  78         <li><strong>Java Console<br /></strong> <em>Toggles
  79             the display of a the Jalview Java Console window. This
  80             setting will be remembered in your user preferences.</em></li>
  81         <li><strong>Jalview News<br /></strong> <em>Opens the
  82             <a href="../webServices/newsreader.html">Jalview News</a>
  83             dialog box.
  84         </em></li>
  85         <li><strong>Groovy Console...<em> (only
  86               available if groovy is on the classpath)</em><br></strong> <em>Open's
  87             the <a href="../groovy.html">Groovy Console</a> for
  88             interactive scripting.
  89         </em><strong><br></strong></li>
  90
  91       </ul></li>
  92     <li><strong>Vamsas</strong> <em>For more details, read the
  93         <a href="../vamsas/index.html">Jalview VAMSAS documentation</a>.<br />
  94         When no session is active, the menu provides options for
  95         initiating a new VAMSAS session:
  96     </em>
  97       <ul>
  98         <li><strong>Connect to<br /></strong> <em>Connect to
  99             one of the existing sessions available.</em></li>
 100         <li><strong>New VAMSAS session<br /></strong> <em>Initiates
 101             a new local VAMSAS session.</em></li>
 102         <li><strong>Load VAMSAS session...<br /></strong> <em>Opens
 103             a file browser allowing you to choose a VAMSAS document to
 104             import into a new local session.</em></li>
 105       </ul> <em>When Jalview is joined to a VAMSAS session, the menu
 106         contains the following:</em>
 107       <ul>
 108         <li><strong>Session Update<br /></strong> <em>Sends
 109             alignment data in the Jalview desktop to the VAMSAS session.</em></li>
 110         <li><strong>Save VAMSAS Session...<br /></strong> <em>Saves
 111             the current session to a VAMSAS document archive.</em></li>
 112         <li><strong>Stop VAMSAS Session<br /></strong> <em>Disconnects
 113             from the current session. You may be asked if you want to
 114             save the current session's data if no other VAMSAS clients
 115             are connected.</em></li>
 116       </ul></li>
 117     <li><strong>Help </strong>
 118       <ul>
 119         <li><strong>About<br>
 120         </strong><em>Displays the version and creation date of the
 121             application, as well as acknowledgements and a citation
 122             reference. </em></li>
 123         <li><strong>Documentation<br>
 124         </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of
 125             pages with a table of contents. </em><strong><br> </strong></li>
 126       </ul></li>
 127     <li><strong>Window</strong><br> <em>Each time a new
 128         window is added to the Jalview Desktop a corresponding menu item
 129         will be added to the &quot;Window&quot; menu that will bring the
 130         window to the top of the pile when it is selected.
 131         <ul>
 132           <li><strong>Close All</strong><br> Close all
 133             alignment and analysis windows.<br>
 134           <strong>Note: This will erase all alignments from
 135               memory, and cannot be undone!</strong></li>
 136           <li><strong>Raise Associated Windows</strong><br>
 137             Bring all windows associated with the current alignment to
 138             the top of the pile.</li>
 139           <li><strong>Minimise Associated Windows</strong><br>
 140             Hide all windows related to the current alignment behind
 141             icons on the Jalview Desktop.
 142         </ul>
 143     </em></li>
 144   </ul>
 145 </body>
 146 </html>