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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Web Service Menu</title>
  24 </head>
  25
  26 <body>
  27   <p>
  28     <strong>Web Service Menu</strong><br /> <em>This menu is
  29       dynamic, and may contain user-defined web service entries in
  30       addition to any of the following ones:</em>
  31   <ul>
  32     <li><strong>Fetch DB References</strong><br> <em>This submenu
  33                                 contains options for accessing any of the database services that
  34                                 Jalview is aware of (e.g services provided by the EBI) to verify
  35                                 sequence start/end positions and retrieve all database cross
  36                                 references and PDB ids associated with all or just the selected
  37                                 sequences in the alignment.
  38                                 <ul>
  39           <li>'Retrieve full Sequence' - when checked, Jalview will
  40             retrieve the full sequence for any accessions associated
  41             with sequences in the alignment. <br> <strong>Note:
  42               This could cause out of memory errors when working with
  43               genomic sequence records !</strong><br> <strong>Added
  44               in Jalview 2.8.1</strong>
  45           </li>
  46           <li>'Standard Databases' will check sequences against the
  47             EBI databases</li>
  48         </ul> Other submenus allow you to pick a specific source to query -
  49         sources are listed alphabetically according to their nickname.
  50     </em></li>
  51   </ul>
  52   <p>Selecting items from the following submenus will start a remote
  53     service on compute facilities at the University of Dundee, or
  54     elsewhere. You need a continuous network connection in order to use
  55     these services through Jalview.</p>
  56   <ul>
  57     <li><strong>Alignment</strong><br /> <em> Align the
  58         currently selected sequences or all sequences in the alignment,
  59         or re-align unaligned sequences to the aligned sequences.
  60         Entries in this menu provide access to the various alignment
  61         programs supported by <a href="../webServices/JABAWS.html">JABAWS</a>.
  62         See the <a href="../webServices/msaclient.html">Multiple
  63           Sequence Alignment webservice client</a> entry for more
  64         information.
  65     </em></li>
  66     <li><strong>Secondary Structure Prediction</strong>
  67       <ul>
  68         <li><strong>JPred Secondary Structure Prediction</strong><br>
  69           <em>Secondary structure prediction by network consensus.
  70             See the <a href="../webServices/jnet.html">Jpred</a> client
  71             entry for more information. The behaviour of this
  72             calculation depends on the current selection:
  73             <ul>
  74               <li>If nothing is selected, and the displayed
  75                 sequences appear to be aligned, then a JPred prediction
  76                 will be run for the first sequence in the alignment,
  77                 using the current alignment. Otherwise the first
  78                 sequence will be submitted for prediction.</li>
  79               <li>If just one sequence (or a region on one
  80                 sequence) has been selected, it will be submitted to the
  81                 automatic JPred prediction server for homolog detection
  82                 and prediction.</li>
  83               <li>If a set of sequences are selected, and they
  84                 appear to be aligned, then the alignment will be used
  85                 for a JPred prediction on the <strong>first</strong>
  86                 sequence in the set (that is, the one that appears first
  87                 in the alignment window).
  88               </li>
  89             </ul>
  90         </em>
  91       </ul></li>
  92     <li><strong>Analysis</strong><br />
  93       <ul>
  94         <li><strong>Multi-Harmony</strong><br> <em>Performs
  95             functional residue analysis on a protein family alignment
  96             with sub-families defined on it. See the <a
  97             href="../webServices/shmr.html">Multi-Harmony
  98               service</a> entry for more information.
  99         </em></li>
 100       </ul></li>
 101   </ul>
 102 </body>
 103 </html>