help/html/na/index.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  18 -->
  19 <head>
  20 <title>Nucleic Acid Support</title>
  21 <style type="text/css">
  22 <!--
  23 td {
  24         font-family: "Courier New", Courier, mono;
  25         font-style: normal;
  26         font-size: medium;
  27 }
  28 -->
  29 </style>
  30 </head>
  31 <body>
  32         <p>
  33                 <strong>Nucleic Acid Support</strong>
  34         </p>
  35         <p>
  36                 <em>Colour Schemes</em>
  37         </p>
  38         <p>Jalview has color schemes for nucleic acid based sequences,
  39                 ability to fetch sequences from RFAM and RNA secondary structure
  40                 coloring</p>
  41         <p>
  42                 Information on the <a href="../colourSchemes/nucleotide.html">Nucleotide
  43                         colour scheme</a> and <a href="../colourSchemes/purinepyrimidine.html">
  44                         Purine/Pyrimidine colour scheme</a> are available under the Colour Menu.
  45                 See <a href="../colourSchemes/index.html">Colour Schemes</a>.
  46         </p>
  47         <p>
  48                 <em>RNA Support</em>
  49         </p>
  50         Jalview supports annotation of RNA sequences with secondary structure
  51         information. You can interactively
  52         <a href="../features/annotation.html#rna">create and edit RNA
  53                 secondary structure annotation rows</a>, or import data in the following
  54         way:
  55         <ul>
  56                 <li><em>RFAM</em> - Sequences can be <a
  57                         href="../features/seqfetch.html">fetched</a> from the RFAM database
  58                         by accession number or ID.</li>
  59                 <li><em>Stockholm files</em> - WUSS (or VIENNA) dot-bracket
  60                         notation found in the secondary structure annotation line will be
  61                         imported as sequence or alignment associated secondary structure
  62                         annotation.</li>
  63                 <li><em>Clustal files</em> - certain RNA alignment programs, such
  64                         as <a href="http://rna.informatik.uni-freiburg.de:8080/LocARNA.jsp">LocaRNA</a>
  65                         output consensus RNA secondary structure lines in the line normally
  66                         reserved for the Clustal consensus line in a clustal file.</li>
  67                 <!-- <li><em>RNAML</em> - (coming soon) - Jalview can import RNAML files containing sequences and extended secondary structure annotation derived from RNA 3D structure</li> -->
  68         </ul>
  69         <p>
  70                 <strong>RNA Secondary Structure Visualization and Analysis</strong><br />
  71                 If a sequence or RNA alignment has secondary structure information,
  72                 the alignment will have a secondary structure line shown below it, and
  73                 a number of additional options become available:
  74         <ul>
  75                 <li><a href="../colourschemes/rnaHelicesColouring.html">RNA
  76                                 Helix colouring</a> - highlights columns of alignment involved in
  77                         particular RNA helices.</li>
  78                 <li><a href="../calculations/structureconsensus.html">Base Pair
  79                                 Conservation Analysis</a> - shown as a histogram and base-pair logo
  80                         below the alignment.</li>
  81                 <li><a href="../features/varna.html">2D Structure
  82                                 Visualization in VARNA</a> - allows linked viewing of the consensus or
  83                         an individual sequence's structure</li>
  84         </ul>
  85         <p><strong>Limitations when working with RNA in Jalview</strong><br/>
  86         Currently, Jalview is not able to export RNA secondary structure annotation in any format other than Jalview annotation
  87         </br>
  88         <em>Jalview's RNA handling capabilities were introduced in v2.8</em>
  89         </p>
  90         <p align="center">&nbsp;</p>
  91 </body>
  92 </html>