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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   4  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>Release History</strong>
  28   </p>
  29   <table border="1">
  30     <tr>
  31       <td width="60" nowrap>
  32         <div align="center">
  33           <em><strong>Release</strong></em>
  34         </div>
  35       </td>
  36       <td>
  37         <div align="center">
  38           <em><strong>New Features</strong></em>
  39         </div>
  40       </td>
  41       <td>
  42         <div align="center">
  43           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  44         </div>
  45       </td>
  46     </tr>
  47     <tr>
  48       <td width="60" nowrap>
  49         <div align="center">
  50           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
  51             <em>29/09/2015</em></strong>
  52         </div>
  53       </td>
  54       <td>
  55         <div align="center"></div>
  56       </td>
  57       <td>
  58         <div align="left">
  59           <ul>
  60             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames incorrect when sequence start > 1</li>
  61             <li>Split frame example added to applet examples page</li>
  62             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
  63             <li>Incorrect warning on deleting selected columns</li>
  64             <li>Annotations incorrectly rendered after BioJS export and reimport</li>
  65             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References with 'trim retrieved sequences'</li>
  66             <li>Spanish translations of localized text - updates needed for 2.9</li>
  67             <li>Provide signed OSX InstallAnywhere installer</li>
  68           </ul>
  69         </div>
  70       </td>
  71     </tr>
  72     <tr>
  73       <td><div align="center">
  74           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
  75         </div></td>
  76       <td><em>General</em>
  77         <ul>
  78           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
  79             alignments:
  80             <ul>
  81               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
  82                 and DNA alignment views</li>
  83               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
  84                 cDNA alignment views</li>
  85               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
  86                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
  87               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
  88                 protein sequences</li>
  89             </ul>
  90           </li>
  91           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
  92           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
  93             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
  94           <li>New alignment annotation file statements for
  95             reference sequences and marking hidden columns</li>
  96           <li>Reference sequence based alignment shading to
  97             highlight variation</li>
  98           <li>Select or hide columns according to alignment
  99             annotation</li>
 100           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 101           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 102             acid conservation row</li>
 103           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 104         </ul> <em>Application</em>
 105         <ul>
 106           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
 107             <ul>
 108               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
 109                 view with cDNA/Protein</li>
 110               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
 111                 sequences are placed in the same alignment</li>
 112               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
 113                 projects</li>
 114             </ul>
 115           </li>
 116
 117           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
 118           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
 119             Jalview windows</li>
 120
 121           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
 122           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
 123           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
 124             be shown in VARNA</li>
 125
 126           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
 127             as the active selected region</li>
 128
 129           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
 130             similarity</li>
 131           <li>New Export options
 132             <ul>
 133               <li>New Export Settings dialog to control hidden
 134                 region export in flat file generation</li>
 135
 136               <li>Export alignment views for display with the <a
 137                 href="http://biojs.io/d/msa">BioJS MSAViewer</a></li>
 138
 139               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
 140               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
 141                 alignment figures to HTML</li>
 142           </li>
 143           <li>3D structure retrieval and display
 144             <ul>
 145               <li>Free text and structured queries with the PDBe
 146                 Search API</li>
 147               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
 148                 PDB structures for a sequence set</li>
 149             </ul>
 150           </li>
 151
 152           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
 153             predictions</li>
 154           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
 155             for one or a group of sequences</li>
 156           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
 157             from the JPred4 web server</li>
 158           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
 159             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
 160             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
 161           </li>
 162           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
 163             VARNA 2D Structure'</li>
 164           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
 165             Structure ..."</li>
 166
 167         </ul> <em>Applet</em>
 168         <ul>
 169           <li>New layout for applet example pages</li>
 170           <li>New parameters to enable SplitFrame view
 171             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
 172           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
 173             Protein alignments</li>
 174         </ul> <em>Development and deployment</em>
 175         <ul>
 176           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
 177           <li>Include installation type and git revision in build
 178             properties and console log output</li>
 179           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
 180             storing BioJsMSA Templates</li>
 181           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
 182         </ul></td>
 183       <td>
 184         <!-- <em>General</em>
 185         <ul>
 186         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 187         <ul>
 188           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
 189           <li>Typo in select-by-features status report</li>
 190           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
 191             predictions are not highlighted in amber</li>
 192           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
 193             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
 194           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
 195             associated structure views</li>
 196           <li>ID width preference option is greyed out when auto
 197             width checkbox not enabled</li>
 198           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
 199             creating user defined colours</li>
 200           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
 201             mappings for just that viewer's sequences</li>
 202           <li>Workaround for superposing PDB files containing
 203             multiple models in Chimera</li>
 204           <li>Report sequence position in status bar when hovering
 205             over Jmol structure</li>
 206           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
 207             output to text box</li>
 208           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
 209             have incorrect sequence start/end</li>
 210           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
 211             Jalview fails</li>
 212           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
 213             work for nucleotide</li>
 214           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
 215             to a grey/invisible alignment window</li>
 216           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
 217             imports to different position</li>
 218           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
 219             on some platforms</li>
 220           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
 221             populated</li>
 222           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
 223             console if Chimera has been opened</li>
 224           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
 225           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
 226             retrieved</li>
 227           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
 228           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
 229             either sequence shows on first structure</li>
 230           <li>'Show annotations' options should not make
 231             non-positional annotations visible</li>
 232           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
 233             in right place after 'view flanking regions'</li>
 234           <li>File Save As type unset when current file format is
 235             unknown</li>
 236           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
 237             projects</li>
 238           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
 239             responsive</li>
 240           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
 241             several views on same alignment</li>
 242           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
 243           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
 244             spaces</li>
 245         </ul> <em>Applet</em>
 246         <ul>
 247           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
 248           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
 249             descriptions containing angle brackets</li>
 250         </ul> <em>General</em>
 251         <ul>
 252           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
 253             via jalview annotation file</li>
 254           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
 255             with RNA secondary structure</li>
 256           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
 257             translation doesn't work.</li>
 258           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
 259           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
 260             positions</li>
 261           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
 262             choosing 1pt font</li>
 263           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
 264             annotation file when annotation display text includes 'e' or
 265             'h'</li>
 266           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
 267             new feature</li>
 268           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
 269             order dependent</li>
 270           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
 271             sequences</li>
 272           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
 273         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
 274         <ul>
 275           <li>Applet example pages appear different to the rest of
 276             www.jalview.org</li>
 277         </ul> <em>Application Known issues</em>
 278         <ul>
 279           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
 280           <li>Misleading message appears after trying to delete
 281             solid column.</li>
 282           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
 283             version launches</li>
 284           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
 285             fails with a sequence mismatch</li>
 286           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
 287             scrolling alignment to right</li>
 288           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
 289             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
 290           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
 291             placed above or below non-autocalculated rows</li>
 292           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
 293             ultra-high resolution</li>
 294           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
 295             quality and conservation</li>
 296           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
 297             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
 298         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 299         <ul>
 300           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
 301           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
 302             window is being resized</li>
 303
 304         </ul>
 305       </td>
 306     </tr>
 307     <tr>
 308       <td><div align="center">
 309           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
 310         </div></td>
 311       <td><em>General</em>
 312         <ul>
 313           <li>Updated Java code signing certificate donated by
 314             Certum.PL.</li>
 315           <li>Features and annotation preserved when performing
 316             pairwise alignment</li>
 317           <li>RNA pseudoknot annotation can be
 318             imported/exported/displayed</li>
 319           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
 320             protein secondary structure</li>
 321           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
 322               post-hoc with 2.9 release</em>)
 323           </li>
 324
 325         </ul> <em>Application</em>
 326         <ul>
 327           <li>Extract and display secondary structure for sequences
 328             with 3D structures</li>
 329           <li>Support for parsing RNAML</li>
 330           <li>Annotations menu for layout
 331             <ul>
 332               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
 333               <li>place sequence annotation above/below alignment
 334                 annotation</li>
 335             </ul>
 336           <li>Output in Stockholm format</li>
 337           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
 338             translation</li>
 339           <li>Structure viewer preferences tab</li>
 340           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
 341             shared between alignments</li>
 342           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
 343             Jalview</li>
 344           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
 345             all or current selection</li>
 346           <li>disorder and secondary structure predictions
 347             available as dataset annotation</li>
 348           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
 349
 350
 351           <li>Sequence database accessions imported when fetching
 352             alignments from Rfam</li>
 353           <li>update VARNA version to 3.91</li>
 354
 355           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
 356             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
 357           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
 358           <li>include installation type in build properties and
 359             console log output</li>
 360           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
 361             annotation</li>
 362         </ul></td>
 363       <td>
 364         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 365         <ul>
 366           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
 367             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
 368           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
 369             alignment</li>
 370           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
 371           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
 372           <li>Double click on sequence associated annotation
 373             selects only first column</li>
 374           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
 375             leaves shown in tree</li>
 376           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
 377             properly</li>
 378           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
 379           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
 380             screen and buttons not visible</li>
 381           <li>author list isn't updated if already written to
 382             Jalview properties</li>
 383           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
 384             from database</li>
 385           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
 386           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
 387             browser search window</li>
 388           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
 389             in feature settings dialog</li>
 390           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
 391             desktop</li>
 392           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
 393             pass validation</li>
 394           <li>Web services parameters dialog box is too large to
 395             fit on screen</li>
 396           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
 397             tooltip</li>
 398           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
 399             defined user preset</li>
 400           <li>MSA web services warns user if they were launched
 401             with invalid input</li>
 402           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
 403             Java 8</li>
 404           <li>
 405             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
 406             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
 407             created
 408           </li>
 409
 410         </ul> <!--  <em>Applet</em>
 411                                 <ul>
 412                                 </ul> <em>General</em>
 413                                 <ul>
 414                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
 415         <ul>
 416           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
 417             memory allocation</li>
 418           <li>launchApp service doesn't automatically open
 419             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
 420           <li>
 421             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
 422             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
 423             1.7_055 is available
 424           </li>
 425         </ul> <em>Application Known issues</em>
 426         <ul>
 427           <li>
 428             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
 429             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
 430             alignment to right
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
 434             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
 435             with large number of ID
 436           </li>
 437           <li>
 438             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
 439             flatfile output of visible region has incorrect sequence
 440             start/end
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
 444             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
 445             structure tracks are rearranged
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
 449             invalid rna structure positional highlighting does not
 450             highlight position of invalid base pairs
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
 454             out of memory errors are not raised when saving Jalview
 455             project from alignment window file menu
 456           </li>
 457           <li>
 458             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
 459             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
 460             structures
 461           </li>
 462           <li>
 463             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
 464             colour by RNA Helices not enabled when user created
 465             annotation added to alignment
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
 469             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
 470           </li>
 471         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
 472         <ul>
 473           <li>
 474             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
 475             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
 476           </li>
 477           <li>
 478             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
 479             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
 480           </li>
 481
 482           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
 483             when selected</li>
 484         </ul>
 485       </td>
 486     </tr>
 487     <tr>
 488       <td><div align="center">
 489           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
 490         </div></td>
 491       <td>
 492         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
 493         <em>General</em>
 494         <ul>
 495           <li>Internationalisation of user interface (usually
 496             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
 497           <li>Define/Undefine group on current selection with
 498             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
 499           <li>Improved group creation/removal options in
 500             alignment/sequence Popup menu</li>
 501           <li>Sensible precision for symbol distribution
 502             percentages shown in logo tooltip.</li>
 503           <li>Annotation panel height set according to amount of
 504             annotation when alignment first opened</li>
 505         </ul> <em>Application</em>
 506         <ul>
 507           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
 508             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
 509           <li>Select columns containing particular features from
 510             Feature Settings dialog</li>
 511           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
 512             sequences</li>
 513           <li>Update Jalview project format:
 514             <ul>
 515               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
 516               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
 517                 store secondary structure annotation,etc)</li>
 518               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
 519                 colouring</li>
 520             </ul>
 521           </li>
 522           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
 523             (PAM250)</li>
 524           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
 525             flanking regions for an alignment</li>
 526         </ul>
 527       </td>
 528       <td>
 529         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
 530         <ul>
 531           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
 532             running after job is cancelled</li>
 533           <li>cannot export features from alignments imported from
 534             Jalview/VAMSAS projects</li>
 535           <li>Buggy slider for web service parameters that take
 536             float values</li>
 537           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
 538             have 'display all symbols' flag set</li>
 539           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
 540             annotation shading not saved in Jalview project</li>
 541           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
 542             Jalview</li>
 543           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
 544             Lion/Webstart</li>
 545           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
 546           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
 547           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
 548             alignment onto desktop</li>
 549           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
 550             'extract scores' function</li>
 551           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
 552             alignment window</li>
 553           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
 554             performing IUPred disorder prediction</li>
 555           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
 556             changing 'normalise logo' display setting</li>
 557           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
 558             nothing matches query</li>
 559           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
 560             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
 561           </li>
 562           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
 563             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
 564           </li>
 565           <li>Not all working JABAWS services are shown in
 566             Jalview's menu</li>
 567           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
 568             'invalid literal/length code'</li>
 569           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
 570             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
 571           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
 572             colourscheme</li>
 573
 574         </ul> <em>Applet</em>
 575         <ul>
 576           <li>Remove group option is shown even when selection is
 577             not a group</li>
 578           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
 579             don't affect groups</li>
 580           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
 581             colourscheme name</li>
 582           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
 583             Annotation panel is not displayed</li>
 584           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
 585             embedded windows</li>
 586         </ul> <em>Other</em>
 587         <ul>
 588           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
 589             single sequence were not calculated</li>
 590           <li>annotation files that contain only groups imported as
 591             annotation and junk sequences</li>
 592           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
 593             recognised as PFAM or BLC</li>
 594           <li>conservation/PID slider apply all groups option
 595             doesn't affect background (2.8.0b1)
 596           <li></li>
 597           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
 598           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
 599             trailing gaps</li>
 600           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
 601             registered correctly on import</li>
 602           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
 603             certain alignments</li>
 604           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
 605             existing annotation based 'use original colours'
 606             colourscheme loses original colours setting</li>
 607         </ul>
 608       </td>
 609     </tr>
 610     <tr>
 611       <td><div align="center">
 612           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
 613           <em>30/1/2014</em></strong>
 614         </div></td>
 615       <td>
 616         <ul>
 617           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
 618             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
 619             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
 620             open source project).
 621           </li>
 622           <li>Jalview SRS links replaced by Uniprot and EBI-search
 623           </li>
 624           <li>Output in Stockholm format</li>
 625           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
 626           <li>Export/import group and sequence associated line
 627             graph thresholds</li>
 628           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
 629             ambiguity codes</li>
 630           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
 631             selection (or visible selection) in the same way that JPred
 632             works</li>
 633           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
 634         </ul> <em>Other improvements</em>
 635         <ul>
 636           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
 637           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
 638             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
 639           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
 640             files</li>
 641           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
 642           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
 643             link but no description</li>
 644           <li>Select primary source when selecting authority in
 645             database fetcher GUI</li>
 646           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
 647             Jalview</li>
 648           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
 649         </ul>
 650       </td>
 651       <td>
 652         <ul>
 653           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
 654             displayed</li>
 655           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
 656             secondary structure annotation line</li>
 657           <li>Sequence database accessions not imported when
 658             fetching alignments from Rfam</li>
 659           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
 660             identical IDs</li>
 661           <li>View all structures does not always superpose
 662             structures</li>
 663           <li>Option widgets in service parameters not updated to
 664             reflect user or preset settings</li>
 665           <li>Null pointer exceptions for some services without
 666             presets or adjustable parameters</li>
 667           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
 668             discover PDB xRefs</li>
 669           <li>Exception encountered while trying to retrieve
 670             features with DAS</li>
 671           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
 672             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
 673           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
 674             residue follows a gap</li>
 675           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
 676             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
 677           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
 678             shown in wrap mode when no annotations present</li>
 679           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
 680             annotation already exists on alignment</li>
 681           <li>oninit javascript function should be called after
 682             initialisation completes</li>
 683           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
 684             alignment window display</li>
 685           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
 686           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
 687             to annotation file</li>
 688           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
 689             groups created</li>
 690           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
 691             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
 692           <li>Pressing return several times causes Number Format
 693             exceptions in keyboard mode</li>
 694           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
 695             correct partitions for input data</li>
 696           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
 697           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
 698           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
 699           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
 700             mode</li>
 701           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
 702             changes one row&#39;s threshold</li>
 703           <li>Preferences and Feature settings panel panel
 704             doesn&#39;t open</li>
 705           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
 706             quality histograms</li>
 707         </ul>
 708       </td>
 709     </tr>
 710     <tr>
 711       <td><div align="center">
 712           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
 713         </div></td>
 714       <td><em>Application</em>
 715         <ul>
 716           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
 717             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
 718           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
 719             preferences</li>
 720           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
 721             in Jalview alignment window</li>
 722           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
 723             mountain lion, windows 7, and 8</li>
 724           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
 725             RNA and ambiguity codes</li>
 726
 727           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
 728           <li>Support fetching and database reference look up
 729             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
 730             refs')</li>
 731           <li>Jalview project improvements
 732             <ul>
 733               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
 734                 flag for annotation</li>
 735               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
 736                 alignment</li>
 737               <li>Store AACon calculation settings for a view in
 738                 Jalview project</li>
 739
 740             </ul>
 741           </li>
 742           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
 743           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
 744             running</li>
 745           <li>Simpler JABA web services menus</li>
 746           <li>visual indication that web service results are still
 747             being retrieved from server</li>
 748           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
 749             starts up for first time</li>
 750           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
 751             services</li>
 752           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
 753             client library</li>
 754           <li>Examples directory and Groovy library included in
 755             InstallAnywhere distribution</li>
 756         </ul> <em>Applet</em>
 757         <ul>
 758           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
 759             visualization applet example</li>
 760         </ul> <em>General</em>
 761         <ul>
 762           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
 763           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
 764             defaults</li>
 765           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
 766             calculation</li>
 767           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
 768             matrices
 769           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
 770             in HTML</li>
 771           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
 772             structure contacts</li>
 773           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
 774           <li>RNA base pair logo consensus</li>
 775           <li>Parse sequence associated secondary structure
 776             information in Stockholm files</li>
 777           <li>HTML Export database accessions and annotation
 778             information presented in tooltip for sequences</li>
 779           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
 780             style RNA alignment files</li>
 781           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
 782             alignment</li>
 783           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
 784             shade each sequence according to its associated alignment
 785             annotation</li>
 786           <li>New Jalview Logo</li>
 787         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 788         <ul>
 789           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
 790           <li>New Website!</li>
 791         </ul></td>
 792       <td><em>Application</em>
 793         <ul>
 794           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
 795             wsdbfetch REST service</li>
 796           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
 797           <li>Filetype associations not installed for webstart
 798             launch</li>
 799           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
 800             job execution in full once it is complete</li>
 801           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
 802             uploaded via ali_file parameter</li>
 803           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
 804           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
 805           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
 806             submitted for prediction</li>
 807           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
 808             desktop window</li>
 809           <li>Putting fractional value into integer text box in
 810             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
 811           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
 812             windows 7</li>
 813           <li>View all structures fails with exception shown in
 814             structure view</li>
 815           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
 816             escaped in a platform independent way</li>
 817           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
 818             using proxy</li>
 819           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
 820             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
 821           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
 822             failure when java web start temporary file caching is
 823             disabled</li>
 824           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
 825             results in sequence xref which includes range qualification</li>
 826           <li>Errors during processing of command line arguments
 827             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
 828           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
 829             DAS sources in sequence fetcher</li>
 830           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
 831             dialog is shown</li>
 832           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
 833           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
 834           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
 835           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
 836             on OSX Mountain Lion</li>
 837           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
 838             sequences with alignment annotation are pasted into the
 839             alignment</li>
 840           <li>Sequence associated annotation rows not associated
 841             when loaded from Jalview project</li>
 842           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
 843           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
 844             cancelled or job failed due to invalid input</li>
 845           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
 846             associated with all views</li>
 847           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
 848             annotation rows to new window</li>
 849         </ul> <em>Applet</em>
 850         <ul>
 851           <li>Sequence features are momentarily displayed before
 852             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
 853           <li>loading features via javascript API automatically
 854             enables feature display</li>
 855           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
 856             work</li>
 857         </ul> <em>General</em>
 858         <ul>
 859           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
 860           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
 861             and then deselected</li>
 862           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
 863           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
 864             coloured with clustalx</li>
 865           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
 866             exceptions and redraw errors</li>
 867           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
 868             reconfigured view</li>
 869           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
 870             colour</li>
 871           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
 872             for lots of labels</li>
 873         </ul>
 874     </tr>
 875     <tr>
 876       <td>
 877         <div align="center">
 878           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
 879         </div>
 880       </td>
 881       <td><em>Application</em>
 882         <ul>
 883           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
 884           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
 885           <li>View/alignment association menu to enable user to
 886             easily specify which alignment a multi-structure view takes
 887             its colours/correspondences from</li>
 888           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
 889           <li>Extend Jalview project to preserve associations
 890             between many alignment views and a single Jmol display</li>
 891           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
 892           <li>Annotation row column label formatting attributes
 893             stored in project file</li>
 894           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
 895             rows preserved in Jalview project file</li>
 896           <li>Visual progress indication when Jalview state is
 897             saved using Desktop window menu</li>
 898           <li>Visual indication that command line arguments are
 899             still being processed</li>
 900           <li>Groovy script execution from URL</li>
 901           <li>Colour by annotation default min and max colours in
 902             preferences</li>
 903           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
 904             alignment with sequences that have high similarity and
 905             matching IDs</li>
 906           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
 907           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
 908             structures in same window</li>
 909           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
 910           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
 911             analysis function in its own submenu</li>
 912         </ul> <em>Applet</em>
 913         <ul>
 914           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
 915             groups</li>
 916           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
 917           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
 918           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
 919           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
 920           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
 921             annotated from GFF/Jalview features files</li>
 922           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
 923           <li>Absolute paths relative to host server in applet
 924             parameters are treated as such</li>
 925           <li>New in the JalviewLite javascript API:
 926             <ul>
 927               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
 928               <li>Javascript callbacks for
 929                 <ul>
 930                   <li>Applet initialisation</li>
 931                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
 932                 </ul>
 933               </li>
 934               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
 935                 functions</li>
 936               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
 937               <li>javascript structure viewer harness to pass
 938                 messages between Jmol and Jalview when running as
 939                 distinct applets</li>
 940               <li>sortBy method</li>
 941               <li>Set of applet and application examples shipped
 942                 with documentation</li>
 943               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
 944                 javascript message exchange</li>
 945             </ul>
 946         </ul> <em>General</em>
 947         <ul>
 948           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
 949             multiple alignments</li>
 950           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
 951           <li>User configurable link to enable redirects to a
 952             www.Jalview.org mirror</li>
 953           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
 954           <li>Configurable newline string when writing alignment
 955             and other flat files</li>
 956           <li>Allow alignment annotation description lines to
 957             contain html tags</li>
 958         </ul> <em>Documentation and Development</em>
 959         <ul>
 960           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
 961             examples</li>
 962           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
 963             using a web service before displaying the result in the
 964             Jalview desktop</li>
 965           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
 966           <li>Ant target to publish example html files with applet
 967             archive</li>
 968           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
 969           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
 970         </ul></td>
 971       <td><em>Application</em>
 972         <ul>
 973           <li>User defined colourscheme throws exception when
 974             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
 975           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
 976             dialog for valid filename/format</li>
 977           <li>Cannot view associated structure for Uniprot sequence</li>
 978           <li>PDB file association breaks for Uniprot sequence
 979             P37173</li>
 980           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
 981             which sequence is to be associated with the file</li>
 982           <li>Find All raises null pointer exception when query
 983             only matches sequence IDs</li>
 984           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
 985           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
 986             2.4 cannot be loaded</li>
 987           <li>Filetype associations not installed for webstart
 988             launch</li>
 989           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
 990             with sequences in different alignments do not get coloured
 991             by their associated sequence</li>
 992           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
 993             not preserved when project is loaded</li>
 994           <li>Annotation row height and visibility attributes not
 995             stored in Jalview project</li>
 996           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
 997             Jalview project</li>
 998           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
 999           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1000             by conservation</li>
1001           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1002             created on new view</li>
1003           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1004             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1005           <li>Alignment quality not updated after alignment
1006             annotation row is hidden then shown</li>
1007           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1008             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1009           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1010             properly</li>
1011           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1012             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1013           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1014           <li>Structures imported from file and saved in project
1015             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1016           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1017             job execution in full once it is complete</li>
1018         </ul> <em>Applet</em>
1019         <ul>
1020           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1021             annotation rows are displayed</li>
1022           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1023             codebase</li>
1024           <li>View follows highlighting does not work for positions
1025             in sequences</li>
1026           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1027           <li>Export features raises exception when no features
1028             exist</li>
1029           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1030             for javascript api is modified when separator string
1031             provided as parameter</li>
1032           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1033             alignment with no existing selection</li>
1034           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1035             to applet&#39;s codebase</li>
1036           <li>Status bar not updated after finished searching and
1037             search wraps around to first result</li>
1038           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1039             several Jalview applets causes race conditions and memory
1040             leaks</li>
1041           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1042             not sent from Jmol in applet</li>
1043           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1044             applet API fatally hang browser</li>
1045         </ul> <em>General</em>
1046         <ul>
1047           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1048             position with wrapped view and hidden regions</li>
1049           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1050             with/without hidden columns</li>
1051           <li>Sequence length given in alignment properties window
1052             is off by 1</li>
1053           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1054             import PDB like structure files</li>
1055           <li>Positional search results are only highlighted
1056             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1057           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1058           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1059             given sequence position</li>
1060           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1061             output</li>
1062           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1063             from nucleotide chains correctly</li>
1064           <li>Structure colours not updated when tree partition
1065             changed in alignment</li>
1066           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1067             parsed in interleaved stockholm</li>
1068           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1069             state</li>
1070           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1071             properly</li>
1072           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1073             properly associated with their pdb files</li>
1074         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1075         <ul>
1076           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1077             ApplyCopyright tool</li>
1078         </ul></td>
1079     </tr>
1080     <tr>
1081       <td>
1082         <div align="center">
1083           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1084         </div>
1085       </td>
1086       <td><em>Application</em>
1087         <ul>
1088           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1089             contact web services</li>
1090           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1091             service job window</li>
1092           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1093         </ul></td>
1094       <td>
1095         <ul>
1096           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1097             pir file emitted by Jalview</li>
1098           <li>Existing feature settings transferred to new
1099             alignment view created from cut'n'paste</li>
1100           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1101             parsing PDB files</li>
1102           <li>Consensus and conservation annotation rows
1103             occasionally become blank for all new windows</li>
1104           <li>Exception raised when right clicking above sequences
1105             in wrapped view mode</li>
1106         </ul> <em>Application</em>
1107         <ul>
1108           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
1109             usage to hit 100% and computer to hang</li>
1110           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
1111             parameter names</li>
1112           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
1113             is down</li>
1114         </ul>
1115       </td>
1116     </tr>
1117     <tr>
1118       <td>
1119         <div align="center">
1120           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
1121         </div>
1122       </td>
1123       <td><em>Application</em>
1124         <ul>
1125           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
1126             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
1127             (JABAWS)
1128           </li>
1129           <li>Web Services preference tab</li>
1130           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
1131             preferences</li>
1132           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
1133           <li>Superpose structures using associated sequence
1134             alignment</li>
1135           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
1136             viewer</li>
1137         </ul> <em>Applet</em>
1138         <ul>
1139           <li>enable javascript: execution by the applet via the
1140             link out mechanism</li>
1141         </ul> <em>Other</em>
1142         <ul>
1143           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
1144             series 12</li>
1145           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
1146             require Java 1.5</li>
1147           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
1148             sequence annotation files</li>
1149           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
1150             type colour specification</li>
1151           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
1152             script to check if it being run in an interactive session or
1153             in a batch operation from the Jalview command line</li>
1154         </ul></td>
1155       <td>
1156         <ul>
1157           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1158             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1159         </ul> <em>Application</em>
1160         <ul>
1161           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1162             selected Regions menu item</li>
1163           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
1164             part of a valid accession ID</li>
1165           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
1166             runs out of memory</li>
1167           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
1168             analysis results</li>
1169           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
1170             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
1171           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
1172         </ul> <em>Applet</em>
1173         <ul>
1174           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
1175             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
1176             defined.</li>
1177         </ul>
1178       </td>
1179     </tr>
1180     <tr>
1181       <td>
1182         <div align="center">
1183           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
1184         </div>
1185       </td>
1186       <td></td>
1187       <td>
1188         <ul>
1189           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
1190             sequence IDs</li>
1191           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
1192             both D+E are present in over 50% of the column</li>
1193           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
1194             import correctly</li>
1195           <li>More columns get selected than were clicked on when a
1196             number of columns are hidden</li>
1197           <li>annotation label popup menu not providing correct
1198             add/hide/show options when rows are hidden or none are
1199             present</li>
1200           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
1201             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
1202           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
1203             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
1204
1205         </ul> <em>Applet</em>
1206         <ul>
1207           <li>annotation panel disappears when annotation is
1208             hidden/removed</li>
1209         </ul> <em>Application</em>
1210         <ul>
1211           <li>Alignment view not redrawn properly when new
1212             alignment opened where annotation panel is visible but no
1213             annotations are present on alignment</li>
1214           <li>pasted region containing hidden columns is
1215             incorrectly displayed in new alignment window</li>
1216           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
1217             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
1218           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
1219             selected Rregions menu item.</li>
1220           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
1221             'Un' or 'Non'conserved</li>
1222           <li>Sequence feature settings are being shared by
1223             multiple distinct alignments</li>
1224           <li>group annotation not recreated when tree partition is
1225             changed</li>
1226           <li>double click on group annotation to select sequences
1227             does not propagate to associated trees</li>
1228           <li>Mac OSX specific issues:
1229             <ul>
1230               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
1231                 window background</li>
1232               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
1233                 name set correctly</li>
1234               <li>sequence feature settings not wide enough for the
1235                 save feature colourscheme button</li>
1236             </ul>
1237           </li>
1238         </ul>
1239       </td>
1240     </tr>
1241     <tr>
1242
1243       <td>
1244         <div align="center">
1245           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
1246         </div>
1247       </td>
1248       <td><em>New Capabilities</em>
1249         <ul>
1250           <li>URL links generated from description line for
1251             regular-expression based URL links (applet and application)
1252
1253           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
1254             menu</li>
1255           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
1256             structures</li>
1257           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
1258             the currently highlighted region of an alignment.</li>
1259           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
1260             average score or total feature count for each sequence.</li>
1261           <li>Shading features by score or associated description</li>
1262           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
1263             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
1264           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
1265             hide everything but the currently selected region.</li>
1266           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
1267         </ul> <em>Application</em>
1268         <ul>
1269           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
1270             support retrieval from DAS sequence sources</li>
1271           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
1272             command line or via the Add local source dialog box.</li>
1273           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
1274             database references and protein_name is parsed as
1275             description line (BioSapiens terms).</li>
1276           <li>Enable or disable non-positional feature and database
1277             references in sequence ID tooltip from View menu in
1278             application.</li>
1279           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
1280                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
1281           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
1282             conservation plots</li>
1283           <li>Symbol distributions for each column can be exported
1284             and visualized as sequence logos</li>
1285           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
1286             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
1287           </li>
1288           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
1289             when a new tree is opened.</li>
1290           <li>Jalview Java Console</li>
1291           <li>Better placement of desktop window when moving
1292             between different screens.</li>
1293           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
1294             consensus annotation</li>
1295           <li>Client to submit sequences and IDs to <a
1296             href="webServices/index.html#envision2">Envision2</a>
1297             Workflows
1298           </li>
1299           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
1300             <ul>
1301               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
1302                 used to preserve views, structures, and tree display
1303                 settings)</li>
1304               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
1305                 command line</li>
1306               <li>Sharing of selected regions between views and
1307                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
1308               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
1309             </ul></li>
1310         </ul> <em>Applet</em>
1311         <ul>
1312           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
1313           <li>New Parameters
1314             <ul>
1315               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
1316                 associated alignment view by the tree when a new tree is
1317                 opened.</li>
1318               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
1319                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
1320               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
1321                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
1322               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
1323                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
1324                 view</li>
1325               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
1326                 increase the height or width of a cell in the alignment
1327                 grid relative to the current font size.</li>
1328             </ul>
1329           </li>
1330           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
1331             tooltip</li>
1332         </ul> <em>Other</em>
1333         <ul>
1334           <li>Features format: graduated colour definitions and
1335             specification of feature scores</li>
1336           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
1337             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
1338             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
1339           <li>XML formats extended to support graduated feature
1340             colourschemes, group associated annotation, and profile
1341             visualization settings.</li></td>
1342       <td>
1343         <ul>
1344           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
1345             rather than description</li>
1346           <li>Non-positional features are now included in sequence
1347             feature and gff files (controlled via non-positional feature
1348             visibility in tooltip).</li>
1349           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
1350           <li>Added URL embedding instructions to features file
1351             documentation.</li>
1352           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
1353             'X' in peptide product</li>
1354           <li>Match case switch in find dialog box works for both
1355             sequence ID and sequence string and query strings do not
1356             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
1357           <li>AMSA files only contain first column of
1358             multi-character column annotation labels</li>
1359           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
1360             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
1361             exported and re-imported)</li>
1362           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
1363             name</li>
1364           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
1365             as subsequence matches, and correctly reports total number
1366             of both.</li>
1367           <li>Application:
1368             <ul>
1369               <li>Better handling of exceptions during sequence
1370                 retrieval</li>
1371               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
1372                 link text excludes the start_end suffix</li>
1373               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
1374                 when fetch or registry operations in progress.</li>
1375               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
1376               <li>Sequence description lines properly shared via
1377                 VAMSAS</li>
1378               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1379                 data sources</li>
1380               <li>Ensured that command line das feature retrieval
1381                 completes before alignment figures are generated.</li>
1382               <li>Reduced time taken when opening file browser for
1383                 first time.</li>
1384               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
1385                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
1386               <li>User defined group colours properly recovered
1387                 from Jalview projects.</li>
1388             </ul>
1389           </li>
1390         </ul>
1391       </td>
1392
1393     </tr>
1394     <tr>
1395       <td>
1396         <div align="center">
1397           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
1398         </div>
1399       </td>
1400       <td>
1401         <ul>
1402           <li>Experimental support for google analytics usage
1403             tracking.</li>
1404           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
1405         </ul>
1406       </td>
1407       <td>
1408         <ul>
1409           <li>Race condition in applet preventing startup in
1410             jre1.6.0u12+.</li>
1411           <li>Exception when feature created from selection beyond
1412             length of sequence.</li>
1413           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
1414           <li>Sequence associated annotation rows associate with
1415             all sequences with a given id</li>
1416           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
1417             ID string searches</li>
1418           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
1419             alignment to fail with exception</li>
1420         </ul> <em>Application Issues</em>
1421         <ul>
1422           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
1423           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
1424             data sources</li>
1425         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
1426         <ul>
1427           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
1428             issue with installAnywhere mechanism)</li>
1429           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
1430             version (java class versioning error fixed)</li>
1431         </ul>
1432       </td>
1433     </tr>
1434     <tr>
1435       <td>
1436
1437         <div align="center">
1438           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
1439         </div>
1440       </td>
1441       <td><em>User Interface</em>
1442         <ul>
1443           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
1444             translation and protein products</li>
1445           <li>Linked highlighting of structure associated with
1446             residue mapping to codon position</li>
1447           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
1448             and 'clear' button</li>
1449           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
1450             Tools menu</li>
1451           <li>Extract score function to parse whitespace separated
1452             numeric data in description line</li>
1453           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
1454           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
1455             of sequence</li>
1456         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
1457         <ul>
1458           <li>JPred3 web service</li>
1459           <li>Prototype sequence search client (no public services
1460             available yet)</li>
1461           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
1462             PFAM</li>
1463           <li>URL Links created for matching database cross
1464             references as well as sequence ID</li>
1465           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
1466         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
1467         <ul>
1468           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
1469             databases</li>
1470           <li>Generalised database reference retrieval and
1471             validation to all fetchable databases</li>
1472           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
1473             sequence command</li>
1474         </ul> <em>Import and Export</em>
1475         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
1476         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
1477           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
1478         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
1479           File</li>
1480         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
1481           triplet as name of colourscheme</li>
1482         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
1483         <ul>
1484           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
1485           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
1486             alignments (experimental)</li>
1487           <li>Create new or select existing session to join</li>
1488           <li>load and save of vamsas documents</li>
1489         </ul> <em>Application command line</em>
1490         <ul>
1491           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
1492             from applet)</li>
1493           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
1494             of DAS servers to query for alignment features</li>
1495           <li>-dasserver command line argument to add new servers
1496             that are also automatically queried for features</li>
1497           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
1498             script after all input data has been loaded and parsed</li>
1499         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
1500         <ul>
1501           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
1502             application (when using &quot;View in full
1503             application&quot;)</li>
1504         </ul> <em>Applet Parameters</em>
1505         <ul>
1506           <li>feature group display control parameter</li>
1507           <li>debug parameter</li>
1508           <li>showbutton parameter</li>
1509         </ul> <em>Applet API methods</em>
1510         <ul>
1511           <li>newView public method</li>
1512           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
1513           <li>Feature display control methods</li>
1514           <li>get list of currently selected sequences</li>
1515         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
1516         <ul>
1517           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
1518           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
1519             Jalview release.</li>
1520           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
1521             property controls execution of obfuscator</li>
1522           <li>Build target for generating source distribution</li>
1523           <li>Debug flag for javacc</li>
1524           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
1525             jalview.bin.Cache</li>
1526           <li>Continuous Build Integration for stable and
1527             development version of Application, Applet and source
1528             distribution</li>
1529         </ul></td>
1530       <td>
1531         <ul>
1532           <li>selected region output includes visible annotations
1533             (for certain formats)</li>
1534           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
1535             for editing</li>
1536           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
1537           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
1538           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
1539           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
1540             comments</li>
1541           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
1542             filenames containing a ':'</li>
1543           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
1544             global sequence features</li>
1545           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
1546             references from alignment sequences goes to zero</li>
1547           <li>Close of tree branch colour box without colour
1548             selection causes cascading exceptions</li>
1549           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
1550           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
1551             file parsing fails.</li>
1552           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
1553           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
1554             not a valid output format</li>
1555           <li>Uniprot canonical names introduced for both das and
1556             vamsas</li>
1557           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
1558           <li>error messages passed up and output when data read
1559             fails</li>
1560           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
1561             sequence is edited</li>
1562           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
1563             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
1564           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
1565             filetype</li>
1566           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
1567             import fixed for PFAM records</li>
1568           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
1569             window list</li>
1570           <li>annotation consisting of sequence associated scores
1571             can be read and written correctly to annotation file</li>
1572           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
1573             correctly</li>
1574           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
1575             non-italic font for representatives in Applet</li>
1576           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
1577             Macs.</li>
1578           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
1579             Applet)</li>
1580           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
1581             due to null pointer exceptions</li>
1582           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
1583             first column of alignment</li>
1584           <li>Uniprot XML import updated for new schema release in
1585             July 2008</li>
1586           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
1587             file is case-insensitive</li>
1588           <li>Sequence features read from Features file appended to
1589             all sequences with matching IDs</li>
1590           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
1591             containing a sub-sequence</li>
1592           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
1593           <li>feature and annotation file applet parameters
1594             referring to different directories are retrieved correctly</li>
1595           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
1596           <li>Fixed application hang whilst waiting for
1597             splash-screen version check to complete</li>
1598           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
1599             when passing them to the launchApp service</li>
1600           <li>display name and local features preserved in results
1601             retrieved from web service</li>
1602           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
1603             sequence fetcher initialisation</li>
1604           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
1605             dasobert DAS client</li>
1606           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
1607             association</li>
1608           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
1609             sequences
1610           </li>
1611         </ul>
1612       </td>
1613     </tr>
1614     <tr>
1615       <td>
1616         <div align="center">
1617           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
1618         </div>
1619       </td>
1620       <td>
1621         <ul>
1622           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
1623           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
1624           <li>Slide sequences</li>
1625           <li>Edit sequence in place</li>
1626           <li>EMBL CDS features</li>
1627           <li>DAS Feature mapping</li>
1628           <li>Feature ordering</li>
1629           <li>Alignment Properties</li>
1630           <li>Annotation Scores</li>
1631           <li>Sort by scores</li>
1632           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
1633         </ul>
1634       </td>
1635       <td>
1636         <ul>
1637           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
1638           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
1639           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
1640           <li>Feature group display state in XML</li>
1641           <li>Feature ordering in XML</li>
1642           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
1643           <li>Stockholm alignment properties</li>
1644           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
1645           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
1646           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
1647           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
1648         </ul>
1649       </td>
1650
1651     </tr>
1652     <tr>
1653       <td>
1654         <div align="center">
1655           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
1656         </div>
1657       </td>
1658       <td>
1659         <ul>
1660           <li>Non standard characters can be read and displayed
1661           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
1662             applet via textbox
1663           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
1664             name &amp; description
1665           <li>Preference setting to display sequence name in
1666             italics
1667           <li>Annotation file format extended to allow
1668             Sequence_groups to be defined
1669           <li>Default opening of alignment overview panel can be
1670             specified in preferences
1671           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
1672             sequences
1673         </ul>
1674       </td>
1675       <td>
1676         <ul>
1677           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
1678             installed
1679           <li>Annotation file export / import bugs fixed
1680           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
1681         </ul>
1682       </td>
1683     </tr>
1684     <tr>
1685       <td>
1686         <div align="center">
1687           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
1688         </div>
1689       </td>
1690       <td>
1691         <ul>
1692           <li>Multiple views on alignment
1693           <li>Sequence feature editing
1694           <li>&quot;Reload&quot; alignment
1695           <li>&quot;Save&quot; to current filename
1696           <li>Background dependent text colour
1697           <li>Right align sequence ids
1698           <li>User-defined lower case residue colours
1699           <li>Format Menu
1700           <li>Select Menu
1701           <li>Menu item accelerator keys
1702           <li>Control-V pastes to current alignment
1703           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
1704           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
1705           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
1706
1707           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
1708         </ul>
1709       </td>
1710       <td>
1711         <ul>
1712           <li>New memory efficient Undo/Redo System
1713           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
1714             calculations
1715           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
1716             edits
1717           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
1718             of alignment)
1719           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
1720
1721           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
1722             display correctly
1723           <li>Re-instated Zoom function for PCA
1724           <li>Sequence descriptions conserved in web service
1725             analysis results
1726           <li>Uniprot ID discoverer uses any word separated by
1727             &#8739;
1728           <li>WsDbFetch query/result association resolved
1729           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
1730           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
1731
1732         </ul>
1733       </td>
1734     </tr>
1735     <tr>
1736       <td>
1737         <div align="center">
1738           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
1739         </div>
1740       </td>
1741       <td>
1742         <ul>
1743           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
1744         </ul>
1745       </td>
1746       <td>
1747         <ul>
1748           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
1749             sequence id panel has been resized</li>
1750           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
1751             rendered</li>
1752           <li>Annotation files with sequence references - all
1753             elements in file are relative to sequence position</li>
1754           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
1755         </ul>
1756       </td>
1757     </tr>
1758     <tr>
1759       <td>
1760         <div align="center">
1761           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
1762         </div>
1763       </td>
1764       <td>
1765         <ul>
1766           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
1767           <li>DAS Feature fetching</li>
1768           <li>Hide sequences and columns</li>
1769           <li>Export Annotations and Features</li>
1770           <li>GFF file reading / writing</li>
1771           <li>Associate structures with sequences from local PDB
1772             files</li>
1773           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
1774           <li>Recently opened files / URL lists</li>
1775           <li>Applet can launch the full application</li>
1776           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
1777             required)</li>
1778           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
1779           <li>Applet can load sequences from parameter
1780             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
1781           </li>
1782         </ul>
1783       </td>
1784       <td>
1785         <ul>
1786           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
1787           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
1788           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
1789         </ul>
1790       </td>
1791     </tr>
1792     <tr>
1793       <td>
1794         <div align="center">
1795           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
1796         </div>
1797       </td>
1798       <td>
1799         <ul>
1800           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
1801           <li>Choose to match case when searching</li>
1802           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
1803             expand the visible width and height of the alignment</li>
1804         </ul>
1805       </td>
1806       <td>
1807         <ul>
1808           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
1809         </ul>
1810       </td>
1811     </tr>
1812     <tr>
1813       <td>
1814         <div align="center">
1815           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
1816         </div>
1817       </td>
1818       <td>&nbsp;</td>
1819       <td>
1820         <ul>
1821           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
1822           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
1823             value</li>
1824         </ul>
1825       </td>
1826     </tr>
1827     <tr>
1828       <td>
1829         <div align="center">
1830           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
1831         </div>
1832       </td>
1833       <td>
1834         <ul>
1835           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
1836           <li>Keyboard editing</li>
1837           <li>Create sequence features from searches</li>
1838           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
1839             alignments</li>
1840           <li>Features file allows grouping of features</li>
1841           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
1842           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
1843           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
1844         </ul>
1845       </td>
1846       <td>
1847         <ul>
1848           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
1849           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
1850             descriptions saved.</li>
1851         </ul>
1852       </td>
1853     </tr>
1854     <tr>
1855       <td>
1856         <div align="center">
1857           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
1858         </div>
1859       </td>
1860       <td>
1861         <ul>
1862           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
1863           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
1864           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
1865             name for file output</li>
1866           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
1867           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
1868             used for HTML form input</li>
1869         </ul>
1870       </td>
1871       <td>
1872         <ul>
1873           <li>HTML output writes groups and features</li>
1874           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
1875           <li>File IO bugs</li>
1876         </ul>
1877       </td>
1878     </tr>
1879     <tr>
1880       <td>
1881         <div align="center">
1882           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
1883         </div>
1884       </td>
1885       <td>
1886         <ul>
1887           <li>View annotations in wrapped mode</li>
1888           <li>More options for PCA viewer</li>
1889         </ul>
1890       </td>
1891       <td>
1892         <ul>
1893           <li>GUI bugs resolved</li>
1894           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
1895         </ul>
1896       </td>
1897     </tr>
1898     <tr>
1899       <td height="63">
1900         <div align="center">
1901           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
1902         </div>
1903       </td>
1904       <td>
1905         <ul>
1906           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
1907           <li>Jar files are executable</li>
1908           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
1909         </ul>
1910       </td>
1911       <td>
1912         <ul>
1913           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
1914           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
1915           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1916         </ul>
1917       </td>
1918     </tr>
1919     <tr>
1920       <td>
1921         <div align="center">
1922           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
1923         </div>
1924       </td>
1925       <td>
1926         <ul>
1927           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
1928         </ul>
1929       </td>
1930       <td>
1931         <ul>
1932           <li>Several GUI bugs resolved</li>
1933         </ul>
1934       </td>
1935     </tr>
1936     <tr>
1937       <td>
1938         <div align="center">
1939           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
1940         </div>
1941       </td>
1942       <td>
1943         <ul>
1944           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
1945             size</li>
1946         </ul>
1947       </td>
1948       <td>
1949         <ul>
1950           <li>Improved JPred client reliability</li>
1951           <li>Improved loading of Jalview files</li>
1952         </ul>
1953       </td>
1954     </tr>
1955     <tr>
1956       <td>
1957         <div align="center">
1958           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
1959         </div>
1960       </td>
1961       <td>
1962         <ul>
1963           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
1964           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
1965           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
1966             to Colour Menu</li>
1967           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
1968           <li>Unix users can set default web browser</li>
1969           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
1970           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
1971         </ul>
1972       </td>
1973       <td>
1974         <ul>
1975           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
1976         </ul>
1977       </td>
1978     </tr>
1979     <tr>
1980       <td>
1981         <div align="center">
1982           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
1983         </div>
1984       </td>
1985       <td>&nbsp;</td>
1986       <td>
1987         <ul>
1988           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
1989             alignment order.</li>
1990         </ul>
1991       </td>
1992     </tr>
1993     <tr>
1994       <td>
1995         <div align="center">
1996           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
1997         </div>
1998       </td>
1999       <td>
2000         <ul>
2001           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2002           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2003           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2004             annotations.</li>
2005           <li>Version and build date written to build properties
2006             file.</li>
2007           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2008             at launch of Jalview.</li>
2009         </ul>
2010       </td>
2011       <td>
2012         <ul>
2013           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2014           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2015           <li>Can remove groups one by one.</li>
2016           <li>Filechooser icons installed.</li>
2017           <li>Finder ignores return character when searching.
2018             Return key will initiate a search.<br>
2019           </li>
2020         </ul>
2021       </td>
2022     </tr>
2023     <tr>
2024       <td>
2025         <div align="center">
2026           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2027         </div>
2028       </td>
2029       <td>
2030         <ul>
2031           <li>New codebase</li>
2032         </ul>
2033       </td>
2034       <td>&nbsp;</td>
2035     </tr>
2036   </table>
2037   <p>&nbsp;</p>
2038 </body>
2039 </html>