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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin:0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35    margin-left: -3px;
  36    padding-bottom: 3px;
  37    padding-left: 6px;
  38 }
  39 li:before {
  40   /*   doesnt get processed in javahelp */
  41   content: '\00b7 ';
  42   padding: 3px;
  43   margin-left: -14px;
  44 }
  45
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br />
  74             <em>30/5/2017</em></strong>
  75         </div>
  76       </td>
  77       <td><div align="left">
  78           <em>General</em>
  79           <ul>
  80           <li><!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader model for alignments and groups</li>
  81           <li><!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy scripts</li>
  82           </ul>
  83           <em>Application</em>
  84           <ul>
  85             <li>
  86               <!-- JAL-2447 -->
  87               Experimental Features Checkbox in Desktop's Tools
  88               menu to hide or show untested features in the application.
  89             </li>
  90             <li><!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when there are not enough columns to superimpose structures in Chimera</li>
  91           <li><!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by file-based command exchange</li>
  92           <li><!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database cross-references provided by identifiers.org and the EMBL-EBI's MIRIAM DB</li>
  93
  94           </ul>
  95           <em>Experimental features</em>
  96           <ul>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
  99               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 100               features, and vice-versa.
 101             </li>
 102           </ul>
 103           <em>Applet</em>
 104           <ul>
 105           <li><!--  --></li>
 106           </ul>
 107           <em>Test Suite</em>
 108           <li><!--  JAL-2474 -->Added PrivelegedAccessor to test suite</li>
 109           <li><!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised during tests</li>
 110           <li><!--  -->
 111           </ul>
 112           </div></td><td><div align="left">
 113           <em>General</em>
 114           <ul>
 115             <li>
 116               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 117               matrix - C->R should be '3'<br />Old matrix restored with
 118               this one-line groovy script:<br />jalview.schemes.ResidueProperties.BLOSUM62[4][1]=3
 119             </li>
 120             <li>
 121               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 122               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 123               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 124               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 125               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 126               non-gaps - so different costs were applied, which mean't
 127               Jalview's PCAs were different to those produced by
 128               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 129               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 130               behaviour<br />
 131               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 132               2.10.1 mode<br />
 133               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 134               restore 2.10.2 mode
 135             </li>
 136             <li><!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog doesn't reselect a specific sequence's associated annotation after it was used for colouring a view</li>
 137           <li><!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not coloured in linked structure views</li>
 138           <li><!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu opened on a region of alignment without groups</li>
 139           <li><!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions of an alignment with overlapping groups</li>
 140           <li><!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's name and description match</li>
 141           <li><!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two hidden regions results in incorrect hidden regions</li>
 142           <li><!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when generating output report when working with highly redundant alignments</li>
 143           <li><!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with lightGray or darkGray via features file</li>
 144           <li><!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves erratically when hidden rows or columns are present</li>
 145           <li><!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the Structure Viewer's colour menu don't correspond to sequence colouring</li>
 146           <li><!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in colour and group colour menu for protein alignments</li>
 147           <li><!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when changing colour does not apply Conservation slider value to all groups</li>
 148           <li><!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to reflect currently selected view or group's shading thresholds</li>
 149           <li><!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu items do not show a tick or allow shading to be disabled</li>
 150           <li><!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold lost when base colourscheme changed if slider not visible</li>
 151           </ul>
 152           <em>Application</em>
 153           <ul>
 154           <li><!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower case' residues (button in colourscheme editor debugged and new documentation and tooltips added)</li>
 155           <li><!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button doesn't restore group-specific text colour thresholds</li>
 156           <li><!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as new features are added to alignment</li>
 157           <li><!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view selection menu changes colours of alignment views</li>
 158           <li><!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always appear enabled in Preferences->Connections</li>
 159           <li><!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised from alignment calculation workers after alignment has been closed</li>
 160           <li><!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create groups now 'Create Group'</li>
 161           <li><!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for Create/Undefine group doesn't always work</li>
 162           <li><!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get shown again after pressing 'Cancel'</li>
 163           <li><!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions removed from console output</li>
 164           <li><!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered when alignment view imported from project</li>
 165
 166           </ul>
 167           <em>Applet</em>
 168           <ul>
 169           <li><!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on overview or linked structure view</li>
 170           <li><!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't work (since 2.8)</li>
 171           </ul>
 172           <em>New Known Issues</em>
 173           <ul>
 174           <li></li>
 175           </ul>
 176
 177           </div>
 178     <tr>
 179       <td width="60" nowrap>
 180         <div align="center">
 181           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br />
 182             <em>29/11/2016</em></strong>
 183         </div>
 184       </td>
 185       <td><div align="left">
 186           <em>General</em>
 187           <ul>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 190               for all consensus calculations
 191             </li>
 192             <li>
 193               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released 3rd Oct 2016)
 194             </li>
 195             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 196               for 2016-2017</li>
 197           </ul>
 198           <em>Application</em>
 199           <ul>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 202               set of database cross-references, sorted alphabetically
 203             </li>
 204             <li>
 205               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 206               from database cross references. Users with custom links
 207               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 208                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 209             </li>
 210             <li>
 211               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 212               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 213               Chimera session
 214             </li>
 215             <li>
 216               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 217               the Chimera it is connected to is shut down
 218             </li>
 219             <li>
 220               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 221               columns menu item to mark columns containing
 222               highlighted regions (e.g. from structure selections or results
 223               of a Find operation)
 224             </li>
 225             <li>
 226               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 227               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 228               MSAviewer
 229             </li>
 230           </ul>
 231         </div></td>
 232       <td>
 233         <div align="left">
 234           <em>General</em>
 235           <ul>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 238               are not coloured or thresholded according to percent
 239               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 240             </li>
 241             <li>
 242               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 243               hydrophobic
 244             </li>
 245             <li>
 246               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 247               threshold, amino acid properties)
 248             </li>
 249             <li>
 250               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 251               reported as mapped to residues in a structure file in the
 252               View Mapping report
 253             </li>
 254             <li>
 255               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 256               could be added multiple times to a sequence
 257             </li>
 258             <li>
 259               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 260               bond features shown as two highlighted residues rather
 261               than a range in linked structure views, and treated
 262               correctly when selecting and computing trees from features
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 266               cross-references are matched to database name regardless
 267               of case
 268             </li>
 269
 270           </ul>
 271           <em>Application</em>
 272           <ul>
 273             <li>
 274               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 275               names without regular expressions also offer links from
 276               Sequence ID
 277             </li>
 278             <li>
 279               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 280               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 281               update Jalview configuration
 282             </li>
 283             <li>
 284               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 285               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 289               files with similarly named sequences if dropped onto the
 290               alignment
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 294               entries where more chains exist in the PDB accession than
 295               are reported in the SIFTS file
 296             </li>
 297             <li>
 298               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 299               the structure view when displayed with Chimera
 300             </li>
 301             <li>
 302               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 303               panel's View->Show Chains submenu
 304             </li>
 305             <li>
 306               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 307               work for wrapped alignment views
 308             </li>
 309             <li>
 310               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 311               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 315               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 316               first annotation row
 317             </li>
 318             <li>
 319               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 320               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 321             </li>
 322             <li>
 323             <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched ranges for PDB and sequence for SIFTS</li>
 324             <!-- JAL-2319 -->SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant coordindate data</li>
 325           </ul>
 326 <!--           <em>New Known Issues</em>
 327           <ul>
 328             <li></li>
 329           </ul> -->
 330         </div>
 331       </td>
 332     </tr>
 333       <td width="60" nowrap>
 334         <div align="center">
 335           <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 336             <em>25/10/2016</em></strong>
 337         </div>
 338       </td>
 339       <td><em>Application</em>
 340         <ul>
 341           <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 342             view if structures already loaded</li>
 343           <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 344             structure views</li>
 345         </ul></td>
 346       <td>
 347         <div align="left">
 348           <em>General</em>
 349           <ul>
 350             <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 351               shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 352             <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 353               example sequences/projects/trees</li>
 354           </ul>
 355           <em>Application</em>
 356           <ul>
 357             <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 358               files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 359             <li>Multiple structure views can be opened and
 360               superposed without timeout for structures with multiple
 361               models or multiple sequences in alignment</li>
 362             <li>Cannot import or associated local PDB files without
 363               a PDB ID HEADER line</li>
 364             <li>RMSD is not output in Jmol console when
 365               superposition is performed</li>
 366             <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux
 367               and OSX versions earlier than El Capitan</li>
 368             <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 369             <li>Exceptions are not raised in console when ENA
 370               client attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB
 371               Refs UI option</li>
 372             <li>Exceptions are not raised in console when a new
 373               view is created on the alignment</li>
 374             <li>OSX right-click fixed for group selections:
 375               CMD-click to insert/remove gaps in groups and CTRL-click
 376               to open group pop-up menu</li>
 377           </ul>
 378           <em>Build and deployment</em>
 379           <ul>
 380             <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 381               tags</li>
 382           </ul>
 383           <em>New Known Issues</em>
 384           <ul>
 385             <li>Drag and drop from URL links in browsers do not
 386               work on Windows</li>
 387           </ul>
 388         </div>
 389       </td>
 390     </tr>
 391     <tr>
 392       <td width="60" nowrap>
 393         <div align="center">
 394           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 395         </div>
 396       </td>
 397       <td><em>General</em>
 398         <ul>
 399           <li>
 400           <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 401           </li>
 402           <li>
 403             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 404             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 405             better PDB parsing.
 406           </li>
 407           <li>
 408             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 409             reference sequence
 410           </li>
 411           <li>
 412             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 413             mousing over sequence associated annotation
 414           </li>
 415           <li>
 416             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 417             for manual entry
 418           </li>
 419           <li>
 420             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 421             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 422             for each column
 423           </li>
 424           <li>
 425             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 426             showing or hiding columns containing a feature
 427           </li>
 428           <li>
 429             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 430             group and sequence associated annotation labels
 431           </li>
 432           <li>
 433             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 434             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 435             dialogs
 436           </li>
 437
 438         </ul> <em>Application</em>
 439         <ul>
 440           <li>
 441             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 442             gene/transcript view
 443           </li>
 444           <li>
 445             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 446             dialog
 447           </li>
 448           <li>
 449             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 450             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 451           </li>
 452           <li>
 453             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 454             Pfam sources to xfam.org
 455           </li>
 456           <li>
 457             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 458           </li>
 459           <li>
 460             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 461             over sequences in Jalview
 462           </li>
 463           <li>
 464             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 465             regions in ENA and EMBL
 466           </li>
 467           <li>
 468             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 469             for record retrieval via ENA rest API
 470           </li>
 471           <li>
 472             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 473             complement operator
 474           </li>
 475           <li>
 476             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 477             groovy script execution
 478           </li>
 479           <li>
 480             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 481             alignment window's Calculate menu
 482           </li>
 483           <li>
 484             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 485             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 486           </li>
 487           <li>
 488             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 489             calculation workers from groovy scripts
 490           </li>
 491           <li>
 492             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 493             Jalview projects
 494           </li>
 495           <li>
 496             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 497             associations are now saved/restored from project
 498           </li>
 499           <li>
 500             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 501             before sequence fetcher is opened
 502           </li>
 503           <li>
 504             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 505             database chooser opens a sequence fetcher
 506           </li>
 507           <li>
 508             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 509             the UniProt REST API
 510           </li>
 511           <li>
 512             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 513             the news reader opening
 514           </li>
 515           <li>
 516             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 517             querying stored in preferences
 518           </li>
 519           <li>
 520             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
 521             search results
 522           </li>
 523           <li>
 524             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
 525           </li>
 526           <li>
 527             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
 528             menu for nucleotide sequences
 529           </li>
 530           <li>
 531             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
 532             and feature counts preserves alignment ordering (and
 533             debugged for complex feature sets).
 534           </li>
 535           <li>
 536             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
 537             viewing structures with Jalview 2.10
 538           </li>
 539           <li>
 540             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
 541             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
 542             Ensembl Genomes REST API
 543           </li>
 544           <li>
 545             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
 546             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
 547             (Ensembl)
 548           </li>
 549           <li>
 550             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
 551             sequences
 552           </li>
 553           <li>
 554             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
 555             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
 556             data from external database records.
 557           </li>
 558           <li>
 559             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
 560             efficient recovery of sequence coding and alignment
 561             annotation relationships.
 562           </li>
 563         </ul> <!-- <em>Applet</em>
 564         <ul>
 565           <li>
 566             -- JAL---
 567           </li>
 568         </ul> --></td>
 569       <td>
 570         <div align="left">
 571           <em>General</em>
 572           <ul>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
 575               menu on OSX
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
 579               includes graduated colourschemes
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
 583               working with big alignments and lots of hidden columns
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
 587               at right of alignment window
 588             </li>
 589             <li>
 590               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
 591               contents
 592             </li>
 593             <li>
 594               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
 595               for DNA alignments
 596             </li>
 597             <li>
 598               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
 599               based tree calculation
 600             </li>
 601             <li>
 602               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
 603               unconserved enabled for group on alignment
 604             </li>
 605             <li>
 606               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
 607               set as reference
 608             </li>
 609             <li>
 610               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
 611               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
 612               annotation
 613             </li>
 614             <li>
 615               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
 616               hidden columns present
 617             </li>
 618             <li>
 619               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
 620               user created annotation added to alignment
 621             </li>
 622             <li>
 623               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
 624               '()' base pair annotation
 625             </li>
 626             <li>
 627               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
 628               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
 629               Consensus
 630             </li>
 631             <li>
 632               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
 633               feature not working
 634             </li>
 635             <li>
 636               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
 637               beginning of sequence
 638             </li>
 639             <li>
 640               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
 641               entry 3a6s
 642             </li>
 643             <li>
 644               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
 645               from a tree when t-coffee scores are shown
 646             </li>
 647             <li>
 648               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
 649               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
 650             </li>
 651             <li>
 652               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
 653               some structures
 654             </li>
 655             <li>
 656               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
 657               to Clustal, PIR and PileUp output
 658             </li>
 659             <li>
 660               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
 661               not visible causes alignment window to repaint
 662             </li>
 663             <li>
 664               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
 665               graduated colour and colour by annotation row for e-value
 666               scores associated with features and annotation rows
 667             </li>
 668             <li>
 669               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 670               calculation should be case independent
 671             </li>
 672             <li>
 673               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
 674               columns
 675             </li>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
 678               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
 679               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
 680             </li>
 681             <li>
 682               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
 683               problems when reference sequence defined and 'show
 684               non-conserved' enabled
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
 688               load even when Consensus calculation is disabled
 689             </li>
 690             <li>
 691               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
 692               alignment does nothing
 693             </li>
 694           </ul>
 695           <em>Application</em>
 696           <ul>
 697             <li>
 698               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
 699               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
 700               yet fixed for El Capitan)
 701             </li>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
 704               output when running on non-gb/us i18n platforms
 705             </li>
 706             <li>
 707               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
 708               hidden sequences as flat-file alignment
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
 712               launching Chimera
 713             </li>
 714             <li>
 715               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
 716               (also hotfix for 2.9.0b2)
 717             </li>
 718             <li>
 719               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
 720               reference sequence defined
 721             </li>
 722             <li>
 723               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
 724               alignments and views when revealing hidden columns
 725             </li>
 726             <li>
 727               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
 728               view in a cDNA/Protein splitframe
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
 732               sequence from project when only one sequence is
 733               represented
 734             </li>
 735             <li>
 736               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
 737               in Structure Chooser
 738             </li>
 739             <li>
 740               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
 741               structure consensus didn't refresh annotation panel
 742             </li>
 743             <li>
 744               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
 745               mappings between sequence and all chains in a PDB file
 746             </li>
 747             <li>
 748               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
 749               dialogs format columns correctly, don't display array
 750               data, sort columns according to type
 751             </li>
 752             <li>
 753               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
 754               file chooser is cancelled during an image export
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
 758               sequence name containing special characters
 759             </li>
 760             <li>
 761               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
 762               case insensitive
 763             </li>
 764             <li>
 765               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
 766               formatting don't wrap
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
 770               truncated so L looks like I in consensus annotation
 771             </li>
 772             <li>
 773               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
 774               currently displayed features for the current selection or
 775               view
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
 779               after fetching cross-references, and restoring from project
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
 783               followed in the structure viewer
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
 787               splitframe not restored from project
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
 791               trailing end of protein alignment in transcript/product
 792               splitview when pad-gaps not enabled by default
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
 796               is case dependent
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
 800               article has been read (reopened issue due to
 801               internationalisation problems)
 802             </li>
 803             <li>
 804               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
 805               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
 806               cross-references
 807             </li>
 808
 809             <li>
 810               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
 811               alignment as HTML
 812             </li>
 813             <li>
 814               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
 815               multiple structures are shown for one or more sequences.
 816             </li>
 817             <li>
 818               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
 819               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
 820               is enabled.
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
 824               specific PDB id for sequence
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
 828               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
 829               columns' is disabled.
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
 833               selects lowest rather than highest resolution structures
 834               for each sequence
 835             </li>
 836             <li>
 837               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
 838               to sequence mapping in 'View Mappings' report
 839             </li>
 840             <li>
 841               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
 842               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
 843             </li>
 844             <li><!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
 845               after clicking on it to create new annotation for a
 846               column.
 847             </li>
 848             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
 849             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
 850           </ul>
 851           <em>Applet</em>
 852           <ul>
 853             <li>
 854               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
 855               hidden columns present before start of sequence
 856             </li>
 857             <li>
 858               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
 859               (JSON jars)
 860             </li>
 861             <li>
 862               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
 863               sequences are hidden in applet
 864             </li>
 865             <li>
 866               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
 867               deployment on examples pages.
 868             </li>
 869           </ul>
 870         </div>
 871       </td>
 872     </tr>
 873     <tr>
 874       <td width="60" nowrap>
 875         <div align="center">
 876           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
 877             <em>16/10/2015</em></strong>
 878         </div>
 879       </td>
 880       <td><em>General</em>
 881         <ul>
 882           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
 883             jars</li>
 884         </ul></td>
 885       <td>
 886         <div align="left">
 887           <em>Application</em>
 888           <ul>
 889             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
 890               shown when tree is partitioned</li>
 891             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
 892               multiple cDNA/Protein split views</li>
 893           </ul>
 894         </div>
 895       </td>
 896     </tr>
 897     <tr>
 898       <td width="60" nowrap>
 899         <div align="center">
 900           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
 901             <em>8/10/2015</em></strong>
 902         </div>
 903       </td>
 904       <td><em>General</em>
 905         <ul>
 906           <li>Updated Spanish translations of localized text for
 907             2.9</li>
 908         </ul> <em>Application</em>
 909         <ul>
 910           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
 911           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
 912           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
 913         </ul> <em>Applet</em>
 914         <ul>
 915           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
 916         </ul><em>Build and Deployment</em>
 917         <ul>
 918           <li><!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test suite</li>
 919         </ul></td>
 920       <td>
 921         <div align="left">
 922           <em>General</em>
 923           <ul>
 924             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
 925               incorrect when sequence start > 1</li>
 926             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
 927               documentation</li>
 928             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
 929             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
 930               loading a features file containing HTML tags in feature
 931               description</li>
 932
 933           </ul>
 934           <em>Application</em>
 935           <ul>
 936             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
 937               reimport</li>
 938             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
 939               with 'trim retrieved sequences'</li>
 940             <li>Incorrect warning about deleting all data when
 941               deleting selected columns</li>
 942             <li>Patch to build system for shipping properly signed
 943               JNLP templates for webstart launch</li>
 944             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
 945               unreleased structures for download or viewing</li>
 946             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
 947               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
 948             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
 949               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
 950             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
 951               recovered from jalview project</li>
 952             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
 953               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
 954               alignment view</li>
 955             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
 956               color schemes from BioJSON</li>
 957           </ul>
 958           <em>Applet</em>
 959           <ul>
 960             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
 961               frame</li>
 962             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
 963           </ul>
 964         </div>
 965       </td>
 966     </tr>
 967     <tr>
 968       <td><div align="center">
 969           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
 970         </div></td>
 971       <td><em>General</em>
 972         <ul>
 973           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
 974             alignments:
 975             <ul>
 976               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
 977                 and DNA alignment views</li>
 978               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
 979                 cDNA alignment views</li>
 980               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
 981                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
 982               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
 983                 protein sequences</li>
 984             </ul>
 985           </li>
 986           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
 987           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
 988             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
 989           <li>New alignment annotation file statements for
 990             reference sequences and marking hidden columns</li>
 991           <li>Reference sequence based alignment shading to
 992             highlight variation</li>
 993           <li>Select or hide columns according to alignment
 994             annotation</li>
 995           <li>Find option for locating sequences by description</li>
 996           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
 997             acid conservation row</li>
 998           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
 999         </ul> <em>Application</em>
1000         <ul>
1001           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1002             <ul>
1003               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1004                 view with cDNA/Protein</li>
1005               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1006                 sequences are placed in the same alignment</li>
1007               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1008                 projects</li>
1009             </ul>
1010           </li>
1011
1012           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1013           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1014             Jalview windows</li>
1015
1016           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1017           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1018           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1019             be shown in VARNA</li>
1020
1021           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1022             as the active selected region</li>
1023
1024           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1025             similarity</li>
1026           <li>New Export options
1027             <ul>
1028               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1029                 region export in flat file generation</li>
1030
1031               <li>Export alignment views for display with the <a
1032                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1033
1034               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1035               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1036                 alignment figures to HTML</li>
1037           </li>
1038           <li>3D structure retrieval and display
1039             <ul>
1040               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1041                 Search API</li>
1042               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1043                 PDB structures for a sequence set</li>
1044             </ul>
1045           </li>
1046
1047           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1048             predictions</li>
1049           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1050             for one or a group of sequences</li>
1051           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1052             from the JPred4 web server</li>
1053           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1054             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1055             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1056           </li>
1057           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1058             VARNA 2D Structure'</li>
1059           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1060             Structure ..."</li>
1061
1062         </ul> <em>Applet</em>
1063         <ul>
1064           <li>New layout for applet example pages</li>
1065           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1066             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1067           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1068             Protein alignments</li>
1069         </ul> <em>Development and deployment</em>
1070         <ul>
1071           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1072           <li>Include installation type and git revision in build
1073             properties and console log output</li>
1074           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1075             storing BioJsMSA Templates</li>
1076           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1077         </ul></td>
1078       <td>
1079         <!-- <em>General</em>
1080         <ul>
1081         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1082         <ul>
1083           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1084           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1085           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1086             predictions are not highlighted in amber</li>
1087           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1088             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1089           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1090             associated structure views</li>
1091           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1092             width checkbox not enabled</li>
1093           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1094             creating user defined colours</li>
1095           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1096             mappings for just that viewer's sequences</li>
1097           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1098             multiple models in Chimera</li>
1099           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1100             over Jmol structure</li>
1101           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1102             output to text box</li>
1103           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1104             have incorrect sequence start/end</li>
1105           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1106             Jalview fails</li>
1107           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1108             work for nucleotide</li>
1109           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1110             to a grey/invisible alignment window</li>
1111           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1112             imports to different position</li>
1113           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1114             on some platforms</li>
1115           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1116             populated</li>
1117           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1118             console if Chimera has been opened</li>
1119           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1120           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1121             retrieved</li>
1122           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1123           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1124             either sequence shows on first structure</li>
1125           <li>'Show annotations' options should not make
1126             non-positional annotations visible</li>
1127           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1128             in right place after 'view flanking regions'</li>
1129           <li>File Save As type unset when current file format is
1130             unknown</li>
1131           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1132             projects</li>
1133           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1134             responsive</li>
1135           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1136             several views on same alignment</li>
1137           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1138           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1139             spaces</li>
1140         </ul> <em>Applet</em>
1141         <ul>
1142           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1143           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1144             descriptions containing angle brackets</li>
1145         </ul> <em>General</em>
1146         <ul>
1147           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1148             via jalview annotation file</li>
1149           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1150             with RNA secondary structure</li>
1151           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1152             translation doesn't work.</li>
1153           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1154           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1155             positions</li>
1156           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1157             choosing 1pt font</li>
1158           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1159             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1160             'h'</li>
1161           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1162             new feature</li>
1163           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1164             order dependent</li>
1165           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1166             sequences</li>
1167           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1168         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1169         <ul>
1170           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1171             www.jalview.org</li>
1172         </ul> <em>Application Known issues</em>
1173         <ul>
1174           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1175           <li>Misleading message appears after trying to delete
1176             solid column.</li>
1177           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1178             version launches</li>
1179           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1180             fails with a sequence mismatch</li>
1181           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1182             scrolling alignment to right</li>
1183           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1184             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1185           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1186             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1187           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1188             ultra-high resolution</li>
1189           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1190             quality and conservation</li>
1191           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1192             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1193         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1194         <ul>
1195           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1196           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1197             window is being resized</li>
1198
1199         </ul>
1200       </td>
1201     </tr>
1202     <tr>
1203       <td><div align="center">
1204           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1205         </div></td>
1206       <td><em>General</em>
1207         <ul>
1208           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1209             Certum.PL.</li>
1210           <li>Features and annotation preserved when performing
1211             pairwise alignment</li>
1212           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1213             imported/exported/displayed</li>
1214           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1215             protein secondary structure</li>
1216           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1217               post-hoc with 2.9 release</em>)
1218           </li>
1219
1220         </ul> <em>Application</em>
1221         <ul>
1222           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1223             with 3D structures</li>
1224           <li>Support for parsing RNAML</li>
1225           <li>Annotations menu for layout
1226             <ul>
1227               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1228               <li>place sequence annotation above/below alignment
1229                 annotation</li>
1230             </ul>
1231           <li>Output in Stockholm format</li>
1232           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1233             translation</li>
1234           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1235           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1236             shared between alignments</li>
1237           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1238             Jalview</li>
1239           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1240             all or current selection</li>
1241           <li>disorder and secondary structure predictions
1242             available as dataset annotation</li>
1243           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1244
1245
1246           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1247             alignments from Rfam</li>
1248           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1249
1250           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1251             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1252           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1253           <li>include installation type in build properties and
1254             console log output</li>
1255           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1256             annotation</li>
1257         </ul></td>
1258       <td>
1259         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1260         <ul>
1261           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1262             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1263           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1264             alignment</li>
1265           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1266           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1267           <li>Double click on sequence associated annotation
1268             selects only first column</li>
1269           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1270             leaves shown in tree</li>
1271           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1272             properly</li>
1273           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1274           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1275             screen and buttons not visible</li>
1276           <li>author list isn't updated if already written to
1277             Jalview properties</li>
1278           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1279             from database</li>
1280           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1281           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1282             browser search window</li>
1283           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1284             in feature settings dialog</li>
1285           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1286             desktop</li>
1287           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1288             pass validation</li>
1289           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1290             fit on screen</li>
1291           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1292             tooltip</li>
1293           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1294             defined user preset</li>
1295           <li>MSA web services warns user if they were launched
1296             with invalid input</li>
1297           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1298             Java 8</li>
1299           <li>
1300             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1301             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1302             created
1303           </li>
1304
1305         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1306                                 <ul>
1307                                 </ul> <em>General</em>
1308                                 <ul>
1309                                 </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1310         <ul>
1311           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1312             memory allocation</li>
1313           <li>launchApp service doesn't automatically open
1314             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1315           <li>
1316             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1317             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1318             1.7_055 is available
1319           </li>
1320         </ul> <em>Application Known issues</em>
1321         <ul>
1322           <li>
1323             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1324             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1325             alignment to right
1326           </li>
1327           <li>
1328             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1329             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1330             with large number of ID
1331           </li>
1332           <li>
1333             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1334             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1335             start/end
1336           </li>
1337           <li>
1338             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1339             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1340             structure tracks are rearranged
1341           </li>
1342           <li>
1343             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1344             invalid rna structure positional highlighting does not
1345             highlight position of invalid base pairs
1346           </li>
1347           <li>
1348             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1349             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1350             project from alignment window file menu
1351           </li>
1352           <li>
1353             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1354             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1355             structures
1356           </li>
1357           <li>
1358             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1359             colour by RNA Helices not enabled when user created
1360             annotation added to alignment
1361           </li>
1362           <li>
1363             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1364             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1365           </li>
1366         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1367         <ul>
1368           <li>
1369             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1370             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1371           </li>
1372           <li>
1373             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1374             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1375           </li>
1376
1377           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1378             when selected</li>
1379         </ul>
1380       </td>
1381     </tr>
1382     <tr>
1383       <td><div align="center">
1384           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1385         </div></td>
1386       <td>
1387         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1388         <em>General</em>
1389         <ul>
1390           <li>Internationalisation of user interface (usually
1391             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1392           <li>Define/Undefine group on current selection with
1393             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1394           <li>Improved group creation/removal options in
1395             alignment/sequence Popup menu</li>
1396           <li>Sensible precision for symbol distribution
1397             percentages shown in logo tooltip.</li>
1398           <li>Annotation panel height set according to amount of
1399             annotation when alignment first opened</li>
1400         </ul> <em>Application</em>
1401         <ul>
1402           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1403             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1404           <li>Select columns containing particular features from
1405             Feature Settings dialog</li>
1406           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1407             sequences</li>
1408           <li>Update Jalview project format:
1409             <ul>
1410               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1411               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1412                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1413               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1414                 colouring</li>
1415             </ul>
1416           </li>
1417           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1418             (PAM250)</li>
1419           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1420             flanking regions for an alignment</li>
1421         </ul>
1422       </td>
1423       <td>
1424         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1425         <ul>
1426           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1427             running after job is cancelled</li>
1428           <li>cannot export features from alignments imported from
1429             Jalview/VAMSAS projects</li>
1430           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1431             float values</li>
1432           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1433             have 'display all symbols' flag set</li>
1434           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1435             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1436           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1437             Jalview</li>
1438           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1439             Lion/Webstart</li>
1440           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1441           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1442           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1443             alignment onto desktop</li>
1444           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1445             'extract scores' function</li>
1446           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1447             alignment window</li>
1448           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1449             performing IUPred disorder prediction</li>
1450           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1451             changing 'normalise logo' display setting</li>
1452           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1453             nothing matches query</li>
1454           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1455             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1456           </li>
1457           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1458             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1459           </li>
1460           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1461             Jalview's menu</li>
1462           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1463             'invalid literal/length code'</li>
1464           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1465             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1466           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1467             colourscheme</li>
1468
1469         </ul> <em>Applet</em>
1470         <ul>
1471           <li>Remove group option is shown even when selection is
1472             not a group</li>
1473           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1474             don't affect groups</li>
1475           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1476             colourscheme name</li>
1477           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1478             Annotation panel is not displayed</li>
1479           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1480             embedded windows</li>
1481         </ul> <em>Other</em>
1482         <ul>
1483           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1484             single sequence were not calculated</li>
1485           <li>annotation files that contain only groups imported as
1486             annotation and junk sequences</li>
1487           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1488             recognised as PFAM or BLC</li>
1489           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1490             doesn't affect background (2.8.0b1)
1491           <li></li>
1492           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1493           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1494             trailing gaps</li>
1495           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1496             registered correctly on import</li>
1497           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1498             certain alignments</li>
1499           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1500             existing annotation based 'use original colours'
1501             colourscheme loses original colours setting</li>
1502         </ul>
1503       </td>
1504     </tr>
1505     <tr>
1506       <td><div align="center">
1507           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1508             <em>30/1/2014</em></strong>
1509         </div></td>
1510       <td>
1511         <ul>
1512           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1513             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
1514             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
1515             open source project).
1516           </li>
1517           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search
1518           </li>
1519           <li>Output in Stockholm format</li>
1520           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
1521           <li>Export/import group and sequence associated line
1522             graph thresholds</li>
1523           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
1524             ambiguity codes</li>
1525           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
1526             selection (or visible selection) in the same way that JPred
1527             works</li>
1528           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
1529         </ul> <em>Other improvements</em>
1530         <ul>
1531           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
1532           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
1533             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
1534           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
1535             files</li>
1536           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
1537           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
1538             link but no description</li>
1539           <li>Select primary source when selecting authority in
1540             database fetcher GUI</li>
1541           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
1542             Jalview</li>
1543           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
1544         </ul>
1545       </td>
1546       <td>
1547         <ul>
1548           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
1549             displayed</li>
1550           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
1551             secondary structure annotation line</li>
1552           <li>Sequence database accessions not imported when
1553             fetching alignments from Rfam</li>
1554           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
1555             identical IDs</li>
1556           <li>View all structures does not always superpose
1557             structures</li>
1558           <li>Option widgets in service parameters not updated to
1559             reflect user or preset settings</li>
1560           <li>Null pointer exceptions for some services without
1561             presets or adjustable parameters</li>
1562           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
1563             discover PDB xRefs</li>
1564           <li>Exception encountered while trying to retrieve
1565             features with DAS</li>
1566           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
1567             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
1568           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
1569             residue follows a gap</li>
1570           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
1571             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
1572           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
1573             shown in wrap mode when no annotations present</li>
1574           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
1575             annotation already exists on alignment</li>
1576           <li>oninit javascript function should be called after
1577             initialisation completes</li>
1578           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
1579             alignment window display</li>
1580           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
1581           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
1582             to annotation file</li>
1583           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
1584             groups created</li>
1585           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
1586             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
1587           <li>Pressing return several times causes Number Format
1588             exceptions in keyboard mode</li>
1589           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
1590             correct partitions for input data</li>
1591           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
1592           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
1593           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
1594           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
1595             mode</li>
1596           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
1597             changes one row&#39;s threshold</li>
1598           <li>Preferences and Feature settings panel panel
1599             doesn&#39;t open</li>
1600           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
1601             quality histograms</li>
1602         </ul>
1603       </td>
1604     </tr>
1605     <tr>
1606       <td><div align="center">
1607           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
1608         </div></td>
1609       <td><em>Application</em>
1610         <ul>
1611           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
1612             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
1613           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
1614             preferences</li>
1615           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
1616             in Jalview alignment window</li>
1617           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
1618             mountain lion, windows 7, and 8</li>
1619           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
1620             RNA and ambiguity codes</li>
1621
1622           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
1623           <li>Support fetching and database reference look up
1624             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
1625             refs')</li>
1626           <li>Jalview project improvements
1627             <ul>
1628               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
1629                 flag for annotation</li>
1630               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
1631                 alignment</li>
1632               <li>Store AACon calculation settings for a view in
1633                 Jalview project</li>
1634
1635             </ul>
1636           </li>
1637           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
1638           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
1639             running</li>
1640           <li>Simpler JABA web services menus</li>
1641           <li>visual indication that web service results are still
1642             being retrieved from server</li>
1643           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
1644             starts up for first time</li>
1645           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
1646             services</li>
1647           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
1648             client library</li>
1649           <li>Examples directory and Groovy library included in
1650             InstallAnywhere distribution</li>
1651         </ul> <em>Applet</em>
1652         <ul>
1653           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
1654             visualization applet example</li>
1655         </ul> <em>General</em>
1656         <ul>
1657           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
1658           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
1659             defaults</li>
1660           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
1661             calculation</li>
1662           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
1663             matrices
1664           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
1665             in HTML</li>
1666           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
1667             structure contacts</li>
1668           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
1669           <li>RNA base pair logo consensus</li>
1670           <li>Parse sequence associated secondary structure
1671             information in Stockholm files</li>
1672           <li>HTML Export database accessions and annotation
1673             information presented in tooltip for sequences</li>
1674           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
1675             style RNA alignment files</li>
1676           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
1677             alignment</li>
1678           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
1679             shade each sequence according to its associated alignment
1680             annotation</li>
1681           <li>New Jalview Logo</li>
1682         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1683         <ul>
1684           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
1685           <li>New Website!</li>
1686         </ul></td>
1687       <td><em>Application</em>
1688         <ul>
1689           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
1690             wsdbfetch REST service</li>
1691           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
1692           <li>Filetype associations not installed for webstart
1693             launch</li>
1694           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1695             job execution in full once it is complete</li>
1696           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
1697             uploaded via ali_file parameter</li>
1698           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
1699           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
1700           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
1701             submitted for prediction</li>
1702           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
1703             desktop window</li>
1704           <li>Putting fractional value into integer text box in
1705             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
1706           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
1707             windows 7</li>
1708           <li>View all structures fails with exception shown in
1709             structure view</li>
1710           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
1711             escaped in a platform independent way</li>
1712           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
1713             using proxy</li>
1714           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
1715             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
1716           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
1717             failure when java web start temporary file caching is
1718             disabled</li>
1719           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
1720             results in sequence xref which includes range qualification</li>
1721           <li>Errors during processing of command line arguments
1722             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
1723           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
1724             DAS sources in sequence fetcher</li>
1725           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
1726             dialog is shown</li>
1727           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
1728           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
1729           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
1730           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
1731             on OSX Mountain Lion</li>
1732           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
1733             sequences with alignment annotation are pasted into the
1734             alignment</li>
1735           <li>Sequence associated annotation rows not associated
1736             when loaded from Jalview project</li>
1737           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
1738           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
1739             cancelled or job failed due to invalid input</li>
1740           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
1741             associated with all views</li>
1742           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
1743             annotation rows to new window</li>
1744         </ul> <em>Applet</em>
1745         <ul>
1746           <li>Sequence features are momentarily displayed before
1747             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
1748           <li>loading features via javascript API automatically
1749             enables feature display</li>
1750           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
1751             work</li>
1752         </ul> <em>General</em>
1753         <ul>
1754           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
1755           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
1756             and then deselected</li>
1757           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
1758           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
1759             coloured with clustalx</li>
1760           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
1761             exceptions and redraw errors</li>
1762           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
1763             reconfigured view</li>
1764           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
1765             colour</li>
1766           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
1767             for lots of labels</li>
1768         </ul>
1769     </tr>
1770     <tr>
1771       <td>
1772         <div align="center">
1773           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
1774         </div>
1775       </td>
1776       <td><em>Application</em>
1777         <ul>
1778           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
1779           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
1780           <li>View/alignment association menu to enable user to
1781             easily specify which alignment a multi-structure view takes
1782             its colours/correspondences from</li>
1783           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
1784           <li>Extend Jalview project to preserve associations
1785             between many alignment views and a single Jmol display</li>
1786           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
1787           <li>Annotation row column label formatting attributes
1788             stored in project file</li>
1789           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
1790             rows preserved in Jalview project file</li>
1791           <li>Visual progress indication when Jalview state is
1792             saved using Desktop window menu</li>
1793           <li>Visual indication that command line arguments are
1794             still being processed</li>
1795           <li>Groovy script execution from URL</li>
1796           <li>Colour by annotation default min and max colours in
1797             preferences</li>
1798           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
1799             alignment with sequences that have high similarity and
1800             matching IDs</li>
1801           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
1802           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
1803             structures in same window</li>
1804           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
1805           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
1806             analysis function in its own submenu</li>
1807         </ul> <em>Applet</em>
1808         <ul>
1809           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
1810             groups</li>
1811           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
1812           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
1813           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
1814           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
1815           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
1816             annotated from GFF/Jalview features files</li>
1817           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
1818           <li>Absolute paths relative to host server in applet
1819             parameters are treated as such</li>
1820           <li>New in the JalviewLite javascript API:
1821             <ul>
1822               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
1823               <li>Javascript callbacks for
1824                 <ul>
1825                   <li>Applet initialisation</li>
1826                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
1827                 </ul>
1828               </li>
1829               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
1830                 functions</li>
1831               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
1832               <li>javascript structure viewer harness to pass
1833                 messages between Jmol and Jalview when running as
1834                 distinct applets</li>
1835               <li>sortBy method</li>
1836               <li>Set of applet and application examples shipped
1837                 with documentation</li>
1838               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
1839                 javascript message exchange</li>
1840             </ul>
1841         </ul> <em>General</em>
1842         <ul>
1843           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
1844             multiple alignments</li>
1845           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
1846           <li>User configurable link to enable redirects to a
1847             www.Jalview.org mirror</li>
1848           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
1849           <li>Configurable newline string when writing alignment
1850             and other flat files</li>
1851           <li>Allow alignment annotation description lines to
1852             contain html tags</li>
1853         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1854         <ul>
1855           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
1856             examples</li>
1857           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
1858             using a web service before displaying the result in the
1859             Jalview desktop</li>
1860           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
1861           <li>Ant target to publish example html files with applet
1862             archive</li>
1863           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
1864           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
1865         </ul></td>
1866       <td><em>Application</em>
1867         <ul>
1868           <li>User defined colourscheme throws exception when
1869             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
1870           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
1871             dialog for valid filename/format</li>
1872           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
1873           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
1874             P37173</li>
1875           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
1876             which sequence is to be associated with the file</li>
1877           <li>Find All raises null pointer exception when query
1878             only matches sequence IDs</li>
1879           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
1880           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
1881             2.4 cannot be loaded</li>
1882           <li>Filetype associations not installed for webstart
1883             launch</li>
1884           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
1885             with sequences in different alignments do not get coloured
1886             by their associated sequence</li>
1887           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
1888             not preserved when project is loaded</li>
1889           <li>Annotation row height and visibility attributes not
1890             stored in Jalview project</li>
1891           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
1892             Jalview project</li>
1893           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
1894           <li>Enabling show group conservation also enables colour
1895             by conservation</li>
1896           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
1897             created on new view</li>
1898           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
1899             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
1900           <li>Alignment quality not updated after alignment
1901             annotation row is hidden then shown</li>
1902           <li>Preserve colouring of structures coloured by
1903             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
1904           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
1905             properly</li>
1906           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
1907             services&#39; button is pressed in preferences</li>
1908           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
1909           <li>Structures imported from file and saved in project
1910             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
1911           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
1912             job execution in full once it is complete</li>
1913         </ul> <em>Applet</em>
1914         <ul>
1915           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
1916             annotation rows are displayed</li>
1917           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
1918             codebase</li>
1919           <li>View follows highlighting does not work for positions
1920             in sequences</li>
1921           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
1922           <li>Export features raises exception when no features
1923             exist</li>
1924           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
1925             for javascript api is modified when separator string
1926             provided as parameter</li>
1927           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
1928             alignment with no existing selection</li>
1929           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
1930             to applet&#39;s codebase</li>
1931           <li>Status bar not updated after finished searching and
1932             search wraps around to first result</li>
1933           <li>StructureSelectionManager instance shared between
1934             several Jalview applets causes race conditions and memory
1935             leaks</li>
1936           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
1937             not sent from Jmol in applet</li>
1938           <li>Certain sequences of javascript method calls to
1939             applet API fatally hang browser</li>
1940         </ul> <em>General</em>
1941         <ul>
1942           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
1943             position with wrapped view and hidden regions</li>
1944           <li>Find sequence position moves to wrong residue
1945             with/without hidden columns</li>
1946           <li>Sequence length given in alignment properties window
1947             is off by 1</li>
1948           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
1949             import PDB like structure files</li>
1950           <li>Positional search results are only highlighted
1951             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
1952           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
1953           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
1954             given sequence position</li>
1955           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
1956             output</li>
1957           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
1958             from nucleotide chains correctly</li>
1959           <li>Structure colours not updated when tree partition
1960             changed in alignment</li>
1961           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
1962             parsed in interleaved stockholm</li>
1963           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
1964             state</li>
1965           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
1966             properly</li>
1967           <li>Sequences containing lowercase letters are not
1968             properly associated with their pdb files</li>
1969         </ul> <em>Documentation and Development</em>
1970         <ul>
1971           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
1972             ApplyCopyright tool</li>
1973         </ul></td>
1974     </tr>
1975     <tr>
1976       <td>
1977         <div align="center">
1978           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
1979         </div>
1980       </td>
1981       <td><em>Application</em>
1982         <ul>
1983           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
1984             contact web services</li>
1985           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
1986             service job window</li>
1987           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
1988         </ul></td>
1989       <td>
1990         <ul>
1991           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
1992             pir file emitted by Jalview</li>
1993           <li>Existing feature settings transferred to new
1994             alignment view created from cut'n'paste</li>
1995           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
1996             parsing PDB files</li>
1997           <li>Consensus and conservation annotation rows
1998             occasionally become blank for all new windows</li>
1999           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2000             in wrapped view mode</li>
2001         </ul> <em>Application</em>
2002         <ul>
2003           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2004             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2005           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2006             parameter names</li>
2007           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2008             is down</li>
2009         </ul>
2010       </td>
2011     </tr>
2012     <tr>
2013       <td>
2014         <div align="center">
2015           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2016         </div>
2017       </td>
2018       <td><em>Application</em>
2019         <ul>
2020           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2021             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2022             (JABAWS)
2023           </li>
2024           <li>Web Services preference tab</li>
2025           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2026             preferences</li>
2027           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2028           <li>Superpose structures using associated sequence
2029             alignment</li>
2030           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2031             viewer</li>
2032         </ul> <em>Applet</em>
2033         <ul>
2034           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2035             link out mechanism</li>
2036         </ul> <em>Other</em>
2037         <ul>
2038           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2039             series 12</li>
2040           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2041             require Java 1.5</li>
2042           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2043             sequence annotation files</li>
2044           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2045             type colour specification</li>
2046           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2047             script to check if it being run in an interactive session or
2048             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2049         </ul></td>
2050       <td>
2051         <ul>
2052           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2053             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2054         </ul> <em>Application</em>
2055         <ul>
2056           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2057             selected Regions menu item</li>
2058           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2059             part of a valid accession ID</li>
2060           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2061             runs out of memory</li>
2062           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2063             analysis results</li>
2064           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2065             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2066           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2067         </ul> <em>Applet</em>
2068         <ul>
2069           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2070             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2071             defined.</li>
2072         </ul>
2073       </td>
2074     </tr>
2075     <tr>
2076       <td>
2077         <div align="center">
2078           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2079         </div>
2080       </td>
2081       <td></td>
2082       <td>
2083         <ul>
2084           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2085             sequence IDs</li>
2086           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2087             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2088           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2089             import correctly</li>
2090           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2091             number of columns are hidden</li>
2092           <li>annotation label popup menu not providing correct
2093             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2094             present</li>
2095           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2096             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2097           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2098             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2099
2100         </ul> <em>Applet</em>
2101         <ul>
2102           <li>annotation panel disappears when annotation is
2103             hidden/removed</li>
2104         </ul> <em>Application</em>
2105         <ul>
2106           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2107             alignment opened where annotation panel is visible but no
2108             annotations are present on alignment</li>
2109           <li>pasted region containing hidden columns is
2110             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2111           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2112             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2113           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2114             selected Rregions menu item.</li>
2115           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2116             'Un' or 'Non'conserved</li>
2117           <li>Sequence feature settings are being shared by
2118             multiple distinct alignments</li>
2119           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2120             changed</li>
2121           <li>double click on group annotation to select sequences
2122             does not propagate to associated trees</li>
2123           <li>Mac OSX specific issues:
2124             <ul>
2125               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2126                 window background</li>
2127               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2128                 name set correctly</li>
2129               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2130                 save feature colourscheme button</li>
2131             </ul>
2132           </li>
2133         </ul>
2134       </td>
2135     </tr>
2136     <tr>
2137
2138       <td>
2139         <div align="center">
2140           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2141         </div>
2142       </td>
2143       <td><em>New Capabilities</em>
2144         <ul>
2145           <li>URL links generated from description line for
2146             regular-expression based URL links (applet and application)
2147
2148
2149
2150
2151
2152
2153           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2154             menu</li>
2155           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2156             structures</li>
2157           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2158             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2159           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2160             average score or total feature count for each sequence.</li>
2161           <li>Shading features by score or associated description</li>
2162           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2163             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2164           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2165             hide everything but the currently selected region.</li>
2166           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2167         </ul> <em>Application</em>
2168         <ul>
2169           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2170             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2171           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2172             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2173           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2174             database references and protein_name is parsed as
2175             description line (BioSapiens terms).</li>
2176           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2177             references in sequence ID tooltip from View menu in
2178             application.</li>
2179           <!--                  <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2180                         in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2181           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2182             conservation plots</li>
2183           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2184             and visualized as sequence logos</li>
2185           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2186             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2187           </li>
2188           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2189             when a new tree is opened.</li>
2190           <li>Jalview Java Console</li>
2191           <li>Better placement of desktop window when moving
2192             between different screens.</li>
2193           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2194             consensus annotation</li>
2195           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2196             Workflows</li>
2197           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2198             <ul>
2199               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2200                 used to preserve views, structures, and tree display
2201                 settings)</li>
2202               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2203                 command line</li>
2204               <li>Sharing of selected regions between views and
2205                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2206               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2207             </ul></li>
2208         </ul> <em>Applet</em>
2209         <ul>
2210           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2211           <li>New Parameters
2212             <ul>
2213               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2214                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2215                 opened.</li>
2216               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2217                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2218               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2219                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2220               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2221                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2222                 view</li>
2223               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2224                 increase the height or width of a cell in the alignment
2225                 grid relative to the current font size.</li>
2226             </ul>
2227           </li>
2228           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2229             tooltip</li>
2230         </ul> <em>Other</em>
2231         <ul>
2232           <li>Features format: graduated colour definitions and
2233             specification of feature scores</li>
2234           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2235             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2236             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2237           <li>XML formats extended to support graduated feature
2238             colourschemes, group associated annotation, and profile
2239             visualization settings.</li></td>
2240       <td>
2241         <ul>
2242           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2243             rather than description</li>
2244           <li>Non-positional features are now included in sequence
2245             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2246             visibility in tooltip).</li>
2247           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2248           <li>Added URL embedding instructions to features file
2249             documentation.</li>
2250           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2251             'X' in peptide product</li>
2252           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2253             sequence ID and sequence string and query strings do not
2254             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2255           <li>AMSA files only contain first column of
2256             multi-character column annotation labels</li>
2257           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2258             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2259             exported and re-imported)</li>
2260           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2261             name</li>
2262           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2263             as subsequence matches, and correctly reports total number
2264             of both.</li>
2265           <li>Application:
2266             <ul>
2267               <li>Better handling of exceptions during sequence
2268                 retrieval</li>
2269               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2270                 link text excludes the start_end suffix</li>
2271               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2272                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2273               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2274               <li>Sequence description lines properly shared via
2275                 VAMSAS</li>
2276               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2277                 data sources</li>
2278               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2279                 completes before alignment figures are generated.</li>
2280               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2281                 first time.</li>
2282               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2283                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2284               <li>User defined group colours properly recovered
2285                 from Jalview projects.</li>
2286             </ul>
2287           </li>
2288         </ul>
2289       </td>
2290
2291     </tr>
2292     <tr>
2293       <td>
2294         <div align="center">
2295           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2296         </div>
2297       </td>
2298       <td>
2299         <ul>
2300           <li>Experimental support for google analytics usage
2301             tracking.</li>
2302           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2303         </ul>
2304       </td>
2305       <td>
2306         <ul>
2307           <li>Race condition in applet preventing startup in
2308             jre1.6.0u12+.</li>
2309           <li>Exception when feature created from selection beyond
2310             length of sequence.</li>
2311           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2312           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2313             all sequences with a given id</li>
2314           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2315             ID string searches</li>
2316           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2317             alignment to fail with exception</li>
2318         </ul> <em>Application Issues</em>
2319         <ul>
2320           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2321           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2322             data sources</li>
2323         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2324         <ul>
2325           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2326             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2327           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2328             version (java class versioning error fixed)</li>
2329         </ul>
2330       </td>
2331     </tr>
2332     <tr>
2333       <td>
2334
2335         <div align="center">
2336           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2337         </div>
2338       </td>
2339       <td><em>User Interface</em>
2340         <ul>
2341           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2342             translation and protein products</li>
2343           <li>Linked highlighting of structure associated with
2344             residue mapping to codon position</li>
2345           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2346             and 'clear' button</li>
2347           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2348             Tools menu</li>
2349           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2350             numeric data in description line</li>
2351           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2352           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2353             of sequence</li>
2354         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2355         <ul>
2356           <li>JPred3 web service</li>
2357           <li>Prototype sequence search client (no public services
2358             available yet)</li>
2359           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2360             PFAM</li>
2361           <li>URL Links created for matching database cross
2362             references as well as sequence ID</li>
2363           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2364         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2365         <ul>
2366           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2367             databases</li>
2368           <li>Generalised database reference retrieval and
2369             validation to all fetchable databases</li>
2370           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2371             sequence command</li>
2372         </ul> <em>Import and Export</em>
2373         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2374         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2375           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2376         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2377           File</li>
2378         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2379           triplet as name of colourscheme</li>
2380         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2381         <ul>
2382           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2383           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2384             alignments (experimental)</li>
2385           <li>Create new or select existing session to join</li>
2386           <li>load and save of vamsas documents</li>
2387         </ul> <em>Application command line</em>
2388         <ul>
2389           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2390             from applet)</li>
2391           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2392             of DAS servers to query for alignment features</li>
2393           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2394             that are also automatically queried for features</li>
2395           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2396             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2397         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2398         <ul>
2399           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2400             application (when using &quot;View in full
2401             application&quot;)</li>
2402         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2403         <ul>
2404           <li>feature group display control parameter</li>
2405           <li>debug parameter</li>
2406           <li>showbutton parameter</li>
2407         </ul> <em>Applet API methods</em>
2408         <ul>
2409           <li>newView public method</li>
2410           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2411           <li>Feature display control methods</li>
2412           <li>get list of currently selected sequences</li>
2413         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2414         <ul>
2415           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2416           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2417             Jalview release.</li>
2418           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2419             property controls execution of obfuscator</li>
2420           <li>Build target for generating source distribution</li>
2421           <li>Debug flag for javacc</li>
2422           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2423             jalview.bin.Cache</li>
2424           <li>Continuous Build Integration for stable and
2425             development version of Application, Applet and source
2426             distribution</li>
2427         </ul></td>
2428       <td>
2429         <ul>
2430           <li>selected region output includes visible annotations
2431             (for certain formats)</li>
2432           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2433             for editing</li>
2434           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2435           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2436           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2437           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2438             comments</li>
2439           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2440             filenames containing a ':'</li>
2441           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2442             global sequence features</li>
2443           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2444             references from alignment sequences goes to zero</li>
2445           <li>Close of tree branch colour box without colour
2446             selection causes cascading exceptions</li>
2447           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2448           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2449             file parsing fails.</li>
2450           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2451           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2452             not a valid output format</li>
2453           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2454             vamsas</li>
2455           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2456           <li>error messages passed up and output when data read
2457             fails</li>
2458           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2459             sequence is edited</li>
2460           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2461             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2462           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2463             filetype</li>
2464           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2465             import fixed for PFAM records</li>
2466           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2467             window list</li>
2468           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2469             can be read and written correctly to annotation file</li>
2470           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2471             correctly</li>
2472           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2473             non-italic font for representatives in Applet</li>
2474           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2475             Macs.</li>
2476           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2477             Applet)</li>
2478           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2479             due to null pointer exceptions</li>
2480           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2481             first column of alignment</li>
2482           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2483             July 2008</li>
2484           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2485             file is case-insensitive</li>
2486           <li>Sequence features read from Features file appended to
2487             all sequences with matching IDs</li>
2488           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2489             containing a sub-sequence</li>
2490           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2491           <li>feature and annotation file applet parameters
2492             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2493           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2494           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2495             splash-screen version check to complete</li>
2496           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2497             when passing them to the launchApp service</li>
2498           <li>display name and local features preserved in results
2499             retrieved from web service</li>
2500           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2501             sequence fetcher initialisation</li>
2502           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2503             dasobert DAS client</li>
2504           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2505             association</li>
2506           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2507             sequences
2508           </li>
2509         </ul>
2510       </td>
2511     </tr>
2512     <tr>
2513       <td>
2514         <div align="center">
2515           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2516         </div>
2517       </td>
2518       <td>
2519         <ul>
2520           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
2521           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
2522           <li>Slide sequences</li>
2523           <li>Edit sequence in place</li>
2524           <li>EMBL CDS features</li>
2525           <li>DAS Feature mapping</li>
2526           <li>Feature ordering</li>
2527           <li>Alignment Properties</li>
2528           <li>Annotation Scores</li>
2529           <li>Sort by scores</li>
2530           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
2531         </ul>
2532       </td>
2533       <td>
2534         <ul>
2535           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
2536           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
2537           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
2538           <li>Feature group display state in XML</li>
2539           <li>Feature ordering in XML</li>
2540           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
2541           <li>Stockholm alignment properties</li>
2542           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
2543           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
2544           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
2545           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
2546         </ul>
2547       </td>
2548
2549     </tr>
2550     <tr>
2551       <td>
2552         <div align="center">
2553           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
2554         </div>
2555       </td>
2556       <td>
2557         <ul>
2558           <li>Non standard characters can be read and displayed
2559           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
2560             applet via textbox
2561           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
2562             name &amp; description
2563           <li>Preference setting to display sequence name in
2564             italics
2565           <li>Annotation file format extended to allow
2566             Sequence_groups to be defined
2567           <li>Default opening of alignment overview panel can be
2568             specified in preferences
2569           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
2570             sequences
2571         </ul>
2572       </td>
2573       <td>
2574         <ul>
2575           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
2576             installed
2577           <li>Annotation file export / import bugs fixed
2578           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
2579         </ul>
2580       </td>
2581     </tr>
2582     <tr>
2583       <td>
2584         <div align="center">
2585           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
2586         </div>
2587       </td>
2588       <td>
2589         <ul>
2590           <li>Multiple views on alignment
2591           <li>Sequence feature editing
2592           <li>&quot;Reload&quot; alignment
2593           <li>&quot;Save&quot; to current filename
2594           <li>Background dependent text colour
2595           <li>Right align sequence ids
2596           <li>User-defined lower case residue colours
2597           <li>Format Menu
2598           <li>Select Menu
2599           <li>Menu item accelerator keys
2600           <li>Control-V pastes to current alignment
2601           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
2602           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
2603           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
2604
2605
2606
2607
2608
2609
2610           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
2611         </ul>
2612       </td>
2613       <td>
2614         <ul>
2615           <li>New memory efficient Undo/Redo System
2616           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
2617             calculations
2618           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
2619             edits
2620           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
2621             of alignment)
2622           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
2623
2624
2625
2626
2627
2628
2629           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
2630             display correctly
2631           <li>Re-instated Zoom function for PCA
2632           <li>Sequence descriptions conserved in web service
2633             analysis results
2634           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
2635             &#8739;
2636           <li>WsDbFetch query/result association resolved
2637           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
2638           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
2639
2640
2641
2642
2643
2644
2645         </ul>
2646       </td>
2647     </tr>
2648     <tr>
2649       <td>
2650         <div align="center">
2651           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
2652         </div>
2653       </td>
2654       <td>
2655         <ul>
2656           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
2657         </ul>
2658       </td>
2659       <td>
2660         <ul>
2661           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
2662             sequence id panel has been resized</li>
2663           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
2664             rendered</li>
2665           <li>Annotation files with sequence references - all
2666             elements in file are relative to sequence position</li>
2667           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
2668         </ul>
2669       </td>
2670     </tr>
2671     <tr>
2672       <td>
2673         <div align="center">
2674           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
2675         </div>
2676       </td>
2677       <td>
2678         <ul>
2679           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
2680           <li>DAS Feature fetching</li>
2681           <li>Hide sequences and columns</li>
2682           <li>Export Annotations and Features</li>
2683           <li>GFF file reading / writing</li>
2684           <li>Associate structures with sequences from local PDB
2685             files</li>
2686           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
2687           <li>Recently opened files / URL lists</li>
2688           <li>Applet can launch the full application</li>
2689           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
2690             required)</li>
2691           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
2692           <li>Applet can load sequences from parameter
2693             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
2694           </li>
2695         </ul>
2696       </td>
2697       <td>
2698         <ul>
2699           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
2700           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
2701           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
2702         </ul>
2703       </td>
2704     </tr>
2705     <tr>
2706       <td>
2707         <div align="center">
2708           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
2709         </div>
2710       </td>
2711       <td>
2712         <ul>
2713           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
2714           <li>Choose to match case when searching</li>
2715           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
2716             expand the visible width and height of the alignment</li>
2717         </ul>
2718       </td>
2719       <td>
2720         <ul>
2721           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
2722         </ul>
2723       </td>
2724     </tr>
2725     <tr>
2726       <td>
2727         <div align="center">
2728           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
2729         </div>
2730       </td>
2731       <td>&nbsp;</td>
2732       <td>
2733         <ul>
2734           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
2735           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
2736             value</li>
2737         </ul>
2738       </td>
2739     </tr>
2740     <tr>
2741       <td>
2742         <div align="center">
2743           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
2744         </div>
2745       </td>
2746       <td>
2747         <ul>
2748           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
2749           <li>Keyboard editing</li>
2750           <li>Create sequence features from searches</li>
2751           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
2752             alignments</li>
2753           <li>Features file allows grouping of features</li>
2754           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
2755           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
2756           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
2757         </ul>
2758       </td>
2759       <td>
2760         <ul>
2761           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
2762           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
2763             descriptions saved.</li>
2764         </ul>
2765       </td>
2766     </tr>
2767     <tr>
2768       <td>
2769         <div align="center">
2770           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
2771         </div>
2772       </td>
2773       <td>
2774         <ul>
2775           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
2776           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
2777           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
2778             name for file output</li>
2779           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
2780           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
2781             used for HTML form input</li>
2782         </ul>
2783       </td>
2784       <td>
2785         <ul>
2786           <li>HTML output writes groups and features</li>
2787           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
2788           <li>File IO bugs</li>
2789         </ul>
2790       </td>
2791     </tr>
2792     <tr>
2793       <td>
2794         <div align="center">
2795           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
2796         </div>
2797       </td>
2798       <td>
2799         <ul>
2800           <li>View annotations in wrapped mode</li>
2801           <li>More options for PCA viewer</li>
2802         </ul>
2803       </td>
2804       <td>
2805         <ul>
2806           <li>GUI bugs resolved</li>
2807           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
2808         </ul>
2809       </td>
2810     </tr>
2811     <tr>
2812       <td height="63">
2813         <div align="center">
2814           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
2815         </div>
2816       </td>
2817       <td>
2818         <ul>
2819           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
2820           <li>Jar files are executable</li>
2821           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
2822         </ul>
2823       </td>
2824       <td>
2825         <ul>
2826           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
2827           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
2828           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2829         </ul>
2830       </td>
2831     </tr>
2832     <tr>
2833       <td>
2834         <div align="center">
2835           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
2836         </div>
2837       </td>
2838       <td>
2839         <ul>
2840           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
2841         </ul>
2842       </td>
2843       <td>
2844         <ul>
2845           <li>Several GUI bugs resolved</li>
2846         </ul>
2847       </td>
2848     </tr>
2849     <tr>
2850       <td>
2851         <div align="center">
2852           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
2853         </div>
2854       </td>
2855       <td>
2856         <ul>
2857           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
2858             size</li>
2859         </ul>
2860       </td>
2861       <td>
2862         <ul>
2863           <li>Improved JPred client reliability</li>
2864           <li>Improved loading of Jalview files</li>
2865         </ul>
2866       </td>
2867     </tr>
2868     <tr>
2869       <td>
2870         <div align="center">
2871           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
2872         </div>
2873       </td>
2874       <td>
2875         <ul>
2876           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
2877           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
2878           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
2879             to Colour Menu</li>
2880           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
2881           <li>Unix users can set default web browser</li>
2882           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
2883           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
2884         </ul>
2885       </td>
2886       <td>
2887         <ul>
2888           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
2889         </ul>
2890       </td>
2891     </tr>
2892     <tr>
2893       <td>
2894         <div align="center">
2895           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
2896         </div>
2897       </td>
2898       <td>&nbsp;</td>
2899       <td>
2900         <ul>
2901           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
2902             alignment order.</li>
2903         </ul>
2904       </td>
2905     </tr>
2906     <tr>
2907       <td>
2908         <div align="center">
2909           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
2910         </div>
2911       </td>
2912       <td>
2913         <ul>
2914           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
2915           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
2916           <li>Help file updated to describe how to add alignment
2917             annotations.</li>
2918           <li>Version and build date written to build properties
2919             file.</li>
2920           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
2921             at launch of Jalview.</li>
2922         </ul>
2923       </td>
2924       <td>
2925         <ul>
2926           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
2927           <li>FileChooser sorts columns.</li>
2928           <li>Can remove groups one by one.</li>
2929           <li>Filechooser icons installed.</li>
2930           <li>Finder ignores return character when searching.
2931             Return key will initiate a search.<br>
2932           </li>
2933         </ul>
2934       </td>
2935     </tr>
2936     <tr>
2937       <td>
2938         <div align="center">
2939           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
2940         </div>
2941       </td>
2942       <td>
2943         <ul>
2944           <li>New codebase</li>
2945         </ul>
2946       </td>
2947       <td>&nbsp;</td>
2948     </tr>
2949   </table>
2950   <p>&nbsp;</p>
2951 </body>
2952 </html>