help/html/menus/popupMenu.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Popup Menu</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Popup Menu</strong><br> <em>This menu is visible
  29       when right clicking either within a selected region on the
  30       alignment or on a selected sequence name. It may not be accessible
  31       when in 'Cursor Mode' (toggled with the F2 key).</em>
  32   </p>
  33   <ul>
  34     <li><strong>Selection</strong>
  35       <ul>
  36         <li><a name="sqreport"><strong>Sequence
  37               Details...<br>
  38           </strong></a><em>(Since Jalview 2.8)<br>Open an <a
  39             href="../io/exportseqreport.html"
  40           >HTML report containing the annotation and database cross
  41               references</a>&nbsp;normally shown in the sequence's tooltip.
  42         </em></li>
  43         <li><strong>Show Annotations...<br>
  44         </strong><em>Choose to show (unhide) either All or a selected type
  45             of annotation for the selected sequences. (Since Jalview
  46             2.8.2)</em></li>
  47         <li><strong>Hide Annotations...<br>
  48         </strong><em>Choose to hide either All or a selected type of
  49             annotation for the selected sequences. (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  50         <li><a name="addrefannot"><strong>Add
  51               Reference Annotations<br>
  52           </strong><em>Add to the alignment window any annotations on the
  53               selected sequences which have been read from reference
  54               sources or calculated (for example, secondary structure
  55               derived from 3D structure). (Since Jalview 2.8.2)</em></li>
  56         <li><strong>Edit </strong>
  57           <ul>
  58             <li><strong>Copy</strong><br> <em>Copies the
  59                 selected region. In the applet version, the copied
  60                 sequences are not available to the system clipboard.</em></li>
  61             <li><strong>Cut<br>
  62             </strong><em>Cuts the selected region from the alignment. In the
  63                 applet version, the copied sequences are not available
  64                 to the system clipboard.</em></li>
  65             <li><strong>Edit Sequence</strong><br> <em>Edit
  66                 the selected sequence(s) directly. Spaces will be
  67                 converted to the current gap character.</em></li>
  68             <li><strong>To Upper Case</strong><em><strong><br>
  69               </strong><em>Changes the case of selected region to lower
  70                   case.</em> </em></li>
  71             <li><strong>To Lower Case<br>
  72             </strong><em>Changes the case of selected region to upper case.</em><strong>
  73             </strong></li>
  74             <li><strong>Toggle Case</strong><br> <em>Switches
  75                 the case of all residues within the selected region.</em></li>
  76           </ul></li>
  77         <li><strong>Output to Textbox<br>
  78         </strong><em>The selection area will be output to a a text window in
  79             the selected alignment format. </em></li>
  80         <li><strong><a
  81             href="../features/creatinFeatures.html"
  82           >Create Sequence Feature...</a></strong><br> <em>Opens the
  83             dialog box for creating sequence features over the currently
  84             selected region on each selected sequence.</em></li>
  85         <li><strong>Create Group<br>
  86         </strong><em>This will define a new group from the current
  87             selection.</em><strong> </strong></li>
  88         <li><strong>Remove Group<br>
  89         </strong><em>This will undefine the selected group. </em><strong>
  90         </strong></li>
  91         <li><strong>Edit (New) Group</strong><br> <em>Group
  92             Editing Menu</em> <br />Options in this menu modify the name and
  93           display properties of the currently selected group, or a new
  94           group defined using the current selection.
  95           <ul>
  96             <li><strong>Name: &lt;Group&gt;</strong> or <strong>Edit
  97                 name and description</strong><br> <em>The first entry
  98                 in the menu displays the name for the currently selected
  99                 group, if it has one. Selecting this option opens a
 100                 window allowing the name and description for this group
 101                 to be edited. Click OK to set the new name and
 102                 decription, and cancel to leave the existing name and
 103                 description unchanged.</em></li>
 104             <li><strong>Group Colour<br>
 105             </strong><em>Sets the <a href="../colourSchemes/index.html">colour</a>
 106                 of the group.
 107             </em><strong> </strong></li>
 108             <li><strong>Boxes<br>
 109             </strong><em>If selected the background of a residue within the
 110                 selected group will be coloured according to the
 111                 assigned colour scheme.</em><strong> </strong></li>
 112             <li><strong>Text<br>
 113             </strong><em>If selected the selected group will display text. </em></li>
 114             <li><strong>Colour Text<br>
 115             </strong><em>If selected the selected group will display text in
 116                 a colour slightly darker than the background colour of
 117                 that residue.</em></li>
 118             <li><strong>Border Colour <br>
 119             </strong><em>Selecting this will display a &quot;Colour
 120                 Chooser&quot; window. Select a colour than press OK to
 121                 set the border colour of a group.</em></li>
 122             <li><strong>Show Unconserved<br>
 123             </strong><em>When this is selected, all symbols in the group
 124                 matching the consensus sequence at that column will be
 125                 rendered as a '.', highlighting mutations in the group
 126                 area. </em></li>
 127           </ul></li>
 128
 129       </ul></li>
 130     <li><strong>Sequence Id<br>
 131     </strong><em>This menu is only visible if you right-click on a sequence
 132         name. </em>
 133       <ul>
 134         <li><a name="sqreport"><strong>Sequence
 135               Details ...<br>
 136           </strong></a><em>(Since Jalview 2.8)<br>Open an <a
 137             href="../io/exportseqreport.html"
 138           >HTML report containing the annotation and database cross
 139               references</a> normally shown in the sequence's tooltip.
 140         </em></li>
 141         <li><strong>Edit Name/Description<br>
 142         </strong><em>You may edit the name and description of each sequence.
 143             A window will be displayed asking for a new sequence name
 144             and sequence description to be entered. Press OK to accept
 145             your edit. To save sequence descriptions, you must save in
 146             Fasta, PIR or Jalview File format.</em></li>
 147         <li><a href="sqaddrefannot"><strong>Add
 148               Reference Annotations<br>
 149           </strong><em>When enabled, copies any available alignment
 150               annotation for this sequence to the current view.</em></li>
 151         <li><strong>Set as Reference</strong> or <strong>Unmark
 152             as Reference</strong><br /> Sets or unsets the reference sequence for
 153           the the alignment.</li>
 154
 155         <li><strong>Represent Group With (Sequence Id)</strong><br>
 156           <em>All sequences in the current selection group will be
 157             hidden, apart from (Sequence Id). Any edits performed on the
 158             visible representative sequence will be propagated to the
 159             hidden sequences. </em></li>
 160         <li><a name="sqid.popup"><strong>Link</strong><br>
 161             <em>This menu item lists all links which have been set
 162               up in the <a href="../features/preferences.html">Preferences</a>
 163               Connections tab.<br> Since Jalview 2.4, links will
 164               also be made for database cross references (where the
 165               database name exactly matches the link name set up in <a
 166               href="../features/preferences.html"
 167             >Preferences</a>). <br>Since Jalview 2.5, links are also
 168               shown for non-positional sequence features attached to the
 169               sequence, and any regular-expression based URL links that
 170               matched the description line.
 171           </em><strong><br> </strong></li>
 172       </ul></li>
 173     <li><strong>3D Structure Data...</strong> </strong><em>This menu is
 174         visible when you right-click on a sequence name. When this
 175         option is clicked, Jalview will open a <a
 176         href="../features/structurechooser.html"
 177       >'Structure Chooser' </a> dialogue with options to select the
 178         structure which will eventually be opened in a 3D interactive
 179         view.<br> These entries will only be present if the
 180         sequence has <a href="../features/viewingpdbs.html">associated
 181           PDB structures</a>.
 182     </em></li>
 183     <li><strong>VARNA 2D Structure</strong><br />
 184     <em> If the sequence or alignment has RNA structure, then <strong>VARNA
 185           2D Structure</strong> entries will also be present enabling you to open
 186         a linked view of the RNA structure in <a
 187         href="../features/varna.html"
 188       >VARNA</a>.
 189     </em></li>
 190     <li><a name="hideinserts"><strong>Hide Insertions</strong></a><br />
 191       <em>Hides columns containing gaps in the current sequence or
 192         selected region, and reveals columns not including gaps.</em>
 193     <li><strong>Hide Sequences</strong><br> <em>Hides the
 194         currently selected sequences in this alignment view.</em><strong><br>
 195     </strong></li>
 196   </ul>
 197 </body>
 198 </html>