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[jalview.git] / help / html / releases.html
1 <html>
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
11  * of the License, or (at your option) any later version.
12  *  
13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
17  * 
18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
21  -->
22 <head>
23 <title>Release History</title>
24 </head>
25 <body>
26   <p>
27     <strong>Release History</strong>
28   </p>
29   <table border="1">
30     <tr>
31       <td width="60" nowrap>
32         <div align="center">
33           <em><strong>Release</strong></em>
34         </div>
35       </td>
36       <td>
37         <div align="center">
38           <em><strong>New Features</strong></em>
39         </div>
40       </td>
41       <td>
42         <div align="center">
43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
44         </div>
45       </td>
46     </tr>
47     <tr>
48       <td width="60" nowrap>
49         <div align="center">
50           <strong><a name="Jalview.2.9.1">2.9.1</a><br /> <em>21/6/2016</em></strong>
51         </div>
52       </td>
53       <td><em>General</em>
54         <ul>
55             <li><!-- JAL---></li>
56             <li><!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to reference sequence</li>
57         </ul> <em>Application</em>
58         <ul>
59             <li><!-- JAL---></li>
60             <li><!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding regions in ENA and EMBL</li>
61             <li><!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2 for ENA record retrieval</li>
62             <li><!--  JAL 1812 -->New 'execute Groovy script' option in an alignment window's Calculate menu</li>
63             <li><!--  JAL 1812 -->Allow groovy scripts that call Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode</li>
64             <li><!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in Jalview projects</li>
65              
66         </ul> <em>Applet</em>
67         <ul>
68             <li><!-- JAL---></li>
69         </ul></td>
70       <td>
71         <div align="left">
72           <em>General</em>
73           <ul>
74             <li><!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up menu on OSX</li>
75             <li><!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again) includes graduated colourschemes</li>
76             <li><!-- JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when working with big alignments and lots of hidden columns</li>
77             <li><!-- JAL-2053-->hidden column markers not always rendered at right of alignment window</li>
78             <li><!-- JAL-2067, JAL-  -->Tidied up links in help file table of contents</li>
79             <li><!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown for DNA alignments</li>
80             <li><!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature based tree calculation</li>
81             <li><!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show unconserved enabled for group on alignment</li>
82             <li><!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when set as reference</li>
83             
84           </ul>
85           <em>Application</em>
86           <ul>
87             <li><!-- JAL-1944 not yet fixed Error thrown when exporting a view with hidden sequences as flat-file alignment--></li>
88             <li><!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML output when running on non-gb/us i18n platforms</li>
89             <li><!-- JAL-1552-->URLs and links can imported by drag'n'drop on OSX webstart</li>
90             <li><!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when launching Chimera</li>
91             <li><!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart (also hotfix for 2.9.0b2)</li>
92             <li><!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a reference sequence defined</li>
93             <li><!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other alignments and views when revealing hidden columns</li>
94             <li><!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement view in a cDNA/Protein splitframe</li>
95             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941 /> RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
96           </ul>
97           <em>Applet</em>
98           <ul>
99             <li><!--  --></li>
100           </ul>
101         </div>
102       </td>
103     </tr>
104     <tr>
105       <td width="60" nowrap>
106         <div align="center">
107           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
108             <em>16/10/2015</em></strong>
109         </div>
110       </td>
111       <td><em>General</em>
112         <ul>
113           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
114             jars</li>
115         </ul></td>
116       <td>
117         <div align="left">
118           <em>Application</em>
119           <ul>
120             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
121               shown when tree is partitioned</li>
122             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
123               multiple cDNA/Protein split views</li>
124           </ul>
125         </div>
126       </td>
127     </tr>
128     <tr>
129       <td width="60" nowrap>
130         <div align="center">
131           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
132             <em>8/10/2015</em></strong>
133         </div>
134       </td>
135       <td><em>General</em>
136         <ul>
137           <li>Updated Spanish translations of localized text for
138             2.9</li>
139         </ul> <em>Application</em>
140       <ul>
141           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
142           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
143           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
144         </ul> <em>Applet</em>
145         <ul>
146           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
147         </ul></td>
148       <td>
149         <div align="left">
150           <em>General</em>
151           <ul>
152             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
153               incorrect when sequence start > 1</li>
154             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
155               documentation</li>
156             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
157             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
158               loading a features file containing HTML tags in feature
159               description</li>
160
161           </ul>
162           <em>Application</em>
163           <ul>
164             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
165               reimport</li>
166             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
167               with 'trim retrieved sequences'</li>
168             <li>Incorrect warning about deleting all data when
169               deleting selected columns</li>
170             <li>Patch to build system for shipping properly signed
171               JNLP templates for webstart launch</li>
172             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
173               unreleased structures for download or viewing</li>
174             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
175               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
176             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
177               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
178             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
179               recovered from jalview project</li>
180             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
181               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
182               alignment view</li>
183             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
184               color schemes from BioJSON</li>
185           </ul>
186           <em>Applet</em>
187           <ul>
188             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
189               frame</li>
190             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
191           </ul>
192         </div>
193       </td>
194     </tr>
195     <tr>
196       <td><div align="center">
197           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
198         </div></td>
199       <td><em>General</em>
200         <ul>
201           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
202             alignments:
203             <ul>
204               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
205                 and DNA alignment views</li>
206               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
207                 cDNA alignment views</li>
208               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
209                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
210               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
211                 protein sequences</li>
212             </ul>
213           </li>
214           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
215           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
216             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
217           <li>New alignment annotation file statements for
218             reference sequences and marking hidden columns</li>
219           <li>Reference sequence based alignment shading to
220             highlight variation</li>
221           <li>Select or hide columns according to alignment
222             annotation</li>
223           <li>Find option for locating sequences by description</li>
224           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
225             acid conservation row</li>
226           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
227         </ul> <em>Application</em>
228         <ul>
229           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
230             <ul>
231               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
232                 view with cDNA/Protein</li>
233               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
234                 sequences are placed in the same alignment</li>
235               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
236                 projects</li>
237             </ul>
238           </li>
239
240           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
241           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
242             Jalview windows</li>
243
244           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
245           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
246           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
247             be shown in VARNA</li>
248
249           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
250             as the active selected region</li>
251
252           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
253             similarity</li>
254           <li>New Export options
255             <ul>
256               <li>New Export Settings dialog to control hidden
257                 region export in flat file generation</li>
258
259               <li>Export alignment views for display with the <a
260                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
261
262               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
263               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
264                 alignment figures to HTML</li>
265           </li>
266           <li>3D structure retrieval and display
267             <ul>
268               <li>Free text and structured queries with the PDBe
269                 Search API</li>
270               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
271                 PDB structures for a sequence set</li>
272             </ul>
273           </li>
274
275           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
276             predictions</li>
277           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
278             for one or a group of sequences</li>
279           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
280             from the JPred4 web server</li>
281           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
282             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
283             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
284           </li>
285           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
286             VARNA 2D Structure'</li>
287           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
288             Structure ..."</li>
289
290         </ul> <em>Applet</em>
291         <ul>
292           <li>New layout for applet example pages</li>
293           <li>New parameters to enable SplitFrame view
294             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
295           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
296             Protein alignments</li>
297         </ul> <em>Development and deployment</em>
298         <ul>
299           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
300           <li>Include installation type and git revision in build
301             properties and console log output</li>
302           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
303             storing BioJsMSA Templates</li>
304           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
305         </ul></td>
306       <td>
307         <!-- <em>General</em>
308         <ul>
309         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
310         <ul>
311           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
312           <li>Typo in select-by-features status report</li>
313           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
314             predictions are not highlighted in amber</li>
315           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
316             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
317           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
318             associated structure views</li>
319           <li>ID width preference option is greyed out when auto
320             width checkbox not enabled</li>
321           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
322             creating user defined colours</li>
323           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
324             mappings for just that viewer's sequences</li>
325           <li>Workaround for superposing PDB files containing
326             multiple models in Chimera</li>
327           <li>Report sequence position in status bar when hovering
328             over Jmol structure</li>
329           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
330             output to text box</li>
331           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
332             have incorrect sequence start/end</li>
333           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
334             Jalview fails</li>
335           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
336             work for nucleotide</li>
337           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
338             to a grey/invisible alignment window</li>
339           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
340             imports to different position</li>
341           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
342             on some platforms</li>
343           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
344             populated</li>
345           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
346             console if Chimera has been opened</li>
347           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
348           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
349             retrieved</li>
350           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
351           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
352             either sequence shows on first structure</li>
353           <li>'Show annotations' options should not make
354             non-positional annotations visible</li>
355           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
356             in right place after 'view flanking regions'</li>
357           <li>File Save As type unset when current file format is
358             unknown</li>
359           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
360             projects</li>
361           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
362             responsive</li>
363           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
364             several views on same alignment</li>
365           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
366           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
367             spaces</li>
368         </ul> <em>Applet</em>
369         <ul>
370           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
371           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
372             descriptions containing angle brackets</li>
373         </ul> <em>General</em>
374         <ul>
375           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
376             via jalview annotation file</li>
377           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
378             with RNA secondary structure</li>
379           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
380             translation doesn't work.</li>
381           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
382           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
383             positions</li>
384           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
385             choosing 1pt font</li>
386           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
387             annotation file when annotation display text includes 'e' or
388             'h'</li>
389           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
390             new feature</li>
391           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
392             order dependent</li>
393           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
394             sequences</li>
395           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
396         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
397         <ul>
398           <li>Applet example pages appear different to the rest of
399             www.jalview.org</li>
400         </ul> <em>Application Known issues</em>
401         <ul>
402           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
403           <li>Misleading message appears after trying to delete
404             solid column.</li>
405           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
406             version launches</li>
407           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
408             fails with a sequence mismatch</li>
409           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
410             scrolling alignment to right</li>
411           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
412             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
413           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
414             placed above or below non-autocalculated rows</li>
415           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
416             ultra-high resolution</li>
417           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
418             quality and conservation</li>
419           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
420             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
421         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
422         <ul>
423           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
424           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
425             window is being resized</li>
426
427         </ul>
428       </td>
429     </tr>
430     <tr>
431       <td><div align="center">
432           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
433         </div></td>
434       <td><em>General</em>
435         <ul>
436           <li>Updated Java code signing certificate donated by
437             Certum.PL.</li>
438           <li>Features and annotation preserved when performing
439             pairwise alignment</li>
440           <li>RNA pseudoknot annotation can be
441             imported/exported/displayed</li>
442           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
443             protein secondary structure</li>
444           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
445               post-hoc with 2.9 release</em>)
446           </li>
447
448         </ul> <em>Application</em>
449         <ul>
450           <li>Extract and display secondary structure for sequences
451             with 3D structures</li>
452           <li>Support for parsing RNAML</li>
453           <li>Annotations menu for layout
454             <ul>
455               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
456               <li>place sequence annotation above/below alignment
457                 annotation</li>
458             </ul>
459           <li>Output in Stockholm format</li>
460           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
461             translation</li>
462           <li>Structure viewer preferences tab</li>
463           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
464             shared between alignments</li>
465           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
466             Jalview</li>
467           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
468             all or current selection</li>
469           <li>disorder and secondary structure predictions
470             available as dataset annotation</li>
471           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
472
473
474           <li>Sequence database accessions imported when fetching
475             alignments from Rfam</li>
476           <li>update VARNA version to 3.91</li>
477
478           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
479             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
480           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
481           <li>include installation type in build properties and
482             console log output</li>
483           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
484             annotation</li>
485         </ul></td>
486       <td>
487         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
488         <ul>
489           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
490             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
491           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
492             alignment</li>
493           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
494           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
495           <li>Double click on sequence associated annotation
496             selects only first column</li>
497           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
498             leaves shown in tree</li>
499           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
500             properly</li>
501           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
502           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
503             screen and buttons not visible</li>
504           <li>author list isn't updated if already written to
505             Jalview properties</li>
506           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
507             from database</li>
508           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
509           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
510             browser search window</li>
511           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
512             in feature settings dialog</li>
513           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
514             desktop</li>
515           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
516             pass validation</li>
517           <li>Web services parameters dialog box is too large to
518             fit on screen</li>
519           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
520             tooltip</li>
521           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
522             defined user preset</li>
523           <li>MSA web services warns user if they were launched
524             with invalid input</li>
525           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
526             Java 8</li>
527           <li>
528             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
529             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
530             created
531           </li>
532
533         </ul> <!--  <em>Applet</em>
534                                 <ul>
535                                 </ul> <em>General</em>
536                                 <ul> 
537                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
538         <ul>
539           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
540             memory allocation</li>
541           <li>launchApp service doesn't automatically open
542             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
543           <li>
544             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
545             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
546             1.7_055 is available
547           </li>
548         </ul> <em>Application Known issues</em>
549         <ul>
550           <li>
551             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
552             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
553             alignment to right
554           </li>
555           <li>
556             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
557             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
558             with large number of ID
559           </li>
560           <li>
561             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
562             flatfile output of visible region has incorrect sequence
563             start/end
564           </li>
565           <li>
566             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
567             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
568             structure tracks are rearranged
569           </li>
570           <li>
571             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
572             invalid rna structure positional highlighting does not
573             highlight position of invalid base pairs
574           </li>
575           <li>
576             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
577             out of memory errors are not raised when saving Jalview
578             project from alignment window file menu
579           </li>
580           <li>
581             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
582             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
583             structures
584           </li>
585           <li>
586             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
587             colour by RNA Helices not enabled when user created
588             annotation added to alignment
589           </li>
590           <li>
591             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
592             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
593           </li>
594         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
595         <ul>
596           <li>
597             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
598             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
599           </li>
600           <li>
601             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
602             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
603           </li>
604
605           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
606             when selected</li>
607         </ul>
608       </td>
609     </tr>
610     <tr>
611       <td><div align="center">
612           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
613         </div></td>
614       <td>
615         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
616         <em>General</em>
617         <ul>
618           <li>Internationalisation of user interface (usually
619             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
620           <li>Define/Undefine group on current selection with
621             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
622           <li>Improved group creation/removal options in
623             alignment/sequence Popup menu</li>
624           <li>Sensible precision for symbol distribution
625             percentages shown in logo tooltip.</li>
626           <li>Annotation panel height set according to amount of
627             annotation when alignment first opened</li>
628         </ul> <em>Application</em>
629         <ul>
630           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
631             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
632           <li>Select columns containing particular features from
633             Feature Settings dialog</li>
634           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
635             sequences</li>
636           <li>Update Jalview project format:
637             <ul>
638               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
639               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
640                 store secondary structure annotation,etc)</li>
641               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
642                 colouring</li>
643             </ul>
644           </li>
645           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
646             (PAM250)</li>
647           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
648             flanking regions for an alignment</li>
649         </ul>
650       </td>
651       <td>
652         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
653         <ul>
654           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
655             running after job is cancelled</li>
656           <li>cannot export features from alignments imported from
657             Jalview/VAMSAS projects</li>
658           <li>Buggy slider for web service parameters that take
659             float values</li>
660           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
661             have 'display all symbols' flag set</li>
662           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
663             annotation shading not saved in Jalview project</li>
664           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
665             Jalview</li>
666           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
667             Lion/Webstart</li>
668           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
669           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
670           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
671             alignment onto desktop</li>
672           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
673             'extract scores' function</li>
674           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
675             alignment window</li>
676           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
677             performing IUPred disorder prediction</li>
678           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
679             changing 'normalise logo' display setting</li>
680           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
681             nothing matches query</li>
682           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
683             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
684           </li>
685           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
686             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
687           </li>
688           <li>Not all working JABAWS services are shown in
689             Jalview's menu</li>
690           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
691             'invalid literal/length code'</li>
692           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
693             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
694           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
695             colourscheme</li>
696
697         </ul> <em>Applet</em>
698         <ul>
699           <li>Remove group option is shown even when selection is
700             not a group</li>
701           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
702             don't affect groups</li>
703           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
704             colourscheme name</li>
705           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
706             Annotation panel is not displayed</li>
707           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
708             embedded windows</li>
709         </ul> <em>Other</em>
710         <ul>
711           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
712             single sequence were not calculated</li>
713           <li>annotation files that contain only groups imported as
714             annotation and junk sequences</li>
715           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
716             recognised as PFAM or BLC</li>
717           <li>conservation/PID slider apply all groups option
718             doesn't affect background (2.8.0b1)
719           <li></li>
720           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
721           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
722             trailing gaps</li>
723           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
724             registered correctly on import</li>
725           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
726             certain alignments</li>
727           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
728             existing annotation based 'use original colours'
729             colourscheme loses original colours setting</li>
730         </ul>
731       </td>
732     </tr>
733     <tr>
734       <td><div align="center">
735           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
736             <em>30/1/2014</em></strong>
737         </div></td>
738       <td>
739         <ul>
740           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
741             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
742             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
743             open source project).
744           </li>
745           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
746           </li>
747           <li>Output in Stockholm format</li>
748           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
749           <li>Export/import group and sequence associated line
750             graph thresholds</li>
751           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
752             ambiguity codes</li>
753           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
754             selection (or visible selection) in the same way that JPred
755             works</li>
756           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
757         </ul> <em>Other improvements</em>
758         <ul>
759           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
760           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
761             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
762           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
763             files</li>
764           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
765           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
766             link but no description</li>
767           <li>Select primary source when selecting authority in
768             database fetcher GUI</li>
769           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
770             Jalview</li>
771           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
772         </ul>
773       </td>
774       <td>
775         <ul>
776           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
777             displayed</li>
778           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
779             secondary structure annotation line</li>
780           <li>Sequence database accessions not imported when
781             fetching alignments from Rfam</li>
782           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
783             identical IDs</li>
784           <li>View all structures does not always superpose
785             structures</li>
786           <li>Option widgets in service parameters not updated to
787             reflect user or preset settings</li>
788           <li>Null pointer exceptions for some services without
789             presets or adjustable parameters</li>
790           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
791             discover PDB xRefs</li>
792           <li>Exception encountered while trying to retrieve
793             features with DAS</li>
794           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
795             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
796           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
797             residue follows a gap</li>
798           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
799             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
800           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
801             shown in wrap mode when no annotations present</li>
802           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
803             annotation already exists on alignment</li>
804           <li>oninit javascript function should be called after
805             initialisation completes</li>
806           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
807             alignment window display</li>
808           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
809           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
810             to annotation file</li>
811           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
812             groups created</li>
813           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
814             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
815           <li>Pressing return several times causes Number Format
816             exceptions in keyboard mode</li>
817           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
818             correct partitions for input data</li>
819           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
820           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
821           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
822           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
823             mode</li>
824           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
825             changes one row&#39;s threshold</li>
826           <li>Preferences and Feature settings panel panel
827             doesn&#39;t open</li>
828           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
829             quality histograms</li>
830         </ul>
831       </td>
832     </tr>
833     <tr>
834       <td><div align="center">
835           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
836         </div></td>
837       <td><em>Application</em>
838         <ul>
839           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
840             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
841           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
842             preferences</li>
843           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
844             in Jalview alignment window</li>
845           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
846             mountain lion, windows 7, and 8</li>
847           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
848             RNA and ambiguity codes</li>
849
850           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
851           <li>Support fetching and database reference look up
852             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
853             refs')</li>
854           <li>Jalview project improvements
855             <ul>
856               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
857                 flag for annotation</li>
858               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
859                 alignment</li>
860               <li>Store AACon calculation settings for a view in
861                 Jalview project</li>
862
863             </ul>
864           </li>
865           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
866           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
867             running</li>
868           <li>Simpler JABA web services menus</li>
869           <li>visual indication that web service results are still
870             being retrieved from server</li>
871           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
872             starts up for first time</li>
873           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
874             services</li>
875           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
876             client library</li>
877           <li>Examples directory and Groovy library included in
878             InstallAnywhere distribution</li>
879         </ul> <em>Applet</em>
880         <ul>
881           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
882             visualization applet example</li>
883         </ul> <em>General</em>
884         <ul>
885           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
886           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
887             defaults</li>
888           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
889             calculation</li>
890           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
891             matrices
892           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
893             in HTML</li>
894           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
895             structure contacts</li>
896           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
897           <li>RNA base pair logo consensus</li>
898           <li>Parse sequence associated secondary structure
899             information in Stockholm files</li>
900           <li>HTML Export database accessions and annotation
901             information presented in tooltip for sequences</li>
902           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
903             style RNA alignment files</li>
904           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
905             alignment</li>
906           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
907             shade each sequence according to its associated alignment
908             annotation</li>
909           <li>New Jalview Logo</li>
910         </ul> <em>Documentation and Development</em>
911         <ul>
912           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
913           <li>New Website!</li>
914         </ul></td>
915       <td><em>Application</em>
916         <ul>
917           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
918             wsdbfetch REST service</li>
919           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
920           <li>Filetype associations not installed for webstart
921             launch</li>
922           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
923             job execution in full once it is complete</li>
924           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
925             uploaded via ali_file parameter</li>
926           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
927           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
928           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
929             submitted for prediction</li>
930           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
931             desktop window</li>
932           <li>Putting fractional value into integer text box in
933             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
934           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
935             windows 7</li>
936           <li>View all structures fails with exception shown in
937             structure view</li>
938           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
939             escaped in a platform independent way</li>
940           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
941             using proxy</li>
942           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
943             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
944           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
945             failure when java web start temporary file caching is
946             disabled</li>
947           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
948             results in sequence xref which includes range qualification</li>
949           <li>Errors during processing of command line arguments
950             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
951           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
952             DAS sources in sequence fetcher</li>
953           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
954             dialog is shown</li>
955           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
956           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
957           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
958           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
959             on OSX Mountain Lion</li>
960           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
961             sequences with alignment annotation are pasted into the
962             alignment</li>
963           <li>Sequence associated annotation rows not associated
964             when loaded from Jalview project</li>
965           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
966           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
967             cancelled or job failed due to invalid input</li>
968           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
969             associated with all views</li>
970           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
971             annotation rows to new window</li>
972         </ul> <em>Applet</em>
973         <ul>
974           <li>Sequence features are momentarily displayed before
975             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
976           <li>loading features via javascript API automatically
977             enables feature display</li>
978           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
979             work</li>
980         </ul> <em>General</em>
981         <ul>
982           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
983           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
984             and then deselected</li>
985           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
986           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
987             coloured with clustalx</li>
988           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
989             exceptions and redraw errors</li>
990           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
991             reconfigured view</li>
992           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
993             colour</li>
994           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
995             for lots of labels</li>
996         </ul>
997     </tr>
998     <tr>
999       <td>
1000         <div align="center">
1001           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1002         </div>
1003       </td>
1004       <td><em>Application</em>
1005         <ul>
1006           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1007           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1008           <li>View/alignment association menu to enable user to
1009             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1010             its colours/correspondences from</li>
1011           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1012           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1013             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1014           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1015           <li>Annotation row column label formatting attributes
1016             stored in project file</li>
1017           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1018             rows preserved in Jalview project file</li>
1019           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1020             saved using Desktop window menu</li>
1021           <li>Visual indication that command line arguments are
1022             still being processed</li>
1023           <li>Groovy script execution from URL</li>
1024           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1025             preferences</li>
1026           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1027             alignment with sequences that have high similarity and
1028             matching IDs</li>
1029           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1030           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1031             structures in same window</li>
1032           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1033           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1034             analysis function in its own submenu</li>
1035         </ul> <em>Applet</em>
1036         <ul>
1037           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1038             groups</li>
1039           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1040           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1041           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1042           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1043           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1044             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1045           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1046           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1047             parameters are treated as such</li>
1048           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1049             <ul>
1050               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1051               <li>Javascript callbacks for
1052                 <ul>
1053                   <li>Applet initialisation</li>
1054                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1055                 </ul>
1056               </li>
1057               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1058                 functions</li>
1059               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1060               <li>javascript structure viewer harness to pass
1061                 messages between Jmol and Jalview when running as
1062                 distinct applets</li>
1063               <li>sortBy method</li>
1064               <li>Set of applet and application examples shipped
1065                 with documentation</li>
1066               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1067                 javascript message exchange</li>
1068             </ul>
1069         </ul> <em>General</em>
1070         <ul>
1071           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1072             multiple alignments</li>
1073           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1074           <li>User configurable link to enable redirects to a
1075             www.Jalview.org mirror</li>
1076           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1077           <li>Configurable newline string when writing alignment
1078             and other flat files</li>
1079           <li>Allow alignment annotation description lines to
1080             contain html tags</li>
1081         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1082         <ul>
1083           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1084             examples</li>
1085           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1086             using a web service before displaying the result in the
1087             Jalview desktop</li>
1088           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1089           <li>Ant target to publish example html files with applet
1090             archive</li>
1091           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1092           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1093         </ul></td>
1094       <td><em>Application</em>
1095         <ul>
1096           <li>User defined colourscheme throws exception when
1097             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1098           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1099             dialog for valid filename/format</li>
1100           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
1101           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
1102             P37173</li>
1103           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1104             which sequence is to be associated with the file</li>
1105           <li>Find All raises null pointer exception when query
1106             only matches sequence IDs</li>
1107           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1108           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1109             2.4 cannot be loaded</li>
1110           <li>Filetype associations not installed for webstart
1111             launch</li>
1112           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1113             with sequences in different alignments do not get coloured
1114             by their associated sequence</li>
1115           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1116             not preserved when project is loaded</li>
1117           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1118             stored in Jalview project</li>
1119           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1120             Jalview project</li>
1121           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1122           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1123             by conservation</li>
1124           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1125             created on new view</li>
1126           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1127             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1128           <li>Alignment quality not updated after alignment
1129             annotation row is hidden then shown</li>
1130           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1131             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1132           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1133             properly</li>
1134           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1135             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1136           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1137           <li>Structures imported from file and saved in project
1138             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1139           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1140             job execution in full once it is complete</li>
1141         </ul> <em>Applet</em>
1142         <ul>
1143           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1144             annotation rows are displayed</li>
1145           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1146             codebase</li>
1147           <li>View follows highlighting does not work for positions
1148             in sequences</li>
1149           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1150           <li>Export features raises exception when no features
1151             exist</li>
1152           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1153             for javascript api is modified when separator string
1154             provided as parameter</li>
1155           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1156             alignment with no existing selection</li>
1157           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1158             to applet&#39;s codebase</li>
1159           <li>Status bar not updated after finished searching and
1160             search wraps around to first result</li>
1161           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1162             several Jalview applets causes race conditions and memory
1163             leaks</li>
1164           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1165             not sent from Jmol in applet</li>
1166           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1167             applet API fatally hang browser</li>
1168         </ul> <em>General</em>
1169         <ul>
1170           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1171             position with wrapped view and hidden regions</li>
1172           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1173             with/without hidden columns</li>
1174           <li>Sequence length given in alignment properties window
1175             is off by 1</li>
1176           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1177             import PDB like structure files</li>
1178           <li>Positional search results are only highlighted
1179             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1180           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1181           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1182             given sequence position</li>
1183           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1184             output</li>
1185           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1186             from nucleotide chains correctly</li>
1187           <li>Structure colours not updated when tree partition
1188             changed in alignment</li>
1189           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1190             parsed in interleaved stockholm</li>
1191           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1192             state</li>
1193           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1194             properly</li>
1195           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1196             properly associated with their pdb files</li>
1197         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1198         <ul>
1199           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1200             ApplyCopyright tool</li>
1201         </ul></td>
1202     </tr>
1203     <tr>
1204       <td>
1205         <div align="center">
1206           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1207         </div>
1208       </td>
1209       <td><em>Application</em>
1210         <ul>
1211           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1212             contact web services</li>
1213           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1214             service job window</li>
1215           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1216         </ul></td>
1217       <td>
1218         <ul>
1219           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1220             pir file emitted by Jalview</li>
1221           <li>Existing feature settings transferred to new
1222             alignment view created from cut'n'paste</li>
1223           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1224             parsing PDB files</li>
1225           <li>Consensus and conservation annotation rows
1226             occasionally become blank for all new windows</li>
1227           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1228             in wrapped view mode</li>
1229         </ul> <em>Application</em>
1230         <ul>
1231           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1232             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1233           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1234             parameter names</li>
1235           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1236             is down</li>
1237         </ul>
1238       </td>
1239     </tr>
1240     <tr>
1241       <td>
1242         <div align="center">
1243           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1244         </div>
1245       </td>
1246       <td><em>Application</em>
1247         <ul>
1248           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1249             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1250             (JABAWS)
1251           </li>
1252           <li>Web Services preference tab</li>
1253           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1254             preferences</li>
1255           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1256           <li>Superpose structures using associated sequence
1257             alignment</li>
1258           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1259             viewer</li>
1260         </ul> <em>Applet</em>
1261         <ul>
1262           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1263             link out mechanism</li>
1264         </ul> <em>Other</em>
1265         <ul>
1266           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1267             series 12</li>
1268           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1269             require Java 1.5</li>
1270           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1271             sequence annotation files</li>
1272           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1273             type colour specification</li>
1274           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1275             script to check if it being run in an interactive session or
1276             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1277         </ul></td>
1278       <td>
1279         <ul>
1280           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1281             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1282         </ul> <em>Application</em>
1283         <ul>
1284           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1285             selected Regions menu item</li>
1286           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1287             part of a valid accession ID</li>
1288           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1289             runs out of memory</li>
1290           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1291             analysis results</li>
1292           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1293             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1294           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1295         </ul> <em>Applet</em>
1296         <ul>
1297           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1298             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1299             defined.</li>
1300         </ul>
1301       </td>
1302     </tr>
1303     <tr>
1304       <td>
1305         <div align="center">
1306           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1307         </div>
1308       </td>
1309       <td></td>
1310       <td>
1311         <ul>
1312           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1313             sequence IDs</li>
1314           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1315             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1316           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1317             import correctly</li>
1318           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1319             number of columns are hidden</li>
1320           <li>annotation label popup menu not providing correct
1321             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1322             present</li>
1323           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1324             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1325           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1326             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1327
1328         </ul> <em>Applet</em>
1329         <ul>
1330           <li>annotation panel disappears when annotation is
1331             hidden/removed</li>
1332         </ul> <em>Application</em>
1333         <ul>
1334           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1335             alignment opened where annotation panel is visible but no
1336             annotations are present on alignment</li>
1337           <li>pasted region containing hidden columns is
1338             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1339           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1340             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1341           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1342             selected Rregions menu item.</li>
1343           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1344             'Un' or 'Non'conserved</li>
1345           <li>Sequence feature settings are being shared by
1346             multiple distinct alignments</li>
1347           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1348             changed</li>
1349           <li>double click on group annotation to select sequences
1350             does not propagate to associated trees</li>
1351           <li>Mac OSX specific issues:
1352             <ul>
1353               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1354                 window background</li>
1355               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1356                 name set correctly</li>
1357               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1358                 save feature colourscheme button</li>
1359             </ul>
1360           </li>
1361         </ul>
1362       </td>
1363     </tr>
1364     <tr>
1365
1366       <td>
1367         <div align="center">
1368           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1369         </div>
1370       </td>
1371       <td><em>New Capabilities</em>
1372         <ul>
1373           <li>URL links generated from description line for
1374             regular-expression based URL links (applet and application)
1375
1376           
1377           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1378             menu</li>
1379           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1380             structures</li>
1381           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1382             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1383           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1384             average score or total feature count for each sequence.</li>
1385           <li>Shading features by score or associated description</li>
1386           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1387             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1388           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1389             hide everything but the currently selected region.</li>
1390           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1391         </ul> <em>Application</em>
1392         <ul>
1393           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1394             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1395           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1396             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1397           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1398             database references and protein_name is parsed as
1399             description line (BioSapiens terms).</li>
1400           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1401             references in sequence ID tooltip from View menu in
1402             application.</li>
1403           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1404                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1405           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1406             conservation plots</li>
1407           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1408             and visualized as sequence logos</li>
1409           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1410             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1411           </li>
1412           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1413             when a new tree is opened.</li>
1414           <li>Jalview Java Console</li>
1415           <li>Better placement of desktop window when moving
1416             between different screens.</li>
1417           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1418             consensus annotation</li>
1419           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2 Workflows</li>
1420           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1421             <ul>
1422               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1423                 used to preserve views, structures, and tree display
1424                 settings)</li>
1425               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1426                 command line</li>
1427               <li>Sharing of selected regions between views and
1428                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1429               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1430             </ul></li>
1431         </ul> <em>Applet</em>
1432         <ul>
1433           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1434           <li>New Parameters
1435             <ul>
1436               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1437                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1438                 opened.</li>
1439               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1440                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1441               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1442                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1443               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1444                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1445                 view</li>
1446               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1447                 increase the height or width of a cell in the alignment
1448                 grid relative to the current font size.</li>
1449             </ul>
1450           </li>
1451           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1452             tooltip</li>
1453         </ul> <em>Other</em>
1454         <ul>
1455           <li>Features format: graduated colour definitions and
1456             specification of feature scores</li>
1457           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1458             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1459             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1460           <li>XML formats extended to support graduated feature
1461             colourschemes, group associated annotation, and profile
1462             visualization settings.</li></td>
1463       <td>
1464         <ul>
1465           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1466             rather than description</li>
1467           <li>Non-positional features are now included in sequence
1468             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1469             visibility in tooltip).</li>
1470           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1471           <li>Added URL embedding instructions to features file
1472             documentation.</li>
1473           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1474             'X' in peptide product</li>
1475           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1476             sequence ID and sequence string and query strings do not
1477             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1478           <li>AMSA files only contain first column of
1479             multi-character column annotation labels</li>
1480           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1481             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1482             exported and re-imported)</li>
1483           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1484             name</li>
1485           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1486             as subsequence matches, and correctly reports total number
1487             of both.</li>
1488           <li>Application:
1489             <ul>
1490               <li>Better handling of exceptions during sequence
1491                 retrieval</li>
1492               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1493                 link text excludes the start_end suffix</li>
1494               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1495                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1496               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1497               <li>Sequence description lines properly shared via
1498                 VAMSAS</li>
1499               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1500                 data sources</li>
1501               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1502                 completes before alignment figures are generated.</li>
1503               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1504                 first time.</li>
1505               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1506                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1507               <li>User defined group colours properly recovered
1508                 from Jalview projects.</li>
1509             </ul>
1510           </li>
1511         </ul>
1512       </td>
1513
1514     </tr>
1515     <tr>
1516       <td>
1517         <div align="center">
1518           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1519         </div>
1520       </td>
1521       <td>
1522         <ul>
1523           <li>Experimental support for google analytics usage
1524             tracking.</li>
1525           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1526         </ul>
1527       </td>
1528       <td>
1529         <ul>
1530           <li>Race condition in applet preventing startup in
1531             jre1.6.0u12+.</li>
1532           <li>Exception when feature created from selection beyond
1533             length of sequence.</li>
1534           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1535           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1536             all sequences with a given id</li>
1537           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1538             ID string searches</li>
1539           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1540             alignment to fail with exception</li>
1541         </ul> <em>Application Issues</em>
1542         <ul>
1543           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1544           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1545             data sources</li>
1546         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1547         <ul>
1548           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1549             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1550           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1551             version (java class versioning error fixed)</li>
1552         </ul>
1553       </td>
1554     </tr>
1555     <tr>
1556       <td>
1557
1558         <div align="center">
1559           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1560         </div>
1561       </td>
1562       <td><em>User Interface</em>
1563         <ul>
1564           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1565             translation and protein products</li>
1566           <li>Linked highlighting of structure associated with
1567             residue mapping to codon position</li>
1568           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1569             and 'clear' button</li>
1570           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1571             Tools menu</li>
1572           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1573             numeric data in description line</li>
1574           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1575           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1576             of sequence</li>
1577         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1578         <ul>
1579           <li>JPred3 web service</li>
1580           <li>Prototype sequence search client (no public services
1581             available yet)</li>
1582           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1583             PFAM</li>
1584           <li>URL Links created for matching database cross
1585             references as well as sequence ID</li>
1586           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1587         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1588         <ul>
1589           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1590             databases</li>
1591           <li>Generalised database reference retrieval and
1592             validation to all fetchable databases</li>
1593           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1594             sequence command</li>
1595         </ul> <em>Import and Export</em>
1596         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1597         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1598           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1599         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1600           File</li>
1601         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1602           triplet as name of colourscheme</li>
1603         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1604         <ul>
1605           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1606           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1607             alignments (experimental)</li>
1608           <li>Create new or select existing session to join</li>
1609           <li>load and save of vamsas documents</li>
1610         </ul> <em>Application command line</em>
1611         <ul>
1612           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1613             from applet)</li>
1614           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1615             of DAS servers to query for alignment features</li>
1616           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1617             that are also automatically queried for features</li>
1618           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1619             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1620         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1621         <ul>
1622           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1623             application (when using &quot;View in full
1624             application&quot;)</li>
1625         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1626         <ul>
1627           <li>feature group display control parameter</li>
1628           <li>debug parameter</li>
1629           <li>showbutton parameter</li>
1630         </ul> <em>Applet API methods</em>
1631         <ul>
1632           <li>newView public method</li>
1633           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1634           <li>Feature display control methods</li>
1635           <li>get list of currently selected sequences</li>
1636         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1637         <ul>
1638           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1639           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1640             Jalview release.</li>
1641           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1642             property controls execution of obfuscator</li>
1643           <li>Build target for generating source distribution</li>
1644           <li>Debug flag for javacc</li>
1645           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1646             jalview.bin.Cache</li>
1647           <li>Continuous Build Integration for stable and
1648             development version of Application, Applet and source
1649             distribution</li>
1650         </ul></td>
1651       <td>
1652         <ul>
1653           <li>selected region output includes visible annotations
1654             (for certain formats)</li>
1655           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1656             for editing</li>
1657           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1658           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1659           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1660           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1661             comments</li>
1662           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1663             filenames containing a ':'</li>
1664           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1665             global sequence features</li>
1666           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1667             references from alignment sequences goes to zero</li>
1668           <li>Close of tree branch colour box without colour
1669             selection causes cascading exceptions</li>
1670           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1671           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1672             file parsing fails.</li>
1673           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1674           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1675             not a valid output format</li>
1676           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1677             vamsas</li>
1678           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1679           <li>error messages passed up and output when data read
1680             fails</li>
1681           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1682             sequence is edited</li>
1683           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1684             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1685           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1686             filetype</li>
1687           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1688             import fixed for PFAM records</li>
1689           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1690             window list</li>
1691           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1692             can be read and written correctly to annotation file</li>
1693           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1694             correctly</li>
1695           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1696             non-italic font for representatives in Applet</li>
1697           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1698             Macs.</li>
1699           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1700             Applet)</li>
1701           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1702             due to null pointer exceptions</li>
1703           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1704             first column of alignment</li>
1705           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1706             July 2008</li>
1707           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1708             file is case-insensitive</li>
1709           <li>Sequence features read from Features file appended to
1710             all sequences with matching IDs</li>
1711           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1712             containing a sub-sequence</li>
1713           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1714           <li>feature and annotation file applet parameters
1715             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1716           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1717           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1718             splash-screen version check to complete</li>
1719           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1720             when passing them to the launchApp service</li>
1721           <li>display name and local features preserved in results
1722             retrieved from web service</li>
1723           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1724             sequence fetcher initialisation</li>
1725           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1726             dasobert DAS client</li>
1727           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1728             association</li>
1729           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1730             sequences
1731           </li>
1732         </ul>
1733       </td>
1734     </tr>
1735     <tr>
1736       <td>
1737         <div align="center">
1738           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1739         </div>
1740       </td>
1741       <td>
1742         <ul>
1743           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1744           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1745           <li>Slide sequences</li>
1746           <li>Edit sequence in place</li>
1747           <li>EMBL CDS features</li>
1748           <li>DAS Feature mapping</li>
1749           <li>Feature ordering</li>
1750           <li>Alignment Properties</li>
1751           <li>Annotation Scores</li>
1752           <li>Sort by scores</li>
1753           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1754         </ul>
1755       </td>
1756       <td>
1757         <ul>
1758           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1759           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1760           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1761           <li>Feature group display state in XML</li>
1762           <li>Feature ordering in XML</li>
1763           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1764           <li>Stockholm alignment properties</li>
1765           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1766           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1767           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1768           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1769         </ul>
1770       </td>
1771
1772     </tr>
1773     <tr>
1774       <td>
1775         <div align="center">
1776           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1777         </div>
1778       </td>
1779       <td>
1780         <ul>
1781           <li>Non standard characters can be read and displayed
1782           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1783             applet via textbox
1784           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1785             name &amp; description
1786           <li>Preference setting to display sequence name in
1787             italics
1788           <li>Annotation file format extended to allow
1789             Sequence_groups to be defined
1790           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1791             specified in preferences
1792           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1793             sequences
1794         </ul>
1795       </td>
1796       <td>
1797         <ul>
1798           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1799             installed
1800           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1801           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1802         </ul>
1803       </td>
1804     </tr>
1805     <tr>
1806       <td>
1807         <div align="center">
1808           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1809         </div>
1810       </td>
1811       <td>
1812         <ul>
1813           <li>Multiple views on alignment
1814           <li>Sequence feature editing
1815           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1816           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1817           <li>Background dependent text colour
1818           <li>Right align sequence ids
1819           <li>User-defined lower case residue colours
1820           <li>Format Menu
1821           <li>Select Menu
1822           <li>Menu item accelerator keys
1823           <li>Control-V pastes to current alignment
1824           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1825           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1826           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1827
1828           
1829           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1830         </ul>
1831       </td>
1832       <td>
1833         <ul>
1834           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1835           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1836             calculations
1837           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1838             edits
1839           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1840             of alignment)
1841           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1842
1843           
1844           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1845             display correctly
1846           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1847           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1848             analysis results
1849           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1850             &#8739;
1851           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1852           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1853           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1854
1855           
1856         </ul>
1857       </td>
1858     </tr>
1859     <tr>
1860       <td>
1861         <div align="center">
1862           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1863         </div>
1864       </td>
1865       <td>
1866         <ul>
1867           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1868         </ul>
1869       </td>
1870       <td>
1871         <ul>
1872           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1873             sequence id panel has been resized</li>
1874           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1875             rendered</li>
1876           <li>Annotation files with sequence references - all
1877             elements in file are relative to sequence position</li>
1878           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1879         </ul>
1880       </td>
1881     </tr>
1882     <tr>
1883       <td>
1884         <div align="center">
1885           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1886         </div>
1887       </td>
1888       <td>
1889         <ul>
1890           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1891           <li>DAS Feature fetching</li>
1892           <li>Hide sequences and columns</li>
1893           <li>Export Annotations and Features</li>
1894           <li>GFF file reading / writing</li>
1895           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1896             files</li>
1897           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1898           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1899           <li>Applet can launch the full application</li>
1900           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1901             required)</li>
1902           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1903           <li>Applet can load sequences from parameter
1904             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1905           </li>
1906         </ul>
1907       </td>
1908       <td>
1909         <ul>
1910           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1911           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1912           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1913         </ul>
1914       </td>
1915     </tr>
1916     <tr>
1917       <td>
1918         <div align="center">
1919           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1920         </div>
1921       </td>
1922       <td>
1923         <ul>
1924           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1925           <li>Choose to match case when searching</li>
1926           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1927             expand the visible width and height of the alignment</li>
1928         </ul>
1929       </td>
1930       <td>
1931         <ul>
1932           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1933         </ul>
1934       </td>
1935     </tr>
1936     <tr>
1937       <td>
1938         <div align="center">
1939           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1940         </div>
1941       </td>
1942       <td>&nbsp;</td>
1943       <td>
1944         <ul>
1945           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1946           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1947             value</li>
1948         </ul>
1949       </td>
1950     </tr>
1951     <tr>
1952       <td>
1953         <div align="center">
1954           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1955         </div>
1956       </td>
1957       <td>
1958         <ul>
1959           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1960           <li>Keyboard editing</li>
1961           <li>Create sequence features from searches</li>
1962           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1963             alignments</li>
1964           <li>Features file allows grouping of features</li>
1965           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1966           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1967           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1968         </ul>
1969       </td>
1970       <td>
1971         <ul>
1972           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1973           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1974             descriptions saved.</li>
1975         </ul>
1976       </td>
1977     </tr>
1978     <tr>
1979       <td>
1980         <div align="center">
1981           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1982         </div>
1983       </td>
1984       <td>
1985         <ul>
1986           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1987           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1988           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1989             name for file output</li>
1990           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1991           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1992             used for HTML form input</li>
1993         </ul>
1994       </td>
1995       <td>
1996         <ul>
1997           <li>HTML output writes groups and features</li>
1998           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1999           <li>File IO bugs</li>
2000         </ul>
2001       </td>
2002     </tr>
2003     <tr>
2004       <td>
2005         <div align="center">
2006           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2007         </div>
2008       </td>
2009       <td>
2010         <ul>
2011           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2012           <li>More options for PCA viewer</li>
2013         </ul>
2014       </td>
2015       <td>
2016         <ul>
2017           <li>GUI bugs resolved</li>
2018           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2019         </ul>
2020       </td>
2021     </tr>
2022     <tr>
2023       <td height="63">
2024         <div align="center">
2025           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2026         </div>
2027       </td>
2028       <td>
2029         <ul>
2030           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2031           <li>Jar files are executable</li>
2032           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2033         </ul>
2034       </td>
2035       <td>
2036         <ul>
2037           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2038           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2039           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2040         </ul>
2041       </td>
2042     </tr>
2043     <tr>
2044       <td>
2045         <div align="center">
2046           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2047         </div>
2048       </td>
2049       <td>
2050         <ul>
2051           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2052         </ul>
2053       </td>
2054       <td>
2055         <ul>
2056           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2057         </ul>
2058       </td>
2059     </tr>
2060     <tr>
2061       <td>
2062         <div align="center">
2063           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2064         </div>
2065       </td>
2066       <td>
2067         <ul>
2068           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2069             size</li>
2070         </ul>
2071       </td>
2072       <td>
2073         <ul>
2074           <li>Improved JPred client reliability</li>
2075           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2076         </ul>
2077       </td>
2078     </tr>
2079     <tr>
2080       <td>
2081         <div align="center">
2082           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2083         </div>
2084       </td>
2085       <td>
2086         <ul>
2087           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2088           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2089           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2090             to Colour Menu</li>
2091           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2092           <li>Unix users can set default web browser</li>
2093           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2094           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2095         </ul>
2096       </td>
2097       <td>
2098         <ul>
2099           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2100         </ul>
2101       </td>
2102     </tr>
2103     <tr>
2104       <td>
2105         <div align="center">
2106           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2107         </div>
2108       </td>
2109       <td>&nbsp;</td>
2110       <td>
2111         <ul>
2112           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2113             alignment order.</li>
2114         </ul>
2115       </td>
2116     </tr>
2117     <tr>
2118       <td>
2119         <div align="center">
2120           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2121         </div>
2122       </td>
2123       <td>
2124         <ul>
2125           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2126           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2127           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2128             annotations.</li>
2129           <li>Version and build date written to build properties
2130             file.</li>
2131           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2132             at launch of Jalview.</li>
2133         </ul>
2134       </td>
2135       <td>
2136         <ul>
2137           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2138           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2139           <li>Can remove groups one by one.</li>
2140           <li>Filechooser icons installed.</li>
2141           <li>Finder ignores return character when searching.
2142             Return key will initiate a search.<br>
2143           </li>
2144         </ul>
2145       </td>
2146     </tr>
2147     <tr>
2148       <td>
2149         <div align="center">
2150           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2151         </div>
2152       </td>
2153       <td>
2154         <ul>
2155           <li>New codebase</li>
2156         </ul>
2157       </td>
2158       <td>&nbsp;</td>
2159     </tr>
2160   </table>
2161   <p>&nbsp;</p>
2162 </body>
2163 </html>