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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           <li><!--  JAL-2491 -->linked scrolling of CDS/Protein views via Overview or sequence motif search operations</li>
  83           <li><!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting with alignment and overview windows</li>
  84           <li><!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be omitted in Overview</li>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
  87               Stockholm files imported as sequence associated annotation
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
  91               extension when importing structure files without embedded
  92               names or PDB accessions
  93             </li>
  94             <li><!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be opened by double clicking gaps within sequence feature extent</li>
  95           </ul>
  96           <em>Application</em>
  97           <ul>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-2447 -->
 100               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
 101               menu to hide or show untested features in the application.
 102             </li>
 103             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
 104           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
 105           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
 106           <li><!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2</li>
 107           </ul>
 108           <em>Experimental features</em>
 109           <ul>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 112               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 113               features, and vice-versa.
 114             </li>
 115           </ul>
 116           <em>Applet</em>
 117           <ul>
 118           <li><!--  --></li>
 119           </ul>
 120           <em>Test Suite</em>
 121           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite</li>
 122           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 123           <li><!--  -->
 124           </ul>
 125           </div></td><td><div align="left">
 126           <em>General</em>
 127           <ul>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 130               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 131               this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 132             </li>
 133             <li>
 134               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 135               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 136               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 137               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 138               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 139               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 140               Jalview's PCAs were different to those produced by
 141               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 142               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 143               behaviour<br />
 144               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 145               2.10.1 mode<br />
 146               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 147               restore 2.10.2 mode
 148             </li>
 149             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 150           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 151           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 152           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 153           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 154           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 155           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 156           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 157           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 158           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 159           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 160           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 161           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 162           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 163           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 164           <li><!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for gaps before start of features</li>
 165           </ul>
 166           <em>Application</em>
 167           <ul>
 168           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 169           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 170           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 171           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 172           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 173           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 174           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 175           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 176           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 177           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 178           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 179           <li><!-- JAL-2465 -->No mappings generated between structure and sequences extracted from structure files imported via URL</li>
 180             <li>
 181               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 182               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 183               the project is loaded and the structure viewed
 184             </li>
 185             <li><!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture adjusts start position in wrap mode</li>
 186             <li><!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for ambiguous amino acids</li>
 187           </ul>
 188           <em>Applet</em>
 189           <ul>
 190           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 191           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 192           <li><!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying user-defined colourscheme doesn't restore original colourscheme</li>
 193           </ul>
 194           <em>New Known Issues</em>
 195           <ul>
 196           <li><!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in phase after a sequence motif find operation</li>
 197           <li><!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows containing just upper and lower case letters are interpreted as WUSS rna secondary structure symbols</li>
 198           </ul>
 199
 200           </div>
 201     <tr>
 202       <td width="60" nowrap>
 203         <div align="center">
 204           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 205             <em>29/11/2016</em></strong>
 206         </div>
 207       </td>
 208       <td><div align="left">
 209           <em>General</em>
 210           <ul>
 211             <li>
 212               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 213               for all consensus calculations
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 217             </li>
 218             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 219               for 2016-2017</li>
 220           </ul>
 221           <em>Application</em>
 222           <ul>
 223             <li>
 224               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 225               set of database cross-references, sorted alphabetically
 226             </li>
 227             <li>
 228               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 229               from database cross references. Users with custom links
 230               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 231                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 235               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 236               Chimera session
 237             </li>
 238             <li>
 239               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 240               the Chimera it is connected to is shut down
 241             </li>
 242             <li>
 243               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 244               columns menu item to mark columns containing
 245               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 246               of a Find operation)
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 250               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 251               MSAviewer
 252             </li>
 253           </ul>
 254         </div></td>
 255       <td>
 256         <div align="left">
 257           <em>General</em>
 258           <ul>
 259             <li>
 260               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 261               are not coloured or thresholded according to percent
 262               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 266               hydrophobic
 267             </li>
 268             <li>
 269               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 270               threshold, amino acid properties)
 271             </li>
 272             <li>
 273               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 274               reported as mapped to residues in a structure file in the
 275               View Mapping report
 276             </li>
 277             <li>
 278               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 279               could be added multiple times to a sequence
 280             </li>
 281             <li>
 282               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 283               bond features shown as two highlighted residues rather
 284               than a range in linked structure views, and treated
 285               correctly when selecting and computing trees from features
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 289               cross-references are matched to database name regardless
 290               of case
 291             </li>
 292
 293           </ul>
 294           <em>Application</em>
 295           <ul>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 298               names without regular expressions also offer links from
 299               Sequence ID
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 303               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 304               update Jalview configuration
 305             </li>
 306             <li>
 307               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 308               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 309             </li>
 310             <li>
 311               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 312               files with similarly named sequences if dropped onto the
 313               alignment
 314             </li>
 315             <li>
 316               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 317               entries where more chains exist in the PDB accession than
 318               are reported in the SIFTS file
 319             </li>
 320             <li>
 321               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 322               the structure view when displayed with Chimera
 323             </li>
 324             <li>
 325               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 326               panel's View->Show Chains submenu
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 330               work for wrapped alignment views
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 334               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 338               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 339               first annotation row
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 343               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 344             </li>
 345             <li>
 346             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 347             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 348           </ul>
 349 <!--           <em>New Known Issues</em>
 350           <ul>
 351             <li></li>
 352           </ul> -->
 353         </div>
 354       </td>
 355     </tr>
 356       <td width="60" nowrap>
 357         <div align="center">
 358           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 359             <em>25/10/2016</em></strong>
 360         </div>
 361       </td>
 362       <td><em>Application</em>
 363         <ul>
 364           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 365             view if structures already loaded</li>
 366           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 367             structure views</li>
 368         </ul></td>
 369       <td>
 370         <div align="left">
 371           <em>General</em>
 372           <ul>
 373             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 374               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 375             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 376               example sequences/projects/trees</li>
 377           </ul>
 378           <em>Application</em>
 379           <ul>
 380             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 381               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 382             <li>Multiple structure views can be opened and
 383               superposed without timeout for structures with multiple
 384               models or multiple sequences in alignment</li>
 385             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 386               a PDB ID HEADER line</li>
 387             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 388               superposition is performed</li>
 389             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 390               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 391             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 392             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 393               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 394               Refs UI option</li>
 395             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 396               view is created on the alignment</li>
 397             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 398               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 399               to open group pop-up menu</li>
 400           </ul>
 401           <em>Build and deployment</em>
 402           <ul>
 403             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 404               tags</li>
 405           </ul>
 406           <em>New Known Issues</em>
 407           <ul>
 408             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 409               work on Windows</li>
 410           </ul>
 411         </div>
 412       </td>
 413     </tr>
 414     <tr>
 415       <td width="60" nowrap>
 416         <div align="center">
 417           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 418         </div>
 419       </td>
 420       <td><em>General</em>
 421         <ul>
 422           <li>
 423           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 424           </li>
 425           <li>
 426             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 427             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 428             better PDB parsing.
 429           </li>
 430           <li>
 431             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 432             reference sequence
 433           </li>
 434           <li>
 435             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 436             mousing over sequence associated annotation
 437           </li>
 438           <li>
 439             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 440             for manual entry
 441           </li>
 442           <li>
 443             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 444             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 445             for each column
 446           </li>
 447           <li>
 448             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 449             showing or hiding columns containing a feature
 450           </li>
 451           <li>
 452             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 453             group and sequence associated annotation labels
 454           </li>
 455           <li>
 456             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 457             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 458             dialogs
 459           </li>
 460
 461         </ul> <em>Application</em>
 462         <ul>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 465             gene/transcript view
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 469             dialog
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 473             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 477             Pfam sources to xfam.org
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 481           </li>
 482           <li>
 483             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 484             over sequences in Jalview
 485           </li>
 486           <li>
 487             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 488             regions in ENA and EMBL
 489           </li>
 490           <li>
 491             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 492             for record retrieval via ENA rest API
 493           </li>
 494           <li>
 495             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 496             complement operator
 497           </li>
 498           <li>
 499             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 500             groovy script execution
 501           </li>
 502           <li>
 503             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 504             alignment window's Calculate menu
 505           </li>
 506           <li>
 507             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 508             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 509           </li>
 510           <li>
 511             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 512             calculation workers from groovy scripts
 513           </li>
 514           <li>
 515             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 516             Jalview projects
 517           </li>
 518           <li>
 519             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 520             associations are now saved/restored from project
 521           </li>
 522           <li>
 523             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 524             before sequence fetcher is opened
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 528             database chooser opens a sequence fetcher
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 532             the UniProt REST API
 533           </li>
 534           <li>
 535             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 536             the news reader opening
 537           </li>
 538           <li>
 539             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 540             querying stored in preferences
 541           </li>
 542           <li>
 543             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 544             search results
 545           </li>
 546           <li>
 547             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 551             menu for nucleotide sequences
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 555             and feature counts preserves alignment ordering (and
 556             debugged for complex feature sets).
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 560             viewing structures with Jalview 2.10
 561           </li>
 562           <li>
 563             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 564             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 565             Ensembl Genomes REST API
 566           </li>
 567           <li>
 568             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 569             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 570             (Ensembl)
 571           </li>
 572           <li>
 573             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 574             sequences
 575           </li>
 576           <li>
 577             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 578             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 579             data from external database records.
 580           </li>
 581           <li>
 582             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 583             efficient recovery of sequence coding and alignment
 584             annotation relationships.
 585           </li>
 586         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 587         <ul>
 588           <li>
 589             -- JAL---
 590           </li>
 591         </ul> --></td>
 592       <td>
 593         <div align="left">
 594           <em>General</em>
 595           <ul>
 596             <li>
 597               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 598               menu on OSX
 599             </li>
 600             <li>
 601               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 602               includes graduated colourschemes
 603             </li>
 604             <li>
 605               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 606               working with big alignments and lots of hidden columns
 607             </li>
 608             <li>
 609               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 610               at right of alignment window
 611             </li>
 612             <li>
 613               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 614               contents
 615             </li>
 616             <li>
 617               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 618               for DNA alignments
 619             </li>
 620             <li>
 621               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 622               based tree calculation
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 626               unconserved enabled for group on alignment
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 630               set as reference
 631             </li>
 632             <li>
 633               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 634               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 635               annotation
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 639               hidden columns present
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 643               user created annotation added to alignment
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 647               '()' base pair annotation
 648             </li>
 649             <li>
 650               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 651               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 652               Consensus
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 656               feature not working
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 660               beginning of sequence
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 664               entry 3a6s
 665             </li>
 666             <li>
 667               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 668               from a tree when t-coffee scores are shown
 669             </li>
 670             <li>
 671               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 672               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 673             </li>
 674             <li>
 675               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 676               some structures
 677             </li>
 678             <li>
 679               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 680               to Clustal, PIR and PileUp output
 681             </li>
 682             <li>
 683               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 684               not visible causes alignment window to repaint
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 688               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 689               scores associated with features and annotation rows
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 693               calculation should be case independent
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 697               columns
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 701               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 702               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 703             </li>
 704             <li>
 705               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 706               problems when reference sequence defined and 'show
 707               non-conserved' enabled
 708             </li>
 709             <li>
 710               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 711               load even when Consensus calculation is disabled
 712             </li>
 713             <li>
 714               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 715               alignment does nothing
 716             </li>
 717           </ul>
 718           <em>Application</em>
 719           <ul>
 720             <li>
 721               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 722               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 723               yet fixed for El Capitan)
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 727               output when running on non-gb/us i18n platforms
 728             </li>
 729             <li>
 730               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 731               hidden sequences as flat-file alignment
 732             </li>
 733             <li>
 734               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 735               launching Chimera
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 739               (also hotfix for 2.9.0b2)
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 743               reference sequence defined
 744             </li>
 745             <li>
 746               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 747               alignments and views when revealing hidden columns
 748             </li>
 749             <li>
 750               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 751               view in a cDNA/Protein splitframe
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 755               sequence from project when only one sequence is
 756               represented
 757             </li>
 758             <li>
 759               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 760               in Structure Chooser
 761             </li>
 762             <li>
 763               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 764               structure consensus didn't refresh annotation panel
 765             </li>
 766             <li>
 767               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 768               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 769             </li>
 770             <li>
 771               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 772               dialogs format columns correctly, don't display array
 773               data, sort columns according to type
 774             </li>
 775             <li>
 776               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 777               file chooser is cancelled during an image export
 778             </li>
 779             <li>
 780               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 781               sequence name containing special characters
 782             </li>
 783             <li>
 784               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 785               case insensitive
 786             </li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 789               formatting don't wrap
 790             </li>
 791             <li>
 792               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 793               truncated so L looks like I in consensus annotation
 794             </li>
 795             <li>
 796               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 797               currently displayed features for the current selection or
 798               view
 799             </li>
 800             <li>
 801               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 802               after fetching cross-references, and restoring from project
 803             </li>
 804             <li>
 805               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 806               followed in the structure viewer
 807             </li>
 808             <li>
 809               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 810               splitframe not restored from project
 811             </li>
 812             <li>
 813               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 814               trailing end of protein alignment in transcript/product
 815               splitview when pad-gaps not enabled by default
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 819               is case dependent
 820             </li>
 821             <li>
 822               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 823               article has been read (reopened issue due to
 824               internationalisation problems)
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 828               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 829               cross-references
 830             </li>
 831
 832             <li>
 833               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 834               alignment as HTML
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 838               multiple structures are shown for one or more sequences.
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 842               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 843               is enabled.
 844             </li>
 845             <li>
 846               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 847               specific PDB id for sequence
 848             </li>
 849             <li>
 850               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 851               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 852               columns' is disabled.
 853             </li>
 854             <li>
 855               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 856               selects lowest rather than highest resolution structures
 857               for each sequence
 858             </li>
 859             <li>
 860               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 861               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 862             </li>
 863             <li>
 864               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 865               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 866             </li>
 867             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 868               after clicking on it to create new annotation for a
 869               column.
 870             </li>
 871             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 872             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 873           </ul>
 874           <em>Applet</em>
 875           <ul>
 876             <li>
 877               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 878               hidden columns present before start of sequence
 879             </li>
 880             <li>
 881               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 882               (JSON jars)
 883             </li>
 884             <li>
 885               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 886               sequences are hidden in applet
 887             </li>
 888             <li>
 889               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 890               deployment on examples pages.
 891             </li>
 892           </ul>
 893         </div>
 894       </td>
 895     </tr>
 896     <tr>
 897       <td width="60" nowrap>
 898         <div align="center">
 899           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 900             <em>16/10/2015</em></strong>
 901         </div>
 902       </td>
 903       <td><em>General</em>
 904         <ul>
 905           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 906             jars</li>
 907         </ul></td>
 908       <td>
 909         <div align="left">
 910           <em>Application</em>
 911           <ul>
 912             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 913               shown when tree is partitioned</li>
 914             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 915               multiple cDNA/Protein split views</li>
 916           </ul>
 917         </div>
 918       </td>
 919     </tr>
 920     <tr>
 921       <td width="60" nowrap>
 922         <div align="center">
 923           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 924             <em>8/10/2015</em></strong>
 925         </div>
 926       </td>
 927       <td><em>General</em>
 928         <ul>
 929           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 930             2.9</li>
 931         </ul> <em>Application</em>
 932         <ul>
 933           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 934           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 935           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 936         </ul> <em>Applet</em>
 937         <ul>
 938           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 939         </ul><em>Build and Deployment</em>
 940         <ul>
 941           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 942         </ul></td>
 943       <td>
 944         <div align="left">
 945           <em>General</em>
 946           <ul>
 947             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 948               incorrect when sequence start > 1</li>
 949             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 950               documentation</li>
 951             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 952             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 953               loading a features file containing HTML tags in feature
 954               description</li>
 955
 956           </ul>
 957           <em>Application</em>
 958           <ul>
 959             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 960               reimport</li>
 961             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 962               with 'trim retrieved sequences'</li>
 963             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 964               deleting selected columns</li>
 965             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 966               JNLP templates for webstart launch</li>
 967             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 968               unreleased structures for download or viewing</li>
 969             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 970               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 971             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 972               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 973             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 974               recovered from jalview project</li>
 975             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 976               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 977               alignment view</li>
 978             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 979               color schemes from BioJSON</li>
 980           </ul>
 981           <em>Applet</em>
 982           <ul>
 983             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 984               frame</li>
 985             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 986           </ul>
 987         </div>
 988       </td>
 989     </tr>
 990     <tr>
 991       <td><div align="center">
 992           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 993         </div></td>
 994       <td><em>General</em>
 995         <ul>
 996           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 997             alignments:
 998             <ul>
 999               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1000                 and DNA alignment views</li>
1001               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1002                 cDNA alignment views</li>
1003               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1004                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1005               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1006                 protein sequences</li>
1007             </ul>
1008           </li>
1009           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1010           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1011             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1012           <li>New alignment annotation file statements for
1013             reference sequences and marking hidden columns</li>
1014           <li>Reference sequence based alignment shading to
1015             highlight variation</li>
1016           <li>Select or hide columns according to alignment
1017             annotation</li>
1018           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1019           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1020             acid conservation row</li>
1021           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1022         </ul> <em>Application</em>
1023         <ul>
1024           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1025             <ul>
1026               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1027                 view with cDNA/Protein</li>
1028               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1029                 sequences are placed in the same alignment</li>
1030               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1031                 projects</li>
1032             </ul>
1033           </li>
1034
1035           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1036           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1037             Jalview windows</li>
1038
1039           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1040           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1041           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1042             be shown in VARNA</li>
1043
1044           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1045             as the active selected region</li>
1046
1047           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1048             similarity</li>
1049           <li>New Export options
1050             <ul>
1051               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1052                 region export in flat file generation</li>
1053
1054               <li>Export alignment views for display with the <a
1055                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1056
1057               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1058               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1059                 alignment figures to HTML</li>
1060           </li>
1061           <li>3D structure retrieval and display
1062             <ul>
1063               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1064                 Search API</li>
1065               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1066                 PDB structures for a sequence set</li>
1067             </ul>
1068           </li>
1069
1070           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1071             predictions</li>
1072           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1073             for one or a group of sequences</li>
1074           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1075             from the JPred4 web server</li>
1076           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1077             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1078             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1079           </li>
1080           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1081             VARNA 2D Structure'</li>
1082           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1083             Structure ..."</li>
1084
1085         </ul> <em>Applet</em>
1086         <ul>
1087           <li>New layout for applet example pages</li>
1088           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1089             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1090           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1091             Protein alignments</li>
1092         </ul> <em>Development and deployment</em>
1093         <ul>
1094           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1095           <li>Include installation type and git revision in build
1096             properties and console log output</li>
1097           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1098             storing BioJsMSA Templates</li>
1099           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1100         </ul></td>
1101       <td>
1102         <!-- <em>General</em>
1103         <ul>
1104         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1105         <ul>
1106           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1107           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1108           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1109             predictions are not highlighted in amber</li>
1110           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1111             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1112           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1113             associated structure views</li>
1114           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1115             width checkbox not enabled</li>
1116           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1117             creating user defined colours</li>
1118           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1119             mappings for just that viewer's sequences</li>
1120           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1121             multiple models in Chimera</li>
1122           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1123             over Jmol structure</li>
1124           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1125             output to text box</li>
1126           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1127             have incorrect sequence start/end</li>
1128           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1129             Jalview fails</li>
1130           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1131             work for nucleotide</li>
1132           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1133             to a grey/invisible alignment window</li>
1134           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1135             imports to different position</li>
1136           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1137             on some platforms</li>
1138           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1139             populated</li>
1140           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1141             console if Chimera has been opened</li>
1142           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1143           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1144             retrieved</li>
1145           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1146           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1147             either sequence shows on first structure</li>
1148           <li>'Show annotations' options should not make
1149             non-positional annotations visible</li>
1150           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1151             in right place after 'view flanking regions'</li>
1152           <li>File Save As type unset when current file format is
1153             unknown</li>
1154           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1155             projects</li>
1156           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1157             responsive</li>
1158           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1159             several views on same alignment</li>
1160           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1161           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1162             spaces</li>
1163         </ul> <em>Applet</em>
1164         <ul>
1165           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1166           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1167             descriptions containing angle brackets</li>
1168         </ul> <em>General</em>
1169         <ul>
1170           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1171             via jalview annotation file</li>
1172           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1173             with RNA secondary structure</li>
1174           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1175             translation doesn't work.</li>
1176           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1177           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1178             positions</li>
1179           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1180             choosing 1pt font</li>
1181           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1182             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1183             'h'</li>
1184           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1185             new feature</li>
1186           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1187             order dependent</li>
1188           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1189             sequences</li>
1190           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1191         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1192         <ul>
1193           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1194             www.jalview.org</li>
1195         </ul> <em>Application Known issues</em>
1196         <ul>
1197           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1198           <li>Misleading message appears after trying to delete
1199             solid column.</li>
1200           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1201             version launches</li>
1202           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1203             fails with a sequence mismatch</li>
1204           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1205             scrolling alignment to right</li>
1206           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1207             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1208           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1209             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1210           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1211             ultra-high resolution</li>
1212           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1213             quality and conservation</li>
1214           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1215             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1216         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1217         <ul>
1218           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1219           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1220             window is being resized</li>
1221
1222         </ul>
1223       </td>
1224     </tr>
1225     <tr>
1226       <td><div align="center">
1227           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1228         </div></td>
1229       <td><em>General</em>
1230         <ul>
1231           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1232             Certum.PL.</li>
1233           <li>Features and annotation preserved when performing
1234             pairwise alignment</li>
1235           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1236             imported/exported/displayed</li>
1237           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1238             protein secondary structure</li>
1239           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1240               post-hoc with 2.9 release</em>)
1241           </li>
1242
1243         </ul> <em>Application</em>
1244         <ul>
1245           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1246             with 3D structures</li>
1247           <li>Support for parsing RNAML</li>
1248           <li>Annotations menu for layout
1249             <ul>
1250               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1251               <li>place sequence annotation above/below alignment
1252                 annotation</li>
1253             </ul>
1254           <li>Output in Stockholm format</li>
1255           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1256             translation</li>
1257           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1258           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1259             shared between alignments</li>
1260           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1261             Jalview</li>
1262           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1263             all or current selection</li>
1264           <li>disorder and secondary structure predictions
1265             available as dataset annotation</li>
1266           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1267
1268
1269           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1270             alignments from Rfam</li>
1271           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1272
1273           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1274             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1275           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1276           <li>include installation type in build properties and
1277             console log output</li>
1278           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1279             annotation</li>
1280         </ul></td>
1281       <td>
1282         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1283         <ul>
1284           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1285             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1286           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1287             alignment</li>
1288           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1289           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1290           <li>Double click on sequence associated annotation
1291             selects only first column</li>
1292           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1293             leaves shown in tree</li>
1294           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1295             properly</li>
1296           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1297           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1298             screen and buttons not visible</li>
1299           <li>author list isn't updated if already written to
1300             Jalview properties</li>
1301           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1302             from database</li>
1303           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1304           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1305             browser search window</li>
1306           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1307             in feature settings dialog</li>
1308           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1309             desktop</li>
1310           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1311             pass validation</li>
1312           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1313             fit on screen</li>
1314           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1315             tooltip</li>
1316           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1317             defined user preset</li>
1318           <li>MSA web services warns user if they were launched
1319             with invalid input</li>
1320           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1321             Java 8</li>
1322           <li>
1323             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1324             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1325             created
1326           </li>
1327
1328         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1329                                 <ul>
1330                                 </ul> <em>General</em>
1331                                 <ul>
1332                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1333         <ul>
1334           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1335             memory allocation</li>
1336           <li>launchApp service doesn't automatically open
1337             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1338           <li>
1339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1340             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1341             1.7_055 is available
1342           </li>
1343         </ul> <em>Application Known issues</em>
1344         <ul>
1345           <li>
1346             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1347             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1348             alignment to right
1349           </li>
1350           <li>
1351             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1352             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1353             with large number of ID
1354           </li>
1355           <li>
1356             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1357             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1358             start/end
1359           </li>
1360           <li>
1361             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1362             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1363             structure tracks are rearranged
1364           </li>
1365           <li>
1366             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1367             invalid rna structure positional highlighting does not
1368             highlight position of invalid base pairs
1369           </li>
1370           <li>
1371             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1372             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1373             project from alignment window file menu
1374           </li>
1375           <li>
1376             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1377             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1378             structures
1379           </li>
1380           <li>
1381             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1382             colour by RNA Helices not enabled when user created
1383             annotation added to alignment
1384           </li>
1385           <li>
1386             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1387             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1388           </li>
1389         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1390         <ul>
1391           <li>
1392             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1393             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1397             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1398           </li>
1399
1400           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1401             when selected</li>
1402         </ul>
1403       </td>
1404     </tr>
1405     <tr>
1406       <td><div align="center">
1407           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1408         </div></td>
1409       <td>
1410         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1411         <em>General</em>
1412         <ul>
1413           <li>Internationalisation of user interface (usually
1414             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1415           <li>Define/Undefine group on current selection with
1416             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1417           <li>Improved group creation/removal options in
1418             alignment/sequence Popup menu</li>
1419           <li>Sensible precision for symbol distribution
1420             percentages shown in logo tooltip.</li>
1421           <li>Annotation panel height set according to amount of
1422             annotation when alignment first opened</li>
1423         </ul> <em>Application</em>
1424         <ul>
1425           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1426             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1427           <li>Select columns containing particular features from
1428             Feature Settings dialog</li>
1429           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1430             sequences</li>
1431           <li>Update Jalview project format:
1432             <ul>
1433               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1434               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1435                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1436               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1437                 colouring</li>
1438             </ul>
1439           </li>
1440           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1441             (PAM250)</li>
1442           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1443             flanking regions for an alignment</li>
1444         </ul>
1445       </td>
1446       <td>
1447         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1448         <ul>
1449           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1450             running after job is cancelled</li>
1451           <li>cannot export features from alignments imported from
1452             Jalview/VAMSAS projects</li>
1453           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1454             float values</li>
1455           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1456             have 'display all symbols' flag set</li>
1457           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1458             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1459           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1460             Jalview</li>
1461           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1462             Lion/Webstart</li>
1463           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1464           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1465           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1466             alignment onto desktop</li>
1467           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1468             'extract scores' function</li>
1469           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1470             alignment window</li>
1471           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1472             performing IUPred disorder prediction</li>
1473           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1474             changing 'normalise logo' display setting</li>
1475           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1476             nothing matches query</li>
1477           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1478             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1479           </li>
1480           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1481             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1482           </li>
1483           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1484             Jalview's menu</li>
1485           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1486             'invalid literal/length code'</li>
1487           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1488             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1489           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1490             colourscheme</li>
1491
1492         </ul> <em>Applet</em>
1493         <ul>
1494           <li>Remove group option is shown even when selection is
1495             not a group</li>
1496           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1497             don't affect groups</li>
1498           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1499             colourscheme name</li>
1500           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1501             Annotation panel is not displayed</li>
1502           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1503             embedded windows</li>
1504         </ul> <em>Other</em>
1505         <ul>
1506           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1507             single sequence were not calculated</li>
1508           <li>annotation files that contain only groups imported as
1509             annotation and junk sequences</li>
1510           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1511             recognised as PFAM or BLC</li>
1512           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1513             doesn't affect background (2.8.0b1)
1514           <li></li>
1515           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1516           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1517             trailing gaps</li>
1518           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1519             registered correctly on import</li>
1520           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1521             certain alignments</li>
1522           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1523             existing annotation based 'use original colours'
1524             colourscheme loses original colours setting</li>
1525         </ul>
1526       </td>
1527     </tr>
1528     <tr>
1529       <td><div align="center">
1530           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1531             <em>30/1/2014</em></strong>
1532         </div></td>
1533       <td>
1534         <ul>
1535           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1536             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1537             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1538             open source project).
1539           </li>
1540           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1541           </li>
1542           <li>Output in Stockholm format</li>
1543           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1544           <li>Export/import group and sequence associated line
1545             graph thresholds</li>
1546           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1547             ambiguity codes</li>
1548           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1549             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1550             works</li>
1551           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1552         </ul> <em>Other improvements</em>
1553         <ul>
1554           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1555           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1556             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1557           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1558             files</li>
1559           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1560           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1561             link but no description</li>
1562           <li>Select primary source when selecting authority in
1563             database fetcher GUI</li>
1564           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1565             Jalview</li>
1566           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1567         </ul>
1568       </td>
1569       <td>
1570         <ul>
1571           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1572             displayed</li>
1573           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1574             secondary structure annotation line</li>
1575           <li>Sequence database accessions not imported when
1576             fetching alignments from Rfam</li>
1577           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1578             identical IDs</li>
1579           <li>View all structures does not always superpose
1580             structures</li>
1581           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1582             reflect user or preset settings</li>
1583           <li>Null pointer exceptions for some services without
1584             presets or adjustable parameters</li>
1585           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1586             discover PDB xRefs</li>
1587           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1588             features with DAS</li>
1589           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1590             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1591           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1592             residue follows a gap</li>
1593           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1594             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1595           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1596             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1597           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1598             annotation already exists on alignment</li>
1599           <li>oninit javascript function should be called after
1600             initialisation completes</li>
1601           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1602             alignment window display</li>
1603           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1604           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1605             to annotation file</li>
1606           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1607             groups created</li>
1608           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1609             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1610           <li>Pressing return several times causes Number Format
1611             exceptions in keyboard mode</li>
1612           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1613             correct partitions for input data</li>
1614           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1615           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1616           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1617           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1618             mode</li>
1619           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1620             changes one row&#39;s threshold</li>
1621           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1622             doesn&#39;t open</li>
1623           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1624             quality histograms</li>
1625         </ul>
1626       </td>
1627     </tr>
1628     <tr>
1629       <td><div align="center">
1630           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1631         </div></td>
1632       <td><em>Application</em>
1633         <ul>
1634           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1635             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1636           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1637             preferences</li>
1638           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1639             in Jalview alignment window</li>
1640           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1641             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1642           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1643             RNA and ambiguity codes</li>
1644
1645           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1646           <li>Support fetching and database reference look up
1647             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1648             refs')</li>
1649           <li>Jalview project improvements
1650             <ul>
1651               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1652                 flag for annotation</li>
1653               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1654                 alignment</li>
1655               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1656                 Jalview project</li>
1657
1658             </ul>
1659           </li>
1660           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1661           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1662             running</li>
1663           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1664           <li>visual indication that web service results are still
1665             being retrieved from server</li>
1666           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1667             starts up for first time</li>
1668           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1669             services</li>
1670           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1671             client library</li>
1672           <li>Examples directory and Groovy library included in
1673             InstallAnywhere distribution</li>
1674         </ul> <em>Applet</em>
1675         <ul>
1676           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1677             visualization applet example</li>
1678         </ul> <em>General</em>
1679         <ul>
1680           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1681           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1682             defaults</li>
1683           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1684             calculation</li>
1685           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1686             matrices
1687           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1688             in HTML</li>
1689           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1690             structure contacts</li>
1691           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1692           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1693           <li>Parse sequence associated secondary structure
1694             information in Stockholm files</li>
1695           <li>HTML Export database accessions and annotation
1696             information presented in tooltip for sequences</li>
1697           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1698             style RNA alignment files</li>
1699           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1700             alignment</li>
1701           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1702             shade each sequence according to its associated alignment
1703             annotation</li>
1704           <li>New Jalview Logo</li>
1705         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1706         <ul>
1707           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1708           <li>New Website!</li>
1709         </ul></td>
1710       <td><em>Application</em>
1711         <ul>
1712           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1713             wsdbfetch REST service</li>
1714           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1715           <li>Filetype associations not installed for webstart
1716             launch</li>
1717           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1718             job execution in full once it is complete</li>
1719           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1720             uploaded via ali_file parameter</li>
1721           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1722           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1723           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1724             submitted for prediction</li>
1725           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1726             desktop window</li>
1727           <li>Putting fractional value into integer text box in
1728             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1729           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1730             windows 7</li>
1731           <li>View all structures fails with exception shown in
1732             structure view</li>
1733           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1734             escaped in a platform independent way</li>
1735           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1736             using proxy</li>
1737           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1738             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1739           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1740             failure when java web start temporary file caching is
1741             disabled</li>
1742           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1743             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1744           <li>Errors during processing of command line arguments
1745             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1746           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1747             DAS sources in sequence fetcher</li>
1748           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1749             dialog is shown</li>
1750           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1751           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1752           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1753           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1754             on OSX Mountain Lion</li>
1755           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1756             sequences with alignment annotation are pasted into the
1757             alignment</li>
1758           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1759             when loaded from Jalview project</li>
1760           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1761           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1762             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1763           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1764             associated with all views</li>
1765           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1766             annotation rows to new window</li>
1767         </ul> <em>Applet</em>
1768         <ul>
1769           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1770             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1771           <li>loading features via javascript API automatically
1772             enables feature display</li>
1773           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1774             work</li>
1775         </ul> <em>General</em>
1776         <ul>
1777           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1778           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1779             and then deselected</li>
1780           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1781           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1782             coloured with clustalx</li>
1783           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1784             exceptions and redraw errors</li>
1785           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1786             reconfigured view</li>
1787           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1788             colour</li>
1789           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1790             for lots of labels</li>
1791         </ul>
1792     </tr>
1793     <tr>
1794       <td>
1795         <div align="center">
1796           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1797         </div>
1798       </td>
1799       <td><em>Application</em>
1800         <ul>
1801           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1802           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1803           <li>View/alignment association menu to enable user to
1804             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1805             its colours/correspondences from</li>
1806           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1807           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1808             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1809           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1810           <li>Annotation row column label formatting attributes
1811             stored in project file</li>
1812           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1813             rows preserved in Jalview project file</li>
1814           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1815             saved using Desktop window menu</li>
1816           <li>Visual indication that command line arguments are
1817             still being processed</li>
1818           <li>Groovy script execution from URL</li>
1819           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1820             preferences</li>
1821           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1822             alignment with sequences that have high similarity and
1823             matching IDs</li>
1824           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1825           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1826             structures in same window</li>
1827           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1828           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1829             analysis function in its own submenu</li>
1830         </ul> <em>Applet</em>
1831         <ul>
1832           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1833             groups</li>
1834           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1835           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1836           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1837           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1838           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1839             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1840           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1841           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1842             parameters are treated as such</li>
1843           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1844             <ul>
1845               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1846               <li>Javascript callbacks for
1847                 <ul>
1848                   <li>Applet initialisation</li>
1849                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1850                 </ul>
1851               </li>
1852               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1853                 functions</li>
1854               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1855               <li>javascript structure viewer harness to pass
1856                 messages between Jmol and Jalview when running as
1857                 distinct applets</li>
1858               <li>sortBy method</li>
1859               <li>Set of applet and application examples shipped
1860                 with documentation</li>
1861               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1862                 javascript message exchange</li>
1863             </ul>
1864         </ul> <em>General</em>
1865         <ul>
1866           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1867             multiple alignments</li>
1868           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1869           <li>User configurable link to enable redirects to a
1870             www.Jalview.org mirror</li>
1871           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1872           <li>Configurable newline string when writing alignment
1873             and other flat files</li>
1874           <li>Allow alignment annotation description lines to
1875             contain html tags</li>
1876         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1877         <ul>
1878           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1879             examples</li>
1880           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1881             using a web service before displaying the result in the
1882             Jalview desktop</li>
1883           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1884           <li>Ant target to publish example html files with applet
1885             archive</li>
1886           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1887           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1888         </ul></td>
1889       <td><em>Application</em>
1890         <ul>
1891           <li>User defined colourscheme throws exception when
1892             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1893           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1894             dialog for valid filename/format</li>
1895           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1896           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1897             P37173</li>
1898           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1899             which sequence is to be associated with the file</li>
1900           <li>Find All raises null pointer exception when query
1901             only matches sequence IDs</li>
1902           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1903           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1904             2.4 cannot be loaded</li>
1905           <li>Filetype associations not installed for webstart
1906             launch</li>
1907           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1908             with sequences in different alignments do not get coloured
1909             by their associated sequence</li>
1910           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1911             not preserved when project is loaded</li>
1912           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1913             stored in Jalview project</li>
1914           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1915             Jalview project</li>
1916           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1917           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1918             by conservation</li>
1919           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1920             created on new view</li>
1921           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1922             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1923           <li>Alignment quality not updated after alignment
1924             annotation row is hidden then shown</li>
1925           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1926             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1927           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1928             properly</li>
1929           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1930             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1931           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1932           <li>Structures imported from file and saved in project
1933             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1934           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1935             job execution in full once it is complete</li>
1936         </ul> <em>Applet</em>
1937         <ul>
1938           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1939             annotation rows are displayed</li>
1940           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1941             codebase</li>
1942           <li>View follows highlighting does not work for positions
1943             in sequences</li>
1944           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1945           <li>Export features raises exception when no features
1946             exist</li>
1947           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1948             for javascript api is modified when separator string
1949             provided as parameter</li>
1950           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1951             alignment with no existing selection</li>
1952           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1953             to applet&#39;s codebase</li>
1954           <li>Status bar not updated after finished searching and
1955             search wraps around to first result</li>
1956           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1957             several Jalview applets causes race conditions and memory
1958             leaks</li>
1959           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1960             not sent from Jmol in applet</li>
1961           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1962             applet API fatally hang browser</li>
1963         </ul> <em>General</em>
1964         <ul>
1965           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1966             position with wrapped view and hidden regions</li>
1967           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1968             with/without hidden columns</li>
1969           <li>Sequence length given in alignment properties window
1970             is off by 1</li>
1971           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1972             import PDB like structure files</li>
1973           <li>Positional search results are only highlighted
1974             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1975           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1976           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1977             given sequence position</li>
1978           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1979             output</li>
1980           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1981             from nucleotide chains correctly</li>
1982           <li>Structure colours not updated when tree partition
1983             changed in alignment</li>
1984           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1985             parsed in interleaved stockholm</li>
1986           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1987             state</li>
1988           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1989             properly</li>
1990           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1991             properly associated with their pdb files</li>
1992         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1993         <ul>
1994           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1995             ApplyCopyright tool</li>
1996         </ul></td>
1997     </tr>
1998     <tr>
1999       <td>
2000         <div align="center">
2001           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2002         </div>
2003       </td>
2004       <td><em>Application</em>
2005         <ul>
2006           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2007             contact web services</li>
2008           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2009             service job window</li>
2010           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2011         </ul></td>
2012       <td>
2013         <ul>
2014           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2015             pir file emitted by Jalview</li>
2016           <li>Existing feature settings transferred to new
2017             alignment view created from cut'n'paste</li>
2018           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2019             parsing PDB files</li>
2020           <li>Consensus and conservation annotation rows
2021             occasionally become blank for all new windows</li>
2022           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2023             in wrapped view mode</li>
2024         </ul> <em>Application</em>
2025         <ul>
2026           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2027             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2028           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2029             parameter names</li>
2030           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2031             is down</li>
2032         </ul>
2033       </td>
2034     </tr>
2035     <tr>
2036       <td>
2037         <div align="center">
2038           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2039         </div>
2040       </td>
2041       <td><em>Application</em>
2042         <ul>
2043           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2044             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2045             (JABAWS)
2046           </li>
2047           <li>Web Services preference tab</li>
2048           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2049             preferences</li>
2050           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2051           <li>Superpose structures using associated sequence
2052             alignment</li>
2053           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2054             viewer</li>
2055         </ul> <em>Applet</em>
2056         <ul>
2057           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2058             link out mechanism</li>
2059         </ul> <em>Other</em>
2060         <ul>
2061           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2062             series 12</li>
2063           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2064             require Java 1.5</li>
2065           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2066             sequence annotation files</li>
2067           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2068             type colour specification</li>
2069           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2070             script to check if it being run in an interactive session or
2071             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2072         </ul></td>
2073       <td>
2074         <ul>
2075           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2076             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2077         </ul> <em>Application</em>
2078         <ul>
2079           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2080             selected Regions menu item</li>
2081           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2082             part of a valid accession ID</li>
2083           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2084             runs out of memory</li>
2085           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2086             analysis results</li>
2087           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2088             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2089           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2090         </ul> <em>Applet</em>
2091         <ul>
2092           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2093             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2094             defined.</li>
2095         </ul>
2096       </td>
2097     </tr>
2098     <tr>
2099       <td>
2100         <div align="center">
2101           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2102         </div>
2103       </td>
2104       <td></td>
2105       <td>
2106         <ul>
2107           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2108             sequence IDs</li>
2109           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2110             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2111           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2112             import correctly</li>
2113           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2114             number of columns are hidden</li>
2115           <li>annotation label popup menu not providing correct
2116             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2117             present</li>
2118           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2119             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2120           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2121             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2122
2123         </ul> <em>Applet</em>
2124         <ul>
2125           <li>annotation panel disappears when annotation is
2126             hidden/removed</li>
2127         </ul> <em>Application</em>
2128         <ul>
2129           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2130             alignment opened where annotation panel is visible but no
2131             annotations are present on alignment</li>
2132           <li>pasted region containing hidden columns is
2133             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2134           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2135             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2136           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2137             selected Rregions menu item.</li>
2138           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2139             'Un' or 'Non'conserved</li>
2140           <li>Sequence feature settings are being shared by
2141             multiple distinct alignments</li>
2142           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2143             changed</li>
2144           <li>double click on group annotation to select sequences
2145             does not propagate to associated trees</li>
2146           <li>Mac OSX specific issues:
2147             <ul>
2148               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2149                 window background</li>
2150               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2151                 name set correctly</li>
2152               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2153                 save feature colourscheme button</li>
2154             </ul>
2155           </li>
2156         </ul>
2157       </td>
2158     </tr>
2159     <tr>
2160
2161       <td>
2162         <div align="center">
2163           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2164         </div>
2165       </td>
2166       <td><em>New Capabilities</em>
2167         <ul>
2168           <li>URL links generated from description line for
2169             regular-expression based URL links (applet and application)
2170
2171
2172
2173
2174
2175
2176           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2177             menu</li>
2178           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2179             structures</li>
2180           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2181             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2182           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2183             average score or total feature count for each sequence.</li>
2184           <li>Shading features by score or associated description</li>
2185           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2186             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2187           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2188             hide everything but the currently selected region.</li>
2189           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2190         </ul> <em>Application</em>
2191         <ul>
2192           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2193             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2194           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2195             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2196           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2197             database references and protein_name is parsed as
2198             description line (BioSapiens terms).</li>
2199           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2200             references in sequence ID tooltip from View menu in
2201             application.</li>
2202           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2203                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2204           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2205             conservation plots</li>
2206           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2207             and visualized as sequence logos</li>
2208           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2209             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2210           </li>
2211           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2212             when a new tree is opened.</li>
2213           <li>Jalview Java Console</li>
2214           <li>Better placement of desktop window when moving
2215             between different screens.</li>
2216           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2217             consensus annotation</li>
2218           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2219             Workflows</li>
2220           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2221             <ul>
2222               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2223                 used to preserve views, structures, and tree display
2224                 settings)</li>
2225               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2226                 command line</li>
2227               <li>Sharing of selected regions between views and
2228                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2229               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2230             </ul></li>
2231         </ul> <em>Applet</em>
2232         <ul>
2233           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2234           <li>New Parameters
2235             <ul>
2236               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2237                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2238                 opened.</li>
2239               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2240                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2241               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2242                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2243               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2244                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2245                 view</li>
2246               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2247                 increase the height or width of a cell in the alignment
2248                 grid relative to the current font size.</li>
2249             </ul>
2250           </li>
2251           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2252             tooltip</li>
2253         </ul> <em>Other</em>
2254         <ul>
2255           <li>Features format: graduated colour definitions and
2256             specification of feature scores</li>
2257           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2258             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2259             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2260           <li>XML formats extended to support graduated feature
2261             colourschemes, group associated annotation, and profile
2262             visualization settings.</li></td>
2263       <td>
2264         <ul>
2265           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2266             rather than description</li>
2267           <li>Non-positional features are now included in sequence
2268             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2269             visibility in tooltip).</li>
2270           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2271           <li>Added URL embedding instructions to features file
2272             documentation.</li>
2273           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2274             'X' in peptide product</li>
2275           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2276             sequence ID and sequence string and query strings do not
2277             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2278           <li>AMSA files only contain first column of
2279             multi-character column annotation labels</li>
2280           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2281             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2282             exported and re-imported)</li>
2283           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2284             name</li>
2285           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2286             as subsequence matches, and correctly reports total number
2287             of both.</li>
2288           <li>Application:
2289             <ul>
2290               <li>Better handling of exceptions during sequence
2291                 retrieval</li>
2292               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2293                 link text excludes the start_end suffix</li>
2294               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2295                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2296               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2297               <li>Sequence description lines properly shared via
2298                 VAMSAS</li>
2299               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2300                 data sources</li>
2301               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2302                 completes before alignment figures are generated.</li>
2303               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2304                 first time.</li>
2305               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2306                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2307               <li>User defined group colours properly recovered
2308                 from Jalview projects.</li>
2309             </ul>
2310           </li>
2311         </ul>
2312       </td>
2313
2314     </tr>
2315     <tr>
2316       <td>
2317         <div align="center">
2318           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2319         </div>
2320       </td>
2321       <td>
2322         <ul>
2323           <li>Experimental support for google analytics usage
2324             tracking.</li>
2325           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2326         </ul>
2327       </td>
2328       <td>
2329         <ul>
2330           <li>Race condition in applet preventing startup in
2331             jre1.6.0u12+.</li>
2332           <li>Exception when feature created from selection beyond
2333             length of sequence.</li>
2334           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2335           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2336             all sequences with a given id</li>
2337           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2338             ID string searches</li>
2339           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2340             alignment to fail with exception</li>
2341         </ul> <em>Application Issues</em>
2342         <ul>
2343           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2344           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2345             data sources</li>
2346         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2347         <ul>
2348           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2349             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2350           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2351             version (java class versioning error fixed)</li>
2352         </ul>
2353       </td>
2354     </tr>
2355     <tr>
2356       <td>
2357
2358         <div align="center">
2359           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2360         </div>
2361       </td>
2362       <td><em>User Interface</em>
2363         <ul>
2364           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2365             translation and protein products</li>
2366           <li>Linked highlighting of structure associated with
2367             residue mapping to codon position</li>
2368           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2369             and 'clear' button</li>
2370           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2371             Tools menu</li>
2372           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2373             numeric data in description line</li>
2374           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2375           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2376             of sequence</li>
2377         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2378         <ul>
2379           <li>JPred3 web service</li>
2380           <li>Prototype sequence search client (no public services
2381             available yet)</li>
2382           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2383             PFAM</li>
2384           <li>URL Links created for matching database cross
2385             references as well as sequence ID</li>
2386           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2387         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2388         <ul>
2389           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2390             databases</li>
2391           <li>Generalised database reference retrieval and
2392             validation to all fetchable databases</li>
2393           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2394             sequence command</li>
2395         </ul> <em>Import and Export</em>
2396         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2397         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2398           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2399         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2400           File</li>
2401         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2402           triplet as name of colourscheme</li>
2403         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2404         <ul>
2405           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2406           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2407             alignments (experimental)</li>
2408           <li>Create new or select existing session to join</li>
2409           <li>load and save of vamsas documents</li>
2410         </ul> <em>Application command line</em>
2411         <ul>
2412           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2413             from applet)</li>
2414           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2415             of DAS servers to query for alignment features</li>
2416           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2417             that are also automatically queried for features</li>
2418           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2419             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2420         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2421         <ul>
2422           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2423             application (when using &quot;View in full
2424             application&quot;)</li>
2425         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2426         <ul>
2427           <li>feature group display control parameter</li>
2428           <li>debug parameter</li>
2429           <li>showbutton parameter</li>
2430         </ul> <em>Applet API methods</em>
2431         <ul>
2432           <li>newView public method</li>
2433           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2434           <li>Feature display control methods</li>
2435           <li>get list of currently selected sequences</li>
2436         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2437         <ul>
2438           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2439           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2440             Jalview release.</li>
2441           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2442             property controls execution of obfuscator</li>
2443           <li>Build target for generating source distribution</li>
2444           <li>Debug flag for javacc</li>
2445           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2446             jalview.bin.Cache</li>
2447           <li>Continuous Build Integration for stable and
2448             development version of Application, Applet and source
2449             distribution</li>
2450         </ul></td>
2451       <td>
2452         <ul>
2453           <li>selected region output includes visible annotations
2454             (for certain formats)</li>
2455           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2456             for editing</li>
2457           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2458           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2459           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2460           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2461             comments</li>
2462           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2463             filenames containing a ':'</li>
2464           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2465             global sequence features</li>
2466           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2467             references from alignment sequences goes to zero</li>
2468           <li>Close of tree branch colour box without colour
2469             selection causes cascading exceptions</li>
2470           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2471           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2472             file parsing fails.</li>
2473           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2474           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2475             not a valid output format</li>
2476           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2477             vamsas</li>
2478           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2479           <li>error messages passed up and output when data read
2480             fails</li>
2481           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2482             sequence is edited</li>
2483           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2484             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2485           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2486             filetype</li>
2487           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2488             import fixed for PFAM records</li>
2489           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2490             window list</li>
2491           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2492             can be read and written correctly to annotation file</li>
2493           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2494             correctly</li>
2495           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2496             non-italic font for representatives in Applet</li>
2497           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2498             Macs.</li>
2499           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2500             Applet)</li>
2501           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2502             due to null pointer exceptions</li>
2503           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2504             first column of alignment</li>
2505           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2506             July 2008</li>
2507           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2508             file is case-insensitive</li>
2509           <li>Sequence features read from Features file appended to
2510             all sequences with matching IDs</li>
2511           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2512             containing a sub-sequence</li>
2513           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2514           <li>feature and annotation file applet parameters
2515             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2516           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2517           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2518             splash-screen version check to complete</li>
2519           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2520             when passing them to the launchApp service</li>
2521           <li>display name and local features preserved in results
2522             retrieved from web service</li>
2523           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2524             sequence fetcher initialisation</li>
2525           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2526             dasobert DAS client</li>
2527           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2528             association</li>
2529           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2530             sequences
2531           </li>
2532         </ul>
2533       </td>
2534     </tr>
2535     <tr>
2536       <td>
2537         <div align="center">
2538           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2539         </div>
2540       </td>
2541       <td>
2542         <ul>
2543           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2544           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2545           <li>Slide sequences</li>
2546           <li>Edit sequence in place</li>
2547           <li>EMBL CDS features</li>
2548           <li>DAS Feature mapping</li>
2549           <li>Feature ordering</li>
2550           <li>Alignment Properties</li>
2551           <li>Annotation Scores</li>
2552           <li>Sort by scores</li>
2553           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2554         </ul>
2555       </td>
2556       <td>
2557         <ul>
2558           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2559           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2560           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2561           <li>Feature group display state in XML</li>
2562           <li>Feature ordering in XML</li>
2563           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2564           <li>Stockholm alignment properties</li>
2565           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2566           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2567           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2568           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2569         </ul>
2570       </td>
2571
2572     </tr>
2573     <tr>
2574       <td>
2575         <div align="center">
2576           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2577         </div>
2578       </td>
2579       <td>
2580         <ul>
2581           <li>Non standard characters can be read and displayed
2582           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2583             applet via textbox
2584           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2585             name &amp; description
2586           <li>Preference setting to display sequence name in
2587             italics
2588           <li>Annotation file format extended to allow
2589             Sequence_groups to be defined
2590           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2591             specified in preferences
2592           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2593             sequences
2594         </ul>
2595       </td>
2596       <td>
2597         <ul>
2598           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2599             installed
2600           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2601           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2602         </ul>
2603       </td>
2604     </tr>
2605     <tr>
2606       <td>
2607         <div align="center">
2608           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2609         </div>
2610       </td>
2611       <td>
2612         <ul>
2613           <li>Multiple views on alignment
2614           <li>Sequence feature editing
2615           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2616           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2617           <li>Background dependent text colour
2618           <li>Right align sequence ids
2619           <li>User-defined lower case residue colours
2620           <li>Format Menu
2621           <li>Select Menu
2622           <li>Menu item accelerator keys
2623           <li>Control-V pastes to current alignment
2624           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2625           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2626           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2627
2628
2629
2630
2631
2632
2633           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2634         </ul>
2635       </td>
2636       <td>
2637         <ul>
2638           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2639           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2640             calculations
2641           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2642             edits
2643           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2644             of alignment)
2645           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2646
2647
2648
2649
2650
2651
2652           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2653             display correctly
2654           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2655           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2656             analysis results
2657           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2658             &#8739;
2659           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2660           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2661           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2662
2663
2664
2665
2666
2667
2668         </ul>
2669       </td>
2670     </tr>
2671     <tr>
2672       <td>
2673         <div align="center">
2674           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2675         </div>
2676       </td>
2677       <td>
2678         <ul>
2679           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2680         </ul>
2681       </td>
2682       <td>
2683         <ul>
2684           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2685             sequence id panel has been resized</li>
2686           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2687             rendered</li>
2688           <li>Annotation files with sequence references - all
2689             elements in file are relative to sequence position</li>
2690           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2691         </ul>
2692       </td>
2693     </tr>
2694     <tr>
2695       <td>
2696         <div align="center">
2697           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2698         </div>
2699       </td>
2700       <td>
2701         <ul>
2702           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2703           <li>DAS Feature fetching</li>
2704           <li>Hide sequences and columns</li>
2705           <li>Export Annotations and Features</li>
2706           <li>GFF file reading / writing</li>
2707           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2708             files</li>
2709           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2710           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2711           <li>Applet can launch the full application</li>
2712           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2713             required)</li>
2714           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2715           <li>Applet can load sequences from parameter
2716             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2717           </li>
2718         </ul>
2719       </td>
2720       <td>
2721         <ul>
2722           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2723           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2724           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2725         </ul>
2726       </td>
2727     </tr>
2728     <tr>
2729       <td>
2730         <div align="center">
2731           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2732         </div>
2733       </td>
2734       <td>
2735         <ul>
2736           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2737           <li>Choose to match case when searching</li>
2738           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2739             expand the visible width and height of the alignment</li>
2740         </ul>
2741       </td>
2742       <td>
2743         <ul>
2744           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2745         </ul>
2746       </td>
2747     </tr>
2748     <tr>
2749       <td>
2750         <div align="center">
2751           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2752         </div>
2753       </td>
2754       <td>&nbsp;</td>
2755       <td>
2756         <ul>
2757           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2758           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2759             value</li>
2760         </ul>
2761       </td>
2762     </tr>
2763     <tr>
2764       <td>
2765         <div align="center">
2766           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2767         </div>
2768       </td>
2769       <td>
2770         <ul>
2771           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2772           <li>Keyboard editing</li>
2773           <li>Create sequence features from searches</li>
2774           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2775             alignments</li>
2776           <li>Features file allows grouping of features</li>
2777           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2778           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2779           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2780         </ul>
2781       </td>
2782       <td>
2783         <ul>
2784           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2785           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2786             descriptions saved.</li>
2787         </ul>
2788       </td>
2789     </tr>
2790     <tr>
2791       <td>
2792         <div align="center">
2793           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2794         </div>
2795       </td>
2796       <td>
2797         <ul>
2798           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2799           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2800           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2801             name for file output</li>
2802           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2803           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2804             used for HTML form input</li>
2805         </ul>
2806       </td>
2807       <td>
2808         <ul>
2809           <li>HTML output writes groups and features</li>
2810           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2811           <li>File IO bugs</li>
2812         </ul>
2813       </td>
2814     </tr>
2815     <tr>
2816       <td>
2817         <div align="center">
2818           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2819         </div>
2820       </td>
2821       <td>
2822         <ul>
2823           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2824           <li>More options for PCA viewer</li>
2825         </ul>
2826       </td>
2827       <td>
2828         <ul>
2829           <li>GUI bugs resolved</li>
2830           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2831         </ul>
2832       </td>
2833     </tr>
2834     <tr>
2835       <td height="63">
2836         <div align="center">
2837           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2838         </div>
2839       </td>
2840       <td>
2841         <ul>
2842           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2843           <li>Jar files are executable</li>
2844           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2845         </ul>
2846       </td>
2847       <td>
2848         <ul>
2849           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2850           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2851           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2852         </ul>
2853       </td>
2854     </tr>
2855     <tr>
2856       <td>
2857         <div align="center">
2858           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2859         </div>
2860       </td>
2861       <td>
2862         <ul>
2863           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2864         </ul>
2865       </td>
2866       <td>
2867         <ul>
2868           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2869         </ul>
2870       </td>
2871     </tr>
2872     <tr>
2873       <td>
2874         <div align="center">
2875           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2876         </div>
2877       </td>
2878       <td>
2879         <ul>
2880           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2881             size</li>
2882         </ul>
2883       </td>
2884       <td>
2885         <ul>
2886           <li>Improved JPred client reliability</li>
2887           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2888         </ul>
2889       </td>
2890     </tr>
2891     <tr>
2892       <td>
2893         <div align="center">
2894           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2895         </div>
2896       </td>
2897       <td>
2898         <ul>
2899           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2900           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2901           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2902             to Colour Menu</li>
2903           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2904           <li>Unix users can set default web browser</li>
2905           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2906           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2907         </ul>
2908       </td>
2909       <td>
2910         <ul>
2911           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2912         </ul>
2913       </td>
2914     </tr>
2915     <tr>
2916       <td>
2917         <div align="center">
2918           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2919         </div>
2920       </td>
2921       <td>&nbsp;</td>
2922       <td>
2923         <ul>
2924           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2925             alignment order.</li>
2926         </ul>
2927       </td>
2928     </tr>
2929     <tr>
2930       <td>
2931         <div align="center">
2932           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2933         </div>
2934       </td>
2935       <td>
2936         <ul>
2937           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2938           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2939           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2940             annotations.</li>
2941           <li>Version and build date written to build properties
2942             file.</li>
2943           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2944             at launch of Jalview.</li>
2945         </ul>
2946       </td>
2947       <td>
2948         <ul>
2949           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2950           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2951           <li>Can remove groups one by one.</li>
2952           <li>Filechooser icons installed.</li>
2953           <li>Finder ignores return character when searching.
2954             Return key will initiate a search.<br>
2955           </li>
2956         </ul>
2957       </td>
2958     </tr>
2959     <tr>
2960       <td>
2961         <div align="center">
2962           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
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