help/html/misc/aaproperties.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Amino Acid Properties</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <div align="center">
  27     <h1>Amino Acid Properties</h1>
  28     <img src="properties.gif"> <br>
  29     <table width="295" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  30       <tr>
  31         <td width="291"><pre>
  32             <font size="4" face="Courier New, Courier, mono"><strong>ILVCAGMFYWHKREQDNSTPBZX-</strong>
  33 XXXXXXXXXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;XX Hydrophobic
  34 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXXXXXXX&middot;XXXXX Polar
  35 &middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXX&middot;&middot;XX Small
  36 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;XX Proline
  37 &middot;&middot;&middot;&middot;XX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;XX Tiny
  38 XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aliphatic
  39 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aromatic
  40 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Positive
  41 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Negative
  42 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Charged</font>
  43           </pre></td>
  44       </tr>
  45     </table>
  46   </div>
  47   <p>
  48     <br> From Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>
  49     "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical
  50     Analysis of Residue Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9,
  51     745-756.
  52   </p>
  53   <br>
  54   </div>
  55 </body>
  56 </html>