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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
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  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Web Service Menu</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu is
  29       dynamic, and may contain user-defined web service entries in
  30       addition to any of the following ones:</em>
  31   <ul>
  32     <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This
  33         submenu contains options for accessing any of the database
  34         services that Jalview is aware of (e.g. DAS sequence servers and
  35         the WSDBFetch service provided by the EBI) to verify sequence
  36         start/end positions and retrieve all database cross references
  37         and PDB ids associated with all or just the selected sequences
  38         in the alignment.
  39         <ul>
  40           <li>'Retrieve full Sequence' - when checked, Jalview will
  41             retrieve the full sequence for any accessions associated
  42             with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
  43               This could cause out of memory errors when working with
  44               genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
  45               in Jalview 2.8.1</strong>
  46           </li>
  47           <li>'Standard Databases' will check sequences against the
  48             EBI databases plus any active DAS sequence sources<</li>
  49         </ul> Other submenus allow you to pick a specific source to query -
  50         sources are listed alphabetically according to their nickname.
  51     </em></li>
  52   </ul>
  53   <p>Selecting items from the following submenus will start a remote
  54     service on compute facilities at the University of Dundee, or
  55     elsewhere. You need a continuous network connection in order to use
  56     these services through Jalview.</p>
  57   <ul>
  58     <li><strong>Alignment</strong><br />
  59     <em> Align the currently selected sequences or all sequences in
  60         the alignment, or re-align unaligned sequences to the aligned
  61         sequences. Entries in this menu provide access to the various
  62         alignment programs supported by <a
  63         href="../webServices/JABAWS.html"
  64       >JABAWS</a>. See the <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple
  65           Sequence Alignment webservice client</a> entry for more
  66         information.
  67     </em></li>
  68     <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
  69       <ul>
  70         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
  71           <em>Secondary structure prediction by network consensus.
  72             See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred3</a> client
  73             entry for more information. The behaviour of this
  74             calculation depends on the current selection:
  75             <ul>
  76               <li>If nothing is selected, and the displayed
  77                 sequences appear to be aligned, then a JNet prediction
  78                 will be run for the first sequence in the alignment,
  79                 using the current alignment. Otherwise the first
  80                 sequence will be submitted for prediction.</li>
  81               <li>If just one sequence (or a region on one
  82                 sequence) has been selected, it will be submitted to the
  83                 automatic JNet prediction server for homolog detection
  84                 and prediction.</li>
  85               <li>If a set of sequences are selected, and they
  86                 appear to be aligned, then the alignment will be used
  87                 for a Jnet prediction on the <strong>first</strong>
  88                 sequence in the set (that is, the one that appears first
  89                 in the alignment window).
  90               </li>
  91             </ul>
  92         </em>
  93       </ul></li>
  94     <li><strong>Analysis</strong><br />
  95       <ul>
  96         <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
  97             functional residue analysis on a protein family alignment
  98             with sub-families defined on it. See the <a
  99             href="../webServices/shmr.html"
 100           >Multi-Harmony service</a> entry for more information.
 101         </em></li>
 102       </ul></li>
 103   </ul>
 104 </body>
 105 </html>