63768afa92230d671b42231e62efd84e03de17d5
[jalview.git] / help / html / misc / aaproperties.html
1 #-------------------------------------------------------------------------------
2 # Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5.1)
3 # Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
4
5 # This file is part of Jalview.
6
7 # Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8 # modify it under the terms of the GNU General Public License 
9 # as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10
11 # Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12 # WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13 # of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14 # PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15
16 # You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17 #-------------------------------------------------------------------------------
18 <html>
19 <!--
20  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
21  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
22  * 
23  * This file is part of Jalview.
24  * 
25  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
26  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
27  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
28  * 
29  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
30  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
31  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
32  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
33  * 
34  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
35 -->
36 <head><title>Amino Acid Properties</title>
37 </head>
38 <body><div align="center">
39 <h1>Amino Acid Properties</h1>
40   <img src="properties.gif">
41   <br>
42   <table width="295" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
43     <tr>
44       <td width="291"><pre><font size="4" face="Courier New, Courier, mono"><strong>ILVCAGMFYWHKREQDNSTPBZX-</strong>
45 XXXXXXXXXXX&middot;ยท&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;XX Hydrophobic
46 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXXXXXXX&middot;XXXXX Polar
47 &middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXX&middot;&middot;XX Small
48 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;XX Proline
49 &middot;&middot;&middot;&middot;XX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;XX Tiny
50 XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aliphatic
51 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aromatic
52 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Positive
53 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Negative
54 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Charged</font></pre></td>
55     </tr>
56   </table>
57   </div>
58 <p><br>
59    From Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>
60   "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue
61   Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9, 745-756. </p>
62   <br>
63 </div>
64 </body>
65 </html>