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   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   6  * This file is part of Jalview.
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  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>Release History</title>
  24 <style>
  25 ul {
  26   /* remove bullets, narrower indent */
  27   list-style-type: none;
  28   margin: 0;
  29   padding-left: 10px;
  30   padding-bottom: 4px;
  31 }
  32
  33 li {
  34   /* separate the items from eachother */
  35   margin-left: -3px;
  36   padding-bottom: 3px;
  37   padding-left: 6px;
  38 }
  39
  40 li:before {
  41   /*   doesnt get processed in javahelp */
  42   content: '\00b7 ';
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  45 }
  46 </style>
  47 </head>
  48 <body>
  49   <p>
  50     <strong>Release History</strong>
  51   </p>
  52   <table border="1">
  53     <tr>
  54       <td width="60" nowrap>
  55         <div align="center">
  56           <em><strong>Release</strong></em>
  57         </div>
  58       </td>
  59       <td>
  60         <div align="center">
  61           <em><strong>New Features</strong></em>
  62         </div>
  63       </td>
  64       <td>
  65         <div align="center">
  66           <em><strong>Issues Resolved</strong></em>
  67         </div>
  68       </td>
  69     </tr>
  70     <tr>
  71       <td width="60" nowrap>
  72         <div align="center">
  73           <strong><a name="Jalview.2.10.2">2.10.2</a><br /> <em>8/8/2017</em></strong>
  74         </div>
  75       </td>
  76       <td><div align="left">
  77           <em>General</em>
  78           <ul>
  79             <li>
  80               <!-- JAL-2379 -->Revised implementation of PCA for speed
  81               and memory efficiency (~30x faster)
  82             </li>
  83             <li>
  84               <!-- JAL-2403 -->Revised implementation of sequence
  85               similarity scores as used by Tree, PCA, Shading Consensus
  86               and other calculations
  87               <ul>
  88                 <li>
  89                   <!-- JAL-2416 -->Score matrices are stored as resource
  90                   files within the Jalview codebase
  91                 <li>
  92                   <!-- JAL-2500 -->Trees computed on Sequence Feature
  93                   Similarity may have different topology due to
  94                   increased precision
  95                 </li>
  96               </ul>
  97             </li>
  98             <li>
  99               <!-- JAL-1632 -->Tree/PCA calculation menu items merged to
 100               a calculation dialog box
 101             </li>
 102             <li>
 103               <!-- JAL-2360,JAL-2371, -->More robust colours and shader
 104               model for alignments and groups
 105             </li>
 106             <li>
 107               <!--  JAL-384 -->Custom shading schemes created via groovy
 108               scripts
 109             </li>
 110             <li>Improved overview window
 111               <ul>
 112                 <li>
 113                   <!--  JAL-2526 -->Efficiency improvements for
 114                   interacting with alignment and overview windows
 115                 </li>
 116                 <li>
 117                   <!--  JAL-2491 -->Linked scrolling of CDS/Protein
 118                   views via Overview or sequence motif search operations
 119                 </li>
 120                 <li>
 121                   <!-- JAL-2514 -->Scrolling of wrapped alignment views
 122                   via overview
 123                 </li>
 124                 <li>
 125                   <!-- JAL-2388 -->Hidden columns and sequences can be
 126                   omitted in Overview
 127                 </li>
 128                 <li>
 129                   <!-- JAL-2611 -->Click-drag in visible area allows
 130                   fine adjustment of visible position
 131                 </li>
 132               </ul>
 133             </li>
 134             <li>
 135               <!-- JAL-2535 -->Posterior probability annotation from
 136               Stockholm files imported as sequence associated annotation
 137             </li>
 138             <li>
 139               <!-- JAL-2533 -->Sequence names don't include file
 140               extension when importing structure files without embedded
 141               names or PDB accessions
 142             </li>
 143             <li>
 144               <!-- JAL-2547 -->Amend sequence features dialog box can be
 145               opened by double clicking gaps within sequence feature
 146               extent
 147             </li>
 148             <li>
 149               <!-- JAL-2631 -->Graduated feature colour style example
 150               included in the example feature file
 151             </li>
 152             <li>
 153               <!-- JAL-1933 -->Occupancy annotation row shows number of
 154               ungapped positions in each column of the alignment.
 155             </li>
 156             <li>
 157               <!-- JAL-2533 -->File extension pruned from Sequence ID
 158               for sequences derived from structure files without
 159               embedded database accession
 160             </li>
 161             <li>
 162               <!-- JAL-1476 -->Status bar message shown when not enough
 163               aligned positions were available to create a 3D structure
 164               superposition.
 165             </li>
 166             <li>
 167               <!-- JAL-2507 -->More robust per-sequence positional
 168               annotation input/output via stockholm flatfile
 169             </li>
 170
 171           </ul>
 172           <em>Application</em>
 173           <ul>
 174             <li>
 175               <!-- JAL-2447 --> Experimental Features Checkbox in
 176               Desktop's Tools menu to hide or show untested features in
 177               the application.
 178             </li>
 179             <li>
 180               <!-- JAL-1476 -->Warning in alignment status bar when
 181               there are not enough columns to superimpose structures in
 182               Chimera
 183             </li>
 184             <li>
 185               <!-- JAL-1596 -->Faster Chimera/Jalview communication by
 186               file-based command exchange
 187             </li>
 188             <li>
 189               <!-- JAL-2316, -->URLs for viewing database
 190               cross-references provided by identifiers.org and the
 191               EMBL-EBI's MIRIAM DB
 192             </li>
 193             <li>
 194               <!-- JAL-2549 -->Updated JABAWS client to v2.2
 195             </li>
 196             <li>
 197               <!-- JAL-2416 -->Drag and drop load of AAIndex and NCBI
 198               format sequence substitution matrices
 199             </li>
 200             <li>
 201               <!-- JAL-2375 -->Structure chooser automatically shows
 202               Cached Structures rather than querying the PDBe if
 203               structures are already available for sequences
 204             </li>
 205             <li>
 206               <!-- JAL-2520 -->Structures imported via URL are cached in
 207               the Jalview project rather than downloaded again when the
 208               project is reopened.
 209             </li>
 210
 211           </ul>
 212           <em>Experimental features</em>
 213           <ul>
 214             <li>
 215               <!-- JAL-2295, JAL-2296 -->New entries in the Chimera menu
 216               to transfer Chimera's structure attributes as Jalview
 217               features, and vice-versa.
 218             </li>
 219           </ul>
 220           <em>Applet</em>
 221           <ul>
 222             <li>
 223               <!--  -->
 224             </li>
 225           </ul>
 226           <em>Test Suite</em>
 227           <ul>
 228             <li>
 229               <!--  JAL-2474 -->Added PrivilegedAccessor to test suite
 230             </li>
 231             <li>
 232               <!-- JAL-2326 -->Prevent or clear modal dialogs raised
 233               during tests
 234             </li>
 235             <li>
 236               <!-- JAL-2485, -->External service integration tests for
 237               Uniprot REST Free Text Search Client
 238             </li>
 239             <li>
 240               <!--  --> <em>Scripting</em>
 241               <ul>
 242                 <li>
 243                   <!-- JAL-2344 -->FileFormatI interface for describing
 244                   and identifying file formats (instead of String
 245                   constants)
 246                 </li>
 247                 <li>
 248                   <!-- JAL-2228 -->FeatureCounter script refactored for
 249                   efficiency when counting all displayed features (not
 250                   backwards compatible with 2.10.1)
 251                 </li>
 252                 <li></li>
 253
 254
 255               </ul>
 256           </ul>
 257         </div></td>
 258       <td><div align="left">
 259           <em>General</em>
 260           <ul>
 261             <li>
 262               <!-- JAL-2398, -->Fixed incorrect value in BLOSUM 62 score
 263               matrix - C->R should be '-3'<br />Old matrix restored
 264               with this one-line groovy script:<br />jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels.instance.BLOSUM62.@matrix[4][1]=3
 265             </li>
 266             <li>
 267               <!-- JAL-2397 -->Fixed Jalview's treatment of gaps in PCA
 268               and substitution matrix based Tree calculations.<br />In
 269               earlier versions of Jalview, gaps matching gaps were
 270               penalised, and gaps matching non-gaps penalised even more.
 271               In the PCA calculation, gaps were actually treated as
 272               non-gaps - so different costs were applied, which meant
 273               Jalview's PCAs were different to those produced by
 274               SeqSpace.<br />Jalview now treats gaps in the same way as
 275               SeqSpace (ie it scores them as 0). To restore pre-2.10.2
 276               behaviour<br />
 277               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=true // for
 278               2.10.1 mode<br />
 279               jalview.viewmodel.PCAModel.scoreGapAsAny=false // to
 280               restore 2.10.2 mode
 281             </li>
 282             <li>
 283               <!-- JAL-2424 -->Fixed off-by-one bug that affected
 284               scaling of branch lengths for trees computed using
 285               Sequence Feature Similarity.
 286             </li>
 287             <li>
 288               <!-- JAL-2346 -->Reopening Colour by annotation dialog
 289               doesn't reselect a specific sequence's associated
 290               annotation after it was used for colouring a view
 291             </li>
 292             <li>
 293               <!-- JAL-2430 -->Hidden regions in alignment views are not
 294               coloured in linked structure views
 295             </li>
 296             <li>
 297               <!-- JAL-2419 -->Current selection lost if popup menu
 298               opened on a region of alignment without groups
 299             </li>
 300             <li>
 301               <!-- JAL-2374 -->Popup menu not always shown for regions
 302               of an alignment with overlapping groups
 303             </li>
 304             <li>
 305               <!-- JAL-2310 -->Finder double counts if both a sequence's
 306               name and description match
 307             </li>
 308             <li>
 309               <!-- JAL-2370 -->Hiding column selection containing two
 310               hidden regions results in incorrect hidden regions
 311             </li>
 312             <li>
 313               <!-- JAL-2377 -->PCA calculation could hang when
 314               generating output report when working with highly
 315               redundant alignments
 316             </li>
 317             <li>
 318               <!-- JAL-2365 -->Cannot configure feature colours with
 319               lightGray or darkGray via features file
 320             </li>
 321             <li>
 322               <!-- JAL-2421 -->Overview window visible region moves
 323               erratically when hidden rows or columns are present
 324             </li>
 325             <li>
 326               <!-- JAL-2362 -->Per-residue colourschemes applied via the
 327               Structure Viewer's colour menu don't correspond to
 328               sequence colouring
 329             </li>
 330             <li>
 331               <!-- JAL-2405 -->Protein specific colours only offered in
 332               colour and group colour menu for protein alignments
 333             </li>
 334             <li>
 335               <!-- JAL-2386 -->'Apply to all groups' setting when
 336               changing colour does not apply Conservation slider value
 337               to all groups
 338             </li>
 339             <li>
 340               <!-- JAL-2385 -->Colour threshold slider doesn't update to
 341               reflect currently selected view or group's shading
 342               thresholds
 343             </li>
 344             <li>
 345               <!-- JAL-2373 -->Percentage identity and conservation menu
 346               items do not show a tick or allow shading to be disabled
 347             </li>
 348             <li>
 349               <!-- JAL-2385 -->Conservation shading or PID threshold
 350               lost when base colourscheme changed if slider not visible
 351             </li>
 352             <li>
 353               <!-- JAL-2547 -->Sequence features shown in tooltip for
 354               gaps before start of features
 355             </li>
 356             <li>
 357               <!-- JAL-2576 -->Very large alignments take a long time to
 358               load
 359             </li>
 360             <li>
 361               <!-- JAL-2623 -->Graduated feature colour threshold not
 362               restored to UI when feature colour is edited
 363             </li>
 364             <li>
 365               <!-- JAL-2624 -->Feature colour thresholds not respected
 366               when rendered on overview and structures when opacity at
 367               100%
 368             </li>
 369             <li>
 370               <!-- JAL-2630 -->Structure and alignment overview update
 371               as graduate feature colour settings are modified via the
 372               dialog box
 373             </li>
 374             <li>
 375               <!-- JAL-147 -->Vertical scrollbar jumps one page-width at
 376               a time when scrolling vertically in wrapped mode.
 377             </li>
 378             <li>
 379               <!-- JAL-2034 -->Overview window doesn't always update
 380               when a group defined on the alignment is resized
 381             </li>
 382             <li>
 383               <!-- JAL-2605 -->Mouseovers on left/right scale region in
 384               wrapped view result in positional status updates
 385             </li>
 386             <li>
 387               <!-- JAL-2563 -->Status bar shows position for ambiguous
 388               amino acid and nucleotide symbols
 389             </li>
 390             <li>
 391               <!-- JAL-2602 -->Copy consensus sequence failed if
 392               alignment included gapped columns
 393             </li>
 394             <li>
 395               <!-- JAL-2589 -->User defined gap colour not shown in
 396               overview when features overlaid on alignment
 397             </li>
 398             <li>
 399               <!-- JAL-2473 -->Minimum size set for Jalview windows so
 400               widgets don't permanently disappear
 401             </li>
 402             <li>
 403               <!-- JAL-2503 -->Cannot select or filter quantitative
 404               annotation that are shown only as column labels (e.g.
 405               T-Coffee column reliability scores)
 406             </li>
 407             <li>
 408               <!-- JAL-2589 -->Gap colours in user-defined colourschemes
 409               are not shown
 410             </li>
 411             <li>
 412               <!-- JAL-2594 -->Exception thrown if trying to create a
 413               sequence feature on gaps only
 414             </li>
 415             <li>
 416               <!-- JAL-2544 --> Sort by features includes features to
 417               right of selected region when gaps present on right-hand
 418               boundary
 419             </li>
 420             <li>
 421               <!-- JAL-2504 -->Features created with 'New feature'
 422               button from a Find inherit previously defined feature type
 423               rather than the Find query string
 424             </li>
 425             <li>
 426               <!-- JAL-2423  -->incorrect title in output window when
 427               exporting tree calculated in Jalview
 428             </li>
 429             <li>
 430               <!-- JAL-2507 -->Per-sequence RNA secondary structures
 431               added after a sequence was imported are not written to
 432               Stockholm File
 433             </li>
 434             <li>
 435               <!-- JAL-2509 -->WUSS notation for simple pseudoknots lost
 436               when importing RNA secondary structure via Stockholm
 437             </li>
 438             <li>
 439               <!-- JAL-2509 -->Secondary structure arrows for [] and {}
 440               not shown in correct direction for simple pseudoknots
 441             </li>
 442             <li>
 443               <!-- JAL-2437 -->Hiding sequences at bottom of alignment
 444               and then revealing them reorders sequences on the
 445               alignment
 446             </li>
 447             <li>
 448               <!-- JAL-964 -->Group panel in sequence feature settings
 449               doesn't update to reflect available set of groups after
 450               interactively adding or modifying features
 451             </li>
 452             <li>
 453               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser unusable on
 454               Linux
 455             </li>
 456             <li>
 457               <!-- JAL -->
 458             </li>
 459             <li>
 460               <!-- JAL -->
 461             </li>
 462             <li>
 463               <!-- JAL -->
 464             </li>
 465           </ul>
 466           <strong>Documentation</strong>
 467           <ul>
 468             <li>
 469               <!-- JAL-2339 -->Release notes reformatted for readibility
 470               with the built-in Java help viewer
 471             </li>
 472             <li>
 473               <!-- JAL-1644 -->Find documentation updated with 'search
 474               sequence description' option
 475             </li>
 476           </ul>
 477           <em>Application</em>
 478           <ul>
 479             <li>
 480               <!-- JAL-2225 -->Sequence Database chooser doesn't show
 481               available databases panel on Linux
 482             </li>
 483             <li>
 484               <!-- JAL-2519 -->EnsemblGenomes example failing after
 485               release of Ensembl v.88
 486             </li>
 487             <li>
 488               <!-- JAL-2361 -->User Defined Colours not added to Colour
 489               menu
 490             </li>
 491             <li>
 492               <!-- JAL-2401 -->Easier creation of colours for all 'Lower
 493               case' residues (button in colourscheme editor debugged and
 494               new documentation and tooltips added)
 495             </li>
 496             <li>
 497               <!-- JAL-2399-->Text colour threshold's 'Cancel' button
 498               doesn't restore group-specific text colour thresholds
 499             </li>
 500             <li>
 501               <!-- JAL-2243 -->Feature settings panel does not update as
 502               new features are added to alignment
 503             </li>
 504             <li>
 505               <!-- JAL-2532 -->Cancel in feature settings reverts
 506               changes to feature colours via the Amend features dialog
 507             </li>
 508             <li>
 509               <!-- JAL-2506 -->Null pointer exception when attempting to
 510               edit graduated feature colour via amend features dialog
 511               box
 512             </li>
 513             <li>
 514               <!-- JAL-2436 -->Structure viewer's View -> Colour By view
 515               selection menu changes colours of alignment views
 516             </li>
 517             <li>
 518               <!--  JAL-2366 -->Proxy server address and port always
 519               appear enabled in Preferences->Connections
 520             </li>
 521             <li>
 522               <!-- JAL-2426 -->Spurious exceptions in console raised
 523               from alignment calculation workers after alignment has
 524               been closed
 525             </li>
 526             <li>
 527               <!-- JAL-1608 -->Typo in selection popup menu - Create
 528               groups now 'Create Group'
 529             </li>
 530             <li>
 531               <!-- JAL-1608 -->CMD/CTRL and G or Shift G for
 532               Create/Undefine group doesn't always work
 533             </li>
 534             <li>
 535               <!-- JAL-2464 -->Tree Viewer's Print Dialog doesn't get
 536               shown again after pressing 'Cancel'
 537             </li>
 538             <li>
 539               <!--  JAL-2461 -->DAS registry not found exceptions
 540               removed from console output
 541             </li>
 542             <li>
 543               <!--  JAL-2383 -->Above PID colour threshold not recovered
 544               when alignment view imported from project
 545             </li>
 546             <li>
 547               <!-- JAL-2520,JAL-2465 -->No mappings generated between
 548               structure and sequences extracted from structure files
 549               imported via URL and viewed in Jmol
 550             </li>
 551             <li>
 552               <!-- JAL-2520 -->Structures loaded via URL are saved in
 553               Jalview Projects rather than fetched via URL again when
 554               the project is loaded and the structure viewed
 555             </li>
 556             <li>
 557               <!-- JAL-1256 -->Trackpad horizontal scroll gesture
 558               adjusts start position in wrap mode
 559             </li>
 560             <li>
 561               <!-- JAL-2563 -->Status bar doesn't show positions for
 562               ambiguous amino acids
 563             </li>
 564             <li>
 565               <!-- JAL-2291 -->Hide insertions in PopUp menu excludes
 566               gaps in selection, current sequence and only within
 567               selected columns
 568             </li>
 569             <li>
 570               <!-- JAL-2582 -->Cannot retrieve protein products from
 571               Ensembl by Peptide ID
 572             </li>
 573             <li>
 574               <!-- JAL-2431 -->cDNA Consensus annotation not shown in
 575               CDS/Protein view after CDS sequences added for aligned
 576               proteins
 577             </li>
 578             <li>
 579               <!-- JAL-2482, JAL-2487 -->Incorrect PDB-Uniprot mappings
 580               created from SIFTs, and spurious 'Couldn't open structure
 581               in Chimera' errors raised after April 2017 update (problem
 582               due to 'null' string rather than empty string used for
 583               residues with no corresponding PDB mapping).
 584             </li>
 585             <li><!-- JAL-2592 -->User defined colourschemes called 'User Defined' don't appear in Colours menu</li>
 586             <li>
 587
 588
 589           </ul>
 590           <em>Applet</em>
 591           <ul>
 592             <li>
 593               <!-- JAL- -->
 594             </li>
 595             <li>
 596               <!-- JAL-2468 -->Switching between Nucleotide and Protein
 597               score models doesn't always result in an updated PCA plot
 598             </li>
 599             <li>
 600               <!-- JAL-2442 -->Features not rendered as transparent on
 601               overview or linked structure view
 602             </li>
 603             <li>
 604               <!--  JAL-2372 -->Colour group by conservation doesn't
 605               work (since 2.8)
 606             </li>
 607             <li>
 608               <!-- JAL-2517 -->Hitting Cancel after applying
 609               user-defined colourscheme doesn't restore original
 610               colourscheme
 611             </li>
 612           </ul>
 613           <em>New Known Issues</em>
 614           <ul>
 615             <li>
 616               <!--  JAL-2566 -->Protein/CDS view scrolling not always in
 617               phase after a sequence motif find operation
 618             </li>
 619             <li>
 620               <!-- JAL-2550 -->Importing annotation file with rows
 621               containing just upper and lower case letters are
 622               interpreted as WUSS rna secondary structure symbols
 623             </li>
 624             <li>
 625               <!-- JAL-2590 -->Cannot load Newick trees from eggnog
 626               ortholog database
 627             </li>
 628             <li>
 629               <!-- JAL-2468 -->Status bar shows 'Marked x columns
 630               containing features of type Highlight' when 'B" is pressed
 631               to mark columns containing highlighted regions.
 632             </li>
 633           </ul>
 634           <em>Test Suite</em>
 635           <ul>
 636             <li>
 637               <!-- JAL-2314 -->Unit test failure:
 638               jalview.ws.jabaws.RNAStructExportImport setup fails
 639             </li>
 640             <li>
 641               <!-- JAL-2307 -->Unit test failure:
 642               jalview.ws.sifts.SiftsClientTest due to compatibility
 643               problems with deep array comparison equality asserts in
 644               successive versions of TestNG
 645             </li>
 646             <li>
 647               <!-- JAL-2479 -->Relocated StructureChooserTest and
 648               ParameterUtilsTest Unit tests to Network suite
 649             </li>
 650
 651           </ul>
 652         </div>
 653
 654     <tr>
 655       <td width="60" nowrap>
 656         <div align="center">
 657           <strong><a name="Jalview.2.10.1">2.10.1</a><br /> <em>29/11/2016</em></strong>
 658         </div>
 659       </td>
 660       <td><div align="left">
 661           <em>General</em>
 662           <ul>
 663             <li>
 664               <!-- JAL-98 -->Improved memory usage: sparse arrays used
 665               for all consensus calculations
 666             </li>
 667             <li>
 668               <!-- JAL-2177 -->Jmol updated to version 14.6.4 (released
 669               3rd Oct 2016)
 670             </li>
 671             <li>Updated Jalview's Certum code signing certificate
 672               for 2016-2017</li>
 673           </ul>
 674           <em>Application</em>
 675           <ul>
 676             <li>
 677               <!-- JAL-1723 -->Sequence ID tool tip presents abridged
 678               set of database cross-references, sorted alphabetically
 679             </li>
 680             <li>
 681               <!-- JAL-2282-->New replacement token for creating URLs <em>just</em>
 682               from database cross references. Users with custom links
 683               will receive a <a href="webServices/urllinks.html#warning">warning
 684                 dialog</a> asking them to update their preferences.
 685             </li>
 686             <li>
 687               <!-- JAL-2287-->Cancel button and escape listener on
 688               dialog warning user about disconnecting Jalview from a
 689               Chimera session
 690             </li>
 691             <li>
 692               <!-- JAL-2320-->Jalview's Chimera control window closes if
 693               the Chimera it is connected to is shut down
 694             </li>
 695             <li>
 696               <!-- JAL-1738-->New keystroke (B) and Select highlighted
 697               columns menu item to mark columns containing highlighted
 698               regions (e.g. from structure selections or results of a
 699               Find operation)
 700             </li>
 701             <li>
 702               <!-- JAL-2284-->Command line option for batch-generation
 703               of HTML pages rendering alignment data with the BioJS
 704               MSAviewer
 705             </li>
 706           </ul>
 707         </div></td>
 708       <td>
 709         <div align="left">
 710           <em>General</em>
 711           <ul>
 712             <li>
 713               <!-- JAL-2286 -->Columns with more than one modal residue
 714               are not coloured or thresholded according to percent
 715               identity (first observed in Jalview 2.8.2)
 716             </li>
 717             <li>
 718               <!-- JAL-2301 -->Threonine incorrectly reported as not
 719               hydrophobic
 720             </li>
 721             <li>
 722               <!-- JAL-2318 -->Updates to documentation pages (above PID
 723               threshold, amino acid properties)
 724             </li>
 725             <li>
 726               <!-- JAL-2292 -->Lower case residues in sequences are not
 727               reported as mapped to residues in a structure file in the
 728               View Mapping report
 729             </li>
 730             <li>
 731               <!--JAL-2324 -->Identical features with non-numeric scores
 732               could be added multiple times to a sequence
 733             </li>
 734             <li>
 735               <!--JAL-2323, JAL-2333,JAL-2335,JAL-2327 -->Disulphide
 736               bond features shown as two highlighted residues rather
 737               than a range in linked structure views, and treated
 738               correctly when selecting and computing trees from features
 739             </li>
 740             <li>
 741               <!-- JAL-2281-->Custom URL links for database
 742               cross-references are matched to database name regardless
 743               of case
 744             </li>
 745
 746           </ul>
 747           <em>Application</em>
 748           <ul>
 749             <li>
 750               <!-- JAL-2282-->Custom URL links for specific database
 751               names without regular expressions also offer links from
 752               Sequence ID
 753             </li>
 754             <li>
 755               <!-- JAL-2315-->Removing a single configured link in the
 756               URL links pane in Connections preferences doesn't actually
 757               update Jalview configuration
 758             </li>
 759             <li>
 760               <!-- JAL-2272-->CTRL-Click on a selected region to open
 761               the alignment area popup menu doesn't work on El-Capitan
 762             </li>
 763             <li>
 764               <!-- JAL-2280 -->Jalview doesn't offer to associate mmCIF
 765               files with similarly named sequences if dropped onto the
 766               alignment
 767             </li>
 768             <li>
 769               <!-- JAL-2312 -->Additional mappings are shown for PDB
 770               entries where more chains exist in the PDB accession than
 771               are reported in the SIFTS file
 772             </li>
 773             <li>
 774               <!-- JAL-2317-->Certain structures do not get mapped to
 775               the structure view when displayed with Chimera
 776             </li>
 777             <li>
 778               <!-- JAL-2317-->No chains shown in the Chimera view
 779               panel's View->Show Chains submenu
 780             </li>
 781             <li>
 782               <!--JAL-2277 -->Export as HTML with embedded SVG doesn't
 783               work for wrapped alignment views
 784             </li>
 785             <li>
 786               <!--JAL-2197 -->Rename UI components for running JPred
 787               predictions from 'JNet' to 'JPred'
 788             </li>
 789             <li>
 790               <!-- JAL-2337,JAL-2277 -->Export as PNG or SVG is
 791               corrupted when annotation panel vertical scroll is not at
 792               first annotation row
 793             </li>
 794             <li>
 795               <!--JAL-2332 -->Attempting to view structure for Hen
 796               lysozyme results in a PDB Client error dialog box
 797             </li>
 798             <li>
 799               <!-- JAL-2319 -->Structure View's mapping report switched
 800               ranges for PDB and sequence for SIFTS
 801             </li>
 802             <!-- JAL-2319 -->
 803             SIFTS 'Not_Observed' residues mapped to non-existant
 804             coordindate data
 805             </li>
 806           </ul>
 807           <!--           <em>New Known Issues</em>
 808           <ul>
 809             <li></li>
 810           </ul> -->
 811         </div>
 812       </td>
 813     </tr>
 814     <td width="60" nowrap>
 815       <div align="center">
 816         <strong><a name="Jalview.2.10.0b1">2.10.0b1</a><br />
 817           <em>25/10/2016</em></strong>
 818       </div>
 819     </td>
 820     <td><em>Application</em>
 821       <ul>
 822         <li>3D Structure chooser opens with 'Cached structures'
 823           view if structures already loaded</li>
 824         <li>Progress bar reports models as they are loaded to
 825           structure views</li>
 826       </ul></td>
 827     <td>
 828       <div align="left">
 829         <em>General</em>
 830         <ul>
 831           <li>Colour by conservation always enabled and no tick
 832             shown in menu when BLOSUM or PID shading applied</li>
 833           <li>FER1_ARATH and FER2_ARATH labels were switched in
 834             example sequences/projects/trees</li>
 835         </ul>
 836         <em>Application</em>
 837         <ul>
 838           <li>Jalview projects with views of local PDB structure
 839             files saved on Windows cannot be opened on OSX</li>
 840           <li>Multiple structure views can be opened and superposed
 841             without timeout for structures with multiple models or
 842             multiple sequences in alignment</li>
 843           <li>Cannot import or associated local PDB files without a
 844             PDB ID HEADER line</li>
 845           <li>RMSD is not output in Jmol console when superposition
 846             is performed</li>
 847           <li>Drag and drop of URL from Browser fails for Linux and
 848             OSX versions earlier than El Capitan</li>
 849           <li>ENA client ignores invalid content from ENA server</li>
 850           <li>Exceptions are not raised in console when ENA client
 851             attempts to fetch non-existent IDs via Fetch DB Refs UI
 852             option</li>
 853           <li>Exceptions are not raised in console when a new view
 854             is created on the alignment</li>
 855           <li>OSX right-click fixed for group selections: CMD-click
 856             to insert/remove gaps in groups and CTRL-click to open group
 857             pop-up menu</li>
 858         </ul>
 859         <em>Build and deployment</em>
 860         <ul>
 861           <li>URL link checker now copes with multi-line anchor
 862             tags</li>
 863         </ul>
 864         <em>New Known Issues</em>
 865         <ul>
 866           <li>Drag and drop from URL links in browsers do not work
 867             on Windows</li>
 868         </ul>
 869       </div>
 870     </td>
 871     </tr>
 872     <tr>
 873       <td width="60" nowrap>
 874         <div align="center">
 875           <strong><a name="Jalview.2.10.0">2.10.0</a><br /> <em>06/10/2016</em></strong>
 876         </div>
 877       </td>
 878       <td><em>General</em>
 879         <ul>
 880           <li>
 881             <!-- JAL-2124 -->Updated Spanish translations.
 882           </li>
 883           <li>
 884             <!-- JAL-2164,JAL-1919,JAL-2148 -->Jmol now primary parser
 885             for importing structure data to Jalview. Enables mmCIF and
 886             better PDB parsing.
 887           </li>
 888           <li>
 889             <!-- JAL-192 --->Alignment ruler shows positions relative to
 890             reference sequence
 891           </li>
 892           <li>
 893             <!-- JAL-2202 -->Position/residue shown in status bar when
 894             mousing over sequence associated annotation
 895           </li>
 896           <li>
 897             <!-- JAL-2171 -->Default RNA SS symbol to 'matching bracket'
 898             for manual entry
 899           </li>
 900           <li>
 901             <!-- JAL-2214 -->RNA Structure consensus indicates wc-only
 902             '()', canonical '[]' and invalid '{}' base pair populations
 903             for each column
 904           </li>
 905           <li>
 906             <!-- JAL-2092 -->Feature settings popup menu options for
 907             showing or hiding columns containing a feature
 908           </li>
 909           <li>
 910             <!-- JAL-1557 -->Edit selected group by double clicking on
 911             group and sequence associated annotation labels
 912           </li>
 913           <li>
 914             <!-- JAL-2236 -->Sequence name added to annotation label in
 915             select/hide columns by annotation and colour by annotation
 916             dialogs
 917           </li>
 918
 919         </ul> <em>Application</em>
 920         <ul>
 921           <li>
 922             <!-- JAL-2050-->Automatically hide introns when opening a
 923             gene/transcript view
 924           </li>
 925           <li>
 926             <!-- JAL-1563 -->Uniprot Sequence fetcher Free Text Search
 927             dialog
 928           </li>
 929           <li>
 930             <!--  JAL-1957, JAL-1479 JAL-1491 -->UniProt - PDB protein
 931             structure mappings with the EMBL-EBI PDBe SIFTS database
 932           </li>
 933           <li>
 934             <!-- JAL-2079 -->Updated download sites used for Rfam and
 935             Pfam sources to xfam.org
 936           </li>
 937           <li>
 938             <!-- JAL-2084 -->Disabled Rfam(Full) in the sequence fetcher
 939           </li>
 940           <li>
 941             <!-- JAL-2123 -->Show residue labels in Chimera when mousing
 942             over sequences in Jalview
 943           </li>
 944           <li>
 945             <!-- JAL-2027-->Support for reverse-complement coding
 946             regions in ENA and EMBL
 947           </li>
 948           <li>
 949             <!-- JAL-1855, JAL-2113, JAL-2114-->Upgrade to EMBL XML 1.2
 950             for record retrieval via ENA rest API
 951           </li>
 952           <li>
 953             <!-- JAL-2027 -->Support for ENA CDS records with reverse
 954             complement operator
 955           </li>
 956           <li>
 957             <!--  JAL-1812 -->Update to groovy-2.4.6-indy - for faster
 958             groovy script execution
 959           </li>
 960           <li>
 961             <!--  JAL-1812 -->New 'execute Groovy script' option in an
 962             alignment window's Calculate menu
 963           </li>
 964           <li>
 965             <!--  JAL-1812 -->Allow groovy scripts that call
 966             Jalview.getAlignFrames() to run in headless mode
 967           </li>
 968           <li>
 969             <!--  JAL-2068 -->Support for creating new alignment
 970             calculation workers from groovy scripts
 971           </li>
 972           <li>
 973             <!-- JAL-1369 --->Store/restore reference sequence in
 974             Jalview projects
 975           </li>
 976           <li>
 977             <!-- JAL-1803 -->Chain codes for a sequence's PDB
 978             associations are now saved/restored from project
 979           </li>
 980           <li>
 981             <!-- JAL-1993 -->Database selection dialog always shown
 982             before sequence fetcher is opened
 983           </li>
 984           <li>
 985             <!-- JAL-2183 -->Double click on an entry in Jalview's
 986             database chooser opens a sequence fetcher
 987           </li>
 988           <li>
 989             <!-- JAL-1563 -->Free-text search client for UniProt using
 990             the UniProt REST API
 991           </li>
 992           <li>
 993             <!-- JAL-2168 -->-nonews command line parameter to prevent
 994             the news reader opening
 995           </li>
 996           <li>
 997             <!-- JAL-2028 -->Displayed columns for PDBe and Uniprot
 998             querying stored in preferences
 999           </li>
1000           <li>
1001             <!-- JAL-2091 -->Pagination for displaying PDBe and Uniprot
1002             search results
1003           </li>
1004           <li>
1005             <!-- JAL-1977-->Tooltips shown on database chooser
1006           </li>
1007           <li>
1008             <!--  JAL-391 -->Reverse complement function in calculate
1009             menu for nucleotide sequences
1010           </li>
1011           <li>
1012             <!-- JAL-2005, JAL-599 -->Alignment sort by feature scores
1013             and feature counts preserves alignment ordering (and
1014             debugged for complex feature sets).
1015           </li>
1016           <li>
1017             <!-- JAL-2152-->Chimera 1.11.1 minimum requirement for
1018             viewing structures with Jalview 2.10
1019           </li>
1020           <li>
1021             <!-- JAL-1705, JAL-1975, JAL-2050,JAL-2041,JAL-2105 -->Retrieve
1022             genome, transcript CCDS and gene ids via the Ensembl and
1023             Ensembl Genomes REST API
1024           </li>
1025           <li>
1026             <!-- JAL-2049 -->Protein sequence variant annotation
1027             computed for 'sequence_variant' annotation on CDS regions
1028             (Ensembl)
1029           </li>
1030           <li>
1031             <!-- JAL-2232 -->ENA CDS 'show cross references' for Uniprot
1032             sequences
1033           </li>
1034           <li>
1035             <!-- JAL-2213,JAL-1856 -->Improved warning messages when DB
1036             Ref Fetcher fails to match, or otherwise updates sequence
1037             data from external database records.
1038           </li>
1039           <li>
1040             <!-- JAL-2154 -->Revised Jalview Project format for
1041             efficient recovery of sequence coding and alignment
1042             annotation relationships.
1043           </li>
1044         </ul> <!-- <em>Applet</em>
1045         <ul>
1046           <li>
1047             -- JAL---
1048           </li>
1049         </ul> --></td>
1050       <td>
1051         <div align="left">
1052           <em>General</em>
1053           <ul>
1054             <li>
1055               <!-- JAL-2077 -->reinstate CTRL-click for opening pop-up
1056               menu on OSX
1057             </li>
1058             <li>
1059               <!-- JAL-2018-->Export features in Jalview format (again)
1060               includes graduated colourschemes
1061             </li>
1062             <li>
1063               <!-- JAL-2172,JAL-1722, JAL-2001-->More responsive when
1064               working with big alignments and lots of hidden columns
1065             </li>
1066             <li>
1067               <!-- JAL-2053-->Hidden column markers not always rendered
1068               at right of alignment window
1069             </li>
1070             <li>
1071               <!-- JAL-2067 -->Tidied up links in help file table of
1072               contents
1073             </li>
1074             <li>
1075               <!-- JAL-2072  -->Feature based tree calculation not shown
1076               for DNA alignments
1077             </li>
1078             <li>
1079               <!-- JAL-2075  -->Hidden columns ignored during feature
1080               based tree calculation
1081             </li>
1082             <li>
1083               <!-- JAL-2065  -->Alignment view stops updating when show
1084               unconserved enabled for group on alignment
1085             </li>
1086             <li>
1087               <!--  JAL-2086  -->Cannot insert gaps into sequence when
1088               set as reference
1089             </li>
1090             <li>
1091               <!-- JAL-2146 -->Alignment column in status incorrectly
1092               shown as &quot;Sequence position&quot; when mousing over
1093               annotation
1094             </li>
1095             <li>
1096               <!--  JAL-2099 -->Incorrect column numbers in ruler when
1097               hidden columns present
1098             </li>
1099             <li>
1100               <!--  JAL-1577 -->Colour by RNA Helices not enabled when
1101               user created annotation added to alignment
1102             </li>
1103             <li>
1104               <!-- JAL-1841 -->RNA Structure consensus only computed for
1105               '()' base pair annotation
1106             </li>
1107             <li>
1108               <!-- JAL-2215, JAL-1841 -->Enabling 'Ignore Gaps' results
1109               in zero scores for all base pairs in RNA Structure
1110               Consensus
1111             </li>
1112             <li>
1113               <!-- JAL-2174-->Extend selection with columns containing
1114               feature not working
1115             </li>
1116             <li>
1117               <!-- JAL-2275 -->Pfam format writer puts extra space at
1118               beginning of sequence
1119             </li>
1120             <li>
1121               <!-- JAL-1827 -->Incomplete sequence extracted from pdb
1122               entry 3a6s
1123             </li>
1124             <li>
1125               <!-- JAL-2238 -->Cannot create groups on an alignment from
1126               from a tree when t-coffee scores are shown
1127             </li>
1128             <li>
1129               <!-- JAL-1836,1967 -->Cannot import and view PDB
1130               structures with chains containing negative resnums (4q4h)
1131             </li>
1132             <li>
1133               <!--  JAL-1998 -->ArithmeticExceptions raised when parsing
1134               some structures
1135             </li>
1136             <li>
1137               <!--  JAL-1991, JAl-1952 -->'Empty' alignment blocks added
1138               to Clustal, PIR and PileUp output
1139             </li>
1140             <li>
1141               <!--  JAL-2008 -->Reordering sequence features that are
1142               not visible causes alignment window to repaint
1143             </li>
1144             <li>
1145               <!--  JAL-2006 -->Threshold sliders don't work in
1146               graduated colour and colour by annotation row for e-value
1147               scores associated with features and annotation rows
1148             </li>
1149             <li>
1150               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1151               calculation should be case independent
1152             </li>
1153             <li>
1154               <!-- JAL-2173 -->Remove annotation also updates hidden
1155               columns
1156             </li>
1157             <li>
1158               <!-- JAL-2234 -->FER1_ARATH and FER2_ARATH mislabelled in
1159               example file (uniref50.fa, feredoxin.fa, unaligned.fa,
1160               exampleFile_2_7.jar, exampleFile.jar, exampleFile_2_3.jar)
1161             </li>
1162             <li>
1163               <!-- JAL-2065 -->Null pointer exceptions and redraw
1164               problems when reference sequence defined and 'show
1165               non-conserved' enabled
1166             </li>
1167             <li>
1168               <!-- JAL-1306 -->Quality and Conservation are now shown on
1169               load even when Consensus calculation is disabled
1170             </li>
1171             <li>
1172               <!-- JAL-1932 -->Remove right on penultimate column of
1173               alignment does nothing
1174             </li>
1175           </ul>
1176           <em>Application</em>
1177           <ul>
1178             <li>
1179               <!-- JAL-1552-->URLs and links can't be imported by
1180               drag'n'drop on OSX when launched via webstart (note - not
1181               yet fixed for El Capitan)
1182             </li>
1183             <li>
1184               <!-- JAL-1911-->Corrupt preferences for SVG, EPS & HTML
1185               output when running on non-gb/us i18n platforms
1186             </li>
1187             <li>
1188               <!-- JAL-1944 -->Error thrown when exporting a view with
1189               hidden sequences as flat-file alignment
1190             </li>
1191             <li>
1192               <!-- JAL-2030-->InstallAnywhere distribution fails when
1193               launching Chimera
1194             </li>
1195             <li>
1196               <!-- JAL-2080-->Jalview very slow to launch via webstart
1197               (also hotfix for 2.9.0b2)
1198             </li>
1199             <li>
1200               <!--  JAL-2085  -->Cannot save project when view has a
1201               reference sequence defined
1202             </li>
1203             <li>
1204               <!--  JAL-1011  -->Columns are suddenly selected in other
1205               alignments and views when revealing hidden columns
1206             </li>
1207             <li>
1208               <!--  JAL-1989  -->Hide columns not mirrored in complement
1209               view in a cDNA/Protein splitframe
1210             </li>
1211             <li>
1212               <!--  JAL-1369 -->Cannot save/restore representative
1213               sequence from project when only one sequence is
1214               represented
1215             </li>
1216             <li>
1217               <!-- JAL-2002 -->Disabled 'Best Uniprot Coverage' option
1218               in Structure Chooser
1219             </li>
1220             <li>
1221               <!-- JAL-2215 -->Modifying 'Ignore Gaps' on consensus or
1222               structure consensus didn't refresh annotation panel
1223             </li>
1224             <li>
1225               <!-- JAL-1962 -->View mapping in structure view shows
1226               mappings between sequence and all chains in a PDB file
1227             </li>
1228             <li>
1229               <!-- JAL-2102, JAL-2101, JAL-2102, -->PDB and Uniprot FTS
1230               dialogs format columns correctly, don't display array
1231               data, sort columns according to type
1232             </li>
1233             <li>
1234               <!-- JAL-1975 -->Export complete shown after destination
1235               file chooser is cancelled during an image export
1236             </li>
1237             <li>
1238               <!-- JAL-2025 -->Error when querying PDB Service with
1239               sequence name containing special characters
1240             </li>
1241             <li>
1242               <!-- JAL-2024 -->Manual PDB structure querying should be
1243               case insensitive
1244             </li>
1245             <li>
1246               <!-- JAL-2104 -->Large tooltips with broken HTML
1247               formatting don't wrap
1248             </li>
1249             <li>
1250               <!-- JAL-1128 -->Figures exported from wrapped view are
1251               truncated so L looks like I in consensus annotation
1252             </li>
1253             <li>
1254               <!-- JAL-2003 -->Export features should only export the
1255               currently displayed features for the current selection or
1256               view
1257             </li>
1258             <li>
1259               <!-- JAL-2036 -->Enable 'Get Cross-References' in menu
1260               after fetching cross-references, and restoring from
1261               project
1262             </li>
1263             <li>
1264               <!-- JAL-2032 -->Mouseover of a copy of a sequence is not
1265               followed in the structure viewer
1266             </li>
1267             <li>
1268               <!-- JAL-2163 -->Titles for individual alignments in
1269               splitframe not restored from project
1270             </li>
1271             <li>
1272               <!-- JAL-2145 -->missing autocalculated annotation at
1273               trailing end of protein alignment in transcript/product
1274               splitview when pad-gaps not enabled by default
1275             </li>
1276             <li>
1277               <!-- JAL-1797 -->amino acid physicochemical conservation
1278               is case dependent
1279             </li>
1280             <li>
1281               <!-- JAL-1448 -->RSS reader doesn't stay hidden after last
1282               article has been read (reopened issue due to
1283               internationalisation problems)
1284             </li>
1285             <li>
1286               <!-- JAL-1960 -->Only offer PDB structures in structure
1287               viewer based on sequence name, PDB and UniProt
1288               cross-references
1289             </li>
1290
1291             <li>
1292               <!-- JAL-1976 -->No progress bar shown during export of
1293               alignment as HTML
1294             </li>
1295             <li>
1296               <!-- JAL-2213 -->Structures not always superimposed after
1297               multiple structures are shown for one or more sequences.
1298             </li>
1299             <li>
1300               <!-- JAL-1370 -->Reference sequence characters should not
1301               be replaced with '.' when 'Show unconserved' format option
1302               is enabled.
1303             </li>
1304             <li>
1305               <!-- JAL-1823 -->Cannot specify chain code when entering
1306               specific PDB id for sequence
1307             </li>
1308             <li>
1309               <!-- JAL-1944 -->File->Export->.. as doesn't work when
1310               'Export hidden sequences' is enabled, but 'export hidden
1311               columns' is disabled.
1312             </li>
1313             <li>
1314               <!--JAL-2026-->Best Quality option in structure chooser
1315               selects lowest rather than highest resolution structures
1316               for each sequence
1317             </li>
1318             <li>
1319               <!-- JAL-1887 -->Incorrect start and end reported for PDB
1320               to sequence mapping in 'View Mappings' report
1321             </li>
1322             <li>
1323               <!-- JAL-2284 -->Unable to read old Jalview projects that
1324               contain non-XML data added after Jalvew wrote project.
1325             </li>
1326             <li>
1327               <!-- JAL-2118 -->Newly created annotation row reorders
1328               after clicking on it to create new annotation for a
1329               column.
1330             </li>
1331             <!--  may exclude, this is an external service stability issue  JAL-1941
1332             -- > RNA 3D structure not added via DSSR service</li> -->
1333           </ul>
1334           <em>Applet</em>
1335           <ul>
1336             <li>
1337               <!-- JAL-2151 -->Incorrect columns are selected when
1338               hidden columns present before start of sequence
1339             </li>
1340             <li>
1341               <!-- JAL-1986 -->Missing dependencies on applet pages
1342               (JSON jars)
1343             </li>
1344             <li>
1345               <!-- JAL-1947 -->Overview pixel size changes when
1346               sequences are hidden in applet
1347             </li>
1348             <li>
1349               <!-- JAL-1996 -->Updated instructions for applet
1350               deployment on examples pages.
1351             </li>
1352           </ul>
1353         </div>
1354       </td>
1355     </tr>
1356     <tr>
1357       <td width="60" nowrap>
1358         <div align="center">
1359           <strong><a name="Jalview.2.9.0b2">2.9.0b2</a><br />
1360             <em>16/10/2015</em></strong>
1361         </div>
1362       </td>
1363       <td><em>General</em>
1364         <ul>
1365           <li>Time stamps for signed Jalview application and applet
1366             jars</li>
1367         </ul></td>
1368       <td>
1369         <div align="left">
1370           <em>Application</em>
1371           <ul>
1372             <li>Duplicate group consensus and conservation rows
1373               shown when tree is partitioned</li>
1374             <li>Erratic behaviour when tree partitions made with
1375               multiple cDNA/Protein split views</li>
1376           </ul>
1377         </div>
1378       </td>
1379     </tr>
1380     <tr>
1381       <td width="60" nowrap>
1382         <div align="center">
1383           <strong><a name="Jalview.2.9.0b1">2.9.0b1</a><br />
1384             <em>8/10/2015</em></strong>
1385         </div>
1386       </td>
1387       <td><em>General</em>
1388         <ul>
1389           <li>Updated Spanish translations of localized text for
1390             2.9</li>
1391         </ul> <em>Application</em>
1392         <ul>
1393           <!-- <li>cDNA/Protein splitframe window geometry preserved in Jalview projects</li>-->
1394           <li>Signed OSX InstallAnywhere installer<br></li>
1395           <li>Support for per-sequence based annotations in BioJSON</li>
1396         </ul> <em>Applet</em>
1397         <ul>
1398           <li>Split frame example added to applet examples page</li>
1399         </ul> <em>Build and Deployment</em>
1400         <ul>
1401           <li>
1402             <!--  JAL-1888 -->New ant target for running Jalview's test
1403             suite
1404           </li>
1405         </ul></td>
1406       <td>
1407         <div align="left">
1408           <em>General</em>
1409           <ul>
1410             <li>Mapping of cDNA to protein in split frames
1411               incorrect when sequence start > 1</li>
1412             <li>Broken images in filter column by annotation dialog
1413               documentation</li>
1414             <li>Feature colours not parsed from features file</li>
1415             <li>Exceptions and incomplete link URLs recovered when
1416               loading a features file containing HTML tags in feature
1417               description</li>
1418
1419           </ul>
1420           <em>Application</em>
1421           <ul>
1422             <li>Annotations corrupted after BioJS export and
1423               reimport</li>
1424             <li>Incorrect sequence limits after Fetch DB References
1425               with 'trim retrieved sequences'</li>
1426             <li>Incorrect warning about deleting all data when
1427               deleting selected columns</li>
1428             <li>Patch to build system for shipping properly signed
1429               JNLP templates for webstart launch</li>
1430             <li>EMBL-PDBe fetcher/viewer dialogs do not offer
1431               unreleased structures for download or viewing</li>
1432             <li>Tab/space/return keystroke operation of EMBL-PDBe
1433               fetcher/viewer dialogs works correctly</li>
1434             <li>Disabled 'minimise' button on Jalview windows
1435               running on OSX to workaround redraw hang bug</li>
1436             <li>Split cDNA/Protein view position and geometry not
1437               recovered from jalview project</li>
1438             <li>Initial enabled/disabled state of annotation menu
1439               sorter 'show autocalculated first/last' corresponds to
1440               alignment view</li>
1441             <li>Restoring of Clustal, RNA Helices and T-Coffee
1442               color schemes from BioJSON</li>
1443           </ul>
1444           <em>Applet</em>
1445           <ul>
1446             <li>Reorder sequences mirrored in cDNA/Protein split
1447               frame</li>
1448             <li>Applet with Jmol examples not loading correctly</li>
1449           </ul>
1450         </div>
1451       </td>
1452     </tr>
1453     <tr>
1454       <td><div align="center">
1455           <strong><a name="Jalview.2.9">2.9</a><br /> <em>10/9/2015</em></strong>
1456         </div></td>
1457       <td><em>General</em>
1458         <ul>
1459           <li>Linked visualisation and analysis of DNA and Protein
1460             alignments:
1461             <ul>
1462               <li>Translated cDNA alignments shown as split protein
1463                 and DNA alignment views</li>
1464               <li>Codon consensus annotation for linked protein and
1465                 cDNA alignment views</li>
1466               <li>Link cDNA or Protein product sequences by loading
1467                 them onto Protein or cDNA alignments</li>
1468               <li>Reconstruct linked cDNA alignment from aligned
1469                 protein sequences</li>
1470             </ul>
1471           </li>
1472           <li>Jmol integration updated to Jmol v14.2.14</li>
1473           <li>Import and export of Jalview alignment views as <a
1474             href="features/bioJsonFormat.html">BioJSON</a></li>
1475           <li>New alignment annotation file statements for
1476             reference sequences and marking hidden columns</li>
1477           <li>Reference sequence based alignment shading to
1478             highlight variation</li>
1479           <li>Select or hide columns according to alignment
1480             annotation</li>
1481           <li>Find option for locating sequences by description</li>
1482           <li>Conserved physicochemical properties shown in amino
1483             acid conservation row</li>
1484           <li>Alignments can be sorted by number of RNA helices</li>
1485         </ul> <em>Application</em>
1486         <ul>
1487           <li>New cDNA/Protein analysis capabilities
1488             <ul>
1489               <li>Get Cross-References should open a Split Frame
1490                 view with cDNA/Protein</li>
1491               <li>Detect when nucleotide sequences and protein
1492                 sequences are placed in the same alignment</li>
1493               <li>Split cDNA/Protein views are saved in Jalview
1494                 projects</li>
1495             </ul>
1496           </li>
1497
1498           <li>Use REST API to talk to Chimera</li>
1499           <li>Selected regions in Chimera are highlighted in linked
1500             Jalview windows</li>
1501
1502           <li>VARNA RNA viewer updated to v3.93</li>
1503           <li>VARNA views are saved in Jalview Projects</li>
1504           <li>Pseudoknots displayed as Jalview RNA annotation can
1505             be shown in VARNA</li>
1506
1507           <li>Make groups for selection uses marked columns as well
1508             as the active selected region</li>
1509
1510           <li>Calculate UPGMA and NJ trees using sequence feature
1511             similarity</li>
1512           <li>New Export options
1513             <ul>
1514               <li>New Export Settings dialog to control hidden
1515                 region export in flat file generation</li>
1516
1517               <li>Export alignment views for display with the <a
1518                 href="http://msa.biojs.net/">BioJS MSAViewer</a></li>
1519
1520               <li>Export scrollable SVG in HTML page</li>
1521               <li>Optional embedding of BioJSON data when exporting
1522                 alignment figures to HTML</li>
1523           </li>
1524           <li>3D structure retrieval and display
1525             <ul>
1526               <li>Free text and structured queries with the PDBe
1527                 Search API</li>
1528               <li>PDBe Search API based discovery and selection of
1529                 PDB structures for a sequence set</li>
1530             </ul>
1531           </li>
1532
1533           <li>JPred4 employed for protein secondary structure
1534             predictions</li>
1535           <li>Hide Insertions menu option to hide unaligned columns
1536             for one or a group of sequences</li>
1537           <li>Automatically hide insertions in alignments imported
1538             from the JPred4 web server</li>
1539           <li>(Nearly) Native 'Quaqua' dialogs for browsing file
1540             system on OSX<br />LGPL libraries courtesy of <a
1541             href="http://www.randelshofer.ch/quaqua/">http://www.randelshofer.ch/quaqua/</a>
1542           </li>
1543           <li>changed 'View nucleotide structure' submenu to 'View
1544             VARNA 2D Structure'</li>
1545           <li>change "View protein structure" menu option to "3D
1546             Structure ..."</li>
1547
1548         </ul> <em>Applet</em>
1549         <ul>
1550           <li>New layout for applet example pages</li>
1551           <li>New parameters to enable SplitFrame view
1552             (file2,enableSplitFrame, scaleProteinAsCdna)</li>
1553           <li>New example demonstrating linked viewing of cDNA and
1554             Protein alignments</li>
1555         </ul> <em>Development and deployment</em>
1556         <ul>
1557           <li>Java 1.7 minimum requirement for Jalview 2.9</li>
1558           <li>Include installation type and git revision in build
1559             properties and console log output</li>
1560           <li>Jalview Github organisation, and new github site for
1561             storing BioJsMSA Templates</li>
1562           <li>Jalview's unit tests now managed with TestNG</li>
1563         </ul></td>
1564       <td>
1565         <!-- <em>General</em>
1566         <ul>
1567         </ul>  --> <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1568         <ul>
1569           <li>Escape should close any open find dialogs</li>
1570           <li>Typo in select-by-features status report</li>
1571           <li>Consensus RNA secondary secondary structure
1572             predictions are not highlighted in amber</li>
1573           <li>Missing gap character in v2.7 example file means
1574             alignment appears unaligned when pad-gaps is not enabled</li>
1575           <li>First switch to RNA Helices colouring doesn't colour
1576             associated structure views</li>
1577           <li>ID width preference option is greyed out when auto
1578             width checkbox not enabled</li>
1579           <li>Stopped a warning dialog from being shown when
1580             creating user defined colours</li>
1581           <li>'View Mapping' in structure viewer shows sequence
1582             mappings for just that viewer's sequences</li>
1583           <li>Workaround for superposing PDB files containing
1584             multiple models in Chimera</li>
1585           <li>Report sequence position in status bar when hovering
1586             over Jmol structure</li>
1587           <li>Cannot output gaps as '.' symbols with Selection ->
1588             output to text box</li>
1589           <li>Flat file exports of alignments with hidden columns
1590             have incorrect sequence start/end</li>
1591           <li>'Aligning' a second chain to a Chimera structure from
1592             Jalview fails</li>
1593           <li>Colour schemes applied to structure viewers don't
1594             work for nucleotide</li>
1595           <li>Loading/cut'n'pasting an empty or invalid file leads
1596             to a grey/invisible alignment window</li>
1597           <li>Exported Jpred annotation from a sequence region
1598             imports to different position</li>
1599           <li>Space at beginning of sequence feature tooltips shown
1600             on some platforms</li>
1601           <li>Chimera viewer 'View | Show Chain' menu is not
1602             populated</li>
1603           <li>'New View' fails with a Null Pointer Exception in
1604             console if Chimera has been opened</li>
1605           <li>Mouseover to Chimera not working</li>
1606           <li>Miscellaneous ENA XML feature qualifiers not
1607             retrieved</li>
1608           <li>NPE in annotation renderer after 'Extract Scores'</li>
1609           <li>If two structures in one Chimera window, mouseover of
1610             either sequence shows on first structure</li>
1611           <li>'Show annotations' options should not make
1612             non-positional annotations visible</li>
1613           <li>Subsequence secondary structure annotation not shown
1614             in right place after 'view flanking regions'</li>
1615           <li>File Save As type unset when current file format is
1616             unknown</li>
1617           <li>Save as '.jar' option removed for saving Jalview
1618             projects</li>
1619           <li>Colour by Sequence colouring in Chimera more
1620             responsive</li>
1621           <li>Cannot 'add reference annotation' for a sequence in
1622             several views on same alignment</li>
1623           <li>Cannot show linked products for EMBL / ENA records</li>
1624           <li>Jalview's tooltip wraps long texts containing no
1625             spaces</li>
1626         </ul> <em>Applet</em>
1627         <ul>
1628           <li>Jmol to JalviewLite mouseover/link not working</li>
1629           <li>JalviewLite can't import sequences with ID
1630             descriptions containing angle brackets</li>
1631         </ul> <em>General</em>
1632         <ul>
1633           <li>Cannot export and reimport RNA secondary structure
1634             via jalview annotation file</li>
1635           <li>Random helix colour palette for colour by annotation
1636             with RNA secondary structure</li>
1637           <li>Mouseover to cDNA from STOP residue in protein
1638             translation doesn't work.</li>
1639           <li>hints when using the select by annotation dialog box</li>
1640           <li>Jmol alignment incorrect if PDB file has alternate CA
1641             positions</li>
1642           <li>FontChooser message dialog appears to hang after
1643             choosing 1pt font</li>
1644           <li>Peptide secondary structure incorrectly imported from
1645             annotation file when annotation display text includes 'e' or
1646             'h'</li>
1647           <li>Cannot set colour of new feature type whilst creating
1648             new feature</li>
1649           <li>cDNA translation alignment should not be sequence
1650             order dependent</li>
1651           <li>'Show unconserved' doesn't work for lower case
1652             sequences</li>
1653           <li>Nucleotide ambiguity codes involving R not recognised</li>
1654         </ul> <em>Deployment and Documentation</em>
1655         <ul>
1656           <li>Applet example pages appear different to the rest of
1657             www.jalview.org</li>
1658         </ul> <em>Application Known issues</em>
1659         <ul>
1660           <li>Incomplete sequence extracted from PDB entry 3a6s</li>
1661           <li>Misleading message appears after trying to delete
1662             solid column.</li>
1663           <li>Jalview icon not shown in dock after InstallAnywhere
1664             version launches</li>
1665           <li>Fetching EMBL reference for an RNA sequence results
1666             fails with a sequence mismatch</li>
1667           <li>Corrupted or unreadable alignment display when
1668             scrolling alignment to right</li>
1669           <li>ArrayIndexOutOfBoundsException thrown when remove
1670             empty columns called on alignment with ragged gapped ends</li>
1671           <li>auto calculated alignment annotation rows do not get
1672             placed above or below non-autocalculated rows</li>
1673           <li>Jalview dekstop becomes sluggish at full screen in
1674             ultra-high resolution</li>
1675           <li>Cannot disable consensus calculation independently of
1676             quality and conservation</li>
1677           <li>Mouseover highlighting between cDNA and protein can
1678             become sluggish with more than one splitframe shown</li>
1679         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1680         <ul>
1681           <li>Core PDB parsing code requires Jmol</li>
1682           <li>Sequence canvas panel goes white when alignment
1683             window is being resized</li>
1684
1685         </ul>
1686       </td>
1687     </tr>
1688     <tr>
1689       <td><div align="center">
1690           <strong><a name="Jalview.2.8.2">2.8.2</a><br /> <em>3/12/2014</em></strong>
1691         </div></td>
1692       <td><em>General</em>
1693         <ul>
1694           <li>Updated Java code signing certificate donated by
1695             Certum.PL.</li>
1696           <li>Features and annotation preserved when performing
1697             pairwise alignment</li>
1698           <li>RNA pseudoknot annotation can be
1699             imported/exported/displayed</li>
1700           <li>&#39;colour by annotation&#39; can colour by RNA and
1701             protein secondary structure</li>
1702           <li>Warn user if 'Find' regular expression is invalid (<em>mentioned
1703               post-hoc with 2.9 release</em>)
1704           </li>
1705
1706         </ul> <em>Application</em>
1707         <ul>
1708           <li>Extract and display secondary structure for sequences
1709             with 3D structures</li>
1710           <li>Support for parsing RNAML</li>
1711           <li>Annotations menu for layout
1712             <ul>
1713               <li>sort sequence annotation rows by alignment</li>
1714               <li>place sequence annotation above/below alignment
1715                 annotation</li>
1716             </ul>
1717           <li>Output in Stockholm format</li>
1718           <li>Internationalisation: improved Spanish (es)
1719             translation</li>
1720           <li>Structure viewer preferences tab</li>
1721           <li>Disorder and Secondary Structure annotation tracks
1722             shared between alignments</li>
1723           <li>UCSF Chimera launch and linked highlighting from
1724             Jalview</li>
1725           <li>Show/hide all sequence associated annotation rows for
1726             all or current selection</li>
1727           <li>disorder and secondary structure predictions
1728             available as dataset annotation</li>
1729           <li>Per-sequence rna helices colouring</li>
1730
1731
1732           <li>Sequence database accessions imported when fetching
1733             alignments from Rfam</li>
1734           <li>update VARNA version to 3.91</li>
1735
1736           <li>New groovy scripts for exporting aligned positions,
1737             conservation values, and calculating sum of pairs scores.</li>
1738           <li>Command line argument to set default JABAWS server</li>
1739           <li>include installation type in build properties and
1740             console log output</li>
1741           <li>Updated Jalview project format to preserve dataset
1742             annotation</li>
1743         </ul></td>
1744       <td>
1745         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1746         <ul>
1747           <li>Distinguish alignment and sequence associated RNA
1748             structure in structure-&gt;view-&gt;VARNA</li>
1749           <li>Raise dialog box if user deletes all sequences in an
1750             alignment</li>
1751           <li>Pressing F1 results in documentation opening twice</li>
1752           <li>Sequence feature tooltip is wrapped</li>
1753           <li>Double click on sequence associated annotation
1754             selects only first column</li>
1755           <li>Redundancy removal doesn&#39;t result in unlinked
1756             leaves shown in tree</li>
1757           <li>Undos after several redundancy removals don't undo
1758             properly</li>
1759           <li>Hide sequence doesn&#39;t hide associated annotation</li>
1760           <li>User defined colours dialog box too big to fit on
1761             screen and buttons not visible</li>
1762           <li>author list isn't updated if already written to
1763             Jalview properties</li>
1764           <li>Popup menu won&#39;t open after retrieving sequence
1765             from database</li>
1766           <li>File open window for associate PDB doesn&#39;t open</li>
1767           <li>Left-then-right click on a sequence id opens a
1768             browser search window</li>
1769           <li>Cannot open sequence feature shading/sort popup menu
1770             in feature settings dialog</li>
1771           <li>better tooltip placement for some areas of Jalview
1772             desktop</li>
1773           <li>Allow addition of JABAWS Server which doesn&#39;t
1774             pass validation</li>
1775           <li>Web services parameters dialog box is too large to
1776             fit on screen</li>
1777           <li>Muscle nucleotide alignment preset obscured by
1778             tooltip</li>
1779           <li>JABAWS preset submenus don&#39;t contain newly
1780             defined user preset</li>
1781           <li>MSA web services warns user if they were launched
1782             with invalid input</li>
1783           <li>Jalview cannot contact DAS Registy when running on
1784             Java 8</li>
1785           <li>
1786             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1273'>JAL-1273</a>] -->
1787             &#39;Superpose with&#39; submenu not shown when new view
1788             created
1789           </li>
1790
1791         </ul> <!--  <em>Applet</em>
1792         <ul>
1793         </ul> <em>General</em>
1794         <ul>
1795         </ul>--> <em>Deployment and Documentation</em>
1796         <ul>
1797           <li>2G and 1G options in launchApp have no effect on
1798             memory allocation</li>
1799           <li>launchApp service doesn't automatically open
1800             www.jalview.org/examples/exampleFile.jar if no file is given</li>
1801           <li>
1802             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1511'>JAL-1511</a>] -->
1803             InstallAnywhere reports cannot find valid JVM when Java
1804             1.7_055 is available
1805           </li>
1806         </ul> <em>Application Known issues</em>
1807         <ul>
1808           <li>
1809             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-830'>JAL-830</a>] -->
1810             corrupted or unreadable alignment display when scrolling
1811             alignment to right
1812           </li>
1813           <li>
1814             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1329'>JAL-1329</a>] -->
1815             retrieval fails but progress bar continues for DAS retrieval
1816             with large number of ID
1817           </li>
1818           <li>
1819             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1486'>JAL-1486</a>] -->
1820             flatfile output of visible region has incorrect sequence
1821             start/end
1822           </li>
1823           <li>
1824             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1487'>JAL-1487</a>] -->
1825             rna structure consensus doesn&#39;t update when secondary
1826             structure tracks are rearranged
1827           </li>
1828           <li>
1829             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1591'>JAL-1591</a>] -->
1830             invalid rna structure positional highlighting does not
1831             highlight position of invalid base pairs
1832           </li>
1833           <li>
1834             <!-- <a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1539'>JAL-1539</a>] -->
1835             out of memory errors are not raised when saving Jalview
1836             project from alignment window file menu
1837           </li>
1838           <li>
1839             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1576'>JAL-1576</a>] -->
1840             Switching to RNA Helices colouring doesn&#39;t propagate to
1841             structures
1842           </li>
1843           <li>
1844             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1577'>JAL-1577</a>] -->
1845             colour by RNA Helices not enabled when user created
1846             annotation added to alignment
1847           </li>
1848           <li>
1849             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1439'>JAL-1439</a>] -->
1850             Jalview icon not shown on dock in Mountain Lion/Webstart
1851           </li>
1852         </ul> <em>Applet Known Issues</em>
1853         <ul>
1854           <li>
1855             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1394'>JAL-1394</a>] -->
1856             JalviewLite needs JmolApplet and VARNA-3.91 jar dependencies
1857           </li>
1858           <li>
1859             <!-- [<a href='http://issues.jalview.org/browse/JAL-1510'>JAL-1510</a>] -->
1860             Jalview and Jmol example not compatible with IE9
1861           </li>
1862
1863           <li>Sort by annotation score doesn&#39;t reverse order
1864             when selected</li>
1865         </ul>
1866       </td>
1867     </tr>
1868     <tr>
1869       <td><div align="center">
1870           <strong><a name="Jalview.2.8.1">2.8.1</a><br /> <em>4/6/2014</em></strong>
1871         </div></td>
1872       <td>
1873         <!--  New features --> <!--  For major releases, split into sections: Application | Applet | General | Deployment and Documentation -->
1874         <em>General</em>
1875         <ul>
1876           <li>Internationalisation of user interface (usually
1877             called i18n support) and translation for Spanish locale</li>
1878           <li>Define/Undefine group on current selection with
1879             Ctrl-G/Shift Ctrl-G</li>
1880           <li>Improved group creation/removal options in
1881             alignment/sequence Popup menu</li>
1882           <li>Sensible precision for symbol distribution
1883             percentages shown in logo tooltip.</li>
1884           <li>Annotation panel height set according to amount of
1885             annotation when alignment first opened</li>
1886         </ul> <em>Application</em>
1887         <ul>
1888           <li>Interactive consensus RNA secondary structure
1889             prediction VIENNA RNAAliFold JABA 2.1 service</li>
1890           <li>Select columns containing particular features from
1891             Feature Settings dialog</li>
1892           <li>View all 'representative' PDB structures for selected
1893             sequences</li>
1894           <li>Update Jalview project format:
1895             <ul>
1896               <li>New file extension for Jalview projects '.jvp'</li>
1897               <li>Preserve sequence and annotation dataset (to
1898                 store secondary structure annotation,etc)</li>
1899               <li>Per group and alignment annotation and RNA helix
1900                 colouring</li>
1901             </ul>
1902           </li>
1903           <li>New similarity measures for PCA and Tree calculation
1904             (PAM250)</li>
1905           <li>Experimental support for retrieval and viewing of
1906             flanking regions for an alignment</li>
1907         </ul>
1908       </td>
1909       <td>
1910         <!--  issues resolved --> <em>Application</em>
1911         <ul>
1912           <li>logo keeps spinning and status remains at queued or
1913             running after job is cancelled</li>
1914           <li>cannot export features from alignments imported from
1915             Jalview/VAMSAS projects</li>
1916           <li>Buggy slider for web service parameters that take
1917             float values</li>
1918           <li>Newly created RNA secondary structure line doesn't
1919             have 'display all symbols' flag set</li>
1920           <li>T-COFFEE alignment score shading scheme and other
1921             annotation shading not saved in Jalview project</li>
1922           <li>Local file cannot be loaded in freshly downloaded
1923             Jalview</li>
1924           <li>Jalview icon not shown on dock in Mountain
1925             Lion/Webstart</li>
1926           <li>Load file from desktop file browser fails</li>
1927           <li>Occasional NPE thrown when calculating large trees</li>
1928           <li>Cannot reorder or slide sequences after dragging an
1929             alignment onto desktop</li>
1930           <li>Colour by annotation dialog throws NPE after using
1931             'extract scores' function</li>
1932           <li>Loading/cut'n'pasting an empty file leads to a grey
1933             alignment window</li>
1934           <li>Disorder thresholds rendered incorrectly after
1935             performing IUPred disorder prediction</li>
1936           <li>Multiple group annotated consensus rows shown when
1937             changing 'normalise logo' display setting</li>
1938           <li>Find shows blank dialog after 'finished searching' if
1939             nothing matches query</li>
1940           <li>Null Pointer Exceptions raised when sorting by
1941             feature with lots of groups<!--  possibly JAL-599 but commit 7c7a5a297e063d3892dd7e629bc317cdde837b81 associated with JAL-971 -->
1942           </li>
1943           <li>Errors in Jmol console when structures in alignment
1944             don't overlap <!-- JAL-1476 Work in progress - don't send junk to Jmol -->
1945           </li>
1946           <li>Not all working JABAWS services are shown in
1947             Jalview's menu</li>
1948           <li>JAVAWS version of Jalview fails to launch with
1949             'invalid literal/length code'</li>
1950           <li>Annotation/RNA Helix colourschemes cannot be applied
1951             to alignment with groups (actually fixed in 2.8.0b1)</li>
1952           <li>RNA Helices and T-Coffee Scores available as default
1953             colourscheme</li>
1954
1955         </ul> <em>Applet</em>
1956         <ul>
1957           <li>Remove group option is shown even when selection is
1958             not a group</li>
1959           <li>Apply to all groups ticked but colourscheme changes
1960             don't affect groups</li>
1961           <li>Documented RNA Helices and T-Coffee Scores as valid
1962             colourscheme name</li>
1963           <li>Annotation labels drawn on sequence IDs when
1964             Annotation panel is not displayed</li>
1965           <li>Increased font size for dropdown menus on OSX and
1966             embedded windows</li>
1967         </ul> <em>Other</em>
1968         <ul>
1969           <li>Consensus sequence for alignments/groups with a
1970             single sequence were not calculated</li>
1971           <li>annotation files that contain only groups imported as
1972             annotation and junk sequences</li>
1973           <li>Fasta files with sequences containing '*' incorrectly
1974             recognised as PFAM or BLC</li>
1975           <li>conservation/PID slider apply all groups option
1976             doesn't affect background (2.8.0b1)
1977           <li></li>
1978           <li>redundancy highlighting is erratic at 0% and 100%</li>
1979           <li>Remove gapped columns fails for sequences with ragged
1980             trailing gaps</li>
1981           <li>AMSA annotation row with leading spaces is not
1982             registered correctly on import</li>
1983           <li>Jalview crashes when selecting PCA analysis for
1984             certain alignments</li>
1985           <li>Opening the colour by annotation dialog for an
1986             existing annotation based 'use original colours'
1987             colourscheme loses original colours setting</li>
1988         </ul>
1989       </td>
1990     </tr>
1991     <tr>
1992       <td><div align="center">
1993           <strong><a name="Jalview.2.8.0b1">2.8.0b1</a><br />
1994             <em>30/1/2014</em></strong>
1995         </div></td>
1996       <td>
1997         <ul>
1998           <li>Trusted certificates for JalviewLite applet and
1999             Jalview Desktop application<br />Certificate was donated by
2000             <a href="https://www.certum.eu">Certum</a> to the Jalview
2001             open source project).
2002           </li>
2003           <li>Jalview SRS links replaced by UniProt and EBI-search</li>
2004           <li>Output in Stockholm format</li>
2005           <li>Allow import of data from gzipped files</li>
2006           <li>Export/import group and sequence associated line
2007             graph thresholds</li>
2008           <li>Nucleotide substitution matrix that supports RNA and
2009             ambiguity codes</li>
2010           <li>Allow disorder predictions to be made on the current
2011             selection (or visible selection) in the same way that JPred
2012             works</li>
2013           <li>Groovy scripting for headless Jalview operation</li>
2014         </ul> <em>Other improvements</em>
2015         <ul>
2016           <li>Upgrade desktop installer to InstallAnywhere 2013</li>
2017           <li>COMBINE statement uses current SEQUENCE_REF and
2018             GROUP_REF scope to group annotation rows</li>
2019           <li>Support &#39;&#39; style escaping of quotes in Newick
2020             files</li>
2021           <li>Group options for JABAWS service by command line name</li>
2022           <li>Empty tooltip shown for JABA service options with a
2023             link but no description</li>
2024           <li>Select primary source when selecting authority in
2025             database fetcher GUI</li>
2026           <li>Add .mfa to FASTA file extensions recognised by
2027             Jalview</li>
2028           <li>Annotation label tooltip text wrap</li>
2029         </ul>
2030       </td>
2031       <td>
2032         <ul>
2033           <li>Slow scrolling when lots of annotation rows are
2034             displayed</li>
2035           <li>Lots of NPE (and slowness) after creating RNA
2036             secondary structure annotation line</li>
2037           <li>Sequence database accessions not imported when
2038             fetching alignments from Rfam</li>
2039           <li>Incorrect SHMR submission for sequences with
2040             identical IDs</li>
2041           <li>View all structures does not always superpose
2042             structures</li>
2043           <li>Option widgets in service parameters not updated to
2044             reflect user or preset settings</li>
2045           <li>Null pointer exceptions for some services without
2046             presets or adjustable parameters</li>
2047           <li>Discover PDB IDs entry in structure menu doesn&#39;t
2048             discover PDB xRefs</li>
2049           <li>Exception encountered while trying to retrieve
2050             features with DAS</li>
2051           <li>Lowest value in annotation row isn&#39;t coloured
2052             when colour by annotation (per sequence) is coloured</li>
2053           <li>Keyboard mode P jumps to start of gapped region when
2054             residue follows a gap</li>
2055           <li>Jalview appears to hang importing an alignment with
2056             Wrap as default or after enabling Wrap</li>
2057           <li>&#39;Right click to add annotations&#39; message
2058             shown in wrap mode when no annotations present</li>
2059           <li>Disorder predictions fail with NPE if no automatic
2060             annotation already exists on alignment</li>
2061           <li>oninit javascript function should be called after
2062             initialisation completes</li>
2063           <li>Remove redundancy after disorder prediction corrupts
2064             alignment window display</li>
2065           <li>Example annotation file in documentation is invalid</li>
2066           <li>Grouped line graph annotation rows are not exported
2067             to annotation file</li>
2068           <li>Multi-harmony analysis cannot be run when only two
2069             groups created</li>
2070           <li>Cannot create multiple groups of line graphs with
2071             several &#39;combine&#39; statements in annotation file</li>
2072           <li>Pressing return several times causes Number Format
2073             exceptions in keyboard mode</li>
2074           <li>Multi-harmony (SHMMR) method doesn&#39;t submit
2075             correct partitions for input data</li>
2076           <li>Translation from DNA to Amino Acids fails</li>
2077           <li>Jalview fail to load newick tree with quoted label</li>
2078           <li>--headless flag isn&#39;t understood</li>
2079           <li>ClassCastException when generating EPS in headless
2080             mode</li>
2081           <li>Adjusting sequence-associated shading threshold only
2082             changes one row&#39;s threshold</li>
2083           <li>Preferences and Feature settings panel panel
2084             doesn&#39;t open</li>
2085           <li>hide consensus histogram also hides conservation and
2086             quality histograms</li>
2087         </ul>
2088       </td>
2089     </tr>
2090     <tr>
2091       <td><div align="center">
2092           <strong><a name="Jalview2.8">2.8</a></strong><br /> <em>12/11/2012</em>
2093         </div></td>
2094       <td><em>Application</em>
2095         <ul>
2096           <li>Support for JABAWS 2.0 Services (AACon alignment
2097             conservation, protein disorder and Clustal Omega)</li>
2098           <li>JABAWS server status indicator in Web Services
2099             preferences</li>
2100           <li>VARNA (http://varna.lri.fr) viewer for RNA structures
2101             in Jalview alignment window</li>
2102           <li>Updated Jalview build and deploy framework for OSX
2103             mountain lion, windows 7, and 8</li>
2104           <li>Nucleotide substitution matrix for PCA that supports
2105             RNA and ambiguity codes</li>
2106
2107           <li>Improved sequence database retrieval GUI</li>
2108           <li>Support fetching and database reference look up
2109             against multiple DAS sources (Fetch all from in 'fetch db
2110             refs')</li>
2111           <li>Jalview project improvements
2112             <ul>
2113               <li>Store and retrieve the &#39;belowAlignment&#39;
2114                 flag for annotation</li>
2115               <li>calcId attribute to group annotation rows on the
2116                 alignment</li>
2117               <li>Store AACon calculation settings for a view in
2118                 Jalview project</li>
2119
2120             </ul>
2121           </li>
2122           <li>horizontal scrolling gesture support</li>
2123           <li>Visual progress indicator when PCA calculation is
2124             running</li>
2125           <li>Simpler JABA web services menus</li>
2126           <li>visual indication that web service results are still
2127             being retrieved from server</li>
2128           <li>Serialise the dialogs that are shown when Jalview
2129             starts up for first time</li>
2130           <li>Jalview user agent string for interacting with HTTP
2131             services</li>
2132           <li>DAS 1.6 and DAS 2.0 source support using new JDAS
2133             client library</li>
2134           <li>Examples directory and Groovy library included in
2135             InstallAnywhere distribution</li>
2136         </ul> <em>Applet</em>
2137         <ul>
2138           <li>RNA alignment and secondary structure annotation
2139             visualization applet example</li>
2140         </ul> <em>General</em>
2141         <ul>
2142           <li>Normalise option for consensus sequence logo</li>
2143           <li>Reset button in PCA window to return dimensions to
2144             defaults</li>
2145           <li>Allow seqspace or Jalview variant of alignment PCA
2146             calculation</li>
2147           <li>PCA with either nucleic acid and protein substitution
2148             matrices
2149           <li>Allow windows containing HTML reports to be exported
2150             in HTML</li>
2151           <li>Interactive display and editing of RNA secondary
2152             structure contacts</li>
2153           <li>RNA Helix Alignment Colouring</li>
2154           <li>RNA base pair logo consensus</li>
2155           <li>Parse sequence associated secondary structure
2156             information in Stockholm files</li>
2157           <li>HTML Export database accessions and annotation
2158             information presented in tooltip for sequences</li>
2159           <li>Import secondary structure from LOCARNA clustalw
2160             style RNA alignment files</li>
2161           <li>import and visualise T-COFFEE quality scores for an
2162             alignment</li>
2163           <li>&#39;colour by annotation&#39; per sequence option to
2164             shade each sequence according to its associated alignment
2165             annotation</li>
2166           <li>New Jalview Logo</li>
2167         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2168         <ul>
2169           <li>documentation for score matrices used in Jalview</li>
2170           <li>New Website!</li>
2171         </ul></td>
2172       <td><em>Application</em>
2173         <ul>
2174           <li>PDB, Unprot and EMBL (ENA) databases retrieved via
2175             wsdbfetch REST service</li>
2176           <li>Stop windows being moved outside desktop on OSX</li>
2177           <li>Filetype associations not installed for webstart
2178             launch</li>
2179           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2180             job execution in full once it is complete</li>
2181           <li>revise SHMR RSBS definition to ensure alignment is
2182             uploaded via ali_file parameter</li>
2183           <li>Jalview 2.7 is incompatible with Jmol-12.2.2</li>
2184           <li>View all structures superposed fails with exception</li>
2185           <li>Jnet job queues forever if a very short sequence is
2186             submitted for prediction</li>
2187           <li>Cut and paste menu not opened when mouse clicked on
2188             desktop window</li>
2189           <li>Putting fractional value into integer text box in
2190             alignment parameter dialog causes Jalview to hang</li>
2191           <li>Structure view highlighting doesn&#39;t work on
2192             windows 7</li>
2193           <li>View all structures fails with exception shown in
2194             structure view</li>
2195           <li>Characters in filename associated with PDBEntry not
2196             escaped in a platform independent way</li>
2197           <li>Jalview desktop fails to launch with exception when
2198             using proxy</li>
2199           <li>Tree calculation reports &#39;you must have 2 or more
2200             sequences selected&#39; when selection is empty</li>
2201           <li>Jalview desktop fails to launch with jar signature
2202             failure when java web start temporary file caching is
2203             disabled</li>
2204           <li>DAS Sequence retrieval with range qualification
2205             results in sequence xref which includes range qualification</li>
2206           <li>Errors during processing of command line arguments
2207             cause progress bar (JAL-898) to be removed</li>
2208           <li>Replace comma for semi-colon option not disabled for
2209             DAS sources in sequence fetcher</li>
2210           <li>Cannot close news reader when JABAWS server warning
2211             dialog is shown</li>
2212           <li>Option widgets not updated to reflect user settings</li>
2213           <li>Edited sequence not submitted to web service</li>
2214           <li>Jalview 2.7 Webstart does not launch on mountain lion</li>
2215           <li>InstallAnywhere installer doesn&#39;t unpack and run
2216             on OSX Mountain Lion</li>
2217           <li>Annotation panel not given a scroll bar when
2218             sequences with alignment annotation are pasted into the
2219             alignment</li>
2220           <li>Sequence associated annotation rows not associated
2221             when loaded from Jalview project</li>
2222           <li>Browser launch fails with NPE on java 1.7</li>
2223           <li>JABAWS alignment marked as finished when job was
2224             cancelled or job failed due to invalid input</li>
2225           <li>NPE with v2.7 example when clicking on Tree
2226             associated with all views</li>
2227           <li>Exceptions when copy/paste sequences with grouped
2228             annotation rows to new window</li>
2229         </ul> <em>Applet</em>
2230         <ul>
2231           <li>Sequence features are momentarily displayed before
2232             they are hidden using hidefeaturegroups applet parameter</li>
2233           <li>loading features via javascript API automatically
2234             enables feature display</li>
2235           <li>scrollToColumnIn javascript API method doesn&#39;t
2236             work</li>
2237         </ul> <em>General</em>
2238         <ul>
2239           <li>Redundancy removal fails for rna alignment</li>
2240           <li>PCA calculation fails when sequence has been selected
2241             and then deselected</li>
2242           <li>PCA window shows grey box when first opened on OSX</li>
2243           <li>Letters coloured pink in sequence logo when alignment
2244             coloured with clustalx</li>
2245           <li>Choosing fonts without letter symbols defined causes
2246             exceptions and redraw errors</li>
2247           <li>Initial PCA plot view is not same as manually
2248             reconfigured view</li>
2249           <li>Grouped annotation graph label has incorrect line
2250             colour</li>
2251           <li>Grouped annotation graph label display is corrupted
2252             for lots of labels</li>
2253         </ul>
2254     </tr>
2255     <tr>
2256       <td>
2257         <div align="center">
2258           <strong><a name="Jalview2.7">2.7</a> </strong><br> <em>27/09/2011</em>
2259         </div>
2260       </td>
2261       <td><em>Application</em>
2262         <ul>
2263           <li>Jalview Desktop News Reader</li>
2264           <li>Tweaked default layout of web services menu</li>
2265           <li>View/alignment association menu to enable user to
2266             easily specify which alignment a multi-structure view takes
2267             its colours/correspondences from</li>
2268           <li>Allow properties file location to be specified as URL</li>
2269           <li>Extend Jalview project to preserve associations
2270             between many alignment views and a single Jmol display</li>
2271           <li>Store annotation row height in Jalview project file</li>
2272           <li>Annotation row column label formatting attributes
2273             stored in project file</li>
2274           <li>Annotation row order for auto-calculated annotation
2275             rows preserved in Jalview project file</li>
2276           <li>Visual progress indication when Jalview state is
2277             saved using Desktop window menu</li>
2278           <li>Visual indication that command line arguments are
2279             still being processed</li>
2280           <li>Groovy script execution from URL</li>
2281           <li>Colour by annotation default min and max colours in
2282             preferences</li>
2283           <li>Automatically associate PDB files dragged onto an
2284             alignment with sequences that have high similarity and
2285             matching IDs</li>
2286           <li>Update JGoogleAnalytics to latest release (0.3)</li>
2287           <li>&#39;view structures&#39; option to open many
2288             structures in same window</li>
2289           <li>Sort associated views menu option for tree panel</li>
2290           <li>Group all JABA and non-JABA services for a particular
2291             analysis function in its own submenu</li>
2292         </ul> <em>Applet</em>
2293         <ul>
2294           <li>Userdefined and autogenerated annotation rows for
2295             groups</li>
2296           <li>Adjustment of alignment annotation pane height</li>
2297           <li>Annotation scrollbar for annotation panel</li>
2298           <li>Drag to reorder annotation rows in annotation panel</li>
2299           <li>&#39;automaticScrolling&#39; parameter</li>
2300           <li>Allow sequences with partial ID string matches to be
2301             annotated from GFF/Jalview features files</li>
2302           <li>Sequence logo annotation row in applet</li>
2303           <li>Absolute paths relative to host server in applet
2304             parameters are treated as such</li>
2305           <li>New in the JalviewLite javascript API:
2306             <ul>
2307               <li>JalviewLite.js javascript library</li>
2308               <li>Javascript callbacks for
2309                 <ul>
2310                   <li>Applet initialisation</li>
2311                   <li>Sequence/alignment mouse-overs and selections</li>
2312                 </ul>
2313               </li>
2314               <li>scrollTo row and column alignment scrolling
2315                 functions</li>
2316               <li>Select sequence/alignment regions from javascript</li>
2317               <li>javascript structure viewer harness to pass
2318                 messages between Jmol and Jalview when running as
2319                 distinct applets</li>
2320               <li>sortBy method</li>
2321               <li>Set of applet and application examples shipped
2322                 with documentation</li>
2323               <li>New example to demonstrate JalviewLite and Jmol
2324                 javascript message exchange</li>
2325             </ul>
2326         </ul> <em>General</em>
2327         <ul>
2328           <li>Enable Jmol displays to be associated with multiple
2329             multiple alignments</li>
2330           <li>Option to automatically sort alignment with new tree</li>
2331           <li>User configurable link to enable redirects to a
2332             www.Jalview.org mirror</li>
2333           <li>Jmol colours option for Jmol displays</li>
2334           <li>Configurable newline string when writing alignment
2335             and other flat files</li>
2336           <li>Allow alignment annotation description lines to
2337             contain html tags</li>
2338         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2339         <ul>
2340           <li>Add groovy test harness for bulk load testing to
2341             examples</li>
2342           <li>Groovy script to load and align a set of sequences
2343             using a web service before displaying the result in the
2344             Jalview desktop</li>
2345           <li>Restructured javascript and applet api documentation</li>
2346           <li>Ant target to publish example html files with applet
2347             archive</li>
2348           <li>Netbeans project for building Jalview from source</li>
2349           <li>ant task to create online javadoc for Jalview source</li>
2350         </ul></td>
2351       <td><em>Application</em>
2352         <ul>
2353           <li>User defined colourscheme throws exception when
2354             current built in colourscheme is saved as new scheme</li>
2355           <li>AlignFrame-&gt;Save in application pops up save
2356             dialog for valid filename/format</li>
2357           <li>Cannot view associated structure for UniProt sequence</li>
2358           <li>PDB file association breaks for UniProt sequence
2359             P37173</li>
2360           <li>Associate PDB from file dialog does not tell you
2361             which sequence is to be associated with the file</li>
2362           <li>Find All raises null pointer exception when query
2363             only matches sequence IDs</li>
2364           <li>Pre 2.6 Jalview project cannot be loaded into v2.6</li>
2365           <li>Jalview project with Jmol views created with Jalview
2366             2.4 cannot be loaded</li>
2367           <li>Filetype associations not installed for webstart
2368             launch</li>
2369           <li>Two or more chains in a single PDB file associated
2370             with sequences in different alignments do not get coloured
2371             by their associated sequence</li>
2372           <li>Visibility status of autocalculated annotation row
2373             not preserved when project is loaded</li>
2374           <li>Annotation row height and visibility attributes not
2375             stored in Jalview project</li>
2376           <li>Tree bootstraps are not preserved when saved as a
2377             Jalview project</li>
2378           <li>Envision2 workflow tooltips are corrupted</li>
2379           <li>Enabling show group conservation also enables colour
2380             by conservation</li>
2381           <li>Duplicate group associated conservation or consensus
2382             created on new view</li>
2383           <li>Annotation scrollbar not displayed after &#39;show
2384             all hidden annotation rows&#39; option selected</li>
2385           <li>Alignment quality not updated after alignment
2386             annotation row is hidden then shown</li>
2387           <li>Preserve colouring of structures coloured by
2388             sequences in pre Jalview 2.7 projects</li>
2389           <li>Web service job parameter dialog is not laid out
2390             properly</li>
2391           <li>Web services menu not refreshed after &#39;reset
2392             services&#39; button is pressed in preferences</li>
2393           <li>Annotation off by one in Jalview v2_3 example project</li>
2394           <li>Structures imported from file and saved in project
2395             get name like jalview_pdb1234.txt when reloaded</li>
2396           <li>Jalview does not always retrieve progress of a JABAWS
2397             job execution in full once it is complete</li>
2398         </ul> <em>Applet</em>
2399         <ul>
2400           <li>Alignment height set incorrectly when lots of
2401             annotation rows are displayed</li>
2402           <li>Relative URLs in feature HTML text not resolved to
2403             codebase</li>
2404           <li>View follows highlighting does not work for positions
2405             in sequences</li>
2406           <li>&lt;= shown as = in tooltip</li>
2407           <li>Export features raises exception when no features
2408             exist</li>
2409           <li>Separator string used for serialising lists of IDs
2410             for javascript api is modified when separator string
2411             provided as parameter</li>
2412           <li>Null pointer exception when selecting tree leaves for
2413             alignment with no existing selection</li>
2414           <li>Relative URLs for datasources assumed to be relative
2415             to applet&#39;s codebase</li>
2416           <li>Status bar not updated after finished searching and
2417             search wraps around to first result</li>
2418           <li>StructureSelectionManager instance shared between
2419             several Jalview applets causes race conditions and memory
2420             leaks</li>
2421           <li>Hover tooltip and mouseover of position on structure
2422             not sent from Jmol in applet</li>
2423           <li>Certain sequences of javascript method calls to
2424             applet API fatally hang browser</li>
2425         </ul> <em>General</em>
2426         <ul>
2427           <li>View follows structure mouseover scrolls beyond
2428             position with wrapped view and hidden regions</li>
2429           <li>Find sequence position moves to wrong residue
2430             with/without hidden columns</li>
2431           <li>Sequence length given in alignment properties window
2432             is off by 1</li>
2433           <li>InvalidNumberFormat exceptions thrown when trying to
2434             import PDB like structure files</li>
2435           <li>Positional search results are only highlighted
2436             between user-supplied sequence start/end bounds</li>
2437           <li>End attribute of sequence is not validated</li>
2438           <li>Find dialog only finds first sequence containing a
2439             given sequence position</li>
2440           <li>Sequence numbering not preserved in MSF alignment
2441             output</li>
2442           <li>Jalview PDB file reader does not extract sequence
2443             from nucleotide chains correctly</li>
2444           <li>Structure colours not updated when tree partition
2445             changed in alignment</li>
2446           <li>Sequence associated secondary structure not correctly
2447             parsed in interleaved stockholm</li>
2448           <li>Colour by annotation dialog does not restore current
2449             state</li>
2450           <li>Hiding (nearly) all sequences doesn&#39;t work
2451             properly</li>
2452           <li>Sequences containing lowercase letters are not
2453             properly associated with their pdb files</li>
2454         </ul> <em>Documentation and Development</em>
2455         <ul>
2456           <li>schemas/JalviewWsParamSet.xsd corrupted by
2457             ApplyCopyright tool</li>
2458         </ul></td>
2459     </tr>
2460     <tr>
2461       <td>
2462         <div align="center">
2463           <strong><a name="Jalview2.6.1">2.6.1</a> </strong><br> <em>15/11/2010</em>
2464         </div>
2465       </td>
2466       <td><em>Application</em>
2467         <ul>
2468           <li>New warning dialog when the Jalview Desktop cannot
2469             contact web services</li>
2470           <li>JABA service parameters for a preset are shown in
2471             service job window</li>
2472           <li>JABA Service menu entries reworded</li>
2473         </ul></td>
2474       <td>
2475         <ul>
2476           <li>Modeller PIR IO broken - cannot correctly import a
2477             pir file emitted by Jalview</li>
2478           <li>Existing feature settings transferred to new
2479             alignment view created from cut'n'paste</li>
2480           <li>Improved test for mixed amino/nucleotide chains when
2481             parsing PDB files</li>
2482           <li>Consensus and conservation annotation rows
2483             occasionally become blank for all new windows</li>
2484           <li>Exception raised when right clicking above sequences
2485             in wrapped view mode</li>
2486         </ul> <em>Application</em>
2487         <ul>
2488           <li>multiple multiply aligned structure views cause cpu
2489             usage to hit 100% and computer to hang</li>
2490           <li>Web Service parameter layout breaks for long user
2491             parameter names</li>
2492           <li>Jaba service discovery hangs desktop if Jaba server
2493             is down</li>
2494         </ul>
2495       </td>
2496     </tr>
2497     <tr>
2498       <td>
2499         <div align="center">
2500           <strong><a name="Jalview2.6">2.6</a></strong><br> <em>26/9/2010</em>
2501         </div>
2502       </td>
2503       <td><em>Application</em>
2504         <ul>
2505           <li>Support for <strong>Ja</strong>va <strong>b</strong>ioinformatics
2506             <strong>a</strong>nalysis <strong>w</strong>eb <strong>s</strong>ervices
2507             (JABAWS)
2508           </li>
2509           <li>Web Services preference tab</li>
2510           <li>Analysis parameters dialog box and user defined
2511             preferences</li>
2512           <li>Improved speed and layout of Envision2 service menu</li>
2513           <li>Superpose structures using associated sequence
2514             alignment</li>
2515           <li>Export coordinates and projection as CSV from PCA
2516             viewer</li>
2517         </ul> <em>Applet</em>
2518         <ul>
2519           <li>enable javascript: execution by the applet via the
2520             link out mechanism</li>
2521         </ul> <em>Other</em>
2522         <ul>
2523           <li>Updated the Jmol Jalview interface to work with Jmol
2524             series 12</li>
2525           <li>The Jalview Desktop and JalviewLite applet now
2526             require Java 1.5</li>
2527           <li>Allow Jalview feature colour specification for GFF
2528             sequence annotation files</li>
2529           <li>New 'colour by label' keword in Jalview feature file
2530             type colour specification</li>
2531           <li>New Jalview Desktop Groovy API method that allows a
2532             script to check if it being run in an interactive session or
2533             in a batch operation from the Jalview command line</li>
2534         </ul></td>
2535       <td>
2536         <ul>
2537           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2538             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2539         </ul> <em>Application</em>
2540         <ul>
2541           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2542             selected Regions menu item</li>
2543           <li>sequence fetcher replaces ',' for ';' when the ',' is
2544             part of a valid accession ID</li>
2545           <li>fatal OOM if object retrieved by sequence fetcher
2546             runs out of memory</li>
2547           <li>unhandled Out of Memory Error when viewing pca
2548             analysis results</li>
2549           <li>InstallAnywhere builds fail to launch on OS X java
2550             10.5 update 4 (due to apple Java 1.6 update)</li>
2551           <li>Installanywhere Jalview silently fails to launch</li>
2552         </ul> <em>Applet</em>
2553         <ul>
2554           <li>Jalview.getFeatureGroups() raises an
2555             ArrayIndexOutOfBoundsException if no feature groups are
2556             defined.</li>
2557         </ul>
2558       </td>
2559     </tr>
2560     <tr>
2561       <td>
2562         <div align="center">
2563           <strong><a name="Jalview2.5.1">2.5.1</a></strong><br> <em>14/6/2010</em>
2564         </div>
2565       </td>
2566       <td></td>
2567       <td>
2568         <ul>
2569           <li>Alignment prettyprinter doesn't cope with long
2570             sequence IDs</li>
2571           <li>clustalx colourscheme colours Ds preferentially when
2572             both D+E are present in over 50% of the column</li>
2573           <li>nucleic acid structures retrieved from PDB do not
2574             import correctly</li>
2575           <li>More columns get selected than were clicked on when a
2576             number of columns are hidden</li>
2577           <li>annotation label popup menu not providing correct
2578             add/hide/show options when rows are hidden or none are
2579             present</li>
2580           <li>Stockholm format shown in list of readable formats,
2581             and parser copes better with alignments from RFAM.</li>
2582           <li>CSV output of consensus only includes the percentage
2583             of all symbols if sequence logo display is enabled</li>
2584
2585         </ul> <em>Applet</em>
2586         <ul>
2587           <li>annotation panel disappears when annotation is
2588             hidden/removed</li>
2589         </ul> <em>Application</em>
2590         <ul>
2591           <li>Alignment view not redrawn properly when new
2592             alignment opened where annotation panel is visible but no
2593             annotations are present on alignment</li>
2594           <li>pasted region containing hidden columns is
2595             incorrectly displayed in new alignment window</li>
2596           <li>Jalview slow to complete operations when stdout is
2597             flooded (fix is to close the Jalview console)</li>
2598           <li>typo in AlignmentFrame-&gt;View-&gt;Hide-&gt;all but
2599             selected Rregions menu item.</li>
2600           <li>inconsistent group submenu and Format submenu entry
2601             'Un' or 'Non'conserved</li>
2602           <li>Sequence feature settings are being shared by
2603             multiple distinct alignments</li>
2604           <li>group annotation not recreated when tree partition is
2605             changed</li>
2606           <li>double click on group annotation to select sequences
2607             does not propagate to associated trees</li>
2608           <li>Mac OSX specific issues:
2609             <ul>
2610               <li>exception raised when mouse clicked on desktop
2611                 window background</li>
2612               <li>Desktop menu placed on menu bar and application
2613                 name set correctly</li>
2614               <li>sequence feature settings not wide enough for the
2615                 save feature colourscheme button</li>
2616             </ul>
2617           </li>
2618         </ul>
2619       </td>
2620     </tr>
2621     <tr>
2622
2623       <td>
2624         <div align="center">
2625           <strong><a name="Jalview2.5">2.5</a></strong><br> <em>30/4/2010</em>
2626         </div>
2627       </td>
2628       <td><em>New Capabilities</em>
2629         <ul>
2630           <li>URL links generated from description line for
2631             regular-expression based URL links (applet and application)
2632
2633           <li>Non-positional feature URL links are shown in link
2634             menu</li>
2635           <li>Linked viewing of nucleic acid sequences and
2636             structures</li>
2637           <li>Automatic Scrolling option in View menu to display
2638             the currently highlighted region of an alignment.</li>
2639           <li>Order an alignment by sequence length, or using the
2640             average score or total feature count for each sequence.</li>
2641           <li>Shading features by score or associated description</li>
2642           <li>Subdivide alignment and groups based on identity of
2643             selected subsequence (Make Groups from Selection).</li>
2644           <li>New hide/show options including Shift+Control+H to
2645             hide everything but the currently selected region.</li>
2646           <!-- introduced but not yet documented <li>Experimental blast report parser</li> -->
2647         </ul> <em>Application</em>
2648         <ul>
2649           <li>Fetch DB References capabilities and UI expanded to
2650             support retrieval from DAS sequence sources</li>
2651           <li>Local DAS Sequence sources can be added via the
2652             command line or via the Add local source dialog box.</li>
2653           <li>DAS Dbref and DbxRef feature types are parsed as
2654             database references and protein_name is parsed as
2655             description line (BioSapiens terms).</li>
2656           <li>Enable or disable non-positional feature and database
2657             references in sequence ID tooltip from View menu in
2658             application.</li>
2659           <!--      <li>New hidden columns and rows and representatives capabilities
2660       in annotations file (in progress - not yet fully implemented)</li> -->
2661           <li>Group-associated consensus, sequence logos and
2662             conservation plots</li>
2663           <li>Symbol distributions for each column can be exported
2664             and visualized as sequence logos</li>
2665           <li>Optionally scale multi-character column labels to fit
2666             within each column of annotation row<!-- todo for applet -->
2667           </li>
2668           <li>Optional automatic sort of associated alignment view
2669             when a new tree is opened.</li>
2670           <li>Jalview Java Console</li>
2671           <li>Better placement of desktop window when moving
2672             between different screens.</li>
2673           <li>New preference items for sequence ID tooltip and
2674             consensus annotation</li>
2675           <li>Client to submit sequences and IDs to Envision2
2676             Workflows</li>
2677           <li><em>Vamsas Capabilities</em>
2678             <ul>
2679               <li>Improved VAMSAS synchronization (Jalview archive
2680                 used to preserve views, structures, and tree display
2681                 settings)</li>
2682               <li>Import of vamsas documents from disk or URL via
2683                 command line</li>
2684               <li>Sharing of selected regions between views and
2685                 with other VAMSAS applications (Experimental feature!)</li>
2686               <li>Updated API to VAMSAS version 0.2</li>
2687             </ul></li>
2688         </ul> <em>Applet</em>
2689         <ul>
2690           <li>Middle button resizes annotation row height</li>
2691           <li>New Parameters
2692             <ul>
2693               <li>sortByTree (true/false) - automatically sort the
2694                 associated alignment view by the tree when a new tree is
2695                 opened.</li>
2696               <li>showTreeBootstraps (true/false) - show or hide
2697                 branch bootstraps (default is to show them if available)</li>
2698               <li>showTreeDistances (true/false) - show or hide
2699                 branch lengths (default is to show them if available)</li>
2700               <li>showUnlinkedTreeNodes (true/false) - indicate if
2701                 unassociated nodes should be highlighted in the tree
2702                 view</li>
2703               <li>heightScale and widthScale (1.0 or more) -
2704                 increase the height or width of a cell in the alignment
2705                 grid relative to the current font size.</li>
2706             </ul>
2707           </li>
2708           <li>Non-positional features displayed in sequence ID
2709             tooltip</li>
2710         </ul> <em>Other</em>
2711         <ul>
2712           <li>Features format: graduated colour definitions and
2713             specification of feature scores</li>
2714           <li>Alignment Annotations format: new keywords for group
2715             associated annotation (GROUP_REF) and annotation row display
2716             properties (ROW_PROPERTIES)</li>
2717           <li>XML formats extended to support graduated feature
2718             colourschemes, group associated annotation, and profile
2719             visualization settings.</li></td>
2720       <td>
2721         <ul>
2722           <li>Source field in GFF files parsed as feature source
2723             rather than description</li>
2724           <li>Non-positional features are now included in sequence
2725             feature and gff files (controlled via non-positional feature
2726             visibility in tooltip).</li>
2727           <li>URL links generated for all feature links (bugfix)</li>
2728           <li>Added URL embedding instructions to features file
2729             documentation.</li>
2730           <li>Codons containing ambiguous nucleotides translated as
2731             'X' in peptide product</li>
2732           <li>Match case switch in find dialog box works for both
2733             sequence ID and sequence string and query strings do not
2734             have to be in upper case to match case-insensitively.</li>
2735           <li>AMSA files only contain first column of
2736             multi-character column annotation labels</li>
2737           <li>Jalview Annotation File generation/parsing consistent
2738             with documentation (e.g. Stockholm annotation can be
2739             exported and re-imported)</li>
2740           <li>PDB files without embedded PDB IDs given a friendly
2741             name</li>
2742           <li>Find incrementally searches ID string matches as well
2743             as subsequence matches, and correctly reports total number
2744             of both.</li>
2745           <li>Application:
2746             <ul>
2747               <li>Better handling of exceptions during sequence
2748                 retrieval</li>
2749               <li>Dasobert generated non-positional feature URL
2750                 link text excludes the start_end suffix</li>
2751               <li>DAS feature and source retrieval buttons disabled
2752                 when fetch or registry operations in progress.</li>
2753               <li>PDB files retrieved from URLs are cached properly</li>
2754               <li>Sequence description lines properly shared via
2755                 VAMSAS</li>
2756               <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2757                 data sources</li>
2758               <li>Ensured that command line das feature retrieval
2759                 completes before alignment figures are generated.</li>
2760               <li>Reduced time taken when opening file browser for
2761                 first time.</li>
2762               <li>isAligned check prior to calculating tree, PCA or
2763                 submitting an MSA to JNet now excludes hidden sequences.</li>
2764               <li>User defined group colours properly recovered
2765                 from Jalview projects.</li>
2766             </ul>
2767           </li>
2768         </ul>
2769       </td>
2770
2771     </tr>
2772     <tr>
2773       <td>
2774         <div align="center">
2775           <strong>2.4.0.b2</strong><br> 28/10/2009
2776         </div>
2777       </td>
2778       <td>
2779         <ul>
2780           <li>Experimental support for google analytics usage
2781             tracking.</li>
2782           <li>Jalview privacy settings (user preferences and docs).</li>
2783         </ul>
2784       </td>
2785       <td>
2786         <ul>
2787           <li>Race condition in applet preventing startup in
2788             jre1.6.0u12+.</li>
2789           <li>Exception when feature created from selection beyond
2790             length of sequence.</li>
2791           <li>Allow synthetic PDB files to be imported gracefully</li>
2792           <li>Sequence associated annotation rows associate with
2793             all sequences with a given id</li>
2794           <li>Find function matches case-insensitively for sequence
2795             ID string searches</li>
2796           <li>Non-standard characters do not cause pairwise
2797             alignment to fail with exception</li>
2798         </ul> <em>Application Issues</em>
2799         <ul>
2800           <li>Sequences are now validated against EMBL database</li>
2801           <li>Sequence fetcher fetches multiple records for all
2802             data sources</li>
2803         </ul> <em>InstallAnywhere Issues</em>
2804         <ul>
2805           <li>Dock icon works for Mac OS X java (Mac 1.6 update
2806             issue with installAnywhere mechanism)</li>
2807           <li>Command line launching of JARs from InstallAnywhere
2808             version (java class versioning error fixed)</li>
2809         </ul>
2810       </td>
2811     </tr>
2812     <tr>
2813       <td>
2814
2815         <div align="center">
2816           <strong>2.4</strong><br> 27/8/2008
2817         </div>
2818       </td>
2819       <td><em>User Interface</em>
2820         <ul>
2821           <li>Linked highlighting of codon and amino acid from
2822             translation and protein products</li>
2823           <li>Linked highlighting of structure associated with
2824             residue mapping to codon position</li>
2825           <li>Sequence Fetcher provides example accession numbers
2826             and 'clear' button</li>
2827           <li>MemoryMonitor added as an option under Desktop's
2828             Tools menu</li>
2829           <li>Extract score function to parse whitespace separated
2830             numeric data in description line</li>
2831           <li>Column labels in alignment annotation can be centred.</li>
2832           <li>Tooltip for sequence associated annotation give name
2833             of sequence</li>
2834         </ul> <em>Web Services and URL fetching</em>
2835         <ul>
2836           <li>JPred3 web service</li>
2837           <li>Prototype sequence search client (no public services
2838             available yet)</li>
2839           <li>Fetch either seed alignment or full alignment from
2840             PFAM</li>
2841           <li>URL Links created for matching database cross
2842             references as well as sequence ID</li>
2843           <li>URL Links can be created using regular-expressions</li>
2844         </ul> <em>Sequence Database Connectivity</em>
2845         <ul>
2846           <li>Retrieval of cross-referenced sequences from other
2847             databases</li>
2848           <li>Generalised database reference retrieval and
2849             validation to all fetchable databases</li>
2850           <li>Fetch sequences from DAS sources supporting the
2851             sequence command</li>
2852         </ul> <em>Import and Export</em>
2853         <li>export annotation rows as CSV for spreadsheet import</li>
2854         <li>Jalview projects record alignment dataset associations,
2855           EMBL products, and cDNA sequence mappings</li>
2856         <li>Sequence Group colour can be specified in Annotation
2857           File</li>
2858         <li>Ad-hoc colouring of group in Annotation File using RGB
2859           triplet as name of colourscheme</li>
2860         </ul> <em>VAMSAS Client capabilities (Experimental)</em>
2861         <ul>
2862           <li>treenode binding for VAMSAS tree exchange</li>
2863           <li>local editing and update of sequences in VAMSAS
2864             alignments (experimental)</li>
2865           <li>Create new or select existing session to join</li>
2866           <li>load and save of vamsas documents</li>
2867         </ul> <em>Application command line</em>
2868         <ul>
2869           <li>-tree parameter to open trees (introduced for passing
2870             from applet)</li>
2871           <li>-fetchfrom command line argument to specify nicknames
2872             of DAS servers to query for alignment features</li>
2873           <li>-dasserver command line argument to add new servers
2874             that are also automatically queried for features</li>
2875           <li>-groovy command line argument executes a given groovy
2876             script after all input data has been loaded and parsed</li>
2877         </ul> <em>Applet-Application data exchange</em>
2878         <ul>
2879           <li>Trees passed as applet parameters can be passed to
2880             application (when using &quot;View in full
2881             application&quot;)</li>
2882         </ul> <em>Applet Parameters</em>
2883         <ul>
2884           <li>feature group display control parameter</li>
2885           <li>debug parameter</li>
2886           <li>showbutton parameter</li>
2887         </ul> <em>Applet API methods</em>
2888         <ul>
2889           <li>newView public method</li>
2890           <li>Window (current view) specific get/set public methods</li>
2891           <li>Feature display control methods</li>
2892           <li>get list of currently selected sequences</li>
2893         </ul> <em>New Jalview distribution features</em>
2894         <ul>
2895           <li>InstallAnywhere Installer upgraded to IA 2008 VP1</li>
2896           <li>RELEASE file gives build properties for the latest
2897             Jalview release.</li>
2898           <li>Java 1.1 Applet build made easier and donotobfuscate
2899             property controls execution of obfuscator</li>
2900           <li>Build target for generating source distribution</li>
2901           <li>Debug flag for javacc</li>
2902           <li>.jalview_properties file is documented (slightly) in
2903             jalview.bin.Cache</li>
2904           <li>Continuous Build Integration for stable and
2905             development version of Application, Applet and source
2906             distribution</li>
2907         </ul></td>
2908       <td>
2909         <ul>
2910           <li>selected region output includes visible annotations
2911             (for certain formats)</li>
2912           <li>edit label/displaychar contains existing label/char
2913             for editing</li>
2914           <li>update PDBEntries when DBRefEntries change (vamsas)</li>
2915           <li>shorter peptide product names from EMBL records</li>
2916           <li>Newick string generator makes compact representations</li>
2917           <li>bootstrap values parsed correctly for tree files with
2918             comments</li>
2919           <li>pathological filechooser bug avoided by not allowing
2920             filenames containing a ':'</li>
2921           <li>Fixed exception when parsing GFF files containing
2922             global sequence features</li>
2923           <li>Alignment datasets are finalized only when number of
2924             references from alignment sequences goes to zero</li>
2925           <li>Close of tree branch colour box without colour
2926             selection causes cascading exceptions</li>
2927           <li>occasional negative imgwidth exceptions</li>
2928           <li>better reporting of non-fatal warnings to user when
2929             file parsing fails.</li>
2930           <li>Save works when Jalview project is default format</li>
2931           <li>Save as dialog opened if current alignment format is
2932             not a valid output format</li>
2933           <li>UniProt canonical names introduced for both das and
2934             vamsas</li>
2935           <li>Histidine should be midblue (not pink!) in Zappo</li>
2936           <li>error messages passed up and output when data read
2937             fails</li>
2938           <li>edit undo recovers previous dataset sequence when
2939             sequence is edited</li>
2940           <li>allow PDB files without pdb ID HEADER lines (like
2941             those generated by MODELLER) to be read in properly</li>
2942           <li>allow reading of JPred concise files as a normal
2943             filetype</li>
2944           <li>Stockholm annotation parsing and alignment properties
2945             import fixed for PFAM records</li>
2946           <li>Structure view windows have correct name in Desktop
2947             window list</li>
2948           <li>annotation consisting of sequence associated scores
2949             can be read and written correctly to annotation file</li>
2950           <li>Aligned cDNA translation to aligned peptide works
2951             correctly</li>
2952           <li>Fixed display of hidden sequence markers and
2953             non-italic font for representatives in Applet</li>
2954           <li>Applet Menus are always embedded in applet window on
2955             Macs.</li>
2956           <li>Newly shown features appear at top of stack (in
2957             Applet)</li>
2958           <li>Annotations added via parameter not drawn properly
2959             due to null pointer exceptions</li>
2960           <li>Secondary structure lines are drawn starting from
2961             first column of alignment</li>
2962           <li>UniProt XML import updated for new schema release in
2963             July 2008</li>
2964           <li>Sequence feature to sequence ID match for Features
2965             file is case-insensitive</li>
2966           <li>Sequence features read from Features file appended to
2967             all sequences with matching IDs</li>
2968           <li>PDB structure coloured correctly for associated views
2969             containing a sub-sequence</li>
2970           <li>PDB files can be retrieved by applet from Jar files</li>
2971           <li>feature and annotation file applet parameters
2972             referring to different directories are retrieved correctly</li>
2973           <!--<li>DAS Histogram Features display ( (Prlic et al) </li>-->
2974           <li>Fixed application hang whilst waiting for
2975             splash-screen version check to complete</li>
2976           <li>Applet properly URLencodes input parameter values
2977             when passing them to the launchApp service</li>
2978           <li>display name and local features preserved in results
2979             retrieved from web service</li>
2980           <li>Visual delay indication for sequence retrieval and
2981             sequence fetcher initialisation</li>
2982           <li>updated Application to use DAS 1.53e version of
2983             dasobert DAS client</li>
2984           <li>Re-instated Full AMSA support and .amsa file
2985             association</li>
2986           <li>Fixed parsing of JNet Concise annotation <em>sans</em>
2987             sequences
2988           </li>
2989         </ul>
2990       </td>
2991     </tr>
2992     <tr>
2993       <td>
2994         <div align="center">
2995           <strong>2.3</strong><br> 9/5/07
2996         </div>
2997       </td>
2998       <td>
2999         <ul>
3000           <li>Jmol 11.0.2 integration</li>
3001           <li>PDB views stored in Jalview XML files</li>
3002           <li>Slide sequences</li>
3003           <li>Edit sequence in place</li>
3004           <li>EMBL CDS features</li>
3005           <li>DAS Feature mapping</li>
3006           <li>Feature ordering</li>
3007           <li>Alignment Properties</li>
3008           <li>Annotation Scores</li>
3009           <li>Sort by scores</li>
3010           <li>Feature/annotation editing in applet</li>
3011         </ul>
3012       </td>
3013       <td>
3014         <ul>
3015           <li>Headless state operation in 2.2.1</li>
3016           <li>Incorrect and unstable DNA pairwise alignment</li>
3017           <li>Cut and paste of sequences with annotation</li>
3018           <li>Feature group display state in XML</li>
3019           <li>Feature ordering in XML</li>
3020           <li>blc file iteration selection using filename # suffix</li>
3021           <li>Stockholm alignment properties</li>
3022           <li>Stockhom alignment secondary structure annotation</li>
3023           <li>2.2.1 applet had no feature transparency</li>
3024           <li>Number pad keys can be used in cursor mode</li>
3025           <li>Structure Viewer mirror image resolved</li>
3026         </ul>
3027       </td>
3028
3029     </tr>
3030     <tr>
3031       <td>
3032         <div align="center">
3033           <strong>2.2.1</strong><br> 12/2/07
3034         </div>
3035       </td>
3036       <td>
3037         <ul>
3038           <li>Non standard characters can be read and displayed
3039           <li>Annotations/Features can be imported/exported to the
3040             applet via textbox
3041           <li>Applet allows editing of sequence/annotation/group
3042             name &amp; description
3043           <li>Preference setting to display sequence name in
3044             italics
3045           <li>Annotation file format extended to allow
3046             Sequence_groups to be defined
3047           <li>Default opening of alignment overview panel can be
3048             specified in preferences
3049           <li>PDB residue numbering annotation added to associated
3050             sequences
3051         </ul>
3052       </td>
3053       <td>
3054         <ul>
3055           <li>Applet crash under certain Linux OS with Java 1.6
3056             installed
3057           <li>Annotation file export / import bugs fixed
3058           <li>PNG / EPS image output bugs fixed
3059         </ul>
3060       </td>
3061     </tr>
3062     <tr>
3063       <td>
3064         <div align="center">
3065           <strong>2.2</strong><br> 27/11/06
3066         </div>
3067       </td>
3068       <td>
3069         <ul>
3070           <li>Multiple views on alignment
3071           <li>Sequence feature editing
3072           <li>&quot;Reload&quot; alignment
3073           <li>&quot;Save&quot; to current filename
3074           <li>Background dependent text colour
3075           <li>Right align sequence ids
3076           <li>User-defined lower case residue colours
3077           <li>Format Menu
3078           <li>Select Menu
3079           <li>Menu item accelerator keys
3080           <li>Control-V pastes to current alignment
3081           <li>Cancel button for DAS Feature Fetching
3082           <li>PCA and PDB Viewers zoom via mouse roller
3083           <li>User-defined sub-tree colours and sub-tree selection
3084
3085           <li>'New Window' button on the 'Output to Text box'
3086         </ul>
3087       </td>
3088       <td>
3089         <ul>
3090           <li>New memory efficient Undo/Redo System
3091           <li>Optimised symbol lookups and conservation/consensus
3092             calculations
3093           <li>Region Conservation/Consensus recalculated after
3094             edits
3095           <li>Fixed Remove Empty Columns Bug (empty columns at end
3096             of alignment)
3097           <li>Slowed DAS Feature Fetching for increased robustness.
3098
3099           <li>Made angle brackets in ASCII feature descriptions
3100             display correctly
3101           <li>Re-instated Zoom function for PCA
3102           <li>Sequence descriptions conserved in web service
3103             analysis results
3104           <li>UniProt ID discoverer uses any word separated by
3105             &#8739;
3106           <li>WsDbFetch query/result association resolved
3107           <li>Tree leaf to sequence mapping improved
3108           <li>Smooth fonts switch moved to FontChooser dialog box.
3109
3110         </ul>
3111       </td>
3112     </tr>
3113     <tr>
3114       <td>
3115         <div align="center">
3116           <strong>2.1.1</strong><br> 12/9/06
3117         </div>
3118       </td>
3119       <td>
3120         <ul>
3121           <li>Copy consensus sequence to clipboard</li>
3122         </ul>
3123       </td>
3124       <td>
3125         <ul>
3126           <li>Image output - rightmost residues are rendered if
3127             sequence id panel has been resized</li>
3128           <li>Image output - all offscreen group boundaries are
3129             rendered</li>
3130           <li>Annotation files with sequence references - all
3131             elements in file are relative to sequence position</li>
3132           <li>Mac Applet users can use Alt key for group editing</li>
3133         </ul>
3134       </td>
3135     </tr>
3136     <tr>
3137       <td>
3138         <div align="center">
3139           <strong>2.1</strong><br> 22/8/06
3140         </div>
3141       </td>
3142       <td>
3143         <ul>
3144           <li>MAFFT Multiple Alignment in default Web Service list</li>
3145           <li>DAS Feature fetching</li>
3146           <li>Hide sequences and columns</li>
3147           <li>Export Annotations and Features</li>
3148           <li>GFF file reading / writing</li>
3149           <li>Associate structures with sequences from local PDB
3150             files</li>
3151           <li>Add sequences to exisiting alignment</li>
3152           <li>Recently opened files / URL lists</li>
3153           <li>Applet can launch the full application</li>
3154           <li>Applet has transparency for features (Java 1.2
3155             required)</li>
3156           <li>Applet has user defined colours parameter</li>
3157           <li>Applet can load sequences from parameter
3158             &quot;sequence<em>x</em>&quot;
3159           </li>
3160         </ul>
3161       </td>
3162       <td>
3163         <ul>
3164           <li>Redundancy Panel reinstalled in the Applet</li>
3165           <li>Monospaced font - EPS / rescaling bug fixed</li>
3166           <li>Annotation files with sequence references bug fixed</li>
3167         </ul>
3168       </td>
3169     </tr>
3170     <tr>
3171       <td>
3172         <div align="center">
3173           <strong>2.08.1</strong><br> 2/5/06
3174         </div>
3175       </td>
3176       <td>
3177         <ul>
3178           <li>Change case of selected region from Popup menu</li>
3179           <li>Choose to match case when searching</li>
3180           <li>Middle mouse button and mouse movement can compress /
3181             expand the visible width and height of the alignment</li>
3182         </ul>
3183       </td>
3184       <td>
3185         <ul>
3186           <li>Annotation Panel displays complete JNet results</li>
3187         </ul>
3188       </td>
3189     </tr>
3190     <tr>
3191       <td>
3192         <div align="center">
3193           <strong>2.08b</strong><br> 18/4/06
3194         </div>
3195       </td>
3196       <td>&nbsp;</td>
3197       <td>
3198         <ul>
3199           <li>Java 1.5 bug - InternalMessageDialog fix for threads</li>
3200           <li>Righthand label on wrapped alignments shows correct
3201             value</li>
3202         </ul>
3203       </td>
3204     </tr>
3205     <tr>
3206       <td>
3207         <div align="center">
3208           <strong>2.08</strong><br> 10/4/06
3209         </div>
3210       </td>
3211       <td>
3212         <ul>
3213           <li>Editing can be locked to the selection area</li>
3214           <li>Keyboard editing</li>
3215           <li>Create sequence features from searches</li>
3216           <li>Precalculated annotations can be loaded onto
3217             alignments</li>
3218           <li>Features file allows grouping of features</li>
3219           <li>Annotation Colouring scheme added</li>
3220           <li>Smooth fonts off by default - Faster rendering</li>
3221           <li>Choose to toggle Autocalculate Consensus On/Off</li>
3222         </ul>
3223       </td>
3224       <td>
3225         <ul>
3226           <li>Drag &amp; Drop fixed on Linux</li>
3227           <li>Jalview Archive file faster to load/save, sequence
3228             descriptions saved.</li>
3229         </ul>
3230       </td>
3231     </tr>
3232     <tr>
3233       <td>
3234         <div align="center">
3235           <strong>2.07</strong><br> 12/12/05
3236         </div>
3237       </td>
3238       <td>
3239         <ul>
3240           <li>PDB Structure Viewer enhanced</li>
3241           <li>Sequence Feature retrieval and display enhanced</li>
3242           <li>Choose to output sequence start-end after sequence
3243             name for file output</li>
3244           <li>Sequence Fetcher WSDBFetch@EBI</li>
3245           <li>Applet can read feature files, PDB files and can be
3246             used for HTML form input</li>
3247         </ul>
3248       </td>
3249       <td>
3250         <ul>
3251           <li>HTML output writes groups and features</li>
3252           <li>Group editing is Control and mouse click</li>
3253           <li>File IO bugs</li>
3254         </ul>
3255       </td>
3256     </tr>
3257     <tr>
3258       <td>
3259         <div align="center">
3260           <strong>2.06</strong><br> 28/9/05
3261         </div>
3262       </td>
3263       <td>
3264         <ul>
3265           <li>View annotations in wrapped mode</li>
3266           <li>More options for PCA viewer</li>
3267         </ul>
3268       </td>
3269       <td>
3270         <ul>
3271           <li>GUI bugs resolved</li>
3272           <li>Runs with -nodisplay from command line</li>
3273         </ul>
3274       </td>
3275     </tr>
3276     <tr>
3277       <td height="63">
3278         <div align="center">
3279           <strong>2.05b</strong><br> 15/9/05
3280         </div>
3281       </td>
3282       <td>
3283         <ul>
3284           <li>Choose EPS export as lineart or text</li>
3285           <li>Jar files are executable</li>
3286           <li>Can read in Uracil - maps to unknown residue</li>
3287         </ul>
3288       </td>
3289       <td>
3290         <ul>
3291           <li>Known OutOfMemory errors give warning message</li>
3292           <li>Overview window calculated more efficiently</li>
3293           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3294         </ul>
3295       </td>
3296     </tr>
3297     <tr>
3298       <td>
3299         <div align="center">
3300           <strong>2.05</strong><br> 30/8/05
3301         </div>
3302       </td>
3303       <td>
3304         <ul>
3305           <li>Edit and annotate in &quot;Wrapped&quot; view</li>
3306         </ul>
3307       </td>
3308       <td>
3309         <ul>
3310           <li>Several GUI bugs resolved</li>
3311         </ul>
3312       </td>
3313     </tr>
3314     <tr>
3315       <td>
3316         <div align="center">
3317           <strong>2.04</strong><br> 24/8/05
3318         </div>
3319       </td>
3320       <td>
3321         <ul>
3322           <li>Hold down mouse wheel &amp; scroll to change font
3323             size</li>
3324         </ul>
3325       </td>
3326       <td>
3327         <ul>
3328           <li>Improved JPred client reliability</li>
3329           <li>Improved loading of Jalview files</li>
3330         </ul>
3331       </td>
3332     </tr>
3333     <tr>
3334       <td>
3335         <div align="center">
3336           <strong>2.03</strong><br> 18/8/05
3337         </div>
3338       </td>
3339       <td>
3340         <ul>
3341           <li>Set Proxy server name and port in preferences</li>
3342           <li>Multiple URL links from sequence ids</li>
3343           <li>User Defined Colours can have a scheme name and added
3344             to Colour Menu</li>
3345           <li>Choose to ignore gaps in consensus calculation</li>
3346           <li>Unix users can set default web browser</li>
3347           <li>Runs without GUI for batch processing</li>
3348           <li>Dynamically generated Web Service Menus</li>
3349         </ul>
3350       </td>
3351       <td>
3352         <ul>
3353           <li>InstallAnywhere download for Sparc Solaris</li>
3354         </ul>
3355       </td>
3356     </tr>
3357     <tr>
3358       <td>
3359         <div align="center">
3360           <strong>2.02</strong><br> 18/7/05
3361         </div>
3362       </td>
3363       <td>&nbsp;</td>
3364       <td>
3365         <ul>
3366           <li>Copy &amp; Paste order of sequences maintains
3367             alignment order.</li>
3368         </ul>
3369       </td>
3370     </tr>
3371     <tr>
3372       <td>
3373         <div align="center">
3374           <strong>2.01</strong><br> 12/7/05
3375         </div>
3376       </td>
3377       <td>
3378         <ul>
3379           <li>Use delete key for deleting selection.</li>
3380           <li>Use Mouse wheel to scroll sequences.</li>
3381           <li>Help file updated to describe how to add alignment
3382             annotations.</li>
3383           <li>Version and build date written to build properties
3384             file.</li>
3385           <li>InstallAnywhere installation will check for updates
3386             at launch of Jalview.</li>
3387         </ul>
3388       </td>
3389       <td>
3390         <ul>
3391           <li>Delete gaps bug fixed.</li>
3392           <li>FileChooser sorts columns.</li>
3393           <li>Can remove groups one by one.</li>
3394           <li>Filechooser icons installed.</li>
3395           <li>Finder ignores return character when searching.
3396             Return key will initiate a search.<br>
3397           </li>
3398         </ul>
3399       </td>
3400     </tr>
3401     <tr>
3402       <td>
3403         <div align="center">
3404           <strong>2.0</strong><br> 20/6/05
3405         </div>
3406       </td>
3407       <td>
3408         <ul>
3409           <li>New codebase</li>
3410         </ul>
3411       </td>
3412       <td>&nbsp;</td>
3413     </tr>
3414   </table>
3415   <p>&nbsp;</p>
3416 </body>
3417 </html>