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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Nucleic Acid Support</title>
  24 <style type="text/css">
  25 <!--
  26 td {
  27         font-family: "Courier New", Courier, mono;
  28         font-style: normal;
  29         font-size: medium;
  30 }
  31 -->
  32 </style>
  33 </head>
  34 <body>
  35         <p>
  36                 <strong>Nucleic Acid Support</strong>
  37         </p>
  38         <p>
  39                 <em>Colour Schemes</em>
  40         </p>
  41         <p>Jalview has color schemes for nucleic acid based sequences,
  42                 ability to fetch sequences from RFAM and RNA secondary structure
  43                 coloring</p>
  44         <p>
  45                 Information on the <a href="../colourSchemes/nucleotide.html">Nucleotide
  46                         colour scheme</a> and <a href="../colourSchemes/purinepyrimidine.html">
  47                         Purine/Pyrimidine colour scheme</a> are available under the Colour Menu.
  48                 See <a href="../colourSchemes/index.html">Colour Schemes</a>.
  49         </p>
  50         <p>
  51                 <em>RNA Support</em>
  52         </p>
  53         Jalview supports annotation of RNA sequences with secondary structure
  54         information. You can interactively
  55         <a href="../features/annotation.html#rna">create and edit RNA
  56                 secondary structure annotation rows</a>, or import data in the following
  57         way:
  58         <ul>
  59                 <li><em>RFAM</em> - Sequences can be <a
  60                         href="../features/seqfetch.html">fetched</a> from the RFAM database
  61                         by accession number or ID.</li>
  62                 <li><em>Stockholm files</em> - WUSS (or VIENNA) dot-bracket
  63                         notation found in the secondary structure annotation line will be
  64                         imported as sequence or alignment associated secondary structure
  65                         annotation.</li>
  66                 <li><em>Clustal files</em> - certain RNA alignment programs, such
  67                         as <a href="http://rna.informatik.uni-freiburg.de:8080/LocARNA.jsp">LocaRNA</a>
  68                         output consensus RNA secondary structure lines in the line normally
  69                         reserved for the Clustal consensus line in a clustal file.</li>
  70                 <!-- <li><em>RNAML</em> - (coming soon) - Jalview can import RNAML files containing sequences and extended secondary structure annotation derived from RNA 3D structure</li> -->
  71         </ul>
  72         <p>
  73                 <strong>RNA Secondary Structure Visualization and Analysis</strong><br />
  74                 If a sequence or RNA alignment has secondary structure information,
  75                 the alignment will have a secondary structure line shown below it, and
  76                 a number of additional options become available:
  77         <ul>
  78                 <li><a href="../colourschemes/rnaHelicesColouring.html">RNA
  79                                 Helix colouring</a> - highlights columns of alignment involved in
  80                         particular RNA helices.</li>
  81                 <li><a href="../calculations/structureconsensus.html">Base Pair
  82                                 Conservation Analysis</a> - shown as a histogram and base-pair logo
  83                         below the alignment.</li>
  84                 <li><a href="../features/varna.html">2D Structure
  85                                 Visualization in VARNA</a> - allows linked viewing of the consensus or
  86                         an individual sequence's structure</li>
  87         </ul>
  88         <p><strong>Limitations when working with RNA in Jalview</strong><br/>
  89         Currently, Jalview is not able to export RNA secondary structure annotation in any format other than Jalview annotation
  90         </br>
  91         <em>Jalview's RNA handling capabilities were introduced in v2.8</em>
  92         </p>
  93         <p align="center">&nbsp;</p>
  94 </body>
  95 </html>