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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
  43   padding: 3px;
  44   margin-left: -14px;
  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.4">2.10.4</a><br /> <em>1/05/2018</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em></em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-1847 JAL-2944 -->Structure Chooser controls to
  81               control superposition of multiple structures and open
  82               structures in existing views
  83             </li>
  84             <li>
  85               <!-- JAL-984 -->Mouse cursor changes to indicate Sequence
  86               ID and annotation area margins can be click-dragged to
  87               adjust them.
  88             </li>
  89             <li>
  90               <!-- JAL-2885 -->Jalview uses HTTPS for Uniprot, Xfam and
  91               Ensembl services
  92             </li>
  93             <li>
  94               <!-- JAL-2759 -->Improved performance for large alignments
  95               and lots of hidden columns
  96             </li>
  97             <li>
  98               <!-- JAL-2593 -->Improved performance when rendering lots
  99               of features
 100             </li>
 101           </ul>
 102           </div>
 103       </td>
 104       <td><div align="left">
 105           <ul>
 106             <li>
 107               <!-- JAL-2899 -->Structure and Overview aren't updated
 108               when Colour By Annotation threshold slider is adjusted
 109             </li>
 110             <li>
 111               <!-- JAL-2778 -->Slow redraw when Overview panel shown
 112               overlapping alignment panel
 113             </li>
 114             <li>
 115               <!-- JAL-2666 -->Linked scrolling via protein horizontal
 116               scroll bar doesn't work for some CDS/Protein views
 117             </li>
 118             <li>
 119               <!-- JAL-2930 -->Trackpad scrolling is broken on OSX on
 120               Java 1.8u153 onwards and Java 1.9u4+.
 121             </li>
 122             <li>
 123               <!-- JAL-2924 -->Tooltip shouldn't be displayed for empty
 124               columns in annotation row
 125             </li>
 126             <li>
 127               <!-- JAL-2913 -->Preferences panel's ID Width control is
 128               honored in interactive and batch mode
 129             </li>
 130             <li>
 131               <!-- JAL-2945 -->Linked sequence highlighting doesn't work
 132               for structures added to existing Jmol view
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2223 -->'View Mappings' includes duplicate
 136               entries after importing project with multiple views
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2781 JAL-2780 -->Viewing or annotating Uniprot
 140               protein sequences via SIFTS from associated PDB entries
 141               with negative residue numbers or missing residues fails
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2952 -->Exception when shading sequence with negative
 145               Temperature Factor values from annotated PDB files (e.g.
 146               as generated by CONSURF)
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2954 -->Selecting columns from highlighted regions
 150               very slow for alignments with large numbers of sequences
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-2925 -->Copy Consensus fails for group consensus
 154               with 'StringIndexOutOfBounds'
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2976 -->VAqua(4) (<a
 158               href="http://violetlib.org/vaqua/overview.html">download
 159                 here</a>) provided as fallback Look and Feel for OSX
 160               platforms running Java 10
 161             </li>
 162             <li>
 163               <!-- JAL-2960 -->Adding a structure to existing structure
 164               view appears to do nothing because the view is hidden behind the alignment view
 165             </li>
 166           </ul>
 167           <em>Applet</em>
 168           <ul>
 169             <li>
 170               <!-- JAL-2926 -->Copy consensus sequence option in applet
 171               should copy the group consensus when popup is opened on it
 172             </li>
 173
 174           </ul>
 175           <em>New Known Defects</em>
 176           <ul>
 177             <li>
 178               <!-- JAL-2973 --> Exceptions occasionally raised when
 179               editing a large alignment and overview is displayed
 180             </li>
 181             <li>
 182               <!-- JAL-2974 -->'Overview updating' progress bar is shown
 183               repeatedly after a series of edits even when the overview
 184               is no longer reflecting updates
 185             </li>
 186             <li>
 187               <!-- JAL-2946 -->'SIFTS Mapping Error' when viewing
 188               structures for protein subsequence (if 'Trim Retrieved
 189               Sequences' enabled) or Ensembl isoforms (Workaround in
 190               2.10.4 is to fail back to N&amp;W mapping)
 191             </li>
 192           </ul>
 193         </div>
 194           </td>
 195     </tr>
 196     <tr>
 197       <td width="60" nowrap>
 198         <div align="center">
 199           <strong><a name="Jalview.2.10.3b1">2.10.3b1</a><br /> <em>24/1/2018</em></strong>
 200         </div>
 201       </td>
 202       <td><div align="left">
 203           <ul><li>Updated Certum Codesigning Certificate
 204               (Valid till 30th November 2018)</li></ul></div></td>
 205       <td><div align="left">
 206           <em>Desktop</em><ul>
 207           <ul>
 208             <li><!-- JAL-2859-->Only one structure is loaded when several sequences and structures are selected for viewing/superposing</li>
 209             <li><!-- JAL-2851-->Alignment doesn't appear to scroll vertically via trackpad and scrollwheel</li>
 210             <li><!-- JAL-2842-->Jalview hangs if up/down arrows pressed in cursor mode when cursor lies in hidden region at start of alignment</li>
 211             <li><!-- JAL-2827-->Helix annotation has 'notches' when scrolled into view if columns are hidden</li>
 212             <li><!-- JAL-2740-->Annotation column filter can be slow to reset (ie after hitting cancel) for large numbers of hidden columns</li>
 213             <li><!-- JAL-2849-->User preference for disabling inclusion of sequence limits when exporting as flat file has no effect</li>
 214             <li><!-- JAL-2679-->Reproducible cross-reference relationships when retrieving sequences from EnsemblGenomes</li>
 215           </ul>
 216           </div>
 217       </td>
 218     </tr>
 219     <tr>
 220       <td width="60" nowrap>
 221         <div align="center">
 222           <strong><a name="Jalview.2.10.3">2.10.3</a><br /> <em>17/11/2017</em></strong>
 223         </div>
 224       </td>
 225       <td><div align="left">
 226           <em></em>
 227           <ul>
 228             <li>
 229               <!-- JAL-2446 -->Faster and more efficient management and
 230               rendering of sequence features
 231             </li>
 232             <li>
 233               <!-- JAL 2523-->More reliable Ensembl fetching with HTTP
 234               429 rate limit request hander
 235             </li>
 236             <li>
 237               <!-- JAL-2773 -->Structure views don't get updated unless
 238               their colours have changed
 239             </li>
 240             <li>
 241               <!-- JAL-2495 -->All linked sequences are highlighted for
 242               a structure mousover (Jmol) or selection (Chimera)
 243             </li>
 244             <li>
 245               <!-- JAL-2790 -->'Cancel' button in progress bar for
 246               JABAWS AACon, RNAAliFold and Disorder prediction jobs
 247             </li>
 248             <li>
 249               <!-- JAL-2617 -->Stop codons are excluded in CDS/Protein
 250               view from Ensembl locus cross-references
 251             </li>
 252             <li>
 253               <!-- JAL-2685 -->Start/End limits are shown in Pairwise
 254               Alignment report
 255             </li>
 256             <li>
 257               <!-- JAL-2810 -->Sequence fetcher's Free text 'autosearch'
 258               feature can be disabled
 259             </li>
 260             <li>
 261               <!-- JAL-2810 -->Retrieve IDs tab added for UniProt and
 262               PDB easier retrieval of sequences for lists of IDs
 263             </li>
 264             <li>
 265               <!-- JAL-2758 -->Short names for sequences retrieved from
 266               Uniprot
 267             </li>
 268           </ul>
 269           <em>Scripting</em>
 270           <ul>
 271             <li>Groovy interpreter updated to 2.4.12</li>
 272             <li>Example groovy script for generating a matrix of
 273               percent identity scores for current alignment.</li>
 274           </ul>
 275           <em>Testing and Deployment</em>
 276           <ul>
 277             <li>
 278               <!-- JAL-2727 -->Test to catch memory leaks in Jalview UI
 279             </li>
 280           </ul>
 281         </div></td>
 282       <td><div align="left">
 283           <em>General</em>
 284           <ul>
 285             <li>
 286               <!-- JAL-2643 -->Pressing tab after updating the colour
 287               threshold text field doesn't trigger an update to the
 288               alignment view
 289             </li>
 290             <li>
 291               <!-- JAL-2682 -->Race condition when parsing sequence ID
 292               strings in parallel
 293             </li>
 294             <li>
 295               <!-- JAL-2608 -->Overview windows are also closed when
 296               alignment window is closed
 297             </li>
 298             <li>
 299               <!-- JAL-2548 -->Export of features doesn't always respect
 300               group visibility
 301             </li>
 302             <li>
 303               <!-- JAL-2831 -->Jumping from column 1 to column 100,000
 304               takes a long time in Cursor mode
 305             </li>
 306           </ul>
 307           <em>Desktop</em>
 308           <ul>
 309             <li>
 310               <!-- JAL-2777 -->Structures with whitespace chainCode
 311               cannot be viewed in Chimera
 312             </li>
 313             <li>
 314               <!-- JAL-2728 -->Protein annotation panel too high in
 315               CDS/Protein view
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2757 -->Can't edit the query after the server
 319               error warning icon is shown in Uniprot and PDB Free Text
 320               Search Dialogs
 321             </li>
 322             <li>
 323               <!-- JAL-2253 -->Slow EnsemblGenome ID lookup
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2529 -->Revised Ensembl REST API CDNA query
 327             </li>
 328             <li>
 329               <!-- JAL-2739 -->Hidden column marker in last column not
 330               rendered when switching back from Wrapped to normal view
 331             </li>
 332             <li>
 333               <!-- JAL-2768 -->Annotation display corrupted when
 334               scrolling right in unwapped alignment view
 335             </li>
 336             <li>
 337               <!-- JAL-2542 -->Existing features on subsequence
 338               incorrectly relocated when full sequence retrieved from
 339               database
 340             </li>
 341             <li>
 342               <!-- JAL-2733 -->Last reported memory still shown when
 343               Desktop->Show Memory is unticked (OSX only)
 344             </li>
 345             <li>
 346               <!-- JAL-2658 -->Amend Features dialog doesn't allow
 347               features of same type and group to be selected for
 348               amending
 349             </li>
 350             <li>
 351               <!-- JAL-2524 -->Jalview becomes sluggish in wide
 352               alignments when hidden columns are present
 353             </li>
 354             <li>
 355               <!-- JAL-2392 -->Jalview freezes when loading and
 356               displaying several structures
 357             </li>
 358             <li>
 359               <!-- JAL-2732 -->Black outlines left after resizing or
 360               moving a window
 361             </li>
 362             <li>
 363               <!-- JAL-1900,JAL-1625 -->Unable to minimise windows
 364               within the Jalview desktop on OSX
 365             </li>
 366             <li>
 367               <!-- JAL-2667 -->Mouse wheel doesn't scroll vertically
 368               when in wrapped alignment mode
 369             </li>
 370             <li>
 371               <!-- JAL-2636 -->Scale mark not shown when close to right
 372               hand end of alignment
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-2684 -->Pairwise alignment of selected regions of
 376               each selected sequence do not have correct start/end
 377               positions
 378             </li>
 379             <li>
 380               <!-- JAL-2793 -->Alignment ruler height set incorrectly
 381               after canceling the Alignment Window's Font dialog
 382             </li>
 383             <li>
 384               <!-- JAL-2036 -->Show cross-references not enabled after
 385               restoring project until a new view is created
 386             </li>
 387             <li>
 388               <!-- JAL-2756 -->Warning popup about use of SEQUENCE_ID in
 389               URL links appears when only default EMBL-EBI link is
 390               configured (since 2.10.2b2)
 391             </li>
 392             <li>
 393               <!-- JAL-2775 -->Overview redraws whole window when box
 394               position is adjusted
 395             </li>
 396             <li>
 397               <!-- JAL-2225 -->Structure viewer doesn't map all chains
 398               in a multi-chain structure when viewing alignment
 399               involving more than one chain (since 2.10)
 400             </li>
 401             <li>
 402               <!-- JAL-2811 -->Double residue highlights in cursor mode
 403               if new selection moves alignment window
 404             </li>
 405             <li>
 406               <!-- JAL-2837,JAL-2840 -->Alignment vanishes when using
 407               arrow key in cursor mode to pass hidden column marker
 408             </li>
 409             <li>
 410               <!-- JAL-2679 -->Ensembl Genomes example ID changed to one
 411               that produces correctly annotated transcripts and products
 412             </li>
 413             <li>
 414               <!-- JAL-2776 -->Toggling a feature group after first time
 415               doesn't update associated structure view
 416             </li>
 417           </ul>
 418           <em>Applet</em><br />
 419           <ul>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2687 -->Concurrent modification exception when
 422               closing alignment panel
 423             </li>
 424           </ul>
 425           <em>BioJSON</em><br />
 426           <ul>
 427             <li>
 428               <!-- JAL-2546 -->BioJSON export does not preserve
 429               non-positional features
 430             </li>
 431           </ul>
 432           <em>New Known Issues</em>
 433           <ul>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2541 -->Delete/Cut selection doesn't relocate
 436               sequence features correctly (for many previous versions of
 437               Jalview)
 438             </li>
 439             <li>
 440               <!-- JAL-2841 -->Cursor mode unexpectedly scrolls when
 441               using cursor in wrapped panel other than top
 442             </li>
 443             <li>
 444               <!-- JAL-2791 -->Select columns containing feature ignores
 445               graduated colour threshold
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-2822,JAL-2823 -->Edit sequence operation doesn't
 449               always preserve numbering and sequence features
 450             </li>
 451           </ul>
 452           <em>Known Java 9 Issues</em>
 453           <ul>
 454             <li>
 455               <!-- JAL-2902 -->Groovy Console very slow to open and is
 456               not responsive when entering characters (Webstart, Java
 457               9.01, OSX 10.10)
 458             </li>
 459           </ul>
 460         </div></td>
 461     </tr>
 462     <tr>
 463       <td width="60" nowrap>
 464         <div align="center">
 465           <strong><a name="Jalview.2.10.2b2">2.10.2b2</a><br />
 466             <em>2/10/2017</em></strong>
 467         </div>
 468       </td>
 469       <td><div align="left">
 470           <em>New features in Jalview Desktop</em>
 471           <ul>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-2748 -->Uniprot Sequence Fetcher now uses web API at uniprot.org
 474             </li>
 475             <li>  <!-- JAL-2745 -->HTTPS used for all connections to ebi.ac.uk
 476             </li>
 477           </ul>
 478         </div></td>
 479       <td><div align="left">
 480         </div></td>
 481     </tr>
 482     <tr>
 483       <td width="60" nowrap>
 484         <div align="center">
 485           <strong><a name="Jalview.2.10.2b1">2.10.2b1</a><br />
 486             <em>7/9/2017</em></strong>
 487         </div>
 488       </td>
 489       <td><div align="left">
 490           <em></em>
 491           <ul>
 492             <li>
 493               <!-- JAL-2588 -->Show gaps in overview window by colouring
 494               in grey (sequences used to be coloured grey, and gaps were
 495               white)
 496             </li>
 497             <li>
 498               <!-- JAL-2588,JAL-2527 -->Overview tab in Jalview Desktop
 499               Preferences
 500             </li>
 501             <li>
 502               <!-- JAL-2587 -->Overview updates immediately on increase
 503               in size and progress bar shown as higher resolution
 504               overview is recalculated
 505             </li>
 506
 507           </ul>
 508         </div></td>
 509       <td><div align="left">
 510           <em></em>
 511           <ul>
 512             <li>
 513               <!-- JAL-2664 -->Overview window redraws every hidden
 514               column region row by row
 515             </li>
 516             <li>
 517               <!-- JAL-2681 -->duplicate protein sequences shown after
 518               retrieving Ensembl crossrefs for sequences from Uniprot
 519             </li>
 520             <li>
 521               <!-- JAL-2603 -->Overview window throws NPE if show boxes
 522               format setting is unticked
 523             </li>
 524             <li>
 525               <!-- JAL-2610 -->Groups are coloured wrongly in overview
 526               if group has show boxes format setting unticked
 527             </li>
 528             <li>
 529               <!-- JAL-2672,JAL-2665 -->Redraw problems when
 530               autoscrolling whilst dragging current selection group to
 531               include sequences and columns not currently displayed
 532             </li>
 533             <li>
 534               <!-- JAL-2691 -->Not all chains are mapped when multimeric
 535               assemblies are imported via CIF file
 536             </li>
 537             <li>
 538               <!-- JAL-2704 -->Gap colour in custom colourscheme is not
 539               displayed when threshold or conservation colouring is also
 540               enabled.
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!-- JAL-2549 -->JABAWS 2.2 services report wrong JABAWS
 544               server version
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2673 -->Jalview continues to scroll after
 548               dragging a selected region off the visible region of the
 549               alignment
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2724 -->Cannot apply annotation based
 553               colourscheme to all groups in a view
 554             </li>
 555             <li>
 556               <!-- JAL-2511 -->IDs don't line up with sequences
 557               initially after font size change using the Font chooser or
 558               middle-mouse zoom
 559             </li>
 560           </ul>
 561         </div></td>
 562     </tr>
 563     <tr>
 564       <td width="60" nowrap>
 565         <div align="center">
 566           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>17/8/2017</em></strong>
 567         </div>
 568       </td>
 569       <td><div align="left">
 570           <em>Calculations</em>
 571           <ul>
 572
 573             <li>
 574               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 575               ungapped positions in each column of the alignment.
 576             </li>
 577             <li>
 578               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 579               a calculation dialog box
 580             </li>
 581             <li>
 582               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
 583               and memory efficiency (~30x faster)
 584             </li>
 585             <li>
 586               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
 587               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
 588               and other calculations
 589             </li>
 590             <li>
 591               <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
 592               files within the Jalview codebase
 593             </li>
 594             <li>
 595               <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
 596               Similarity may have different topology due to increased
 597               precision
 598             </li>
 599           </ul>
 600           <em>Rendering</em>
 601           <ul>
 602             <li>
 603               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 604               model for alignments and groups
 605             </li>
 606             <li>
 607               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 608               scripts
 609             </li>
 610           </ul>
 611           <em>Overview</em>
 612           <ul>
 613             <li>
 614               <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for interacting
 615               with alignment and overview windows
 616             </li>
 617             <li>
 618               <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views via
 619               overview
 620             </li>
 621             <li>
 622               <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 623               omitted in Overview
 624             </li>
 625             <li>
 626               <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows fine
 627               adjustment of visible position
 628             </li>
 629           </ul>
 630
 631           <em>Data import/export</em>
 632           <ul>
 633             <li>
 634               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 635               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 636             </li>
 637             <li>
 638               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 639               annotation input/output via stockholm flatfile
 640             </li>
 641             <li>
 642               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 643               extension when importing structure files without embedded
 644               names or PDB accessions
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 648               format sequence substitution matrices
 649             </li>
 650           </ul>
 651           <em>User Interface</em>
 652           <ul>
 653             <li>
 654               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 655               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 656               the application.
 657             </li>
 658             <li>
 659               <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein views
 660               via Overview or sequence motif search operations
 661             </li>
 662             <li>
 663               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 664               opened by double clicking gaps within sequence feature
 665               extent
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 669               aligned positions were available to create a 3D structure
 670               superposition.
 671             </li>
 672           </ul>
 673           <em>3D Structure</em>
 674           <ul>
 675             <li>
 676               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 677               coloured in linked structure views
 678             </li>
 679             <li>
 680               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 681               file-based command exchange
 682             </li>
 683             <li>
 684               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 685               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 686               structures are already available for sequences
 687             </li>
 688             <li>
 689               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 690               the Jalview project rather than downloaded again when the
 691               project is reopened.
 692             </li>
 693             <li>
 694               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 695               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 696               features, and vice-versa (<strong>Experimental
 697                 Feature</strong>)
 698             </li>
 699           </ul>
 700           <em>Web Services</em>
 701           <ul>
 702             <li>
 703               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 704             </li>
 705             <li>
 706               <!-- JAL-2335 -->Filter non-standard amino acids and
 707               nucleotides when submitting to AACon and other MSA
 708               Analysis services
 709             </li>
 710             <li>
 711               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 712               cross-references provided by identifiers.org and the
 713               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 714             </li>
 715           </ul>
 716
 717           <em>Scripting</em>
 718           <ul>
 719             <li>
 720               <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing and
 721               identifying file formats (instead of String constants)
 722             </li>
 723             <li>
 724               <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 725               efficiency when counting all displayed features (not
 726               backwards compatible with 2.10.1)
 727             </li>
 728           </ul>
 729           <em>Example files</em>
 730           <ul>
 731             <li>
 732               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 733               included in the example feature file
 734             </li>
 735           </ul>
 736           <em>Documentation</em>
 737           <ul>
 738             <li>
 739               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readability
 740               with the built-in Java help viewer
 741             </li>
 742             <li>
 743               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 744               sequence description' option
 745             </li>
 746           </ul>
 747           <em>Test Suite</em>
 748           <ul>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 751               Uniprot REST Free Text Search Client
 752             </li>
 753             <li>
 754               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 755             </li>
 756             <li>
 757               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 758               during tests
 759             </li>
 760           </ul>
 761         </div></td>
 762       <td><div align="left">
 763           <em>Calculations</em>
 764           <ul>
 765             <li>
 766               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 767               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 768               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 769             </li>
 770             <li><a name="2102scoremodelbugs" /> <!-- JAL-2397 -->Fixed
 771               Jalview's treatment of gaps in PCA and substitution matrix
 772               based Tree calculations.<br /> <br />In earlier versions
 773               of Jalview, gaps matching gaps were penalised, and gaps
 774               matching non-gaps penalised even more. In the PCA
 775               calculation, gaps were actually treated as non-gaps - so
 776               different costs were applied, which meant Jalview's PCAs
 777               were different to those produced by SeqSpace.<br />Jalview
 778               now treats gaps in the same way as SeqSpace (ie it scores
 779               them as 0). <br /> <br />Enter the following in the
 780               Groovy console to restore pre-2.10.2 behaviour:<br />
 781               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=true
 782               // for 2.10.1 mode <br />
 783               jalview.analysis.scoremodels.ScoreMatrix.scoreGapAsAny=false
 784               // to restore 2.10.2 mode <br /> <br /> <em>Note:
 785                 these settings will affect all subsequent tree and PCA
 786                 calculations (not recommended)</em></li>
 787             <li>
 788               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 789               scaling of branch lengths for trees computed using
 790               Sequence Feature Similarity.
 791             </li>
 792             <li>
 793               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 794               generating output report when working with highly
 795               redundant alignments
 796             </li>
 797             <li>
 798               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 799               right of selected region when gaps present on right-hand
 800               boundary
 801             </li>
 802           </ul>
 803           <em>User Interface</em>
 804           <ul>
 805             <li>
 806               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 807               doesn't reselect a specific sequence's associated
 808               annotation after it was used for colouring a view
 809             </li>
 810             <li>
 811               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 812               opened on a region of alignment without groups
 813             </li>
 814             <li>
 815               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 816               of an alignment with overlapping groups
 817             </li>
 818             <li>
 819               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 820               name and description match
 821             </li>
 822             <li>
 823               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 824               hidden regions results in incorrect hidden regions
 825             </li>
 826             <li>
 827               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 828               changing colour does not apply Conservation slider value
 829               to all groups
 830             </li>
 831             <li>
 832               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 833               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 834             </li>
 835             <li>
 836               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 837               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 838             </li>
 839             <li>
 840               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 841               gaps before start of features
 842             </li>
 843             <li>
 844               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 845               restored to UI when feature colour is edited
 846             </li>
 847             <li>
 848               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 849               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 850             </li>
 851             <li>
 852               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 853               as graduate feature colour settings are modified via the
 854               dialog box
 855             </li>
 856             <li>
 857               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 858               when a group defined on the alignment is resized
 859             </li>
 860             <li>
 861               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 862               wrapped view result in positional status updates
 863             </li>
 864
 865             <li>
 866               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show position for
 867               ambiguous amino acid and nucleotide symbols
 868             </li>
 869             <li>
 870               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 871               alignment included gapped columns
 872             </li>
 873             <li>
 874               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 875               widgets don't permanently disappear
 876             </li>
 877             <li>
 878               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 879               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 880               T-Coffee column reliability scores)
 881             </li>
 882             <li>
 883               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 884               sequence feature on gaps only
 885             </li>
 886             <li>
 887               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 888               button from a Find inherit previously defined feature type
 889               rather than the Find query string
 890             </li>
 891             <li>
 892               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 893               exporting tree calculated in Jalview
 894             </li>
 895             <li>
 896               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 897               and then revealing them reorders sequences on the
 898               alignment
 899             </li>
 900             <li>
 901               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 902               doesn't update to reflect available set of groups after
 903               interactively adding or modifying features
 904             </li>
 905             <li>
 906               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 907               Linux
 908             </li>
 909             <li>
 910               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp->Selection menu
 911               only excluded gaps in current sequence and ignored
 912               selection.
 913             </li>
 914           </ul>
 915           <em>Rendering</em>
 916           <ul>
 917             <li>
 918               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 919               erratically when hidden rows or columns are present
 920             </li>
 921             <li>
 922               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 923               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 924               sequence colouring
 925             </li>
 926             <li>
 927               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 928               colour and group colour menu for protein alignments
 929             </li>
 930             <li>
 931               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 932               reflect currently selected view or group's shading
 933               thresholds
 934             </li>
 935             <li>
 936               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 937               when rendered on overview and structures when opacity at
 938               100%
 939             </li>
 940             <li>
 941               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 942               overview when features overlaid on alignment
 943             </li>
 944           </ul>
 945           <em>Data import/export</em>
 946           <ul>
 947             <li>
 948               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 949               load
 950             </li>
 951             <li>
 952               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 953               added after a sequence was imported are not written to
 954               Stockholm File
 955             </li>
 956             <li>
 957               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 958               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 959             </li>
 960             <li>
 961               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 962               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 963             </li>
 964             <li>
 965               <!-- JAL-2365,JAL-2642 -->Cannot configure feature colours
 966               with lightGray or darkGray via features file (but can
 967               specify lightgray)
 968             </li>
 969             <li>
 970               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 971               when alignment view imported from project
 972             </li>
 973             <li>
 974               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 975               structure and sequences extracted from structure files
 976               imported via URL and viewed in Jmol
 977             </li>
 978             <li>
 979               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 980               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 981               the project is loaded and the structure viewed
 982             </li>
 983           </ul>
 984           <em>Web Services</em>
 985           <ul>
 986             <li>
 987               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 988               release of Ensembl v.88
 989             </li>
 990             <li>
 991               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 992               appear enabled in Preferences->Connections
 993             </li>
 994             <li>
 995               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 996               removed from console output
 997             </li>
 998             <li>
 999               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
1000               Ensembl by Peptide ID
1001             </li>
1002             <li>
1003               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
1004               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
1005               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
1006               due to 'null' string rather than empty string used for
1007               residues with no corresponding PDB mapping).
1008             </li>
1009           </ul>
1010           <em>Application UI</em>
1011           <ul>
1012             <li>
1013               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
1014               menu
1015             </li>
1016             <li>
1017               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
1018               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
1019               new documentation and tooltips added)
1020             </li>
1021             <li>
1022               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
1023               doesn't restore group-specific text colour thresholds
1024             </li>
1025             <li>
1026               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
1027               new features are added to alignment
1028             </li>
1029             <li>
1030               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
1031               changes to feature colours via the Amend features dialog
1032             </li>
1033             <li>
1034               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
1035               edit graduated feature colour via amend features dialog
1036               box
1037             </li>
1038             <li>
1039               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
1040               selection menu changes colours of alignment views
1041             </li>
1042             <li>
1043               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
1044               from alignment calculation workers after alignment has
1045               been closed
1046             </li>
1047             <li>
1048               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
1049               groups now 'Create Group'
1050             </li>
1051             <li>
1052               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
1053               Create/Undefine group doesn't always work
1054             </li>
1055             <li>
1056               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
1057               shown again after pressing 'Cancel'
1058             </li>
1059             <li>
1060               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
1061               adjusts start position in wrap mode
1062             </li>
1063             <li>
1064               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
1065               ambiguous amino acids
1066             </li>
1067             <li>
1068               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
1069               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
1070               proteins
1071             </li>
1072             <li>
1073               <!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User
1074               Defined' don't appear in Colours menu
1075             </li>
1076           </ul>
1077           <em>Applet</em>
1078           <ul>
1079             <li>
1080               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
1081               score models doesn't always result in an updated PCA plot
1082             </li>
1083             <li>
1084               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
1085               overview or linked structure view
1086             </li>
1087             <li>
1088               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
1089               work (since 2.8)
1090             </li>
1091             <li>
1092               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
1093               user-defined colourscheme doesn't restore original
1094               colourscheme
1095             </li>
1096           </ul>
1097           <em>Test Suite</em>
1098           <ul>
1099             <li>
1100               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
1101               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
1105               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
1106               problems with deep array comparison equality asserts in
1107               successive versions of TestNG
1108             </li>
1109             <li>
1110               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
1111               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
1112             </li>
1113           </ul>
1114           <em>New Known Issues</em>
1115           <ul>
1116             <li>
1117               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
1118               phase after a sequence motif find operation
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
1122               containing just upper and lower case letters are
1123               interpreted as WUSS RNA secondary structure symbols
1124             </li>
1125             <li>
1126               <!-- JAL-2590 -->Cannot load and display Newick trees
1127               reliably from eggnog Ortholog database
1128             </li>
1129             <li>
1130               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
1131               containing features of type Highlight' when 'B' is pressed
1132               to mark columns containing highlighted regions.
1133             </li>
1134             <li>
1135               <!-- JAL-2321 -->Dropping a PDB file onto a sequence
1136               doesn't always add secondary structure annotation.
1137             </li>
1138           </ul>
1139         </div>
1140     <tr>
1141       <td width="60" nowrap>
1142         <div align="center">
1143           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
1144         </div>
1145       </td>
1146       <td><div align="left">
1147           <em>General</em>
1148           <ul>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
1151               for all consensus calculations
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
1155               3rd Oct 2016)
1156             </li>
1157             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
1158               for 2016-2017</li>
1159           </ul>
1160           <em>Application</em>
1161           <ul>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
1164               set of database cross-references, sorted alphabetically
1165             </li>
1166             <li>
1167               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
1168               from database cross references. Users with custom links
1169               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
1170                 dialog</a> asking them to update their preferences.
1171             </li>
1172             <li>
1173               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
1174               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
1175               Chimera session
1176             </li>
1177             <li>
1178               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
1179               the Chimera it is connected to is shut down
1180             </li>
1181             <li>
1182               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
1183               columns menu item to mark columns containing highlighted
1184               regions (e.g. from structure selections or results of a
1185               Find operation)
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
1189               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
1190               MSAviewer
1191             </li>
1192           </ul>
1193         </div></td>
1194       <td>
1195         <div align="left">
1196           <em>General</em>
1197           <ul>
1198             <li>
1199               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
1200               are not coloured or thresholded according to percent
1201               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
1205               hydrophobic
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
1209               threshold, amino acid properties)
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
1213               reported as mapped to residues in a structure file in the
1214               View Mapping report
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
1218               could be added multiple times to a sequence
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
1222               bond features shown as two highlighted residues rather
1223               than a range in linked structure views, and treated
1224               correctly when selecting and computing trees from features
1225             </li>
1226             <li>
1227               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
1228               cross-references are matched to database name regardless
1229               of case
1230             </li>
1231
1232           </ul>
1233           <em>Application</em>
1234           <ul>
1235             <li>
1236               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
1237               names without regular expressions also offer links from
1238               Sequence ID
1239             </li>
1240             <li>
1241               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
1242               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
1243               update Jalview configuration
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
1247               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
1251               files with similarly named sequences if dropped onto the
1252               alignment
1253             </li>
1254             <li>
1255               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
1256               entries where more chains exist in the PDB accession than
1257               are reported in the SIFTS file
1258             </li>
1259             <li>
1260               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
1261               the structure view when displayed with Chimera
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
1265               panel's View->Show Chains submenu
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
1269               work for wrapped alignment views
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
1273               predictions from 'JNet' to 'JPred'
1274             </li>
1275             <li>
1276               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
1277               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
1278               first annotation row
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
1282               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
1283             </li>
1284             <li>
1285               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
1286               ranges for PDB and sequence for SIFTS
1287             </li>
1288             <!-- JAL-2319 -->
1289             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
1290             coordindate data
1291             </li>
1292           </ul>
1293           <!--           <em>New Known Issues</em>
1294           <ul>
1295             <li></li>
1296           </ul> -->
1297         </div>
1298       </td>
1299     </tr>
1300     <td width="60" nowrap>
1301       <div align="center">
1302         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
1303           <em>25/10/2016</em></strong>
1304       </div>
1305     </td>
1306     <td><em>Application</em>
1307       <ul>
1308         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
1309           view if structures already loaded</li>
1310         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
1311           structure views</li>
1312       </ul></td>
1313     <td>
1314       <div align="left">
1315         <em>General</em>
1316         <ul>
1317           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
1318             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
1319           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
1320             example sequences/projects/trees</li>
1321         </ul>
1322         <em>Application</em>
1323         <ul>
1324           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
1325             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
1326           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
1327             without timeout for structures with multiple models or
1328             multiple sequences in alignment</li>
1329           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
1330             PDB ID HEADER line</li>
1331           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
1332             is performed</li>
1333           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
1334             OSX versions earlier than El Capitan</li>
1335           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
1336           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
1337             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
1338             option</li>
1339           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
1340             is created on the alignment</li>
1341           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
1342             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
1343             pop-up menu</li>
1344         </ul>
1345         <em>Build and deployment</em>
1346         <ul>
1347           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
1348             tags</li>
1349         </ul>
1350         <em>New Known Issues</em>
1351         <ul>
1352           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
1353             on Windows</li>
1354         </ul>
1355       </div>
1356     </td>
1357     </tr>
1358     <tr>
1359       <td width="60" nowrap>
1360         <div align="center">
1361           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
1362         </div>
1363       </td>
1364       <td><em>General</em>
1365         <ul>
1366           <li>
1367             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
1368           </li>
1369           <li>
1370             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
1371             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
1372             better PDB parsing.
1373           </li>
1374           <li>
1375             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
1376             reference sequence
1377           </li>
1378           <li>
1379             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
1380             mousing over sequence associated annotation
1381           </li>
1382           <li>
1383             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
1384             for manual entry
1385           </li>
1386           <li>
1387             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
1388             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
1389             for each column
1390           </li>
1391           <li>
1392             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
1393             showing or hiding columns containing a feature
1394           </li>
1395           <li>
1396             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
1397             group and sequence associated annotation labels
1398           </li>
1399           <li>
1400             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
1401             select/hide columns by annotation and colour by annotation
1402             dialogs
1403           </li>
1404
1405         </ul> <em>Application</em>
1406         <ul>
1407           <li>
1408             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
1409             gene/transcript view
1410           </li>
1411           <li>
1412             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
1413             dialog
1414           </li>
1415           <li>
1416             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
1417             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
1418           </li>
1419           <li>
1420             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
1421             Pfam sources to xfam.org
1422           </li>
1423           <li>
1424             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
1425           </li>
1426           <li>
1427             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
1428             over sequences in Jalview
1429           </li>
1430           <li>
1431             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
1432             regions in ENA and EMBL
1433           </li>
1434           <li>
1435             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
1436             for record retrieval via ENA rest API
1437           </li>
1438           <li>
1439             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
1440             complement operator
1441           </li>
1442           <li>
1443             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
1444             groovy script execution
1445           </li>
1446           <li>
1447             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
1448             alignment window's Calculate menu
1449           </li>
1450           <li>
1451             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
1452             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
1453           </li>
1454           <li>
1455             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
1456             calculation workers from groovy scripts
1457           </li>
1458           <li>
1459             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
1460             Jalview projects
1461           </li>
1462           <li>
1463             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
1464             associations are now saved/restored from project
1465           </li>
1466           <li>
1467             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
1468             before sequence fetcher is opened
1469           </li>
1470           <li>
1471             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
1472             database chooser opens a sequence fetcher
1473           </li>
1474           <li>
1475             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
1476             the UniProt REST API
1477           </li>
1478           <li>
1479             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
1480             the news reader opening
1481           </li>
1482           <li>
1483             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
1484             querying stored in preferences
1485           </li>
1486           <li>
1487             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1488             search results
1489           </li>
1490           <li>
1491             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1492           </li>
1493           <li>
1494             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1495             menu for nucleotide sequences
1496           </li>
1497           <li>
1498             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1499             and feature counts preserves alignment ordering (and
1500             debugged for complex feature sets).
1501           </li>
1502           <li>
1503             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1504             viewing structures with Jalview 2.10
1505           </li>
1506           <li>
1507             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1508             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1509             Ensembl Genomes REST API
1510           </li>
1511           <li>
1512             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1513             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1514             (Ensembl)
1515           </li>
1516           <li>
1517             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1518             sequences
1519           </li>
1520           <li>
1521             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1522             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1523             data from external database records.
1524           </li>
1525           <li>
1526             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1527             efficient recovery of sequence coding and alignment
1528             annotation relationships.
1529           </li>
1530         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1531         <ul>
1532           <li>
1533             -- JAL---
1534           </li>
1535         </ul> --></td>
1536       <td>
1537         <div align="left">
1538           <em>General</em>
1539           <ul>
1540             <li>
1541               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1542               menu on OSX
1543             </li>
1544             <li>
1545               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1546               includes graduated colourschemes
1547             </li>
1548             <li>
1549               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1550               working with big alignments and lots of hidden columns
1551             </li>
1552             <li>
1553               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1554               at right of alignment window
1555             </li>
1556             <li>
1557               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1558               contents
1559             </li>
1560             <li>
1561               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1562               for DNA alignments
1563             </li>
1564             <li>
1565               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1566               based tree calculation
1567             </li>
1568             <li>
1569               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1570               unconserved enabled for group on alignment
1571             </li>
1572             <li>
1573               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1574               set as reference
1575             </li>
1576             <li>
1577               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1578               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1579               annotation
1580             </li>
1581             <li>
1582               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1583               hidden columns present
1584             </li>
1585             <li>
1586               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1587               user created annotation added to alignment
1588             </li>
1589             <li>
1590               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1591               '()' base pair annotation
1592             </li>
1593             <li>
1594               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1595               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1596               Consensus
1597             </li>
1598             <li>
1599               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1600               feature not working
1601             </li>
1602             <li>
1603               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1604               beginning of sequence
1605             </li>
1606             <li>
1607               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1608               entry 3a6s
1609             </li>
1610             <li>
1611               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1612               from a tree when t-coffee scores are shown
1613             </li>
1614             <li>
1615               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1616               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1617             </li>
1618             <li>
1619               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1620               some structures
1621             </li>
1622             <li>
1623               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1624               to Clustal, PIR and PileUp output
1625             </li>
1626             <li>
1627               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1628               not visible causes alignment window to repaint
1629             </li>
1630             <li>
1631               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1632               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1633               scores associated with features and annotation rows
1634             </li>
1635             <li>
1636               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1637               calculation should be case independent
1638             </li>
1639             <li>
1640               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1641               columns
1642             </li>
1643             <li>
1644               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1645               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1646               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1647             </li>
1648             <li>
1649               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1650               problems when reference sequence defined and 'show
1651               non-conserved' enabled
1652             </li>
1653             <li>
1654               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1655               load even when Consensus calculation is disabled
1656             </li>
1657             <li>
1658               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1659               alignment does nothing
1660             </li>
1661           </ul>
1662           <em>Application</em>
1663           <ul>
1664             <li>
1665               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1666               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1667               yet fixed for El Capitan)
1668             </li>
1669             <li>
1670               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1671               output when running on non-gb/us i18n platforms
1672             </li>
1673             <li>
1674               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1675               hidden sequences as flat-file alignment
1676             </li>
1677             <li>
1678               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1679               launching Chimera
1680             </li>
1681             <li>
1682               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1683               (also hotfix for 2.9.0b2)
1684             </li>
1685             <li>
1686               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1687               reference sequence defined
1688             </li>
1689             <li>
1690               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1691               alignments and views when revealing hidden columns
1692             </li>
1693             <li>
1694               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1695               view in a cDNA/Protein splitframe
1696             </li>
1697             <li>
1698               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1699               sequence from project when only one sequence is
1700               represented
1701             </li>
1702             <li>
1703               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1704               in Structure Chooser
1705             </li>
1706             <li>
1707               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1708               structure consensus didn't refresh annotation panel
1709             </li>
1710             <li>
1711               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1712               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1713             </li>
1714             <li>
1715               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1716               dialogs format columns correctly, don't display array
1717               data, sort columns according to type
1718             </li>
1719             <li>
1720               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1721               file chooser is cancelled during an image export
1722             </li>
1723             <li>
1724               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1725               sequence name containing special characters
1726             </li>
1727             <li>
1728               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1729               case insensitive
1730             </li>
1731             <li>
1732               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1733               formatting don't wrap
1734             </li>
1735             <li>
1736               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1737               truncated so L looks like I in consensus annotation
1738             </li>
1739             <li>
1740               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1741               currently displayed features for the current selection or
1742               view
1743             </li>
1744             <li>
1745               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1746               after fetching cross-references, and restoring from
1747               project
1748             </li>
1749             <li>
1750               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1751               followed in the structure viewer
1752             </li>
1753             <li>
1754               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1755               splitframe not restored from project
1756             </li>
1757             <li>
1758               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1759               trailing end of protein alignment in transcript/product
1760               splitview when pad-gaps not enabled by default
1761             </li>
1762             <li>
1763               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1764               is case dependent
1765             </li>
1766             <li>
1767               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1768               article has been read (reopened issue due to
1769               internationalisation problems)
1770             </li>
1771             <li>
1772               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1773               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1774               cross-references
1775             </li>
1776
1777             <li>
1778               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1779               alignment as HTML
1780             </li>
1781             <li>
1782               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1783               multiple structures are shown for one or more sequences.
1784             </li>
1785             <li>
1786               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1787               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1788               is enabled.
1789             </li>
1790             <li>
1791               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1792               specific PDB id for sequence
1793             </li>
1794             <li>
1795               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1796               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1797               columns' is disabled.
1798             </li>
1799             <li>
1800               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1801               selects lowest rather than highest resolution structures
1802               for each sequence
1803             </li>
1804             <li>
1805               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1806               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1807             </li>
1808             <li>
1809               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1810               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1811             </li>
1812             <li>
1813               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1814               after clicking on it to create new annotation for a
1815               column.
1816             </li>
1817             <li>
1818               <!-- JAL-1980 -->Null Pointer Exception raised when
1819               pressing Add on an orphaned cut'n'paste window.
1820             </li>
1821             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1822             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1823           </ul>
1824           <em>Applet</em>
1825           <ul>
1826             <li>
1827               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1828               hidden columns present before start of sequence
1829             </li>
1830             <li>
1831               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1832               (JSON jars)
1833             </li>
1834             <li>
1835               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1836               sequences are hidden in applet
1837             </li>
1838             <li>
1839               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1840               deployment on examples pages.
1841             </li>
1842           </ul>
1843         </div>
1844       </td>
1845     </tr>
1846     <tr>
1847       <td width="60" nowrap>
1848         <div align="center">
1849           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1850             <em>16/10/2015</em></strong>
1851         </div>
1852       </td>
1853       <td><em>General</em>
1854         <ul>
1855           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1856             jars</li>
1857         </ul></td>
1858       <td>
1859         <div align="left">
1860           <em>Application</em>
1861           <ul>
1862             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1863               shown when tree is partitioned</li>
1864             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1865               multiple cDNA/Protein split views</li>
1866           </ul>
1867         </div>
1868       </td>
1869     </tr>
1870     <tr>
1871       <td width="60" nowrap>
1872         <div align="center">
1873           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1874             <em>8/10/2015</em></strong>
1875         </div>
1876       </td>
1877       <td><em>General</em>
1878         <ul>
1879           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1880             2.9</li>
1881         </ul> <em>Application</em>
1882         <ul>
1883           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1884           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1885           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1886         </ul> <em>Applet</em>
1887         <ul>
1888           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1889         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1890         <ul>
1891           <li>
1892             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1893             suite
1894           </li>
1895         </ul></td>
1896       <td>
1897         <div align="left">
1898           <em>General</em>
1899           <ul>
1900             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1901               incorrect when sequence start > 1</li>
1902             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1903               documentation</li>
1904             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1905             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1906               loading a features file containing HTML tags in feature
1907               description</li>
1908
1909           </ul>
1910           <em>Application</em>
1911           <ul>
1912             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1913               reimport</li>
1914             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1915               with 'trim retrieved sequences'</li>
1916             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1917               deleting selected columns</li>
1918             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1919               JNLP templates for webstart launch</li>
1920             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1921               unreleased structures for download or viewing</li>
1922             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1923               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1924             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1925               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1926             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1927               recovered from jalview project</li>
1928             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1929               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1930               alignment view</li>
1931             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1932               color schemes from BioJSON</li>
1933           </ul>
1934           <em>Applet</em>
1935           <ul>
1936             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1937               frame</li>
1938             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1939           </ul>
1940         </div>
1941       </td>
1942     </tr>
1943     <tr>
1944       <td><div align="center">
1945           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1946         </div></td>
1947       <td><em>General</em>
1948         <ul>
1949           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1950             alignments:
1951             <ul>
1952               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1953                 and DNA alignment views</li>
1954               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1955                 cDNA alignment views</li>
1956               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1957                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1958               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1959                 protein sequences</li>
1960             </ul>
1961           </li>
1962           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1963           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1964             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1965           <li>New alignment annotation file statements for
1966             reference sequences and marking hidden columns</li>
1967           <li>Reference sequence based alignment shading to
1968             highlight variation</li>
1969           <li>Select or hide columns according to alignment
1970             annotation</li>
1971           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1972           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1973             acid conservation row</li>
1974           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1975         </ul> <em>Application</em>
1976         <ul>
1977           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1978             <ul>
1979               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1980                 view with cDNA/Protein</li>
1981               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1982                 sequences are placed in the same alignment</li>
1983               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1984                 projects</li>
1985             </ul>
1986           </li>
1987
1988           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1989           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1990             Jalview windows</li>
1991
1992           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1993           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1994           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1995             be shown in VARNA</li>
1996
1997           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1998             as the active selected region</li>
1999
2000           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
2001             similarity</li>
2002           <li>New Export options
2003             <ul>
2004               <li>New Export Settings dialog to control hidden
2005                 region export in flat file generation</li>
2006
2007               <li>Export alignment views for display with the <a
2008                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
2009
2010               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
2011               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
2012                 alignment figures to HTML</li>
2013           </li>
2014           <li>3D structure retrieval and display
2015             <ul>
2016               <li>Free text and structured queries with the PDBe
2017                 Search API</li>
2018               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
2019                 PDB structures for a sequence set</li>
2020             </ul>
2021           </li>
2022
2023           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
2024             predictions</li>
2025           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
2026             for one or a group of sequences</li>
2027           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
2028             from the JPred4 web server</li>
2029           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
2030             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
2031             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
2032           </li>
2033           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
2034             VARNA 2D Structure'</li>
2035           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
2036             Structure ..."</li>
2037
2038         </ul> <em>Applet</em>
2039         <ul>
2040           <li>New layout for applet example pages</li>
2041           <li>New parameters to enable SplitFrame view
2042             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
2043           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
2044             Protein alignments</li>
2045         </ul> <em>Development and deployment</em>
2046         <ul>
2047           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
2048           <li>Include installation type and git revision in build
2049             properties and console log output</li>
2050           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
2051             storing BioJsMSA Templates</li>
2052           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
2053         </ul></td>
2054       <td>
2055         <!-- <em>General</em>
2056         <ul>
2057         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2058         <ul>
2059           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
2060           <li>Typo in select-by-features status report</li>
2061           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
2062             predictions are not highlighted in amber</li>
2063           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
2064             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
2065           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
2066             associated structure views</li>
2067           <li>ID width preference option is greyed out when auto
2068             width checkbox not enabled</li>
2069           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
2070             creating user defined colours</li>
2071           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
2072             mappings for just that viewer's sequences</li>
2073           <li>Workaround for superposing PDB files containing
2074             multiple models in Chimera</li>
2075           <li>Report sequence position in status bar when hovering
2076             over Jmol structure</li>
2077           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
2078             output to text box</li>
2079           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
2080             have incorrect sequence start/end</li>
2081           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
2082             Jalview fails</li>
2083           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
2084             work for nucleotide</li>
2085           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
2086             to a grey/invisible alignment window</li>
2087           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
2088             imports to different position</li>
2089           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
2090             on some platforms</li>
2091           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
2092             populated</li>
2093           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
2094             console if Chimera has been opened</li>
2095           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
2096           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
2097             retrieved</li>
2098           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
2099           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
2100             either sequence shows on first structure</li>
2101           <li>'Show annotations' options should not make
2102             non-positional annotations visible</li>
2103           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
2104             in right place after 'view flanking regions'</li>
2105           <li>File Save As type unset when current file format is
2106             unknown</li>
2107           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
2108             projects</li>
2109           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
2110             responsive</li>
2111           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
2112             several views on same alignment</li>
2113           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
2114           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
2115             spaces</li>
2116         </ul> <em>Applet</em>
2117         <ul>
2118           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
2119           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
2120             descriptions containing angle brackets</li>
2121         </ul> <em>General</em>
2122         <ul>
2123           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
2124             via jalview annotation file</li>
2125           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
2126             with RNA secondary structure</li>
2127           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
2128             translation doesn't work.</li>
2129           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
2130           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
2131             positions</li>
2132           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
2133             choosing 1pt font</li>
2134           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
2135             annotation file when annotation display text includes 'e' or
2136             'h'</li>
2137           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
2138             new feature</li>
2139           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
2140             order dependent</li>
2141           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
2142             sequences</li>
2143           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
2144         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
2145         <ul>
2146           <li>Applet example pages appear different to the rest of
2147             www.jalview.org</li>
2148         </ul> <em>Application Known issues</em>
2149         <ul>
2150           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
2151           <li>Misleading message appears after trying to delete
2152             solid column.</li>
2153           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
2154             version launches</li>
2155           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
2156             fails with a sequence mismatch</li>
2157           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
2158             scrolling alignment to right</li>
2159           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
2160             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
2161           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
2162             placed above or below non-autocalculated rows</li>
2163           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
2164             ultra-high resolution</li>
2165           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
2166             quality and conservation</li>
2167           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
2168             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
2169         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2170         <ul>
2171           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
2172           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
2173             window is being resized</li>
2174
2175         </ul>
2176       </td>
2177     </tr>
2178     <tr>
2179       <td><div align="center">
2180           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
2181         </div></td>
2182       <td><em>General</em>
2183         <ul>
2184           <li>Updated Java code signing certificate donated by
2185             Certum.PL.</li>
2186           <li>Features and annotation preserved when performing
2187             pairwise alignment</li>
2188           <li>RNA pseudoknot annotation can be
2189             imported/exported/displayed</li>
2190           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
2191             protein secondary structure</li>
2192           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
2193               post-hoc with 2.9 release</em>)
2194           </li>
2195
2196         </ul> <em>Application</em>
2197         <ul>
2198           <li>Extract and display secondary structure for sequences
2199             with 3D structures</li>
2200           <li>Support for parsing RNAML</li>
2201           <li>Annotations menu for layout
2202             <ul>
2203               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
2204               <li>place sequence annotation above/below alignment
2205                 annotation</li>
2206             </ul>
2207           <li>Output in Stockholm format</li>
2208           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
2209             translation</li>
2210           <li>Structure viewer preferences tab</li>
2211           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
2212             shared between alignments</li>
2213           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
2214             Jalview</li>
2215           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
2216             all or current selection</li>
2217           <li>disorder and secondary structure predictions
2218             available as dataset annotation</li>
2219           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
2220
2221
2222           <li>Sequence database accessions imported when fetching
2223             alignments from Rfam</li>
2224           <li>update VARNA version to 3.91</li>
2225
2226           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
2227             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
2228           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
2229           <li>include installation type in build properties and
2230             console log output</li>
2231           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
2232             annotation</li>
2233         </ul></td>
2234       <td>
2235         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2236         <ul>
2237           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
2238             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
2239           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
2240             alignment</li>
2241           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
2242           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
2243           <li>Double click on sequence associated annotation
2244             selects only first column</li>
2245           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
2246             leaves shown in tree</li>
2247           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
2248             properly</li>
2249           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
2250           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
2251             screen and buttons not visible</li>
2252           <li>author list isn't updated if already written to
2253             Jalview properties</li>
2254           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
2255             from database</li>
2256           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
2257           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
2258             browser search window</li>
2259           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
2260             in feature settings dialog</li>
2261           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
2262             desktop</li>
2263           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
2264             pass validation</li>
2265           <li>Web services parameters dialog box is too large to
2266             fit on screen</li>
2267           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
2268             tooltip</li>
2269           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
2270             defined user preset</li>
2271           <li>MSA web services warns user if they were launched
2272             with invalid input</li>
2273           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
2274             Java 8</li>
2275           <li>
2276             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
2277             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
2278             created
2279           </li>
2280
2281         </ul> <!--  <em>Applet</em>
2282         <ul>
2283         </ul> <em>General</em>
2284         <ul>
2285         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
2286         <ul>
2287           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
2288             memory allocation</li>
2289           <li>launchApp service doesn't automatically open
2290             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
2291           <li>
2292             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
2293             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
2294             1.7_055 is available
2295           </li>
2296         </ul> <em>Application Known issues</em>
2297         <ul>
2298           <li>
2299             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
2300             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
2301             alignment to right
2302           </li>
2303           <li>
2304             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
2305             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
2306             with large number of ID
2307           </li>
2308           <li>
2309             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
2310             flatfile output of visible region has incorrect sequence
2311             start/end
2312           </li>
2313           <li>
2314             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
2315             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
2316             structure tracks are rearranged
2317           </li>
2318           <li>
2319             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
2320             invalid rna structure positional highlighting does not
2321             highlight position of invalid base pairs
2322           </li>
2323           <li>
2324             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
2325             out of memory errors are not raised when saving Jalview
2326             project from alignment window file menu
2327           </li>
2328           <li>
2329             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
2330             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
2331             structures
2332           </li>
2333           <li>
2334             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
2335             colour by RNA Helices not enabled when user created
2336             annotation added to alignment
2337           </li>
2338           <li>
2339             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
2340             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
2341           </li>
2342         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
2343         <ul>
2344           <li>
2345             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
2346             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
2347           </li>
2348           <li>
2349             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
2350             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
2351           </li>
2352
2353           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
2354             when selected</li>
2355         </ul>
2356       </td>
2357     </tr>
2358     <tr>
2359       <td><div align="center">
2360           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
2361         </div></td>
2362       <td>
2363         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
2364         <em>General</em>
2365         <ul>
2366           <li>Internationalisation of user interface (usually
2367             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
2368           <li>Define/Undefine group on current selection with
2369             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
2370           <li>Improved group creation/removal options in
2371             alignment/sequence Popup menu</li>
2372           <li>Sensible precision for symbol distribution
2373             percentages shown in logo tooltip.</li>
2374           <li>Annotation panel height set according to amount of
2375             annotation when alignment first opened</li>
2376         </ul> <em>Application</em>
2377         <ul>
2378           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
2379             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
2380           <li>Select columns containing particular features from
2381             Feature Settings dialog</li>
2382           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
2383             sequences</li>
2384           <li>Update Jalview project format:
2385             <ul>
2386               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
2387               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
2388                 store secondary structure annotation,etc)</li>
2389               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
2390                 colouring</li>
2391             </ul>
2392           </li>
2393           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
2394             (PAM250)</li>
2395           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
2396             flanking regions for an alignment</li>
2397         </ul>
2398       </td>
2399       <td>
2400         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
2401         <ul>
2402           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
2403             running after job is cancelled</li>
2404           <li>cannot export features from alignments imported from
2405             Jalview/VAMSAS projects</li>
2406           <li>Buggy slider for web service parameters that take
2407             float values</li>
2408           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
2409             have 'display all symbols' flag set</li>
2410           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
2411             annotation shading not saved in Jalview project</li>
2412           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
2413             Jalview</li>
2414           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
2415             Lion/Webstart</li>
2416           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
2417           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
2418           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
2419             alignment onto desktop</li>
2420           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
2421             'extract scores' function</li>
2422           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
2423             alignment window</li>
2424           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
2425             performing IUPred disorder prediction</li>
2426           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
2427             changing 'normalise logo' display setting</li>
2428           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
2429             nothing matches query</li>
2430           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
2431             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
2432           </li>
2433           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
2434             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
2435           </li>
2436           <li>Not all working JABAWS services are shown in
2437             Jalview's menu</li>
2438           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
2439             'invalid literal/length code'</li>
2440           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
2441             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
2442           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
2443             colourscheme</li>
2444
2445         </ul> <em>Applet</em>
2446         <ul>
2447           <li>Remove group option is shown even when selection is
2448             not a group</li>
2449           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
2450             don't affect groups</li>
2451           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
2452             colourscheme name</li>
2453           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
2454             Annotation panel is not displayed</li>
2455           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
2456             embedded windows</li>
2457         </ul> <em>Other</em>
2458         <ul>
2459           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
2460             single sequence were not calculated</li>
2461           <li>annotation files that contain only groups imported as
2462             annotation and junk sequences</li>
2463           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
2464             recognised as PFAM or BLC</li>
2465           <li>conservation/PID slider apply all groups option
2466             doesn't affect background (2.8.0b1)
2467           <li></li>
2468           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
2469           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
2470             trailing gaps</li>
2471           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
2472             registered correctly on import</li>
2473           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
2474             certain alignments</li>
2475           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
2476             existing annotation based 'use original colours'
2477             colourscheme loses original colours setting</li>
2478         </ul>
2479       </td>
2480     </tr>
2481     <tr>
2482       <td><div align="center">
2483           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
2484             <em>30/1/2014</em></strong>
2485         </div></td>
2486       <td>
2487         <ul>
2488           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
2489             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2490             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2491             open source project).
2492           </li>
2493           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2494           <li>Output in Stockholm format</li>
2495           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2496           <li>Export/import group and sequence associated line
2497             graph thresholds</li>
2498           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2499             ambiguity codes</li>
2500           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2501             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2502             works</li>
2503           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2504         </ul> <em>Other improvements</em>
2505         <ul>
2506           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2507           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2508             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2509           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2510             files</li>
2511           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2512           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2513             link but no description</li>
2514           <li>Select primary source when selecting authority in
2515             database fetcher GUI</li>
2516           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2517             Jalview</li>
2518           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2519         </ul>
2520       </td>
2521       <td>
2522         <ul>
2523           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2524             displayed</li>
2525           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2526             secondary structure annotation line</li>
2527           <li>Sequence database accessions not imported when
2528             fetching alignments from Rfam</li>
2529           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2530             identical IDs</li>
2531           <li>View all structures does not always superpose
2532             structures</li>
2533           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2534             reflect user or preset settings</li>
2535           <li>Null pointer exceptions for some services without
2536             presets or adjustable parameters</li>
2537           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2538             discover PDB xRefs</li>
2539           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2540             features with DAS</li>
2541           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2542             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2543           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2544             residue follows a gap</li>
2545           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2546             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2547           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2548             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2549           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2550             annotation already exists on alignment</li>
2551           <li>oninit javascript function should be called after
2552             initialisation completes</li>
2553           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2554             alignment window display</li>
2555           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2556           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2557             to annotation file</li>
2558           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2559             groups created</li>
2560           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2561             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2562           <li>Pressing return several times causes Number Format
2563             exceptions in keyboard mode</li>
2564           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2565             correct partitions for input data</li>
2566           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2567           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2568           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2569           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2570             mode</li>
2571           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2572             changes one row&#39;s threshold</li>
2573           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2574             doesn&#39;t open</li>
2575           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2576             quality histograms</li>
2577         </ul>
2578       </td>
2579     </tr>
2580     <tr>
2581       <td><div align="center">
2582           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2583         </div></td>
2584       <td><em>Application</em>
2585         <ul>
2586           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2587             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2588           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2589             preferences</li>
2590           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2591             in Jalview alignment window</li>
2592           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2593             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2594           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2595             RNA and ambiguity codes</li>
2596
2597           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2598           <li>Support fetching and database reference look up
2599             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2600             refs')</li>
2601           <li>Jalview project improvements
2602             <ul>
2603               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2604                 flag for annotation</li>
2605               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2606                 alignment</li>
2607               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2608                 Jalview project</li>
2609
2610             </ul>
2611           </li>
2612           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2613           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2614             running</li>
2615           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2616           <li>visual indication that web service results are still
2617             being retrieved from server</li>
2618           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2619             starts up for first time</li>
2620           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2621             services</li>
2622           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2623             client library</li>
2624           <li>Examples directory and Groovy library included in
2625             InstallAnywhere distribution</li>
2626         </ul> <em>Applet</em>
2627         <ul>
2628           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2629             visualization applet example</li>
2630         </ul> <em>General</em>
2631         <ul>
2632           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2633           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2634             defaults</li>
2635           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2636             calculation</li>
2637           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2638             matrices
2639           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2640             in HTML</li>
2641           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2642             structure contacts</li>
2643           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2644           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2645           <li>Parse sequence associated secondary structure
2646             information in Stockholm files</li>
2647           <li>HTML Export database accessions and annotation
2648             information presented in tooltip for sequences</li>
2649           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2650             style RNA alignment files</li>
2651           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2652             alignment</li>
2653           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2654             shade each sequence according to its associated alignment
2655             annotation</li>
2656           <li>New Jalview Logo</li>
2657         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2658         <ul>
2659           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2660           <li>New Website!</li>
2661         </ul></td>
2662       <td><em>Application</em>
2663         <ul>
2664           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2665             wsdbfetch REST service</li>
2666           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2667           <li>Filetype associations not installed for webstart
2668             launch</li>
2669           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2670             job execution in full once it is complete</li>
2671           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2672             uploaded via ali_file parameter</li>
2673           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2674           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2675           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2676             submitted for prediction</li>
2677           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2678             desktop window</li>
2679           <li>Putting fractional value into integer text box in
2680             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2681           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2682             windows 7</li>
2683           <li>View all structures fails with exception shown in
2684             structure view</li>
2685           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2686             escaped in a platform independent way</li>
2687           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2688             using proxy</li>
2689           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2690             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2691           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2692             failure when java web start temporary file caching is
2693             disabled</li>
2694           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2695             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2696           <li>Errors during processing of command line arguments
2697             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2698           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2699             DAS sources in sequence fetcher</li>
2700           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2701             dialog is shown</li>
2702           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2703           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2704           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2705           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2706             on OSX Mountain Lion</li>
2707           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2708             sequences with alignment annotation are pasted into the
2709             alignment</li>
2710           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2711             when loaded from Jalview project</li>
2712           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2713           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2714             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2715           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2716             associated with all views</li>
2717           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2718             annotation rows to new window</li>
2719         </ul> <em>Applet</em>
2720         <ul>
2721           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2722             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2723           <li>loading features via javascript API automatically
2724             enables feature display</li>
2725           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2726             work</li>
2727         </ul> <em>General</em>
2728         <ul>
2729           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2730           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2731             and then deselected</li>
2732           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2733           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2734             coloured with clustalx</li>
2735           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2736             exceptions and redraw errors</li>
2737           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2738             reconfigured view</li>
2739           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2740             colour</li>
2741           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2742             for lots of labels</li>
2743         </ul>
2744     </tr>
2745     <tr>
2746       <td>
2747         <div align="center">
2748           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2749         </div>
2750       </td>
2751       <td><em>Application</em>
2752         <ul>
2753           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2754           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2755           <li>View/alignment association menu to enable user to
2756             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2757             its colours/correspondences from</li>
2758           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2759           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2760             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2761           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2762           <li>Annotation row column label formatting attributes
2763             stored in project file</li>
2764           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2765             rows preserved in Jalview project file</li>
2766           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2767             saved using Desktop window menu</li>
2768           <li>Visual indication that command line arguments are
2769             still being processed</li>
2770           <li>Groovy script execution from URL</li>
2771           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2772             preferences</li>
2773           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2774             alignment with sequences that have high similarity and
2775             matching IDs</li>
2776           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2777           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2778             structures in same window</li>
2779           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2780           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2781             analysis function in its own submenu</li>
2782         </ul> <em>Applet</em>
2783         <ul>
2784           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2785             groups</li>
2786           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2787           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2788           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2789           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2790           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2791             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2792           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2793           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2794             parameters are treated as such</li>
2795           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2796             <ul>
2797               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2798               <li>Javascript callbacks for
2799                 <ul>
2800                   <li>Applet initialisation</li>
2801                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2802                 </ul>
2803               </li>
2804               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2805                 functions</li>
2806               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2807               <li>javascript structure viewer harness to pass
2808                 messages between Jmol and Jalview when running as
2809                 distinct applets</li>
2810               <li>sortBy method</li>
2811               <li>Set of applet and application examples shipped
2812                 with documentation</li>
2813               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2814                 javascript message exchange</li>
2815             </ul>
2816         </ul> <em>General</em>
2817         <ul>
2818           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2819             multiple alignments</li>
2820           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2821           <li>User configurable link to enable redirects to a
2822             www.Jalview.org mirror</li>
2823           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2824           <li>Configurable newline string when writing alignment
2825             and other flat files</li>
2826           <li>Allow alignment annotation description lines to
2827             contain html tags</li>
2828         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2829         <ul>
2830           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2831             examples</li>
2832           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2833             using a web service before displaying the result in the
2834             Jalview desktop</li>
2835           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2836           <li>Ant target to publish example html files with applet
2837             archive</li>
2838           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2839           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2840         </ul></td>
2841       <td><em>Application</em>
2842         <ul>
2843           <li>User defined colourscheme throws exception when
2844             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2845           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2846             dialog for valid filename/format</li>
2847           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2848           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2849             P37173</li>
2850           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2851             which sequence is to be associated with the file</li>
2852           <li>Find All raises null pointer exception when query
2853             only matches sequence IDs</li>
2854           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2855           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2856             2.4 cannot be loaded</li>
2857           <li>Filetype associations not installed for webstart
2858             launch</li>
2859           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2860             with sequences in different alignments do not get coloured
2861             by their associated sequence</li>
2862           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2863             not preserved when project is loaded</li>
2864           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2865             stored in Jalview project</li>
2866           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2867             Jalview project</li>
2868           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2869           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2870             by conservation</li>
2871           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2872             created on new view</li>
2873           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2874             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2875           <li>Alignment quality not updated after alignment
2876             annotation row is hidden then shown</li>
2877           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2878             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2879           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2880             properly</li>
2881           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2882             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2883           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2884           <li>Structures imported from file and saved in project
2885             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2886           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2887             job execution in full once it is complete</li>
2888         </ul> <em>Applet</em>
2889         <ul>
2890           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2891             annotation rows are displayed</li>
2892           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2893             codebase</li>
2894           <li>View follows highlighting does not work for positions
2895             in sequences</li>
2896           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2897           <li>Export features raises exception when no features
2898             exist</li>
2899           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2900             for javascript api is modified when separator string
2901             provided as parameter</li>
2902           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2903             alignment with no existing selection</li>
2904           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2905             to applet&#39;s codebase</li>
2906           <li>Status bar not updated after finished searching and
2907             search wraps around to first result</li>
2908           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2909             several Jalview applets causes race conditions and memory
2910             leaks</li>
2911           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2912             not sent from Jmol in applet</li>
2913           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2914             applet API fatally hang browser</li>
2915         </ul> <em>General</em>
2916         <ul>
2917           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2918             position with wrapped view and hidden regions</li>
2919           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2920             with/without hidden columns</li>
2921           <li>Sequence length given in alignment properties window
2922             is off by 1</li>
2923           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2924             import PDB like structure files</li>
2925           <li>Positional search results are only highlighted
2926             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2927           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2928           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2929             given sequence position</li>
2930           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2931             output</li>
2932           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2933             from nucleotide chains correctly</li>
2934           <li>Structure colours not updated when tree partition
2935             changed in alignment</li>
2936           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2937             parsed in interleaved stockholm</li>
2938           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2939             state</li>
2940           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2941             properly</li>
2942           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2943             properly associated with their pdb files</li>
2944         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2945         <ul>
2946           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2947             ApplyCopyright tool</li>
2948         </ul></td>
2949     </tr>
2950     <tr>
2951       <td>
2952         <div align="center">
2953           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2954         </div>
2955       </td>
2956       <td><em>Application</em>
2957         <ul>
2958           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2959             contact web services</li>
2960           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2961             service job window</li>
2962           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2963         </ul></td>
2964       <td>
2965         <ul>
2966           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2967             pir file emitted by Jalview</li>
2968           <li>Existing feature settings transferred to new
2969             alignment view created from cut'n'paste</li>
2970           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2971             parsing PDB files</li>
2972           <li>Consensus and conservation annotation rows
2973             occasionally become blank for all new windows</li>
2974           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2975             in wrapped view mode</li>
2976         </ul> <em>Application</em>
2977         <ul>
2978           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2979             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2980           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2981             parameter names</li>
2982           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2983             is down</li>
2984         </ul>
2985       </td>
2986     </tr>
2987     <tr>
2988       <td>
2989         <div align="center">
2990           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2991         </div>
2992       </td>
2993       <td><em>Application</em>
2994         <ul>
2995           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2996             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2997             (JABAWS)
2998           </li>
2999           <li>Web Services preference tab</li>
3000           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
3001             preferences</li>
3002           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
3003           <li>Superpose structures using associated sequence
3004             alignment</li>
3005           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
3006             viewer</li>
3007         </ul> <em>Applet</em>
3008         <ul>
3009           <li>enable javascript: execution by the applet via the
3010             link out mechanism</li>
3011         </ul> <em>Other</em>
3012         <ul>
3013           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
3014             series 12</li>
3015           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
3016             require Java 1.5</li>
3017           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
3018             sequence annotation files</li>
3019           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
3020             type colour specification</li>
3021           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
3022             script to check if it being run in an interactive session or
3023             in a batch operation from the Jalview command line</li>
3024         </ul></td>
3025       <td>
3026         <ul>
3027           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3028             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3029         </ul> <em>Application</em>
3030         <ul>
3031           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3032             selected Regions menu item</li>
3033           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
3034             part of a valid accession ID</li>
3035           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
3036             runs out of memory</li>
3037           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
3038             analysis results</li>
3039           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
3040             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
3041           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
3042         </ul> <em>Applet</em>
3043         <ul>
3044           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
3045             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
3046             defined.</li>
3047         </ul>
3048       </td>
3049     </tr>
3050     <tr>
3051       <td>
3052         <div align="center">
3053           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
3054         </div>
3055       </td>
3056       <td></td>
3057       <td>
3058         <ul>
3059           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
3060             sequence IDs</li>
3061           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
3062             both D+E are present in over 50% of the column</li>
3063           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
3064             import correctly</li>
3065           <li>More columns get selected than were clicked on when a
3066             number of columns are hidden</li>
3067           <li>annotation label popup menu not providing correct
3068             add/hide/show options when rows are hidden or none are
3069             present</li>
3070           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
3071             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
3072           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
3073             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
3074
3075         </ul> <em>Applet</em>
3076         <ul>
3077           <li>annotation panel disappears when annotation is
3078             hidden/removed</li>
3079         </ul> <em>Application</em>
3080         <ul>
3081           <li>Alignment view not redrawn properly when new
3082             alignment opened where annotation panel is visible but no
3083             annotations are present on alignment</li>
3084           <li>pasted region containing hidden columns is
3085             incorrectly displayed in new alignment window</li>
3086           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
3087             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
3088           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
3089             selected Rregions menu item.</li>
3090           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
3091             'Un' or 'Non'conserved</li>
3092           <li>Sequence feature settings are being shared by
3093             multiple distinct alignments</li>
3094           <li>group annotation not recreated when tree partition is
3095             changed</li>
3096           <li>double click on group annotation to select sequences
3097             does not propagate to associated trees</li>
3098           <li>Mac OSX specific issues:
3099             <ul>
3100               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
3101                 window background</li>
3102               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
3103                 name set correctly</li>
3104               <li>sequence feature settings not wide enough for the
3105                 save feature colourscheme button</li>
3106             </ul>
3107           </li>
3108         </ul>
3109       </td>
3110     </tr>
3111     <tr>
3112
3113       <td>
3114         <div align="center">
3115           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
3116         </div>
3117       </td>
3118       <td><em>New Capabilities</em>
3119         <ul>
3120           <li>URL links generated from description line for
3121             regular-expression based URL links (applet and application)
3122
3123           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
3124             menu</li>
3125           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
3126             structures</li>
3127           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
3128             the currently highlighted region of an alignment.</li>
3129           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
3130             average score or total feature count for each sequence.</li>
3131           <li>Shading features by score or associated description</li>
3132           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
3133             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
3134           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
3135             hide everything but the currently selected region.</li>
3136           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
3137         </ul> <em>Application</em>
3138         <ul>
3139           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
3140             support retrieval from DAS sequence sources</li>
3141           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
3142             command line or via the Add local source dialog box.</li>
3143           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
3144             database references and protein_name is parsed as
3145             description line (BioSapiens terms).</li>
3146           <li>Enable or disable non-positional feature and database
3147             references in sequence ID tooltip from View menu in
3148             application.</li>
3149           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
3150       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
3151           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
3152             conservation plots</li>
3153           <li>Symbol distributions for each column can be exported
3154             and visualized as sequence logos</li>
3155           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
3156             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
3157           </li>
3158           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
3159             when a new tree is opened.</li>
3160           <li>Jalview Java Console</li>
3161           <li>Better placement of desktop window when moving
3162             between different screens.</li>
3163           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
3164             consensus annotation</li>
3165           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
3166             Workflows</li>
3167           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
3168             <ul>
3169               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
3170                 used to preserve views, structures, and tree display
3171                 settings)</li>
3172               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
3173                 command line</li>
3174               <li>Sharing of selected regions between views and
3175                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
3176               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
3177             </ul></li>
3178         </ul> <em>Applet</em>
3179         <ul>
3180           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
3181           <li>New Parameters
3182             <ul>
3183               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
3184                 associated alignment view by the tree when a new tree is
3185                 opened.</li>
3186               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
3187                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
3188               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
3189                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
3190               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
3191                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
3192                 view</li>
3193               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
3194                 increase the height or width of a cell in the alignment
3195                 grid relative to the current font size.</li>
3196             </ul>
3197           </li>
3198           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
3199             tooltip</li>
3200         </ul> <em>Other</em>
3201         <ul>
3202           <li>Features format: graduated colour definitions and
3203             specification of feature scores</li>
3204           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
3205             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
3206             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
3207           <li>XML formats extended to support graduated feature
3208             colourschemes, group associated annotation, and profile
3209             visualization settings.</li></td>
3210       <td>
3211         <ul>
3212           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
3213             rather than description</li>
3214           <li>Non-positional features are now included in sequence
3215             feature and gff files (controlled via non-positional feature
3216             visibility in tooltip).</li>
3217           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
3218           <li>Added URL embedding instructions to features file
3219             documentation.</li>
3220           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
3221             'X' in peptide product</li>
3222           <li>Match case switch in find dialog box works for both
3223             sequence ID and sequence string and query strings do not
3224             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
3225           <li>AMSA files only contain first column of
3226             multi-character column annotation labels</li>
3227           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
3228             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
3229             exported and re-imported)</li>
3230           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
3231             name</li>
3232           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
3233             as subsequence matches, and correctly reports total number
3234             of both.</li>
3235           <li>Application:
3236             <ul>
3237               <li>Better handling of exceptions during sequence
3238                 retrieval</li>
3239               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
3240                 link text excludes the start_end suffix</li>
3241               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
3242                 when fetch or registry operations in progress.</li>
3243               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
3244               <li>Sequence description lines properly shared via
3245                 VAMSAS</li>
3246               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3247                 data sources</li>
3248               <li>Ensured that command line das feature retrieval
3249                 completes before alignment figures are generated.</li>
3250               <li>Reduced time taken when opening file browser for
3251                 first time.</li>
3252               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
3253                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
3254               <li>User defined group colours properly recovered
3255                 from Jalview projects.</li>
3256             </ul>
3257           </li>
3258         </ul>
3259       </td>
3260
3261     </tr>
3262     <tr>
3263       <td>
3264         <div align="center">
3265           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
3266         </div>
3267       </td>
3268       <td>
3269         <ul>
3270           <li>Experimental support for google analytics usage
3271             tracking.</li>
3272           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
3273         </ul>
3274       </td>
3275       <td>
3276         <ul>
3277           <li>Race condition in applet preventing startup in
3278             jre1.6.0u12+.</li>
3279           <li>Exception when feature created from selection beyond
3280             length of sequence.</li>
3281           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
3282           <li>Sequence associated annotation rows associate with
3283             all sequences with a given id</li>
3284           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
3285             ID string searches</li>
3286           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
3287             alignment to fail with exception</li>
3288         </ul> <em>Application Issues</em>
3289         <ul>
3290           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
3291           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
3292             data sources</li>
3293         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
3294         <ul>
3295           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
3296             issue with installAnywhere mechanism)</li>
3297           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
3298             version (java class versioning error fixed)</li>
3299         </ul>
3300       </td>
3301     </tr>
3302     <tr>
3303       <td>
3304
3305         <div align="center">
3306           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
3307         </div>
3308       </td>
3309       <td><em>User Interface</em>
3310         <ul>
3311           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
3312             translation and protein products</li>
3313           <li>Linked highlighting of structure associated with
3314             residue mapping to codon position</li>
3315           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
3316             and 'clear' button</li>
3317           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
3318             Tools menu</li>
3319           <li>Extract score function to parse whitespace separated
3320             numeric data in description line</li>
3321           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
3322           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
3323             of sequence</li>
3324         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
3325         <ul>
3326           <li>JPred3 web service</li>
3327           <li>Prototype sequence search client (no public services
3328             available yet)</li>
3329           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
3330             PFAM</li>
3331           <li>URL Links created for matching database cross
3332             references as well as sequence ID</li>
3333           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
3334         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
3335         <ul>
3336           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
3337             databases</li>
3338           <li>Generalised database reference retrieval and
3339             validation to all fetchable databases</li>
3340           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
3341             sequence command</li>
3342         </ul> <em>Import and Export</em>
3343         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
3344         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
3345           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
3346         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
3347           File</li>
3348         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
3349           triplet as name of colourscheme</li>
3350         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
3351         <ul>
3352           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
3353           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
3354             alignments (experimental)</li>
3355           <li>Create new or select existing session to join</li>
3356           <li>load and save of vamsas documents</li>
3357         </ul> <em>Application command line</em>
3358         <ul>
3359           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
3360             from applet)</li>
3361           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
3362             of DAS servers to query for alignment features</li>
3363           <li>-dasserver command line argument to add new servers
3364             that are also automatically queried for features</li>
3365           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
3366             script after all input data has been loaded and parsed</li>
3367         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
3368         <ul>
3369           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
3370             application (when using &quot;View in full
3371             application&quot;)</li>
3372         </ul> <em>Applet Parameters</em>
3373         <ul>
3374           <li>feature group display control parameter</li>
3375           <li>debug parameter</li>
3376           <li>showbutton parameter</li>
3377         </ul> <em>Applet API methods</em>
3378         <ul>
3379           <li>newView public method</li>
3380           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
3381           <li>Feature display control methods</li>
3382           <li>get list of currently selected sequences</li>
3383         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
3384         <ul>
3385           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
3386           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
3387             Jalview release.</li>
3388           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
3389             property controls execution of obfuscator</li>
3390           <li>Build target for generating source distribution</li>
3391           <li>Debug flag for javacc</li>
3392           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
3393             jalview.bin.Cache</li>
3394           <li>Continuous Build Integration for stable and
3395             development version of Application, Applet and source
3396             distribution</li>
3397         </ul></td>
3398       <td>
3399         <ul>
3400           <li>selected region output includes visible annotations
3401             (for certain formats)</li>
3402           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
3403             for editing</li>
3404           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
3405           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
3406           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
3407           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
3408             comments</li>
3409           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
3410             filenames containing a ':'</li>
3411           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
3412             global sequence features</li>
3413           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
3414             references from alignment sequences goes to zero</li>
3415           <li>Close of tree branch colour box without colour
3416             selection causes cascading exceptions</li>
3417           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
3418           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
3419             file parsing fails.</li>
3420           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
3421           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
3422             not a valid output format</li>
3423           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
3424             vamsas</li>
3425           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
3426           <li>error messages passed up and output when data read
3427             fails</li>
3428           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
3429             sequence is edited</li>
3430           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
3431             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
3432           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
3433             filetype</li>
3434           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
3435             import fixed for PFAM records</li>
3436           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
3437             window list</li>
3438           <li>annotation consisting of sequence associated scores
3439             can be read and written correctly to annotation file</li>
3440           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
3441             correctly</li>
3442           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
3443             non-italic font for representatives in Applet</li>
3444           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
3445             Macs.</li>
3446           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
3447             Applet)</li>
3448           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
3449             due to null pointer exceptions</li>
3450           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
3451             first column of alignment</li>
3452           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
3453             July 2008</li>
3454           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
3455             file is case-insensitive</li>
3456           <li>Sequence features read from Features file appended to
3457             all sequences with matching IDs</li>
3458           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
3459             containing a sub-sequence</li>
3460           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
3461           <li>feature and annotation file applet parameters
3462             referring to different directories are retrieved correctly</li>
3463           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
3464           <li>Fixed application hang whilst waiting for
3465             splash-screen version check to complete</li>
3466           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
3467             when passing them to the launchApp service</li>
3468           <li>display name and local features preserved in results
3469             retrieved from web service</li>
3470           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
3471             sequence fetcher initialisation</li>
3472           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
3473             dasobert DAS client</li>
3474           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
3475             association</li>
3476           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
3477             sequences
3478           </li>
3479         </ul>
3480       </td>
3481     </tr>
3482     <tr>
3483       <td>
3484         <div align="center">
3485           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
3486         </div>
3487       </td>
3488       <td>
3489         <ul>
3490           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3491           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3492           <li>Slide sequences</li>
3493           <li>Edit sequence in place</li>
3494           <li>EMBL CDS features</li>
3495           <li>DAS Feature mapping</li>
3496           <li>Feature ordering</li>
3497           <li>Alignment Properties</li>
3498           <li>Annotation Scores</li>
3499           <li>Sort by scores</li>
3500           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3501         </ul>
3502       </td>
3503       <td>
3504         <ul>
3505           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3506           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3507           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3508           <li>Feature group display state in XML</li>
3509           <li>Feature ordering in XML</li>
3510           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3511           <li>Stockholm alignment properties</li>
3512           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3513           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3514           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3515           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3516         </ul>
3517       </td>
3518
3519     </tr>
3520     <tr>
3521       <td>
3522         <div align="center">
3523           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3524         </div>
3525       </td>
3526       <td>
3527         <ul>
3528           <li>Non standard characters can be read and displayed
3529           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3530             applet via textbox
3531           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3532             name &amp; description
3533           <li>Preference setting to display sequence name in
3534             italics
3535           <li>Annotation file format extended to allow
3536             Sequence_groups to be defined
3537           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3538             specified in preferences
3539           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3540             sequences
3541         </ul>
3542       </td>
3543       <td>
3544         <ul>
3545           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3546             installed
3547           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3548           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3549         </ul>
3550       </td>
3551     </tr>
3552     <tr>
3553       <td>
3554         <div align="center">
3555           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3556         </div>
3557       </td>
3558       <td>
3559         <ul>
3560           <li>Multiple views on alignment
3561           <li>Sequence feature editing
3562           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3563           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3564           <li>Background dependent text colour
3565           <li>Right align sequence ids
3566           <li>User-defined lower case residue colours
3567           <li>Format Menu
3568           <li>Select Menu
3569           <li>Menu item accelerator keys
3570           <li>Control-V pastes to current alignment
3571           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3572           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3573           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3574
3575           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3576         </ul>
3577       </td>
3578       <td>
3579         <ul>
3580           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3581           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3582             calculations
3583           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3584             edits
3585           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3586             of alignment)
3587           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3588
3589           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3590             display correctly
3591           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3592           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3593             analysis results
3594           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3595             &#8739;
3596           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3597           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3598           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3599
3600         </ul>
3601       </td>
3602     </tr>
3603     <tr>
3604       <td>
3605         <div align="center">
3606           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3607         </div>
3608       </td>
3609       <td>
3610         <ul>
3611           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3612         </ul>
3613       </td>
3614       <td>
3615         <ul>
3616           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3617             sequence id panel has been resized</li>
3618           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3619             rendered</li>
3620           <li>Annotation files with sequence references - all
3621             elements in file are relative to sequence position</li>
3622           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3623         </ul>
3624       </td>
3625     </tr>
3626     <tr>
3627       <td>
3628         <div align="center">
3629           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3630         </div>
3631       </td>
3632       <td>
3633         <ul>
3634           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3635           <li>DAS Feature fetching</li>
3636           <li>Hide sequences and columns</li>
3637           <li>Export Annotations and Features</li>
3638           <li>GFF file reading / writing</li>
3639           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3640             files</li>
3641           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3642           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3643           <li>Applet can launch the full application</li>
3644           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3645             required)</li>
3646           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3647           <li>Applet can load sequences from parameter
3648             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3649           </li>
3650         </ul>
3651       </td>
3652       <td>
3653         <ul>
3654           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3655           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3656           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3657         </ul>
3658       </td>
3659     </tr>
3660     <tr>
3661       <td>
3662         <div align="center">
3663           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3664         </div>
3665       </td>
3666       <td>
3667         <ul>
3668           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3669           <li>Choose to match case when searching</li>
3670           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3671             expand the visible width and height of the alignment</li>
3672         </ul>
3673       </td>
3674       <td>
3675         <ul>
3676           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3677         </ul>
3678       </td>
3679     </tr>
3680     <tr>
3681       <td>
3682         <div align="center">
3683           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3684         </div>
3685       </td>
3686       <td>&nbsp;</td>
3687       <td>
3688         <ul>
3689           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3690           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3691             value</li>
3692         </ul>
3693       </td>
3694     </tr>
3695     <tr>
3696       <td>
3697         <div align="center">
3698           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3699         </div>
3700       </td>
3701       <td>
3702         <ul>
3703           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3704           <li>Keyboard editing</li>
3705           <li>Create sequence features from searches</li>
3706           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3707             alignments</li>
3708           <li>Features file allows grouping of features</li>
3709           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3710           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3711           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3712         </ul>
3713       </td>
3714       <td>
3715         <ul>
3716           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3717           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3718             descriptions saved.</li>
3719         </ul>
3720       </td>
3721     </tr>
3722     <tr>
3723       <td>
3724         <div align="center">
3725           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3726         </div>
3727       </td>
3728       <td>
3729         <ul>
3730           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3731           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3732           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3733             name for file output</li>
3734           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3735           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3736             used for HTML form input</li>
3737         </ul>
3738       </td>
3739       <td>
3740         <ul>
3741           <li>HTML output writes groups and features</li>
3742           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3743           <li>File IO bugs</li>
3744         </ul>
3745       </td>
3746     </tr>
3747     <tr>
3748       <td>
3749         <div align="center">
3750           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3751         </div>
3752       </td>
3753       <td>
3754         <ul>
3755           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3756           <li>More options for PCA viewer</li>
3757         </ul>
3758       </td>
3759       <td>
3760         <ul>
3761           <li>GUI bugs resolved</li>
3762           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3763         </ul>
3764       </td>
3765     </tr>
3766     <tr>
3767       <td height="63">
3768         <div align="center">
3769           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3770         </div>
3771       </td>
3772       <td>
3773         <ul>
3774           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3775           <li>Jar files are executable</li>
3776           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3777         </ul>
3778       </td>
3779       <td>
3780         <ul>
3781           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3782           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3783           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3784         </ul>
3785       </td>
3786     </tr>
3787     <tr>
3788       <td>
3789         <div align="center">
3790           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3791         </div>
3792       </td>
3793       <td>
3794         <ul>
3795           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3796         </ul>
3797       </td>
3798       <td>
3799         <ul>
3800           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3801         </ul>
3802       </td>
3803     </tr>
3804     <tr>
3805       <td>
3806         <div align="center">
3807           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3808         </div>
3809       </td>
3810       <td>
3811         <ul>
3812           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3813             size</li>
3814         </ul>
3815       </td>
3816       <td>
3817         <ul>
3818           <li>Improved JPred client reliability</li>
3819           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3820         </ul>
3821       </td>
3822     </tr>
3823     <tr>
3824       <td>
3825         <div align="center">
3826           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3827         </div>
3828       </td>
3829       <td>
3830         <ul>
3831           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3832           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3833           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3834             to Colour Menu</li>
3835           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3836           <li>Unix users can set default web browser</li>
3837           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3838           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3839         </ul>
3840       </td>
3841       <td>
3842         <ul>
3843           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3844         </ul>
3845       </td>
3846     </tr>
3847     <tr>
3848       <td>
3849         <div align="center">
3850           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3851         </div>
3852       </td>
3853       <td>&nbsp;</td>
3854       <td>
3855         <ul>
3856           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3857             alignment order.</li>
3858         </ul>
3859       </td>
3860     </tr>
3861     <tr>
3862       <td>
3863         <div align="center">
3864           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3865         </div>
3866       </td>
3867       <td>
3868         <ul>
3869           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3870           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3871           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3872             annotations.</li>
3873           <li>Version and build date written to build properties
3874             file.</li>
3875           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3876             at launch of Jalview.</li>
3877         </ul>
3878       </td>
3879       <td>
3880         <ul>
3881           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3882           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3883           <li>Can remove groups one by one.</li>
3884           <li>Filechooser icons installed.</li>
3885           <li>Finder ignores return character when searching.
3886             Return key will initiate a search.<br>
3887           </li>
3888         </ul>
3889       </td>
3890     </tr>
3891     <tr>
3892       <td>
3893         <div align="center">
3894           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3895         </div>
3896       </td>
3897       <td>
3898         <ul>
3899           <li>New codebase</li>
3900         </ul>
3901       </td>
3902       <td>&nbsp;</td>
3903     </tr>
3904   </table>
3905   <p>&nbsp;</p>
3906 </body>
3907 </html>