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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   4  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
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  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Nucleic Acid Support</title>
  21 <style type="text/css">
  22 <!--
  23 td {
  24         font-family: "Courier New", Courier, mono;
  25         font-style: normal;
  26         font-size: medium;
  27 }
  28 -->
  29 </style>
  30 </head>
  31 <body>
  32 <p><strong>Nucleic Acid Support</strong></p>
  33 <p><em>Colour Schemes</em></p>
  34 <p>Jalview has color schemes for nucleic acid based sequences, ability to
  35 fetch sequences from RFAM and RNA secondary structure coloring</p>
  36 <p>Information on the <a href="../colourSchemes/nucleotide.html">Nucleotide
  37 colour scheme</a> and <a href="../colourSchemes/purinepyrimidine.html">
  38 Purine/Pyrimidine colour scheme</a> are available
  39 under the Colour Menu.  See <a href="../colourSchemes/index.html">Colour
  40 Schemes</a>.</p>
  41 <p><em>RNA Support</em></p>
  42 <p>Sequences can be <a href="../features/seqfetch.html">fetched</a> from the
  43 RFAM database by accession number or ID.</p>
  44 <p>If an RNA alignment is loaded from a Stockholm file with secondary
  45 structure information in WUSS notation, the alignment can be coloured by
  46 the helices in the secondary structure. Helices are determined by the base-pairing
  47 in the secondary structure line. See <a href="../colourSchemes/rnahelicesColouring.html">
  48 RNA Helices Colouring</a>. Below is an example of this type of coloring</p>
  49 <p>Annotation panel shows the presence of RNA helices and WUSS notation from
  50 input file specifying secondary structure.<p>
  51 <div align="center">
  52   <img src="../colourschemes/rnahelicescoloring.png" width="600" height="140"> </div>
  53
  54
  55 </div>
  56 <p align="center">&nbsp;</p>
  57 </body>
  58 </html>