help/html/menus/desktopMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Desktop Menus</title>
  21 </head>
  22
  23 <body>
  24 <p><strong>Desktop Menus</strong></p>
  25 <ul>
  26         <li><em> <strong>File</strong></em>
  27         <ul>
  28                 <li><strong>Input Alignment from</strong><em> (See more on <a
  29                         href="../io/index.html">file formats</a>) </em>
  30                 <ul>
  31                         <li><strong>File (Control O)</strong><br>
  32                         <em>open file(s) on your local file system</em></li>
  33                         <li><strong>URL</strong><br>
  34                         <em>open a file from a website. The URL MUST start with http://</em></li>
  35                         <li><strong>Textbox</strong><br>
  36                         <em>copy and paste an alignment into a text window</em></li>
  37                 </ul>
  38                 </li>
  39                 <li><strong>Fetch Sequence<br>
  40                 </strong><em>Shows a dialog window in which you can select known ids from
  41                 Uniprot, EMBL, EMBLCDS or PDB database using Web Services provided by
  42                 the European Bioinformatics Institute.</em></li>
  43                 <li><strong>Save Project</strong><br>
  44                 <em>Saves all currently open alignment windows with their current
  45                 view settings and any associated trees, as a <a
  46                         href="../features/jalarchive.html">Jalview Archive</a> (which has a
  47                 .jar extension).</em></li>
  48                 <li><strong>Load Project</strong><br>
  49                 <em>Loads Jalview archives <strong>only</strong>.</em></li>
  50                 <li><strong>Quit</strong><br>
  51         <em>Close Jalview. <br>
  52         <strong>Note - any annotation you have made on alignments will be lost
  53         unless you Save your work before quitting.</strong></em><br>
  54       </li>
  55         </ul>
  56         </li>
  57         <li><strong>Tools</strong>
  58         <ul>
  59                 <li><strong><a href="../features/preferences.html">Preferences<br>
  60                 </a></strong><em>Change the default visual settings for opening new alignment
  61                 windows.</em></li>
  62                 <li><strong>Show Memory Usage<br></strong>
  63                 <em>When ticked, the currently available memory will be displayed in the
  64                 bottom right of the desktop background area.<br>
  65                 See the <a href="../memory.html">help on jalview memory settings</a> for more information.</em></li>
  66                 <li><strong>Collect Garbage<br></strong>
  67                 <em>Selecting this will initiate the Java Virtual Machine garbage collector, which might help free up some memory... perhaps.
  68                 </em></li>
  69                 <li><strong>Java Console<br/></strong>
  70                 <em>Toggles the display of a the Jalview Java Console window. This setting will be remembered in your user preferences.</em></li>
  71                 <li><strong>Jalview News<br/></strong>
  72                 <em>Opens the <a href="../webServices/newsreader.html">Jalview News</a> dialog box. </em></li>
  73                 <li><strong>Groovy Console...<em> (only available if groovy is on the classpath)</em><br></strong>
  74                 <em>Open's the <a href="../groovy.html">Groovy Console</a> for interactive scripting.</em><strong><br></strong></li>
  75
  76         </ul>
  77         </li>
  78         <li><strong>Vamsas</strong>
  79         <em>For more details, read the <a href="../vamsas/index.html">Jalview VAMSAS documentation</a>.<br/>
  80         When no session is active, the menu provides options for initiating a new VAMSAS session:</em>
  81         <ul>
  82         <li><strong>Connect to<br/></strong>
  83         <em>Connect to one of the existing sessions available.</em></li>
  84         <li><strong>New VAMSAS session<br/></strong>
  85         <em>Initiates a new local VAMSAS session.</em></li>
  86         <li><strong>Load VAMSAS session...<br/></strong>
  87         <em>Opens a file browser allowing you to choose a VAMSAS document to import into a new local session.</em></li>
  88         </ul>
  89         <em>When Jalview is joined to a VAMSAS session, the menu contains the following:</em>
  90         <ul>
  91         <li><strong>Session Update<br/></strong>
  92         <em>Sends alignment data in the Jalview desktop to the VAMSAS session.</em></li>
  93         <li><strong>Save VAMSAS Session...<br/></strong>
  94         <em>Saves the current session to a VAMSAS document archive.</em></li>
  95         <li><strong>Stop VAMSAS Session<br/></strong>
  96         <em>Disconnects from the current session. You may be asked if you want to save the current session's data if no other VAMSAS clients are connected.</em></li>
  97         </ul>
  98         </li>
  99         <li><strong>Help </strong>
 100         <ul>
 101                 <li><strong>About<br>
 102                 </strong><em>Displays the version and creation date of the application, as
 103                 well as acknowledgements and a citation reference. </em></li>
 104                 <li><strong>Documentation<br>
 105                 </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of pages
 106                 with a table of contents. </em><strong><br>
 107                 </strong></li>
 108         </ul>
 109         </li>
 110         <li><strong>Window</strong><br>
 111         <em>Each time a new window is added to the Jalview Desktop a
 112         corresponding menu item will be added to the &quot;Window&quot; menu
 113         that will bring the window to the top of the pile when it is selected.
 114         <ul>
 115                 <li><strong>Close All</strong><br>
 116                 Close all alignment and analysis windows.<br><strong>Note: This will erase all alignments from memory, and cannot be undone!</strong></li>
 117                 <li><strong>Raise Associated Windows</strong><br>
 118                 Bring all windows associated with the current alignment to the top of the pile.
 119                 </li>
 120                 <li><strong>Minimise Associated Windows</strong><br>
 121                 Hide all windows related to the current alignment behind icons on the Jalview Desktop.
 122                 </ul>
 123                 </em></li>
 124         </ul>
 125 </body>
 126 </html>