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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92             <li><!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)</li>
  93             <li><!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
  94             </li>
  95
  96             <li><!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein view from Ensembl locus cross-references</li>
  97           </ul>
  98           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  99           <em>Testing and Deployment</em>
 100           <ul><li><!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI</li></ul>
 101           </div>
 102       </td>
 103       <td><div align="left">
 104           <em>General</em>
 105           <ul>
 106             <li><!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour threshold text field doesn't trigger an update to the alignment view</li>
 107             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 108             <li><!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when alignment window is closed</li>
 109           </ul>
 110           <em>Desktop</em>
 111           <ul>
 112             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
 113             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 114             </li>
 115             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 116             </li>
 117             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 118             <li><!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not rendered when switching back from Wrapped to normal view</li>
 119             <li><!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when scrolling right in unwapped alignment view</li>
 120             <li><!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence incorrectly relocated when full sequence retrieved from database</li>
 121             <li><!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)</li>
 122             <li><!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow features of same type and group to be selected for amending</li>
 123             <li><!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide alignments when hidden columns are present</li>
 124             <li><!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and displaying several structures</li>
 125             <li><!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or moving a window</li>
 126             <li><!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows within the Jalview desktop on OSX</li>
 127             <li><!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically when in wrapped alignment mode</li>
 128             <li><!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right hand end of alignment</li>
 129            </ul>
 130           <strong><em>Applet</em></strong><br/>
 131            <ul>
 132             <li><!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when closing alignment panel</li>
 133           </ul>
 134           </div>
 135       </td>
 136     </tr>
 137     <tr>
 138       <td width="60" nowrap>
 139         <div align="center">
 140           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 141             <em>2/10/2017</em></strong>
 142         </div>
 143       </td>
 144       <td><div align="left">
 145           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 146           <ul>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 149             </li>
 150             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 151             </li>
 152           </ul>
 153         </div></td>
 154       <td><div align="left">
 155         </div></td>
 156     </tr>
 157     <tr>
 158       <td width="60" nowrap>
 159         <div align="center">
 160           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 161             <em>7/9/2017</em></strong>
 162         </div>
 163       </td>
 164       <td><div align="left">
 165           <em></em>
 166           <ul>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 169               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 170               white)
 171             </li>
 172             <li>
 173               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 174               Preferences
 175             </li>
 176             <li>
 177               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 178               in size and progress bar shown as higher resolution
 179               overview is recalculated
 180             </li>
 181
 182           </ul>
 183         </div></td>
 184       <td><div align="left">
 185           <em></em>
 186           <ul>
 187             <li>
 188               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 189               column region row by row
 190             </li>
 191             <li>
 192               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 193               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 194             </li>
 195             <li>
 196               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 197               format setting is unticked
 198             </li>
 199             <li>
 200               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 201               if group has show boxes format setting unticked
 202             </li>
 203             <li>
 204               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 205               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 206               include sequences and columns not currently displayed
 207             </li>
 208             <li>
 209               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 210               assemblies are imported via CIF file
 211             </li>
 212             <li>
 213               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 214               displayed when threshold or conservation colouring is also
 215               enabled.
 216             </li>
 217             <li>
 218               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 219               server version
 220             </li>
 221             <li>
 222               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 223               dragging a selected region off the visible region of the
 224               alignment
 225             </li>
 226             <li>
 227               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 228               colourscheme to all groups in a view
 229             </li>
 230             <li>
 231               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 232               initially after font size change using the Font chooser or
 233               middle-mouse zoom
 234             </li>
 235           </ul>
 236         </div></td>
 237     </tr>
 238     <tr>
 239       <td width="60" nowrap>
 240         <div align="center">
 241           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 242         </div>
 243       </td>
 244       <td><div align="left">
 245           <em>Calculations</em>
 246           <ul>
 247
 248             <li>
 249               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 250               ungapped positions in each column of the alignment.
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 254               a calculation dialog box
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 258               and memory efficiency (~30x faster)
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 262               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 263               and other calculations
 264             </li>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 267               files within the Jalview codebase
 268             </li>
 269             <li>
 270               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 271               Similarity may have different topology due to increased
 272               precision
 273             </li>
 274           </ul>
 275           <em>Rendering</em>
 276           <ul>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 279               model for alignments and groups
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 283               scripts
 284             </li>
 285           </ul>
 286           <em>Overview</em>
 287           <ul>
 288             <li>
 289               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 290               with alignment and overview windows
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 294               overview
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 298               omitted in Overview
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 302               adjustment of visible position
 303             </li>
 304           </ul>
 305
 306           <em>Data import/export</em>
 307           <ul>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 310               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 314               annotation input/output via stockholm flatfile
 315             </li>
 316             <li>
 317               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 318               extension when importing structure files without embedded
 319               names or PDB accessions
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 323               format sequence substitution matrices
 324             </li>
 325           </ul>
 326           <em>User Interface</em>
 327           <ul>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 330               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 331               the application.
 332             </li>
 333             <li>
 334               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 335               via Overview or sequence motif search operations
 336             </li>
 337             <li>
 338               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 339               opened by double clicking gaps within sequence feature
 340               extent
 341             </li>
 342             <li>
 343               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 344               aligned positions were available to create a 3D structure
 345               superposition.
 346             </li>
 347           </ul>
 348           <em>3D Structure</em>
 349           <ul>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 352               coloured in linked structure views
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 356               file-based command exchange
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 360               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 361               structures are already available for sequences
 362             </li>
 363             <li>
 364               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 365               the Jalview project rather than downloaded again when the
 366               project is reopened.
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 370               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 371               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 372                 Feature</strong>)
 373             </li>
 374           </ul>
 375           <em>Web Services</em>
 376           <ul>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 382               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 383               Analysis services
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 387               cross-references provided by identifiers.org and the
 388               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 389             </li>
 390           </ul>
 391
 392           <em>Scripting</em>
 393           <ul>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 396               identifying file formats (instead of String constants)
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 400               efficiency when counting all displayed features (not
 401               backwards compatible with 2.10.1)
 402             </li>
 403           </ul>
 404           <em>Example files</em>
 405           <ul>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 408               included in the example feature file
 409             </li>
 410           </ul>
 411           <em>Documentation</em>
 412           <ul>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 415               with the built-in Java help viewer
 416             </li>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 419               sequence description' option
 420             </li>
 421           </ul>
 422           <em>Test Suite</em>
 423           <ul>
 424             <li>
 425               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 426               Uniprot REST Free Text Search Client
 427             </li>
 428             <li>
 429               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 433               during tests
 434             </li>
 435           </ul>
 436         </div></td>
 437       <td><div align="left">
 438           <em>Calculations</em>
 439           <ul>
 440             <li>
 441               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 442               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 443               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 444             </li>
 445             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 446               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 447               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 448               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 449               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 450               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 451               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 452               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 453               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 454               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 455               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 456               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 457               // for 2.10.1 mode <br />
 458               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 459               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 460                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 461                 calculations (not recommended)</em></li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 464               scaling of branch lengths for trees computed using
 465               Sequence Feature Similarity.
 466             </li>
 467             <li>
 468               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 469               generating output report when working with highly
 470               redundant alignments
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 474               right of selected region when gaps present on right-hand
 475               boundary
 476             </li>
 477           </ul>
 478           <em>User Interface</em>
 479           <ul>
 480             <li>
 481               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 482               doesn't reselect a specific sequence's associated
 483               annotation after it was used for colouring a view
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 487               opened on a region of alignment without groups
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 491               of an alignment with overlapping groups
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 495               name and description match
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 499               hidden regions results in incorrect hidden regions
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 503               changing colour does not apply Conservation slider value
 504               to all groups
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 508               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 512               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 516               gaps before start of features
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 520               restored to UI when feature colour is edited
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 524               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 528               as graduate feature colour settings are modified via the
 529               dialog box
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 533               when a group defined on the alignment is resized
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 537               wrapped view result in positional status updates
 538             </li>
 539
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 542               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 546               alignment included gapped columns
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 550               widgets don't permanently disappear
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 554               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 555               T-Coffee column reliability scores)
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 559               sequence feature on gaps only
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 563               button from a Find inherit previously defined feature type
 564               rather than the Find query string
 565             </li>
 566             <li>
 567               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 568               exporting tree calculated in Jalview
 569             </li>
 570             <li>
 571               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 572               and then revealing them reorders sequences on the
 573               alignment
 574             </li>
 575             <li>
 576               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 577               doesn't update to reflect available set of groups after
 578               interactively adding or modifying features
 579             </li>
 580             <li>
 581               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 582               Linux
 583             </li>
 584             <li>
 585               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 586               only excluded gaps in current sequence and ignored
 587               selection.
 588             </li>
 589           </ul>
 590           <em>Rendering</em>
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 594               erratically when hidden rows or columns are present
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 598               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 599               sequence colouring
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 603               colour and group colour menu for protein alignments
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 607               reflect currently selected view or group's shading
 608               thresholds
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 612               when rendered on overview and structures when opacity at
 613               100%
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 617               overview when features overlaid on alignment
 618             </li>
 619           </ul>
 620           <em>Data import/export</em>
 621           <ul>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 624               load
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 628               added after a sequence was imported are not written to
 629               Stockholm File
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 633               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 637               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 641               with lightGray or darkGray via features file (but can
 642               specify lightgray)
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 646               when alignment view imported from project
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 650               structure and sequences extracted from structure files
 651               imported via URL and viewed in Jmol
 652             </li>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 655               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 656               the project is loaded and the structure viewed
 657             </li>
 658           </ul>
 659           <em>Web Services</em>
 660           <ul>
 661             <li>
 662               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 663               release of Ensembl v.88
 664             </li>
 665             <li>
 666               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 667               appear enabled in Preferences->Connections
 668             </li>
 669             <li>
 670               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 671               removed from console output
 672             </li>
 673             <li>
 674               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 675               Ensembl by Peptide ID
 676             </li>
 677             <li>
 678               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 679               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 680               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 681               due to 'null' string rather than empty string used for
 682               residues with no corresponding PDB mapping).
 683             </li>
 684           </ul>
 685           <em>Application UI</em>
 686           <ul>
 687             <li>
 688               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 689               menu
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 693               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 694               new documentation and tooltips added)
 695             </li>
 696             <li>
 697               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 698               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 699             </li>
 700             <li>
 701               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 702               new features are added to alignment
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 706               changes to feature colours via the Amend features dialog
 707             </li>
 708             <li>
 709               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 710               edit graduated feature colour via amend features dialog
 711               box
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 715               selection menu changes colours of alignment views
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 719               from alignment calculation workers after alignment has
 720               been closed
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 724               groups now 'Create Group'
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 728               Create/Undefine group doesn't always work
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 732               shown again after pressing 'Cancel'
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 736               adjusts start position in wrap mode
 737             </li>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 740               ambiguous amino acids
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 744               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 745               proteins
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 749               Defined' don't appear in Colours menu
 750             </li>
 751           </ul>
 752           <em>Applet</em>
 753           <ul>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 756               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 760               overview or linked structure view
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 764               work (since 2.8)
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 768               user-defined colourscheme doesn't restore original
 769               colourscheme
 770             </li>
 771           </ul>
 772           <em>Test Suite</em>
 773           <ul>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 776               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 780               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 781               problems with deep array comparison equality asserts in
 782               successive versions of TestNG
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 786               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 787             </li>
 788           </ul>
 789           <em>New Known Issues</em>
 790           <ul>
 791             <li>
 792               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 793               phase after a sequence motif find operation
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 797               containing just upper and lower case letters are
 798               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 802               reliably from eggnog Ortholog database
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 806               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 807               to mark columns containing highlighted regions.
 808             </li>
 809             <li>
 810               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 811               doesn't always add secondary structure annotation.
 812             </li>
 813           </ul>
 814         </div>
 815     <tr>
 816       <td width="60" nowrap>
 817         <div align="center">
 818           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 819         </div>
 820       </td>
 821       <td><div align="left">
 822           <em>General</em>
 823           <ul>
 824             <li>
 825               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 826               for all consensus calculations
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 830               3rd Oct 2016)
 831             </li>
 832             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 833               for 2016-2017</li>
 834           </ul>
 835           <em>Application</em>
 836           <ul>
 837             <li>
 838               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 839               set of database cross-references, sorted alphabetically
 840             </li>
 841             <li>
 842               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 843               from database cross references. Users with custom links
 844               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 845                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 849               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 850               Chimera session
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 854               the Chimera it is connected to is shut down
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 858               columns menu item to mark columns containing highlighted
 859               regions (e.g. from structure selections or results of a
 860               Find operation)
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 864               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 865               MSAviewer
 866             </li>
 867           </ul>
 868         </div></td>
 869       <td>
 870         <div align="left">
 871           <em>General</em>
 872           <ul>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 875               are not coloured or thresholded according to percent
 876               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 877             </li>
 878             <li>
 879               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 880               hydrophobic
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 884               threshold, amino acid properties)
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 888               reported as mapped to residues in a structure file in the
 889               View Mapping report
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 893               could be added multiple times to a sequence
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 897               bond features shown as two highlighted residues rather
 898               than a range in linked structure views, and treated
 899               correctly when selecting and computing trees from features
 900             </li>
 901             <li>
 902               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 903               cross-references are matched to database name regardless
 904               of case
 905             </li>
 906
 907           </ul>
 908           <em>Application</em>
 909           <ul>
 910             <li>
 911               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 912               names without regular expressions also offer links from
 913               Sequence ID
 914             </li>
 915             <li>
 916               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 917               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 918               update Jalview configuration
 919             </li>
 920             <li>
 921               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 922               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 923             </li>
 924             <li>
 925               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 926               files with similarly named sequences if dropped onto the
 927               alignment
 928             </li>
 929             <li>
 930               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 931               entries where more chains exist in the PDB accession than
 932               are reported in the SIFTS file
 933             </li>
 934             <li>
 935               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 936               the structure view when displayed with Chimera
 937             </li>
 938             <li>
 939               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 940               panel's View->Show Chains submenu
 941             </li>
 942             <li>
 943               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 944               work for wrapped alignment views
 945             </li>
 946             <li>
 947               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 948               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 949             </li>
 950             <li>
 951               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 952               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 953               first annotation row
 954             </li>
 955             <li>
 956               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 957               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 958             </li>
 959             <li>
 960               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 961               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 962             </li>
 963             <!-- JAL-2319 -->
 964             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 965             coordindate data
 966             </li>
 967           </ul>
 968           <!--           <em>New Known Issues</em>
 969           <ul>
 970             <li></li>
 971           </ul> -->
 972         </div>
 973       </td>
 974     </tr>
 975     <td width="60" nowrap>
 976       <div align="center">
 977         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 978           <em>25/10/2016</em></strong>
 979       </div>
 980     </td>
 981     <td><em>Application</em>
 982       <ul>
 983         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 984           view if structures already loaded</li>
 985         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 986           structure views</li>
 987       </ul></td>
 988     <td>
 989       <div align="left">
 990         <em>General</em>
 991         <ul>
 992           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 993             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 994           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 995             example sequences/projects/trees</li>
 996         </ul>
 997         <em>Application</em>
 998         <ul>
 999           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1000             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1001           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1002             without timeout for structures with multiple models or
1003             multiple sequences in alignment</li>
1004           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1005             PDB ID HEADER line</li>
1006           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1007             is performed</li>
1008           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1009             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1010           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1011           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1012             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1013             option</li>
1014           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1015             is created on the alignment</li>
1016           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1017             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1018             pop-up menu</li>
1019         </ul>
1020         <em>Build and deployment</em>
1021         <ul>
1022           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1023             tags</li>
1024         </ul>
1025         <em>New Known Issues</em>
1026         <ul>
1027           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1028             on Windows</li>
1029         </ul>
1030       </div>
1031     </td>
1032     </tr>
1033     <tr>
1034       <td width="60" nowrap>
1035         <div align="center">
1036           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1037         </div>
1038       </td>
1039       <td><em>General</em>
1040         <ul>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1043           </li>
1044           <li>
1045             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1046             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1047             better PDB parsing.
1048           </li>
1049           <li>
1050             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1051             reference sequence
1052           </li>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1055             mousing over sequence associated annotation
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1059             for manual entry
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1063             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1064             for each column
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1068             showing or hiding columns containing a feature
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1072             group and sequence associated annotation labels
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1076             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1077             dialogs
1078           </li>
1079
1080         </ul> <em>Application</em>
1081         <ul>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1084             gene/transcript view
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1088             dialog
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1092             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1096             Pfam sources to xfam.org
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1103             over sequences in Jalview
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1107             regions in ENA and EMBL
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1111             for record retrieval via ENA rest API
1112           </li>
1113           <li>
1114             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1115             complement operator
1116           </li>
1117           <li>
1118             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1119             groovy script execution
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1123             alignment window's Calculate menu
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1127             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1128           </li>
1129           <li>
1130             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1131             calculation workers from groovy scripts
1132           </li>
1133           <li>
1134             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1135             Jalview projects
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1139             associations are now saved/restored from project
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1143             before sequence fetcher is opened
1144           </li>
1145           <li>
1146             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1147             database chooser opens a sequence fetcher
1148           </li>
1149           <li>
1150             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1151             the UniProt REST API
1152           </li>
1153           <li>
1154             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1155             the news reader opening
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1159             querying stored in preferences
1160           </li>
1161           <li>
1162             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1163             search results
1164           </li>
1165           <li>
1166             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1167           </li>
1168           <li>
1169             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1170             menu for nucleotide sequences
1171           </li>
1172           <li>
1173             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1174             and feature counts preserves alignment ordering (and
1175             debugged for complex feature sets).
1176           </li>
1177           <li>
1178             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1179             viewing structures with Jalview 2.10
1180           </li>
1181           <li>
1182             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1183             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1184             Ensembl Genomes REST API
1185           </li>
1186           <li>
1187             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1188             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1189             (Ensembl)
1190           </li>
1191           <li>
1192             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1193             sequences
1194           </li>
1195           <li>
1196             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1197             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1198             data from external database records.
1199           </li>
1200           <li>
1201             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1202             efficient recovery of sequence coding and alignment
1203             annotation relationships.
1204           </li>
1205         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1206         <ul>
1207           <li>
1208             -- JAL---
1209           </li>
1210         </ul> --></td>
1211       <td>
1212         <div align="left">
1213           <em>General</em>
1214           <ul>
1215             <li>
1216               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1217               menu on OSX
1218             </li>
1219             <li>
1220               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1221               includes graduated colourschemes
1222             </li>
1223             <li>
1224               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1225               working with big alignments and lots of hidden columns
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1229               at right of alignment window
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1233               contents
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1237               for DNA alignments
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1241               based tree calculation
1242             </li>
1243             <li>
1244               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1245               unconserved enabled for group on alignment
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1249               set as reference
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1253               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1254               annotation
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1258               hidden columns present
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1262               user created annotation added to alignment
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1266               '()' base pair annotation
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1270               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1271               Consensus
1272             </li>
1273             <li>
1274               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1275               feature not working
1276             </li>
1277             <li>
1278               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1279               beginning of sequence
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1283               entry 3a6s
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1287               from a tree when t-coffee scores are shown
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1291               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1295               some structures
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1299               to Clustal, PIR and PileUp output
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1303               not visible causes alignment window to repaint
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1307               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1308               scores associated with features and annotation rows
1309             </li>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1312               calculation should be case independent
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1316               columns
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1320               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1321               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1325               problems when reference sequence defined and 'show
1326               non-conserved' enabled
1327             </li>
1328             <li>
1329               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1330               load even when Consensus calculation is disabled
1331             </li>
1332             <li>
1333               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1334               alignment does nothing
1335             </li>
1336           </ul>
1337           <em>Application</em>
1338           <ul>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1341               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1342               yet fixed for El Capitan)
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1346               output when running on non-gb/us i18n platforms
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1350               hidden sequences as flat-file alignment
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1354               launching Chimera
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1358               (also hotfix for 2.9.0b2)
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1362               reference sequence defined
1363             </li>
1364             <li>
1365               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1366               alignments and views when revealing hidden columns
1367             </li>
1368             <li>
1369               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1370               view in a cDNA/Protein splitframe
1371             </li>
1372             <li>
1373               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1374               sequence from project when only one sequence is
1375               represented
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1379               in Structure Chooser
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1383               structure consensus didn't refresh annotation panel
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1387               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1388             </li>
1389             <li>
1390               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1391               dialogs format columns correctly, don't display array
1392               data, sort columns according to type
1393             </li>
1394             <li>
1395               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1396               file chooser is cancelled during an image export
1397             </li>
1398             <li>
1399               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1400               sequence name containing special characters
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1404               case insensitive
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1408               formatting don't wrap
1409             </li>
1410             <li>
1411               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1412               truncated so L looks like I in consensus annotation
1413             </li>
1414             <li>
1415               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1416               currently displayed features for the current selection or
1417               view
1418             </li>
1419             <li>
1420               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1421               after fetching cross-references, and restoring from
1422               project
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1426               followed in the structure viewer
1427             </li>
1428             <li>
1429               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1430               splitframe not restored from project
1431             </li>
1432             <li>
1433               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1434               trailing end of protein alignment in transcript/product
1435               splitview when pad-gaps not enabled by default
1436             </li>
1437             <li>
1438               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1439               is case dependent
1440             </li>
1441             <li>
1442               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1443               article has been read (reopened issue due to
1444               internationalisation problems)
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1448               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1449               cross-references
1450             </li>
1451
1452             <li>
1453               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1454               alignment as HTML
1455             </li>
1456             <li>
1457               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1458               multiple structures are shown for one or more sequences.
1459             </li>
1460             <li>
1461               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1462               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1463               is enabled.
1464             </li>
1465             <li>
1466               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1467               specific PDB id for sequence
1468             </li>
1469             <li>
1470               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1471               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1472               columns' is disabled.
1473             </li>
1474             <li>
1475               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1476               selects lowest rather than highest resolution structures
1477               for each sequence
1478             </li>
1479             <li>
1480               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1481               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1482             </li>
1483             <li>
1484               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1485               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1486             </li>
1487             <li>
1488               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1489               after clicking on it to create new annotation for a
1490               column.
1491             </li>
1492             <li>
1493               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1494               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1495             </li>
1496             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1497             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1498           </ul>
1499           <em>Applet</em>
1500           <ul>
1501             <li>
1502               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1503               hidden columns present before start of sequence
1504             </li>
1505             <li>
1506               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1507               (JSON jars)
1508             </li>
1509             <li>
1510               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1511               sequences are hidden in applet
1512             </li>
1513             <li>
1514               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1515               deployment on examples pages.
1516             </li>
1517           </ul>
1518         </div>
1519       </td>
1520     </tr>
1521     <tr>
1522       <td width="60" nowrap>
1523         <div align="center">
1524           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1525             <em>16/10/2015</em></strong>
1526         </div>
1527       </td>
1528       <td><em>General</em>
1529         <ul>
1530           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1531             jars</li>
1532         </ul></td>
1533       <td>
1534         <div align="left">
1535           <em>Application</em>
1536           <ul>
1537             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1538               shown when tree is partitioned</li>
1539             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1540               multiple cDNA/Protein split views</li>
1541           </ul>
1542         </div>
1543       </td>
1544     </tr>
1545     <tr>
1546       <td width="60" nowrap>
1547         <div align="center">
1548           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1549             <em>8/10/2015</em></strong>
1550         </div>
1551       </td>
1552       <td><em>General</em>
1553         <ul>
1554           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1555             2.9</li>
1556         </ul> <em>Application</em>
1557         <ul>
1558           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1559           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1560           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1561         </ul> <em>Applet</em>
1562         <ul>
1563           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1564         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1565         <ul>
1566           <li>
1567             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1568             suite
1569           </li>
1570         </ul></td>
1571       <td>
1572         <div align="left">
1573           <em>General</em>
1574           <ul>
1575             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1576               incorrect when sequence start > 1</li>
1577             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1578               documentation</li>
1579             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1580             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1581               loading a features file containing HTML tags in feature
1582               description</li>
1583
1584           </ul>
1585           <em>Application</em>
1586           <ul>
1587             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1588               reimport</li>
1589             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1590               with 'trim retrieved sequences'</li>
1591             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1592               deleting selected columns</li>
1593             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1594               JNLP templates for webstart launch</li>
1595             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1596               unreleased structures for download or viewing</li>
1597             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1598               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1599             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1600               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1601             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1602               recovered from jalview project</li>
1603             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1604               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1605               alignment view</li>
1606             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1607               color schemes from BioJSON</li>
1608           </ul>
1609           <em>Applet</em>
1610           <ul>
1611             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1612               frame</li>
1613             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1614           </ul>
1615         </div>
1616       </td>
1617     </tr>
1618     <tr>
1619       <td><div align="center">
1620           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1621         </div></td>
1622       <td><em>General</em>
1623         <ul>
1624           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1625             alignments:
1626             <ul>
1627               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1628                 and DNA alignment views</li>
1629               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1630                 cDNA alignment views</li>
1631               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1632                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1633               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1634                 protein sequences</li>
1635             </ul>
1636           </li>
1637           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1638           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1639             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1640           <li>New alignment annotation file statements for
1641             reference sequences and marking hidden columns</li>
1642           <li>Reference sequence based alignment shading to
1643             highlight variation</li>
1644           <li>Select or hide columns according to alignment
1645             annotation</li>
1646           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1647           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1648             acid conservation row</li>
1649           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1650         </ul> <em>Application</em>
1651         <ul>
1652           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1653             <ul>
1654               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1655                 view with cDNA/Protein</li>
1656               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1657                 sequences are placed in the same alignment</li>
1658               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1659                 projects</li>
1660             </ul>
1661           </li>
1662
1663           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1664           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1665             Jalview windows</li>
1666
1667           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1668           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1669           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1670             be shown in VARNA</li>
1671
1672           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1673             as the active selected region</li>
1674
1675           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1676             similarity</li>
1677           <li>New Export options
1678             <ul>
1679               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1680                 region export in flat file generation</li>
1681
1682               <li>Export alignment views for display with the <a
1683                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1684
1685               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1686               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1687                 alignment figures to HTML</li>
1688           </li>
1689           <li>3D structure retrieval and display
1690             <ul>
1691               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1692                 Search API</li>
1693               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1694                 PDB structures for a sequence set</li>
1695             </ul>
1696           </li>
1697
1698           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1699             predictions</li>
1700           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1701             for one or a group of sequences</li>
1702           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1703             from the JPred4 web server</li>
1704           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1705             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1706             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1707           </li>
1708           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1709             VARNA 2D Structure'</li>
1710           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1711             Structure ..."</li>
1712
1713         </ul> <em>Applet</em>
1714         <ul>
1715           <li>New layout for applet example pages</li>
1716           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1717             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1718           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1719             Protein alignments</li>
1720         </ul> <em>Development and deployment</em>
1721         <ul>
1722           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1723           <li>Include installation type and git revision in build
1724             properties and console log output</li>
1725           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1726             storing BioJsMSA Templates</li>
1727           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1728         </ul></td>
1729       <td>
1730         <!-- <em>General</em>
1731         <ul>
1732         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1733         <ul>
1734           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1735           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1736           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1737             predictions are not highlighted in amber</li>
1738           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1739             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1740           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1741             associated structure views</li>
1742           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1743             width checkbox not enabled</li>
1744           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1745             creating user defined colours</li>
1746           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1747             mappings for just that viewer's sequences</li>
1748           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1749             multiple models in Chimera</li>
1750           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1751             over Jmol structure</li>
1752           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1753             output to text box</li>
1754           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1755             have incorrect sequence start/end</li>
1756           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1757             Jalview fails</li>
1758           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1759             work for nucleotide</li>
1760           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1761             to a grey/invisible alignment window</li>
1762           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1763             imports to different position</li>
1764           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1765             on some platforms</li>
1766           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1767             populated</li>
1768           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1769             console if Chimera has been opened</li>
1770           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1771           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1772             retrieved</li>
1773           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1774           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1775             either sequence shows on first structure</li>
1776           <li>'Show annotations' options should not make
1777             non-positional annotations visible</li>
1778           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1779             in right place after 'view flanking regions'</li>
1780           <li>File Save As type unset when current file format is
1781             unknown</li>
1782           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1783             projects</li>
1784           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1785             responsive</li>
1786           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1787             several views on same alignment</li>
1788           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1789           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1790             spaces</li>
1791         </ul> <em>Applet</em>
1792         <ul>
1793           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1794           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1795             descriptions containing angle brackets</li>
1796         </ul> <em>General</em>
1797         <ul>
1798           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1799             via jalview annotation file</li>
1800           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1801             with RNA secondary structure</li>
1802           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1803             translation doesn't work.</li>
1804           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1805           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1806             positions</li>
1807           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1808             choosing 1pt font</li>
1809           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1810             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1811             'h'</li>
1812           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1813             new feature</li>
1814           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1815             order dependent</li>
1816           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1817             sequences</li>
1818           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1819         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1820         <ul>
1821           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1822             www.jalview.org</li>
1823         </ul> <em>Application Known issues</em>
1824         <ul>
1825           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1826           <li>Misleading message appears after trying to delete
1827             solid column.</li>
1828           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1829             version launches</li>
1830           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1831             fails with a sequence mismatch</li>
1832           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1833             scrolling alignment to right</li>
1834           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1835             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1836           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1837             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1838           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1839             ultra-high resolution</li>
1840           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1841             quality and conservation</li>
1842           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1843             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1844         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1845         <ul>
1846           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1847           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1848             window is being resized</li>
1849
1850         </ul>
1851       </td>
1852     </tr>
1853     <tr>
1854       <td><div align="center">
1855           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1856         </div></td>
1857       <td><em>General</em>
1858         <ul>
1859           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1860             Certum.PL.</li>
1861           <li>Features and annotation preserved when performing
1862             pairwise alignment</li>
1863           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1864             imported/exported/displayed</li>
1865           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1866             protein secondary structure</li>
1867           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1868               post-hoc with 2.9 release</em>)
1869           </li>
1870
1871         </ul> <em>Application</em>
1872         <ul>
1873           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1874             with 3D structures</li>
1875           <li>Support for parsing RNAML</li>
1876           <li>Annotations menu for layout
1877             <ul>
1878               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1879               <li>place sequence annotation above/below alignment
1880                 annotation</li>
1881             </ul>
1882           <li>Output in Stockholm format</li>
1883           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1884             translation</li>
1885           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1886           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1887             shared between alignments</li>
1888           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1889             Jalview</li>
1890           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1891             all or current selection</li>
1892           <li>disorder and secondary structure predictions
1893             available as dataset annotation</li>
1894           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1895
1896
1897           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1898             alignments from Rfam</li>
1899           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1900
1901           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1902             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1903           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1904           <li>include installation type in build properties and
1905             console log output</li>
1906           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1907             annotation</li>
1908         </ul></td>
1909       <td>
1910         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1911         <ul>
1912           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1913             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1914           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1915             alignment</li>
1916           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1917           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1918           <li>Double click on sequence associated annotation
1919             selects only first column</li>
1920           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1921             leaves shown in tree</li>
1922           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1923             properly</li>
1924           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1925           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1926             screen and buttons not visible</li>
1927           <li>author list isn't updated if already written to
1928             Jalview properties</li>
1929           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1930             from database</li>
1931           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1932           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1933             browser search window</li>
1934           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1935             in feature settings dialog</li>
1936           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1937             desktop</li>
1938           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1939             pass validation</li>
1940           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1941             fit on screen</li>
1942           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1943             tooltip</li>
1944           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1945             defined user preset</li>
1946           <li>MSA web services warns user if they were launched
1947             with invalid input</li>
1948           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1949             Java 8</li>
1950           <li>
1951             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1952             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1953             created
1954           </li>
1955
1956         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1957         <ul>
1958         </ul> <em>General</em>
1959         <ul>
1960         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1961         <ul>
1962           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1963             memory allocation</li>
1964           <li>launchApp service doesn't automatically open
1965             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1966           <li>
1967             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1968             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1969             1.7_055 is available
1970           </li>
1971         </ul> <em>Application Known issues</em>
1972         <ul>
1973           <li>
1974             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1975             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1976             alignment to right
1977           </li>
1978           <li>
1979             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1980             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1981             with large number of ID
1982           </li>
1983           <li>
1984             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1985             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1986             start/end
1987           </li>
1988           <li>
1989             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1990             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1991             structure tracks are rearranged
1992           </li>
1993           <li>
1994             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1995             invalid rna structure positional highlighting does not
1996             highlight position of invalid base pairs
1997           </li>
1998           <li>
1999             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2000             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2001             project from alignment window file menu
2002           </li>
2003           <li>
2004             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2005             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2006             structures
2007           </li>
2008           <li>
2009             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2010             colour by RNA Helices not enabled when user created
2011             annotation added to alignment
2012           </li>
2013           <li>
2014             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2015             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2016           </li>
2017         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2018         <ul>
2019           <li>
2020             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2021             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2022           </li>
2023           <li>
2024             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2025             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2026           </li>
2027
2028           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2029             when selected</li>
2030         </ul>
2031       </td>
2032     </tr>
2033     <tr>
2034       <td><div align="center">
2035           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2036         </div></td>
2037       <td>
2038         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2039         <em>General</em>
2040         <ul>
2041           <li>Internationalisation of user interface (usually
2042             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2043           <li>Define/Undefine group on current selection with
2044             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2045           <li>Improved group creation/removal options in
2046             alignment/sequence Popup menu</li>
2047           <li>Sensible precision for symbol distribution
2048             percentages shown in logo tooltip.</li>
2049           <li>Annotation panel height set according to amount of
2050             annotation when alignment first opened</li>
2051         </ul> <em>Application</em>
2052         <ul>
2053           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2054             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2055           <li>Select columns containing particular features from
2056             Feature Settings dialog</li>
2057           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2058             sequences</li>
2059           <li>Update Jalview project format:
2060             <ul>
2061               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2062               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2063                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2064               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2065                 colouring</li>
2066             </ul>
2067           </li>
2068           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2069             (PAM250)</li>
2070           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2071             flanking regions for an alignment</li>
2072         </ul>
2073       </td>
2074       <td>
2075         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2076         <ul>
2077           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2078             running after job is cancelled</li>
2079           <li>cannot export features from alignments imported from
2080             Jalview/VAMSAS projects</li>
2081           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2082             float values</li>
2083           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2084             have 'display all symbols' flag set</li>
2085           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2086             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2087           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2088             Jalview</li>
2089           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2090             Lion/Webstart</li>
2091           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2092           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2093           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2094             alignment onto desktop</li>
2095           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2096             'extract scores' function</li>
2097           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2098             alignment window</li>
2099           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2100             performing IUPred disorder prediction</li>
2101           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2102             changing 'normalise logo' display setting</li>
2103           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2104             nothing matches query</li>
2105           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2106             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2107           </li>
2108           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2109             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2110           </li>
2111           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2112             Jalview's menu</li>
2113           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2114             'invalid literal/length code'</li>
2115           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2116             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2117           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2118             colourscheme</li>
2119
2120         </ul> <em>Applet</em>
2121         <ul>
2122           <li>Remove group option is shown even when selection is
2123             not a group</li>
2124           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2125             don't affect groups</li>
2126           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2127             colourscheme name</li>
2128           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2129             Annotation panel is not displayed</li>
2130           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2131             embedded windows</li>
2132         </ul> <em>Other</em>
2133         <ul>
2134           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2135             single sequence were not calculated</li>
2136           <li>annotation files that contain only groups imported as
2137             annotation and junk sequences</li>
2138           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2139             recognised as PFAM or BLC</li>
2140           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2141             doesn't affect background (2.8.0b1)
2142           <li></li>
2143           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2144           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2145             trailing gaps</li>
2146           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2147             registered correctly on import</li>
2148           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2149             certain alignments</li>
2150           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2151             existing annotation based 'use original colours'
2152             colourscheme loses original colours setting</li>
2153         </ul>
2154       </td>
2155     </tr>
2156     <tr>
2157       <td><div align="center">
2158           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2159             <em>30/1/2014</em></strong>
2160         </div></td>
2161       <td>
2162         <ul>
2163           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2164             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2165             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2166             open source project).
2167           </li>
2168           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2169           <li>Output in Stockholm format</li>
2170           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2171           <li>Export/import group and sequence associated line
2172             graph thresholds</li>
2173           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2174             ambiguity codes</li>
2175           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2176             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2177             works</li>
2178           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2179         </ul> <em>Other improvements</em>
2180         <ul>
2181           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2182           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2183             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2184           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2185             files</li>
2186           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2187           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2188             link but no description</li>
2189           <li>Select primary source when selecting authority in
2190             database fetcher GUI</li>
2191           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2192             Jalview</li>
2193           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2194         </ul>
2195       </td>
2196       <td>
2197         <ul>
2198           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2199             displayed</li>
2200           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2201             secondary structure annotation line</li>
2202           <li>Sequence database accessions not imported when
2203             fetching alignments from Rfam</li>
2204           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2205             identical IDs</li>
2206           <li>View all structures does not always superpose
2207             structures</li>
2208           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2209             reflect user or preset settings</li>
2210           <li>Null pointer exceptions for some services without
2211             presets or adjustable parameters</li>
2212           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2213             discover PDB xRefs</li>
2214           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2215             features with DAS</li>
2216           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2217             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2218           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2219             residue follows a gap</li>
2220           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2221             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2222           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2223             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2224           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2225             annotation already exists on alignment</li>
2226           <li>oninit javascript function should be called after
2227             initialisation completes</li>
2228           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2229             alignment window display</li>
2230           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2231           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2232             to annotation file</li>
2233           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2234             groups created</li>
2235           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2236             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2237           <li>Pressing return several times causes Number Format
2238             exceptions in keyboard mode</li>
2239           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2240             correct partitions for input data</li>
2241           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2242           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2243           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2244           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2245             mode</li>
2246           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2247             changes one row&#39;s threshold</li>
2248           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2249             doesn&#39;t open</li>
2250           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2251             quality histograms</li>
2252         </ul>
2253       </td>
2254     </tr>
2255     <tr>
2256       <td><div align="center">
2257           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2258         </div></td>
2259       <td><em>Application</em>
2260         <ul>
2261           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2262             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2263           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2264             preferences</li>
2265           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2266             in Jalview alignment window</li>
2267           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2268             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2269           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2270             RNA and ambiguity codes</li>
2271
2272           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2273           <li>Support fetching and database reference look up
2274             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2275             refs')</li>
2276           <li>Jalview project improvements
2277             <ul>
2278               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2279                 flag for annotation</li>
2280               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2281                 alignment</li>
2282               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2283                 Jalview project</li>
2284
2285             </ul>
2286           </li>
2287           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2288           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2289             running</li>
2290           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2291           <li>visual indication that web service results are still
2292             being retrieved from server</li>
2293           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2294             starts up for first time</li>
2295           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2296             services</li>
2297           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2298             client library</li>
2299           <li>Examples directory and Groovy library included in
2300             InstallAnywhere distribution</li>
2301         </ul> <em>Applet</em>
2302         <ul>
2303           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2304             visualization applet example</li>
2305         </ul> <em>General</em>
2306         <ul>
2307           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2308           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2309             defaults</li>
2310           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2311             calculation</li>
2312           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2313             matrices
2314           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2315             in HTML</li>
2316           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2317             structure contacts</li>
2318           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2319           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2320           <li>Parse sequence associated secondary structure
2321             information in Stockholm files</li>
2322           <li>HTML Export database accessions and annotation
2323             information presented in tooltip for sequences</li>
2324           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2325             style RNA alignment files</li>
2326           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2327             alignment</li>
2328           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2329             shade each sequence according to its associated alignment
2330             annotation</li>
2331           <li>New Jalview Logo</li>
2332         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2333         <ul>
2334           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2335           <li>New Website!</li>
2336         </ul></td>
2337       <td><em>Application</em>
2338         <ul>
2339           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2340             wsdbfetch REST service</li>
2341           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2342           <li>Filetype associations not installed for webstart
2343             launch</li>
2344           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2345             job execution in full once it is complete</li>
2346           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2347             uploaded via ali_file parameter</li>
2348           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2349           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2350           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2351             submitted for prediction</li>
2352           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2353             desktop window</li>
2354           <li>Putting fractional value into integer text box in
2355             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2356           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2357             windows 7</li>
2358           <li>View all structures fails with exception shown in
2359             structure view</li>
2360           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2361             escaped in a platform independent way</li>
2362           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2363             using proxy</li>
2364           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2365             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2366           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2367             failure when java web start temporary file caching is
2368             disabled</li>
2369           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2370             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2371           <li>Errors during processing of command line arguments
2372             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2373           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2374             DAS sources in sequence fetcher</li>
2375           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2376             dialog is shown</li>
2377           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2378           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2379           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2380           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2381             on OSX Mountain Lion</li>
2382           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2383             sequences with alignment annotation are pasted into the
2384             alignment</li>
2385           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2386             when loaded from Jalview project</li>
2387           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2388           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2389             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2390           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2391             associated with all views</li>
2392           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2393             annotation rows to new window</li>
2394         </ul> <em>Applet</em>
2395         <ul>
2396           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2397             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2398           <li>loading features via javascript API automatically
2399             enables feature display</li>
2400           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2401             work</li>
2402         </ul> <em>General</em>
2403         <ul>
2404           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2405           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2406             and then deselected</li>
2407           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2408           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2409             coloured with clustalx</li>
2410           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2411             exceptions and redraw errors</li>
2412           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2413             reconfigured view</li>
2414           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2415             colour</li>
2416           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2417             for lots of labels</li>
2418         </ul>
2419     </tr>
2420     <tr>
2421       <td>
2422         <div align="center">
2423           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2424         </div>
2425       </td>
2426       <td><em>Application</em>
2427         <ul>
2428           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2429           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2430           <li>View/alignment association menu to enable user to
2431             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2432             its colours/correspondences from</li>
2433           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2434           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2435             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2436           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2437           <li>Annotation row column label formatting attributes
2438             stored in project file</li>
2439           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2440             rows preserved in Jalview project file</li>
2441           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2442             saved using Desktop window menu</li>
2443           <li>Visual indication that command line arguments are
2444             still being processed</li>
2445           <li>Groovy script execution from URL</li>
2446           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2447             preferences</li>
2448           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2449             alignment with sequences that have high similarity and
2450             matching IDs</li>
2451           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2452           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2453             structures in same window</li>
2454           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2455           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2456             analysis function in its own submenu</li>
2457         </ul> <em>Applet</em>
2458         <ul>
2459           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2460             groups</li>
2461           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2462           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2463           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2464           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2465           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2466             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2467           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2468           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2469             parameters are treated as such</li>
2470           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2471             <ul>
2472               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2473               <li>Javascript callbacks for
2474                 <ul>
2475                   <li>Applet initialisation</li>
2476                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2477                 </ul>
2478               </li>
2479               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2480                 functions</li>
2481               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2482               <li>javascript structure viewer harness to pass
2483                 messages between Jmol and Jalview when running as
2484                 distinct applets</li>
2485               <li>sortBy method</li>
2486               <li>Set of applet and application examples shipped
2487                 with documentation</li>
2488               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2489                 javascript message exchange</li>
2490             </ul>
2491         </ul> <em>General</em>
2492         <ul>
2493           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2494             multiple alignments</li>
2495           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2496           <li>User configurable link to enable redirects to a
2497             www.Jalview.org mirror</li>
2498           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2499           <li>Configurable newline string when writing alignment
2500             and other flat files</li>
2501           <li>Allow alignment annotation description lines to
2502             contain html tags</li>
2503         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2504         <ul>
2505           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2506             examples</li>
2507           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2508             using a web service before displaying the result in the
2509             Jalview desktop</li>
2510           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2511           <li>Ant target to publish example html files with applet
2512             archive</li>
2513           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2514           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2515         </ul></td>
2516       <td><em>Application</em>
2517         <ul>
2518           <li>User defined colourscheme throws exception when
2519             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2520           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2521             dialog for valid filename/format</li>
2522           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2523           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2524             P37173</li>
2525           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2526             which sequence is to be associated with the file</li>
2527           <li>Find All raises null pointer exception when query
2528             only matches sequence IDs</li>
2529           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2530           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2531             2.4 cannot be loaded</li>
2532           <li>Filetype associations not installed for webstart
2533             launch</li>
2534           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2535             with sequences in different alignments do not get coloured
2536             by their associated sequence</li>
2537           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2538             not preserved when project is loaded</li>
2539           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2540             stored in Jalview project</li>
2541           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2542             Jalview project</li>
2543           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2544           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2545             by conservation</li>
2546           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2547             created on new view</li>
2548           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2549             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2550           <li>Alignment quality not updated after alignment
2551             annotation row is hidden then shown</li>
2552           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2553             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2554           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2555             properly</li>
2556           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2557             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2558           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2559           <li>Structures imported from file and saved in project
2560             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2561           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2562             job execution in full once it is complete</li>
2563         </ul> <em>Applet</em>
2564         <ul>
2565           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2566             annotation rows are displayed</li>
2567           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2568             codebase</li>
2569           <li>View follows highlighting does not work for positions
2570             in sequences</li>
2571           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2572           <li>Export features raises exception when no features
2573             exist</li>
2574           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2575             for javascript api is modified when separator string
2576             provided as parameter</li>
2577           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2578             alignment with no existing selection</li>
2579           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2580             to applet&#39;s codebase</li>
2581           <li>Status bar not updated after finished searching and
2582             search wraps around to first result</li>
2583           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2584             several Jalview applets causes race conditions and memory
2585             leaks</li>
2586           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2587             not sent from Jmol in applet</li>
2588           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2589             applet API fatally hang browser</li>
2590         </ul> <em>General</em>
2591         <ul>
2592           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2593             position with wrapped view and hidden regions</li>
2594           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2595             with/without hidden columns</li>
2596           <li>Sequence length given in alignment properties window
2597             is off by 1</li>
2598           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2599             import PDB like structure files</li>
2600           <li>Positional search results are only highlighted
2601             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2602           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2603           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2604             given sequence position</li>
2605           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2606             output</li>
2607           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2608             from nucleotide chains correctly</li>
2609           <li>Structure colours not updated when tree partition
2610             changed in alignment</li>
2611           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2612             parsed in interleaved stockholm</li>
2613           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2614             state</li>
2615           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2616             properly</li>
2617           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2618             properly associated with their pdb files</li>
2619         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2620         <ul>
2621           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2622             ApplyCopyright tool</li>
2623         </ul></td>
2624     </tr>
2625     <tr>
2626       <td>
2627         <div align="center">
2628           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2629         </div>
2630       </td>
2631       <td><em>Application</em>
2632         <ul>
2633           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2634             contact web services</li>
2635           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2636             service job window</li>
2637           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2638         </ul></td>
2639       <td>
2640         <ul>
2641           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2642             pir file emitted by Jalview</li>
2643           <li>Existing feature settings transferred to new
2644             alignment view created from cut'n'paste</li>
2645           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2646             parsing PDB files</li>
2647           <li>Consensus and conservation annotation rows
2648             occasionally become blank for all new windows</li>
2649           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2650             in wrapped view mode</li>
2651         </ul> <em>Application</em>
2652         <ul>
2653           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2654             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2655           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2656             parameter names</li>
2657           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2658             is down</li>
2659         </ul>
2660       </td>
2661     </tr>
2662     <tr>
2663       <td>
2664         <div align="center">
2665           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2666         </div>
2667       </td>
2668       <td><em>Application</em>
2669         <ul>
2670           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2671             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2672             (JABAWS)
2673           </li>
2674           <li>Web Services preference tab</li>
2675           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2676             preferences</li>
2677           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2678           <li>Superpose structures using associated sequence
2679             alignment</li>
2680           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2681             viewer</li>
2682         </ul> <em>Applet</em>
2683         <ul>
2684           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2685             link out mechanism</li>
2686         </ul> <em>Other</em>
2687         <ul>
2688           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2689             series 12</li>
2690           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2691             require Java 1.5</li>
2692           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2693             sequence annotation files</li>
2694           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2695             type colour specification</li>
2696           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2697             script to check if it being run in an interactive session or
2698             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2699         </ul></td>
2700       <td>
2701         <ul>
2702           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2703             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2704         </ul> <em>Application</em>
2705         <ul>
2706           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2707             selected Regions menu item</li>
2708           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2709             part of a valid accession ID</li>
2710           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2711             runs out of memory</li>
2712           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2713             analysis results</li>
2714           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2715             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2716           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2717         </ul> <em>Applet</em>
2718         <ul>
2719           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2720             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2721             defined.</li>
2722         </ul>
2723       </td>
2724     </tr>
2725     <tr>
2726       <td>
2727         <div align="center">
2728           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2729         </div>
2730       </td>
2731       <td></td>
2732       <td>
2733         <ul>
2734           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2735             sequence IDs</li>
2736           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2737             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2738           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2739             import correctly</li>
2740           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2741             number of columns are hidden</li>
2742           <li>annotation label popup menu not providing correct
2743             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2744             present</li>
2745           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2746             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2747           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2748             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2749
2750         </ul> <em>Applet</em>
2751         <ul>
2752           <li>annotation panel disappears when annotation is
2753             hidden/removed</li>
2754         </ul> <em>Application</em>
2755         <ul>
2756           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2757             alignment opened where annotation panel is visible but no
2758             annotations are present on alignment</li>
2759           <li>pasted region containing hidden columns is
2760             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2761           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2762             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2763           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2764             selected Rregions menu item.</li>
2765           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2766             'Un' or 'Non'conserved</li>
2767           <li>Sequence feature settings are being shared by
2768             multiple distinct alignments</li>
2769           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2770             changed</li>
2771           <li>double click on group annotation to select sequences
2772             does not propagate to associated trees</li>
2773           <li>Mac OSX specific issues:
2774             <ul>
2775               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2776                 window background</li>
2777               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2778                 name set correctly</li>
2779               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2780                 save feature colourscheme button</li>
2781             </ul>
2782           </li>
2783         </ul>
2784       </td>
2785     </tr>
2786     <tr>
2787
2788       <td>
2789         <div align="center">
2790           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2791         </div>
2792       </td>
2793       <td><em>New Capabilities</em>
2794         <ul>
2795           <li>URL links generated from description line for
2796             regular-expression based URL links (applet and application)
2797
2798           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2799             menu</li>
2800           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2801             structures</li>
2802           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2803             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2804           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2805             average score or total feature count for each sequence.</li>
2806           <li>Shading features by score or associated description</li>
2807           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2808             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2809           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2810             hide everything but the currently selected region.</li>
2811           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2812         </ul> <em>Application</em>
2813         <ul>
2814           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2815             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2816           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2817             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2818           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2819             database references and protein_name is parsed as
2820             description line (BioSapiens terms).</li>
2821           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2822             references in sequence ID tooltip from View menu in
2823             application.</li>
2824           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2825       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2826           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2827             conservation plots</li>
2828           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2829             and visualized as sequence logos</li>
2830           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2831             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2832           </li>
2833           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2834             when a new tree is opened.</li>
2835           <li>Jalview Java Console</li>
2836           <li>Better placement of desktop window when moving
2837             between different screens.</li>
2838           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2839             consensus annotation</li>
2840           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2841             Workflows</li>
2842           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2843             <ul>
2844               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2845                 used to preserve views, structures, and tree display
2846                 settings)</li>
2847               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2848                 command line</li>
2849               <li>Sharing of selected regions between views and
2850                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2851               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2852             </ul></li>
2853         </ul> <em>Applet</em>
2854         <ul>
2855           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2856           <li>New Parameters
2857             <ul>
2858               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2859                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2860                 opened.</li>
2861               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2862                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2863               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2864                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2865               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2866                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2867                 view</li>
2868               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2869                 increase the height or width of a cell in the alignment
2870                 grid relative to the current font size.</li>
2871             </ul>
2872           </li>
2873           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2874             tooltip</li>
2875         </ul> <em>Other</em>
2876         <ul>
2877           <li>Features format: graduated colour definitions and
2878             specification of feature scores</li>
2879           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2880             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2881             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2882           <li>XML formats extended to support graduated feature
2883             colourschemes, group associated annotation, and profile
2884             visualization settings.</li></td>
2885       <td>
2886         <ul>
2887           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2888             rather than description</li>
2889           <li>Non-positional features are now included in sequence
2890             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2891             visibility in tooltip).</li>
2892           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2893           <li>Added URL embedding instructions to features file
2894             documentation.</li>
2895           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2896             'X' in peptide product</li>
2897           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2898             sequence ID and sequence string and query strings do not
2899             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2900           <li>AMSA files only contain first column of
2901             multi-character column annotation labels</li>
2902           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2903             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2904             exported and re-imported)</li>
2905           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2906             name</li>
2907           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2908             as subsequence matches, and correctly reports total number
2909             of both.</li>
2910           <li>Application:
2911             <ul>
2912               <li>Better handling of exceptions during sequence
2913                 retrieval</li>
2914               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2915                 link text excludes the start_end suffix</li>
2916               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2917                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2918               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2919               <li>Sequence description lines properly shared via
2920                 VAMSAS</li>
2921               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2922                 data sources</li>
2923               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2924                 completes before alignment figures are generated.</li>
2925               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2926                 first time.</li>
2927               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2928                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2929               <li>User defined group colours properly recovered
2930                 from Jalview projects.</li>
2931             </ul>
2932           </li>
2933         </ul>
2934       </td>
2935
2936     </tr>
2937     <tr>
2938       <td>
2939         <div align="center">
2940           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2941         </div>
2942       </td>
2943       <td>
2944         <ul>
2945           <li>Experimental support for google analytics usage
2946             tracking.</li>
2947           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2948         </ul>
2949       </td>
2950       <td>
2951         <ul>
2952           <li>Race condition in applet preventing startup in
2953             jre1.6.0u12+.</li>
2954           <li>Exception when feature created from selection beyond
2955             length of sequence.</li>
2956           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2957           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2958             all sequences with a given id</li>
2959           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2960             ID string searches</li>
2961           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2962             alignment to fail with exception</li>
2963         </ul> <em>Application Issues</em>
2964         <ul>
2965           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2966           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2967             data sources</li>
2968         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2969         <ul>
2970           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2971             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2972           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2973             version (java class versioning error fixed)</li>
2974         </ul>
2975       </td>
2976     </tr>
2977     <tr>
2978       <td>
2979
2980         <div align="center">
2981           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2982         </div>
2983       </td>
2984       <td><em>User Interface</em>
2985         <ul>
2986           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2987             translation and protein products</li>
2988           <li>Linked highlighting of structure associated with
2989             residue mapping to codon position</li>
2990           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2991             and 'clear' button</li>
2992           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2993             Tools menu</li>
2994           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2995             numeric data in description line</li>
2996           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2997           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2998             of sequence</li>
2999         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3000         <ul>
3001           <li>JPred3 web service</li>
3002           <li>Prototype sequence search client (no public services
3003             available yet)</li>
3004           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3005             PFAM</li>
3006           <li>URL Links created for matching database cross
3007             references as well as sequence ID</li>
3008           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3009         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3010         <ul>
3011           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3012             databases</li>
3013           <li>Generalised database reference retrieval and
3014             validation to all fetchable databases</li>
3015           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3016             sequence command</li>
3017         </ul> <em>Import and Export</em>
3018         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3019         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3020           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3021         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3022           File</li>
3023         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3024           triplet as name of colourscheme</li>
3025         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3026         <ul>
3027           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3028           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3029             alignments (experimental)</li>
3030           <li>Create new or select existing session to join</li>
3031           <li>load and save of vamsas documents</li>
3032         </ul> <em>Application command line</em>
3033         <ul>
3034           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3035             from applet)</li>
3036           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3037             of DAS servers to query for alignment features</li>
3038           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3039             that are also automatically queried for features</li>
3040           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3041             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3042         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3043         <ul>
3044           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3045             application (when using &quot;View in full
3046             application&quot;)</li>
3047         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3048         <ul>
3049           <li>feature group display control parameter</li>
3050           <li>debug parameter</li>
3051           <li>showbutton parameter</li>
3052         </ul> <em>Applet API methods</em>
3053         <ul>
3054           <li>newView public method</li>
3055           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3056           <li>Feature display control methods</li>
3057           <li>get list of currently selected sequences</li>
3058         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3059         <ul>
3060           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3061           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3062             Jalview release.</li>
3063           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3064             property controls execution of obfuscator</li>
3065           <li>Build target for generating source distribution</li>
3066           <li>Debug flag for javacc</li>
3067           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3068             jalview.bin.Cache</li>
3069           <li>Continuous Build Integration for stable and
3070             development version of Application, Applet and source
3071             distribution</li>
3072         </ul></td>
3073       <td>
3074         <ul>
3075           <li>selected region output includes visible annotations
3076             (for certain formats)</li>
3077           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3078             for editing</li>
3079           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3080           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3081           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3082           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3083             comments</li>
3084           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3085             filenames containing a ':'</li>
3086           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3087             global sequence features</li>
3088           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3089             references from alignment sequences goes to zero</li>
3090           <li>Close of tree branch colour box without colour
3091             selection causes cascading exceptions</li>
3092           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3093           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3094             file parsing fails.</li>
3095           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3096           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3097             not a valid output format</li>
3098           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3099             vamsas</li>
3100           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3101           <li>error messages passed up and output when data read
3102             fails</li>
3103           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3104             sequence is edited</li>
3105           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3106             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3107           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3108             filetype</li>
3109           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3110             import fixed for PFAM records</li>
3111           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3112             window list</li>
3113           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3114             can be read and written correctly to annotation file</li>
3115           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3116             correctly</li>
3117           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3118             non-italic font for representatives in Applet</li>
3119           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3120             Macs.</li>
3121           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3122             Applet)</li>
3123           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3124             due to null pointer exceptions</li>
3125           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3126             first column of alignment</li>
3127           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3128             July 2008</li>
3129           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3130             file is case-insensitive</li>
3131           <li>Sequence features read from Features file appended to
3132             all sequences with matching IDs</li>
3133           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3134             containing a sub-sequence</li>
3135           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3136           <li>feature and annotation file applet parameters
3137             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3138           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3139           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3140             splash-screen version check to complete</li>
3141           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3142             when passing them to the launchApp service</li>
3143           <li>display name and local features preserved in results
3144             retrieved from web service</li>
3145           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3146             sequence fetcher initialisation</li>
3147           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3148             dasobert DAS client</li>
3149           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3150             association</li>
3151           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3152             sequences
3153           </li>
3154         </ul>
3155       </td>
3156     </tr>
3157     <tr>
3158       <td>
3159         <div align="center">
3160           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3161         </div>
3162       </td>
3163       <td>
3164         <ul>
3165           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3166           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3167           <li>Slide sequences</li>
3168           <li>Edit sequence in place</li>
3169           <li>EMBL CDS features</li>
3170           <li>DAS Feature mapping</li>
3171           <li>Feature ordering</li>
3172           <li>Alignment Properties</li>
3173           <li>Annotation Scores</li>
3174           <li>Sort by scores</li>
3175           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3176         </ul>
3177       </td>
3178       <td>
3179         <ul>
3180           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3181           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3182           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3183           <li>Feature group display state in XML</li>
3184           <li>Feature ordering in XML</li>
3185           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3186           <li>Stockholm alignment properties</li>
3187           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3188           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3189           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3190           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3191         </ul>
3192       </td>
3193
3194     </tr>
3195     <tr>
3196       <td>
3197         <div align="center">
3198           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3199         </div>
3200       </td>
3201       <td>
3202         <ul>
3203           <li>Non standard characters can be read and displayed
3204           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3205             applet via textbox
3206           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3207             name &amp; description
3208           <li>Preference setting to display sequence name in
3209             italics
3210           <li>Annotation file format extended to allow
3211             Sequence_groups to be defined
3212           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3213             specified in preferences
3214           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3215             sequences
3216         </ul>
3217       </td>
3218       <td>
3219         <ul>
3220           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3221             installed
3222           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3223           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3224         </ul>
3225       </td>
3226     </tr>
3227     <tr>
3228       <td>
3229         <div align="center">
3230           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3231         </div>
3232       </td>
3233       <td>
3234         <ul>
3235           <li>Multiple views on alignment
3236           <li>Sequence feature editing
3237           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3238           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3239           <li>Background dependent text colour
3240           <li>Right align sequence ids
3241           <li>User-defined lower case residue colours
3242           <li>Format Menu
3243           <li>Select Menu
3244           <li>Menu item accelerator keys
3245           <li>Control-V pastes to current alignment
3246           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3247           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3248           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3249
3250           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3251         </ul>
3252       </td>
3253       <td>
3254         <ul>
3255           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3256           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3257             calculations
3258           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3259             edits
3260           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3261             of alignment)
3262           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3263
3264           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3265             display correctly
3266           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3267           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3268             analysis results
3269           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3270             &#8739;
3271           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3272           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3273           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3274
3275         </ul>
3276       </td>
3277     </tr>
3278     <tr>
3279       <td>
3280         <div align="center">
3281           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3282         </div>
3283       </td>
3284       <td>
3285         <ul>
3286           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3287         </ul>
3288       </td>
3289       <td>
3290         <ul>
3291           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3292             sequence id panel has been resized</li>
3293           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3294             rendered</li>
3295           <li>Annotation files with sequence references - all
3296             elements in file are relative to sequence position</li>
3297           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3298         </ul>
3299       </td>
3300     </tr>
3301     <tr>
3302       <td>
3303         <div align="center">
3304           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3305         </div>
3306       </td>
3307       <td>
3308         <ul>
3309           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3310           <li>DAS Feature fetching</li>
3311           <li>Hide sequences and columns</li>
3312           <li>Export Annotations and Features</li>
3313           <li>GFF file reading / writing</li>
3314           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3315             files</li>
3316           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3317           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3318           <li>Applet can launch the full application</li>
3319           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3320             required)</li>
3321           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3322           <li>Applet can load sequences from parameter
3323             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3324           </li>
3325         </ul>
3326       </td>
3327       <td>
3328         <ul>
3329           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3330           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3331           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3332         </ul>
3333       </td>
3334     </tr>
3335     <tr>
3336       <td>
3337         <div align="center">
3338           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3339         </div>
3340       </td>
3341       <td>
3342         <ul>
3343           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3344           <li>Choose to match case when searching</li>
3345           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3346             expand the visible width and height of the alignment</li>
3347         </ul>
3348       </td>
3349       <td>
3350         <ul>
3351           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354     </tr>
3355     <tr>
3356       <td>
3357         <div align="center">
3358           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3359         </div>
3360       </td>
3361       <td>&nbsp;</td>
3362       <td>
3363         <ul>
3364           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3365           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3366             value</li>
3367         </ul>
3368       </td>
3369     </tr>
3370     <tr>
3371       <td>
3372         <div align="center">
3373           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3374         </div>
3375       </td>
3376       <td>
3377         <ul>
3378           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3379           <li>Keyboard editing</li>
3380           <li>Create sequence features from searches</li>
3381           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3382             alignments</li>
3383           <li>Features file allows grouping of features</li>
3384           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3385           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3386           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3392           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3393             descriptions saved.</li>
3394         </ul>
3395       </td>
3396     </tr>
3397     <tr>
3398       <td>
3399         <div align="center">
3400           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3401         </div>
3402       </td>
3403       <td>
3404         <ul>
3405           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3406           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3407           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3408             name for file output</li>
3409           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3410           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3411             used for HTML form input</li>
3412         </ul>
3413       </td>
3414       <td>
3415         <ul>
3416           <li>HTML output writes groups and features</li>
3417           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3418           <li>File IO bugs</li>
3419         </ul>
3420       </td>
3421     </tr>
3422     <tr>
3423       <td>
3424         <div align="center">
3425           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3426         </div>
3427       </td>
3428       <td>
3429         <ul>
3430           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3431           <li>More options for PCA viewer</li>
3432         </ul>
3433       </td>
3434       <td>
3435         <ul>
3436           <li>GUI bugs resolved</li>
3437           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440     </tr>
3441     <tr>
3442       <td height="63">
3443         <div align="center">
3444           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3445         </div>
3446       </td>
3447       <td>
3448         <ul>
3449           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3450           <li>Jar files are executable</li>
3451           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454       <td>
3455         <ul>
3456           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3457           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3458           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3459         </ul>
3460       </td>
3461     </tr>
3462     <tr>
3463       <td>
3464         <div align="center">
3465           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3466         </div>
3467       </td>
3468       <td>
3469         <ul>
3470           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3471         </ul>
3472       </td>
3473       <td>
3474         <ul>
3475           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3476         </ul>
3477       </td>
3478     </tr>
3479     <tr>
3480       <td>
3481         <div align="center">
3482           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3483         </div>
3484       </td>
3485       <td>
3486         <ul>
3487           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3488             size</li>
3489         </ul>
3490       </td>
3491       <td>
3492         <ul>
3493           <li>Improved JPred client reliability</li>
3494           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3495         </ul>
3496       </td>
3497     </tr>
3498     <tr>
3499       <td>
3500         <div align="center">
3501           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3502         </div>
3503       </td>
3504       <td>
3505         <ul>
3506           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3507           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3508           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3509             to Colour Menu</li>
3510           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3511           <li>Unix users can set default web browser</li>
3512           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3513           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3514         </ul>
3515       </td>
3516       <td>
3517         <ul>
3518           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521     </tr>
3522     <tr>
3523       <td>
3524         <div align="center">
3525           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3526         </div>
3527       </td>
3528       <td>&nbsp;</td>
3529       <td>
3530         <ul>
3531           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3532             alignment order.</li>
3533         </ul>
3534       </td>
3535     </tr>
3536     <tr>
3537       <td>
3538         <div align="center">
3539           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3540         </div>
3541       </td>
3542       <td>
3543         <ul>
3544           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3545           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3546           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3547             annotations.</li>
3548           <li>Version and build date written to build properties
3549             file.</li>
3550           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3551             at launch of Jalview.</li>
3552         </ul>
3553       </td>
3554       <td>
3555         <ul>
3556           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3557           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3558           <li>Can remove groups one by one.</li>
3559           <li>Filechooser icons installed.</li>
3560           <li>Finder ignores return character when searching.
3561             Return key will initiate a search.<br>
3562           </li>
3563         </ul>
3564       </td>
3565     </tr>
3566     <tr>
3567       <td>
3568         <div align="center">
3569           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3570         </div>
3571       </td>
3572       <td>
3573         <ul>
3574           <li>New codebase</li>
3575         </ul>
3576       </td>
3577       <td>&nbsp;</td>
3578     </tr>
3579   </table>
3580   <p>&nbsp;</p>
3581 </body>
3582 </html>