help/html/menus/desktopMenu.html

   1 <html>\r
   2 <head><title>Desktop Menu</title></head>\r
   3 \r
   4 <body>\r
   5 <p><strong>Desktop Menu</strong></p>\r
   6 <ul>\r
   7   <li><strong>File</strong><em> </em> \r
   8     <ul>\r
   9       <li><strong>Input Alignment from</strong><em> (See more on <a href="../io/index.html">file \r
  10         formats</a>) </em> \r
  11         <ul>\r
  12           <li><strong>File</strong><br>\r
  13             <em>open file(s) on your local file system</em></li>\r
  14           <li><strong>URL</strong><br>\r
  15             <em>open a file from a website. The URL MUST start with http://</em></li>\r
  16           <li><strong>Textbox</strong><br>\r
  17             <em>copy and paste an alignment into a text window</em></li>\r
  18         </ul>\r
  19       </li>\r
  20       <li><strong>Save Project</strong><br>\r
  21         <em>Saves all currently open alignment windows with their current visible \r
  22         settings as a Jalview File, with the .jar extension. Each alignment will \r
  23         also save the currently active tree associated with the window, if one \r
  24         exists. </em></li>\r
  25       <li><strong>Load Project</strong><br>\r
  26         <em>Loads Jalview file formatted alignments only. </em></li>\r
  27       <li><strong>Quit</strong><br>\r
  28         <em>Close Jalview. Warning - any annotations you have made on alignments \r
  29         will be lost unless you Save your work before quitting.</em><br>\r
  30       </li>\r
  31     </ul>\r
  32   </li>\r
  33   <li><strong>Tools </strong> \r
  34     <ul>\r
  35       <li><strong><a href="../features/preferences.html">Preferences<br>\r
  36         </a></strong><em>Change the default visual settings for opening new alignment \r
  37         windows.</em><strong><br>\r
  38         </strong></li>\r
  39     </ul>\r
  40   </li>\r
  41   <li><strong>Help </strong> \r
  42     <ul>\r
  43       <li><strong>About<br>\r
  44         </strong><em>Displays the version and creation date of the application, \r
  45         as well as acknowledgements and a citation reference. </em></li>\r
  46       <li><strong>Documentation<br>\r
  47         </strong><em>Displays help files as a browseable, searchable set of pages \r
  48         with a table of contents. </em><strong><br>\r
  49         </strong></li>\r
  50     </ul>\r
  51   </li>\r
  52   <li><strong>Window<br>\r
  53     </strong><em>Each time a new window is added to the Jalview Desktop a new \r
  54     menu item will be added to the &quot;Window&quot; menu. If you are working \r
  55     with several alignments, trees or other types of windows use the &quot;Window&quot; \r
  56     menu to bring your window of choice to the top of the pile if it has been \r
  57     hidden by other windows. </em></li>\r
  58 </ul>\r
  59 </body>\r
  60 </html>\r