help/html/releases.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
  51             <em>22/11/2016</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td><div align="left">
  55             <em>General</em>
  56             <ul>
  57               <li><!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used for all consensus calculations</li>
  58               <li><!-- JAL- --></li>
  59           </ul>
  60           <em>Application</em>
  61           <ul>
  62         <li><!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tips have been tamed (databases sorted alphabetically, abridged ID sets) </li>
  63             <li><!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em> from database cross references. Users with custom links will receive a warning dialog asking them to update their preferences.</li>
  64             <li><!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on dialog warning user about disconnecting Jalview from a Chimera session</li>
  65             <li><!-- JAL-2281-->Custom URL links for database cross-references are matched to database name regardless of case</li>
  66             <li></li>
  67
  68
  69           </ul>
  70           <em>Applet</em>
  71           <ul>
  72           </ul>
  73           <em>Build and deployment</em>
  74           <ul>
  75             <li></li>
  76           </ul>
  77           </div>
  78       </td>
  79       <td>
  80         <div align="left">
  81           <em>General</em>
  82           <ul>
  83             <li><!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue are not coloured or thresholded according to percent identity (first observed in Jalview 2.8.2)</li>
  84             <li><!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not hydrophobic</li>
  85             <li><!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID threshold, amino acid properties)</li>
  86             <li><!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not reported as mapped to residues in a structure file in the View Mapping report</li>
  87           </ul>
  88           <em>Application</em>
  89           <ul>
  90             <li><!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database names without regular expressions also offer invalid links from Sequence ID</li>
  91             <li><!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the URL links pane in Connections preferences doesn't actually update Jalview configuration</li>
  92             <li><!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan</li>
  93             <li><!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF files with similarly named sequences if dropped onto the alignment</li>
  94             <li><!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB entries where more chains exist in the PDB accession than are reported in the SIFTS file</li>
  95             <li><!-- --></li>
  96             <li><!-- --></li>
  97             <li><!-- --></li>
  98           </ul>
  99           <em>Applet</em>
 100           <ul>
 101           </ul>
 102           <em>Build and deployment</em>
 103           <ul>
 104             <li><!-- JAL-2308, -->Failing/passing unit tests</li>
 105           </ul>
 106           <em>New Known Issues</em>
 107           <ul>
 108             <li></li>
 109           </ul>
 110         </div>
 111       </td>
 112     </tr>
 113       <td width="60" nowrap>
 114         <div align="center">
 115           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 116             <em>25/10/2016</em></strong>
 117         </div>
 118       </td>
 119       <td><em>Application</em>
 120         <ul>
 121           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 122             view if structures already loaded</li>
 123           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 124             structure views</li>
 125         </ul></td>
 126       <td>
 127         <div align="left">
 128           <em>General</em>
 129           <ul>
 130             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 131               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 132             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 133               example sequences/projects/trees</li>
 134           </ul>
 135           <em>Application</em>
 136           <ul>
 137             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 138               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 139             <li>Multiple structure views can be opened and
 140               superposed without timeout for structures with multiple
 141               models or multiple sequences in alignment</li>
 142             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 143               a PDB ID HEADER line</li>
 144             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 145               superposition is performed</li>
 146             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 147               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 148             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 149             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 150               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 151               Refs UI option</li>
 152             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 153               view is created on the alignment</li>
 154             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 155               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 156               to open group pop-up menu</li>
 157           </ul>
 158           <em>Build and deployment</em>
 159           <ul>
 160             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 161               tags</li>
 162           </ul>
 163           <em>New Known Issues</em>
 164           <ul>
 165             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 166               work on Windows</li>
 167           </ul>
 168         </div>
 169       </td>
 170     </tr>
 171     <tr>
 172       <td width="60" nowrap>
 173         <div align="center">
 174           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 175         </div>
 176       </td>
 177       <td><em>General</em>
 178         <ul>
 179           <li>
 180           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 181           </li>
 182           <li>
 183             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 184             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 185             better PDB parsing.
 186           </li>
 187           <li>
 188             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 189             reference sequence
 190           </li>
 191           <li>
 192             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 193             mousing over sequence associated annotation
 194           </li>
 195           <li>
 196             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 197             for manual entry
 198           </li>
 199           <li>
 200             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 201             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 202             for each column
 203           </li>
 204           <li>
 205             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 206             showing or hiding columns containing a feature
 207           </li>
 208           <li>
 209             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 210             group and sequence associated annotation labels
 211           </li>
 212           <li>
 213             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 214             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 215             dialogs
 216           </li>
 217
 218         </ul> <em>Application</em>
 219         <ul>
 220           <li>
 221             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 222             gene/transcript view
 223           </li>
 224           <li>
 225             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 226             dialog
 227           </li>
 228           <li>
 229             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 230             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 231           </li>
 232           <li>
 233             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 234             Pfam sources to xfam.org
 235           </li>
 236           <li>
 237             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 238           </li>
 239           <li>
 240             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 241             over sequences in Jalview
 242           </li>
 243           <li>
 244             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 245             regions in ENA and EMBL
 246           </li>
 247           <li>
 248             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 249             for record retrieval via ENA rest API
 250           </li>
 251           <li>
 252             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 253             complement operator
 254           </li>
 255           <li>
 256             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 257             groovy script execution
 258           </li>
 259           <li>
 260             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 261             alignment window's Calculate menu
 262           </li>
 263           <li>
 264             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 265             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 266           </li>
 267           <li>
 268             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 269             calculation workers from groovy scripts
 270           </li>
 271           <li>
 272             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 273             Jalview projects
 274           </li>
 275           <li>
 276             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 277             associations are now saved/restored from project
 278           </li>
 279           <li>
 280             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 281             before sequence fetcher is opened
 282           </li>
 283           <li>
 284             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 285             database chooser opens a sequence fetcher
 286           </li>
 287           <li>
 288             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 289             the UniProt REST API
 290           </li>
 291           <li>
 292             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 293             the news reader opening
 294           </li>
 295           <li>
 296             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 297             querying stored in preferences
 298           </li>
 299           <li>
 300             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 301             search results
 302           </li>
 303           <li>
 304             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 305           </li>
 306           <li>
 307             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 308             menu for nucleotide sequences
 309           </li>
 310           <li>
 311             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 312             and feature counts preserves alignment ordering (and
 313             debugged for complex feature sets).
 314           </li>
 315           <li>
 316             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 317             viewing structures with Jalview 2.10
 318           </li>
 319           <li>
 320             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 321             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 322             Ensembl Genomes REST API
 323           </li>
 324           <li>
 325             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 326             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 327             (Ensembl)
 328           </li>
 329           <li>
 330             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 331             sequences
 332           </li>
 333           <li>
 334             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 335             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 336             data from external database records.
 337           </li>
 338           <li>
 339             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 340             efficient recovery of sequence coding and alignment
 341             annotation relationships.
 342           </li>
 343         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 344         <ul>
 345           <li>
 346             -- JAL---
 347           </li>
 348         </ul> --></td>
 349       <td>
 350         <div align="left">
 351           <em>General</em>
 352           <ul>
 353             <li>
 354               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 355               menu on OSX
 356             </li>
 357             <li>
 358               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 359               includes graduated colourschemes
 360             </li>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 363               working with big alignments and lots of hidden columns
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 367               at right of alignment window
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 371               contents
 372             </li>
 373             <li>
 374               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 375               for DNA alignments
 376             </li>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 379               based tree calculation
 380             </li>
 381             <li>
 382               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 383               unconserved enabled for group on alignment
 384             </li>
 385             <li>
 386               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 387               set as reference
 388             </li>
 389             <li>
 390               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 391               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 392               annotation
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 396               hidden columns present
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 400               user created annotation added to alignment
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 404               '()' base pair annotation
 405             </li>
 406             <li>
 407               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 408               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 409               Consensus
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 413               feature not working
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 417               beginning of sequence
 418             </li>
 419             <li>
 420               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 421               entry 3a6s
 422             </li>
 423             <li>
 424               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 425               from a tree when t-coffee scores are shown
 426             </li>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 429               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 430             </li>
 431             <li>
 432               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 433               some structures
 434             </li>
 435             <li>
 436               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 437               to Clustal, PIR and PileUp output
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 441               not visible causes alignment window to repaint
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 445               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 446               scores associated with features and annotation rows
 447             </li>
 448             <li>
 449               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 450               calculation should be case independent
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 454               columns
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 458               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 459               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 460             </li>
 461             <li>
 462               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 463               problems when reference sequence defined and 'show
 464               non-conserved' enabled
 465             </li>
 466             <li>
 467               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 468               load even when Consensus calculation is disabled
 469             </li>
 470             <li>
 471               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 472               alignment does nothing
 473             </li>
 474           </ul>
 475           <em>Application</em>
 476           <ul>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 479               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 480               yet fixed for El Capitan)
 481             </li>
 482             <li>
 483               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 484               output when running on non-gb/us i18n platforms
 485             </li>
 486             <li>
 487               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 488               hidden sequences as flat-file alignment
 489             </li>
 490             <li>
 491               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 492               launching Chimera
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 496               (also hotfix for 2.9.0b2)
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 500               reference sequence defined
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 504               alignments and views when revealing hidden columns
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 508               view in a cDNA/Protein splitframe
 509             </li>
 510             <li>
 511               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 512               sequence from project when only one sequence is
 513               represented
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 517               in Structure Chooser
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 521               structure consensus didn't refresh annotation panel
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 525               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 526             </li>
 527             <li>
 528               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 529               dialogs format columns correctly, don't display array
 530               data, sort columns according to type
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 534               file chooser is cancelled during an image export
 535             </li>
 536             <li>
 537               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 538               sequence name containing special characters
 539             </li>
 540             <li>
 541               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 542               case insensitive
 543             </li>
 544             <li>
 545               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 546               formatting don't wrap
 547             </li>
 548             <li>
 549               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 550               truncated so L looks like I in consensus annotation
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 554               currently displayed features for the current selection or
 555               view
 556             </li>
 557             <li>
 558               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 559               after fetching cross-references, and restoring from project
 560             </li>
 561             <li>
 562               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 563               followed in the structure viewer
 564             </li>
 565             <li>
 566               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 567               splitframe not restored from project
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 571               trailing end of protein alignment in transcript/product
 572               splitview when pad-gaps not enabled by default
 573             </li>
 574             <li>
 575               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 576               is case dependent
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 580               article has been read (reopened issue due to
 581               internationalisation problems)
 582             </li>
 583             <li>
 584               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 585               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 586               cross-references
 587             </li>
 588
 589             <li>
 590               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 591               alignment as HTML
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 595               multiple structures are shown for one or more sequences.
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 599               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 600               is enabled.
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 604               specific PDB id for sequence
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 608               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 609               columns' is disabled.
 610             </li>
 611             <li>
 612               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 613               selects lowest rather than highest resolution structures
 614               for each sequence
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 618               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 619             </li>
 620             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 621             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 622           </ul>
 623           <em>Applet</em>
 624           <ul>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 627               hidden columns present before start of sequence
 628             </li>
 629             <li>
 630               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 631               (JSON jars)
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 635               sequences are hidden in applet
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 639               deployment on examples pages.
 640             </li>
 641           </ul>
 642         </div>
 643       </td>
 644     </tr>
 645     <tr>
 646       <td width="60" nowrap>
 647         <div align="center">
 648           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 649             <em>16/10/2015</em></strong>
 650         </div>
 651       </td>
 652       <td><em>General</em>
 653         <ul>
 654           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 655             jars</li>
 656         </ul></td>
 657       <td>
 658         <div align="left">
 659           <em>Application</em>
 660           <ul>
 661             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 662               shown when tree is partitioned</li>
 663             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 664               multiple cDNA/Protein split views</li>
 665           </ul>
 666         </div>
 667       </td>
 668     </tr>
 669     <tr>
 670       <td width="60" nowrap>
 671         <div align="center">
 672           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 673             <em>8/10/2015</em></strong>
 674         </div>
 675       </td>
 676       <td><em>General</em>
 677         <ul>
 678           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 679             2.9</li>
 680         </ul> <em>Application</em>
 681         <ul>
 682           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 683           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 684           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 685         </ul> <em>Applet</em>
 686         <ul>
 687           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 688         </ul></td>
 689       <td>
 690         <div align="left">
 691           <em>General</em>
 692           <ul>
 693             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 694               incorrect when sequence start > 1</li>
 695             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 696               documentation</li>
 697             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 698             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 699               loading a features file containing HTML tags in feature
 700               description</li>
 701
 702           </ul>
 703           <em>Application</em>
 704           <ul>
 705             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 706               reimport</li>
 707             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 708               with 'trim retrieved sequences'</li>
 709             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 710               deleting selected columns</li>
 711             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 712               JNLP templates for webstart launch</li>
 713             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 714               unreleased structures for download or viewing</li>
 715             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 716               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 717             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 718               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 719             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 720               recovered from jalview project</li>
 721             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 722               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 723               alignment view</li>
 724             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 725               color schemes from BioJSON</li>
 726           </ul>
 727           <em>Applet</em>
 728           <ul>
 729             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 730               frame</li>
 731             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 732           </ul>
 733         </div>
 734       </td>
 735     </tr>
 736     <tr>
 737       <td><div align="center">
 738           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 739         </div></td>
 740       <td><em>General</em>
 741         <ul>
 742           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 743             alignments:
 744             <ul>
 745               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 746                 and DNA alignment views</li>
 747               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 748                 cDNA alignment views</li>
 749               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 750                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 751               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 752                 protein sequences</li>
 753             </ul>
 754           </li>
 755           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 756           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 757             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 758           <li>New alignment annotation file statements for
 759             reference sequences and marking hidden columns</li>
 760           <li>Reference sequence based alignment shading to
 761             highlight variation</li>
 762           <li>Select or hide columns according to alignment
 763             annotation</li>
 764           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 765           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 766             acid conservation row</li>
 767           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 768         </ul> <em>Application</em>
 769         <ul>
 770           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 771             <ul>
 772               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 773                 view with cDNA/Protein</li>
 774               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 775                 sequences are placed in the same alignment</li>
 776               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 777                 projects</li>
 778             </ul>
 779           </li>
 780
 781           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 782           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 783             Jalview windows</li>
 784
 785           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 786           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 787           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 788             be shown in VARNA</li>
 789
 790           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 791             as the active selected region</li>
 792
 793           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 794             similarity</li>
 795           <li>New Export options
 796             <ul>
 797               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 798                 region export in flat file generation</li>
 799
 800               <li>Export alignment views for display with the <a
 801                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
 802
 803               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 804               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 805                 alignment figures to HTML</li>
 806           </li>
 807           <li>3D structure retrieval and display
 808             <ul>
 809               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 810                 Search API</li>
 811               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 812                 PDB structures for a sequence set</li>
 813             </ul>
 814           </li>
 815
 816           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 817             predictions</li>
 818           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 819             for one or a group of sequences</li>
 820           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 821             from the JPred4 web server</li>
 822           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 823             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 824             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 825           </li>
 826           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 827             VARNA 2D Structure'</li>
 828           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 829             Structure ..."</li>
 830
 831         </ul> <em>Applet</em>
 832         <ul>
 833           <li>New layout for applet example pages</li>
 834           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 835             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 836           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 837             Protein alignments</li>
 838         </ul> <em>Development and deployment</em>
 839         <ul>
 840           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 841           <li>Include installation type and git revision in build
 842             properties and console log output</li>
 843           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 844             storing BioJsMSA Templates</li>
 845           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 846         </ul></td>
 847       <td>
 848         <!-- <em>General</em>
 849         <ul>
 850         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 851         <ul>
 852           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 853           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 854           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 855             predictions are not highlighted in amber</li>
 856           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 857             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 858           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 859             associated structure views</li>
 860           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 861             width checkbox not enabled</li>
 862           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 863             creating user defined colours</li>
 864           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 865             mappings for just that viewer's sequences</li>
 866           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 867             multiple models in Chimera</li>
 868           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 869             over Jmol structure</li>
 870           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 871             output to text box</li>
 872           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 873             have incorrect sequence start/end</li>
 874           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 875             Jalview fails</li>
 876           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 877             work for nucleotide</li>
 878           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 879             to a grey/invisible alignment window</li>
 880           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 881             imports to different position</li>
 882           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 883             on some platforms</li>
 884           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 885             populated</li>
 886           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 887             console if Chimera has been opened</li>
 888           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 889           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 890             retrieved</li>
 891           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 892           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 893             either sequence shows on first structure</li>
 894           <li>'Show annotations' options should not make
 895             non-positional annotations visible</li>
 896           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 897             in right place after 'view flanking regions'</li>
 898           <li>File Save As type unset when current file format is
 899             unknown</li>
 900           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 901             projects</li>
 902           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 903             responsive</li>
 904           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 905             several views on same alignment</li>
 906           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 907           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 908             spaces</li>
 909         </ul> <em>Applet</em>
 910         <ul>
 911           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 912           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 913             descriptions containing angle brackets</li>
 914         </ul> <em>General</em>
 915         <ul>
 916           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 917             via jalview annotation file</li>
 918           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 919             with RNA secondary structure</li>
 920           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 921             translation doesn't work.</li>
 922           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 923           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 924             positions</li>
 925           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 926             choosing 1pt font</li>
 927           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 928             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 929             'h'</li>
 930           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 931             new feature</li>
 932           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 933             order dependent</li>
 934           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 935             sequences</li>
 936           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 937         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 938         <ul>
 939           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 940             www.jalview.org</li>
 941         </ul> <em>Application Known issues</em>
 942         <ul>
 943           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 944           <li>Misleading message appears after trying to delete
 945             solid column.</li>
 946           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 947             version launches</li>
 948           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 949             fails with a sequence mismatch</li>
 950           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 951             scrolling alignment to right</li>
 952           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 953             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 954           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 955             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 956           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 957             ultra-high resolution</li>
 958           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 959             quality and conservation</li>
 960           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 961             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 962         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 963         <ul>
 964           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 965           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 966             window is being resized</li>
 967
 968         </ul>
 969       </td>
 970     </tr>
 971     <tr>
 972       <td><div align="center">
 973           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 974         </div></td>
 975       <td><em>General</em>
 976         <ul>
 977           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 978             Certum.PL.</li>
 979           <li>Features and annotation preserved when performing
 980             pairwise alignment</li>
 981           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 982             imported/exported/displayed</li>
 983           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 984             protein secondary structure</li>
 985           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 986               post-hoc with 2.9 release</em>)
 987           </li>
 988
 989         </ul> <em>Application</em>
 990         <ul>
 991           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 992             with 3D structures</li>
 993           <li>Support for parsing RNAML</li>
 994           <li>Annotations menu for layout
 995             <ul>
 996               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 997               <li>place sequence annotation above/below alignment
 998                 annotation</li>
 999             </ul>
1000           <li>Output in Stockholm format</li>
1001           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1002             translation</li>
1003           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1004           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1005             shared between alignments</li>
1006           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1007             Jalview</li>
1008           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1009             all or current selection</li>
1010           <li>disorder and secondary structure predictions
1011             available as dataset annotation</li>
1012           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1013
1014
1015           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1016             alignments from Rfam</li>
1017           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1018
1019           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1020             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1021           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1022           <li>include installation type in build properties and
1023             console log output</li>
1024           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1025             annotation</li>
1026         </ul></td>
1027       <td>
1028         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1029         <ul>
1030           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1031             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1032           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1033             alignment</li>
1034           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1035           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1036           <li>Double click on sequence associated annotation
1037             selects only first column</li>
1038           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1039             leaves shown in tree</li>
1040           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1041             properly</li>
1042           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1043           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1044             screen and buttons not visible</li>
1045           <li>author list isn't updated if already written to
1046             Jalview properties</li>
1047           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1048             from database</li>
1049           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1050           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1051             browser search window</li>
1052           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1053             in feature settings dialog</li>
1054           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1055             desktop</li>
1056           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1057             pass validation</li>
1058           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1059             fit on screen</li>
1060           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1061             tooltip</li>
1062           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1063             defined user preset</li>
1064           <li>MSA web services warns user if they were launched
1065             with invalid input</li>
1066           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1067             Java 8</li>
1068           <li>
1069             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1070             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1071             created
1072           </li>
1073
1074         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1075                                 <ul>
1076                                 </ul> <em>General</em>
1077                                 <ul>
1078                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1079         <ul>
1080           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1081             memory allocation</li>
1082           <li>launchApp service doesn't automatically open
1083             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1084           <li>
1085             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1086             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1087             1.7_055 is available
1088           </li>
1089         </ul> <em>Application Known issues</em>
1090         <ul>
1091           <li>
1092             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1093             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1094             alignment to right
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1098             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1099             with large number of ID
1100           </li>
1101           <li>
1102             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1103             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1104             start/end
1105           </li>
1106           <li>
1107             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1108             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1109             structure tracks are rearranged
1110           </li>
1111           <li>
1112             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1113             invalid rna structure positional highlighting does not
1114             highlight position of invalid base pairs
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1118             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1119             project from alignment window file menu
1120           </li>
1121           <li>
1122             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1123             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1124             structures
1125           </li>
1126           <li>
1127             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1128             colour by RNA Helices not enabled when user created
1129             annotation added to alignment
1130           </li>
1131           <li>
1132             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1133             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1134           </li>
1135         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1136         <ul>
1137           <li>
1138             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1139             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1140           </li>
1141           <li>
1142             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1143             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1144           </li>
1145
1146           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1147             when selected</li>
1148         </ul>
1149       </td>
1150     </tr>
1151     <tr>
1152       <td><div align="center">
1153           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1154         </div></td>
1155       <td>
1156         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1157         <em>General</em>
1158         <ul>
1159           <li>Internationalisation of user interface (usually
1160             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1161           <li>Define/Undefine group on current selection with
1162             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1163           <li>Improved group creation/removal options in
1164             alignment/sequence Popup menu</li>
1165           <li>Sensible precision for symbol distribution
1166             percentages shown in logo tooltip.</li>
1167           <li>Annotation panel height set according to amount of
1168             annotation when alignment first opened</li>
1169         </ul> <em>Application</em>
1170         <ul>
1171           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1172             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1173           <li>Select columns containing particular features from
1174             Feature Settings dialog</li>
1175           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1176             sequences</li>
1177           <li>Update Jalview project format:
1178             <ul>
1179               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1180               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1181                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1182               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1183                 colouring</li>
1184             </ul>
1185           </li>
1186           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1187             (PAM250)</li>
1188           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1189             flanking regions for an alignment</li>
1190         </ul>
1191       </td>
1192       <td>
1193         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1194         <ul>
1195           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1196             running after job is cancelled</li>
1197           <li>cannot export features from alignments imported from
1198             Jalview/VAMSAS projects</li>
1199           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1200             float values</li>
1201           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1202             have 'display all symbols' flag set</li>
1203           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1204             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1205           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1206             Jalview</li>
1207           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1208             Lion/Webstart</li>
1209           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1210           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1211           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1212             alignment onto desktop</li>
1213           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1214             'extract scores' function</li>
1215           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1216             alignment window</li>
1217           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1218             performing IUPred disorder prediction</li>
1219           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1220             changing 'normalise logo' display setting</li>
1221           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1222             nothing matches query</li>
1223           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1224             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1225           </li>
1226           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1227             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1228           </li>
1229           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1230             Jalview's menu</li>
1231           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1232             'invalid literal/length code'</li>
1233           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1234             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1235           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1236             colourscheme</li>
1237
1238         </ul> <em>Applet</em>
1239         <ul>
1240           <li>Remove group option is shown even when selection is
1241             not a group</li>
1242           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1243             don't affect groups</li>
1244           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1245             colourscheme name</li>
1246           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1247             Annotation panel is not displayed</li>
1248           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1249             embedded windows</li>
1250         </ul> <em>Other</em>
1251         <ul>
1252           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1253             single sequence were not calculated</li>
1254           <li>annotation files that contain only groups imported as
1255             annotation and junk sequences</li>
1256           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1257             recognised as PFAM or BLC</li>
1258           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1259             doesn't affect background (2.8.0b1)
1260           <li></li>
1261           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1262           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1263             trailing gaps</li>
1264           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1265             registered correctly on import</li>
1266           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1267             certain alignments</li>
1268           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1269             existing annotation based 'use original colours'
1270             colourscheme loses original colours setting</li>
1271         </ul>
1272       </td>
1273     </tr>
1274     <tr>
1275       <td><div align="center">
1276           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1277             <em>30/1/2014</em></strong>
1278         </div></td>
1279       <td>
1280         <ul>
1281           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1282             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1283             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1284             open source project).
1285           </li>
1286           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1287           </li>
1288           <li>Output in Stockholm format</li>
1289           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1290           <li>Export/import group and sequence associated line
1291             graph thresholds</li>
1292           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1293             ambiguity codes</li>
1294           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1295             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1296             works</li>
1297           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1298         </ul> <em>Other improvements</em>
1299         <ul>
1300           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1301           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1302             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1303           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1304             files</li>
1305           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1306           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1307             link but no description</li>
1308           <li>Select primary source when selecting authority in
1309             database fetcher GUI</li>
1310           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1311             Jalview</li>
1312           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1313         </ul>
1314       </td>
1315       <td>
1316         <ul>
1317           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1318             displayed</li>
1319           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1320             secondary structure annotation line</li>
1321           <li>Sequence database accessions not imported when
1322             fetching alignments from Rfam</li>
1323           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1324             identical IDs</li>
1325           <li>View all structures does not always superpose
1326             structures</li>
1327           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1328             reflect user or preset settings</li>
1329           <li>Null pointer exceptions for some services without
1330             presets or adjustable parameters</li>
1331           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1332             discover PDB xRefs</li>
1333           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1334             features with DAS</li>
1335           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1336             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1337           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1338             residue follows a gap</li>
1339           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1340             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1341           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1342             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1343           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1344             annotation already exists on alignment</li>
1345           <li>oninit javascript function should be called after
1346             initialisation completes</li>
1347           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1348             alignment window display</li>
1349           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1350           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1351             to annotation file</li>
1352           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1353             groups created</li>
1354           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1355             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1356           <li>Pressing return several times causes Number Format
1357             exceptions in keyboard mode</li>
1358           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1359             correct partitions for input data</li>
1360           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1361           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1362           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1363           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1364             mode</li>
1365           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1366             changes one row&#39;s threshold</li>
1367           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1368             doesn&#39;t open</li>
1369           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1370             quality histograms</li>
1371         </ul>
1372       </td>
1373     </tr>
1374     <tr>
1375       <td><div align="center">
1376           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1377         </div></td>
1378       <td><em>Application</em>
1379         <ul>
1380           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1381             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1382           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1383             preferences</li>
1384           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1385             in Jalview alignment window</li>
1386           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1387             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1388           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1389             RNA and ambiguity codes</li>
1390
1391           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1392           <li>Support fetching and database reference look up
1393             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1394             refs')</li>
1395           <li>Jalview project improvements
1396             <ul>
1397               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1398                 flag for annotation</li>
1399               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1400                 alignment</li>
1401               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1402                 Jalview project</li>
1403
1404             </ul>
1405           </li>
1406           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1407           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1408             running</li>
1409           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1410           <li>visual indication that web service results are still
1411             being retrieved from server</li>
1412           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1413             starts up for first time</li>
1414           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1415             services</li>
1416           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1417             client library</li>
1418           <li>Examples directory and Groovy library included in
1419             InstallAnywhere distribution</li>
1420         </ul> <em>Applet</em>
1421         <ul>
1422           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1423             visualization applet example</li>
1424         </ul> <em>General</em>
1425         <ul>
1426           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1427           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1428             defaults</li>
1429           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1430             calculation</li>
1431           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1432             matrices
1433           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1434             in HTML</li>
1435           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1436             structure contacts</li>
1437           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1438           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1439           <li>Parse sequence associated secondary structure
1440             information in Stockholm files</li>
1441           <li>HTML Export database accessions and annotation
1442             information presented in tooltip for sequences</li>
1443           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1444             style RNA alignment files</li>
1445           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1446             alignment</li>
1447           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1448             shade each sequence according to its associated alignment
1449             annotation</li>
1450           <li>New Jalview Logo</li>
1451         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1452         <ul>
1453           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1454           <li>New Website!</li>
1455         </ul></td>
1456       <td><em>Application</em>
1457         <ul>
1458           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1459             wsdbfetch REST service</li>
1460           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1461           <li>Filetype associations not installed for webstart
1462             launch</li>
1463           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1464             job execution in full once it is complete</li>
1465           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1466             uploaded via ali_file parameter</li>
1467           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1468           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1469           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1470             submitted for prediction</li>
1471           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1472             desktop window</li>
1473           <li>Putting fractional value into integer text box in
1474             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1475           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1476             windows 7</li>
1477           <li>View all structures fails with exception shown in
1478             structure view</li>
1479           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1480             escaped in a platform independent way</li>
1481           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1482             using proxy</li>
1483           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1484             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1485           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1486             failure when java web start temporary file caching is
1487             disabled</li>
1488           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1489             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1490           <li>Errors during processing of command line arguments
1491             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1492           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1493             DAS sources in sequence fetcher</li>
1494           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1495             dialog is shown</li>
1496           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1497           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1498           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1499           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1500             on OSX Mountain Lion</li>
1501           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1502             sequences with alignment annotation are pasted into the
1503             alignment</li>
1504           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1505             when loaded from Jalview project</li>
1506           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1507           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1508             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1509           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1510             associated with all views</li>
1511           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1512             annotation rows to new window</li>
1513         </ul> <em>Applet</em>
1514         <ul>
1515           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1516             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1517           <li>loading features via javascript API automatically
1518             enables feature display</li>
1519           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1520             work</li>
1521         </ul> <em>General</em>
1522         <ul>
1523           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1524           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1525             and then deselected</li>
1526           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1527           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1528             coloured with clustalx</li>
1529           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1530             exceptions and redraw errors</li>
1531           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1532             reconfigured view</li>
1533           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1534             colour</li>
1535           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1536             for lots of labels</li>
1537         </ul>
1538     </tr>
1539     <tr>
1540       <td>
1541         <div align="center">
1542           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1543         </div>
1544       </td>
1545       <td><em>Application</em>
1546         <ul>
1547           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1548           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1549           <li>View/alignment association menu to enable user to
1550             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1551             its colours/correspondences from</li>
1552           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1553           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1554             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1555           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1556           <li>Annotation row column label formatting attributes
1557             stored in project file</li>
1558           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1559             rows preserved in Jalview project file</li>
1560           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1561             saved using Desktop window menu</li>
1562           <li>Visual indication that command line arguments are
1563             still being processed</li>
1564           <li>Groovy script execution from URL</li>
1565           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1566             preferences</li>
1567           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1568             alignment with sequences that have high similarity and
1569             matching IDs</li>
1570           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1571           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1572             structures in same window</li>
1573           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1574           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1575             analysis function in its own submenu</li>
1576         </ul> <em>Applet</em>
1577         <ul>
1578           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1579             groups</li>
1580           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1581           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1582           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1583           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1584           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1585             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1586           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1587           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1588             parameters are treated as such</li>
1589           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1590             <ul>
1591               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1592               <li>Javascript callbacks for
1593                 <ul>
1594                   <li>Applet initialisation</li>
1595                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1596                 </ul>
1597               </li>
1598               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1599                 functions</li>
1600               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1601               <li>javascript structure viewer harness to pass
1602                 messages between Jmol and Jalview when running as
1603                 distinct applets</li>
1604               <li>sortBy method</li>
1605               <li>Set of applet and application examples shipped
1606                 with documentation</li>
1607               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1608                 javascript message exchange</li>
1609             </ul>
1610         </ul> <em>General</em>
1611         <ul>
1612           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1613             multiple alignments</li>
1614           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1615           <li>User configurable link to enable redirects to a
1616             www.Jalview.org mirror</li>
1617           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1618           <li>Configurable newline string when writing alignment
1619             and other flat files</li>
1620           <li>Allow alignment annotation description lines to
1621             contain html tags</li>
1622         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1623         <ul>
1624           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1625             examples</li>
1626           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1627             using a web service before displaying the result in the
1628             Jalview desktop</li>
1629           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1630           <li>Ant target to publish example html files with applet
1631             archive</li>
1632           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1633           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1634         </ul></td>
1635       <td><em>Application</em>
1636         <ul>
1637           <li>User defined colourscheme throws exception when
1638             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1639           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1640             dialog for valid filename/format</li>
1641           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1642           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1643             P37173</li>
1644           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1645             which sequence is to be associated with the file</li>
1646           <li>Find All raises null pointer exception when query
1647             only matches sequence IDs</li>
1648           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1649           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1650             2.4 cannot be loaded</li>
1651           <li>Filetype associations not installed for webstart
1652             launch</li>
1653           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1654             with sequences in different alignments do not get coloured
1655             by their associated sequence</li>
1656           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1657             not preserved when project is loaded</li>
1658           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1659             stored in Jalview project</li>
1660           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1661             Jalview project</li>
1662           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1663           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1664             by conservation</li>
1665           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1666             created on new view</li>
1667           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1668             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1669           <li>Alignment quality not updated after alignment
1670             annotation row is hidden then shown</li>
1671           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1672             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1673           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1674             properly</li>
1675           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1676             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1677           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1678           <li>Structures imported from file and saved in project
1679             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1680           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1681             job execution in full once it is complete</li>
1682         </ul> <em>Applet</em>
1683         <ul>
1684           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1685             annotation rows are displayed</li>
1686           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1687             codebase</li>
1688           <li>View follows highlighting does not work for positions
1689             in sequences</li>
1690           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1691           <li>Export features raises exception when no features
1692             exist</li>
1693           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1694             for javascript api is modified when separator string
1695             provided as parameter</li>
1696           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1697             alignment with no existing selection</li>
1698           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1699             to applet&#39;s codebase</li>
1700           <li>Status bar not updated after finished searching and
1701             search wraps around to first result</li>
1702           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1703             several Jalview applets causes race conditions and memory
1704             leaks</li>
1705           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1706             not sent from Jmol in applet</li>
1707           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1708             applet API fatally hang browser</li>
1709         </ul> <em>General</em>
1710         <ul>
1711           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1712             position with wrapped view and hidden regions</li>
1713           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1714             with/without hidden columns</li>
1715           <li>Sequence length given in alignment properties window
1716             is off by 1</li>
1717           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1718             import PDB like structure files</li>
1719           <li>Positional search results are only highlighted
1720             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1721           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1722           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1723             given sequence position</li>
1724           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1725             output</li>
1726           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1727             from nucleotide chains correctly</li>
1728           <li>Structure colours not updated when tree partition
1729             changed in alignment</li>
1730           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1731             parsed in interleaved stockholm</li>
1732           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1733             state</li>
1734           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1735             properly</li>
1736           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1737             properly associated with their pdb files</li>
1738         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1739         <ul>
1740           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1741             ApplyCopyright tool</li>
1742         </ul></td>
1743     </tr>
1744     <tr>
1745       <td>
1746         <div align="center">
1747           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1748         </div>
1749       </td>
1750       <td><em>Application</em>
1751         <ul>
1752           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1753             contact web services</li>
1754           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1755             service job window</li>
1756           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1757         </ul></td>
1758       <td>
1759         <ul>
1760           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1761             pir file emitted by Jalview</li>
1762           <li>Existing feature settings transferred to new
1763             alignment view created from cut'n'paste</li>
1764           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1765             parsing PDB files</li>
1766           <li>Consensus and conservation annotation rows
1767             occasionally become blank for all new windows</li>
1768           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1769             in wrapped view mode</li>
1770         </ul> <em>Application</em>
1771         <ul>
1772           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1773             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1774           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1775             parameter names</li>
1776           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1777             is down</li>
1778         </ul>
1779       </td>
1780     </tr>
1781     <tr>
1782       <td>
1783         <div align="center">
1784           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1785         </div>
1786       </td>
1787       <td><em>Application</em>
1788         <ul>
1789           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1790             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1791             (JABAWS)
1792           </li>
1793           <li>Web Services preference tab</li>
1794           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1795             preferences</li>
1796           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1797           <li>Superpose structures using associated sequence
1798             alignment</li>
1799           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1800             viewer</li>
1801         </ul> <em>Applet</em>
1802         <ul>
1803           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1804             link out mechanism</li>
1805         </ul> <em>Other</em>
1806         <ul>
1807           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1808             series 12</li>
1809           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1810             require Java 1.5</li>
1811           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1812             sequence annotation files</li>
1813           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1814             type colour specification</li>
1815           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1816             script to check if it being run in an interactive session or
1817             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1818         </ul></td>
1819       <td>
1820         <ul>
1821           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1822             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1823         </ul> <em>Application</em>
1824         <ul>
1825           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1826             selected Regions menu item</li>
1827           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1828             part of a valid accession ID</li>
1829           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1830             runs out of memory</li>
1831           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1832             analysis results</li>
1833           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1834             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1835           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1836         </ul> <em>Applet</em>
1837         <ul>
1838           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1839             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1840             defined.</li>
1841         </ul>
1842       </td>
1843     </tr>
1844     <tr>
1845       <td>
1846         <div align="center">
1847           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1848         </div>
1849       </td>
1850       <td></td>
1851       <td>
1852         <ul>
1853           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1854             sequence IDs</li>
1855           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1856             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1857           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1858             import correctly</li>
1859           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1860             number of columns are hidden</li>
1861           <li>annotation label popup menu not providing correct
1862             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1863             present</li>
1864           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1865             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1866           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1867             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1868
1869         </ul> <em>Applet</em>
1870         <ul>
1871           <li>annotation panel disappears when annotation is
1872             hidden/removed</li>
1873         </ul> <em>Application</em>
1874         <ul>
1875           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1876             alignment opened where annotation panel is visible but no
1877             annotations are present on alignment</li>
1878           <li>pasted region containing hidden columns is
1879             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1880           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1881             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1882           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1883             selected Rregions menu item.</li>
1884           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1885             'Un' or 'Non'conserved</li>
1886           <li>Sequence feature settings are being shared by
1887             multiple distinct alignments</li>
1888           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1889             changed</li>
1890           <li>double click on group annotation to select sequences
1891             does not propagate to associated trees</li>
1892           <li>Mac OSX specific issues:
1893             <ul>
1894               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1895                 window background</li>
1896               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1897                 name set correctly</li>
1898               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1899                 save feature colourscheme button</li>
1900             </ul>
1901           </li>
1902         </ul>
1903       </td>
1904     </tr>
1905     <tr>
1906
1907       <td>
1908         <div align="center">
1909           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1910         </div>
1911       </td>
1912       <td><em>New Capabilities</em>
1913         <ul>
1914           <li>URL links generated from description line for
1915             regular-expression based URL links (applet and application)
1916
1917
1918
1919
1920
1921
1922           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1923             menu</li>
1924           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1925             structures</li>
1926           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1927             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1928           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1929             average score or total feature count for each sequence.</li>
1930           <li>Shading features by score or associated description</li>
1931           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1932             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1933           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1934             hide everything but the currently selected region.</li>
1935           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1936         </ul> <em>Application</em>
1937         <ul>
1938           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1939             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1940           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1941             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1942           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1943             database references and protein_name is parsed as
1944             description line (BioSapiens terms).</li>
1945           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1946             references in sequence ID tooltip from View menu in
1947             application.</li>
1948           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1949                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1950           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1951             conservation plots</li>
1952           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1953             and visualized as sequence logos</li>
1954           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1955             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1956           </li>
1957           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1958             when a new tree is opened.</li>
1959           <li>Jalview Java Console</li>
1960           <li>Better placement of desktop window when moving
1961             between different screens.</li>
1962           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1963             consensus annotation</li>
1964           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
1965             Workflows</li>
1966           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1967             <ul>
1968               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1969                 used to preserve views, structures, and tree display
1970                 settings)</li>
1971               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1972                 command line</li>
1973               <li>Sharing of selected regions between views and
1974                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1975               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1976             </ul></li>
1977         </ul> <em>Applet</em>
1978         <ul>
1979           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1980           <li>New Parameters
1981             <ul>
1982               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1983                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1984                 opened.</li>
1985               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1986                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1987               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1988                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1989               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1990                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1991                 view</li>
1992               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1993                 increase the height or width of a cell in the alignment
1994                 grid relative to the current font size.</li>
1995             </ul>
1996           </li>
1997           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1998             tooltip</li>
1999         </ul> <em>Other</em>
2000         <ul>
2001           <li>Features format: graduated colour definitions and
2002             specification of feature scores</li>
2003           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2004             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2005             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2006           <li>XML formats extended to support graduated feature
2007             colourschemes, group associated annotation, and profile
2008             visualization settings.</li></td>
2009       <td>
2010         <ul>
2011           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2012             rather than description</li>
2013           <li>Non-positional features are now included in sequence
2014             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2015             visibility in tooltip).</li>
2016           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2017           <li>Added URL embedding instructions to features file
2018             documentation.</li>
2019           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2020             'X' in peptide product</li>
2021           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2022             sequence ID and sequence string and query strings do not
2023             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2024           <li>AMSA files only contain first column of
2025             multi-character column annotation labels</li>
2026           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2027             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2028             exported and re-imported)</li>
2029           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2030             name</li>
2031           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2032             as subsequence matches, and correctly reports total number
2033             of both.</li>
2034           <li>Application:
2035             <ul>
2036               <li>Better handling of exceptions during sequence
2037                 retrieval</li>
2038               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2039                 link text excludes the start_end suffix</li>
2040               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2041                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2042               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2043               <li>Sequence description lines properly shared via
2044                 VAMSAS</li>
2045               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2046                 data sources</li>
2047               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2048                 completes before alignment figures are generated.</li>
2049               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2050                 first time.</li>
2051               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2052                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2053               <li>User defined group colours properly recovered
2054                 from Jalview projects.</li>
2055             </ul>
2056           </li>
2057         </ul>
2058       </td>
2059
2060     </tr>
2061     <tr>
2062       <td>
2063         <div align="center">
2064           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2065         </div>
2066       </td>
2067       <td>
2068         <ul>
2069           <li>Experimental support for google analytics usage
2070             tracking.</li>
2071           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2072         </ul>
2073       </td>
2074       <td>
2075         <ul>
2076           <li>Race condition in applet preventing startup in
2077             jre1.6.0u12+.</li>
2078           <li>Exception when feature created from selection beyond
2079             length of sequence.</li>
2080           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2081           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2082             all sequences with a given id</li>
2083           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2084             ID string searches</li>
2085           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2086             alignment to fail with exception</li>
2087         </ul> <em>Application Issues</em>
2088         <ul>
2089           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2090           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2091             data sources</li>
2092         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2093         <ul>
2094           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2095             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2096           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2097             version (java class versioning error fixed)</li>
2098         </ul>
2099       </td>
2100     </tr>
2101     <tr>
2102       <td>
2103
2104         <div align="center">
2105           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2106         </div>
2107       </td>
2108       <td><em>User Interface</em>
2109         <ul>
2110           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2111             translation and protein products</li>
2112           <li>Linked highlighting of structure associated with
2113             residue mapping to codon position</li>
2114           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2115             and 'clear' button</li>
2116           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2117             Tools menu</li>
2118           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2119             numeric data in description line</li>
2120           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2121           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2122             of sequence</li>
2123         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2124         <ul>
2125           <li>JPred3 web service</li>
2126           <li>Prototype sequence search client (no public services
2127             available yet)</li>
2128           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2129             PFAM</li>
2130           <li>URL Links created for matching database cross
2131             references as well as sequence ID</li>
2132           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2133         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2134         <ul>
2135           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2136             databases</li>
2137           <li>Generalised database reference retrieval and
2138             validation to all fetchable databases</li>
2139           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2140             sequence command</li>
2141         </ul> <em>Import and Export</em>
2142         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2143         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2144           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2145         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2146           File</li>
2147         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2148           triplet as name of colourscheme</li>
2149         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2150         <ul>
2151           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2152           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2153             alignments (experimental)</li>
2154           <li>Create new or select existing session to join</li>
2155           <li>load and save of vamsas documents</li>
2156         </ul> <em>Application command line</em>
2157         <ul>
2158           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2159             from applet)</li>
2160           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2161             of DAS servers to query for alignment features</li>
2162           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2163             that are also automatically queried for features</li>
2164           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2165             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2166         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2167         <ul>
2168           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2169             application (when using &quot;View in full
2170             application&quot;)</li>
2171         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2172         <ul>
2173           <li>feature group display control parameter</li>
2174           <li>debug parameter</li>
2175           <li>showbutton parameter</li>
2176         </ul> <em>Applet API methods</em>
2177         <ul>
2178           <li>newView public method</li>
2179           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2180           <li>Feature display control methods</li>
2181           <li>get list of currently selected sequences</li>
2182         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2183         <ul>
2184           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2185           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2186             Jalview release.</li>
2187           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2188             property controls execution of obfuscator</li>
2189           <li>Build target for generating source distribution</li>
2190           <li>Debug flag for javacc</li>
2191           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2192             jalview.bin.Cache</li>
2193           <li>Continuous Build Integration for stable and
2194             development version of Application, Applet and source
2195             distribution</li>
2196         </ul></td>
2197       <td>
2198         <ul>
2199           <li>selected region output includes visible annotations
2200             (for certain formats)</li>
2201           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2202             for editing</li>
2203           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2204           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2205           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2206           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2207             comments</li>
2208           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2209             filenames containing a ':'</li>
2210           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2211             global sequence features</li>
2212           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2213             references from alignment sequences goes to zero</li>
2214           <li>Close of tree branch colour box without colour
2215             selection causes cascading exceptions</li>
2216           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2217           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2218             file parsing fails.</li>
2219           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2220           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2221             not a valid output format</li>
2222           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2223             vamsas</li>
2224           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2225           <li>error messages passed up and output when data read
2226             fails</li>
2227           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2228             sequence is edited</li>
2229           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2230             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2231           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2232             filetype</li>
2233           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2234             import fixed for PFAM records</li>
2235           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2236             window list</li>
2237           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2238             can be read and written correctly to annotation file</li>
2239           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2240             correctly</li>
2241           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2242             non-italic font for representatives in Applet</li>
2243           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2244             Macs.</li>
2245           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2246             Applet)</li>
2247           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2248             due to null pointer exceptions</li>
2249           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2250             first column of alignment</li>
2251           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2252             July 2008</li>
2253           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2254             file is case-insensitive</li>
2255           <li>Sequence features read from Features file appended to
2256             all sequences with matching IDs</li>
2257           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2258             containing a sub-sequence</li>
2259           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2260           <li>feature and annotation file applet parameters
2261             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2262           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2263           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2264             splash-screen version check to complete</li>
2265           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2266             when passing them to the launchApp service</li>
2267           <li>display name and local features preserved in results
2268             retrieved from web service</li>
2269           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2270             sequence fetcher initialisation</li>
2271           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2272             dasobert DAS client</li>
2273           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2274             association</li>
2275           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2276             sequences
2277           </li>
2278         </ul>
2279       </td>
2280     </tr>
2281     <tr>
2282       <td>
2283         <div align="center">
2284           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2285         </div>
2286       </td>
2287       <td>
2288         <ul>
2289           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2290           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2291           <li>Slide sequences</li>
2292           <li>Edit sequence in place</li>
2293           <li>EMBL CDS features</li>
2294           <li>DAS Feature mapping</li>
2295           <li>Feature ordering</li>
2296           <li>Alignment Properties</li>
2297           <li>Annotation Scores</li>
2298           <li>Sort by scores</li>
2299           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2300         </ul>
2301       </td>
2302       <td>
2303         <ul>
2304           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2305           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2306           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2307           <li>Feature group display state in XML</li>
2308           <li>Feature ordering in XML</li>
2309           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2310           <li>Stockholm alignment properties</li>
2311           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2312           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2313           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2314           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2315         </ul>
2316       </td>
2317
2318     </tr>
2319     <tr>
2320       <td>
2321         <div align="center">
2322           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2323         </div>
2324       </td>
2325       <td>
2326         <ul>
2327           <li>Non standard characters can be read and displayed
2328           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2329             applet via textbox
2330           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2331             name &amp; description
2332           <li>Preference setting to display sequence name in
2333             italics
2334           <li>Annotation file format extended to allow
2335             Sequence_groups to be defined
2336           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2337             specified in preferences
2338           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2339             sequences
2340         </ul>
2341       </td>
2342       <td>
2343         <ul>
2344           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2345             installed
2346           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2347           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2348         </ul>
2349       </td>
2350     </tr>
2351     <tr>
2352       <td>
2353         <div align="center">
2354           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2355         </div>
2356       </td>
2357       <td>
2358         <ul>
2359           <li>Multiple views on alignment
2360           <li>Sequence feature editing
2361           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2362           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2363           <li>Background dependent text colour
2364           <li>Right align sequence ids
2365           <li>User-defined lower case residue colours
2366           <li>Format Menu
2367           <li>Select Menu
2368           <li>Menu item accelerator keys
2369           <li>Control-V pastes to current alignment
2370           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2371           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2372           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2373
2374
2375
2376
2377
2378
2379           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2380         </ul>
2381       </td>
2382       <td>
2383         <ul>
2384           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2385           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2386             calculations
2387           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2388             edits
2389           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2390             of alignment)
2391           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2392
2393
2394
2395
2396
2397
2398           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2399             display correctly
2400           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2401           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2402             analysis results
2403           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2404             &#8739;
2405           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2406           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2407           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2408
2409
2410
2411
2412
2413
2414         </ul>
2415       </td>
2416     </tr>
2417     <tr>
2418       <td>
2419         <div align="center">
2420           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2421         </div>
2422       </td>
2423       <td>
2424         <ul>
2425           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2426         </ul>
2427       </td>
2428       <td>
2429         <ul>
2430           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2431             sequence id panel has been resized</li>
2432           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2433             rendered</li>
2434           <li>Annotation files with sequence references - all
2435             elements in file are relative to sequence position</li>
2436           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2437         </ul>
2438       </td>
2439     </tr>
2440     <tr>
2441       <td>
2442         <div align="center">
2443           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2444         </div>
2445       </td>
2446       <td>
2447         <ul>
2448           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2449           <li>DAS Feature fetching</li>
2450           <li>Hide sequences and columns</li>
2451           <li>Export Annotations and Features</li>
2452           <li>GFF file reading / writing</li>
2453           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2454             files</li>
2455           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2456           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2457           <li>Applet can launch the full application</li>
2458           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2459             required)</li>
2460           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2461           <li>Applet can load sequences from parameter
2462             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2463           </li>
2464         </ul>
2465       </td>
2466       <td>
2467         <ul>
2468           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2469           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2470           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2471         </ul>
2472       </td>
2473     </tr>
2474     <tr>
2475       <td>
2476         <div align="center">
2477           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2478         </div>
2479       </td>
2480       <td>
2481         <ul>
2482           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2483           <li>Choose to match case when searching</li>
2484           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2485             expand the visible width and height of the alignment</li>
2486         </ul>
2487       </td>
2488       <td>
2489         <ul>
2490           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2491         </ul>
2492       </td>
2493     </tr>
2494     <tr>
2495       <td>
2496         <div align="center">
2497           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2498         </div>
2499       </td>
2500       <td>&nbsp;</td>
2501       <td>
2502         <ul>
2503           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2504           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2505             value</li>
2506         </ul>
2507       </td>
2508     </tr>
2509     <tr>
2510       <td>
2511         <div align="center">
2512           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2513         </div>
2514       </td>
2515       <td>
2516         <ul>
2517           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2518           <li>Keyboard editing</li>
2519           <li>Create sequence features from searches</li>
2520           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2521             alignments</li>
2522           <li>Features file allows grouping of features</li>
2523           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2524           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2525           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2526         </ul>
2527       </td>
2528       <td>
2529         <ul>
2530           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2531           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2532             descriptions saved.</li>
2533         </ul>
2534       </td>
2535     </tr>
2536     <tr>
2537       <td>
2538         <div align="center">
2539           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2540         </div>
2541       </td>
2542       <td>
2543         <ul>
2544           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2545           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2546           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2547             name for file output</li>
2548           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2549           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2550             used for HTML form input</li>
2551         </ul>
2552       </td>
2553       <td>
2554         <ul>
2555           <li>HTML output writes groups and features</li>
2556           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2557           <li>File IO bugs</li>
2558         </ul>
2559       </td>
2560     </tr>
2561     <tr>
2562       <td>
2563         <div align="center">
2564           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2565         </div>
2566       </td>
2567       <td>
2568         <ul>
2569           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2570           <li>More options for PCA viewer</li>
2571         </ul>
2572       </td>
2573       <td>
2574         <ul>
2575           <li>GUI bugs resolved</li>
2576           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2577         </ul>
2578       </td>
2579     </tr>
2580     <tr>
2581       <td height="63">
2582         <div align="center">
2583           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2584         </div>
2585       </td>
2586       <td>
2587         <ul>
2588           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2589           <li>Jar files are executable</li>
2590           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2591         </ul>
2592       </td>
2593       <td>
2594         <ul>
2595           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2596           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2597           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2598         </ul>
2599       </td>
2600     </tr>
2601     <tr>
2602       <td>
2603         <div align="center">
2604           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2605         </div>
2606       </td>
2607       <td>
2608         <ul>
2609           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2610         </ul>
2611       </td>
2612       <td>
2613         <ul>
2614           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2615         </ul>
2616       </td>
2617     </tr>
2618     <tr>
2619       <td>
2620         <div align="center">
2621           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2622         </div>
2623       </td>
2624       <td>
2625         <ul>
2626           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2627             size</li>
2628         </ul>
2629       </td>
2630       <td>
2631         <ul>
2632           <li>Improved JPred client reliability</li>
2633           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2634         </ul>
2635       </td>
2636     </tr>
2637     <tr>
2638       <td>
2639         <div align="center">
2640           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2641         </div>
2642       </td>
2643       <td>
2644         <ul>
2645           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2646           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2647           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2648             to Colour Menu</li>
2649           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2650           <li>Unix users can set default web browser</li>
2651           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2652           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2653         </ul>
2654       </td>
2655       <td>
2656         <ul>
2657           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2658         </ul>
2659       </td>
2660     </tr>
2661     <tr>
2662       <td>
2663         <div align="center">
2664           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2665         </div>
2666       </td>
2667       <td>&nbsp;</td>
2668       <td>
2669         <ul>
2670           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2671             alignment order.</li>
2672         </ul>
2673       </td>
2674     </tr>
2675     <tr>
2676       <td>
2677         <div align="center">
2678           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2679         </div>
2680       </td>
2681       <td>
2682         <ul>
2683           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2684           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2685           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2686             annotations.</li>
2687           <li>Version and build date written to build properties
2688             file.</li>
2689           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2690             at launch of Jalview.</li>
2691         </ul>
2692       </td>
2693       <td>
2694         <ul>
2695           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2696           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2697           <li>Can remove groups one by one.</li>
2698           <li>Filechooser icons installed.</li>
2699           <li>Finder ignores return character when searching.
2700             Return key will initiate a search.<br>
2701           </li>
2702         </ul>
2703       </td>
2704     </tr>
2705     <tr>
2706       <td>
2707         <div align="center">
2708           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2709         </div>
2710       </td>
2711       <td>
2712         <ul>
2713           <li>New codebase</li>
2714         </ul>
2715       </td>
2716       <td>&nbsp;</td>
2717     </tr>
2718   </table>
2719   <p>&nbsp;</p>
2720 </body>
2721 </html>