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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>27/02/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence ID and annotation area margins can be click-dragged to adjust them.</li>
  81             <li>
  82             <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and Ensembl services
  83             </li>
  84             <li>
  85             <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments and lots of hidden columns
  86             </li>
  87           </ul>
  88           </div>
  89       </td>
  90       <td><div align="left">
  91           <ul>
  92             <li>
  93               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown overlapping alignment panel
  94             </li>
  95             <li>
  96               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
  97             </li>
  98             <li><!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.</li>
  99             <li><!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty columns in annotation row</li>
 100             <li><!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is honored in interactive and batch mode</li>
 101             </ul><em>Applet</em><ul>
 102             <li><!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet should copy the group consensus when popup is opened on it</li>
 103
 104           </ul>
 105       </div>
 106       </td>
 107     </tr>
 108     <tr>
 109       <td width="60" nowrap>
 110         <div align="center">
 111           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 112         </div>
 113       </td>
 114       <td><div align="left">
 115           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 116               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 117       <td><div align="left">
 118           <em>Desktop</em><ul>
 119           <ul>
 120             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 121             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 122             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 123             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 124             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 125             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 126             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 127           </ul>
 128           </div>
 129       </td>
 130     </tr>
 131     <tr>
 132       <td width="60" nowrap>
 133         <div align="center">
 134           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 135         </div>
 136       </td>
 137       <td><div align="left">
 138           <em></em>
 139           <ul>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 142               rendering of sequence features
 143             </li>
 144             <li>
 145               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 146               429 rate limit request hander
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 150               their colours have changed
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 154               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 158               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 159             </li>
 160             <li>
 161               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 162               view from Ensembl locus cross-references
 163             </li>
 164             <li>
 165               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 166               Alignment report
 167             </li>
 168             <li>
 169               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 170               feature can be disabled
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 174               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 178               Uniprot
 179             </li>
 180           </ul>
 181           <em>Scripting</em>
 182           <ul>
 183             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 184             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 185               percent identity scores for current alignment.</li>
 186           </ul>
 187           <em>Testing and Deployment</em>
 188           <ul>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 191             </li>
 192           </ul>
 193         </div></td>
 194       <td><div align="left">
 195           <em>General</em>
 196           <ul>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 199               threshold text field doesn't trigger an update to the
 200               alignment view
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 204               strings in parallel
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 208               alignment window is closed
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 212               group visibility
 213             </li>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 216               takes a long time in Cursor mode
 217             </li>
 218           </ul>
 219           <em>Desktop</em>
 220           <ul>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 223               cannot be viewed in Chimera
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 227               CDS/Protein view
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 231               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 232               Search Dialogs
 233             </li>
 234             <li>
 235               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 242               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 246               scrolling right in unwapped alignment view
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 250               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 251               database
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 255               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 256             </li>
 257             <li>
 258               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 259               features of same type and group to be selected for
 260               amending
 261             </li>
 262             <li>
 263               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 264               alignments when hidden columns are present
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 268               displaying several structures
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 272               moving a window
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 276               within the Jalview desktop on OSX
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 280               when in wrapped alignment mode
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 284               hand end of alignment
 285             </li>
 286             <li>
 287               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 288               each selected sequence do not have correct start/end
 289               positions
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 293               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 297               restoring project until a new view is created
 298             </li>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 301               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 302               configured (since 2.10.2b2)
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 306               position is adjusted
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 310               in a multi-chain structure when viewing alignment
 311               involving more than one chain (since 2.10)
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 315               if new selection moves alignment window
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 319               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 323               that produces correctly annotated transcripts and products
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 327               doesn't update associated structure view
 328             </li>
 329           </ul>
 330           <em>Applet</em><br />
 331           <ul>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 334               closing alignment panel
 335             </li>
 336           </ul>
 337           <em>BioJSON</em><br />
 338           <ul>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 341               non-positional features
 342             </li>
 343           </ul>
 344           <em>New Known Issues</em>
 345           <ul>
 346             <li>
 347               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 348               sequence features correctly (for many previous versions of
 349               Jalview)
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 353               using cursor in wrapped panel other than top
 354             </li>
 355             <li>
 356               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 357               graduated colour threshold
 358             </li>
 359             <li>
 360               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 361               always preserve numbering and sequence features
 362             </li>
 363           </ul>
 364           <em>Known Java 9 Issues</em>
 365           <ul>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 368               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 369               9.01, OSX 10.10)
 370             </li>
 371           </ul>
 372         </div></td>
 373     </tr>
 374     <tr>
 375       <td width="60" nowrap>
 376         <div align="center">
 377           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 378             <em>2/10/2017</em></strong>
 379         </div>
 380       </td>
 381       <td><div align="left">
 382           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 383           <ul>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 386             </li>
 387             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 388             </li>
 389           </ul>
 390         </div></td>
 391       <td><div align="left">
 392         </div></td>
 393     </tr>
 394     <tr>
 395       <td width="60" nowrap>
 396         <div align="center">
 397           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 398             <em>7/9/2017</em></strong>
 399         </div>
 400       </td>
 401       <td><div align="left">
 402           <em></em>
 403           <ul>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 406               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 407               white)
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 411               Preferences
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 415               in size and progress bar shown as higher resolution
 416               overview is recalculated
 417             </li>
 418
 419           </ul>
 420         </div></td>
 421       <td><div align="left">
 422           <em></em>
 423           <ul>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 426               column region row by row
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 430               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 431             </li>
 432             <li>
 433               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 434               format setting is unticked
 435             </li>
 436             <li>
 437               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 438               if group has show boxes format setting unticked
 439             </li>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 442               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 443               include sequences and columns not currently displayed
 444             </li>
 445             <li>
 446               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 447               assemblies are imported via CIF file
 448             </li>
 449             <li>
 450               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 451               displayed when threshold or conservation colouring is also
 452               enabled.
 453             </li>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 456               server version
 457             </li>
 458             <li>
 459               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 460               dragging a selected region off the visible region of the
 461               alignment
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 465               colourscheme to all groups in a view
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 469               initially after font size change using the Font chooser or
 470               middle-mouse zoom
 471             </li>
 472           </ul>
 473         </div></td>
 474     </tr>
 475     <tr>
 476       <td width="60" nowrap>
 477         <div align="center">
 478           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 479         </div>
 480       </td>
 481       <td><div align="left">
 482           <em>Calculations</em>
 483           <ul>
 484
 485             <li>
 486               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 487               ungapped positions in each column of the alignment.
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 491               a calculation dialog box
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 495               and memory efficiency (~30x faster)
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 499               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 500               and other calculations
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 504               files within the Jalview codebase
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 508               Similarity may have different topology due to increased
 509               precision
 510             </li>
 511           </ul>
 512           <em>Rendering</em>
 513           <ul>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 516               model for alignments and groups
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 520               scripts
 521             </li>
 522           </ul>
 523           <em>Overview</em>
 524           <ul>
 525             <li>
 526               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 527               with alignment and overview windows
 528             </li>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 531               overview
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 535               omitted in Overview
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 539               adjustment of visible position
 540             </li>
 541           </ul>
 542
 543           <em>Data import/export</em>
 544           <ul>
 545             <li>
 546               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 547               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 548             </li>
 549             <li>
 550               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 551               annotation input/output via stockholm flatfile
 552             </li>
 553             <li>
 554               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 555               extension when importing structure files without embedded
 556               names or PDB accessions
 557             </li>
 558             <li>
 559               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 560               format sequence substitution matrices
 561             </li>
 562           </ul>
 563           <em>User Interface</em>
 564           <ul>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 567               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 568               the application.
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 572               via Overview or sequence motif search operations
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 576               opened by double clicking gaps within sequence feature
 577               extent
 578             </li>
 579             <li>
 580               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 581               aligned positions were available to create a 3D structure
 582               superposition.
 583             </li>
 584           </ul>
 585           <em>3D Structure</em>
 586           <ul>
 587             <li>
 588               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 589               coloured in linked structure views
 590             </li>
 591             <li>
 592               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 593               file-based command exchange
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 597               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 598               structures are already available for sequences
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 602               the Jalview project rather than downloaded again when the
 603               project is reopened.
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 607               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 608               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 609                 Feature</strong>)
 610             </li>
 611           </ul>
 612           <em>Web Services</em>
 613           <ul>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 619               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 620               Analysis services
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 624               cross-references provided by identifiers.org and the
 625               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 626             </li>
 627           </ul>
 628
 629           <em>Scripting</em>
 630           <ul>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 633               identifying file formats (instead of String constants)
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 637               efficiency when counting all displayed features (not
 638               backwards compatible with 2.10.1)
 639             </li>
 640           </ul>
 641           <em>Example files</em>
 642           <ul>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 645               included in the example feature file
 646             </li>
 647           </ul>
 648           <em>Documentation</em>
 649           <ul>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 652               with the built-in Java help viewer
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 656               sequence description' option
 657             </li>
 658           </ul>
 659           <em>Test Suite</em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 663               Uniprot REST Free Text Search Client
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 670               during tests
 671             </li>
 672           </ul>
 673         </div></td>
 674       <td><div align="left">
 675           <em>Calculations</em>
 676           <ul>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 679               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 680               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 681             </li>
 682             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 683               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 684               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 685               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 686               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 687               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 688               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 689               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 690               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 691               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 692               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 693               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 694               // for 2.10.1 mode <br />
 695               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 696               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 697                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 698                 calculations (not recommended)</em></li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 701               scaling of branch lengths for trees computed using
 702               Sequence Feature Similarity.
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 706               generating output report when working with highly
 707               redundant alignments
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 711               right of selected region when gaps present on right-hand
 712               boundary
 713             </li>
 714           </ul>
 715           <em>User Interface</em>
 716           <ul>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 719               doesn't reselect a specific sequence's associated
 720               annotation after it was used for colouring a view
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 724               opened on a region of alignment without groups
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 728               of an alignment with overlapping groups
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 732               name and description match
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 736               hidden regions results in incorrect hidden regions
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 740               changing colour does not apply Conservation slider value
 741               to all groups
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 745               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 749               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 750             </li>
 751             <li>
 752               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 753               gaps before start of features
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 757               restored to UI when feature colour is edited
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 761               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 765               as graduate feature colour settings are modified via the
 766               dialog box
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 770               when a group defined on the alignment is resized
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 774               wrapped view result in positional status updates
 775             </li>
 776
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 779               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 783               alignment included gapped columns
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 787               widgets don't permanently disappear
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 791               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 792               T-Coffee column reliability scores)
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 796               sequence feature on gaps only
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 800               button from a Find inherit previously defined feature type
 801               rather than the Find query string
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 805               exporting tree calculated in Jalview
 806             </li>
 807             <li>
 808               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 809               and then revealing them reorders sequences on the
 810               alignment
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 814               doesn't update to reflect available set of groups after
 815               interactively adding or modifying features
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 819               Linux
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 823               only excluded gaps in current sequence and ignored
 824               selection.
 825             </li>
 826           </ul>
 827           <em>Rendering</em>
 828           <ul>
 829             <li>
 830               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 831               erratically when hidden rows or columns are present
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 835               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 836               sequence colouring
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 840               colour and group colour menu for protein alignments
 841             </li>
 842             <li>
 843               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 844               reflect currently selected view or group's shading
 845               thresholds
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 849               when rendered on overview and structures when opacity at
 850               100%
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 854               overview when features overlaid on alignment
 855             </li>
 856           </ul>
 857           <em>Data import/export</em>
 858           <ul>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 861               load
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 865               added after a sequence was imported are not written to
 866               Stockholm File
 867             </li>
 868             <li>
 869               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 870               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 874               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 875             </li>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 878               with lightGray or darkGray via features file (but can
 879               specify lightgray)
 880             </li>
 881             <li>
 882               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 883               when alignment view imported from project
 884             </li>
 885             <li>
 886               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 887               structure and sequences extracted from structure files
 888               imported via URL and viewed in Jmol
 889             </li>
 890             <li>
 891               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 892               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 893               the project is loaded and the structure viewed
 894             </li>
 895           </ul>
 896           <em>Web Services</em>
 897           <ul>
 898             <li>
 899               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 900               release of Ensembl v.88
 901             </li>
 902             <li>
 903               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 904               appear enabled in Preferences->Connections
 905             </li>
 906             <li>
 907               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 908               removed from console output
 909             </li>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 912               Ensembl by Peptide ID
 913             </li>
 914             <li>
 915               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 916               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 917               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 918               due to 'null' string rather than empty string used for
 919               residues with no corresponding PDB mapping).
 920             </li>
 921           </ul>
 922           <em>Application UI</em>
 923           <ul>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 926               menu
 927             </li>
 928             <li>
 929               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 930               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 931               new documentation and tooltips added)
 932             </li>
 933             <li>
 934               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 935               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 936             </li>
 937             <li>
 938               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 939               new features are added to alignment
 940             </li>
 941             <li>
 942               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 943               changes to feature colours via the Amend features dialog
 944             </li>
 945             <li>
 946               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 947               edit graduated feature colour via amend features dialog
 948               box
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 952               selection menu changes colours of alignment views
 953             </li>
 954             <li>
 955               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 956               from alignment calculation workers after alignment has
 957               been closed
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 961               groups now 'Create Group'
 962             </li>
 963             <li>
 964               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 965               Create/Undefine group doesn't always work
 966             </li>
 967             <li>
 968               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 969               shown again after pressing 'Cancel'
 970             </li>
 971             <li>
 972               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 973               adjusts start position in wrap mode
 974             </li>
 975             <li>
 976               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 977               ambiguous amino acids
 978             </li>
 979             <li>
 980               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 981               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 982               proteins
 983             </li>
 984             <li>
 985               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 986               Defined' don't appear in Colours menu
 987             </li>
 988           </ul>
 989           <em>Applet</em>
 990           <ul>
 991             <li>
 992               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 993               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 994             </li>
 995             <li>
 996               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 997               overview or linked structure view
 998             </li>
 999             <li>
1000               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1001               work (since 2.8)
1002             </li>
1003             <li>
1004               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1005               user-defined colourscheme doesn't restore original
1006               colourscheme
1007             </li>
1008           </ul>
1009           <em>Test Suite</em>
1010           <ul>
1011             <li>
1012               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1013               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1014             </li>
1015             <li>
1016               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1017               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1018               problems with deep array comparison equality asserts in
1019               successive versions of TestNG
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1023               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1024             </li>
1025           </ul>
1026           <em>New Known Issues</em>
1027           <ul>
1028             <li>
1029               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1030               phase after a sequence motif find operation
1031             </li>
1032             <li>
1033               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1034               containing just upper and lower case letters are
1035               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1036             </li>
1037             <li>
1038               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1039               reliably from eggnog Ortholog database
1040             </li>
1041             <li>
1042               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1043               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1044               to mark columns containing highlighted regions.
1045             </li>
1046             <li>
1047               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1048               doesn't always add secondary structure annotation.
1049             </li>
1050           </ul>
1051         </div>
1052     <tr>
1053       <td width="60" nowrap>
1054         <div align="center">
1055           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1056         </div>
1057       </td>
1058       <td><div align="left">
1059           <em>General</em>
1060           <ul>
1061             <li>
1062               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1063               for all consensus calculations
1064             </li>
1065             <li>
1066               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1067               3rd Oct 2016)
1068             </li>
1069             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1070               for 2016-2017</li>
1071           </ul>
1072           <em>Application</em>
1073           <ul>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1076               set of database cross-references, sorted alphabetically
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1080               from database cross references. Users with custom links
1081               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1082                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1083             </li>
1084             <li>
1085               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1086               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1087               Chimera session
1088             </li>
1089             <li>
1090               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1091               the Chimera it is connected to is shut down
1092             </li>
1093             <li>
1094               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1095               columns menu item to mark columns containing highlighted
1096               regions (e.g. from structure selections or results of a
1097               Find operation)
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1101               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1102               MSAviewer
1103             </li>
1104           </ul>
1105         </div></td>
1106       <td>
1107         <div align="left">
1108           <em>General</em>
1109           <ul>
1110             <li>
1111               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1112               are not coloured or thresholded according to percent
1113               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1114             </li>
1115             <li>
1116               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1117               hydrophobic
1118             </li>
1119             <li>
1120               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1121               threshold, amino acid properties)
1122             </li>
1123             <li>
1124               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1125               reported as mapped to residues in a structure file in the
1126               View Mapping report
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1130               could be added multiple times to a sequence
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1134               bond features shown as two highlighted residues rather
1135               than a range in linked structure views, and treated
1136               correctly when selecting and computing trees from features
1137             </li>
1138             <li>
1139               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1140               cross-references are matched to database name regardless
1141               of case
1142             </li>
1143
1144           </ul>
1145           <em>Application</em>
1146           <ul>
1147             <li>
1148               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1149               names without regular expressions also offer links from
1150               Sequence ID
1151             </li>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1154               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1155               update Jalview configuration
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1159               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1160             </li>
1161             <li>
1162               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1163               files with similarly named sequences if dropped onto the
1164               alignment
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1168               entries where more chains exist in the PDB accession than
1169               are reported in the SIFTS file
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1173               the structure view when displayed with Chimera
1174             </li>
1175             <li>
1176               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1177               panel's View->Show Chains submenu
1178             </li>
1179             <li>
1180               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1181               work for wrapped alignment views
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1185               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1189               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1190               first annotation row
1191             </li>
1192             <li>
1193               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1194               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1195             </li>
1196             <li>
1197               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1198               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1199             </li>
1200             <!-- JAL-2319 -->
1201             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1202             coordindate data
1203             </li>
1204           </ul>
1205           <!--           <em>New Known Issues</em>
1206           <ul>
1207             <li></li>
1208           </ul> -->
1209         </div>
1210       </td>
1211     </tr>
1212     <td width="60" nowrap>
1213       <div align="center">
1214         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1215           <em>25/10/2016</em></strong>
1216       </div>
1217     </td>
1218     <td><em>Application</em>
1219       <ul>
1220         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1221           view if structures already loaded</li>
1222         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1223           structure views</li>
1224       </ul></td>
1225     <td>
1226       <div align="left">
1227         <em>General</em>
1228         <ul>
1229           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1230             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1231           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1232             example sequences/projects/trees</li>
1233         </ul>
1234         <em>Application</em>
1235         <ul>
1236           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1237             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1238           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1239             without timeout for structures with multiple models or
1240             multiple sequences in alignment</li>
1241           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1242             PDB ID HEADER line</li>
1243           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1244             is performed</li>
1245           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1246             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1247           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1248           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1249             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1250             option</li>
1251           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1252             is created on the alignment</li>
1253           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1254             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1255             pop-up menu</li>
1256         </ul>
1257         <em>Build and deployment</em>
1258         <ul>
1259           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1260             tags</li>
1261         </ul>
1262         <em>New Known Issues</em>
1263         <ul>
1264           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1265             on Windows</li>
1266         </ul>
1267       </div>
1268     </td>
1269     </tr>
1270     <tr>
1271       <td width="60" nowrap>
1272         <div align="center">
1273           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1274         </div>
1275       </td>
1276       <td><em>General</em>
1277         <ul>
1278           <li>
1279             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1280           </li>
1281           <li>
1282             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1283             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1284             better PDB parsing.
1285           </li>
1286           <li>
1287             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1288             reference sequence
1289           </li>
1290           <li>
1291             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1292             mousing over sequence associated annotation
1293           </li>
1294           <li>
1295             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1296             for manual entry
1297           </li>
1298           <li>
1299             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1300             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1301             for each column
1302           </li>
1303           <li>
1304             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1305             showing or hiding columns containing a feature
1306           </li>
1307           <li>
1308             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1309             group and sequence associated annotation labels
1310           </li>
1311           <li>
1312             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1313             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1314             dialogs
1315           </li>
1316
1317         </ul> <em>Application</em>
1318         <ul>
1319           <li>
1320             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1321             gene/transcript view
1322           </li>
1323           <li>
1324             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1325             dialog
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1329             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1330           </li>
1331           <li>
1332             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1333             Pfam sources to xfam.org
1334           </li>
1335           <li>
1336             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1337           </li>
1338           <li>
1339             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1340             over sequences in Jalview
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1344             regions in ENA and EMBL
1345           </li>
1346           <li>
1347             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1348             for record retrieval via ENA rest API
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1352             complement operator
1353           </li>
1354           <li>
1355             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1356             groovy script execution
1357           </li>
1358           <li>
1359             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1360             alignment window's Calculate menu
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1364             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1365           </li>
1366           <li>
1367             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1368             calculation workers from groovy scripts
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1372             Jalview projects
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1376             associations are now saved/restored from project
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1380             before sequence fetcher is opened
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1384             database chooser opens a sequence fetcher
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1388             the UniProt REST API
1389           </li>
1390           <li>
1391             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1392             the news reader opening
1393           </li>
1394           <li>
1395             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1396             querying stored in preferences
1397           </li>
1398           <li>
1399             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1400             search results
1401           </li>
1402           <li>
1403             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1404           </li>
1405           <li>
1406             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1407             menu for nucleotide sequences
1408           </li>
1409           <li>
1410             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1411             and feature counts preserves alignment ordering (and
1412             debugged for complex feature sets).
1413           </li>
1414           <li>
1415             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1416             viewing structures with Jalview 2.10
1417           </li>
1418           <li>
1419             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1420             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1421             Ensembl Genomes REST API
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1425             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1426             (Ensembl)
1427           </li>
1428           <li>
1429             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1430             sequences
1431           </li>
1432           <li>
1433             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1434             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1435             data from external database records.
1436           </li>
1437           <li>
1438             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1439             efficient recovery of sequence coding and alignment
1440             annotation relationships.
1441           </li>
1442         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1443         <ul>
1444           <li>
1445             -- JAL---
1446           </li>
1447         </ul> --></td>
1448       <td>
1449         <div align="left">
1450           <em>General</em>
1451           <ul>
1452             <li>
1453               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1454               menu on OSX
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1458               includes graduated colourschemes
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1462               working with big alignments and lots of hidden columns
1463             </li>
1464             <li>
1465               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1466               at right of alignment window
1467             </li>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1470               contents
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1474               for DNA alignments
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1478               based tree calculation
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1482               unconserved enabled for group on alignment
1483             </li>
1484             <li>
1485               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1486               set as reference
1487             </li>
1488             <li>
1489               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1490               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1491               annotation
1492             </li>
1493             <li>
1494               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1495               hidden columns present
1496             </li>
1497             <li>
1498               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1499               user created annotation added to alignment
1500             </li>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1503               '()' base pair annotation
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1507               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1508               Consensus
1509             </li>
1510             <li>
1511               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1512               feature not working
1513             </li>
1514             <li>
1515               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1516               beginning of sequence
1517             </li>
1518             <li>
1519               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1520               entry 3a6s
1521             </li>
1522             <li>
1523               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1524               from a tree when t-coffee scores are shown
1525             </li>
1526             <li>
1527               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1528               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1529             </li>
1530             <li>
1531               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1532               some structures
1533             </li>
1534             <li>
1535               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1536               to Clustal, PIR and PileUp output
1537             </li>
1538             <li>
1539               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1540               not visible causes alignment window to repaint
1541             </li>
1542             <li>
1543               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1544               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1545               scores associated with features and annotation rows
1546             </li>
1547             <li>
1548               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1549               calculation should be case independent
1550             </li>
1551             <li>
1552               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1553               columns
1554             </li>
1555             <li>
1556               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1557               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1558               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1562               problems when reference sequence defined and 'show
1563               non-conserved' enabled
1564             </li>
1565             <li>
1566               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1567               load even when Consensus calculation is disabled
1568             </li>
1569             <li>
1570               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1571               alignment does nothing
1572             </li>
1573           </ul>
1574           <em>Application</em>
1575           <ul>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1578               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1579               yet fixed for El Capitan)
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1583               output when running on non-gb/us i18n platforms
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1587               hidden sequences as flat-file alignment
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1591               launching Chimera
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1595               (also hotfix for 2.9.0b2)
1596             </li>
1597             <li>
1598               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1599               reference sequence defined
1600             </li>
1601             <li>
1602               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1603               alignments and views when revealing hidden columns
1604             </li>
1605             <li>
1606               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1607               view in a cDNA/Protein splitframe
1608             </li>
1609             <li>
1610               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1611               sequence from project when only one sequence is
1612               represented
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1616               in Structure Chooser
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1620               structure consensus didn't refresh annotation panel
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1624               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1628               dialogs format columns correctly, don't display array
1629               data, sort columns according to type
1630             </li>
1631             <li>
1632               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1633               file chooser is cancelled during an image export
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1637               sequence name containing special characters
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1641               case insensitive
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1645               formatting don't wrap
1646             </li>
1647             <li>
1648               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1649               truncated so L looks like I in consensus annotation
1650             </li>
1651             <li>
1652               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1653               currently displayed features for the current selection or
1654               view
1655             </li>
1656             <li>
1657               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1658               after fetching cross-references, and restoring from
1659               project
1660             </li>
1661             <li>
1662               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1663               followed in the structure viewer
1664             </li>
1665             <li>
1666               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1667               splitframe not restored from project
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1671               trailing end of protein alignment in transcript/product
1672               splitview when pad-gaps not enabled by default
1673             </li>
1674             <li>
1675               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1676               is case dependent
1677             </li>
1678             <li>
1679               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1680               article has been read (reopened issue due to
1681               internationalisation problems)
1682             </li>
1683             <li>
1684               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1685               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1686               cross-references
1687             </li>
1688
1689             <li>
1690               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1691               alignment as HTML
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1695               multiple structures are shown for one or more sequences.
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1699               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1700               is enabled.
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1704               specific PDB id for sequence
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1708               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1709               columns' is disabled.
1710             </li>
1711             <li>
1712               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1713               selects lowest rather than highest resolution structures
1714               for each sequence
1715             </li>
1716             <li>
1717               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1718               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1719             </li>
1720             <li>
1721               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1722               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1723             </li>
1724             <li>
1725               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1726               after clicking on it to create new annotation for a
1727               column.
1728             </li>
1729             <li>
1730               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1731               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1732             </li>
1733             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1734             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1735           </ul>
1736           <em>Applet</em>
1737           <ul>
1738             <li>
1739               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1740               hidden columns present before start of sequence
1741             </li>
1742             <li>
1743               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1744               (JSON jars)
1745             </li>
1746             <li>
1747               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1748               sequences are hidden in applet
1749             </li>
1750             <li>
1751               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1752               deployment on examples pages.
1753             </li>
1754           </ul>
1755         </div>
1756       </td>
1757     </tr>
1758     <tr>
1759       <td width="60" nowrap>
1760         <div align="center">
1761           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1762             <em>16/10/2015</em></strong>
1763         </div>
1764       </td>
1765       <td><em>General</em>
1766         <ul>
1767           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1768             jars</li>
1769         </ul></td>
1770       <td>
1771         <div align="left">
1772           <em>Application</em>
1773           <ul>
1774             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1775               shown when tree is partitioned</li>
1776             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1777               multiple cDNA/Protein split views</li>
1778           </ul>
1779         </div>
1780       </td>
1781     </tr>
1782     <tr>
1783       <td width="60" nowrap>
1784         <div align="center">
1785           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1786             <em>8/10/2015</em></strong>
1787         </div>
1788       </td>
1789       <td><em>General</em>
1790         <ul>
1791           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1792             2.9</li>
1793         </ul> <em>Application</em>
1794         <ul>
1795           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1796           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1797           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1798         </ul> <em>Applet</em>
1799         <ul>
1800           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1801         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1802         <ul>
1803           <li>
1804             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1805             suite
1806           </li>
1807         </ul></td>
1808       <td>
1809         <div align="left">
1810           <em>General</em>
1811           <ul>
1812             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1813               incorrect when sequence start > 1</li>
1814             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1815               documentation</li>
1816             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1817             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1818               loading a features file containing HTML tags in feature
1819               description</li>
1820
1821           </ul>
1822           <em>Application</em>
1823           <ul>
1824             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1825               reimport</li>
1826             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1827               with 'trim retrieved sequences'</li>
1828             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1829               deleting selected columns</li>
1830             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1831               JNLP templates for webstart launch</li>
1832             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1833               unreleased structures for download or viewing</li>
1834             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1835               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1836             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1837               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1838             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1839               recovered from jalview project</li>
1840             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1841               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1842               alignment view</li>
1843             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1844               color schemes from BioJSON</li>
1845           </ul>
1846           <em>Applet</em>
1847           <ul>
1848             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1849               frame</li>
1850             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1851           </ul>
1852         </div>
1853       </td>
1854     </tr>
1855     <tr>
1856       <td><div align="center">
1857           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1858         </div></td>
1859       <td><em>General</em>
1860         <ul>
1861           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1862             alignments:
1863             <ul>
1864               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1865                 and DNA alignment views</li>
1866               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1867                 cDNA alignment views</li>
1868               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1869                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1870               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1871                 protein sequences</li>
1872             </ul>
1873           </li>
1874           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1875           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1876             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1877           <li>New alignment annotation file statements for
1878             reference sequences and marking hidden columns</li>
1879           <li>Reference sequence based alignment shading to
1880             highlight variation</li>
1881           <li>Select or hide columns according to alignment
1882             annotation</li>
1883           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1884           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1885             acid conservation row</li>
1886           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1887         </ul> <em>Application</em>
1888         <ul>
1889           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1890             <ul>
1891               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1892                 view with cDNA/Protein</li>
1893               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1894                 sequences are placed in the same alignment</li>
1895               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1896                 projects</li>
1897             </ul>
1898           </li>
1899
1900           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1901           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1902             Jalview windows</li>
1903
1904           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1905           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1906           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1907             be shown in VARNA</li>
1908
1909           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1910             as the active selected region</li>
1911
1912           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1913             similarity</li>
1914           <li>New Export options
1915             <ul>
1916               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1917                 region export in flat file generation</li>
1918
1919               <li>Export alignment views for display with the <a
1920                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1921
1922               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1923               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1924                 alignment figures to HTML</li>
1925           </li>
1926           <li>3D structure retrieval and display
1927             <ul>
1928               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1929                 Search API</li>
1930               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1931                 PDB structures for a sequence set</li>
1932             </ul>
1933           </li>
1934
1935           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1936             predictions</li>
1937           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1938             for one or a group of sequences</li>
1939           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1940             from the JPred4 web server</li>
1941           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1942             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1943             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1944           </li>
1945           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1946             VARNA 2D Structure'</li>
1947           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1948             Structure ..."</li>
1949
1950         </ul> <em>Applet</em>
1951         <ul>
1952           <li>New layout for applet example pages</li>
1953           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1954             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1955           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1956             Protein alignments</li>
1957         </ul> <em>Development and deployment</em>
1958         <ul>
1959           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1960           <li>Include installation type and git revision in build
1961             properties and console log output</li>
1962           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1963             storing BioJsMSA Templates</li>
1964           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1965         </ul></td>
1966       <td>
1967         <!-- <em>General</em>
1968         <ul>
1969         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1970         <ul>
1971           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1972           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1973           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1974             predictions are not highlighted in amber</li>
1975           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1976             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1977           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1978             associated structure views</li>
1979           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1980             width checkbox not enabled</li>
1981           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1982             creating user defined colours</li>
1983           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1984             mappings for just that viewer's sequences</li>
1985           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1986             multiple models in Chimera</li>
1987           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1988             over Jmol structure</li>
1989           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1990             output to text box</li>
1991           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1992             have incorrect sequence start/end</li>
1993           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1994             Jalview fails</li>
1995           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1996             work for nucleotide</li>
1997           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1998             to a grey/invisible alignment window</li>
1999           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2000             imports to different position</li>
2001           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2002             on some platforms</li>
2003           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2004             populated</li>
2005           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2006             console if Chimera has been opened</li>
2007           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2008           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2009             retrieved</li>
2010           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2011           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2012             either sequence shows on first structure</li>
2013           <li>'Show annotations' options should not make
2014             non-positional annotations visible</li>
2015           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2016             in right place after 'view flanking regions'</li>
2017           <li>File Save As type unset when current file format is
2018             unknown</li>
2019           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2020             projects</li>
2021           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2022             responsive</li>
2023           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2024             several views on same alignment</li>
2025           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2026           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2027             spaces</li>
2028         </ul> <em>Applet</em>
2029         <ul>
2030           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2031           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2032             descriptions containing angle brackets</li>
2033         </ul> <em>General</em>
2034         <ul>
2035           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2036             via jalview annotation file</li>
2037           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2038             with RNA secondary structure</li>
2039           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2040             translation doesn't work.</li>
2041           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2042           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2043             positions</li>
2044           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2045             choosing 1pt font</li>
2046           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2047             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2048             'h'</li>
2049           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2050             new feature</li>
2051           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2052             order dependent</li>
2053           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2054             sequences</li>
2055           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2056         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2057         <ul>
2058           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2059             www.jalview.org</li>
2060         </ul> <em>Application Known issues</em>
2061         <ul>
2062           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2063           <li>Misleading message appears after trying to delete
2064             solid column.</li>
2065           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2066             version launches</li>
2067           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2068             fails with a sequence mismatch</li>
2069           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2070             scrolling alignment to right</li>
2071           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2072             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2073           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2074             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2075           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2076             ultra-high resolution</li>
2077           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2078             quality and conservation</li>
2079           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2080             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2081         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2082         <ul>
2083           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2084           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2085             window is being resized</li>
2086
2087         </ul>
2088       </td>
2089     </tr>
2090     <tr>
2091       <td><div align="center">
2092           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2093         </div></td>
2094       <td><em>General</em>
2095         <ul>
2096           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2097             Certum.PL.</li>
2098           <li>Features and annotation preserved when performing
2099             pairwise alignment</li>
2100           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2101             imported/exported/displayed</li>
2102           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2103             protein secondary structure</li>
2104           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2105               post-hoc with 2.9 release</em>)
2106           </li>
2107
2108         </ul> <em>Application</em>
2109         <ul>
2110           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2111             with 3D structures</li>
2112           <li>Support for parsing RNAML</li>
2113           <li>Annotations menu for layout
2114             <ul>
2115               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2116               <li>place sequence annotation above/below alignment
2117                 annotation</li>
2118             </ul>
2119           <li>Output in Stockholm format</li>
2120           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2121             translation</li>
2122           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2123           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2124             shared between alignments</li>
2125           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2126             Jalview</li>
2127           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2128             all or current selection</li>
2129           <li>disorder and secondary structure predictions
2130             available as dataset annotation</li>
2131           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2132
2133
2134           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2135             alignments from Rfam</li>
2136           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2137
2138           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2139             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2140           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2141           <li>include installation type in build properties and
2142             console log output</li>
2143           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2144             annotation</li>
2145         </ul></td>
2146       <td>
2147         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2148         <ul>
2149           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2150             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2151           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2152             alignment</li>
2153           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2154           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2155           <li>Double click on sequence associated annotation
2156             selects only first column</li>
2157           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2158             leaves shown in tree</li>
2159           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2160             properly</li>
2161           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2162           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2163             screen and buttons not visible</li>
2164           <li>author list isn't updated if already written to
2165             Jalview properties</li>
2166           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2167             from database</li>
2168           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2169           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2170             browser search window</li>
2171           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2172             in feature settings dialog</li>
2173           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2174             desktop</li>
2175           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2176             pass validation</li>
2177           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2178             fit on screen</li>
2179           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2180             tooltip</li>
2181           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2182             defined user preset</li>
2183           <li>MSA web services warns user if they were launched
2184             with invalid input</li>
2185           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2186             Java 8</li>
2187           <li>
2188             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2189             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2190             created
2191           </li>
2192
2193         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2194         <ul>
2195         </ul> <em>General</em>
2196         <ul>
2197         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2198         <ul>
2199           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2200             memory allocation</li>
2201           <li>launchApp service doesn't automatically open
2202             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2203           <li>
2204             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2205             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2206             1.7_055 is available
2207           </li>
2208         </ul> <em>Application Known issues</em>
2209         <ul>
2210           <li>
2211             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2212             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2213             alignment to right
2214           </li>
2215           <li>
2216             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2217             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2218             with large number of ID
2219           </li>
2220           <li>
2221             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2222             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2223             start/end
2224           </li>
2225           <li>
2226             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2227             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2228             structure tracks are rearranged
2229           </li>
2230           <li>
2231             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2232             invalid rna structure positional highlighting does not
2233             highlight position of invalid base pairs
2234           </li>
2235           <li>
2236             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2237             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2238             project from alignment window file menu
2239           </li>
2240           <li>
2241             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2242             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2243             structures
2244           </li>
2245           <li>
2246             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2247             colour by RNA Helices not enabled when user created
2248             annotation added to alignment
2249           </li>
2250           <li>
2251             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2252             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2253           </li>
2254         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2255         <ul>
2256           <li>
2257             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2258             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2259           </li>
2260           <li>
2261             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2262             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2263           </li>
2264
2265           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2266             when selected</li>
2267         </ul>
2268       </td>
2269     </tr>
2270     <tr>
2271       <td><div align="center">
2272           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2273         </div></td>
2274       <td>
2275         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2276         <em>General</em>
2277         <ul>
2278           <li>Internationalisation of user interface (usually
2279             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2280           <li>Define/Undefine group on current selection with
2281             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2282           <li>Improved group creation/removal options in
2283             alignment/sequence Popup menu</li>
2284           <li>Sensible precision for symbol distribution
2285             percentages shown in logo tooltip.</li>
2286           <li>Annotation panel height set according to amount of
2287             annotation when alignment first opened</li>
2288         </ul> <em>Application</em>
2289         <ul>
2290           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2291             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2292           <li>Select columns containing particular features from
2293             Feature Settings dialog</li>
2294           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2295             sequences</li>
2296           <li>Update Jalview project format:
2297             <ul>
2298               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2299               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2300                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2301               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2302                 colouring</li>
2303             </ul>
2304           </li>
2305           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2306             (PAM250)</li>
2307           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2308             flanking regions for an alignment</li>
2309         </ul>
2310       </td>
2311       <td>
2312         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2313         <ul>
2314           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2315             running after job is cancelled</li>
2316           <li>cannot export features from alignments imported from
2317             Jalview/VAMSAS projects</li>
2318           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2319             float values</li>
2320           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2321             have 'display all symbols' flag set</li>
2322           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2323             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2324           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2325             Jalview</li>
2326           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2327             Lion/Webstart</li>
2328           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2329           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2330           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2331             alignment onto desktop</li>
2332           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2333             'extract scores' function</li>
2334           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2335             alignment window</li>
2336           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2337             performing IUPred disorder prediction</li>
2338           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2339             changing 'normalise logo' display setting</li>
2340           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2341             nothing matches query</li>
2342           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2343             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2344           </li>
2345           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2346             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2347           </li>
2348           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2349             Jalview's menu</li>
2350           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2351             'invalid literal/length code'</li>
2352           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2353             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2354           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2355             colourscheme</li>
2356
2357         </ul> <em>Applet</em>
2358         <ul>
2359           <li>Remove group option is shown even when selection is
2360             not a group</li>
2361           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2362             don't affect groups</li>
2363           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2364             colourscheme name</li>
2365           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2366             Annotation panel is not displayed</li>
2367           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2368             embedded windows</li>
2369         </ul> <em>Other</em>
2370         <ul>
2371           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2372             single sequence were not calculated</li>
2373           <li>annotation files that contain only groups imported as
2374             annotation and junk sequences</li>
2375           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2376             recognised as PFAM or BLC</li>
2377           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2378             doesn't affect background (2.8.0b1)
2379           <li></li>
2380           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2381           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2382             trailing gaps</li>
2383           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2384             registered correctly on import</li>
2385           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2386             certain alignments</li>
2387           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2388             existing annotation based 'use original colours'
2389             colourscheme loses original colours setting</li>
2390         </ul>
2391       </td>
2392     </tr>
2393     <tr>
2394       <td><div align="center">
2395           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2396             <em>30/1/2014</em></strong>
2397         </div></td>
2398       <td>
2399         <ul>
2400           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2401             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2402             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2403             open source project).
2404           </li>
2405           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2406           <li>Output in Stockholm format</li>
2407           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2408           <li>Export/import group and sequence associated line
2409             graph thresholds</li>
2410           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2411             ambiguity codes</li>
2412           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2413             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2414             works</li>
2415           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2416         </ul> <em>Other improvements</em>
2417         <ul>
2418           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2419           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2420             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2421           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2422             files</li>
2423           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2424           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2425             link but no description</li>
2426           <li>Select primary source when selecting authority in
2427             database fetcher GUI</li>
2428           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2429             Jalview</li>
2430           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2431         </ul>
2432       </td>
2433       <td>
2434         <ul>
2435           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2436             displayed</li>
2437           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2438             secondary structure annotation line</li>
2439           <li>Sequence database accessions not imported when
2440             fetching alignments from Rfam</li>
2441           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2442             identical IDs</li>
2443           <li>View all structures does not always superpose
2444             structures</li>
2445           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2446             reflect user or preset settings</li>
2447           <li>Null pointer exceptions for some services without
2448             presets or adjustable parameters</li>
2449           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2450             discover PDB xRefs</li>
2451           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2452             features with DAS</li>
2453           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2454             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2455           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2456             residue follows a gap</li>
2457           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2458             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2459           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2460             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2461           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2462             annotation already exists on alignment</li>
2463           <li>oninit javascript function should be called after
2464             initialisation completes</li>
2465           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2466             alignment window display</li>
2467           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2468           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2469             to annotation file</li>
2470           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2471             groups created</li>
2472           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2473             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2474           <li>Pressing return several times causes Number Format
2475             exceptions in keyboard mode</li>
2476           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2477             correct partitions for input data</li>
2478           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2479           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2480           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2481           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2482             mode</li>
2483           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2484             changes one row&#39;s threshold</li>
2485           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2486             doesn&#39;t open</li>
2487           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2488             quality histograms</li>
2489         </ul>
2490       </td>
2491     </tr>
2492     <tr>
2493       <td><div align="center">
2494           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2495         </div></td>
2496       <td><em>Application</em>
2497         <ul>
2498           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2499             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2500           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2501             preferences</li>
2502           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2503             in Jalview alignment window</li>
2504           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2505             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2506           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2507             RNA and ambiguity codes</li>
2508
2509           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2510           <li>Support fetching and database reference look up
2511             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2512             refs')</li>
2513           <li>Jalview project improvements
2514             <ul>
2515               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2516                 flag for annotation</li>
2517               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2518                 alignment</li>
2519               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2520                 Jalview project</li>
2521
2522             </ul>
2523           </li>
2524           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2525           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2526             running</li>
2527           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2528           <li>visual indication that web service results are still
2529             being retrieved from server</li>
2530           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2531             starts up for first time</li>
2532           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2533             services</li>
2534           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2535             client library</li>
2536           <li>Examples directory and Groovy library included in
2537             InstallAnywhere distribution</li>
2538         </ul> <em>Applet</em>
2539         <ul>
2540           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2541             visualization applet example</li>
2542         </ul> <em>General</em>
2543         <ul>
2544           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2545           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2546             defaults</li>
2547           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2548             calculation</li>
2549           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2550             matrices
2551           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2552             in HTML</li>
2553           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2554             structure contacts</li>
2555           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2556           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2557           <li>Parse sequence associated secondary structure
2558             information in Stockholm files</li>
2559           <li>HTML Export database accessions and annotation
2560             information presented in tooltip for sequences</li>
2561           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2562             style RNA alignment files</li>
2563           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2564             alignment</li>
2565           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2566             shade each sequence according to its associated alignment
2567             annotation</li>
2568           <li>New Jalview Logo</li>
2569         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2570         <ul>
2571           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2572           <li>New Website!</li>
2573         </ul></td>
2574       <td><em>Application</em>
2575         <ul>
2576           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2577             wsdbfetch REST service</li>
2578           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2579           <li>Filetype associations not installed for webstart
2580             launch</li>
2581           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2582             job execution in full once it is complete</li>
2583           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2584             uploaded via ali_file parameter</li>
2585           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2586           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2587           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2588             submitted for prediction</li>
2589           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2590             desktop window</li>
2591           <li>Putting fractional value into integer text box in
2592             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2593           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2594             windows 7</li>
2595           <li>View all structures fails with exception shown in
2596             structure view</li>
2597           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2598             escaped in a platform independent way</li>
2599           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2600             using proxy</li>
2601           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2602             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2603           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2604             failure when java web start temporary file caching is
2605             disabled</li>
2606           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2607             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2608           <li>Errors during processing of command line arguments
2609             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2610           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2611             DAS sources in sequence fetcher</li>
2612           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2613             dialog is shown</li>
2614           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2615           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2616           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2617           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2618             on OSX Mountain Lion</li>
2619           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2620             sequences with alignment annotation are pasted into the
2621             alignment</li>
2622           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2623             when loaded from Jalview project</li>
2624           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2625           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2626             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2627           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2628             associated with all views</li>
2629           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2630             annotation rows to new window</li>
2631         </ul> <em>Applet</em>
2632         <ul>
2633           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2634             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2635           <li>loading features via javascript API automatically
2636             enables feature display</li>
2637           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2638             work</li>
2639         </ul> <em>General</em>
2640         <ul>
2641           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2642           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2643             and then deselected</li>
2644           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2645           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2646             coloured with clustalx</li>
2647           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2648             exceptions and redraw errors</li>
2649           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2650             reconfigured view</li>
2651           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2652             colour</li>
2653           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2654             for lots of labels</li>
2655         </ul>
2656     </tr>
2657     <tr>
2658       <td>
2659         <div align="center">
2660           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2661         </div>
2662       </td>
2663       <td><em>Application</em>
2664         <ul>
2665           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2666           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2667           <li>View/alignment association menu to enable user to
2668             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2669             its colours/correspondences from</li>
2670           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2671           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2672             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2673           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2674           <li>Annotation row column label formatting attributes
2675             stored in project file</li>
2676           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2677             rows preserved in Jalview project file</li>
2678           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2679             saved using Desktop window menu</li>
2680           <li>Visual indication that command line arguments are
2681             still being processed</li>
2682           <li>Groovy script execution from URL</li>
2683           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2684             preferences</li>
2685           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2686             alignment with sequences that have high similarity and
2687             matching IDs</li>
2688           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2689           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2690             structures in same window</li>
2691           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2692           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2693             analysis function in its own submenu</li>
2694         </ul> <em>Applet</em>
2695         <ul>
2696           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2697             groups</li>
2698           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2699           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2700           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2701           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2702           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2703             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2704           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2705           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2706             parameters are treated as such</li>
2707           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2708             <ul>
2709               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2710               <li>Javascript callbacks for
2711                 <ul>
2712                   <li>Applet initialisation</li>
2713                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2714                 </ul>
2715               </li>
2716               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2717                 functions</li>
2718               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2719               <li>javascript structure viewer harness to pass
2720                 messages between Jmol and Jalview when running as
2721                 distinct applets</li>
2722               <li>sortBy method</li>
2723               <li>Set of applet and application examples shipped
2724                 with documentation</li>
2725               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2726                 javascript message exchange</li>
2727             </ul>
2728         </ul> <em>General</em>
2729         <ul>
2730           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2731             multiple alignments</li>
2732           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2733           <li>User configurable link to enable redirects to a
2734             www.Jalview.org mirror</li>
2735           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2736           <li>Configurable newline string when writing alignment
2737             and other flat files</li>
2738           <li>Allow alignment annotation description lines to
2739             contain html tags</li>
2740         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2741         <ul>
2742           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2743             examples</li>
2744           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2745             using a web service before displaying the result in the
2746             Jalview desktop</li>
2747           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2748           <li>Ant target to publish example html files with applet
2749             archive</li>
2750           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2751           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2752         </ul></td>
2753       <td><em>Application</em>
2754         <ul>
2755           <li>User defined colourscheme throws exception when
2756             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2757           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2758             dialog for valid filename/format</li>
2759           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2760           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2761             P37173</li>
2762           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2763             which sequence is to be associated with the file</li>
2764           <li>Find All raises null pointer exception when query
2765             only matches sequence IDs</li>
2766           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2767           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2768             2.4 cannot be loaded</li>
2769           <li>Filetype associations not installed for webstart
2770             launch</li>
2771           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2772             with sequences in different alignments do not get coloured
2773             by their associated sequence</li>
2774           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2775             not preserved when project is loaded</li>
2776           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2777             stored in Jalview project</li>
2778           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2779             Jalview project</li>
2780           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2781           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2782             by conservation</li>
2783           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2784             created on new view</li>
2785           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2786             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2787           <li>Alignment quality not updated after alignment
2788             annotation row is hidden then shown</li>
2789           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2790             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2791           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2792             properly</li>
2793           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2794             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2795           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2796           <li>Structures imported from file and saved in project
2797             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2798           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2799             job execution in full once it is complete</li>
2800         </ul> <em>Applet</em>
2801         <ul>
2802           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2803             annotation rows are displayed</li>
2804           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2805             codebase</li>
2806           <li>View follows highlighting does not work for positions
2807             in sequences</li>
2808           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2809           <li>Export features raises exception when no features
2810             exist</li>
2811           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2812             for javascript api is modified when separator string
2813             provided as parameter</li>
2814           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2815             alignment with no existing selection</li>
2816           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2817             to applet&#39;s codebase</li>
2818           <li>Status bar not updated after finished searching and
2819             search wraps around to first result</li>
2820           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2821             several Jalview applets causes race conditions and memory
2822             leaks</li>
2823           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2824             not sent from Jmol in applet</li>
2825           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2826             applet API fatally hang browser</li>
2827         </ul> <em>General</em>
2828         <ul>
2829           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2830             position with wrapped view and hidden regions</li>
2831           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2832             with/without hidden columns</li>
2833           <li>Sequence length given in alignment properties window
2834             is off by 1</li>
2835           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2836             import PDB like structure files</li>
2837           <li>Positional search results are only highlighted
2838             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2839           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2840           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2841             given sequence position</li>
2842           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2843             output</li>
2844           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2845             from nucleotide chains correctly</li>
2846           <li>Structure colours not updated when tree partition
2847             changed in alignment</li>
2848           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2849             parsed in interleaved stockholm</li>
2850           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2851             state</li>
2852           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2853             properly</li>
2854           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2855             properly associated with their pdb files</li>
2856         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2857         <ul>
2858           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2859             ApplyCopyright tool</li>
2860         </ul></td>
2861     </tr>
2862     <tr>
2863       <td>
2864         <div align="center">
2865           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2866         </div>
2867       </td>
2868       <td><em>Application</em>
2869         <ul>
2870           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2871             contact web services</li>
2872           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2873             service job window</li>
2874           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2875         </ul></td>
2876       <td>
2877         <ul>
2878           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2879             pir file emitted by Jalview</li>
2880           <li>Existing feature settings transferred to new
2881             alignment view created from cut'n'paste</li>
2882           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2883             parsing PDB files</li>
2884           <li>Consensus and conservation annotation rows
2885             occasionally become blank for all new windows</li>
2886           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2887             in wrapped view mode</li>
2888         </ul> <em>Application</em>
2889         <ul>
2890           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2891             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2892           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2893             parameter names</li>
2894           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2895             is down</li>
2896         </ul>
2897       </td>
2898     </tr>
2899     <tr>
2900       <td>
2901         <div align="center">
2902           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2903         </div>
2904       </td>
2905       <td><em>Application</em>
2906         <ul>
2907           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2908             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2909             (JABAWS)
2910           </li>
2911           <li>Web Services preference tab</li>
2912           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2913             preferences</li>
2914           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2915           <li>Superpose structures using associated sequence
2916             alignment</li>
2917           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2918             viewer</li>
2919         </ul> <em>Applet</em>
2920         <ul>
2921           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2922             link out mechanism</li>
2923         </ul> <em>Other</em>
2924         <ul>
2925           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2926             series 12</li>
2927           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2928             require Java 1.5</li>
2929           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2930             sequence annotation files</li>
2931           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2932             type colour specification</li>
2933           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2934             script to check if it being run in an interactive session or
2935             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2936         </ul></td>
2937       <td>
2938         <ul>
2939           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2940             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2941         </ul> <em>Application</em>
2942         <ul>
2943           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2944             selected Regions menu item</li>
2945           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2946             part of a valid accession ID</li>
2947           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2948             runs out of memory</li>
2949           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2950             analysis results</li>
2951           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2952             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2953           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2954         </ul> <em>Applet</em>
2955         <ul>
2956           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2957             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2958             defined.</li>
2959         </ul>
2960       </td>
2961     </tr>
2962     <tr>
2963       <td>
2964         <div align="center">
2965           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2966         </div>
2967       </td>
2968       <td></td>
2969       <td>
2970         <ul>
2971           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2972             sequence IDs</li>
2973           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2974             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2975           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2976             import correctly</li>
2977           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2978             number of columns are hidden</li>
2979           <li>annotation label popup menu not providing correct
2980             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2981             present</li>
2982           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2983             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2984           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2985             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2986
2987         </ul> <em>Applet</em>
2988         <ul>
2989           <li>annotation panel disappears when annotation is
2990             hidden/removed</li>
2991         </ul> <em>Application</em>
2992         <ul>
2993           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2994             alignment opened where annotation panel is visible but no
2995             annotations are present on alignment</li>
2996           <li>pasted region containing hidden columns is
2997             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2998           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2999             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3000           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3001             selected Rregions menu item.</li>
3002           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3003             'Un' or 'Non'conserved</li>
3004           <li>Sequence feature settings are being shared by
3005             multiple distinct alignments</li>
3006           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3007             changed</li>
3008           <li>double click on group annotation to select sequences
3009             does not propagate to associated trees</li>
3010           <li>Mac OSX specific issues:
3011             <ul>
3012               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3013                 window background</li>
3014               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3015                 name set correctly</li>
3016               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3017                 save feature colourscheme button</li>
3018             </ul>
3019           </li>
3020         </ul>
3021       </td>
3022     </tr>
3023     <tr>
3024
3025       <td>
3026         <div align="center">
3027           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3028         </div>
3029       </td>
3030       <td><em>New Capabilities</em>
3031         <ul>
3032           <li>URL links generated from description line for
3033             regular-expression based URL links (applet and application)
3034
3035           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3036             menu</li>
3037           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3038             structures</li>
3039           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3040             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3041           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3042             average score or total feature count for each sequence.</li>
3043           <li>Shading features by score or associated description</li>
3044           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3045             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3046           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3047             hide everything but the currently selected region.</li>
3048           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3049         </ul> <em>Application</em>
3050         <ul>
3051           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3052             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3053           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3054             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3055           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3056             database references and protein_name is parsed as
3057             description line (BioSapiens terms).</li>
3058           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3059             references in sequence ID tooltip from View menu in
3060             application.</li>
3061           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3062       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3063           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3064             conservation plots</li>
3065           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3066             and visualized as sequence logos</li>
3067           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3068             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3069           </li>
3070           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3071             when a new tree is opened.</li>
3072           <li>Jalview Java Console</li>
3073           <li>Better placement of desktop window when moving
3074             between different screens.</li>
3075           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3076             consensus annotation</li>
3077           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3078             Workflows</li>
3079           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3080             <ul>
3081               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3082                 used to preserve views, structures, and tree display
3083                 settings)</li>
3084               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3085                 command line</li>
3086               <li>Sharing of selected regions between views and
3087                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3088               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3089             </ul></li>
3090         </ul> <em>Applet</em>
3091         <ul>
3092           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3093           <li>New Parameters
3094             <ul>
3095               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3096                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3097                 opened.</li>
3098               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3099                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3100               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3101                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3102               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3103                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3104                 view</li>
3105               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3106                 increase the height or width of a cell in the alignment
3107                 grid relative to the current font size.</li>
3108             </ul>
3109           </li>
3110           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3111             tooltip</li>
3112         </ul> <em>Other</em>
3113         <ul>
3114           <li>Features format: graduated colour definitions and
3115             specification of feature scores</li>
3116           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3117             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3118             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3119           <li>XML formats extended to support graduated feature
3120             colourschemes, group associated annotation, and profile
3121             visualization settings.</li></td>
3122       <td>
3123         <ul>
3124           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3125             rather than description</li>
3126           <li>Non-positional features are now included in sequence
3127             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3128             visibility in tooltip).</li>
3129           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3130           <li>Added URL embedding instructions to features file
3131             documentation.</li>
3132           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3133             'X' in peptide product</li>
3134           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3135             sequence ID and sequence string and query strings do not
3136             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3137           <li>AMSA files only contain first column of
3138             multi-character column annotation labels</li>
3139           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3140             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3141             exported and re-imported)</li>
3142           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3143             name</li>
3144           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3145             as subsequence matches, and correctly reports total number
3146             of both.</li>
3147           <li>Application:
3148             <ul>
3149               <li>Better handling of exceptions during sequence
3150                 retrieval</li>
3151               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3152                 link text excludes the start_end suffix</li>
3153               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3154                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3155               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3156               <li>Sequence description lines properly shared via
3157                 VAMSAS</li>
3158               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3159                 data sources</li>
3160               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3161                 completes before alignment figures are generated.</li>
3162               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3163                 first time.</li>
3164               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3165                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3166               <li>User defined group colours properly recovered
3167                 from Jalview projects.</li>
3168             </ul>
3169           </li>
3170         </ul>
3171       </td>
3172
3173     </tr>
3174     <tr>
3175       <td>
3176         <div align="center">
3177           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3178         </div>
3179       </td>
3180       <td>
3181         <ul>
3182           <li>Experimental support for google analytics usage
3183             tracking.</li>
3184           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3185         </ul>
3186       </td>
3187       <td>
3188         <ul>
3189           <li>Race condition in applet preventing startup in
3190             jre1.6.0u12+.</li>
3191           <li>Exception when feature created from selection beyond
3192             length of sequence.</li>
3193           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3194           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3195             all sequences with a given id</li>
3196           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3197             ID string searches</li>
3198           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3199             alignment to fail with exception</li>
3200         </ul> <em>Application Issues</em>
3201         <ul>
3202           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3203           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3204             data sources</li>
3205         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3206         <ul>
3207           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3208             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3209           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3210             version (java class versioning error fixed)</li>
3211         </ul>
3212       </td>
3213     </tr>
3214     <tr>
3215       <td>
3216
3217         <div align="center">
3218           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3219         </div>
3220       </td>
3221       <td><em>User Interface</em>
3222         <ul>
3223           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3224             translation and protein products</li>
3225           <li>Linked highlighting of structure associated with
3226             residue mapping to codon position</li>
3227           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3228             and 'clear' button</li>
3229           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3230             Tools menu</li>
3231           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3232             numeric data in description line</li>
3233           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3234           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3235             of sequence</li>
3236         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3237         <ul>
3238           <li>JPred3 web service</li>
3239           <li>Prototype sequence search client (no public services
3240             available yet)</li>
3241           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3242             PFAM</li>
3243           <li>URL Links created for matching database cross
3244             references as well as sequence ID</li>
3245           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3246         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3247         <ul>
3248           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3249             databases</li>
3250           <li>Generalised database reference retrieval and
3251             validation to all fetchable databases</li>
3252           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3253             sequence command</li>
3254         </ul> <em>Import and Export</em>
3255         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3256         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3257           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3258         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3259           File</li>
3260         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3261           triplet as name of colourscheme</li>
3262         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3263         <ul>
3264           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3265           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3266             alignments (experimental)</li>
3267           <li>Create new or select existing session to join</li>
3268           <li>load and save of vamsas documents</li>
3269         </ul> <em>Application command line</em>
3270         <ul>
3271           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3272             from applet)</li>
3273           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3274             of DAS servers to query for alignment features</li>
3275           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3276             that are also automatically queried for features</li>
3277           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3278             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3279         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3280         <ul>
3281           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3282             application (when using &quot;View in full
3283             application&quot;)</li>
3284         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3285         <ul>
3286           <li>feature group display control parameter</li>
3287           <li>debug parameter</li>
3288           <li>showbutton parameter</li>
3289         </ul> <em>Applet API methods</em>
3290         <ul>
3291           <li>newView public method</li>
3292           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3293           <li>Feature display control methods</li>
3294           <li>get list of currently selected sequences</li>
3295         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3296         <ul>
3297           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3298           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3299             Jalview release.</li>
3300           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3301             property controls execution of obfuscator</li>
3302           <li>Build target for generating source distribution</li>
3303           <li>Debug flag for javacc</li>
3304           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3305             jalview.bin.Cache</li>
3306           <li>Continuous Build Integration for stable and
3307             development version of Application, Applet and source
3308             distribution</li>
3309         </ul></td>
3310       <td>
3311         <ul>
3312           <li>selected region output includes visible annotations
3313             (for certain formats)</li>
3314           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3315             for editing</li>
3316           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3317           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3318           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3319           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3320             comments</li>
3321           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3322             filenames containing a ':'</li>
3323           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3324             global sequence features</li>
3325           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3326             references from alignment sequences goes to zero</li>
3327           <li>Close of tree branch colour box without colour
3328             selection causes cascading exceptions</li>
3329           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3330           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3331             file parsing fails.</li>
3332           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3333           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3334             not a valid output format</li>
3335           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3336             vamsas</li>
3337           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3338           <li>error messages passed up and output when data read
3339             fails</li>
3340           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3341             sequence is edited</li>
3342           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3343             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3344           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3345             filetype</li>
3346           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3347             import fixed for PFAM records</li>
3348           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3349             window list</li>
3350           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3351             can be read and written correctly to annotation file</li>
3352           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3353             correctly</li>
3354           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3355             non-italic font for representatives in Applet</li>
3356           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3357             Macs.</li>
3358           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3359             Applet)</li>
3360           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3361             due to null pointer exceptions</li>
3362           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3363             first column of alignment</li>
3364           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3365             July 2008</li>
3366           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3367             file is case-insensitive</li>
3368           <li>Sequence features read from Features file appended to
3369             all sequences with matching IDs</li>
3370           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3371             containing a sub-sequence</li>
3372           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3373           <li>feature and annotation file applet parameters
3374             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3375           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3376           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3377             splash-screen version check to complete</li>
3378           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3379             when passing them to the launchApp service</li>
3380           <li>display name and local features preserved in results
3381             retrieved from web service</li>
3382           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3383             sequence fetcher initialisation</li>
3384           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3385             dasobert DAS client</li>
3386           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3387             association</li>
3388           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3389             sequences
3390           </li>
3391         </ul>
3392       </td>
3393     </tr>
3394     <tr>
3395       <td>
3396         <div align="center">
3397           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3398         </div>
3399       </td>
3400       <td>
3401         <ul>
3402           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3403           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3404           <li>Slide sequences</li>
3405           <li>Edit sequence in place</li>
3406           <li>EMBL CDS features</li>
3407           <li>DAS Feature mapping</li>
3408           <li>Feature ordering</li>
3409           <li>Alignment Properties</li>
3410           <li>Annotation Scores</li>
3411           <li>Sort by scores</li>
3412           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3413         </ul>
3414       </td>
3415       <td>
3416         <ul>
3417           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3418           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3419           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3420           <li>Feature group display state in XML</li>
3421           <li>Feature ordering in XML</li>
3422           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3423           <li>Stockholm alignment properties</li>
3424           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3425           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3426           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3427           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430
3431     </tr>
3432     <tr>
3433       <td>
3434         <div align="center">
3435           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3436         </div>
3437       </td>
3438       <td>
3439         <ul>
3440           <li>Non standard characters can be read and displayed
3441           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3442             applet via textbox
3443           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3444             name &amp; description
3445           <li>Preference setting to display sequence name in
3446             italics
3447           <li>Annotation file format extended to allow
3448             Sequence_groups to be defined
3449           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3450             specified in preferences
3451           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3452             sequences
3453         </ul>
3454       </td>
3455       <td>
3456         <ul>
3457           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3458             installed
3459           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3460           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3461         </ul>
3462       </td>
3463     </tr>
3464     <tr>
3465       <td>
3466         <div align="center">
3467           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3468         </div>
3469       </td>
3470       <td>
3471         <ul>
3472           <li>Multiple views on alignment
3473           <li>Sequence feature editing
3474           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3475           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3476           <li>Background dependent text colour
3477           <li>Right align sequence ids
3478           <li>User-defined lower case residue colours
3479           <li>Format Menu
3480           <li>Select Menu
3481           <li>Menu item accelerator keys
3482           <li>Control-V pastes to current alignment
3483           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3484           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3485           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3486
3487           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3488         </ul>
3489       </td>
3490       <td>
3491         <ul>
3492           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3493           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3494             calculations
3495           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3496             edits
3497           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3498             of alignment)
3499           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3500
3501           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3502             display correctly
3503           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3504           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3505             analysis results
3506           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3507             &#8739;
3508           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3509           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3510           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3511
3512         </ul>
3513       </td>
3514     </tr>
3515     <tr>
3516       <td>
3517         <div align="center">
3518           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3519         </div>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3524         </ul>
3525       </td>
3526       <td>
3527         <ul>
3528           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3529             sequence id panel has been resized</li>
3530           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3531             rendered</li>
3532           <li>Annotation files with sequence references - all
3533             elements in file are relative to sequence position</li>
3534           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3535         </ul>
3536       </td>
3537     </tr>
3538     <tr>
3539       <td>
3540         <div align="center">
3541           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3542         </div>
3543       </td>
3544       <td>
3545         <ul>
3546           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3547           <li>DAS Feature fetching</li>
3548           <li>Hide sequences and columns</li>
3549           <li>Export Annotations and Features</li>
3550           <li>GFF file reading / writing</li>
3551           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3552             files</li>
3553           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3554           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3555           <li>Applet can launch the full application</li>
3556           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3557             required)</li>
3558           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3559           <li>Applet can load sequences from parameter
3560             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3561           </li>
3562         </ul>
3563       </td>
3564       <td>
3565         <ul>
3566           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3567           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3568           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3569         </ul>
3570       </td>
3571     </tr>
3572     <tr>
3573       <td>
3574         <div align="center">
3575           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3576         </div>
3577       </td>
3578       <td>
3579         <ul>
3580           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3581           <li>Choose to match case when searching</li>
3582           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3583             expand the visible width and height of the alignment</li>
3584         </ul>
3585       </td>
3586       <td>
3587         <ul>
3588           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3589         </ul>
3590       </td>
3591     </tr>
3592     <tr>
3593       <td>
3594         <div align="center">
3595           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3596         </div>
3597       </td>
3598       <td>&nbsp;</td>
3599       <td>
3600         <ul>
3601           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3602           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3603             value</li>
3604         </ul>
3605       </td>
3606     </tr>
3607     <tr>
3608       <td>
3609         <div align="center">
3610           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3611         </div>
3612       </td>
3613       <td>
3614         <ul>
3615           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3616           <li>Keyboard editing</li>
3617           <li>Create sequence features from searches</li>
3618           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3619             alignments</li>
3620           <li>Features file allows grouping of features</li>
3621           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3622           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3623           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3624         </ul>
3625       </td>
3626       <td>
3627         <ul>
3628           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3629           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3630             descriptions saved.</li>
3631         </ul>
3632       </td>
3633     </tr>
3634     <tr>
3635       <td>
3636         <div align="center">
3637           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3638         </div>
3639       </td>
3640       <td>
3641         <ul>
3642           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3643           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3644           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3645             name for file output</li>
3646           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3647           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3648             used for HTML form input</li>
3649         </ul>
3650       </td>
3651       <td>
3652         <ul>
3653           <li>HTML output writes groups and features</li>
3654           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3655           <li>File IO bugs</li>
3656         </ul>
3657       </td>
3658     </tr>
3659     <tr>
3660       <td>
3661         <div align="center">
3662           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3663         </div>
3664       </td>
3665       <td>
3666         <ul>
3667           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3668           <li>More options for PCA viewer</li>
3669         </ul>
3670       </td>
3671       <td>
3672         <ul>
3673           <li>GUI bugs resolved</li>
3674           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3675         </ul>
3676       </td>
3677     </tr>
3678     <tr>
3679       <td height="63">
3680         <div align="center">
3681           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3682         </div>
3683       </td>
3684       <td>
3685         <ul>
3686           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3687           <li>Jar files are executable</li>
3688           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3689         </ul>
3690       </td>
3691       <td>
3692         <ul>
3693           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3694           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3695           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3696         </ul>
3697       </td>
3698     </tr>
3699     <tr>
3700       <td>
3701         <div align="center">
3702           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3703         </div>
3704       </td>
3705       <td>
3706         <ul>
3707           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3708         </ul>
3709       </td>
3710       <td>
3711         <ul>
3712           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3713         </ul>
3714       </td>
3715     </tr>
3716     <tr>
3717       <td>
3718         <div align="center">
3719           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3720         </div>
3721       </td>
3722       <td>
3723         <ul>
3724           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3725             size</li>
3726         </ul>
3727       </td>
3728       <td>
3729         <ul>
3730           <li>Improved JPred client reliability</li>
3731           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3732         </ul>
3733       </td>
3734     </tr>
3735     <tr>
3736       <td>
3737         <div align="center">
3738           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3739         </div>
3740       </td>
3741       <td>
3742         <ul>
3743           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3744           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3745           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3746             to Colour Menu</li>
3747           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3748           <li>Unix users can set default web browser</li>
3749           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3750           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3751         </ul>
3752       </td>
3753       <td>
3754         <ul>
3755           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3756         </ul>
3757       </td>
3758     </tr>
3759     <tr>
3760       <td>
3761         <div align="center">
3762           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3763         </div>
3764       </td>
3765       <td>&nbsp;</td>
3766       <td>
3767         <ul>
3768           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3769             alignment order.</li>
3770         </ul>
3771       </td>
3772     </tr>
3773     <tr>
3774       <td>
3775         <div align="center">
3776           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3777         </div>
3778       </td>
3779       <td>
3780         <ul>
3781           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3782           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3783           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3784             annotations.</li>
3785           <li>Version and build date written to build properties
3786             file.</li>
3787           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3788             at launch of Jalview.</li>
3789         </ul>
3790       </td>
3791       <td>
3792         <ul>
3793           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3794           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3795           <li>Can remove groups one by one.</li>
3796           <li>Filechooser icons installed.</li>
3797           <li>Finder ignores return character when searching.
3798             Return key will initiate a search.<br>
3799           </li>
3800         </ul>
3801       </td>
3802     </tr>
3803     <tr>
3804       <td>
3805         <div align="center">
3806           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3807         </div>
3808       </td>
3809       <td>
3810         <ul>
3811           <li>New codebase</li>
3812         </ul>
3813       </td>
3814       <td>&nbsp;</td>
3815     </tr>
3816   </table>
3817   <p>&nbsp;</p>
3818 </body>
3819 </html>