help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>22/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55             <em>General</em>
  56             <ul>
  57               <li><!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used for all consensus calculations</li>
  58               <li><!-- JAL- --></li>
  59           </ul>
  60           <em>Application</em>
  61           <ul>
  62             <li><!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em> from database cross references. Users with custom links will receive a warning dialog asking them to update their preferences.</li>
  63             <li><!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on dialog warning user about disconnecting Jalview from a Chimera session</li>
  64             <li><!-- JAL-2281-->Custom URL links for database cross-references are matched to database name regardless of case</li>
  65             <li></li>
  66
  67
  68           </ul>
  69           <em>Applet</em>
  70           <ul>
  71           </ul>
  72           <em>Build and deployment</em>
  73           <ul>
  74             <li></li>
  75           </ul>
  76           </div>
  77       </td>
  78       <td>
  79         <div align="left">
  80           <em>General</em>
  81           <ul>
  82             <li><!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue are not coloured or thresholded according to percent identity (first observed in Jalview 2.8.2)</li>
  83             <li><!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not hydrophobic</li>
  84             <li><!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID threshold, amino acid properties)</li>
  85             <li><!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not reported as mapped to residues in a structure file in the View Mapping report</li>
  86           </ul>
  87           <em>Application</em>
  88           <ul>
  89             <li><!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database names without regular expressions also offer invalid links from Sequence ID</li>
  90             <li><!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the URL links pane in Connections preferences doesn't actually update Jalview configuration</li>
  91             <li><!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan</li>
  92             <li><!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF files with similarly named sequences if dropped onto the alignment</li>
  93             <li><!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB entries where more chains exist in the PDB accession than are reported in the SIFTS file</li>
  94             <li><!-- --></li>
  95             <li><!-- --></li>
  96             <li><!-- --></li>
  97           </ul>
  98           <em>Applet</em>
  99           <ul>
 100           </ul>
 101           <em>Build and deployment</em>
 102           <ul>
 103             <li><!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests</li>
 104           </ul>
 105           <em>New Known Issues</em>
 106           <ul>
 107             <li></li>
 108           </ul>
 109         </div>
 110       </td>
 111     </tr>
 112       <td width="60" nowrap>
 113         <div align="center">
 114           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 115             <em>25/10/2016</em></strong>
 116         </div>
 117       </td>
 118       <td><em>Application</em>
 119         <ul>
 120           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 121             view if structures already loaded</li>
 122           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 123             structure views</li>
 124         </ul></td>
 125       <td>
 126         <div align="left">
 127           <em>General</em>
 128           <ul>
 129             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 130               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 131             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 132               example sequences/projects/trees</li>
 133           </ul>
 134           <em>Application</em>
 135           <ul>
 136             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 137               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 138             <li>Multiple structure views can be opened and
 139               superposed without timeout for structures with multiple
 140               models or multiple sequences in alignment</li>
 141             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 142               a PDB ID HEADER line</li>
 143             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 144               superposition is performed</li>
 145             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 146               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 147             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 148             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 149               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 150               Refs UI option</li>
 151             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 152               view is created on the alignment</li>
 153             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 154               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 155               to open group pop-up menu</li>
 156           </ul>
 157           <em>Build and deployment</em>
 158           <ul>
 159             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 160               tags</li>
 161           </ul>
 162           <em>New Known Issues</em>
 163           <ul>
 164             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 165               work on Windows</li>
 166           </ul>
 167         </div>
 168       </td>
 169     </tr>
 170     <tr>
 171       <td width="60" nowrap>
 172         <div align="center">
 173           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 174         </div>
 175       </td>
 176       <td><em>General</em>
 177         <ul>
 178           <li>
 179           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 180           </li>
 181           <li>
 182             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 183             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 184             better PDB parsing.
 185           </li>
 186           <li>
 187             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 188             reference sequence
 189           </li>
 190           <li>
 191             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 192             mousing over sequence associated annotation
 193           </li>
 194           <li>
 195             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 196             for manual entry
 197           </li>
 198           <li>
 199             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 200             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 201             for each column
 202           </li>
 203           <li>
 204             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 205             showing or hiding columns containing a feature
 206           </li>
 207           <li>
 208             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 209             group and sequence associated annotation labels
 210           </li>
 211           <li>
 212             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 213             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 214             dialogs
 215           </li>
 216
 217         </ul> <em>Application</em>
 218         <ul>
 219           <li>
 220             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 221             gene/transcript view
 222           </li>
 223           <li>
 224             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 225             dialog
 226           </li>
 227           <li>
 228             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 229             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 230           </li>
 231           <li>
 232             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 233             Pfam sources to xfam.org
 234           </li>
 235           <li>
 236             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 237           </li>
 238           <li>
 239             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 240             over sequences in Jalview
 241           </li>
 242           <li>
 243             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 244             regions in ENA and EMBL
 245           </li>
 246           <li>
 247             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 248             for record retrieval via ENA rest API
 249           </li>
 250           <li>
 251             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 252             complement operator
 253           </li>
 254           <li>
 255             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 256             groovy script execution
 257           </li>
 258           <li>
 259             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 260             alignment window's Calculate menu
 261           </li>
 262           <li>
 263             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 264             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 265           </li>
 266           <li>
 267             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 268             calculation workers from groovy scripts
 269           </li>
 270           <li>
 271             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 272             Jalview projects
 273           </li>
 274           <li>
 275             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 276             associations are now saved/restored from project
 277           </li>
 278           <li>
 279             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 280             before sequence fetcher is opened
 281           </li>
 282           <li>
 283             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 284             database chooser opens a sequence fetcher
 285           </li>
 286           <li>
 287             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 288             the UniProt REST API
 289           </li>
 290           <li>
 291             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 292             the news reader opening
 293           </li>
 294           <li>
 295             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 296             querying stored in preferences
 297           </li>
 298           <li>
 299             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 300             search results
 301           </li>
 302           <li>
 303             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 304           </li>
 305           <li>
 306             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 307             menu for nucleotide sequences
 308           </li>
 309           <li>
 310             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 311             and feature counts preserves alignment ordering (and
 312             debugged for complex feature sets).
 313           </li>
 314           <li>
 315             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 316             viewing structures with Jalview 2.10
 317           </li>
 318           <li>
 319             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 320             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 321             Ensembl Genomes REST API
 322           </li>
 323           <li>
 324             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 325             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 326             (Ensembl)
 327           </li>
 328           <li>
 329             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 330             sequences
 331           </li>
 332           <li>
 333             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 334             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 335             data from external database records.
 336           </li>
 337           <li>
 338             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 339             efficient recovery of sequence coding and alignment
 340             annotation relationships.
 341           </li>
 342         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 343         <ul>
 344           <li>
 345             -- JAL---
 346           </li>
 347         </ul> --></td>
 348       <td>
 349         <div align="left">
 350           <em>General</em>
 351           <ul>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 354               menu on OSX
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 358               includes graduated colourschemes
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 362               working with big alignments and lots of hidden columns
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 366               at right of alignment window
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 370               contents
 371             </li>
 372             <li>
 373               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 374               for DNA alignments
 375             </li>
 376             <li>
 377               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 378               based tree calculation
 379             </li>
 380             <li>
 381               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 382               unconserved enabled for group on alignment
 383             </li>
 384             <li>
 385               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 386               set as reference
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 390               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 391               annotation
 392             </li>
 393             <li>
 394               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 395               hidden columns present
 396             </li>
 397             <li>
 398               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 399               user created annotation added to alignment
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 403               '()' base pair annotation
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 407               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 408               Consensus
 409             </li>
 410             <li>
 411               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 412               feature not working
 413             </li>
 414             <li>
 415               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 416               beginning of sequence
 417             </li>
 418             <li>
 419               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 420               entry 3a6s
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 424               from a tree when t-coffee scores are shown
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 428               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 432               some structures
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 436               to Clustal, PIR and PileUp output
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 440               not visible causes alignment window to repaint
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 444               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 445               scores associated with features and annotation rows
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 449               calculation should be case independent
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 453               columns
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 457               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 458               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 462               problems when reference sequence defined and 'show
 463               non-conserved' enabled
 464             </li>
 465             <li>
 466               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 467               load even when Consensus calculation is disabled
 468             </li>
 469             <li>
 470               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 471               alignment does nothing
 472             </li>
 473           </ul>
 474           <em>Application</em>
 475           <ul>
 476             <li>
 477               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 478               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 479               yet fixed for El Capitan)
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 483               output when running on non-gb/us i18n platforms
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 487               hidden sequences as flat-file alignment
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 491               launching Chimera
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 495               (also hotfix for 2.9.0b2)
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 499               reference sequence defined
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 503               alignments and views when revealing hidden columns
 504             </li>
 505             <li>
 506               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 507               view in a cDNA/Protein splitframe
 508             </li>
 509             <li>
 510               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 511               sequence from project when only one sequence is
 512               represented
 513             </li>
 514             <li>
 515               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 516               in Structure Chooser
 517             </li>
 518             <li>
 519               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 520               structure consensus didn't refresh annotation panel
 521             </li>
 522             <li>
 523               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 524               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 528               dialogs format columns correctly, don't display array
 529               data, sort columns according to type
 530             </li>
 531             <li>
 532               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 533               file chooser is cancelled during an image export
 534             </li>
 535             <li>
 536               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 537               sequence name containing special characters
 538             </li>
 539             <li>
 540               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 541               case insensitive
 542             </li>
 543             <li>
 544               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 545               formatting don't wrap
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 549               truncated so L looks like I in consensus annotation
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 553               currently displayed features for the current selection or
 554               view
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 558               after fetching cross-references, and restoring from project
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 562               followed in the structure viewer
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 566               splitframe not restored from project
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 570               trailing end of protein alignment in transcript/product
 571               splitview when pad-gaps not enabled by default
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 575               is case dependent
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 579               article has been read (reopened issue due to
 580               internationalisation problems)
 581             </li>
 582             <li>
 583               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 584               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 585               cross-references
 586             </li>
 587
 588             <li>
 589               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 590               alignment as HTML
 591             </li>
 592             <li>
 593               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 594               multiple structures are shown for one or more sequences.
 595             </li>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 598               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 599               is enabled.
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 603               specific PDB id for sequence
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 607               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 608               columns' is disabled.
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 612               selects lowest rather than highest resolution structures
 613               for each sequence
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 617               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 618             </li>
 619             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 620             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 621           </ul>
 622           <em>Applet</em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 626               hidden columns present before start of sequence
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 630               (JSON jars)
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 634               sequences are hidden in applet
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 638               deployment on examples pages.
 639             </li>
 640           </ul>
 641         </div>
 642       </td>
 643     </tr>
 644     <tr>
 645       <td width="60" nowrap>
 646         <div align="center">
 647           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 648             <em>16/10/2015</em></strong>
 649         </div>
 650       </td>
 651       <td><em>General</em>
 652         <ul>
 653           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 654             jars</li>
 655         </ul></td>
 656       <td>
 657         <div align="left">
 658           <em>Application</em>
 659           <ul>
 660             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 661               shown when tree is partitioned</li>
 662             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 663               multiple cDNA/Protein split views</li>
 664           </ul>
 665         </div>
 666       </td>
 667     </tr>
 668     <tr>
 669       <td width="60" nowrap>
 670         <div align="center">
 671           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 672             <em>8/10/2015</em></strong>
 673         </div>
 674       </td>
 675       <td><em>General</em>
 676         <ul>
 677           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 678             2.9</li>
 679         </ul> <em>Application</em>
 680         <ul>
 681           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 682           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 683           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 684         </ul> <em>Applet</em>
 685         <ul>
 686           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 687         </ul></td>
 688       <td>
 689         <div align="left">
 690           <em>General</em>
 691           <ul>
 692             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 693               incorrect when sequence start > 1</li>
 694             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 695               documentation</li>
 696             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 697             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 698               loading a features file containing HTML tags in feature
 699               description</li>
 700
 701           </ul>
 702           <em>Application</em>
 703           <ul>
 704             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 705               reimport</li>
 706             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 707               with 'trim retrieved sequences'</li>
 708             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 709               deleting selected columns</li>
 710             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 711               JNLP templates for webstart launch</li>
 712             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 713               unreleased structures for download or viewing</li>
 714             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 715               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 716             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 717               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 718             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 719               recovered from jalview project</li>
 720             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 721               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 722               alignment view</li>
 723             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 724               color schemes from BioJSON</li>
 725           </ul>
 726           <em>Applet</em>
 727           <ul>
 728             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 729               frame</li>
 730             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 731           </ul>
 732         </div>
 733       </td>
 734     </tr>
 735     <tr>
 736       <td><div align="center">
 737           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 738         </div></td>
 739       <td><em>General</em>
 740         <ul>
 741           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 742             alignments:
 743             <ul>
 744               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 745                 and DNA alignment views</li>
 746               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 747                 cDNA alignment views</li>
 748               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 749                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 750               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 751                 protein sequences</li>
 752             </ul>
 753           </li>
 754           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 755           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 756             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 757           <li>New alignment annotation file statements for
 758             reference sequences and marking hidden columns</li>
 759           <li>Reference sequence based alignment shading to
 760             highlight variation</li>
 761           <li>Select or hide columns according to alignment
 762             annotation</li>
 763           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 764           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 765             acid conservation row</li>
 766           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 767         </ul> <em>Application</em>
 768         <ul>
 769           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 770             <ul>
 771               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 772                 view with cDNA/Protein</li>
 773               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 774                 sequences are placed in the same alignment</li>
 775               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 776                 projects</li>
 777             </ul>
 778           </li>
 779
 780           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 781           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 782             Jalview windows</li>
 783
 784           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 785           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 786           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 787             be shown in VARNA</li>
 788
 789           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 790             as the active selected region</li>
 791
 792           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 793             similarity</li>
 794           <li>New Export options
 795             <ul>
 796               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 797                 region export in flat file generation</li>
 798
 799               <li>Export alignment views for display with the <a
 800                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 801
 802               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 803               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 804                 alignment figures to HTML</li>
 805           </li>
 806           <li>3D structure retrieval and display
 807             <ul>
 808               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 809                 Search API</li>
 810               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 811                 PDB structures for a sequence set</li>
 812             </ul>
 813           </li>
 814
 815           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 816             predictions</li>
 817           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 818             for one or a group of sequences</li>
 819           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 820             from the JPred4 web server</li>
 821           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 822             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 823             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 824           </li>
 825           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 826             VARNA 2D Structure'</li>
 827           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 828             Structure ..."</li>
 829
 830         </ul> <em>Applet</em>
 831         <ul>
 832           <li>New layout for applet example pages</li>
 833           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 834             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 835           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 836             Protein alignments</li>
 837         </ul> <em>Development and deployment</em>
 838         <ul>
 839           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 840           <li>Include installation type and git revision in build
 841             properties and console log output</li>
 842           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 843             storing BioJsMSA Templates</li>
 844           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 845         </ul></td>
 846       <td>
 847         <!-- <em>General</em>
 848         <ul>
 849         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 850         <ul>
 851           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 852           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 853           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 854             predictions are not highlighted in amber</li>
 855           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 856             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 857           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 858             associated structure views</li>
 859           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 860             width checkbox not enabled</li>
 861           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 862             creating user defined colours</li>
 863           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 864             mappings for just that viewer's sequences</li>
 865           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 866             multiple models in Chimera</li>
 867           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 868             over Jmol structure</li>
 869           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 870             output to text box</li>
 871           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 872             have incorrect sequence start/end</li>
 873           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 874             Jalview fails</li>
 875           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 876             work for nucleotide</li>
 877           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 878             to a grey/invisible alignment window</li>
 879           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 880             imports to different position</li>
 881           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 882             on some platforms</li>
 883           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 884             populated</li>
 885           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 886             console if Chimera has been opened</li>
 887           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 888           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 889             retrieved</li>
 890           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 891           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 892             either sequence shows on first structure</li>
 893           <li>'Show annotations' options should not make
 894             non-positional annotations visible</li>
 895           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 896             in right place after 'view flanking regions'</li>
 897           <li>File Save As type unset when current file format is
 898             unknown</li>
 899           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 900             projects</li>
 901           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 902             responsive</li>
 903           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 904             several views on same alignment</li>
 905           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 906           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 907             spaces</li>
 908         </ul> <em>Applet</em>
 909         <ul>
 910           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 911           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 912             descriptions containing angle brackets</li>
 913         </ul> <em>General</em>
 914         <ul>
 915           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 916             via jalview annotation file</li>
 917           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 918             with RNA secondary structure</li>
 919           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 920             translation doesn't work.</li>
 921           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 922           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 923             positions</li>
 924           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 925             choosing 1pt font</li>
 926           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 927             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 928             'h'</li>
 929           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 930             new feature</li>
 931           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 932             order dependent</li>
 933           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 934             sequences</li>
 935           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 936         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 937         <ul>
 938           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 939             www.jalview.org</li>
 940         </ul> <em>Application Known issues</em>
 941         <ul>
 942           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 943           <li>Misleading message appears after trying to delete
 944             solid column.</li>
 945           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 946             version launches</li>
 947           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 948             fails with a sequence mismatch</li>
 949           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 950             scrolling alignment to right</li>
 951           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 952             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 953           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 954             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 955           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 956             ultra-high resolution</li>
 957           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 958             quality and conservation</li>
 959           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 960             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 961         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 962         <ul>
 963           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 964           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 965             window is being resized</li>
 966
 967         </ul>
 968       </td>
 969     </tr>
 970     <tr>
 971       <td><div align="center">
 972           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 973         </div></td>
 974       <td><em>General</em>
 975         <ul>
 976           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 977             Certum.PL.</li>
 978           <li>Features and annotation preserved when performing
 979             pairwise alignment</li>
 980           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 981             imported/exported/displayed</li>
 982           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 983             protein secondary structure</li>
 984           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 985               post-hoc with 2.9 release</em>)
 986           </li>
 987
 988         </ul> <em>Application</em>
 989         <ul>
 990           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 991             with 3D structures</li>
 992           <li>Support for parsing RNAML</li>
 993           <li>Annotations menu for layout
 994             <ul>
 995               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 996               <li>place sequence annotation above/below alignment
 997                 annotation</li>
 998             </ul>
 999           <li>Output in Stockholm format</li>
1000           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1001             translation</li>
1002           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1003           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1004             shared between alignments</li>
1005           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1006             Jalview</li>
1007           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1008             all or current selection</li>
1009           <li>disorder and secondary structure predictions
1010             available as dataset annotation</li>
1011           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1012
1013
1014           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1015             alignments from Rfam</li>
1016           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1017
1018           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1019             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1020           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1021           <li>include installation type in build properties and
1022             console log output</li>
1023           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1024             annotation</li>
1025         </ul></td>
1026       <td>
1027         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1028         <ul>
1029           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1030             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1031           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1032             alignment</li>
1033           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1034           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1035           <li>Double click on sequence associated annotation
1036             selects only first column</li>
1037           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1038             leaves shown in tree</li>
1039           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1040             properly</li>
1041           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1042           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1043             screen and buttons not visible</li>
1044           <li>author list isn't updated if already written to
1045             Jalview properties</li>
1046           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1047             from database</li>
1048           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1049           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1050             browser search window</li>
1051           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1052             in feature settings dialog</li>
1053           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1054             desktop</li>
1055           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1056             pass validation</li>
1057           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1058             fit on screen</li>
1059           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1060             tooltip</li>
1061           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1062             defined user preset</li>
1063           <li>MSA web services warns user if they were launched
1064             with invalid input</li>
1065           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1066             Java 8</li>
1067           <li>
1068             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1069             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1070             created
1071           </li>
1072
1073         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1074                                 <ul>
1075                                 </ul> <em>General</em>
1076                                 <ul>
1077                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1078         <ul>
1079           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1080             memory allocation</li>
1081           <li>launchApp service doesn't automatically open
1082             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1083           <li>
1084             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1085             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1086             1.7_055 is available
1087           </li>
1088         </ul> <em>Application Known issues</em>
1089         <ul>
1090           <li>
1091             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1092             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1093             alignment to right
1094           </li>
1095           <li>
1096             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1097             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1098             with large number of ID
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1102             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1103             start/end
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1107             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1108             structure tracks are rearranged
1109           </li>
1110           <li>
1111             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1112             invalid rna structure positional highlighting does not
1113             highlight position of invalid base pairs
1114           </li>
1115           <li>
1116             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1117             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1118             project from alignment window file menu
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1122             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1123             structures
1124           </li>
1125           <li>
1126             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1127             colour by RNA Helices not enabled when user created
1128             annotation added to alignment
1129           </li>
1130           <li>
1131             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1132             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1133           </li>
1134         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1135         <ul>
1136           <li>
1137             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1138             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1139           </li>
1140           <li>
1141             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1142             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1143           </li>
1144
1145           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1146             when selected</li>
1147         </ul>
1148       </td>
1149     </tr>
1150     <tr>
1151       <td><div align="center">
1152           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1153         </div></td>
1154       <td>
1155         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1156         <em>General</em>
1157         <ul>
1158           <li>Internationalisation of user interface (usually
1159             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1160           <li>Define/Undefine group on current selection with
1161             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1162           <li>Improved group creation/removal options in
1163             alignment/sequence Popup menu</li>
1164           <li>Sensible precision for symbol distribution
1165             percentages shown in logo tooltip.</li>
1166           <li>Annotation panel height set according to amount of
1167             annotation when alignment first opened</li>
1168         </ul> <em>Application</em>
1169         <ul>
1170           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1171             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1172           <li>Select columns containing particular features from
1173             Feature Settings dialog</li>
1174           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1175             sequences</li>
1176           <li>Update Jalview project format:
1177             <ul>
1178               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1179               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1180                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1181               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1182                 colouring</li>
1183             </ul>
1184           </li>
1185           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1186             (PAM250)</li>
1187           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1188             flanking regions for an alignment</li>
1189         </ul>
1190       </td>
1191       <td>
1192         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1193         <ul>
1194           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1195             running after job is cancelled</li>
1196           <li>cannot export features from alignments imported from
1197             Jalview/VAMSAS projects</li>
1198           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1199             float values</li>
1200           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1201             have 'display all symbols' flag set</li>
1202           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1203             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1204           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1205             Jalview</li>
1206           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1207             Lion/Webstart</li>
1208           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1209           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1210           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1211             alignment onto desktop</li>
1212           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1213             'extract scores' function</li>
1214           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1215             alignment window</li>
1216           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1217             performing IUPred disorder prediction</li>
1218           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1219             changing 'normalise logo' display setting</li>
1220           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1221             nothing matches query</li>
1222           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1223             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1224           </li>
1225           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1226             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1227           </li>
1228           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1229             Jalview's menu</li>
1230           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1231             'invalid literal/length code'</li>
1232           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1233             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1234           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1235             colourscheme</li>
1236
1237         </ul> <em>Applet</em>
1238         <ul>
1239           <li>Remove group option is shown even when selection is
1240             not a group</li>
1241           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1242             don't affect groups</li>
1243           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1244             colourscheme name</li>
1245           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1246             Annotation panel is not displayed</li>
1247           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1248             embedded windows</li>
1249         </ul> <em>Other</em>
1250         <ul>
1251           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1252             single sequence were not calculated</li>
1253           <li>annotation files that contain only groups imported as
1254             annotation and junk sequences</li>
1255           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1256             recognised as PFAM or BLC</li>
1257           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1258             doesn't affect background (2.8.0b1)
1259           <li></li>
1260           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1261           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1262             trailing gaps</li>
1263           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1264             registered correctly on import</li>
1265           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1266             certain alignments</li>
1267           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1268             existing annotation based 'use original colours'
1269             colourscheme loses original colours setting</li>
1270         </ul>
1271       </td>
1272     </tr>
1273     <tr>
1274       <td><div align="center">
1275           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1276             <em>30/1/2014</em></strong>
1277         </div></td>
1278       <td>
1279         <ul>
1280           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1281             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1282             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1283             open source project).
1284           </li>
1285           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1286           </li>
1287           <li>Output in Stockholm format</li>
1288           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1289           <li>Export/import group and sequence associated line
1290             graph thresholds</li>
1291           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1292             ambiguity codes</li>
1293           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1294             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1295             works</li>
1296           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1297         </ul> <em>Other improvements</em>
1298         <ul>
1299           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1300           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1301             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1302           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1303             files</li>
1304           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1305           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1306             link but no description</li>
1307           <li>Select primary source when selecting authority in
1308             database fetcher GUI</li>
1309           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1310             Jalview</li>
1311           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1312         </ul>
1313       </td>
1314       <td>
1315         <ul>
1316           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1317             displayed</li>
1318           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1319             secondary structure annotation line</li>
1320           <li>Sequence database accessions not imported when
1321             fetching alignments from Rfam</li>
1322           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1323             identical IDs</li>
1324           <li>View all structures does not always superpose
1325             structures</li>
1326           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1327             reflect user or preset settings</li>
1328           <li>Null pointer exceptions for some services without
1329             presets or adjustable parameters</li>
1330           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1331             discover PDB xRefs</li>
1332           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1333             features with DAS</li>
1334           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1335             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1336           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1337             residue follows a gap</li>
1338           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1339             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1340           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1341             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1342           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1343             annotation already exists on alignment</li>
1344           <li>oninit javascript function should be called after
1345             initialisation completes</li>
1346           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1347             alignment window display</li>
1348           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1349           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1350             to annotation file</li>
1351           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1352             groups created</li>
1353           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1354             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1355           <li>Pressing return several times causes Number Format
1356             exceptions in keyboard mode</li>
1357           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1358             correct partitions for input data</li>
1359           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1360           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1361           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1362           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1363             mode</li>
1364           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1365             changes one row&#39;s threshold</li>
1366           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1367             doesn&#39;t open</li>
1368           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1369             quality histograms</li>
1370         </ul>
1371       </td>
1372     </tr>
1373     <tr>
1374       <td><div align="center">
1375           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1376         </div></td>
1377       <td><em>Application</em>
1378         <ul>
1379           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1380             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1381           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1382             preferences</li>
1383           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1384             in Jalview alignment window</li>
1385           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1386             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1387           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1388             RNA and ambiguity codes</li>
1389
1390           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1391           <li>Support fetching and database reference look up
1392             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1393             refs')</li>
1394           <li>Jalview project improvements
1395             <ul>
1396               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1397                 flag for annotation</li>
1398               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1399                 alignment</li>
1400               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1401                 Jalview project</li>
1402
1403             </ul>
1404           </li>
1405           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1406           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1407             running</li>
1408           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1409           <li>visual indication that web service results are still
1410             being retrieved from server</li>
1411           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1412             starts up for first time</li>
1413           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1414             services</li>
1415           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1416             client library</li>
1417           <li>Examples directory and Groovy library included in
1418             InstallAnywhere distribution</li>
1419         </ul> <em>Applet</em>
1420         <ul>
1421           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1422             visualization applet example</li>
1423         </ul> <em>General</em>
1424         <ul>
1425           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1426           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1427             defaults</li>
1428           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1429             calculation</li>
1430           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1431             matrices
1432           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1433             in HTML</li>
1434           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1435             structure contacts</li>
1436           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1437           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1438           <li>Parse sequence associated secondary structure
1439             information in Stockholm files</li>
1440           <li>HTML Export database accessions and annotation
1441             information presented in tooltip for sequences</li>
1442           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1443             style RNA alignment files</li>
1444           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1445             alignment</li>
1446           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1447             shade each sequence according to its associated alignment
1448             annotation</li>
1449           <li>New Jalview Logo</li>
1450         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1451         <ul>
1452           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1453           <li>New Website!</li>
1454         </ul></td>
1455       <td><em>Application</em>
1456         <ul>
1457           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1458             wsdbfetch REST service</li>
1459           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1460           <li>Filetype associations not installed for webstart
1461             launch</li>
1462           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1463             job execution in full once it is complete</li>
1464           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1465             uploaded via ali_file parameter</li>
1466           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1467           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1468           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1469             submitted for prediction</li>
1470           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1471             desktop window</li>
1472           <li>Putting fractional value into integer text box in
1473             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1474           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1475             windows 7</li>
1476           <li>View all structures fails with exception shown in
1477             structure view</li>
1478           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1479             escaped in a platform independent way</li>
1480           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1481             using proxy</li>
1482           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1483             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1484           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1485             failure when java web start temporary file caching is
1486             disabled</li>
1487           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1488             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1489           <li>Errors during processing of command line arguments
1490             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1491           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1492             DAS sources in sequence fetcher</li>
1493           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1494             dialog is shown</li>
1495           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1496           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1497           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1498           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1499             on OSX Mountain Lion</li>
1500           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1501             sequences with alignment annotation are pasted into the
1502             alignment</li>
1503           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1504             when loaded from Jalview project</li>
1505           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1506           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1507             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1508           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1509             associated with all views</li>
1510           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1511             annotation rows to new window</li>
1512         </ul> <em>Applet</em>
1513         <ul>
1514           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1515             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1516           <li>loading features via javascript API automatically
1517             enables feature display</li>
1518           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1519             work</li>
1520         </ul> <em>General</em>
1521         <ul>
1522           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1523           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1524             and then deselected</li>
1525           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1526           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1527             coloured with clustalx</li>
1528           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1529             exceptions and redraw errors</li>
1530           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1531             reconfigured view</li>
1532           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1533             colour</li>
1534           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1535             for lots of labels</li>
1536         </ul>
1537     </tr>
1538     <tr>
1539       <td>
1540         <div align="center">
1541           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1542         </div>
1543       </td>
1544       <td><em>Application</em>
1545         <ul>
1546           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1547           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1548           <li>View/alignment association menu to enable user to
1549             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1550             its colours/correspondences from</li>
1551           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1552           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1553             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1554           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1555           <li>Annotation row column label formatting attributes
1556             stored in project file</li>
1557           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1558             rows preserved in Jalview project file</li>
1559           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1560             saved using Desktop window menu</li>
1561           <li>Visual indication that command line arguments are
1562             still being processed</li>
1563           <li>Groovy script execution from URL</li>
1564           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1565             preferences</li>
1566           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1567             alignment with sequences that have high similarity and
1568             matching IDs</li>
1569           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1570           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1571             structures in same window</li>
1572           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1573           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1574             analysis function in its own submenu</li>
1575         </ul> <em>Applet</em>
1576         <ul>
1577           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1578             groups</li>
1579           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1580           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1581           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1582           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1583           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1584             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1585           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1586           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1587             parameters are treated as such</li>
1588           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1589             <ul>
1590               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1591               <li>Javascript callbacks for
1592                 <ul>
1593                   <li>Applet initialisation</li>
1594                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1595                 </ul>
1596               </li>
1597               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1598                 functions</li>
1599               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1600               <li>javascript structure viewer harness to pass
1601                 messages between Jmol and Jalview when running as
1602                 distinct applets</li>
1603               <li>sortBy method</li>
1604               <li>Set of applet and application examples shipped
1605                 with documentation</li>
1606               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1607                 javascript message exchange</li>
1608             </ul>
1609         </ul> <em>General</em>
1610         <ul>
1611           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1612             multiple alignments</li>
1613           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1614           <li>User configurable link to enable redirects to a
1615             www.Jalview.org mirror</li>
1616           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1617           <li>Configurable newline string when writing alignment
1618             and other flat files</li>
1619           <li>Allow alignment annotation description lines to
1620             contain html tags</li>
1621         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1622         <ul>
1623           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1624             examples</li>
1625           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1626             using a web service before displaying the result in the
1627             Jalview desktop</li>
1628           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1629           <li>Ant target to publish example html files with applet
1630             archive</li>
1631           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1632           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1633         </ul></td>
1634       <td><em>Application</em>
1635         <ul>
1636           <li>User defined colourscheme throws exception when
1637             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1638           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1639             dialog for valid filename/format</li>
1640           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1641           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1642             P37173</li>
1643           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1644             which sequence is to be associated with the file</li>
1645           <li>Find All raises null pointer exception when query
1646             only matches sequence IDs</li>
1647           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1648           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1649             2.4 cannot be loaded</li>
1650           <li>Filetype associations not installed for webstart
1651             launch</li>
1652           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1653             with sequences in different alignments do not get coloured
1654             by their associated sequence</li>
1655           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1656             not preserved when project is loaded</li>
1657           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1658             stored in Jalview project</li>
1659           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1660             Jalview project</li>
1661           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1662           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1663             by conservation</li>
1664           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1665             created on new view</li>
1666           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1667             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1668           <li>Alignment quality not updated after alignment
1669             annotation row is hidden then shown</li>
1670           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1671             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1672           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1673             properly</li>
1674           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1675             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1676           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1677           <li>Structures imported from file and saved in project
1678             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1679           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1680             job execution in full once it is complete</li>
1681         </ul> <em>Applet</em>
1682         <ul>
1683           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1684             annotation rows are displayed</li>
1685           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1686             codebase</li>
1687           <li>View follows highlighting does not work for positions
1688             in sequences</li>
1689           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1690           <li>Export features raises exception when no features
1691             exist</li>
1692           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1693             for javascript api is modified when separator string
1694             provided as parameter</li>
1695           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1696             alignment with no existing selection</li>
1697           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1698             to applet&#39;s codebase</li>
1699           <li>Status bar not updated after finished searching and
1700             search wraps around to first result</li>
1701           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1702             several Jalview applets causes race conditions and memory
1703             leaks</li>
1704           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1705             not sent from Jmol in applet</li>
1706           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1707             applet API fatally hang browser</li>
1708         </ul> <em>General</em>
1709         <ul>
1710           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1711             position with wrapped view and hidden regions</li>
1712           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1713             with/without hidden columns</li>
1714           <li>Sequence length given in alignment properties window
1715             is off by 1</li>
1716           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1717             import PDB like structure files</li>
1718           <li>Positional search results are only highlighted
1719             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1720           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1721           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1722             given sequence position</li>
1723           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1724             output</li>
1725           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1726             from nucleotide chains correctly</li>
1727           <li>Structure colours not updated when tree partition
1728             changed in alignment</li>
1729           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1730             parsed in interleaved stockholm</li>
1731           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1732             state</li>
1733           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1734             properly</li>
1735           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1736             properly associated with their pdb files</li>
1737         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1738         <ul>
1739           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1740             ApplyCopyright tool</li>
1741         </ul></td>
1742     </tr>
1743     <tr>
1744       <td>
1745         <div align="center">
1746           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1747         </div>
1748       </td>
1749       <td><em>Application</em>
1750         <ul>
1751           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1752             contact web services</li>
1753           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1754             service job window</li>
1755           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1756         </ul></td>
1757       <td>
1758         <ul>
1759           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1760             pir file emitted by Jalview</li>
1761           <li>Existing feature settings transferred to new
1762             alignment view created from cut'n'paste</li>
1763           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1764             parsing PDB files</li>
1765           <li>Consensus and conservation annotation rows
1766             occasionally become blank for all new windows</li>
1767           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1768             in wrapped view mode</li>
1769         </ul> <em>Application</em>
1770         <ul>
1771           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1772             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1773           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1774             parameter names</li>
1775           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1776             is down</li>
1777         </ul>
1778       </td>
1779     </tr>
1780     <tr>
1781       <td>
1782         <div align="center">
1783           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1784         </div>
1785       </td>
1786       <td><em>Application</em>
1787         <ul>
1788           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1789             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1790             (JABAWS)
1791           </li>
1792           <li>Web Services preference tab</li>
1793           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1794             preferences</li>
1795           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1796           <li>Superpose structures using associated sequence
1797             alignment</li>
1798           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1799             viewer</li>
1800         </ul> <em>Applet</em>
1801         <ul>
1802           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1803             link out mechanism</li>
1804         </ul> <em>Other</em>
1805         <ul>
1806           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1807             series 12</li>
1808           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1809             require Java 1.5</li>
1810           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1811             sequence annotation files</li>
1812           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1813             type colour specification</li>
1814           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1815             script to check if it being run in an interactive session or
1816             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1817         </ul></td>
1818       <td>
1819         <ul>
1820           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1821             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1822         </ul> <em>Application</em>
1823         <ul>
1824           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1825             selected Regions menu item</li>
1826           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1827             part of a valid accession ID</li>
1828           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1829             runs out of memory</li>
1830           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1831             analysis results</li>
1832           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1833             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1834           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1835         </ul> <em>Applet</em>
1836         <ul>
1837           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1838             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1839             defined.</li>
1840         </ul>
1841       </td>
1842     </tr>
1843     <tr>
1844       <td>
1845         <div align="center">
1846           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1847         </div>
1848       </td>
1849       <td></td>
1850       <td>
1851         <ul>
1852           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1853             sequence IDs</li>
1854           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1855             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1856           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1857             import correctly</li>
1858           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1859             number of columns are hidden</li>
1860           <li>annotation label popup menu not providing correct
1861             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1862             present</li>
1863           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1864             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1865           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1866             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1867
1868         </ul> <em>Applet</em>
1869         <ul>
1870           <li>annotation panel disappears when annotation is
1871             hidden/removed</li>
1872         </ul> <em>Application</em>
1873         <ul>
1874           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1875             alignment opened where annotation panel is visible but no
1876             annotations are present on alignment</li>
1877           <li>pasted region containing hidden columns is
1878             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1879           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1880             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1881           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1882             selected Rregions menu item.</li>
1883           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1884             'Un' or 'Non'conserved</li>
1885           <li>Sequence feature settings are being shared by
1886             multiple distinct alignments</li>
1887           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1888             changed</li>
1889           <li>double click on group annotation to select sequences
1890             does not propagate to associated trees</li>
1891           <li>Mac OSX specific issues:
1892             <ul>
1893               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1894                 window background</li>
1895               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1896                 name set correctly</li>
1897               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1898                 save feature colourscheme button</li>
1899             </ul>
1900           </li>
1901         </ul>
1902       </td>
1903     </tr>
1904     <tr>
1905
1906       <td>
1907         <div align="center">
1908           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1909         </div>
1910       </td>
1911       <td><em>New Capabilities</em>
1912         <ul>
1913           <li>URL links generated from description line for
1914             regular-expression based URL links (applet and application)
1915
1916
1917
1918
1919
1920
1921           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1922             menu</li>
1923           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1924             structures</li>
1925           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1926             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1927           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1928             average score or total feature count for each sequence.</li>
1929           <li>Shading features by score or associated description</li>
1930           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1931             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1932           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1933             hide everything but the currently selected region.</li>
1934           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1935         </ul> <em>Application</em>
1936         <ul>
1937           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1938             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1939           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1940             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1941           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1942             database references and protein_name is parsed as
1943             description line (BioSapiens terms).</li>
1944           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1945             references in sequence ID tooltip from View menu in
1946             application.</li>
1947           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1948                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1949           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1950             conservation plots</li>
1951           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1952             and visualized as sequence logos</li>
1953           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1954             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1955           </li>
1956           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1957             when a new tree is opened.</li>
1958           <li>Jalview Java Console</li>
1959           <li>Better placement of desktop window when moving
1960             between different screens.</li>
1961           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1962             consensus annotation</li>
1963           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1964             Workflows</li>
1965           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1966             <ul>
1967               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1968                 used to preserve views, structures, and tree display
1969                 settings)</li>
1970               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1971                 command line</li>
1972               <li>Sharing of selected regions between views and
1973                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1974               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1975             </ul></li>
1976         </ul> <em>Applet</em>
1977         <ul>
1978           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1979           <li>New Parameters
1980             <ul>
1981               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1982                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1983                 opened.</li>
1984               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1985                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1986               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1987                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1988               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1989                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1990                 view</li>
1991               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1992                 increase the height or width of a cell in the alignment
1993                 grid relative to the current font size.</li>
1994             </ul>
1995           </li>
1996           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1997             tooltip</li>
1998         </ul> <em>Other</em>
1999         <ul>
2000           <li>Features format: graduated colour definitions and
2001             specification of feature scores</li>
2002           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2003             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2004             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2005           <li>XML formats extended to support graduated feature
2006             colourschemes, group associated annotation, and profile
2007             visualization settings.</li></td>
2008       <td>
2009         <ul>
2010           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2011             rather than description</li>
2012           <li>Non-positional features are now included in sequence
2013             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2014             visibility in tooltip).</li>
2015           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2016           <li>Added URL embedding instructions to features file
2017             documentation.</li>
2018           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2019             'X' in peptide product</li>
2020           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2021             sequence ID and sequence string and query strings do not
2022             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2023           <li>AMSA files only contain first column of
2024             multi-character column annotation labels</li>
2025           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2026             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2027             exported and re-imported)</li>
2028           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2029             name</li>
2030           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2031             as subsequence matches, and correctly reports total number
2032             of both.</li>
2033           <li>Application:
2034             <ul>
2035               <li>Better handling of exceptions during sequence
2036                 retrieval</li>
2037               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2038                 link text excludes the start_end suffix</li>
2039               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2040                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2041               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2042               <li>Sequence description lines properly shared via
2043                 VAMSAS</li>
2044               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2045                 data sources</li>
2046               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2047                 completes before alignment figures are generated.</li>
2048               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2049                 first time.</li>
2050               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2051                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2052               <li>User defined group colours properly recovered
2053                 from Jalview projects.</li>
2054             </ul>
2055           </li>
2056         </ul>
2057       </td>
2058
2059     </tr>
2060     <tr>
2061       <td>
2062         <div align="center">
2063           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2064         </div>
2065       </td>
2066       <td>
2067         <ul>
2068           <li>Experimental support for google analytics usage
2069             tracking.</li>
2070           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2071         </ul>
2072       </td>
2073       <td>
2074         <ul>
2075           <li>Race condition in applet preventing startup in
2076             jre1.6.0u12+.</li>
2077           <li>Exception when feature created from selection beyond
2078             length of sequence.</li>
2079           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2080           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2081             all sequences with a given id</li>
2082           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2083             ID string searches</li>
2084           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2085             alignment to fail with exception</li>
2086         </ul> <em>Application Issues</em>
2087         <ul>
2088           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2089           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2090             data sources</li>
2091         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2092         <ul>
2093           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2094             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2095           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2096             version (java class versioning error fixed)</li>
2097         </ul>
2098       </td>
2099     </tr>
2100     <tr>
2101       <td>
2102
2103         <div align="center">
2104           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2105         </div>
2106       </td>
2107       <td><em>User Interface</em>
2108         <ul>
2109           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2110             translation and protein products</li>
2111           <li>Linked highlighting of structure associated with
2112             residue mapping to codon position</li>
2113           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2114             and 'clear' button</li>
2115           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2116             Tools menu</li>
2117           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2118             numeric data in description line</li>
2119           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2120           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2121             of sequence</li>
2122         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2123         <ul>
2124           <li>JPred3 web service</li>
2125           <li>Prototype sequence search client (no public services
2126             available yet)</li>
2127           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2128             PFAM</li>
2129           <li>URL Links created for matching database cross
2130             references as well as sequence ID</li>
2131           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2132         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2133         <ul>
2134           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2135             databases</li>
2136           <li>Generalised database reference retrieval and
2137             validation to all fetchable databases</li>
2138           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2139             sequence command</li>
2140         </ul> <em>Import and Export</em>
2141         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2142         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2143           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2144         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2145           File</li>
2146         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2147           triplet as name of colourscheme</li>
2148         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2149         <ul>
2150           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2151           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2152             alignments (experimental)</li>
2153           <li>Create new or select existing session to join</li>
2154           <li>load and save of vamsas documents</li>
2155         </ul> <em>Application command line</em>
2156         <ul>
2157           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2158             from applet)</li>
2159           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2160             of DAS servers to query for alignment features</li>
2161           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2162             that are also automatically queried for features</li>
2163           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2164             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2165         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2166         <ul>
2167           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2168             application (when using &quot;View in full
2169             application&quot;)</li>
2170         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2171         <ul>
2172           <li>feature group display control parameter</li>
2173           <li>debug parameter</li>
2174           <li>showbutton parameter</li>
2175         </ul> <em>Applet API methods</em>
2176         <ul>
2177           <li>newView public method</li>
2178           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2179           <li>Feature display control methods</li>
2180           <li>get list of currently selected sequences</li>
2181         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2182         <ul>
2183           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2184           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2185             Jalview release.</li>
2186           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2187             property controls execution of obfuscator</li>
2188           <li>Build target for generating source distribution</li>
2189           <li>Debug flag for javacc</li>
2190           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2191             jalview.bin.Cache</li>
2192           <li>Continuous Build Integration for stable and
2193             development version of Application, Applet and source
2194             distribution</li>
2195         </ul></td>
2196       <td>
2197         <ul>
2198           <li>selected region output includes visible annotations
2199             (for certain formats)</li>
2200           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2201             for editing</li>
2202           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2203           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2204           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2205           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2206             comments</li>
2207           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2208             filenames containing a ':'</li>
2209           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2210             global sequence features</li>
2211           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2212             references from alignment sequences goes to zero</li>
2213           <li>Close of tree branch colour box without colour
2214             selection causes cascading exceptions</li>
2215           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2216           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2217             file parsing fails.</li>
2218           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2219           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2220             not a valid output format</li>
2221           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2222             vamsas</li>
2223           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2224           <li>error messages passed up and output when data read
2225             fails</li>
2226           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2227             sequence is edited</li>
2228           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2229             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2230           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2231             filetype</li>
2232           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2233             import fixed for PFAM records</li>
2234           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2235             window list</li>
2236           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2237             can be read and written correctly to annotation file</li>
2238           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2239             correctly</li>
2240           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2241             non-italic font for representatives in Applet</li>
2242           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2243             Macs.</li>
2244           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2245             Applet)</li>
2246           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2247             due to null pointer exceptions</li>
2248           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2249             first column of alignment</li>
2250           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2251             July 2008</li>
2252           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2253             file is case-insensitive</li>
2254           <li>Sequence features read from Features file appended to
2255             all sequences with matching IDs</li>
2256           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2257             containing a sub-sequence</li>
2258           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2259           <li>feature and annotation file applet parameters
2260             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2261           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2262           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2263             splash-screen version check to complete</li>
2264           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2265             when passing them to the launchApp service</li>
2266           <li>display name and local features preserved in results
2267             retrieved from web service</li>
2268           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2269             sequence fetcher initialisation</li>
2270           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2271             dasobert DAS client</li>
2272           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2273             association</li>
2274           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2275             sequences
2276           </li>
2277         </ul>
2278       </td>
2279     </tr>
2280     <tr>
2281       <td>
2282         <div align="center">
2283           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2284         </div>
2285       </td>
2286       <td>
2287         <ul>
2288           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2289           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2290           <li>Slide sequences</li>
2291           <li>Edit sequence in place</li>
2292           <li>EMBL CDS features</li>
2293           <li>DAS Feature mapping</li>
2294           <li>Feature ordering</li>
2295           <li>Alignment Properties</li>
2296           <li>Annotation Scores</li>
2297           <li>Sort by scores</li>
2298           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2299         </ul>
2300       </td>
2301       <td>
2302         <ul>
2303           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2304           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2305           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2306           <li>Feature group display state in XML</li>
2307           <li>Feature ordering in XML</li>
2308           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2309           <li>Stockholm alignment properties</li>
2310           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2311           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2312           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2313           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2314         </ul>
2315       </td>
2316
2317     </tr>
2318     <tr>
2319       <td>
2320         <div align="center">
2321           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2322         </div>
2323       </td>
2324       <td>
2325         <ul>
2326           <li>Non standard characters can be read and displayed
2327           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2328             applet via textbox
2329           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2330             name &amp; description
2331           <li>Preference setting to display sequence name in
2332             italics
2333           <li>Annotation file format extended to allow
2334             Sequence_groups to be defined
2335           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2336             specified in preferences
2337           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2338             sequences
2339         </ul>
2340       </td>
2341       <td>
2342         <ul>
2343           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2344             installed
2345           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2346           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2347         </ul>
2348       </td>
2349     </tr>
2350     <tr>
2351       <td>
2352         <div align="center">
2353           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2354         </div>
2355       </td>
2356       <td>
2357         <ul>
2358           <li>Multiple views on alignment
2359           <li>Sequence feature editing
2360           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2361           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2362           <li>Background dependent text colour
2363           <li>Right align sequence ids
2364           <li>User-defined lower case residue colours
2365           <li>Format Menu
2366           <li>Select Menu
2367           <li>Menu item accelerator keys
2368           <li>Control-V pastes to current alignment
2369           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2370           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2371           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2372
2373
2374
2375
2376
2377
2378           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2379         </ul>
2380       </td>
2381       <td>
2382         <ul>
2383           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2384           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2385             calculations
2386           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2387             edits
2388           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2389             of alignment)
2390           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2391
2392
2393
2394
2395
2396
2397           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2398             display correctly
2399           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2400           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2401             analysis results
2402           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2403             &#8739;
2404           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2405           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2406           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2407
2408
2409
2410
2411
2412
2413         </ul>
2414       </td>
2415     </tr>
2416     <tr>
2417       <td>
2418         <div align="center">
2419           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2420         </div>
2421       </td>
2422       <td>
2423         <ul>
2424           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2425         </ul>
2426       </td>
2427       <td>
2428         <ul>
2429           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2430             sequence id panel has been resized</li>
2431           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2432             rendered</li>
2433           <li>Annotation files with sequence references - all
2434             elements in file are relative to sequence position</li>
2435           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2436         </ul>
2437       </td>
2438     </tr>
2439     <tr>
2440       <td>
2441         <div align="center">
2442           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2443         </div>
2444       </td>
2445       <td>
2446         <ul>
2447           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2448           <li>DAS Feature fetching</li>
2449           <li>Hide sequences and columns</li>
2450           <li>Export Annotations and Features</li>
2451           <li>GFF file reading / writing</li>
2452           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2453             files</li>
2454           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2455           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2456           <li>Applet can launch the full application</li>
2457           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2458             required)</li>
2459           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2460           <li>Applet can load sequences from parameter
2461             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2462           </li>
2463         </ul>
2464       </td>
2465       <td>
2466         <ul>
2467           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2468           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2469           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2470         </ul>
2471       </td>
2472     </tr>
2473     <tr>
2474       <td>
2475         <div align="center">
2476           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2477         </div>
2478       </td>
2479       <td>
2480         <ul>
2481           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2482           <li>Choose to match case when searching</li>
2483           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2484             expand the visible width and height of the alignment</li>
2485         </ul>
2486       </td>
2487       <td>
2488         <ul>
2489           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2490         </ul>
2491       </td>
2492     </tr>
2493     <tr>
2494       <td>
2495         <div align="center">
2496           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2497         </div>
2498       </td>
2499       <td>&nbsp;</td>
2500       <td>
2501         <ul>
2502           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2503           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2504             value</li>
2505         </ul>
2506       </td>
2507     </tr>
2508     <tr>
2509       <td>
2510         <div align="center">
2511           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2512         </div>
2513       </td>
2514       <td>
2515         <ul>
2516           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2517           <li>Keyboard editing</li>
2518           <li>Create sequence features from searches</li>
2519           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2520             alignments</li>
2521           <li>Features file allows grouping of features</li>
2522           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2523           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2524           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2525         </ul>
2526       </td>
2527       <td>
2528         <ul>
2529           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2530           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2531             descriptions saved.</li>
2532         </ul>
2533       </td>
2534     </tr>
2535     <tr>
2536       <td>
2537         <div align="center">
2538           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2539         </div>
2540       </td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2544           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2545           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2546             name for file output</li>
2547           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2548           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2549             used for HTML form input</li>
2550         </ul>
2551       </td>
2552       <td>
2553         <ul>
2554           <li>HTML output writes groups and features</li>
2555           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2556           <li>File IO bugs</li>
2557         </ul>
2558       </td>
2559     </tr>
2560     <tr>
2561       <td>
2562         <div align="center">
2563           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2564         </div>
2565       </td>
2566       <td>
2567         <ul>
2568           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2569           <li>More options for PCA viewer</li>
2570         </ul>
2571       </td>
2572       <td>
2573         <ul>
2574           <li>GUI bugs resolved</li>
2575           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2576         </ul>
2577       </td>
2578     </tr>
2579     <tr>
2580       <td height="63">
2581         <div align="center">
2582           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2583         </div>
2584       </td>
2585       <td>
2586         <ul>
2587           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2588           <li>Jar files are executable</li>
2589           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2590         </ul>
2591       </td>
2592       <td>
2593         <ul>
2594           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2595           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2596           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2597         </ul>
2598       </td>
2599     </tr>
2600     <tr>
2601       <td>
2602         <div align="center">
2603           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2604         </div>
2605       </td>
2606       <td>
2607         <ul>
2608           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2609         </ul>
2610       </td>
2611       <td>
2612         <ul>
2613           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2614         </ul>
2615       </td>
2616     </tr>
2617     <tr>
2618       <td>
2619         <div align="center">
2620           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2621         </div>
2622       </td>
2623       <td>
2624         <ul>
2625           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2626             size</li>
2627         </ul>
2628       </td>
2629       <td>
2630         <ul>
2631           <li>Improved JPred client reliability</li>
2632           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2633         </ul>
2634       </td>
2635     </tr>
2636     <tr>
2637       <td>
2638         <div align="center">
2639           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2640         </div>
2641       </td>
2642       <td>
2643         <ul>
2644           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2645           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2646           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2647             to Colour Menu</li>
2648           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2649           <li>Unix users can set default web browser</li>
2650           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2651           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2652         </ul>
2653       </td>
2654       <td>
2655         <ul>
2656           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2657         </ul>
2658       </td>
2659     </tr>
2660     <tr>
2661       <td>
2662         <div align="center">
2663           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2664         </div>
2665       </td>
2666       <td>&nbsp;</td>
2667       <td>
2668         <ul>
2669           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2670             alignment order.</li>
2671         </ul>
2672       </td>
2673     </tr>
2674     <tr>
2675       <td>
2676         <div align="center">
2677           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2678         </div>
2679       </td>
2680       <td>
2681         <ul>
2682           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2683           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2684           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2685             annotations.</li>
2686           <li>Version and build date written to build properties
2687             file.</li>
2688           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2689             at launch of Jalview.</li>
2690         </ul>
2691       </td>
2692       <td>
2693         <ul>
2694           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2695           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2696           <li>Can remove groups one by one.</li>
2697           <li>Filechooser icons installed.</li>
2698           <li>Finder ignores return character when searching.
2699             Return key will initiate a search.<br>
2700           </li>
2701         </ul>
2702       </td>
2703     </tr>
2704     <tr>
2705       <td>
2706         <div align="center">
2707           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2708         </div>
2709       </td>
2710       <td>
2711         <ul>
2712           <li>New codebase</li>
2713         </ul>
2714       </td>
2715       <td>&nbsp;</td>
2716     </tr>
2717   </table>
2718   <p>&nbsp;</p>
2719 </body>
2720 </html>