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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
  86               429 rate limit request hander
  87             </li>
  88             <li>
  89               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
  90               their colours have changed
  91             </li>
  92           </ul>
  93           <ul><li>Example groovy script for generating a matrix of percent identity scores for current alignment.</li></ul>
  94       </td>
  95       <td><div align="left">
  96           <em></em>
  97           <ul>
  98             <li><!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode cannot be viewed in Chimera</li>
  99             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
 100             </li>
 101             <li><!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text Search Dialogs
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup</li>
 104             <li><!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID strings in parallel</li>
 105           </ul>
 106       </td>
 107     </tr>
 108     <tr>
 109       <td width="60" nowrap>
 110         <div align="center">
 111           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 112             <em>2/10/2017</em></strong>
 113         </div>
 114       </td>
 115       <td><div align="left">
 116           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 117           <ul>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 120             </li>
 121             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 122             </li>
 123           </ul>
 124         </div></td>
 125       <td><div align="left">
 126         </div></td>
 127     </tr>
 128     <tr>
 129       <td width="60" nowrap>
 130         <div align="center">
 131           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 132             <em>7/9/2017</em></strong>
 133         </div>
 134       </td>
 135       <td><div align="left">
 136           <em></em>
 137           <ul>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 140               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 141               white)
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 145               Preferences
 146             </li>
 147             <li>
 148               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 149               in size and progress bar shown as higher resolution
 150               overview is recalculated
 151             </li>
 152
 153           </ul>
 154         </div></td>
 155       <td><div align="left">
 156           <em></em>
 157           <ul>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 160               column region row by row
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 164               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 168               format setting is unticked
 169             </li>
 170             <li>
 171               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 172               if group has show boxes format setting unticked
 173             </li>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 176               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 177               include sequences and columns not currently displayed
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 181               assemblies are imported via CIF file
 182             </li>
 183             <li>
 184               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 185               displayed when threshold or conservation colouring is also
 186               enabled.
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 190               server version
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 194               dragging a selected region off the visible region of the
 195               alignment
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 199               colourscheme to all groups in a view
 200             </li>
 201             <li>
 202               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 203               initially after font size change using the Font chooser or
 204               middle-mouse zoom
 205             </li>
 206           </ul>
 207         </div></td>
 208     </tr>
 209     <tr>
 210       <td width="60" nowrap>
 211         <div align="center">
 212           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 213         </div>
 214       </td>
 215       <td><div align="left">
 216           <em>Calculations</em>
 217           <ul>
 218
 219             <li>
 220               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 221               ungapped positions in each column of the alignment.
 222             </li>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 225               a calculation dialog box
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 229               and memory efficiency (~30x faster)
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 233               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 234               and other calculations
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 238               files within the Jalview codebase
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 242               Similarity may have different topology due to increased
 243               precision
 244             </li>
 245           </ul>
 246           <em>Rendering</em>
 247           <ul>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 250               model for alignments and groups
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 254               scripts
 255             </li>
 256           </ul>
 257           <em>Overview</em>
 258           <ul>
 259             <li>
 260               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 261               with alignment and overview windows
 262             </li>
 263             <li>
 264               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 265               overview
 266             </li>
 267             <li>
 268               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 269               omitted in Overview
 270             </li>
 271             <li>
 272               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 273               adjustment of visible position
 274             </li>
 275           </ul>
 276
 277           <em>Data import/export</em>
 278           <ul>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 281               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 285               annotation input/output via stockholm flatfile
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 289               extension when importing structure files without embedded
 290               names or PDB accessions
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 294               format sequence substitution matrices
 295             </li>
 296           </ul>
 297           <em>User Interface</em>
 298           <ul>
 299             <li>
 300               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 301               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 302               the application.
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 306               via Overview or sequence motif search operations
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 310               opened by double clicking gaps within sequence feature
 311               extent
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 315               aligned positions were available to create a 3D structure
 316               superposition.
 317             </li>
 318           </ul>
 319           <em>3D Structure</em>
 320           <ul>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 323               coloured in linked structure views
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 327               file-based command exchange
 328             </li>
 329             <li>
 330               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 331               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 332               structures are already available for sequences
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 336               the Jalview project rather than downloaded again when the
 337               project is reopened.
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 341               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 342               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 343                 Feature</strong>)
 344             </li>
 345           </ul>
 346           <em>Web Services</em>
 347           <ul>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 350             </li>
 351             <li>
 352               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 353               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 354               Analysis services
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 358               cross-references provided by identifiers.org and the
 359               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 360             </li>
 361           </ul>
 362
 363           <em>Scripting</em>
 364           <ul>
 365             <li>
 366               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 367               identifying file formats (instead of String constants)
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 371               efficiency when counting all displayed features (not
 372               backwards compatible with 2.10.1)
 373             </li>
 374           </ul>
 375           <em>Example files</em>
 376           <ul>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 379               included in the example feature file
 380             </li>
 381           </ul>
 382           <em>Documentation</em>
 383           <ul>
 384             <li>
 385               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 386               with the built-in Java help viewer
 387             </li>
 388             <li>
 389               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 390               sequence description' option
 391             </li>
 392           </ul>
 393           <em>Test Suite</em>
 394           <ul>
 395             <li>
 396               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 397               Uniprot REST Free Text Search Client
 398             </li>
 399             <li>
 400               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 404               during tests
 405             </li>
 406           </ul>
 407         </div></td>
 408       <td><div align="left">
 409           <em>Calculations</em>
 410           <ul>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 413               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 414               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 415             </li>
 416             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 417               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 418               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 419               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 420               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 421               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 422               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 423               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 424               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 425               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 426               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 427               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 428               // for 2.10.1 mode <br />
 429               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 430               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 431                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 432                 calculations (not recommended)</em></li>
 433             <li>
 434               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 435               scaling of branch lengths for trees computed using
 436               Sequence Feature Similarity.
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 440               generating output report when working with highly
 441               redundant alignments
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 445               right of selected region when gaps present on right-hand
 446               boundary
 447             </li>
 448           </ul>
 449           <em>User Interface</em>
 450           <ul>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 453               doesn't reselect a specific sequence's associated
 454               annotation after it was used for colouring a view
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 458               opened on a region of alignment without groups
 459             </li>
 460             <li>
 461               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 462               of an alignment with overlapping groups
 463             </li>
 464             <li>
 465               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 466               name and description match
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 470               hidden regions results in incorrect hidden regions
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 474               changing colour does not apply Conservation slider value
 475               to all groups
 476             </li>
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 479               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 483               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 487               gaps before start of features
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 491               restored to UI when feature colour is edited
 492             </li>
 493             <li>
 494               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 495               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 499               as graduate feature colour settings are modified via the
 500               dialog box
 501             </li>
 502             <li>
 503               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 504               when a group defined on the alignment is resized
 505             </li>
 506             <li>
 507               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 508               wrapped view result in positional status updates
 509             </li>
 510
 511             <li>
 512               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 513               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 514             </li>
 515             <li>
 516               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 517               alignment included gapped columns
 518             </li>
 519             <li>
 520               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 521               widgets don't permanently disappear
 522             </li>
 523             <li>
 524               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 525               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 526               T-Coffee column reliability scores)
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 530               sequence feature on gaps only
 531             </li>
 532             <li>
 533               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 534               button from a Find inherit previously defined feature type
 535               rather than the Find query string
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 539               exporting tree calculated in Jalview
 540             </li>
 541             <li>
 542               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 543               and then revealing them reorders sequences on the
 544               alignment
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 548               doesn't update to reflect available set of groups after
 549               interactively adding or modifying features
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 553               Linux
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 557               only excluded gaps in current sequence and ignored
 558               selection.
 559             </li>
 560           </ul>
 561           <em>Rendering</em>
 562           <ul>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 565               erratically when hidden rows or columns are present
 566             </li>
 567             <li>
 568               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 569               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 570               sequence colouring
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 574               colour and group colour menu for protein alignments
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 578               reflect currently selected view or group's shading
 579               thresholds
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 583               when rendered on overview and structures when opacity at
 584               100%
 585             </li>
 586             <li>
 587               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 588               overview when features overlaid on alignment
 589             </li>
 590           </ul>
 591           <em>Data import/export</em>
 592           <ul>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 595               load
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 599               added after a sequence was imported are not written to
 600               Stockholm File
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 604               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 608               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 612               with lightGray or darkGray via features file (but can
 613               specify lightgray)
 614             </li>
 615             <li>
 616               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 617               when alignment view imported from project
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 621               structure and sequences extracted from structure files
 622               imported via URL and viewed in Jmol
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 626               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 627               the project is loaded and the structure viewed
 628             </li>
 629           </ul>
 630           <em>Web Services</em>
 631           <ul>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 634               release of Ensembl v.88
 635             </li>
 636             <li>
 637               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 638               appear enabled in Preferences->Connections
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 642               removed from console output
 643             </li>
 644             <li>
 645               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 646               Ensembl by Peptide ID
 647             </li>
 648             <li>
 649               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 650               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 651               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 652               due to 'null' string rather than empty string used for
 653               residues with no corresponding PDB mapping).
 654             </li>
 655           </ul>
 656           <em>Application UI</em>
 657           <ul>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 660               menu
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 664               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 665               new documentation and tooltips added)
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 669               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 673               new features are added to alignment
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 677               changes to feature colours via the Amend features dialog
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 681               edit graduated feature colour via amend features dialog
 682               box
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 686               selection menu changes colours of alignment views
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 690               from alignment calculation workers after alignment has
 691               been closed
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 695               groups now 'Create Group'
 696             </li>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 699               Create/Undefine group doesn't always work
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 703               shown again after pressing 'Cancel'
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 707               adjusts start position in wrap mode
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 711               ambiguous amino acids
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 715               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 716               proteins
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 720               Defined' don't appear in Colours menu
 721             </li>
 722           </ul>
 723           <em>Applet</em>
 724           <ul>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 727               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 731               overview or linked structure view
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 735               work (since 2.8)
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 739               user-defined colourscheme doesn't restore original
 740               colourscheme
 741             </li>
 742           </ul>
 743           <em>Test Suite</em>
 744           <ul>
 745             <li>
 746               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 747               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 751               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 752               problems with deep array comparison equality asserts in
 753               successive versions of TestNG
 754             </li>
 755             <li>
 756               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 757               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 758             </li>
 759           </ul>
 760           <em>New Known Issues</em>
 761           <ul>
 762             <li>
 763               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 764               phase after a sequence motif find operation
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 768               containing just upper and lower case letters are
 769               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 770             </li>
 771             <li>
 772               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 773               reliably from eggnog Ortholog database
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 777               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 778               to mark columns containing highlighted regions.
 779             </li>
 780             <li>
 781               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 782               doesn't always add secondary structure annotation.
 783             </li>
 784           </ul>
 785         </div>
 786     <tr>
 787       <td width="60" nowrap>
 788         <div align="center">
 789           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 790         </div>
 791       </td>
 792       <td><div align="left">
 793           <em>General</em>
 794           <ul>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 797               for all consensus calculations
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 801               3rd Oct 2016)
 802             </li>
 803             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 804               for 2016-2017</li>
 805           </ul>
 806           <em>Application</em>
 807           <ul>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 810               set of database cross-references, sorted alphabetically
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 814               from database cross references. Users with custom links
 815               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 816                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 820               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 821               Chimera session
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 825               the Chimera it is connected to is shut down
 826             </li>
 827             <li>
 828               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 829               columns menu item to mark columns containing highlighted
 830               regions (e.g. from structure selections or results of a
 831               Find operation)
 832             </li>
 833             <li>
 834               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 835               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 836               MSAviewer
 837             </li>
 838           </ul>
 839         </div></td>
 840       <td>
 841         <div align="left">
 842           <em>General</em>
 843           <ul>
 844             <li>
 845               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 846               are not coloured or thresholded according to percent
 847               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 851               hydrophobic
 852             </li>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 855               threshold, amino acid properties)
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 859               reported as mapped to residues in a structure file in the
 860               View Mapping report
 861             </li>
 862             <li>
 863               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 864               could be added multiple times to a sequence
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 868               bond features shown as two highlighted residues rather
 869               than a range in linked structure views, and treated
 870               correctly when selecting and computing trees from features
 871             </li>
 872             <li>
 873               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 874               cross-references are matched to database name regardless
 875               of case
 876             </li>
 877
 878           </ul>
 879           <em>Application</em>
 880           <ul>
 881             <li>
 882               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 883               names without regular expressions also offer links from
 884               Sequence ID
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 888               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 889               update Jalview configuration
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 893               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 897               files with similarly named sequences if dropped onto the
 898               alignment
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 902               entries where more chains exist in the PDB accession than
 903               are reported in the SIFTS file
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 907               the structure view when displayed with Chimera
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 911               panel's View->Show Chains submenu
 912             </li>
 913             <li>
 914               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 915               work for wrapped alignment views
 916             </li>
 917             <li>
 918               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 919               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 923               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 924               first annotation row
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 928               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 932               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 933             </li>
 934             <!-- JAL-2319 -->
 935             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 936             coordindate data
 937             </li>
 938           </ul>
 939           <!--           <em>New Known Issues</em>
 940           <ul>
 941             <li></li>
 942           </ul> -->
 943         </div>
 944       </td>
 945     </tr>
 946     <td width="60" nowrap>
 947       <div align="center">
 948         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 949           <em>25/10/2016</em></strong>
 950       </div>
 951     </td>
 952     <td><em>Application</em>
 953       <ul>
 954         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 955           view if structures already loaded</li>
 956         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 957           structure views</li>
 958       </ul></td>
 959     <td>
 960       <div align="left">
 961         <em>General</em>
 962         <ul>
 963           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 964             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 965           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 966             example sequences/projects/trees</li>
 967         </ul>
 968         <em>Application</em>
 969         <ul>
 970           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 971             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 972           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 973             without timeout for structures with multiple models or
 974             multiple sequences in alignment</li>
 975           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 976             PDB ID HEADER line</li>
 977           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 978             is performed</li>
 979           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 980             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 981           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 982           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 983             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 984             option</li>
 985           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 986             is created on the alignment</li>
 987           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 988             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 989             pop-up menu</li>
 990         </ul>
 991         <em>Build and deployment</em>
 992         <ul>
 993           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 994             tags</li>
 995         </ul>
 996         <em>New Known Issues</em>
 997         <ul>
 998           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 999             on Windows</li>
1000         </ul>
1001       </div>
1002     </td>
1003     </tr>
1004     <tr>
1005       <td width="60" nowrap>
1006         <div align="center">
1007           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1008         </div>
1009       </td>
1010       <td><em>General</em>
1011         <ul>
1012           <li>
1013             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1014           </li>
1015           <li>
1016             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1017             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1018             better PDB parsing.
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1022             reference sequence
1023           </li>
1024           <li>
1025             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1026             mousing over sequence associated annotation
1027           </li>
1028           <li>
1029             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1030             for manual entry
1031           </li>
1032           <li>
1033             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1034             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1035             for each column
1036           </li>
1037           <li>
1038             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1039             showing or hiding columns containing a feature
1040           </li>
1041           <li>
1042             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1043             group and sequence associated annotation labels
1044           </li>
1045           <li>
1046             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1047             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1048             dialogs
1049           </li>
1050
1051         </ul> <em>Application</em>
1052         <ul>
1053           <li>
1054             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1055             gene/transcript view
1056           </li>
1057           <li>
1058             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1059             dialog
1060           </li>
1061           <li>
1062             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1063             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1064           </li>
1065           <li>
1066             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1067             Pfam sources to xfam.org
1068           </li>
1069           <li>
1070             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1071           </li>
1072           <li>
1073             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1074             over sequences in Jalview
1075           </li>
1076           <li>
1077             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1078             regions in ENA and EMBL
1079           </li>
1080           <li>
1081             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1082             for record retrieval via ENA rest API
1083           </li>
1084           <li>
1085             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1086             complement operator
1087           </li>
1088           <li>
1089             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1090             groovy script execution
1091           </li>
1092           <li>
1093             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1094             alignment window's Calculate menu
1095           </li>
1096           <li>
1097             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1098             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1099           </li>
1100           <li>
1101             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1102             calculation workers from groovy scripts
1103           </li>
1104           <li>
1105             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1106             Jalview projects
1107           </li>
1108           <li>
1109             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1110             associations are now saved/restored from project
1111           </li>
1112           <li>
1113             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1114             before sequence fetcher is opened
1115           </li>
1116           <li>
1117             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1118             database chooser opens a sequence fetcher
1119           </li>
1120           <li>
1121             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1122             the UniProt REST API
1123           </li>
1124           <li>
1125             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1126             the news reader opening
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1130             querying stored in preferences
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1134             search results
1135           </li>
1136           <li>
1137             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1138           </li>
1139           <li>
1140             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1141             menu for nucleotide sequences
1142           </li>
1143           <li>
1144             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1145             and feature counts preserves alignment ordering (and
1146             debugged for complex feature sets).
1147           </li>
1148           <li>
1149             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1150             viewing structures with Jalview 2.10
1151           </li>
1152           <li>
1153             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1154             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1155             Ensembl Genomes REST API
1156           </li>
1157           <li>
1158             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1159             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1160             (Ensembl)
1161           </li>
1162           <li>
1163             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1164             sequences
1165           </li>
1166           <li>
1167             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1168             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1169             data from external database records.
1170           </li>
1171           <li>
1172             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1173             efficient recovery of sequence coding and alignment
1174             annotation relationships.
1175           </li>
1176         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1177         <ul>
1178           <li>
1179             -- JAL---
1180           </li>
1181         </ul> --></td>
1182       <td>
1183         <div align="left">
1184           <em>General</em>
1185           <ul>
1186             <li>
1187               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1188               menu on OSX
1189             </li>
1190             <li>
1191               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1192               includes graduated colourschemes
1193             </li>
1194             <li>
1195               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1196               working with big alignments and lots of hidden columns
1197             </li>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1200               at right of alignment window
1201             </li>
1202             <li>
1203               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1204               contents
1205             </li>
1206             <li>
1207               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1208               for DNA alignments
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1212               based tree calculation
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1216               unconserved enabled for group on alignment
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1220               set as reference
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1224               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1225               annotation
1226             </li>
1227             <li>
1228               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1229               hidden columns present
1230             </li>
1231             <li>
1232               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1233               user created annotation added to alignment
1234             </li>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1237               '()' base pair annotation
1238             </li>
1239             <li>
1240               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1241               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1242               Consensus
1243             </li>
1244             <li>
1245               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1246               feature not working
1247             </li>
1248             <li>
1249               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1250               beginning of sequence
1251             </li>
1252             <li>
1253               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1254               entry 3a6s
1255             </li>
1256             <li>
1257               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1258               from a tree when t-coffee scores are shown
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1262               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1263             </li>
1264             <li>
1265               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1266               some structures
1267             </li>
1268             <li>
1269               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1270               to Clustal, PIR and PileUp output
1271             </li>
1272             <li>
1273               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1274               not visible causes alignment window to repaint
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1278               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1279               scores associated with features and annotation rows
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1283               calculation should be case independent
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1287               columns
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1291               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1292               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1293             </li>
1294             <li>
1295               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1296               problems when reference sequence defined and 'show
1297               non-conserved' enabled
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1301               load even when Consensus calculation is disabled
1302             </li>
1303             <li>
1304               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1305               alignment does nothing
1306             </li>
1307           </ul>
1308           <em>Application</em>
1309           <ul>
1310             <li>
1311               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1312               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1313               yet fixed for El Capitan)
1314             </li>
1315             <li>
1316               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1317               output when running on non-gb/us i18n platforms
1318             </li>
1319             <li>
1320               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1321               hidden sequences as flat-file alignment
1322             </li>
1323             <li>
1324               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1325               launching Chimera
1326             </li>
1327             <li>
1328               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1329               (also hotfix for 2.9.0b2)
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1333               reference sequence defined
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1337               alignments and views when revealing hidden columns
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1341               view in a cDNA/Protein splitframe
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1345               sequence from project when only one sequence is
1346               represented
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1350               in Structure Chooser
1351             </li>
1352             <li>
1353               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1354               structure consensus didn't refresh annotation panel
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1358               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1359             </li>
1360             <li>
1361               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1362               dialogs format columns correctly, don't display array
1363               data, sort columns according to type
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1367               file chooser is cancelled during an image export
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1371               sequence name containing special characters
1372             </li>
1373             <li>
1374               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1375               case insensitive
1376             </li>
1377             <li>
1378               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1379               formatting don't wrap
1380             </li>
1381             <li>
1382               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1383               truncated so L looks like I in consensus annotation
1384             </li>
1385             <li>
1386               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1387               currently displayed features for the current selection or
1388               view
1389             </li>
1390             <li>
1391               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1392               after fetching cross-references, and restoring from
1393               project
1394             </li>
1395             <li>
1396               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1397               followed in the structure viewer
1398             </li>
1399             <li>
1400               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1401               splitframe not restored from project
1402             </li>
1403             <li>
1404               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1405               trailing end of protein alignment in transcript/product
1406               splitview when pad-gaps not enabled by default
1407             </li>
1408             <li>
1409               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1410               is case dependent
1411             </li>
1412             <li>
1413               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1414               article has been read (reopened issue due to
1415               internationalisation problems)
1416             </li>
1417             <li>
1418               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1419               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1420               cross-references
1421             </li>
1422
1423             <li>
1424               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1425               alignment as HTML
1426             </li>
1427             <li>
1428               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1429               multiple structures are shown for one or more sequences.
1430             </li>
1431             <li>
1432               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1433               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1434               is enabled.
1435             </li>
1436             <li>
1437               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1438               specific PDB id for sequence
1439             </li>
1440             <li>
1441               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1442               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1443               columns' is disabled.
1444             </li>
1445             <li>
1446               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1447               selects lowest rather than highest resolution structures
1448               for each sequence
1449             </li>
1450             <li>
1451               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1452               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1453             </li>
1454             <li>
1455               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1456               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1457             </li>
1458             <li>
1459               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1460               after clicking on it to create new annotation for a
1461               column.
1462             </li>
1463             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1464             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1465           </ul>
1466           <em>Applet</em>
1467           <ul>
1468             <li>
1469               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1470               hidden columns present before start of sequence
1471             </li>
1472             <li>
1473               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1474               (JSON jars)
1475             </li>
1476             <li>
1477               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1478               sequences are hidden in applet
1479             </li>
1480             <li>
1481               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1482               deployment on examples pages.
1483             </li>
1484           </ul>
1485         </div>
1486       </td>
1487     </tr>
1488     <tr>
1489       <td width="60" nowrap>
1490         <div align="center">
1491           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1492             <em>16/10/2015</em></strong>
1493         </div>
1494       </td>
1495       <td><em>General</em>
1496         <ul>
1497           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1498             jars</li>
1499         </ul></td>
1500       <td>
1501         <div align="left">
1502           <em>Application</em>
1503           <ul>
1504             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1505               shown when tree is partitioned</li>
1506             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1507               multiple cDNA/Protein split views</li>
1508           </ul>
1509         </div>
1510       </td>
1511     </tr>
1512     <tr>
1513       <td width="60" nowrap>
1514         <div align="center">
1515           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1516             <em>8/10/2015</em></strong>
1517         </div>
1518       </td>
1519       <td><em>General</em>
1520         <ul>
1521           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1522             2.9</li>
1523         </ul> <em>Application</em>
1524         <ul>
1525           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1526           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1527           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1528         </ul> <em>Applet</em>
1529         <ul>
1530           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1531         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1532         <ul>
1533           <li>
1534             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1535             suite
1536           </li>
1537         </ul></td>
1538       <td>
1539         <div align="left">
1540           <em>General</em>
1541           <ul>
1542             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1543               incorrect when sequence start > 1</li>
1544             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1545               documentation</li>
1546             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1547             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1548               loading a features file containing HTML tags in feature
1549               description</li>
1550
1551           </ul>
1552           <em>Application</em>
1553           <ul>
1554             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1555               reimport</li>
1556             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1557               with 'trim retrieved sequences'</li>
1558             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1559               deleting selected columns</li>
1560             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1561               JNLP templates for webstart launch</li>
1562             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1563               unreleased structures for download or viewing</li>
1564             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1565               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1566             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1567               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1568             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1569               recovered from jalview project</li>
1570             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1571               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1572               alignment view</li>
1573             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1574               color schemes from BioJSON</li>
1575           </ul>
1576           <em>Applet</em>
1577           <ul>
1578             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1579               frame</li>
1580             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1581           </ul>
1582         </div>
1583       </td>
1584     </tr>
1585     <tr>
1586       <td><div align="center">
1587           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1588         </div></td>
1589       <td><em>General</em>
1590         <ul>
1591           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1592             alignments:
1593             <ul>
1594               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1595                 and DNA alignment views</li>
1596               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1597                 cDNA alignment views</li>
1598               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1599                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1600               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1601                 protein sequences</li>
1602             </ul>
1603           </li>
1604           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1605           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1606             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1607           <li>New alignment annotation file statements for
1608             reference sequences and marking hidden columns</li>
1609           <li>Reference sequence based alignment shading to
1610             highlight variation</li>
1611           <li>Select or hide columns according to alignment
1612             annotation</li>
1613           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1614           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1615             acid conservation row</li>
1616           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1617         </ul> <em>Application</em>
1618         <ul>
1619           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1620             <ul>
1621               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1622                 view with cDNA/Protein</li>
1623               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1624                 sequences are placed in the same alignment</li>
1625               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1626                 projects</li>
1627             </ul>
1628           </li>
1629
1630           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1631           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1632             Jalview windows</li>
1633
1634           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1635           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1636           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1637             be shown in VARNA</li>
1638
1639           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1640             as the active selected region</li>
1641
1642           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1643             similarity</li>
1644           <li>New Export options
1645             <ul>
1646               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1647                 region export in flat file generation</li>
1648
1649               <li>Export alignment views for display with the <a
1650                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1651
1652               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1653               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1654                 alignment figures to HTML</li>
1655           </li>
1656           <li>3D structure retrieval and display
1657             <ul>
1658               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1659                 Search API</li>
1660               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1661                 PDB structures for a sequence set</li>
1662             </ul>
1663           </li>
1664
1665           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1666             predictions</li>
1667           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1668             for one or a group of sequences</li>
1669           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1670             from the JPred4 web server</li>
1671           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1672             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1673             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1674           </li>
1675           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1676             VARNA 2D Structure'</li>
1677           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1678             Structure ..."</li>
1679
1680         </ul> <em>Applet</em>
1681         <ul>
1682           <li>New layout for applet example pages</li>
1683           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1684             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1685           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1686             Protein alignments</li>
1687         </ul> <em>Development and deployment</em>
1688         <ul>
1689           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1690           <li>Include installation type and git revision in build
1691             properties and console log output</li>
1692           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1693             storing BioJsMSA Templates</li>
1694           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1695         </ul></td>
1696       <td>
1697         <!-- <em>General</em>
1698         <ul>
1699         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1700         <ul>
1701           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1702           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1703           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1704             predictions are not highlighted in amber</li>
1705           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1706             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1707           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1708             associated structure views</li>
1709           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1710             width checkbox not enabled</li>
1711           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1712             creating user defined colours</li>
1713           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1714             mappings for just that viewer's sequences</li>
1715           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1716             multiple models in Chimera</li>
1717           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1718             over Jmol structure</li>
1719           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1720             output to text box</li>
1721           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1722             have incorrect sequence start/end</li>
1723           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1724             Jalview fails</li>
1725           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1726             work for nucleotide</li>
1727           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1728             to a grey/invisible alignment window</li>
1729           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1730             imports to different position</li>
1731           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1732             on some platforms</li>
1733           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1734             populated</li>
1735           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1736             console if Chimera has been opened</li>
1737           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1738           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1739             retrieved</li>
1740           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1741           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1742             either sequence shows on first structure</li>
1743           <li>'Show annotations' options should not make
1744             non-positional annotations visible</li>
1745           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1746             in right place after 'view flanking regions'</li>
1747           <li>File Save As type unset when current file format is
1748             unknown</li>
1749           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1750             projects</li>
1751           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1752             responsive</li>
1753           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1754             several views on same alignment</li>
1755           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1756           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1757             spaces</li>
1758         </ul> <em>Applet</em>
1759         <ul>
1760           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1761           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1762             descriptions containing angle brackets</li>
1763         </ul> <em>General</em>
1764         <ul>
1765           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1766             via jalview annotation file</li>
1767           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1768             with RNA secondary structure</li>
1769           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1770             translation doesn't work.</li>
1771           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1772           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1773             positions</li>
1774           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1775             choosing 1pt font</li>
1776           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1777             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1778             'h'</li>
1779           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1780             new feature</li>
1781           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1782             order dependent</li>
1783           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1784             sequences</li>
1785           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1786         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1787         <ul>
1788           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1789             www.jalview.org</li>
1790         </ul> <em>Application Known issues</em>
1791         <ul>
1792           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1793           <li>Misleading message appears after trying to delete
1794             solid column.</li>
1795           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1796             version launches</li>
1797           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1798             fails with a sequence mismatch</li>
1799           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1800             scrolling alignment to right</li>
1801           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1802             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1803           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1804             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1805           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1806             ultra-high resolution</li>
1807           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1808             quality and conservation</li>
1809           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1810             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1811         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1812         <ul>
1813           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1814           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1815             window is being resized</li>
1816
1817         </ul>
1818       </td>
1819     </tr>
1820     <tr>
1821       <td><div align="center">
1822           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1823         </div></td>
1824       <td><em>General</em>
1825         <ul>
1826           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1827             Certum.PL.</li>
1828           <li>Features and annotation preserved when performing
1829             pairwise alignment</li>
1830           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1831             imported/exported/displayed</li>
1832           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1833             protein secondary structure</li>
1834           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1835               post-hoc with 2.9 release</em>)
1836           </li>
1837
1838         </ul> <em>Application</em>
1839         <ul>
1840           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1841             with 3D structures</li>
1842           <li>Support for parsing RNAML</li>
1843           <li>Annotations menu for layout
1844             <ul>
1845               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1846               <li>place sequence annotation above/below alignment
1847                 annotation</li>
1848             </ul>
1849           <li>Output in Stockholm format</li>
1850           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1851             translation</li>
1852           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1853           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1854             shared between alignments</li>
1855           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1856             Jalview</li>
1857           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1858             all or current selection</li>
1859           <li>disorder and secondary structure predictions
1860             available as dataset annotation</li>
1861           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1862
1863
1864           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1865             alignments from Rfam</li>
1866           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1867
1868           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1869             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1870           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1871           <li>include installation type in build properties and
1872             console log output</li>
1873           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1874             annotation</li>
1875         </ul></td>
1876       <td>
1877         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1878         <ul>
1879           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1880             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1881           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1882             alignment</li>
1883           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1884           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1885           <li>Double click on sequence associated annotation
1886             selects only first column</li>
1887           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1888             leaves shown in tree</li>
1889           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1890             properly</li>
1891           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1892           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1893             screen and buttons not visible</li>
1894           <li>author list isn't updated if already written to
1895             Jalview properties</li>
1896           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1897             from database</li>
1898           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1899           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1900             browser search window</li>
1901           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1902             in feature settings dialog</li>
1903           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1904             desktop</li>
1905           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1906             pass validation</li>
1907           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1908             fit on screen</li>
1909           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1910             tooltip</li>
1911           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1912             defined user preset</li>
1913           <li>MSA web services warns user if they were launched
1914             with invalid input</li>
1915           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1916             Java 8</li>
1917           <li>
1918             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1919             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1920             created
1921           </li>
1922
1923         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1924         <ul>
1925         </ul> <em>General</em>
1926         <ul>
1927         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1928         <ul>
1929           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1930             memory allocation</li>
1931           <li>launchApp service doesn't automatically open
1932             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1933           <li>
1934             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1935             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1936             1.7_055 is available
1937           </li>
1938         </ul> <em>Application Known issues</em>
1939         <ul>
1940           <li>
1941             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1942             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1943             alignment to right
1944           </li>
1945           <li>
1946             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1947             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1948             with large number of ID
1949           </li>
1950           <li>
1951             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1952             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1953             start/end
1954           </li>
1955           <li>
1956             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1957             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1958             structure tracks are rearranged
1959           </li>
1960           <li>
1961             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1962             invalid rna structure positional highlighting does not
1963             highlight position of invalid base pairs
1964           </li>
1965           <li>
1966             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1967             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1968             project from alignment window file menu
1969           </li>
1970           <li>
1971             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1972             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1973             structures
1974           </li>
1975           <li>
1976             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1977             colour by RNA Helices not enabled when user created
1978             annotation added to alignment
1979           </li>
1980           <li>
1981             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1982             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1983           </li>
1984         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1985         <ul>
1986           <li>
1987             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1988             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1989           </li>
1990           <li>
1991             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1992             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1993           </li>
1994
1995           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1996             when selected</li>
1997         </ul>
1998       </td>
1999     </tr>
2000     <tr>
2001       <td><div align="center">
2002           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2003         </div></td>
2004       <td>
2005         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2006         <em>General</em>
2007         <ul>
2008           <li>Internationalisation of user interface (usually
2009             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2010           <li>Define/Undefine group on current selection with
2011             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2012           <li>Improved group creation/removal options in
2013             alignment/sequence Popup menu</li>
2014           <li>Sensible precision for symbol distribution
2015             percentages shown in logo tooltip.</li>
2016           <li>Annotation panel height set according to amount of
2017             annotation when alignment first opened</li>
2018         </ul> <em>Application</em>
2019         <ul>
2020           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2021             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2022           <li>Select columns containing particular features from
2023             Feature Settings dialog</li>
2024           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2025             sequences</li>
2026           <li>Update Jalview project format:
2027             <ul>
2028               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2029               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2030                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2031               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2032                 colouring</li>
2033             </ul>
2034           </li>
2035           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2036             (PAM250)</li>
2037           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2038             flanking regions for an alignment</li>
2039         </ul>
2040       </td>
2041       <td>
2042         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2043         <ul>
2044           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2045             running after job is cancelled</li>
2046           <li>cannot export features from alignments imported from
2047             Jalview/VAMSAS projects</li>
2048           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2049             float values</li>
2050           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2051             have 'display all symbols' flag set</li>
2052           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2053             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2054           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2055             Jalview</li>
2056           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2057             Lion/Webstart</li>
2058           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2059           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2060           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2061             alignment onto desktop</li>
2062           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2063             'extract scores' function</li>
2064           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2065             alignment window</li>
2066           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2067             performing IUPred disorder prediction</li>
2068           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2069             changing 'normalise logo' display setting</li>
2070           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2071             nothing matches query</li>
2072           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2073             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2074           </li>
2075           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2076             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2077           </li>
2078           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2079             Jalview's menu</li>
2080           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2081             'invalid literal/length code'</li>
2082           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2083             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2084           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2085             colourscheme</li>
2086
2087         </ul> <em>Applet</em>
2088         <ul>
2089           <li>Remove group option is shown even when selection is
2090             not a group</li>
2091           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2092             don't affect groups</li>
2093           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2094             colourscheme name</li>
2095           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2096             Annotation panel is not displayed</li>
2097           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2098             embedded windows</li>
2099         </ul> <em>Other</em>
2100         <ul>
2101           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2102             single sequence were not calculated</li>
2103           <li>annotation files that contain only groups imported as
2104             annotation and junk sequences</li>
2105           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2106             recognised as PFAM or BLC</li>
2107           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2108             doesn't affect background (2.8.0b1)
2109           <li></li>
2110           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2111           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2112             trailing gaps</li>
2113           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2114             registered correctly on import</li>
2115           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2116             certain alignments</li>
2117           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2118             existing annotation based 'use original colours'
2119             colourscheme loses original colours setting</li>
2120         </ul>
2121       </td>
2122     </tr>
2123     <tr>
2124       <td><div align="center">
2125           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2126             <em>30/1/2014</em></strong>
2127         </div></td>
2128       <td>
2129         <ul>
2130           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2131             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2132             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2133             open source project).
2134           </li>
2135           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2136           <li>Output in Stockholm format</li>
2137           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2138           <li>Export/import group and sequence associated line
2139             graph thresholds</li>
2140           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2141             ambiguity codes</li>
2142           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2143             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2144             works</li>
2145           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2146         </ul> <em>Other improvements</em>
2147         <ul>
2148           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2149           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2150             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2151           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2152             files</li>
2153           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2154           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2155             link but no description</li>
2156           <li>Select primary source when selecting authority in
2157             database fetcher GUI</li>
2158           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2159             Jalview</li>
2160           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2161         </ul>
2162       </td>
2163       <td>
2164         <ul>
2165           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2166             displayed</li>
2167           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2168             secondary structure annotation line</li>
2169           <li>Sequence database accessions not imported when
2170             fetching alignments from Rfam</li>
2171           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2172             identical IDs</li>
2173           <li>View all structures does not always superpose
2174             structures</li>
2175           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2176             reflect user or preset settings</li>
2177           <li>Null pointer exceptions for some services without
2178             presets or adjustable parameters</li>
2179           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2180             discover PDB xRefs</li>
2181           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2182             features with DAS</li>
2183           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2184             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2185           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2186             residue follows a gap</li>
2187           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2188             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2189           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2190             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2191           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2192             annotation already exists on alignment</li>
2193           <li>oninit javascript function should be called after
2194             initialisation completes</li>
2195           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2196             alignment window display</li>
2197           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2198           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2199             to annotation file</li>
2200           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2201             groups created</li>
2202           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2203             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2204           <li>Pressing return several times causes Number Format
2205             exceptions in keyboard mode</li>
2206           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2207             correct partitions for input data</li>
2208           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2209           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2210           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2211           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2212             mode</li>
2213           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2214             changes one row&#39;s threshold</li>
2215           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2216             doesn&#39;t open</li>
2217           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2218             quality histograms</li>
2219         </ul>
2220       </td>
2221     </tr>
2222     <tr>
2223       <td><div align="center">
2224           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2225         </div></td>
2226       <td><em>Application</em>
2227         <ul>
2228           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2229             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2230           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2231             preferences</li>
2232           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2233             in Jalview alignment window</li>
2234           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2235             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2236           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2237             RNA and ambiguity codes</li>
2238
2239           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2240           <li>Support fetching and database reference look up
2241             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2242             refs')</li>
2243           <li>Jalview project improvements
2244             <ul>
2245               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2246                 flag for annotation</li>
2247               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2248                 alignment</li>
2249               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2250                 Jalview project</li>
2251
2252             </ul>
2253           </li>
2254           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2255           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2256             running</li>
2257           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2258           <li>visual indication that web service results are still
2259             being retrieved from server</li>
2260           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2261             starts up for first time</li>
2262           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2263             services</li>
2264           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2265             client library</li>
2266           <li>Examples directory and Groovy library included in
2267             InstallAnywhere distribution</li>
2268         </ul> <em>Applet</em>
2269         <ul>
2270           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2271             visualization applet example</li>
2272         </ul> <em>General</em>
2273         <ul>
2274           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2275           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2276             defaults</li>
2277           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2278             calculation</li>
2279           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2280             matrices
2281           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2282             in HTML</li>
2283           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2284             structure contacts</li>
2285           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2286           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2287           <li>Parse sequence associated secondary structure
2288             information in Stockholm files</li>
2289           <li>HTML Export database accessions and annotation
2290             information presented in tooltip for sequences</li>
2291           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2292             style RNA alignment files</li>
2293           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2294             alignment</li>
2295           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2296             shade each sequence according to its associated alignment
2297             annotation</li>
2298           <li>New Jalview Logo</li>
2299         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2300         <ul>
2301           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2302           <li>New Website!</li>
2303         </ul></td>
2304       <td><em>Application</em>
2305         <ul>
2306           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2307             wsdbfetch REST service</li>
2308           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2309           <li>Filetype associations not installed for webstart
2310             launch</li>
2311           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2312             job execution in full once it is complete</li>
2313           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2314             uploaded via ali_file parameter</li>
2315           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2316           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2317           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2318             submitted for prediction</li>
2319           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2320             desktop window</li>
2321           <li>Putting fractional value into integer text box in
2322             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2323           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2324             windows 7</li>
2325           <li>View all structures fails with exception shown in
2326             structure view</li>
2327           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2328             escaped in a platform independent way</li>
2329           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2330             using proxy</li>
2331           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2332             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2333           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2334             failure when java web start temporary file caching is
2335             disabled</li>
2336           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2337             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2338           <li>Errors during processing of command line arguments
2339             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2340           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2341             DAS sources in sequence fetcher</li>
2342           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2343             dialog is shown</li>
2344           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2345           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2346           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2347           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2348             on OSX Mountain Lion</li>
2349           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2350             sequences with alignment annotation are pasted into the
2351             alignment</li>
2352           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2353             when loaded from Jalview project</li>
2354           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2355           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2356             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2357           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2358             associated with all views</li>
2359           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2360             annotation rows to new window</li>
2361         </ul> <em>Applet</em>
2362         <ul>
2363           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2364             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2365           <li>loading features via javascript API automatically
2366             enables feature display</li>
2367           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2368             work</li>
2369         </ul> <em>General</em>
2370         <ul>
2371           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2372           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2373             and then deselected</li>
2374           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2375           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2376             coloured with clustalx</li>
2377           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2378             exceptions and redraw errors</li>
2379           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2380             reconfigured view</li>
2381           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2382             colour</li>
2383           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2384             for lots of labels</li>
2385         </ul>
2386     </tr>
2387     <tr>
2388       <td>
2389         <div align="center">
2390           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2391         </div>
2392       </td>
2393       <td><em>Application</em>
2394         <ul>
2395           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2396           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2397           <li>View/alignment association menu to enable user to
2398             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2399             its colours/correspondences from</li>
2400           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2401           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2402             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2403           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2404           <li>Annotation row column label formatting attributes
2405             stored in project file</li>
2406           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2407             rows preserved in Jalview project file</li>
2408           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2409             saved using Desktop window menu</li>
2410           <li>Visual indication that command line arguments are
2411             still being processed</li>
2412           <li>Groovy script execution from URL</li>
2413           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2414             preferences</li>
2415           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2416             alignment with sequences that have high similarity and
2417             matching IDs</li>
2418           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2419           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2420             structures in same window</li>
2421           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2422           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2423             analysis function in its own submenu</li>
2424         </ul> <em>Applet</em>
2425         <ul>
2426           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2427             groups</li>
2428           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2429           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2430           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2431           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2432           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2433             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2434           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2435           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2436             parameters are treated as such</li>
2437           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2438             <ul>
2439               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2440               <li>Javascript callbacks for
2441                 <ul>
2442                   <li>Applet initialisation</li>
2443                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2444                 </ul>
2445               </li>
2446               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2447                 functions</li>
2448               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2449               <li>javascript structure viewer harness to pass
2450                 messages between Jmol and Jalview when running as
2451                 distinct applets</li>
2452               <li>sortBy method</li>
2453               <li>Set of applet and application examples shipped
2454                 with documentation</li>
2455               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2456                 javascript message exchange</li>
2457             </ul>
2458         </ul> <em>General</em>
2459         <ul>
2460           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2461             multiple alignments</li>
2462           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2463           <li>User configurable link to enable redirects to a
2464             www.Jalview.org mirror</li>
2465           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2466           <li>Configurable newline string when writing alignment
2467             and other flat files</li>
2468           <li>Allow alignment annotation description lines to
2469             contain html tags</li>
2470         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2471         <ul>
2472           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2473             examples</li>
2474           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2475             using a web service before displaying the result in the
2476             Jalview desktop</li>
2477           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2478           <li>Ant target to publish example html files with applet
2479             archive</li>
2480           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2481           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2482         </ul></td>
2483       <td><em>Application</em>
2484         <ul>
2485           <li>User defined colourscheme throws exception when
2486             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2487           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2488             dialog for valid filename/format</li>
2489           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2490           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2491             P37173</li>
2492           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2493             which sequence is to be associated with the file</li>
2494           <li>Find All raises null pointer exception when query
2495             only matches sequence IDs</li>
2496           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2497           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2498             2.4 cannot be loaded</li>
2499           <li>Filetype associations not installed for webstart
2500             launch</li>
2501           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2502             with sequences in different alignments do not get coloured
2503             by their associated sequence</li>
2504           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2505             not preserved when project is loaded</li>
2506           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2507             stored in Jalview project</li>
2508           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2509             Jalview project</li>
2510           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2511           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2512             by conservation</li>
2513           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2514             created on new view</li>
2515           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2516             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2517           <li>Alignment quality not updated after alignment
2518             annotation row is hidden then shown</li>
2519           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2520             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2521           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2522             properly</li>
2523           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2524             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2525           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2526           <li>Structures imported from file and saved in project
2527             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2528           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2529             job execution in full once it is complete</li>
2530         </ul> <em>Applet</em>
2531         <ul>
2532           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2533             annotation rows are displayed</li>
2534           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2535             codebase</li>
2536           <li>View follows highlighting does not work for positions
2537             in sequences</li>
2538           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2539           <li>Export features raises exception when no features
2540             exist</li>
2541           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2542             for javascript api is modified when separator string
2543             provided as parameter</li>
2544           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2545             alignment with no existing selection</li>
2546           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2547             to applet&#39;s codebase</li>
2548           <li>Status bar not updated after finished searching and
2549             search wraps around to first result</li>
2550           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2551             several Jalview applets causes race conditions and memory
2552             leaks</li>
2553           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2554             not sent from Jmol in applet</li>
2555           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2556             applet API fatally hang browser</li>
2557         </ul> <em>General</em>
2558         <ul>
2559           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2560             position with wrapped view and hidden regions</li>
2561           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2562             with/without hidden columns</li>
2563           <li>Sequence length given in alignment properties window
2564             is off by 1</li>
2565           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2566             import PDB like structure files</li>
2567           <li>Positional search results are only highlighted
2568             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2569           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2570           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2571             given sequence position</li>
2572           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2573             output</li>
2574           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2575             from nucleotide chains correctly</li>
2576           <li>Structure colours not updated when tree partition
2577             changed in alignment</li>
2578           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2579             parsed in interleaved stockholm</li>
2580           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2581             state</li>
2582           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2583             properly</li>
2584           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2585             properly associated with their pdb files</li>
2586         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2587         <ul>
2588           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2589             ApplyCopyright tool</li>
2590         </ul></td>
2591     </tr>
2592     <tr>
2593       <td>
2594         <div align="center">
2595           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2596         </div>
2597       </td>
2598       <td><em>Application</em>
2599         <ul>
2600           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2601             contact web services</li>
2602           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2603             service job window</li>
2604           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2605         </ul></td>
2606       <td>
2607         <ul>
2608           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2609             pir file emitted by Jalview</li>
2610           <li>Existing feature settings transferred to new
2611             alignment view created from cut'n'paste</li>
2612           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2613             parsing PDB files</li>
2614           <li>Consensus and conservation annotation rows
2615             occasionally become blank for all new windows</li>
2616           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2617             in wrapped view mode</li>
2618         </ul> <em>Application</em>
2619         <ul>
2620           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2621             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2622           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2623             parameter names</li>
2624           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2625             is down</li>
2626         </ul>
2627       </td>
2628     </tr>
2629     <tr>
2630       <td>
2631         <div align="center">
2632           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2633         </div>
2634       </td>
2635       <td><em>Application</em>
2636         <ul>
2637           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2638             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2639             (JABAWS)
2640           </li>
2641           <li>Web Services preference tab</li>
2642           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2643             preferences</li>
2644           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2645           <li>Superpose structures using associated sequence
2646             alignment</li>
2647           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2648             viewer</li>
2649         </ul> <em>Applet</em>
2650         <ul>
2651           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2652             link out mechanism</li>
2653         </ul> <em>Other</em>
2654         <ul>
2655           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2656             series 12</li>
2657           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2658             require Java 1.5</li>
2659           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2660             sequence annotation files</li>
2661           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2662             type colour specification</li>
2663           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2664             script to check if it being run in an interactive session or
2665             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2666         </ul></td>
2667       <td>
2668         <ul>
2669           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2670             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2671         </ul> <em>Application</em>
2672         <ul>
2673           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2674             selected Regions menu item</li>
2675           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2676             part of a valid accession ID</li>
2677           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2678             runs out of memory</li>
2679           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2680             analysis results</li>
2681           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2682             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2683           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2684         </ul> <em>Applet</em>
2685         <ul>
2686           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2687             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2688             defined.</li>
2689         </ul>
2690       </td>
2691     </tr>
2692     <tr>
2693       <td>
2694         <div align="center">
2695           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2696         </div>
2697       </td>
2698       <td></td>
2699       <td>
2700         <ul>
2701           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2702             sequence IDs</li>
2703           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2704             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2705           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2706             import correctly</li>
2707           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2708             number of columns are hidden</li>
2709           <li>annotation label popup menu not providing correct
2710             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2711             present</li>
2712           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2713             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2714           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2715             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2716
2717         </ul> <em>Applet</em>
2718         <ul>
2719           <li>annotation panel disappears when annotation is
2720             hidden/removed</li>
2721         </ul> <em>Application</em>
2722         <ul>
2723           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2724             alignment opened where annotation panel is visible but no
2725             annotations are present on alignment</li>
2726           <li>pasted region containing hidden columns is
2727             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2728           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2729             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2730           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2731             selected Rregions menu item.</li>
2732           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2733             'Un' or 'Non'conserved</li>
2734           <li>Sequence feature settings are being shared by
2735             multiple distinct alignments</li>
2736           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2737             changed</li>
2738           <li>double click on group annotation to select sequences
2739             does not propagate to associated trees</li>
2740           <li>Mac OSX specific issues:
2741             <ul>
2742               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2743                 window background</li>
2744               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2745                 name set correctly</li>
2746               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2747                 save feature colourscheme button</li>
2748             </ul>
2749           </li>
2750         </ul>
2751       </td>
2752     </tr>
2753     <tr>
2754
2755       <td>
2756         <div align="center">
2757           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2758         </div>
2759       </td>
2760       <td><em>New Capabilities</em>
2761         <ul>
2762           <li>URL links generated from description line for
2763             regular-expression based URL links (applet and application)
2764
2765           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2766             menu</li>
2767           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2768             structures</li>
2769           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2770             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2771           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2772             average score or total feature count for each sequence.</li>
2773           <li>Shading features by score or associated description</li>
2774           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2775             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2776           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2777             hide everything but the currently selected region.</li>
2778           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2779         </ul> <em>Application</em>
2780         <ul>
2781           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2782             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2783           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2784             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2785           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2786             database references and protein_name is parsed as
2787             description line (BioSapiens terms).</li>
2788           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2789             references in sequence ID tooltip from View menu in
2790             application.</li>
2791           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2792       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2793           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2794             conservation plots</li>
2795           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2796             and visualized as sequence logos</li>
2797           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2798             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2799           </li>
2800           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2801             when a new tree is opened.</li>
2802           <li>Jalview Java Console</li>
2803           <li>Better placement of desktop window when moving
2804             between different screens.</li>
2805           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2806             consensus annotation</li>
2807           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2808             Workflows</li>
2809           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2810             <ul>
2811               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2812                 used to preserve views, structures, and tree display
2813                 settings)</li>
2814               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2815                 command line</li>
2816               <li>Sharing of selected regions between views and
2817                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2818               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2819             </ul></li>
2820         </ul> <em>Applet</em>
2821         <ul>
2822           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2823           <li>New Parameters
2824             <ul>
2825               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2826                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2827                 opened.</li>
2828               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2829                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2830               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2831                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2832               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2833                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2834                 view</li>
2835               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2836                 increase the height or width of a cell in the alignment
2837                 grid relative to the current font size.</li>
2838             </ul>
2839           </li>
2840           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2841             tooltip</li>
2842         </ul> <em>Other</em>
2843         <ul>
2844           <li>Features format: graduated colour definitions and
2845             specification of feature scores</li>
2846           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2847             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2848             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2849           <li>XML formats extended to support graduated feature
2850             colourschemes, group associated annotation, and profile
2851             visualization settings.</li></td>
2852       <td>
2853         <ul>
2854           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2855             rather than description</li>
2856           <li>Non-positional features are now included in sequence
2857             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2858             visibility in tooltip).</li>
2859           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2860           <li>Added URL embedding instructions to features file
2861             documentation.</li>
2862           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2863             'X' in peptide product</li>
2864           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2865             sequence ID and sequence string and query strings do not
2866             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2867           <li>AMSA files only contain first column of
2868             multi-character column annotation labels</li>
2869           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2870             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2871             exported and re-imported)</li>
2872           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2873             name</li>
2874           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2875             as subsequence matches, and correctly reports total number
2876             of both.</li>
2877           <li>Application:
2878             <ul>
2879               <li>Better handling of exceptions during sequence
2880                 retrieval</li>
2881               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2882                 link text excludes the start_end suffix</li>
2883               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2884                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2885               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2886               <li>Sequence description lines properly shared via
2887                 VAMSAS</li>
2888               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2889                 data sources</li>
2890               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2891                 completes before alignment figures are generated.</li>
2892               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2893                 first time.</li>
2894               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2895                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2896               <li>User defined group colours properly recovered
2897                 from Jalview projects.</li>
2898             </ul>
2899           </li>
2900         </ul>
2901       </td>
2902
2903     </tr>
2904     <tr>
2905       <td>
2906         <div align="center">
2907           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2908         </div>
2909       </td>
2910       <td>
2911         <ul>
2912           <li>Experimental support for google analytics usage
2913             tracking.</li>
2914           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2915         </ul>
2916       </td>
2917       <td>
2918         <ul>
2919           <li>Race condition in applet preventing startup in
2920             jre1.6.0u12+.</li>
2921           <li>Exception when feature created from selection beyond
2922             length of sequence.</li>
2923           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2924           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2925             all sequences with a given id</li>
2926           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2927             ID string searches</li>
2928           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2929             alignment to fail with exception</li>
2930         </ul> <em>Application Issues</em>
2931         <ul>
2932           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2933           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2934             data sources</li>
2935         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2936         <ul>
2937           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2938             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2939           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2940             version (java class versioning error fixed)</li>
2941         </ul>
2942       </td>
2943     </tr>
2944     <tr>
2945       <td>
2946
2947         <div align="center">
2948           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2949         </div>
2950       </td>
2951       <td><em>User Interface</em>
2952         <ul>
2953           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2954             translation and protein products</li>
2955           <li>Linked highlighting of structure associated with
2956             residue mapping to codon position</li>
2957           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2958             and 'clear' button</li>
2959           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2960             Tools menu</li>
2961           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2962             numeric data in description line</li>
2963           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2964           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2965             of sequence</li>
2966         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2967         <ul>
2968           <li>JPred3 web service</li>
2969           <li>Prototype sequence search client (no public services
2970             available yet)</li>
2971           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2972             PFAM</li>
2973           <li>URL Links created for matching database cross
2974             references as well as sequence ID</li>
2975           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2976         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2977         <ul>
2978           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2979             databases</li>
2980           <li>Generalised database reference retrieval and
2981             validation to all fetchable databases</li>
2982           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2983             sequence command</li>
2984         </ul> <em>Import and Export</em>
2985         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2986         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2987           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2988         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2989           File</li>
2990         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2991           triplet as name of colourscheme</li>
2992         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2993         <ul>
2994           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2995           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2996             alignments (experimental)</li>
2997           <li>Create new or select existing session to join</li>
2998           <li>load and save of vamsas documents</li>
2999         </ul> <em>Application command line</em>
3000         <ul>
3001           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3002             from applet)</li>
3003           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3004             of DAS servers to query for alignment features</li>
3005           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3006             that are also automatically queried for features</li>
3007           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3008             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3009         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3010         <ul>
3011           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3012             application (when using &quot;View in full
3013             application&quot;)</li>
3014         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3015         <ul>
3016           <li>feature group display control parameter</li>
3017           <li>debug parameter</li>
3018           <li>showbutton parameter</li>
3019         </ul> <em>Applet API methods</em>
3020         <ul>
3021           <li>newView public method</li>
3022           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3023           <li>Feature display control methods</li>
3024           <li>get list of currently selected sequences</li>
3025         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3026         <ul>
3027           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3028           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3029             Jalview release.</li>
3030           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3031             property controls execution of obfuscator</li>
3032           <li>Build target for generating source distribution</li>
3033           <li>Debug flag for javacc</li>
3034           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3035             jalview.bin.Cache</li>
3036           <li>Continuous Build Integration for stable and
3037             development version of Application, Applet and source
3038             distribution</li>
3039         </ul></td>
3040       <td>
3041         <ul>
3042           <li>selected region output includes visible annotations
3043             (for certain formats)</li>
3044           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3045             for editing</li>
3046           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3047           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3048           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3049           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3050             comments</li>
3051           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3052             filenames containing a ':'</li>
3053           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3054             global sequence features</li>
3055           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3056             references from alignment sequences goes to zero</li>
3057           <li>Close of tree branch colour box without colour
3058             selection causes cascading exceptions</li>
3059           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3060           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3061             file parsing fails.</li>
3062           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3063           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3064             not a valid output format</li>
3065           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3066             vamsas</li>
3067           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3068           <li>error messages passed up and output when data read
3069             fails</li>
3070           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3071             sequence is edited</li>
3072           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3073             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3074           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3075             filetype</li>
3076           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3077             import fixed for PFAM records</li>
3078           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3079             window list</li>
3080           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3081             can be read and written correctly to annotation file</li>
3082           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3083             correctly</li>
3084           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3085             non-italic font for representatives in Applet</li>
3086           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3087             Macs.</li>
3088           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3089             Applet)</li>
3090           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3091             due to null pointer exceptions</li>
3092           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3093             first column of alignment</li>
3094           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3095             July 2008</li>
3096           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3097             file is case-insensitive</li>
3098           <li>Sequence features read from Features file appended to
3099             all sequences with matching IDs</li>
3100           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3101             containing a sub-sequence</li>
3102           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3103           <li>feature and annotation file applet parameters
3104             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3105           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3106           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3107             splash-screen version check to complete</li>
3108           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3109             when passing them to the launchApp service</li>
3110           <li>display name and local features preserved in results
3111             retrieved from web service</li>
3112           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3113             sequence fetcher initialisation</li>
3114           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3115             dasobert DAS client</li>
3116           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3117             association</li>
3118           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3119             sequences
3120           </li>
3121         </ul>
3122       </td>
3123     </tr>
3124     <tr>
3125       <td>
3126         <div align="center">
3127           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3128         </div>
3129       </td>
3130       <td>
3131         <ul>
3132           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3133           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3134           <li>Slide sequences</li>
3135           <li>Edit sequence in place</li>
3136           <li>EMBL CDS features</li>
3137           <li>DAS Feature mapping</li>
3138           <li>Feature ordering</li>
3139           <li>Alignment Properties</li>
3140           <li>Annotation Scores</li>
3141           <li>Sort by scores</li>
3142           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3143         </ul>
3144       </td>
3145       <td>
3146         <ul>
3147           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3148           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3149           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3150           <li>Feature group display state in XML</li>
3151           <li>Feature ordering in XML</li>
3152           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3153           <li>Stockholm alignment properties</li>
3154           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3155           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3156           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3157           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3158         </ul>
3159       </td>
3160
3161     </tr>
3162     <tr>
3163       <td>
3164         <div align="center">
3165           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3166         </div>
3167       </td>
3168       <td>
3169         <ul>
3170           <li>Non standard characters can be read and displayed
3171           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3172             applet via textbox
3173           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3174             name &amp; description
3175           <li>Preference setting to display sequence name in
3176             italics
3177           <li>Annotation file format extended to allow
3178             Sequence_groups to be defined
3179           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3180             specified in preferences
3181           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3182             sequences
3183         </ul>
3184       </td>
3185       <td>
3186         <ul>
3187           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3188             installed
3189           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3190           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3191         </ul>
3192       </td>
3193     </tr>
3194     <tr>
3195       <td>
3196         <div align="center">
3197           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3198         </div>
3199       </td>
3200       <td>
3201         <ul>
3202           <li>Multiple views on alignment
3203           <li>Sequence feature editing
3204           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3205           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3206           <li>Background dependent text colour
3207           <li>Right align sequence ids
3208           <li>User-defined lower case residue colours
3209           <li>Format Menu
3210           <li>Select Menu
3211           <li>Menu item accelerator keys
3212           <li>Control-V pastes to current alignment
3213           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3214           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3215           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3216
3217           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3218         </ul>
3219       </td>
3220       <td>
3221         <ul>
3222           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3223           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3224             calculations
3225           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3226             edits
3227           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3228             of alignment)
3229           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3230
3231           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3232             display correctly
3233           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3234           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3235             analysis results
3236           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3237             &#8739;
3238           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3239           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3240           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3241
3242         </ul>
3243       </td>
3244     </tr>
3245     <tr>
3246       <td>
3247         <div align="center">
3248           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3249         </div>
3250       </td>
3251       <td>
3252         <ul>
3253           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3254         </ul>
3255       </td>
3256       <td>
3257         <ul>
3258           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3259             sequence id panel has been resized</li>
3260           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3261             rendered</li>
3262           <li>Annotation files with sequence references - all
3263             elements in file are relative to sequence position</li>
3264           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3265         </ul>
3266       </td>
3267     </tr>
3268     <tr>
3269       <td>
3270         <div align="center">
3271           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3272         </div>
3273       </td>
3274       <td>
3275         <ul>
3276           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3277           <li>DAS Feature fetching</li>
3278           <li>Hide sequences and columns</li>
3279           <li>Export Annotations and Features</li>
3280           <li>GFF file reading / writing</li>
3281           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3282             files</li>
3283           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3284           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3285           <li>Applet can launch the full application</li>
3286           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3287             required)</li>
3288           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3289           <li>Applet can load sequences from parameter
3290             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3291           </li>
3292         </ul>
3293       </td>
3294       <td>
3295         <ul>
3296           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3297           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3298           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3299         </ul>
3300       </td>
3301     </tr>
3302     <tr>
3303       <td>
3304         <div align="center">
3305           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3306         </div>
3307       </td>
3308       <td>
3309         <ul>
3310           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3311           <li>Choose to match case when searching</li>
3312           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3313             expand the visible width and height of the alignment</li>
3314         </ul>
3315       </td>
3316       <td>
3317         <ul>
3318           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3319         </ul>
3320       </td>
3321     </tr>
3322     <tr>
3323       <td>
3324         <div align="center">
3325           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3326         </div>
3327       </td>
3328       <td>&nbsp;</td>
3329       <td>
3330         <ul>
3331           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3332           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3333             value</li>
3334         </ul>
3335       </td>
3336     </tr>
3337     <tr>
3338       <td>
3339         <div align="center">
3340           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3341         </div>
3342       </td>
3343       <td>
3344         <ul>
3345           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3346           <li>Keyboard editing</li>
3347           <li>Create sequence features from searches</li>
3348           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3349             alignments</li>
3350           <li>Features file allows grouping of features</li>
3351           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3352           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3353           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356       <td>
3357         <ul>
3358           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3359           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3360             descriptions saved.</li>
3361         </ul>
3362       </td>
3363     </tr>
3364     <tr>
3365       <td>
3366         <div align="center">
3367           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3368         </div>
3369       </td>
3370       <td>
3371         <ul>
3372           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3373           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3374           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3375             name for file output</li>
3376           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3377           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3378             used for HTML form input</li>
3379         </ul>
3380       </td>
3381       <td>
3382         <ul>
3383           <li>HTML output writes groups and features</li>
3384           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3385           <li>File IO bugs</li>
3386         </ul>
3387       </td>
3388     </tr>
3389     <tr>
3390       <td>
3391         <div align="center">
3392           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3393         </div>
3394       </td>
3395       <td>
3396         <ul>
3397           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3398           <li>More options for PCA viewer</li>
3399         </ul>
3400       </td>
3401       <td>
3402         <ul>
3403           <li>GUI bugs resolved</li>
3404           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3405         </ul>
3406       </td>
3407     </tr>
3408     <tr>
3409       <td height="63">
3410         <div align="center">
3411           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3412         </div>
3413       </td>
3414       <td>
3415         <ul>
3416           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3417           <li>Jar files are executable</li>
3418           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3419         </ul>
3420       </td>
3421       <td>
3422         <ul>
3423           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3424           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3425           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3426         </ul>
3427       </td>
3428     </tr>
3429     <tr>
3430       <td>
3431         <div align="center">
3432           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3433         </div>
3434       </td>
3435       <td>
3436         <ul>
3437           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3438         </ul>
3439       </td>
3440       <td>
3441         <ul>
3442           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3443         </ul>
3444       </td>
3445     </tr>
3446     <tr>
3447       <td>
3448         <div align="center">
3449           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3450         </div>
3451       </td>
3452       <td>
3453         <ul>
3454           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3455             size</li>
3456         </ul>
3457       </td>
3458       <td>
3459         <ul>
3460           <li>Improved JPred client reliability</li>
3461           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3462         </ul>
3463       </td>
3464     </tr>
3465     <tr>
3466       <td>
3467         <div align="center">
3468           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3469         </div>
3470       </td>
3471       <td>
3472         <ul>
3473           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3474           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3475           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3476             to Colour Menu</li>
3477           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3478           <li>Unix users can set default web browser</li>
3479           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3480           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3481         </ul>
3482       </td>
3483       <td>
3484         <ul>
3485           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3486         </ul>
3487       </td>
3488     </tr>
3489     <tr>
3490       <td>
3491         <div align="center">
3492           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3493         </div>
3494       </td>
3495       <td>&nbsp;</td>
3496       <td>
3497         <ul>
3498           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3499             alignment order.</li>
3500         </ul>
3501       </td>
3502     </tr>
3503     <tr>
3504       <td>
3505         <div align="center">
3506           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3507         </div>
3508       </td>
3509       <td>
3510         <ul>
3511           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3512           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3513           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3514             annotations.</li>
3515           <li>Version and build date written to build properties
3516             file.</li>
3517           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3518             at launch of Jalview.</li>
3519         </ul>
3520       </td>
3521       <td>
3522         <ul>
3523           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3524           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3525           <li>Can remove groups one by one.</li>
3526           <li>Filechooser icons installed.</li>
3527           <li>Finder ignores return character when searching.
3528             Return key will initiate a search.<br>
3529           </li>
3530         </ul>
3531       </td>
3532     </tr>
3533     <tr>
3534       <td>
3535         <div align="center">
3536           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3537         </div>
3538       </td>
3539       <td>
3540         <ul>
3541           <li>New codebase</li>
3542         </ul>
3543       </td>
3544       <td>&nbsp;</td>
3545     </tr>
3546   </table>
3547   <p>&nbsp;</p>
3548 </body>
3549 </html>