help/html/misc/aaproperties.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head><title>Amino Acid Properties</title>
  20 </head>
  21 <body><div align="center">
  22 <h1>Amino Acid Properties</h1>
  23   <img src="properties.gif">
  24   <br>
  25   <table width="295" border="1" cellspacing="0" cellpadding="0">
  26     <tr>
  27       <td width="291"><pre><font size="4" face="Courier New, Courier, mono"><strong>ILVCAGMFYWHKREQDNSTPBZX-</strong>
  28 XXXXXXXXXXX&middot;·&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;XX Hydrophobic
  29 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXXXXXXX&middot;XXXXX Polar
  30 &middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXXX&middot;&middot;XX Small
  31 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;XX Proline
  32 &middot;&middot;&middot;&middot;XX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;XX Tiny
  33 XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aliphatic
  34 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Aromatic
  35 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXX&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Positive
  36 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;X&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Negative
  37 &middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XXXX&middot;X&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;&middot;XX Charged</font></pre></td>
  38     </tr>
  39   </table>
  40   </div>
  41 <p><br>
  42    From Livingstone, C. D. and Barton, G. J. (1993), <br>
  43   "Protein Sequence Alignments: A Strategy for the Hierarchical Analysis of Residue
  44   Conservation", Comp. Appl. Bio. Sci., 9, 745-756. </p>
  45   <br>
  46 </div>
  47 </body>
  48 </html>