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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br />
  74             <em>10/10/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em></em>
  79           <ul>
  80             <li>
  81               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
  82               rendering of sequence features
  83             </li>
  84           </ul>
  85         </div></td>
  86       <td><div align="left">
  87           <em></em>
  88           <ul>
  89             <li><!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in CDS/Protein view
  90             </li>
  91           </ul>
  92         </div></td>
  93     </tr>
  94     <tr>
  95       <td width="60" nowrap>
  96         <div align="center">
  97           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
  98             <em>7/9/2017</em></strong>
  99         </div>
 100       </td>
 101       <td><div align="left">
 102           <em></em>
 103           <ul>
 104             <li>
 105               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 106               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 107               white)
 108             </li>
 109             <li>
 110               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 111               Preferences
 112             </li>
 113             <li>
 114               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 115               in size and progress bar shown as higher resolution
 116               overview is recalculated
 117             </li>
 118
 119           </ul>
 120         </div></td>
 121       <td><div align="left">
 122           <em></em>
 123           <ul>
 124             <li>
 125               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 126               column region row by row
 127             </li>
 128             <li>
 129               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 130               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 131             </li>
 132             <li>
 133               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 134               format setting is unticked
 135             </li>
 136             <li>
 137               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 138               if group has show boxes format setting unticked
 139             </li>
 140             <li>
 141               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 142               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 143               include sequences and columns not currently displayed
 144             </li>
 145             <li>
 146               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 147               assemblies are imported via CIF file
 148             </li>
 149             <li>
 150               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 151               displayed when threshold or conservation colouring is also
 152               enabled.
 153             </li>
 154             <li>
 155               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 156               server version
 157             </li>
 158             <li>
 159               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 160               dragging a selected region off the visible region of the
 161               alignment
 162             </li>
 163             <li>
 164               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 165               colourscheme to all groups in a view
 166             </li>
 167             <li>
 168               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 169               initially after font size change using the Font chooser or
 170               middle-mouse zoom
 171             </li>
 172           </ul>
 173         </div></td>
 174     </tr>
 175     <tr>
 176       <td width="60" nowrap>
 177         <div align="center">
 178           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 179         </div>
 180       </td>
 181       <td><div align="left">
 182           <em>Calculations</em>
 183           <ul>
 184
 185             <li>
 186               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 187               ungapped positions in each column of the alignment.
 188             </li>
 189             <li>
 190               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 191               a calculation dialog box
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 195               and memory efficiency (~30x faster)
 196             </li>
 197             <li>
 198               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 199               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 200               and other calculations
 201             </li>
 202             <li>
 203               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 204               files within the Jalview codebase
 205             </li>
 206             <li>
 207               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 208               Similarity may have different topology due to increased
 209               precision
 210             </li>
 211           </ul>
 212           <em>Rendering</em>
 213           <ul>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 216               model for alignments and groups
 217             </li>
 218             <li>
 219               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 220               scripts
 221             </li>
 222           </ul>
 223           <em>Overview</em>
 224           <ul>
 225             <li>
 226               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 227               with alignment and overview windows
 228             </li>
 229             <li>
 230               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 231               overview
 232             </li>
 233             <li>
 234               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 235               omitted in Overview
 236             </li>
 237             <li>
 238               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 239               adjustment of visible position
 240             </li>
 241           </ul>
 242
 243           <em>Data import/export</em>
 244           <ul>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 247               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 251               annotation input/output via stockholm flatfile
 252             </li>
 253             <li>
 254               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 255               extension when importing structure files without embedded
 256               names or PDB accessions
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 260               format sequence substitution matrices
 261             </li>
 262           </ul>
 263           <em>User Interface</em>
 264           <ul>
 265             <li>
 266               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 267               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 268               the application.
 269             </li>
 270             <li>
 271               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 272               via Overview or sequence motif search operations
 273             </li>
 274             <li>
 275               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 276               opened by double clicking gaps within sequence feature
 277               extent
 278             </li>
 279             <li>
 280               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 281               aligned positions were available to create a 3D structure
 282               superposition.
 283             </li>
 284           </ul>
 285           <em>3D Structure</em>
 286           <ul>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 289               coloured in linked structure views
 290             </li>
 291             <li>
 292               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 293               file-based command exchange
 294             </li>
 295             <li>
 296               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 297               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 298               structures are already available for sequences
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 302               the Jalview project rather than downloaded again when the
 303               project is reopened.
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 307               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 308               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 309                 Feature</strong>)
 310             </li>
 311           </ul>
 312           <em>Web Services</em>
 313           <ul>
 314             <li>
 315               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 319               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 320               Analysis services
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 324               cross-references provided by identifiers.org and the
 325               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 326             </li>
 327           </ul>
 328
 329           <em>Scripting</em>
 330           <ul>
 331             <li>
 332               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 333               identifying file formats (instead of String constants)
 334             </li>
 335             <li>
 336               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 337               efficiency when counting all displayed features (not
 338               backwards compatible with 2.10.1)
 339             </li>
 340           </ul>
 341           <em>Example files</em>
 342           <ul>
 343             <li>
 344               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 345               included in the example feature file
 346             </li>
 347           </ul>
 348           <em>Documentation</em>
 349           <ul>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 352               with the built-in Java help viewer
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 356               sequence description' option
 357             </li>
 358           </ul>
 359           <em>Test Suite</em>
 360           <ul>
 361             <li>
 362               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 363               Uniprot REST Free Text Search Client
 364             </li>
 365             <li>
 366               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 367             </li>
 368             <li>
 369               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 370               during tests
 371             </li>
 372           </ul>
 373         </div></td>
 374       <td><div align="left">
 375           <em>Calculations</em>
 376           <ul>
 377             <li>
 378               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 379               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 380               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 381             </li>
 382             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 383               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 384               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 385               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 386               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 387               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 388               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 389               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 390               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 391               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 392               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 393               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 394               // for 2.10.1 mode <br />
 395               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 396               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 397                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 398                 calculations (not recommended)</em></li>
 399             <li>
 400               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 401               scaling of branch lengths for trees computed using
 402               Sequence Feature Similarity.
 403             </li>
 404             <li>
 405               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 406               generating output report when working with highly
 407               redundant alignments
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 411               right of selected region when gaps present on right-hand
 412               boundary
 413             </li>
 414           </ul>
 415           <em>User Interface</em>
 416           <ul>
 417             <li>
 418               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 419               doesn't reselect a specific sequence's associated
 420               annotation after it was used for colouring a view
 421             </li>
 422             <li>
 423               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 424               opened on a region of alignment without groups
 425             </li>
 426             <li>
 427               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 428               of an alignment with overlapping groups
 429             </li>
 430             <li>
 431               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 432               name and description match
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 436               hidden regions results in incorrect hidden regions
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 440               changing colour does not apply Conservation slider value
 441               to all groups
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 445               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 449               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 450             </li>
 451             <li>
 452               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 453               gaps before start of features
 454             </li>
 455             <li>
 456               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 457               restored to UI when feature colour is edited
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 461               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 462             </li>
 463             <li>
 464               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 465               as graduate feature colour settings are modified via the
 466               dialog box
 467             </li>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 470               when a group defined on the alignment is resized
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 474               wrapped view result in positional status updates
 475             </li>
 476
 477             <li>
 478               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 479               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 480             </li>
 481             <li>
 482               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 483               alignment included gapped columns
 484             </li>
 485             <li>
 486               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 487               widgets don't permanently disappear
 488             </li>
 489             <li>
 490               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 491               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 492               T-Coffee column reliability scores)
 493             </li>
 494             <li>
 495               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 496               sequence feature on gaps only
 497             </li>
 498             <li>
 499               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 500               button from a Find inherit previously defined feature type
 501               rather than the Find query string
 502             </li>
 503             <li>
 504               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 505               exporting tree calculated in Jalview
 506             </li>
 507             <li>
 508               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 509               and then revealing them reorders sequences on the
 510               alignment
 511             </li>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 514               doesn't update to reflect available set of groups after
 515               interactively adding or modifying features
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 519               Linux
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 523               only excluded gaps in current sequence and ignored
 524               selection.
 525             </li>
 526           </ul>
 527           <em>Rendering</em>
 528           <ul>
 529             <li>
 530               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 531               erratically when hidden rows or columns are present
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 535               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 536               sequence colouring
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 540               colour and group colour menu for protein alignments
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 544               reflect currently selected view or group's shading
 545               thresholds
 546             </li>
 547             <li>
 548               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 549               when rendered on overview and structures when opacity at
 550               100%
 551             </li>
 552             <li>
 553               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 554               overview when features overlaid on alignment
 555             </li>
 556           </ul>
 557           <em>Data import/export</em>
 558           <ul>
 559             <li>
 560               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 561               load
 562             </li>
 563             <li>
 564               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 565               added after a sequence was imported are not written to
 566               Stockholm File
 567             </li>
 568             <li>
 569               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 570               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 571             </li>
 572             <li>
 573               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 574               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 575             </li>
 576             <li>
 577               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 578               with lightGray or darkGray via features file (but can
 579               specify lightgray)
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 583               when alignment view imported from project
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 587               structure and sequences extracted from structure files
 588               imported via URL and viewed in Jmol
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 592               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 593               the project is loaded and the structure viewed
 594             </li>
 595           </ul>
 596           <em>Web Services</em>
 597           <ul>
 598             <li>
 599               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 600               release of Ensembl v.88
 601             </li>
 602             <li>
 603               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 604               appear enabled in Preferences->Connections
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 608               removed from console output
 609             </li>
 610             <li>
 611               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 612               Ensembl by Peptide ID
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 616               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 617               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 618               due to 'null' string rather than empty string used for
 619               residues with no corresponding PDB mapping).
 620             </li>
 621           </ul>
 622           <em>Application UI</em>
 623           <ul>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 626               menu
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 630               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 631               new documentation and tooltips added)
 632             </li>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 635               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 639               new features are added to alignment
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 643               changes to feature colours via the Amend features dialog
 644             </li>
 645             <li>
 646               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 647               edit graduated feature colour via amend features dialog
 648               box
 649             </li>
 650             <li>
 651               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 652               selection menu changes colours of alignment views
 653             </li>
 654             <li>
 655               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 656               from alignment calculation workers after alignment has
 657               been closed
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 661               groups now 'Create Group'
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 665               Create/Undefine group doesn't always work
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 669               shown again after pressing 'Cancel'
 670             </li>
 671             <li>
 672               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 673               adjusts start position in wrap mode
 674             </li>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 677               ambiguous amino acids
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 681               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 682               proteins
 683             </li>
 684             <li>
 685               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
 686               Defined' don't appear in Colours menu
 687             </li>
 688           </ul>
 689           <em>Applet</em>
 690           <ul>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 693               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 697               overview or linked structure view
 698             </li>
 699             <li>
 700               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 701               work (since 2.8)
 702             </li>
 703             <li>
 704               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 705               user-defined colourscheme doesn't restore original
 706               colourscheme
 707             </li>
 708           </ul>
 709           <em>Test Suite</em>
 710           <ul>
 711             <li>
 712               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 713               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 714             </li>
 715             <li>
 716               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 717               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 718               problems with deep array comparison equality asserts in
 719               successive versions of TestNG
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 723               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 724             </li>
 725           </ul>
 726           <em>New Known Issues</em>
 727           <ul>
 728             <li>
 729               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 730               phase after a sequence motif find operation
 731             </li>
 732             <li>
 733               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 734               containing just upper and lower case letters are
 735               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
 736             </li>
 737             <li>
 738               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
 739               reliably from eggnog Ortholog database
 740             </li>
 741             <li>
 742               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 743               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
 744               to mark columns containing highlighted regions.
 745             </li>
 746             <li>
 747               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
 748               doesn't always add secondary structure annotation.
 749             </li>
 750           </ul>
 751         </div>
 752     <tr>
 753       <td width="60" nowrap>
 754         <div align="center">
 755           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 756         </div>
 757       </td>
 758       <td><div align="left">
 759           <em>General</em>
 760           <ul>
 761             <li>
 762               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 763               for all consensus calculations
 764             </li>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 767               3rd Oct 2016)
 768             </li>
 769             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 770               for 2016-2017</li>
 771           </ul>
 772           <em>Application</em>
 773           <ul>
 774             <li>
 775               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 776               set of database cross-references, sorted alphabetically
 777             </li>
 778             <li>
 779               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 780               from database cross references. Users with custom links
 781               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 782                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 783             </li>
 784             <li>
 785               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 786               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 787               Chimera session
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 791               the Chimera it is connected to is shut down
 792             </li>
 793             <li>
 794               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 795               columns menu item to mark columns containing highlighted
 796               regions (e.g. from structure selections or results of a
 797               Find operation)
 798             </li>
 799             <li>
 800               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 801               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 802               MSAviewer
 803             </li>
 804           </ul>
 805         </div></td>
 806       <td>
 807         <div align="left">
 808           <em>General</em>
 809           <ul>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 812               are not coloured or thresholded according to percent
 813               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 814             </li>
 815             <li>
 816               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 817               hydrophobic
 818             </li>
 819             <li>
 820               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 821               threshold, amino acid properties)
 822             </li>
 823             <li>
 824               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 825               reported as mapped to residues in a structure file in the
 826               View Mapping report
 827             </li>
 828             <li>
 829               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 830               could be added multiple times to a sequence
 831             </li>
 832             <li>
 833               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 834               bond features shown as two highlighted residues rather
 835               than a range in linked structure views, and treated
 836               correctly when selecting and computing trees from features
 837             </li>
 838             <li>
 839               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 840               cross-references are matched to database name regardless
 841               of case
 842             </li>
 843
 844           </ul>
 845           <em>Application</em>
 846           <ul>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 849               names without regular expressions also offer links from
 850               Sequence ID
 851             </li>
 852             <li>
 853               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 854               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 855               update Jalview configuration
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 859               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 863               files with similarly named sequences if dropped onto the
 864               alignment
 865             </li>
 866             <li>
 867               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 868               entries where more chains exist in the PDB accession than
 869               are reported in the SIFTS file
 870             </li>
 871             <li>
 872               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 873               the structure view when displayed with Chimera
 874             </li>
 875             <li>
 876               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 877               panel's View->Show Chains submenu
 878             </li>
 879             <li>
 880               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 881               work for wrapped alignment views
 882             </li>
 883             <li>
 884               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 885               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 886             </li>
 887             <li>
 888               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 889               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 890               first annotation row
 891             </li>
 892             <li>
 893               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 894               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 895             </li>
 896             <li>
 897               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 898               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 899             </li>
 900             <!-- JAL-2319 -->
 901             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 902             coordindate data
 903             </li>
 904           </ul>
 905           <!--           <em>New Known Issues</em>
 906           <ul>
 907             <li></li>
 908           </ul> -->
 909         </div>
 910       </td>
 911     </tr>
 912     <td width="60" nowrap>
 913       <div align="center">
 914         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 915           <em>25/10/2016</em></strong>
 916       </div>
 917     </td>
 918     <td><em>Application</em>
 919       <ul>
 920         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 921           view if structures already loaded</li>
 922         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 923           structure views</li>
 924       </ul></td>
 925     <td>
 926       <div align="left">
 927         <em>General</em>
 928         <ul>
 929           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 930             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 931           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 932             example sequences/projects/trees</li>
 933         </ul>
 934         <em>Application</em>
 935         <ul>
 936           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 937             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 938           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 939             without timeout for structures with multiple models or
 940             multiple sequences in alignment</li>
 941           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 942             PDB ID HEADER line</li>
 943           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 944             is performed</li>
 945           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 946             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 947           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 948           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 949             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 950             option</li>
 951           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 952             is created on the alignment</li>
 953           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 954             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 955             pop-up menu</li>
 956         </ul>
 957         <em>Build and deployment</em>
 958         <ul>
 959           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 960             tags</li>
 961         </ul>
 962         <em>New Known Issues</em>
 963         <ul>
 964           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 965             on Windows</li>
 966         </ul>
 967       </div>
 968     </td>
 969     </tr>
 970     <tr>
 971       <td width="60" nowrap>
 972         <div align="center">
 973           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 974         </div>
 975       </td>
 976       <td><em>General</em>
 977         <ul>
 978           <li>
 979             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 980           </li>
 981           <li>
 982             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 983             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 984             better PDB parsing.
 985           </li>
 986           <li>
 987             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 988             reference sequence
 989           </li>
 990           <li>
 991             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 992             mousing over sequence associated annotation
 993           </li>
 994           <li>
 995             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 996             for manual entry
 997           </li>
 998           <li>
 999             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1000             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1001             for each column
1002           </li>
1003           <li>
1004             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1005             showing or hiding columns containing a feature
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1009             group and sequence associated annotation labels
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1013             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1014             dialogs
1015           </li>
1016
1017         </ul> <em>Application</em>
1018         <ul>
1019           <li>
1020             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1021             gene/transcript view
1022           </li>
1023           <li>
1024             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1025             dialog
1026           </li>
1027           <li>
1028             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1029             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1030           </li>
1031           <li>
1032             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1033             Pfam sources to xfam.org
1034           </li>
1035           <li>
1036             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1037           </li>
1038           <li>
1039             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1040             over sequences in Jalview
1041           </li>
1042           <li>
1043             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1044             regions in ENA and EMBL
1045           </li>
1046           <li>
1047             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1048             for record retrieval via ENA rest API
1049           </li>
1050           <li>
1051             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1052             complement operator
1053           </li>
1054           <li>
1055             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1056             groovy script execution
1057           </li>
1058           <li>
1059             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1060             alignment window's Calculate menu
1061           </li>
1062           <li>
1063             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1064             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1065           </li>
1066           <li>
1067             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1068             calculation workers from groovy scripts
1069           </li>
1070           <li>
1071             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1072             Jalview projects
1073           </li>
1074           <li>
1075             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1076             associations are now saved/restored from project
1077           </li>
1078           <li>
1079             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1080             before sequence fetcher is opened
1081           </li>
1082           <li>
1083             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1084             database chooser opens a sequence fetcher
1085           </li>
1086           <li>
1087             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1088             the UniProt REST API
1089           </li>
1090           <li>
1091             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1092             the news reader opening
1093           </li>
1094           <li>
1095             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1096             querying stored in preferences
1097           </li>
1098           <li>
1099             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1100             search results
1101           </li>
1102           <li>
1103             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1104           </li>
1105           <li>
1106             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1107             menu for nucleotide sequences
1108           </li>
1109           <li>
1110             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1111             and feature counts preserves alignment ordering (and
1112             debugged for complex feature sets).
1113           </li>
1114           <li>
1115             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1116             viewing structures with Jalview 2.10
1117           </li>
1118           <li>
1119             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1120             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1121             Ensembl Genomes REST API
1122           </li>
1123           <li>
1124             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1125             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1126             (Ensembl)
1127           </li>
1128           <li>
1129             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1130             sequences
1131           </li>
1132           <li>
1133             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1134             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1135             data from external database records.
1136           </li>
1137           <li>
1138             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1139             efficient recovery of sequence coding and alignment
1140             annotation relationships.
1141           </li>
1142         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1143         <ul>
1144           <li>
1145             -- JAL---
1146           </li>
1147         </ul> --></td>
1148       <td>
1149         <div align="left">
1150           <em>General</em>
1151           <ul>
1152             <li>
1153               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1154               menu on OSX
1155             </li>
1156             <li>
1157               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1158               includes graduated colourschemes
1159             </li>
1160             <li>
1161               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1162               working with big alignments and lots of hidden columns
1163             </li>
1164             <li>
1165               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1166               at right of alignment window
1167             </li>
1168             <li>
1169               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1170               contents
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1174               for DNA alignments
1175             </li>
1176             <li>
1177               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1178               based tree calculation
1179             </li>
1180             <li>
1181               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1182               unconserved enabled for group on alignment
1183             </li>
1184             <li>
1185               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1186               set as reference
1187             </li>
1188             <li>
1189               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1190               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1191               annotation
1192             </li>
1193             <li>
1194               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1195               hidden columns present
1196             </li>
1197             <li>
1198               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1199               user created annotation added to alignment
1200             </li>
1201             <li>
1202               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1203               '()' base pair annotation
1204             </li>
1205             <li>
1206               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1207               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1208               Consensus
1209             </li>
1210             <li>
1211               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1212               feature not working
1213             </li>
1214             <li>
1215               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1216               beginning of sequence
1217             </li>
1218             <li>
1219               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1220               entry 3a6s
1221             </li>
1222             <li>
1223               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1224               from a tree when t-coffee scores are shown
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1228               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1229             </li>
1230             <li>
1231               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1232               some structures
1233             </li>
1234             <li>
1235               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1236               to Clustal, PIR and PileUp output
1237             </li>
1238             <li>
1239               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1240               not visible causes alignment window to repaint
1241             </li>
1242             <li>
1243               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1244               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1245               scores associated with features and annotation rows
1246             </li>
1247             <li>
1248               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1249               calculation should be case independent
1250             </li>
1251             <li>
1252               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1253               columns
1254             </li>
1255             <li>
1256               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1257               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1258               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1259             </li>
1260             <li>
1261               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1262               problems when reference sequence defined and 'show
1263               non-conserved' enabled
1264             </li>
1265             <li>
1266               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1267               load even when Consensus calculation is disabled
1268             </li>
1269             <li>
1270               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1271               alignment does nothing
1272             </li>
1273           </ul>
1274           <em>Application</em>
1275           <ul>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1278               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1279               yet fixed for El Capitan)
1280             </li>
1281             <li>
1282               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1283               output when running on non-gb/us i18n platforms
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1287               hidden sequences as flat-file alignment
1288             </li>
1289             <li>
1290               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1291               launching Chimera
1292             </li>
1293             <li>
1294               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1295               (also hotfix for 2.9.0b2)
1296             </li>
1297             <li>
1298               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1299               reference sequence defined
1300             </li>
1301             <li>
1302               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1303               alignments and views when revealing hidden columns
1304             </li>
1305             <li>
1306               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1307               view in a cDNA/Protein splitframe
1308             </li>
1309             <li>
1310               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1311               sequence from project when only one sequence is
1312               represented
1313             </li>
1314             <li>
1315               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1316               in Structure Chooser
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1320               structure consensus didn't refresh annotation panel
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1324               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1328               dialogs format columns correctly, don't display array
1329               data, sort columns according to type
1330             </li>
1331             <li>
1332               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1333               file chooser is cancelled during an image export
1334             </li>
1335             <li>
1336               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1337               sequence name containing special characters
1338             </li>
1339             <li>
1340               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1341               case insensitive
1342             </li>
1343             <li>
1344               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1345               formatting don't wrap
1346             </li>
1347             <li>
1348               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1349               truncated so L looks like I in consensus annotation
1350             </li>
1351             <li>
1352               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1353               currently displayed features for the current selection or
1354               view
1355             </li>
1356             <li>
1357               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1358               after fetching cross-references, and restoring from
1359               project
1360             </li>
1361             <li>
1362               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1363               followed in the structure viewer
1364             </li>
1365             <li>
1366               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1367               splitframe not restored from project
1368             </li>
1369             <li>
1370               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1371               trailing end of protein alignment in transcript/product
1372               splitview when pad-gaps not enabled by default
1373             </li>
1374             <li>
1375               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1376               is case dependent
1377             </li>
1378             <li>
1379               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1380               article has been read (reopened issue due to
1381               internationalisation problems)
1382             </li>
1383             <li>
1384               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1385               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1386               cross-references
1387             </li>
1388
1389             <li>
1390               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1391               alignment as HTML
1392             </li>
1393             <li>
1394               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1395               multiple structures are shown for one or more sequences.
1396             </li>
1397             <li>
1398               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1399               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1400               is enabled.
1401             </li>
1402             <li>
1403               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1404               specific PDB id for sequence
1405             </li>
1406             <li>
1407               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1408               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1409               columns' is disabled.
1410             </li>
1411             <li>
1412               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1413               selects lowest rather than highest resolution structures
1414               for each sequence
1415             </li>
1416             <li>
1417               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1418               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1419             </li>
1420             <li>
1421               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1422               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1423             </li>
1424             <li>
1425               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1426               after clicking on it to create new annotation for a
1427               column.
1428             </li>
1429             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1430             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1431           </ul>
1432           <em>Applet</em>
1433           <ul>
1434             <li>
1435               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1436               hidden columns present before start of sequence
1437             </li>
1438             <li>
1439               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1440               (JSON jars)
1441             </li>
1442             <li>
1443               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1444               sequences are hidden in applet
1445             </li>
1446             <li>
1447               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1448               deployment on examples pages.
1449             </li>
1450           </ul>
1451         </div>
1452       </td>
1453     </tr>
1454     <tr>
1455       <td width="60" nowrap>
1456         <div align="center">
1457           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1458             <em>16/10/2015</em></strong>
1459         </div>
1460       </td>
1461       <td><em>General</em>
1462         <ul>
1463           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1464             jars</li>
1465         </ul></td>
1466       <td>
1467         <div align="left">
1468           <em>Application</em>
1469           <ul>
1470             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1471               shown when tree is partitioned</li>
1472             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1473               multiple cDNA/Protein split views</li>
1474           </ul>
1475         </div>
1476       </td>
1477     </tr>
1478     <tr>
1479       <td width="60" nowrap>
1480         <div align="center">
1481           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1482             <em>8/10/2015</em></strong>
1483         </div>
1484       </td>
1485       <td><em>General</em>
1486         <ul>
1487           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1488             2.9</li>
1489         </ul> <em>Application</em>
1490         <ul>
1491           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1492           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1493           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1494         </ul> <em>Applet</em>
1495         <ul>
1496           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1497         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1498         <ul>
1499           <li>
1500             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1501             suite
1502           </li>
1503         </ul></td>
1504       <td>
1505         <div align="left">
1506           <em>General</em>
1507           <ul>
1508             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1509               incorrect when sequence start > 1</li>
1510             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1511               documentation</li>
1512             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1513             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1514               loading a features file containing HTML tags in feature
1515               description</li>
1516
1517           </ul>
1518           <em>Application</em>
1519           <ul>
1520             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1521               reimport</li>
1522             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1523               with 'trim retrieved sequences'</li>
1524             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1525               deleting selected columns</li>
1526             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1527               JNLP templates for webstart launch</li>
1528             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1529               unreleased structures for download or viewing</li>
1530             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1531               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1532             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1533               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1534             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1535               recovered from jalview project</li>
1536             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1537               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1538               alignment view</li>
1539             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1540               color schemes from BioJSON</li>
1541           </ul>
1542           <em>Applet</em>
1543           <ul>
1544             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1545               frame</li>
1546             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1547           </ul>
1548         </div>
1549       </td>
1550     </tr>
1551     <tr>
1552       <td><div align="center">
1553           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1554         </div></td>
1555       <td><em>General</em>
1556         <ul>
1557           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1558             alignments:
1559             <ul>
1560               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1561                 and DNA alignment views</li>
1562               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1563                 cDNA alignment views</li>
1564               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1565                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1566               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1567                 protein sequences</li>
1568             </ul>
1569           </li>
1570           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1571           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1572             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1573           <li>New alignment annotation file statements for
1574             reference sequences and marking hidden columns</li>
1575           <li>Reference sequence based alignment shading to
1576             highlight variation</li>
1577           <li>Select or hide columns according to alignment
1578             annotation</li>
1579           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1580           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1581             acid conservation row</li>
1582           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1583         </ul> <em>Application</em>
1584         <ul>
1585           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1586             <ul>
1587               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1588                 view with cDNA/Protein</li>
1589               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1590                 sequences are placed in the same alignment</li>
1591               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1592                 projects</li>
1593             </ul>
1594           </li>
1595
1596           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1597           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1598             Jalview windows</li>
1599
1600           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1601           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1602           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1603             be shown in VARNA</li>
1604
1605           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1606             as the active selected region</li>
1607
1608           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1609             similarity</li>
1610           <li>New Export options
1611             <ul>
1612               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1613                 region export in flat file generation</li>
1614
1615               <li>Export alignment views for display with the <a
1616                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1617
1618               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1619               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1620                 alignment figures to HTML</li>
1621           </li>
1622           <li>3D structure retrieval and display
1623             <ul>
1624               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1625                 Search API</li>
1626               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1627                 PDB structures for a sequence set</li>
1628             </ul>
1629           </li>
1630
1631           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1632             predictions</li>
1633           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1634             for one or a group of sequences</li>
1635           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1636             from the JPred4 web server</li>
1637           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1638             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1639             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1640           </li>
1641           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1642             VARNA 2D Structure'</li>
1643           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1644             Structure ..."</li>
1645
1646         </ul> <em>Applet</em>
1647         <ul>
1648           <li>New layout for applet example pages</li>
1649           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1650             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1651           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1652             Protein alignments</li>
1653         </ul> <em>Development and deployment</em>
1654         <ul>
1655           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1656           <li>Include installation type and git revision in build
1657             properties and console log output</li>
1658           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1659             storing BioJsMSA Templates</li>
1660           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1661         </ul></td>
1662       <td>
1663         <!-- <em>General</em>
1664         <ul>
1665         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1666         <ul>
1667           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1668           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1669           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1670             predictions are not highlighted in amber</li>
1671           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1672             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1673           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1674             associated structure views</li>
1675           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1676             width checkbox not enabled</li>
1677           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1678             creating user defined colours</li>
1679           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1680             mappings for just that viewer's sequences</li>
1681           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1682             multiple models in Chimera</li>
1683           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1684             over Jmol structure</li>
1685           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1686             output to text box</li>
1687           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1688             have incorrect sequence start/end</li>
1689           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1690             Jalview fails</li>
1691           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1692             work for nucleotide</li>
1693           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1694             to a grey/invisible alignment window</li>
1695           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1696             imports to different position</li>
1697           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1698             on some platforms</li>
1699           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1700             populated</li>
1701           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1702             console if Chimera has been opened</li>
1703           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1704           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1705             retrieved</li>
1706           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1707           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1708             either sequence shows on first structure</li>
1709           <li>'Show annotations' options should not make
1710             non-positional annotations visible</li>
1711           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1712             in right place after 'view flanking regions'</li>
1713           <li>File Save As type unset when current file format is
1714             unknown</li>
1715           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1716             projects</li>
1717           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1718             responsive</li>
1719           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1720             several views on same alignment</li>
1721           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1722           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1723             spaces</li>
1724         </ul> <em>Applet</em>
1725         <ul>
1726           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1727           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1728             descriptions containing angle brackets</li>
1729         </ul> <em>General</em>
1730         <ul>
1731           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1732             via jalview annotation file</li>
1733           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1734             with RNA secondary structure</li>
1735           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1736             translation doesn't work.</li>
1737           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1738           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1739             positions</li>
1740           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1741             choosing 1pt font</li>
1742           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1743             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1744             'h'</li>
1745           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1746             new feature</li>
1747           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1748             order dependent</li>
1749           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1750             sequences</li>
1751           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1752         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1753         <ul>
1754           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1755             www.jalview.org</li>
1756         </ul> <em>Application Known issues</em>
1757         <ul>
1758           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1759           <li>Misleading message appears after trying to delete
1760             solid column.</li>
1761           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1762             version launches</li>
1763           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1764             fails with a sequence mismatch</li>
1765           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1766             scrolling alignment to right</li>
1767           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1768             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1769           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1770             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1771           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1772             ultra-high resolution</li>
1773           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1774             quality and conservation</li>
1775           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1776             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1777         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1778         <ul>
1779           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1780           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1781             window is being resized</li>
1782
1783         </ul>
1784       </td>
1785     </tr>
1786     <tr>
1787       <td><div align="center">
1788           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1789         </div></td>
1790       <td><em>General</em>
1791         <ul>
1792           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1793             Certum.PL.</li>
1794           <li>Features and annotation preserved when performing
1795             pairwise alignment</li>
1796           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1797             imported/exported/displayed</li>
1798           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1799             protein secondary structure</li>
1800           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1801               post-hoc with 2.9 release</em>)
1802           </li>
1803
1804         </ul> <em>Application</em>
1805         <ul>
1806           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1807             with 3D structures</li>
1808           <li>Support for parsing RNAML</li>
1809           <li>Annotations menu for layout
1810             <ul>
1811               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1812               <li>place sequence annotation above/below alignment
1813                 annotation</li>
1814             </ul>
1815           <li>Output in Stockholm format</li>
1816           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1817             translation</li>
1818           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1819           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1820             shared between alignments</li>
1821           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1822             Jalview</li>
1823           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1824             all or current selection</li>
1825           <li>disorder and secondary structure predictions
1826             available as dataset annotation</li>
1827           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1828
1829
1830           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1831             alignments from Rfam</li>
1832           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1833
1834           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1835             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1836           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1837           <li>include installation type in build properties and
1838             console log output</li>
1839           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1840             annotation</li>
1841         </ul></td>
1842       <td>
1843         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1844         <ul>
1845           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1846             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1847           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1848             alignment</li>
1849           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1850           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1851           <li>Double click on sequence associated annotation
1852             selects only first column</li>
1853           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1854             leaves shown in tree</li>
1855           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1856             properly</li>
1857           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1858           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1859             screen and buttons not visible</li>
1860           <li>author list isn't updated if already written to
1861             Jalview properties</li>
1862           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1863             from database</li>
1864           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1865           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1866             browser search window</li>
1867           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1868             in feature settings dialog</li>
1869           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1870             desktop</li>
1871           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1872             pass validation</li>
1873           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1874             fit on screen</li>
1875           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1876             tooltip</li>
1877           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1878             defined user preset</li>
1879           <li>MSA web services warns user if they were launched
1880             with invalid input</li>
1881           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1882             Java 8</li>
1883           <li>
1884             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1885             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1886             created
1887           </li>
1888
1889         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1890         <ul>
1891         </ul> <em>General</em>
1892         <ul>
1893         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1894         <ul>
1895           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1896             memory allocation</li>
1897           <li>launchApp service doesn't automatically open
1898             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1899           <li>
1900             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1901             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1902             1.7_055 is available
1903           </li>
1904         </ul> <em>Application Known issues</em>
1905         <ul>
1906           <li>
1907             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1908             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1909             alignment to right
1910           </li>
1911           <li>
1912             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1913             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1914             with large number of ID
1915           </li>
1916           <li>
1917             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1918             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1919             start/end
1920           </li>
1921           <li>
1922             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1923             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1924             structure tracks are rearranged
1925           </li>
1926           <li>
1927             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1928             invalid rna structure positional highlighting does not
1929             highlight position of invalid base pairs
1930           </li>
1931           <li>
1932             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1933             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1934             project from alignment window file menu
1935           </li>
1936           <li>
1937             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1938             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1939             structures
1940           </li>
1941           <li>
1942             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1943             colour by RNA Helices not enabled when user created
1944             annotation added to alignment
1945           </li>
1946           <li>
1947             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1948             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1949           </li>
1950         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1951         <ul>
1952           <li>
1953             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1954             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1955           </li>
1956           <li>
1957             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1958             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1959           </li>
1960
1961           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1962             when selected</li>
1963         </ul>
1964       </td>
1965     </tr>
1966     <tr>
1967       <td><div align="center">
1968           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1969         </div></td>
1970       <td>
1971         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1972         <em>General</em>
1973         <ul>
1974           <li>Internationalisation of user interface (usually
1975             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1976           <li>Define/Undefine group on current selection with
1977             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1978           <li>Improved group creation/removal options in
1979             alignment/sequence Popup menu</li>
1980           <li>Sensible precision for symbol distribution
1981             percentages shown in logo tooltip.</li>
1982           <li>Annotation panel height set according to amount of
1983             annotation when alignment first opened</li>
1984         </ul> <em>Application</em>
1985         <ul>
1986           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1987             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1988           <li>Select columns containing particular features from
1989             Feature Settings dialog</li>
1990           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1991             sequences</li>
1992           <li>Update Jalview project format:
1993             <ul>
1994               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1995               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1996                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1997               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1998                 colouring</li>
1999             </ul>
2000           </li>
2001           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2002             (PAM250)</li>
2003           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2004             flanking regions for an alignment</li>
2005         </ul>
2006       </td>
2007       <td>
2008         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2009         <ul>
2010           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2011             running after job is cancelled</li>
2012           <li>cannot export features from alignments imported from
2013             Jalview/VAMSAS projects</li>
2014           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2015             float values</li>
2016           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2017             have 'display all symbols' flag set</li>
2018           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2019             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2020           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2021             Jalview</li>
2022           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2023             Lion/Webstart</li>
2024           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2025           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2026           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2027             alignment onto desktop</li>
2028           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2029             'extract scores' function</li>
2030           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2031             alignment window</li>
2032           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2033             performing IUPred disorder prediction</li>
2034           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2035             changing 'normalise logo' display setting</li>
2036           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2037             nothing matches query</li>
2038           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2039             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2040           </li>
2041           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2042             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2043           </li>
2044           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2045             Jalview's menu</li>
2046           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2047             'invalid literal/length code'</li>
2048           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2049             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2050           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2051             colourscheme</li>
2052
2053         </ul> <em>Applet</em>
2054         <ul>
2055           <li>Remove group option is shown even when selection is
2056             not a group</li>
2057           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2058             don't affect groups</li>
2059           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2060             colourscheme name</li>
2061           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2062             Annotation panel is not displayed</li>
2063           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2064             embedded windows</li>
2065         </ul> <em>Other</em>
2066         <ul>
2067           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2068             single sequence were not calculated</li>
2069           <li>annotation files that contain only groups imported as
2070             annotation and junk sequences</li>
2071           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2072             recognised as PFAM or BLC</li>
2073           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2074             doesn't affect background (2.8.0b1)
2075           <li></li>
2076           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2077           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2078             trailing gaps</li>
2079           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2080             registered correctly on import</li>
2081           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2082             certain alignments</li>
2083           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2084             existing annotation based 'use original colours'
2085             colourscheme loses original colours setting</li>
2086         </ul>
2087       </td>
2088     </tr>
2089     <tr>
2090       <td><div align="center">
2091           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2092             <em>30/1/2014</em></strong>
2093         </div></td>
2094       <td>
2095         <ul>
2096           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2097             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2098             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2099             open source project).
2100           </li>
2101           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2102           <li>Output in Stockholm format</li>
2103           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2104           <li>Export/import group and sequence associated line
2105             graph thresholds</li>
2106           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2107             ambiguity codes</li>
2108           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2109             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2110             works</li>
2111           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2112         </ul> <em>Other improvements</em>
2113         <ul>
2114           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2115           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2116             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2117           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2118             files</li>
2119           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2120           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2121             link but no description</li>
2122           <li>Select primary source when selecting authority in
2123             database fetcher GUI</li>
2124           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2125             Jalview</li>
2126           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2127         </ul>
2128       </td>
2129       <td>
2130         <ul>
2131           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2132             displayed</li>
2133           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2134             secondary structure annotation line</li>
2135           <li>Sequence database accessions not imported when
2136             fetching alignments from Rfam</li>
2137           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2138             identical IDs</li>
2139           <li>View all structures does not always superpose
2140             structures</li>
2141           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2142             reflect user or preset settings</li>
2143           <li>Null pointer exceptions for some services without
2144             presets or adjustable parameters</li>
2145           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2146             discover PDB xRefs</li>
2147           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2148             features with DAS</li>
2149           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2150             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2151           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2152             residue follows a gap</li>
2153           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2154             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2155           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2156             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2157           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2158             annotation already exists on alignment</li>
2159           <li>oninit javascript function should be called after
2160             initialisation completes</li>
2161           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2162             alignment window display</li>
2163           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2164           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2165             to annotation file</li>
2166           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2167             groups created</li>
2168           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2169             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2170           <li>Pressing return several times causes Number Format
2171             exceptions in keyboard mode</li>
2172           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2173             correct partitions for input data</li>
2174           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2175           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2176           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2177           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2178             mode</li>
2179           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2180             changes one row&#39;s threshold</li>
2181           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2182             doesn&#39;t open</li>
2183           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2184             quality histograms</li>
2185         </ul>
2186       </td>
2187     </tr>
2188     <tr>
2189       <td><div align="center">
2190           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2191         </div></td>
2192       <td><em>Application</em>
2193         <ul>
2194           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2195             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2196           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2197             preferences</li>
2198           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2199             in Jalview alignment window</li>
2200           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2201             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2202           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2203             RNA and ambiguity codes</li>
2204
2205           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2206           <li>Support fetching and database reference look up
2207             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2208             refs')</li>
2209           <li>Jalview project improvements
2210             <ul>
2211               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2212                 flag for annotation</li>
2213               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2214                 alignment</li>
2215               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2216                 Jalview project</li>
2217
2218             </ul>
2219           </li>
2220           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2221           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2222             running</li>
2223           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2224           <li>visual indication that web service results are still
2225             being retrieved from server</li>
2226           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2227             starts up for first time</li>
2228           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2229             services</li>
2230           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2231             client library</li>
2232           <li>Examples directory and Groovy library included in
2233             InstallAnywhere distribution</li>
2234         </ul> <em>Applet</em>
2235         <ul>
2236           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2237             visualization applet example</li>
2238         </ul> <em>General</em>
2239         <ul>
2240           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2241           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2242             defaults</li>
2243           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2244             calculation</li>
2245           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2246             matrices
2247           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2248             in HTML</li>
2249           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2250             structure contacts</li>
2251           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2252           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2253           <li>Parse sequence associated secondary structure
2254             information in Stockholm files</li>
2255           <li>HTML Export database accessions and annotation
2256             information presented in tooltip for sequences</li>
2257           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2258             style RNA alignment files</li>
2259           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2260             alignment</li>
2261           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2262             shade each sequence according to its associated alignment
2263             annotation</li>
2264           <li>New Jalview Logo</li>
2265         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2266         <ul>
2267           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2268           <li>New Website!</li>
2269         </ul></td>
2270       <td><em>Application</em>
2271         <ul>
2272           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2273             wsdbfetch REST service</li>
2274           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2275           <li>Filetype associations not installed for webstart
2276             launch</li>
2277           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2278             job execution in full once it is complete</li>
2279           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2280             uploaded via ali_file parameter</li>
2281           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2282           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2283           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2284             submitted for prediction</li>
2285           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2286             desktop window</li>
2287           <li>Putting fractional value into integer text box in
2288             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2289           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2290             windows 7</li>
2291           <li>View all structures fails with exception shown in
2292             structure view</li>
2293           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2294             escaped in a platform independent way</li>
2295           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2296             using proxy</li>
2297           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2298             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2299           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2300             failure when java web start temporary file caching is
2301             disabled</li>
2302           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2303             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2304           <li>Errors during processing of command line arguments
2305             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2306           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2307             DAS sources in sequence fetcher</li>
2308           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2309             dialog is shown</li>
2310           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2311           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2312           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2313           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2314             on OSX Mountain Lion</li>
2315           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2316             sequences with alignment annotation are pasted into the
2317             alignment</li>
2318           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2319             when loaded from Jalview project</li>
2320           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2321           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2322             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2323           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2324             associated with all views</li>
2325           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2326             annotation rows to new window</li>
2327         </ul> <em>Applet</em>
2328         <ul>
2329           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2330             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2331           <li>loading features via javascript API automatically
2332             enables feature display</li>
2333           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2334             work</li>
2335         </ul> <em>General</em>
2336         <ul>
2337           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2338           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2339             and then deselected</li>
2340           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2341           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2342             coloured with clustalx</li>
2343           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2344             exceptions and redraw errors</li>
2345           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2346             reconfigured view</li>
2347           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2348             colour</li>
2349           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2350             for lots of labels</li>
2351         </ul>
2352     </tr>
2353     <tr>
2354       <td>
2355         <div align="center">
2356           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2357         </div>
2358       </td>
2359       <td><em>Application</em>
2360         <ul>
2361           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2362           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2363           <li>View/alignment association menu to enable user to
2364             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2365             its colours/correspondences from</li>
2366           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2367           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2368             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2369           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2370           <li>Annotation row column label formatting attributes
2371             stored in project file</li>
2372           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2373             rows preserved in Jalview project file</li>
2374           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2375             saved using Desktop window menu</li>
2376           <li>Visual indication that command line arguments are
2377             still being processed</li>
2378           <li>Groovy script execution from URL</li>
2379           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2380             preferences</li>
2381           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2382             alignment with sequences that have high similarity and
2383             matching IDs</li>
2384           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2385           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2386             structures in same window</li>
2387           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2388           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2389             analysis function in its own submenu</li>
2390         </ul> <em>Applet</em>
2391         <ul>
2392           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2393             groups</li>
2394           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2395           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2396           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2397           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2398           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2399             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2400           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2401           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2402             parameters are treated as such</li>
2403           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2404             <ul>
2405               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2406               <li>Javascript callbacks for
2407                 <ul>
2408                   <li>Applet initialisation</li>
2409                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2410                 </ul>
2411               </li>
2412               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2413                 functions</li>
2414               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2415               <li>javascript structure viewer harness to pass
2416                 messages between Jmol and Jalview when running as
2417                 distinct applets</li>
2418               <li>sortBy method</li>
2419               <li>Set of applet and application examples shipped
2420                 with documentation</li>
2421               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2422                 javascript message exchange</li>
2423             </ul>
2424         </ul> <em>General</em>
2425         <ul>
2426           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2427             multiple alignments</li>
2428           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2429           <li>User configurable link to enable redirects to a
2430             www.Jalview.org mirror</li>
2431           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2432           <li>Configurable newline string when writing alignment
2433             and other flat files</li>
2434           <li>Allow alignment annotation description lines to
2435             contain html tags</li>
2436         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2437         <ul>
2438           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2439             examples</li>
2440           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2441             using a web service before displaying the result in the
2442             Jalview desktop</li>
2443           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2444           <li>Ant target to publish example html files with applet
2445             archive</li>
2446           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2447           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2448         </ul></td>
2449       <td><em>Application</em>
2450         <ul>
2451           <li>User defined colourscheme throws exception when
2452             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2453           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2454             dialog for valid filename/format</li>
2455           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2456           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2457             P37173</li>
2458           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2459             which sequence is to be associated with the file</li>
2460           <li>Find All raises null pointer exception when query
2461             only matches sequence IDs</li>
2462           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2463           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2464             2.4 cannot be loaded</li>
2465           <li>Filetype associations not installed for webstart
2466             launch</li>
2467           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2468             with sequences in different alignments do not get coloured
2469             by their associated sequence</li>
2470           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2471             not preserved when project is loaded</li>
2472           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2473             stored in Jalview project</li>
2474           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2475             Jalview project</li>
2476           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2477           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2478             by conservation</li>
2479           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2480             created on new view</li>
2481           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2482             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2483           <li>Alignment quality not updated after alignment
2484             annotation row is hidden then shown</li>
2485           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2486             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2487           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2488             properly</li>
2489           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2490             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2491           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2492           <li>Structures imported from file and saved in project
2493             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2494           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2495             job execution in full once it is complete</li>
2496         </ul> <em>Applet</em>
2497         <ul>
2498           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2499             annotation rows are displayed</li>
2500           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2501             codebase</li>
2502           <li>View follows highlighting does not work for positions
2503             in sequences</li>
2504           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2505           <li>Export features raises exception when no features
2506             exist</li>
2507           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2508             for javascript api is modified when separator string
2509             provided as parameter</li>
2510           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2511             alignment with no existing selection</li>
2512           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2513             to applet&#39;s codebase</li>
2514           <li>Status bar not updated after finished searching and
2515             search wraps around to first result</li>
2516           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2517             several Jalview applets causes race conditions and memory
2518             leaks</li>
2519           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2520             not sent from Jmol in applet</li>
2521           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2522             applet API fatally hang browser</li>
2523         </ul> <em>General</em>
2524         <ul>
2525           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2526             position with wrapped view and hidden regions</li>
2527           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2528             with/without hidden columns</li>
2529           <li>Sequence length given in alignment properties window
2530             is off by 1</li>
2531           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2532             import PDB like structure files</li>
2533           <li>Positional search results are only highlighted
2534             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2535           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2536           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2537             given sequence position</li>
2538           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2539             output</li>
2540           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2541             from nucleotide chains correctly</li>
2542           <li>Structure colours not updated when tree partition
2543             changed in alignment</li>
2544           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2545             parsed in interleaved stockholm</li>
2546           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2547             state</li>
2548           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2549             properly</li>
2550           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2551             properly associated with their pdb files</li>
2552         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2553         <ul>
2554           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2555             ApplyCopyright tool</li>
2556         </ul></td>
2557     </tr>
2558     <tr>
2559       <td>
2560         <div align="center">
2561           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2562         </div>
2563       </td>
2564       <td><em>Application</em>
2565         <ul>
2566           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2567             contact web services</li>
2568           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2569             service job window</li>
2570           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2571         </ul></td>
2572       <td>
2573         <ul>
2574           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2575             pir file emitted by Jalview</li>
2576           <li>Existing feature settings transferred to new
2577             alignment view created from cut'n'paste</li>
2578           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2579             parsing PDB files</li>
2580           <li>Consensus and conservation annotation rows
2581             occasionally become blank for all new windows</li>
2582           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2583             in wrapped view mode</li>
2584         </ul> <em>Application</em>
2585         <ul>
2586           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2587             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2588           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2589             parameter names</li>
2590           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2591             is down</li>
2592         </ul>
2593       </td>
2594     </tr>
2595     <tr>
2596       <td>
2597         <div align="center">
2598           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2599         </div>
2600       </td>
2601       <td><em>Application</em>
2602         <ul>
2603           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2604             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2605             (JABAWS)
2606           </li>
2607           <li>Web Services preference tab</li>
2608           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2609             preferences</li>
2610           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2611           <li>Superpose structures using associated sequence
2612             alignment</li>
2613           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2614             viewer</li>
2615         </ul> <em>Applet</em>
2616         <ul>
2617           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2618             link out mechanism</li>
2619         </ul> <em>Other</em>
2620         <ul>
2621           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2622             series 12</li>
2623           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2624             require Java 1.5</li>
2625           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2626             sequence annotation files</li>
2627           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2628             type colour specification</li>
2629           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2630             script to check if it being run in an interactive session or
2631             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2632         </ul></td>
2633       <td>
2634         <ul>
2635           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2636             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2637         </ul> <em>Application</em>
2638         <ul>
2639           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2640             selected Regions menu item</li>
2641           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2642             part of a valid accession ID</li>
2643           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2644             runs out of memory</li>
2645           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2646             analysis results</li>
2647           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2648             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2649           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2650         </ul> <em>Applet</em>
2651         <ul>
2652           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2653             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2654             defined.</li>
2655         </ul>
2656       </td>
2657     </tr>
2658     <tr>
2659       <td>
2660         <div align="center">
2661           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2662         </div>
2663       </td>
2664       <td></td>
2665       <td>
2666         <ul>
2667           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2668             sequence IDs</li>
2669           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2670             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2671           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2672             import correctly</li>
2673           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2674             number of columns are hidden</li>
2675           <li>annotation label popup menu not providing correct
2676             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2677             present</li>
2678           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2679             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2680           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2681             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2682
2683         </ul> <em>Applet</em>
2684         <ul>
2685           <li>annotation panel disappears when annotation is
2686             hidden/removed</li>
2687         </ul> <em>Application</em>
2688         <ul>
2689           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2690             alignment opened where annotation panel is visible but no
2691             annotations are present on alignment</li>
2692           <li>pasted region containing hidden columns is
2693             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2694           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2695             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2696           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2697             selected Rregions menu item.</li>
2698           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2699             'Un' or 'Non'conserved</li>
2700           <li>Sequence feature settings are being shared by
2701             multiple distinct alignments</li>
2702           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2703             changed</li>
2704           <li>double click on group annotation to select sequences
2705             does not propagate to associated trees</li>
2706           <li>Mac OSX specific issues:
2707             <ul>
2708               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2709                 window background</li>
2710               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2711                 name set correctly</li>
2712               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2713                 save feature colourscheme button</li>
2714             </ul>
2715           </li>
2716         </ul>
2717       </td>
2718     </tr>
2719     <tr>
2720
2721       <td>
2722         <div align="center">
2723           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2724         </div>
2725       </td>
2726       <td><em>New Capabilities</em>
2727         <ul>
2728           <li>URL links generated from description line for
2729             regular-expression based URL links (applet and application)
2730
2731           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2732             menu</li>
2733           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2734             structures</li>
2735           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2736             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2737           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2738             average score or total feature count for each sequence.</li>
2739           <li>Shading features by score or associated description</li>
2740           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2741             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2742           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2743             hide everything but the currently selected region.</li>
2744           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2745         </ul> <em>Application</em>
2746         <ul>
2747           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2748             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2749           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2750             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2751           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2752             database references and protein_name is parsed as
2753             description line (BioSapiens terms).</li>
2754           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2755             references in sequence ID tooltip from View menu in
2756             application.</li>
2757           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2758       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2759           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2760             conservation plots</li>
2761           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2762             and visualized as sequence logos</li>
2763           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2764             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2765           </li>
2766           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2767             when a new tree is opened.</li>
2768           <li>Jalview Java Console</li>
2769           <li>Better placement of desktop window when moving
2770             between different screens.</li>
2771           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2772             consensus annotation</li>
2773           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2774             Workflows</li>
2775           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2776             <ul>
2777               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2778                 used to preserve views, structures, and tree display
2779                 settings)</li>
2780               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2781                 command line</li>
2782               <li>Sharing of selected regions between views and
2783                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2784               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2785             </ul></li>
2786         </ul> <em>Applet</em>
2787         <ul>
2788           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2789           <li>New Parameters
2790             <ul>
2791               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2792                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2793                 opened.</li>
2794               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2795                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2796               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2797                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2798               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2799                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2800                 view</li>
2801               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2802                 increase the height or width of a cell in the alignment
2803                 grid relative to the current font size.</li>
2804             </ul>
2805           </li>
2806           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2807             tooltip</li>
2808         </ul> <em>Other</em>
2809         <ul>
2810           <li>Features format: graduated colour definitions and
2811             specification of feature scores</li>
2812           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2813             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2814             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2815           <li>XML formats extended to support graduated feature
2816             colourschemes, group associated annotation, and profile
2817             visualization settings.</li></td>
2818       <td>
2819         <ul>
2820           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2821             rather than description</li>
2822           <li>Non-positional features are now included in sequence
2823             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2824             visibility in tooltip).</li>
2825           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2826           <li>Added URL embedding instructions to features file
2827             documentation.</li>
2828           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2829             'X' in peptide product</li>
2830           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2831             sequence ID and sequence string and query strings do not
2832             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2833           <li>AMSA files only contain first column of
2834             multi-character column annotation labels</li>
2835           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2836             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2837             exported and re-imported)</li>
2838           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2839             name</li>
2840           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2841             as subsequence matches, and correctly reports total number
2842             of both.</li>
2843           <li>Application:
2844             <ul>
2845               <li>Better handling of exceptions during sequence
2846                 retrieval</li>
2847               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2848                 link text excludes the start_end suffix</li>
2849               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2850                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2851               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2852               <li>Sequence description lines properly shared via
2853                 VAMSAS</li>
2854               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2855                 data sources</li>
2856               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2857                 completes before alignment figures are generated.</li>
2858               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2859                 first time.</li>
2860               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2861                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2862               <li>User defined group colours properly recovered
2863                 from Jalview projects.</li>
2864             </ul>
2865           </li>
2866         </ul>
2867       </td>
2868
2869     </tr>
2870     <tr>
2871       <td>
2872         <div align="center">
2873           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2874         </div>
2875       </td>
2876       <td>
2877         <ul>
2878           <li>Experimental support for google analytics usage
2879             tracking.</li>
2880           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2881         </ul>
2882       </td>
2883       <td>
2884         <ul>
2885           <li>Race condition in applet preventing startup in
2886             jre1.6.0u12+.</li>
2887           <li>Exception when feature created from selection beyond
2888             length of sequence.</li>
2889           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2890           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2891             all sequences with a given id</li>
2892           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2893             ID string searches</li>
2894           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2895             alignment to fail with exception</li>
2896         </ul> <em>Application Issues</em>
2897         <ul>
2898           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2899           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2900             data sources</li>
2901         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2902         <ul>
2903           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2904             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2905           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2906             version (java class versioning error fixed)</li>
2907         </ul>
2908       </td>
2909     </tr>
2910     <tr>
2911       <td>
2912
2913         <div align="center">
2914           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2915         </div>
2916       </td>
2917       <td><em>User Interface</em>
2918         <ul>
2919           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2920             translation and protein products</li>
2921           <li>Linked highlighting of structure associated with
2922             residue mapping to codon position</li>
2923           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2924             and 'clear' button</li>
2925           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2926             Tools menu</li>
2927           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2928             numeric data in description line</li>
2929           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2930           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2931             of sequence</li>
2932         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2933         <ul>
2934           <li>JPred3 web service</li>
2935           <li>Prototype sequence search client (no public services
2936             available yet)</li>
2937           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2938             PFAM</li>
2939           <li>URL Links created for matching database cross
2940             references as well as sequence ID</li>
2941           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2942         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2943         <ul>
2944           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2945             databases</li>
2946           <li>Generalised database reference retrieval and
2947             validation to all fetchable databases</li>
2948           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2949             sequence command</li>
2950         </ul> <em>Import and Export</em>
2951         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2952         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2953           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2954         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2955           File</li>
2956         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2957           triplet as name of colourscheme</li>
2958         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2959         <ul>
2960           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2961           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2962             alignments (experimental)</li>
2963           <li>Create new or select existing session to join</li>
2964           <li>load and save of vamsas documents</li>
2965         </ul> <em>Application command line</em>
2966         <ul>
2967           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2968             from applet)</li>
2969           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2970             of DAS servers to query for alignment features</li>
2971           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2972             that are also automatically queried for features</li>
2973           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2974             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2975         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2976         <ul>
2977           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2978             application (when using &quot;View in full
2979             application&quot;)</li>
2980         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2981         <ul>
2982           <li>feature group display control parameter</li>
2983           <li>debug parameter</li>
2984           <li>showbutton parameter</li>
2985         </ul> <em>Applet API methods</em>
2986         <ul>
2987           <li>newView public method</li>
2988           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2989           <li>Feature display control methods</li>
2990           <li>get list of currently selected sequences</li>
2991         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2992         <ul>
2993           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2994           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2995             Jalview release.</li>
2996           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2997             property controls execution of obfuscator</li>
2998           <li>Build target for generating source distribution</li>
2999           <li>Debug flag for javacc</li>
3000           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3001             jalview.bin.Cache</li>
3002           <li>Continuous Build Integration for stable and
3003             development version of Application, Applet and source
3004             distribution</li>
3005         </ul></td>
3006       <td>
3007         <ul>
3008           <li>selected region output includes visible annotations
3009             (for certain formats)</li>
3010           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3011             for editing</li>
3012           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3013           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3014           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3015           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3016             comments</li>
3017           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3018             filenames containing a ':'</li>
3019           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3020             global sequence features</li>
3021           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3022             references from alignment sequences goes to zero</li>
3023           <li>Close of tree branch colour box without colour
3024             selection causes cascading exceptions</li>
3025           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3026           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3027             file parsing fails.</li>
3028           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3029           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3030             not a valid output format</li>
3031           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3032             vamsas</li>
3033           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3034           <li>error messages passed up and output when data read
3035             fails</li>
3036           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3037             sequence is edited</li>
3038           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3039             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3040           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3041             filetype</li>
3042           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3043             import fixed for PFAM records</li>
3044           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3045             window list</li>
3046           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3047             can be read and written correctly to annotation file</li>
3048           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3049             correctly</li>
3050           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3051             non-italic font for representatives in Applet</li>
3052           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3053             Macs.</li>
3054           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3055             Applet)</li>
3056           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3057             due to null pointer exceptions</li>
3058           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3059             first column of alignment</li>
3060           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3061             July 2008</li>
3062           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3063             file is case-insensitive</li>
3064           <li>Sequence features read from Features file appended to
3065             all sequences with matching IDs</li>
3066           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3067             containing a sub-sequence</li>
3068           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3069           <li>feature and annotation file applet parameters
3070             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3071           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3072           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3073             splash-screen version check to complete</li>
3074           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3075             when passing them to the launchApp service</li>
3076           <li>display name and local features preserved in results
3077             retrieved from web service</li>
3078           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3079             sequence fetcher initialisation</li>
3080           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3081             dasobert DAS client</li>
3082           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3083             association</li>
3084           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3085             sequences
3086           </li>
3087         </ul>
3088       </td>
3089     </tr>
3090     <tr>
3091       <td>
3092         <div align="center">
3093           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3094         </div>
3095       </td>
3096       <td>
3097         <ul>
3098           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3099           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3100           <li>Slide sequences</li>
3101           <li>Edit sequence in place</li>
3102           <li>EMBL CDS features</li>
3103           <li>DAS Feature mapping</li>
3104           <li>Feature ordering</li>
3105           <li>Alignment Properties</li>
3106           <li>Annotation Scores</li>
3107           <li>Sort by scores</li>
3108           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3109         </ul>
3110       </td>
3111       <td>
3112         <ul>
3113           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3114           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3115           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3116           <li>Feature group display state in XML</li>
3117           <li>Feature ordering in XML</li>
3118           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3119           <li>Stockholm alignment properties</li>
3120           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3121           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3122           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3123           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3124         </ul>
3125       </td>
3126
3127     </tr>
3128     <tr>
3129       <td>
3130         <div align="center">
3131           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3132         </div>
3133       </td>
3134       <td>
3135         <ul>
3136           <li>Non standard characters can be read and displayed
3137           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3138             applet via textbox
3139           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3140             name &amp; description
3141           <li>Preference setting to display sequence name in
3142             italics
3143           <li>Annotation file format extended to allow
3144             Sequence_groups to be defined
3145           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3146             specified in preferences
3147           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3148             sequences
3149         </ul>
3150       </td>
3151       <td>
3152         <ul>
3153           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3154             installed
3155           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3156           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3157         </ul>
3158       </td>
3159     </tr>
3160     <tr>
3161       <td>
3162         <div align="center">
3163           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3164         </div>
3165       </td>
3166       <td>
3167         <ul>
3168           <li>Multiple views on alignment
3169           <li>Sequence feature editing
3170           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3171           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3172           <li>Background dependent text colour
3173           <li>Right align sequence ids
3174           <li>User-defined lower case residue colours
3175           <li>Format Menu
3176           <li>Select Menu
3177           <li>Menu item accelerator keys
3178           <li>Control-V pastes to current alignment
3179           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3180           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3181           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3182
3183           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3184         </ul>
3185       </td>
3186       <td>
3187         <ul>
3188           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3189           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3190             calculations
3191           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3192             edits
3193           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3194             of alignment)
3195           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3196
3197           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3198             display correctly
3199           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3200           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3201             analysis results
3202           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3203             &#8739;
3204           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3205           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3206           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3207
3208         </ul>
3209       </td>
3210     </tr>
3211     <tr>
3212       <td>
3213         <div align="center">
3214           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3215         </div>
3216       </td>
3217       <td>
3218         <ul>
3219           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3220         </ul>
3221       </td>
3222       <td>
3223         <ul>
3224           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3225             sequence id panel has been resized</li>
3226           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3227             rendered</li>
3228           <li>Annotation files with sequence references - all
3229             elements in file are relative to sequence position</li>
3230           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3231         </ul>
3232       </td>
3233     </tr>
3234     <tr>
3235       <td>
3236         <div align="center">
3237           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3238         </div>
3239       </td>
3240       <td>
3241         <ul>
3242           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3243           <li>DAS Feature fetching</li>
3244           <li>Hide sequences and columns</li>
3245           <li>Export Annotations and Features</li>
3246           <li>GFF file reading / writing</li>
3247           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3248             files</li>
3249           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3250           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3251           <li>Applet can launch the full application</li>
3252           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3253             required)</li>
3254           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3255           <li>Applet can load sequences from parameter
3256             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3257           </li>
3258         </ul>
3259       </td>
3260       <td>
3261         <ul>
3262           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3263           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3264           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3265         </ul>
3266       </td>
3267     </tr>
3268     <tr>
3269       <td>
3270         <div align="center">
3271           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3272         </div>
3273       </td>
3274       <td>
3275         <ul>
3276           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3277           <li>Choose to match case when searching</li>
3278           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3279             expand the visible width and height of the alignment</li>
3280         </ul>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3285         </ul>
3286       </td>
3287     </tr>
3288     <tr>
3289       <td>
3290         <div align="center">
3291           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3292         </div>
3293       </td>
3294       <td>&nbsp;</td>
3295       <td>
3296         <ul>
3297           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3298           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3299             value</li>
3300         </ul>
3301       </td>
3302     </tr>
3303     <tr>
3304       <td>
3305         <div align="center">
3306           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3307         </div>
3308       </td>
3309       <td>
3310         <ul>
3311           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3312           <li>Keyboard editing</li>
3313           <li>Create sequence features from searches</li>
3314           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3315             alignments</li>
3316           <li>Features file allows grouping of features</li>
3317           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3318           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3319           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3320         </ul>
3321       </td>
3322       <td>
3323         <ul>
3324           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3325           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3326             descriptions saved.</li>
3327         </ul>
3328       </td>
3329     </tr>
3330     <tr>
3331       <td>
3332         <div align="center">
3333           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3334         </div>
3335       </td>
3336       <td>
3337         <ul>
3338           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3339           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3340           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3341             name for file output</li>
3342           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3343           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3344             used for HTML form input</li>
3345         </ul>
3346       </td>
3347       <td>
3348         <ul>
3349           <li>HTML output writes groups and features</li>
3350           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3351           <li>File IO bugs</li>
3352         </ul>
3353       </td>
3354     </tr>
3355     <tr>
3356       <td>
3357         <div align="center">
3358           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3359         </div>
3360       </td>
3361       <td>
3362         <ul>
3363           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3364           <li>More options for PCA viewer</li>
3365         </ul>
3366       </td>
3367       <td>
3368         <ul>
3369           <li>GUI bugs resolved</li>
3370           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3371         </ul>
3372       </td>
3373     </tr>
3374     <tr>
3375       <td height="63">
3376         <div align="center">
3377           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3378         </div>
3379       </td>
3380       <td>
3381         <ul>
3382           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3383           <li>Jar files are executable</li>
3384           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3385         </ul>
3386       </td>
3387       <td>
3388         <ul>
3389           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3390           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3391           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3392         </ul>
3393       </td>
3394     </tr>
3395     <tr>
3396       <td>
3397         <div align="center">
3398           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3399         </div>
3400       </td>
3401       <td>
3402         <ul>
3403           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3404         </ul>
3405       </td>
3406       <td>
3407         <ul>
3408           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3409         </ul>
3410       </td>
3411     </tr>
3412     <tr>
3413       <td>
3414         <div align="center">
3415           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3416         </div>
3417       </td>
3418       <td>
3419         <ul>
3420           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3421             size</li>
3422         </ul>
3423       </td>
3424       <td>
3425         <ul>
3426           <li>Improved JPred client reliability</li>
3427           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3428         </ul>
3429       </td>
3430     </tr>
3431     <tr>
3432       <td>
3433         <div align="center">
3434           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3435         </div>
3436       </td>
3437       <td>
3438         <ul>
3439           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3440           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3441           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3442             to Colour Menu</li>
3443           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3444           <li>Unix users can set default web browser</li>
3445           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3446           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3447         </ul>
3448       </td>
3449       <td>
3450         <ul>
3451           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3452         </ul>
3453       </td>
3454     </tr>
3455     <tr>
3456       <td>
3457         <div align="center">
3458           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3459         </div>
3460       </td>
3461       <td>&nbsp;</td>
3462       <td>
3463         <ul>
3464           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3465             alignment order.</li>
3466         </ul>
3467       </td>
3468     </tr>
3469     <tr>
3470       <td>
3471         <div align="center">
3472           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3473         </div>
3474       </td>
3475       <td>
3476         <ul>
3477           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3478           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3479           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3480             annotations.</li>
3481           <li>Version and build date written to build properties
3482             file.</li>
3483           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3484             at launch of Jalview.</li>
3485         </ul>
3486       </td>
3487       <td>
3488         <ul>
3489           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3490           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3491           <li>Can remove groups one by one.</li>
3492           <li>Filechooser icons installed.</li>
3493           <li>Finder ignores return character when searching.
3494             Return key will initiate a search.<br>
3495           </li>
3496         </ul>
3497       </td>
3498     </tr>
3499     <tr>
3500       <td>
3501         <div align="center">
3502           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3503         </div>
3504       </td>
3505       <td>
3506         <ul>
3507           <li>New codebase</li>
3508         </ul>
3509       </td>
3510       <td>&nbsp;</td>
3511     </tr>
3512   </table>
3513   <p>&nbsp;</p>
3514 </body>
3515 </html>